O gênero Cercomacra Sclater, 1858 possui 12 espécies, para as quais foram descritos 34 nomes. Ocorre amplamente na Amazônia, mas possui representantes na América Central, oeste dos Andes e na Mata Atlântica brasileira. É tradicionalmente composto por dois grupos distintos, nigricans e tyrannina, segregação baseada nos padrões da plumagem das fêmeas e nas vocalizações dos machos. Estas peculiaridades instigaram a revisão taxonômica deste gênero, após a qual foram propostas hipóteses filogenéticas sob o critério de parcimônia dos terminais com base em caracteres osteológicos, de plumagem e vocais. Foram examinados 52 esqueletos, além de 4.805 espécimes de Cercomacra conservados em via seca e depositados em 36 coleções ornitológicas nacionais e do exterior. Também foi possível analisar 1.097 gravações de Cercomacra disponibilizadas por colaboradores e de arquivos pessoais. Para determinação de caracteres e seus estados, outros 181 esqueletos pertencentes a 55 gêneros (englobando 119 espécies) e outras 85 peles de 14 gêneros (de 15 espécies) foram considerados grupos externos. Na revisão taxonômica foram determinadas 28 espécies filogenéticas inequivocamente diagnosticáveis por ao menos um caráter, seja ele morfológico ou vocal. Seis espécies não possuem nome prévio disponível e serão descritas futuramente. Foram realizadas quatro análises filogenéticas distintas com a utilização de diferentes caracteres: (A) osteológicos, (B) de plumagem, (C) de plumagem, vocais e de história natural e (D) evidência total. Três clados principais foram definidos com suporte máximo do índice de Bremer: Drymophila+Hypocnemis, grupo nigricans e grupo tyrannina. Embora o relacionamento entre eles não tenha sido resolvido, a monofilia de Cercomacra não foi recuperada. Isso ocorreu apenas com a inclusão de caracteres vocais nas matrizes de estados de caracteres (hipóteses C e D). Na ausência de um nome pretérito para o clado tyrannina, ele deve receber um nome recém proposto: Cercomacroides Tello & Raposo in TELLO et. al. (2014). As hipóteses filogenéticas mencionadas são similares àquelas recentemente publicadas e realizadas com dados moleculares, mas a topologia dos grupos internos apresenta variações. Caracteres osteológicos foram considerados pouco informativos para resolução das topologias dos terminais e, embora a monofilia de Cercomacra e Cercomacroides tenham sido recuperadas apenas com a inclusão de caracteres vocais, somente caracteres de plumagem são sinapomorfias de Cercomacra. Como já sugerido anteriormente, este estudo comprova que, de acordo com o conceito de espécie considerado, apenas um caráter vocal pode ser suficiente para a diagnose de uma espécie. São sugeridas futuras direções para a pesquisa com estes gêneros, especialmente com relação à distribuição geográfica de algumas espécies, as quais ainda não a possuem claramente determinada / The genus Cercomacra Sclater, 1858 has 12 species, to which up to 34 names were given. It occurs widely in the Amazon, but some taxa range in Central America, west of the Andes and in the Brazilian Atlantic Forest. It is traditionally composed of two distinct groups, tyrannina and nigricans, a segregation founded on patterns of female plumage and male vocalizations. I was instigated by these peculiarities to conduct the taxonomic revision of this genus. I then proposed phylogenetic hypotheses of all terminals under the criterion of parsimony based on osteological, plumage and vocal characters. I examined some 52 skeletons and 4,805 specimens of Cercomacra deposited in 36 national and foreign ornithological collections. I also analyzed 1,097 Cercomacra recordings available from colleagues and personnal archives. I considered some 181 skeletons of 55 genera (comprising 119 species) and another 85 skins of 14 genera (of 15 species) of out groups to determine character states. My taxonomic revision revealed 28 phylogenetic species unequivocally diagnosed by at least one character, be it morphological or vocal. Six species had no previous available names and will be described elsewhere. I conducted four distinct phylogenetic analyzes using different character sets: (A) osteological, (B) plumage, (C) plumage, vocal and natural history and (D) total evidence. Three major clades were defined with maximum Bremer index support: Drymophila+Hypocnemis, nigricans group and tyrannina group. Although their relationship could not be resolved, the monophyly of Cercomacra was not recovered. This occurred only with the inclusion of vocal characters in the character states matrix (hypotheses C and D). Due to the absence of a previous epithet for the tyrannina clade, it should receive a recently proposed name: Cercomacroides Tello & Raposo in TELLO et al. (2014). The phylogenetic hypotheses aforementioned are similar to those recently published and performed with molecular data, but the topology of the in groups differ. I concluded osteological characters were non informative to resolve terminal topologies and, although the monophyly of Cercomacra and Cercomacroides were recovered only with the inclusion of vocal characters, plumage characters alone were synapomorphies of Cercomacra. As previously suggested, this study proves that, depending on the species concept, only one vocal character may be enough for the diagnosis of a species. I eventually suggest future directions with these genera, especially with regard to the geographical distribution of some species, which have not yet been clearly determined

O gênero Cercomacra Sclater, 1858 possui 12 espécies, para as quais foram