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Modelos para dados grupados e sensurados aplicados à área biológica: comparação usando fator de Bayes / Models for grouped and censored data applied to biological area: comparison using Bayes factor

Andrade, Sophia Lanza de [UNESP] 09 February 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-09. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:34Z : No. of bitstreams: 1 000851915.pdf: 551687 bytes, checksum: cf0d5be63962cf4703a354b8a39f9c14 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dados grupados e um caso particular de dados de sobrevivência com censura intervalar, que ocorre quando as observações são avaliadas nos mesmos intervalos de tempo, e geralmente está associado a dados com grande número de empates, ou seja, quando a proporção de empates e maior que 25% (Chalita et al., 2002), e podem desta forma ser analisados considerando o tempo discreto e ajustando-se modelos a probabilidade do indivíduo falhar em um certo intervalo, dado que sobreviveu ao intervalo anterior (Lawless, 2002). Dentre os possíveis modelos adaptados a este tipo de dados, tem-se o Modelo Logístico e o Modelo de Cox. A comparação entre o ajuste destes dois modelos pode ser feita utilizando o teste escore proposto por Colosimo et al. (2000), Bootstrap não paramétrico ou Critérios de Informação de Akaike (AIC). Uma alternativa a estas téccnicas, do ponto de vista bayesiano, e a utilização do Fator de Bayes. O objetivo deste estudoé comparar o ajuste do Modelo Logístico com o do Modelo de Cox para dados grupados e censurados usando inicialmente critérios clássicos de seleção de modelos: o Critério de Informação de Akaike (AIC), o Critério de Informação de Akaike Corrigido (AICc) e o Critério de Informação Bayesiano (BIC). Posteriormente foi utilizado o Fator de Bayes, assim como o Critério de Informação Deviance (DIC) e adaptações dos critérios clássicos já citados, utilizando as amostras a posteriori geradas por um método MCMC. Como ilustração, foi usado um conjunto de dados referente a uma manifestação clínica da doença de Chagas, conhecida como megacólon chagásico (Almeida, 1996). / Grouped data is a particular case of survival data with interval censoring, that occurs when the observations are evaluated at the same time intervals, and is generally associated at data with a large number of draws, or draws ratio more than 25% (Chalita et al., 2002). It can be analyzed considering discrete-time and tting models at the probability of an individual fails in a certain interval, given that survived the previous one (Lawless, 2002). Among the possible models adapted to this type of data we can mention the Logistic Model and the Cox's Model. The comparison between the t of these two models can be made using the score test proposed by Colosimo et al. (2000), nonparametric Bootstrap or the Akaike Information Criterion (AIC). An alternative to these techniques, from the Bayesian point of view, is the Bayes Factor. The purpose of this study is to compare the t of the Logistic Model with the Cox's Model to grouped and censoring data using, initially, classic model selection criteria: Akaike Information Criterion (AIC), Akaike Information Criterion corrected (AICc) and Bayesian Information Criterion (BIC). After that, was used the Bayes Factor, as well as Deviance Information Criterion (DIC) and adaptations of the classic model selection criteria above mentioned, using the posteriori sample generated by a MCMC method. As an example, was used a data set related to a clinical manifestation of Chagas disease known as chagasic megacolon (Almeida, 1996)
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Estudo genético do escore de condição corporal de vacas Nelore

Fernandes, Anna Flávia de Araujo [UNESP] 25 November 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2016-04-01T17:54:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-25. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T18:00:37Z : No. of bitstreams: 1 000860091.pdf: 5104620 bytes, checksum: ad34183f74857f7c85b7a1db9a9d8ca2 (MD5) / A condição corporal pode estar relacionada com eficiência de produção de carne e de habilidade materna. Até o presente momento, o conhecimento das relações entre o escore condição corporal (ECC) e características de desempenho produtivo é escasso para animais zebuínos. Assim, os objetivos deste trabalho foram: demonstrar a importância da avaliação da condição corporal, investigar o desempenho ao sobreano como indicador da condição corporal, quantificar as relações entre o ECC e o tamanho adulto e verificar a possibilidade de inclusão do ECC em índice de seleção de vacas Nelore. O ECC foi atribuído no diagnóstico de gestação ou no desmame, variando de 1 a 5 pontos. No modelo de análise para ECC, foram considerados os seguintes efeitos sistemáticos: grupo de contemporâneas (GC), ordem de parto, peso adulto (excluído na análise com peso ao sobreano), idade ao primeiro parto (excluído na análise com idade ao primeiro parto), peso do bezerro ao desmame (PD). Foram incluídos no modelo de peso ao sobreano (PS) os efeitos de GC e idade ao sobreano (efeitos linear e quadrático). Nos modelos dos escores visuais de conformação (C), precocidade (P), musculosidade (M) e ganho de peso do desmame ao sobreano (GS), considerou-se: efeitos de GC, idade ao sobreano (efeitos linear e quadrático) e idade da vaca ao parto (efeitos linear e quadrático). No modelo de altura de garupa ao sobreano (AGS) incluiu os efeitos de GC, idade ao sobreano (efeitos linear e quadrático) e idade da vaca ao parto (efeito linear). O modelo de peso adulto (PA) contemplou os efeitos de GC, idade ao primeiro parto, idade na pesagem (efeitos linear e quadrático) e o peso do bezerro ao pé. Para altura de garupa adulta (AG) foram considerados os efeitos de GC e idade ao primeiro parto (linear). Para a análise de idade ao primeiro parto (IPP) apenas o efeito de GC considerado. Para reconcepção (REC), incluiu-se os efeitos de... / The body condition may be related to meat production efficiency and maternal ability. Until now, knowledge of the relationship between body condition score (BCS) and productive performance characteristics is scarce for Zebu animals. The objectives of this study were to demonstrate the importance of assessment of body condition, investigate the performance long yearling as an indicator of body condition, quantify the relationship between the BCS and the adult size and check the possibility of including BCS in selection index of Nellore cows. The BCS is assigned in the diagnosis of pregnancy or weaning, ranging from 1 to 5 points. In the model analysis for BCS, we considered the following systemic effects: contemporary group (CG), birth order, adult weight (excluding the analysis with long yearling weight), age at first calving (excluded in the analysis of age at first calving ), calf weaning weight (WW). They were included in the model long yearling weight (YW) the effects of CG and age at yearling (linear and quadratic effects). In models of visual scores of conformation (C), early finishing (EF), muscling (M) and weight gain from weaning to long yearling (WG), it was considered: CG effects, age at yearling (linear and quadratic effects) and cow age at calving (linear and quadratic effects). In the long yearling hip height model (YH) included the effects of CG, age at long yearling (linear and quadratic effects) and cow age at calving (linear effect). The model of mature weight (MW) included the effects of CG, age at first calving, age at weighing (linear and quadratic effects) and WW. For mature hip height (MH) were considered the effects of CG and age at first calving (linear). For age analysis at first calving (AFC) only the effect of CG considered. To reconception (REC), included the effects of CG, MW, AFC, calving interval (CI) and WW. In CI model, the effects of CG, gestational stage, AFC, MW and WW were included. Through ...
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Estimativa de componentes de (co)variância de características de crescimento na raça Brahman utilizando inferência bayesiana

Acevedo Jiménez, Efraín Enrique [UNESP] 29 February 2012 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-29Bitstream added on 2014-06-13T19:12:56Z : No. of bitstreams: 1 acevedojimenez_ee_me_jabo.pdf: 157367 bytes, checksum: ab9e57a695c0551e930b20859c7fcb05 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho teve como objetivo estimar parâmetros genéticos para características de crescimento, utilizando-se um modelo multi-característica. Foram analisados registros de 14956 animais da raça Brahman, participantes do programa de melhoramento da raça Brahman, desenvolvido pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). Por meio de inferência bayesiana foram obtidas estimativas de componentes de variância para os pesos nas idades padrão aos 60 (P60), 120 (P120), 210 (P210), 365 (P365), 450 (P450) e 550 (P550) dias. As análises foram realizadas empregando-se o software GIBBS2F90, assumindo um modelo animal. Para os pesos às idades padronizadas estudadas foram considerados os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (rebanho - ano nascimento - estação de nascimento – sexo - manejo) e idade do animal no momento da pesagem (linear e quadrático) como covariável, e os efeitos aleatórios genético aditivo direto, genético aditivo materno e residual. As estimativas de herdabilidade genética direta foram 0,31 (P60), 0,37 (P120), 0,34 (P210), 0,38 (P365), 0,37 (P450) e 0,45 (P550). As estimativas de herdabilidade genética materna foram 0,18 (P60), 0,19 (P120), 0,22 (P210), 0,14 (P365), 0,11 (P450), e 0,08 (P550). Os valores de correlação genética direta variaram de 0,79 (P60 / P450) a 0,94 (P365 / P450). Em vista dos parâmetros estimados, verifica-se que as características aqui estudadas apresentam variabilidade genética suficiente para realizar a seleção dos animais. As correlações genéticas indicam que a seleção simultânea para as características em estudo pode ser eficiente / The objective of this work was to estimate genetic parameters for growth traits using a multiple-traits model. Were analyzed records of 14956 animals of Brahman Breed, participants of Breeding Program of Brahman cattle, developed by Breeders and Researchers National Association (ANCP). Using Bayesian inference were obtained estimations of variance components for standardized weights at 60 (W60), 120 (W120), 210 (W210), 365 (W365), 450 (W450) and 550 (W550) days. Analyzes were done using Gibbs2f90 Software, assuming an animal model. For standardized weights were considered fixed effects of contemporary group (herd - birth year – birth season – sex - management) and animal age at weighting moment (linear and quadratic) as covariate, and randomized effects of direct additive genetic, maternal additive genetic and residual. Direct Heritability estimations were 0,31 (W60), 0,37 (W120), 0,34 (W210), 0,38 (W365), 0,37 (W450) and 0,45 (W550). Maternal heritability estimations were 0,18 (W60), 0,19 (W120), 0,22 (W210), 0,14 (W365), 0,11 (W450), and 0,08 (W550). Genetic correlation values varied from 0,79 (W60 / W450) a 0,94 (W365 / W450).. According estimated genetic parameters, was verified that standardized weights presented enough genetic variation for animal selection. Genetic correlations indicate that a simultaneously selection for all the traits of this study could be efficient
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Parâmetros genéticos de escore de temperamento em bovinos da raça Nelore

Silva, Carolina Rosa [UNESP] 11 July 2013 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-11Bitstream added on 2014-06-13T19:12:58Z : No. of bitstreams: 1 000736054.pdf: 1405695 bytes, checksum: 73c42f9ce73d73410ad5bdf42be52611 (MD5) / O temperamento bovino é uma característica que influencia o potencial produtivo de rebanhos por estar correlacionada com o desempenho dos animais e ter relação com aspectos facilitadores das atividades de manejo, bem-estar e segurança dos animais e funcionários. Deste modo, é importante a compreensão de fatores ambientais e genéticos que influenciam essa característica, a fim de estabelecer métodos de seleção para animais com temperamento mais adequado. Esse estudo teve o objetivo de estimar parâmetros genéticos para escore de temperamento de bovinos da raça Nelore, entre os quais a correlação genética desta característica com o peso à desmama, utilizando-se diferentes modelos estatísticos. Foram utilizados 285.020 registros de escore de temperamento (TEMP) e peso a desmama (PDES) de animais da raça Nelore controlados pelo Programa de Melhoramento Genético da CRV Lagoa Ltda. Os dados foram analisados utilizando-se 5 modelos estatísticos: análise uni-catacterística de PDES (modelo linear 1), TEMP (modelo linear 2) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-linear 3), pelo método de máxima verossimilhança restrita, análise uni-característica para TEMP (modelo limiar 4) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-limiar 5), por meio de inferência bayesiana. O peso a desmama (PDES) foi considerado na análise bi-característica com temperamento visando investigar eventuais efeitos de seleção sequencial, também possibilitando estimar a correlação genética entre estes dois critérios de seleção. As herdabilidades estimadas de TEMP foram da ordem de 0,21 ± 0,003 (modelos lineares em análises uni e bi-característica) e 0,26 (modelo de limiar e modelo limiar-linear-intervalo de confiança a 95%, IC95%, compreendido entre 0,21 e 0,32). As correlações genéticas estimadas entre TEMP e PDES foram de baixa a moderada magnitude... / Temperament is a trait that influences the production potential of livestock because it is related to performance traits as well as the day by aspects of handling, welfare and of animals and employees safety. So, it is important to understand the environmental and genetic factors that influence temperament in order to establish methods of selection for animals with suitable temperament. The objectives of this study were to estimate genetic parameters for temperament score of Nelore cattle, among them the genetic correlation of temperament and weaning weight, using different statistical models. Records on 285,020 temperament score (TEMP) and weaning weight (PDES) of Nellore cattle controlled by the breeding program of CRV Lagoa Ltda were used. Data were analyzed using 5 statistical models: uni-trait model for PDES (linear model 1) and TEMP (linear model 2), two-trait model considering PDES and TEMP (linear-linear model 3), an uni-trait threshold model for TEMP (threshold model 4) and a bi-trait threshold model for PDES and TEMP (linear- threshold model 5), using Bayesian inference. The characteristic weaning weight (PDES) has been considered in the bi-trait analysis with temperament in order to investigate possible effects of sequential selection, and also to estimate the genetic correlation between these two selection criteria. Heritability estimates of TEMP were approximately 0.21 ± 0.003 (linear models for univariate and bi-trait models) and 0.26 (threshold model and linear-threshold model confidence interval of 95%, comprised between 0.21 and 0.32.) The genetic correlation between TEMP and PDES was low to moderate (-0.33 ± 0.01 (linear-linear model) and 0.34 (95% CI: -0.40, -0.28) (linear threshold model). The temperament is a moderately heritable trait and can respond to selection. The correlations between EBVs of animals obtained based on five models were quite high (> 0.92). The use ...
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Associação genética entre características indicadoras de temperamento e de precocidade sexual em fêmeas da raça Nelore

Valente, Tiago da Silva [UNESP] 20 July 2012 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-20Bitstream added on 2014-06-13T18:54:02Z : No. of bitstreams: 1 valente_ts_me_jabo.pdf: 897721 bytes, checksum: 4458844f82fdd959839e922f15297ae3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de estudar a associação genética entre características indicadoras de temperamento e de precocidade sexual de fêmeas bovinas da raça Nelore. Foram utilizados dados de temperamento de 7.500 bovinos machos e fêmeas com 18 meses de idade (sobreano) das safras de 2008 e 2009 da Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). As características indicadoras de precocidade sexual das fêmeas foram obtidas a partir do arquivo zootécnico da fazenda, para animais nascidos entre os anos de 1984 e 2009. O temperamento foi avaliado durante o manejo de pesagem ao sobreano por meio do teste de movimentação na balança (MOV), atribuindo-se escores de 1 (nenhum movimento) a 5 (animal salta, elevando os membros superiores pelo menos 2,5 centímetros do solo), teste de velocidade de fuga (VF), com uso de um dispositivo de células fotoelétricas que registra o tempo (em segundos) para percorrer uma distância determinada ao sair do tronco de contenção após o manejo de pesagem e o escore de temperamento (ET) realizado pela AJ, atribuindo-se escores 1 (animal calmo) a 5 (animal muito reativo – comportamento agressivo ao observador). Como características indicadoras de precocidade sexual foram utilizadas: a idade ao primeiro parto, em dias (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (PRECO), característica binária, com escore 2 para as novilhas que pariram até 30 meses de idade e escore 1 para as que falharam. Para a estimação dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para as características estudadas foi utilizada a Inferência Bayesiana. Para VF e IPP foi utilizado um modelo linear e para MOV, ET e PRECO um modelo não-linear (threshold). As estimativas de herdabilidade a posteriori para VF, MOV, ET, IPP e PRECO foram 0,27, 0,11, 0,16, 0,09 e 0,44, respectivamente. As correlações... / The aim of this study was to estimate genetic associations between temperament and female sexual precocity traits in Nellore beef cattle. The temperament was assessed for 7,500 male and female cattle, at 18 months of age (yearling) and born in 2008 and 2009, from the herd of Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). The female sexual precocity traits were obtained from the files of the farm for animals born between 1990 and 2009. Temperament was evaluated during the handling for weight determination using a movement score (MOV), assigning scores from 1 (no movement) to 5 (animal jumps, raising the forelegs at least 2.5 cm of the soil); the flight speed (VF), using an electronic device that records the speed at which the animals exit the crush (in m/s) and; temperament score (ET), already in use by AJ, assigning a score from 1 (animal calm) to 5 (animal very reactive - aggressive behavior toward the observer). The female sexual precocity traits used were: age at first calving, in days (IPP) and; occurrence of precocious pregnancy (PRECO), a binary trait in scores of 2 for heifers that calved until 30 months of age and, 1 for the heifers that failed. Bayesian Inference was used for estimation of (co)variance components and genetic parameters. For VF and IPP, a linear model was applied and for MOV, PRECO and ET, a threshold model. The heritability estimates for VF, MOV, ET, IPP and PRECO were 0.27, 0.11, 0.16, 0.09 and 0.44, respectively. The genetic correlations of IPP with VF (0.14), MOV (0.13) and ET (0.09) were all low, as well as for PRECO with VF (-0.19), MOV (-0.03) and ET (-0.03). Although low, all correlations were in a favorable direction, indicating that the temperament is positively associated with sexual precocity. These results suggest that to improve the beef cattle temperament and the sexual precocity, these traits... (Complete abstract click electronic access below)
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Um estudo sobre métodos estatísticos na avaliação da interação genótipo x ambientes em genótipos de arroz (Oryza sativa L.)

Ramos Molina, Lina Maria [UNESP] 20 August 2007 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-08-20Bitstream added on 2014-06-13T19:12:59Z : No. of bitstreams: 1 ramosmolina_lmr_me_jabo.pdf: 323166 bytes, checksum: e3a256fd4fa2325448c3e964e5aa494e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Análise da interação genótipo x ambiente no melhoramento de plantas tem evoluído bastante na última década pela introdução de novos métodos de análise, melhorando a eficiência na seleção de genótipos testados em diferentes condições ambientais. Neste trabalho foram estudados alguns métodos estatísticos de análise da interação genótipo x ambiente, utilizando dados de oito genótipos de arroz avaliados em diferentes ambientes da Colômbia. Foram feitas a identificação dos genótipos de arroz com adaptabilidade e estabilidade ampla ou especifica nas regiões estudadas. Os métodos utilizados e estudados foram SREG (CORNELIUS, et al, 1996), ANNICCHIARICO (1992), EBERHART & RUSSELL (1966), Shukla e análise pelo método Bayesiano que foi feita segundo a metodologia desenvolvida por COTESTORRES (2004). / Analysis of genotype x environment interaction in the improvement of plants has improved sufficiently in the last decade for the introductions of the new methods of analysis, having improved the efficiency in the selection of genotypes tested in different environment conditions. In this research some statistical analysis of genotype x environment interactions methods had been studied, evaluated eight genotypes of rices in different environments from Colombiam. Were made the identifications of genotypes with adaptability and stability in the studied regions. The methods used were SREG (CORNELIUS, et al, 1996), ANNICCHIARICO (1992), EBERHART & Russell (1966), Shukla and Bayesiano Method according to COTES-TORRES (2004).
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Métodos para avaliação do temperamento de bovinos: estimação de parâmetros genéticos e relações com o desempenho

Sant'Anna, Aline Cristina [UNESP] 17 June 2013 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-17Bitstream added on 2014-06-13T20:43:06Z : No. of bitstreams: 1 santanna_ac_dr_jabo.pdf: 1379300 bytes, checksum: 3939f980c34d836db11bb454b0a906e6 (MD5) / O objetivo deste estudo foi identificar, dentre diferentes medidas de temperamento, a mais adequada para avaliação do temperamento de bovinos de corte, tendo em conta a praticidade de sua aplicação e possibilidade de utilização em programas de melhoramento genético. Como objetivos específicos buscamos: 1) avaliar a associação entre as escalas qualitativas de classificação do temperamento com quatro métodos tradicionalmente utilizados e, avaliar a possibilidade de uso deste método como indicador do temperamento de bovinos; 2) estimar parâmetros genéticos para diferentes indicadores do temperamento e avaliar a possibilidade de aplicação destes como critérios de seleção; 3) estimar a associação genética entre temperamento e características de crescimento na raça Nelore. O temperamento foi avaliado para 23.420 animais machos e fêmeas ao sobreano, em idade próxima aos 550 dias, nascidos entre 2002 e 2009 com uso de um escore de temperamento (TS), baseado em uma escala de 1 a 5 que considera a reação do animal, após sair do tronco de contenção. Além disso, 9.150 indivíduos nascidos em 2008 e 2009 foram avaliados para as seguintes características: escore de movimentação (MOV), em escala de 1 a 5 de acordo com a sua movimentação no tronco de contenção; escore de tronco (CS), em que são atribuídas notas de 1 a 4 para a reatividade geral do animal dentro do tronco de contenção; e velocidade de fuga (VF), que é um registro da velocidade (em m/s) com que os animais saem do tronco de contenção após a pesagem. As características de crescimento avaliadas foram peso à desmama (PD) e ganho de peso médio diário pós-desmama (GMD). Foi utilizada Inferência Bayesiana com Amostragem de Gibbs para estimar os componentes de (co) variância e valores genéticos dos animais. As estimativas de herdabilidade para VF, TS, CS e MOV foram... / The aim of this study was to identify, among several indicators, the most adequate method to assess beef cattle temperament on farms, considering its feasibility and possibility of use in breeding programs. The specific objectives were: 1) to access the relationship of observer temperament ratings, the qualitative behavior assessment methos (QBA) with four others traditional methods, and to evaluate the possibility of using QBA as an indicator of cattle temperament; 2) to estimate genetic parameters of four temperament indicator traits for Nellore cattle, and to evaluate the possibility of using such traits as selection criteria in breeding programs; and 3) to estimate the genetic association between four temperament indicators and growth traits in Nellore cattle. Temperament was assessed for 23,420 male and female animals at yearling age, approximately 550 days, which were born between 2002 and 2009. A temperament score (TS) was used, which is based on a scale from 1 to 5 and considers the animal’s reaction after exiting the crush. Moreover, 9,150 individuals born between 2008 and 2009 were measured for the following traits: Movement Score (MOV), where animals were scored from 1 to 5 according to their movement inside the crush; Crush Score (CS), which assigns scores from 1 to 4 for an animal’s general reactivity inside the crush; and Flight Speed (FS), which is a recording of the speed (in m/s) at which the animals exit the crush after being weighed. The growth traits evaluated were weaning weight (WW) and post weaning average daily gain (ADG), for male and female animals born between 1990 and 2009. Bayesian Inference using Gibbs Sampling was applied to estimate (co)variance components and breeding values of the animals. Heritability estimates for FS, TS, CS, and MOV were 0.35, 0.15, 0.19, and 0.18, respectively. The genetic correlation estimates of FS with TS (0.85), CS (0.85)... (Complete abstract click electronic access below)
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Interação genótipo x ambiente, adaptabilidade e estabilidade em genótipos de cana-de-açúcar

Arantes, Flávio Cese [UNESP] 06 December 2013 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-06Bitstream added on 2014-06-13T18:43:26Z : No. of bitstreams: 1 000748635.pdf: 2633150 bytes, checksum: 7049121c4a2017ccb0f9a3a31ed2514b (MD5) / A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é a cultura mais aplicada para a produção de açúcar tanto para consumo interno quanto para exportação, além da produção de etanol e biomassa. A área de cultivo vem crescendo expressivamente, fato que leva melhoristas a buscar genótipos mais produtivos às diferentes áreas de plantio. Experimentos em multi ambientes são comumente conduzidos em programas de melhoramento de plantas principalmente para avaliação de genótipos potenciais para produção. Este estudo incluiu 16 genótipos de cana-de-açúcar em 14 locais e avaliados por quatro anos, ou seja, quatro cortes (cana planta, primeira, segunda e terceira soca). O objetivo foi investigar a adaptabilidade e estabilidade dos genótipos de cana-de-açúcar para o atributo Tonelada de Pol por Hectare (TPH) em experimentos multi ambientais a partir de três metodologias estatísticas: Regressão linear fenotípica conjunta (E-R), Norma de reação (NR) e Média harmônica da performance relativa do valor genotípico (MHPRVG). Os valores da herdabilidade média genotípica estimados via MHPRVG apresentaram-se altos, o que leva a altas acurácias na seleção genotípica (superiores a 90%). Os genótipos IACSP963076, IACSP963048 e IACSP985024, primeiro corte, IACSP963048, IACSP963076, IACSP962073 e IACSP985024, segundo corte, IACSP962073, IACSP962008 e IACSP963076, terceiro corte e IACSP963076, IACSP985024, IACSP962073 e IACSP962008, quarto corte, foram os selecionados quando se considera os atributos de estabilidade, adaptabilidade e produtividade (TPH), simultaneamente e, portanto, são os genótipos recomendados para o plantio nesta macro região estudada quando analisadas via MHPRVG. Em termos de valores médios, os genótipos recomendados pela seleção simultânea baseada na MHPRVG são os genótipos IACSP963076, IACSP962073, IACSP985024 e IACSP962008, alcançando um valor médio de 2,8% acima... / The sugarcane (Saccharum spp.) is the most applied crop in the sugar yielding as much as internal consumption as exportation, besides its application in yielding alcohol and biomass production. The crop area has been increased expressively leading breeders to search more yielding genotypes to the different planted areas. Multi-environment trials are commonly conducted in plant breeding programs to evaluate potential genotypes mainly to yield. This study included 16 sugarcane genotypes at 14 locations evaluated in four years, that is, four harvests (sugarcane plant, first, second and third ratoon). The objective was to investigate the sugarcane's genotype adaptability and stability to Ton of Pol per Hectare (TPH) attribute in multi-environments trials from three statistical methodologies: Joint phenotypic linear regression (E-R), Reaction norm (NR) and Harmonic average performance relative breeding values (MHPRVG). The estimated genotypic average heritabilities values via MHPRVG showed themselves as high, what lead to high accuracy in the genotypic selection ( higher than 90%). The genotypes IACSP963076, IACSP963048 and IACSP985024, first harvest, IACSP963048, IACSP963076, IACSP962073 and IACSP985024, second harvest, IACSP962073, IACSP962008 and IACSP963076, third harvest and IACSP963076, IACSP985024, IACSP962073 and IACSP962008, fourth harvest, were the selected when one considers simultaneously the stability, adaptability and productivity (TPH) attributes and thereby them are the recommended genotypes to be planted in this studied macro region when analyzed via MHPRVG. In a mean expression, the recommended genotypes by simultaneous selection based in MHPRVG are the IACSP963076, IACSP962073, IACSP985024 and IACSP962008 genotypes, reaching a average value of 2.8% higher than the four harvests overall mean. The percentage of selection ranking from both approach was 31, 44, 50 and 56% at the ...
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Parâmetros genéticos para características de desempenho e reprodutivas de aves poedeiras por inferência bayesiana

Rosa, Jaqueline Oliveira [UNESP] 20 February 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-20. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:49:22Z : No. of bitstreams: 1 000834174.pdf: 440659 bytes, checksum: a5a9de673fd4e5ba8765c27942090b38 (MD5) / As estimativas de parâmetros genéticos das características relacionadas à produção de ovos auxiliam no processo de seleção de linhagem de aves poedeiras. O objetivo deste trabalho foi estimar os parâmetros genéticos para as características de desempenho e reprodutivas, para fornecer suporte ao programa de melhoramento de poedeiras. As características reprodutivas estudadas foram registros de fertilidade (FERT), eclodibilidade (ECLO) e taxa de nascimento (NASC) medidas às 60 semanas de idade, e de desempenho foram peso corporal às 16 e 60 semanas de idade (PC16 e PC60), idade à maturidade sexual (IMS), relação alturalargura, peso e densidade dos ovos às 28, 36 e 40 semanas de idade (REL28, REL36, REL40, POVO28, POVO36, POVO40, DENS28, DENS36 e DENS40, respectivamente). Foram utilizados dados de 1894 animais, provenientes de três gerações de uma linhagem denominada CC, desenvolvida pelo Programa de Melhoramento Genético de Aves da Embrapa Suínos e Aves, em Concórdia, SC. Análises multicaracterísticas foram realizadas pela metodologia de inferência bayesiana por meio do software GIBBS2F90 para cada conjunto de características (desempenho e reprodutivas). O modelo estatístico considerou os efeitos aleatórios genético aditivo e residuais e o efeito fixo de geração. A variação das médias à posteriori das estimativas de herdabilidade para as características reprodutivas foi de 0,14±0,003 (ECLO) à 0,22±0,005 (FERT) e de 0,07±0,001 (REL28) à 0,42±0,001 (POVO40) para as características de desempenho. As médias à posteriori das estimativas de correlações genéticas entre as características reprodutivas variaram de 0,18±0,026 (FERT e ECLO) até 0,79±0,007 (FERT e NASC). Para as características de desempenho, as médias à posteriori das estimativas de correlação genética variaram de - 0,49±0,001 (POVO36 e DENS36) à 0,75±0,003 (DENS28 e DENS36). Em geral, as características poderiam ser ... / Genetic parameter estimates for traits associated to egg production help in the selection process of laying hens. The aim of this study was to estimate genetic parameters for performance and reproductive traits to provide support for an egg stock breeding program. The reproductive traits studied were fertility (FERT), hatchability (ECLO), birth rate (NASC) at 60 weeks of age and the performance traits were body weight at 16 and 60 weeks of age (PC16 and PC60), age at first egg (IMS), eggs height-width ratio, weight and density at 28, 36 and 40 weeks of age (REL28, REL36, REL40, POVO28, POVO36, POVO40, DENS28, DENS36 and DENS40, respectively). Data from 1894 animals from three generations of line of laying hens, developed by the Embrapa Poultry Breeding Program, Concordia, SC, was used. Analyses multi-trait were conducted by Bayesian inference through GIBBS2F90 software. The statistical model included the fixed effects of generation and additive and residual random. The posterior means of heritability for reproductive traits was 0.14 ± 0.003 (ECLO) to 0.22 ± 0.005 (FERT) and 0.07 ± 0.001 (REL28) to 0.42 ± 0.001 (POVO40) for the performance characteristics. The posterior means of genetic correlation estimates between reproductive traits ranged from 0.18 ± 0.026 (FERT and ECLO) to 0.79 ± 0.007 (FERT and NAAT). For performance traits, the posterior means of genetic correlation ranged from -0.49 ± 0.001 (POVO36 and DENS36) to 0.75 ± 0.003 (DENS28 and DENS36). In general, the traits could be used in animal breeding programs of laying hens because they have enough genetic variability to respond to selection, except for REL28. It is concluded that the applied selection on the birth rate would be most appropriate to improve fertility and hatchability of eggs. Also, the use of POVO40 could improve egg weight or uniformity thereof. If the selection is conducted to reduce body weight at 16 weeks of age, result in increased age at first egg ...
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Análise Bayesiana de dados composicionais na presença de covariáveis

Shimizu, Taciana Kisaki Oliveira [UNESP] 24 February 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-24Bitstream added on 2014-08-13T18:00:27Z : No. of bitstreams: 1 000759735.pdf: 5936644 bytes, checksum: 2a76b56febeeca13c37e5729a1d4df30 (MD5) / Dados composicionais consistem em vetores conhecidos como composições cujos componentes são positivos e definidos no intervalo (0,1) representando proporções ou frações de um “todo”. A soma desses componentes deve ser igual a um. Os dados composicionais estão presentes em diferentes áreas, como na geologia, ecologia, economia, medicina entre muitas outras. Desta forma há um grande interesse em novas abordagens de modelar dados composicionais. Neste estudo, introduzimos as transformações logaritmo da razão (alr) e Box-Cox em modelos usados para dados composicionais, assumindo erros normais não correlacionados. O objetivo principal deste trabalho é aplicar métodos Bayesianos para estes modelos utilizando os métodos padrões de Monte Carlo via Cadeias de Markov (MCMC) para simular amostras da posteriori conjunta de interesse. Nós aplicamos a metodologia proposta em dois conjuntos de dados, sendo que um deles é sobre um experimento de medidas repetidas na qual introduzimos uma variável de efeito aleatório para capturar a dependência para os dados longitudinais e, além disso, a introdução de dois efeitos aleatórios extras no modelo. Estes resultados de modelagem podem ser de grande interesse em trabalhos aplicados que lidam com conjuntos de dados composicionais. / Compositional data consist of known compositions vectors whose components are positive and defined in the interval (0,1) representing proportions or fractions of a “whole”. The sum of these components must be equal to one. Compositional data is present in different areas, as in ecology, economy, medicine among many others. In this way, there is a great interest in new modeling approaches for compositional data. In this study we introduced additive log-ratio (alr) and Box-Cox transformations models used for compositional data, under uncorrelated normal errors. The main objective of this project is to apply Bayesian methods to these models using standard Markov Chain Monte Carlo (MCMC) methods to simulate samples of the joint posterior of interest. We apply the proposed methodology in two data sets, whereas one of them is about an experiment of repeated measures where we introduced a random effect variable to capture the dependence for the longitudinal data and also the introduction of two extra random effects in the model. These modeling results could be of great interest in the applied work dealing with compositional data sets.

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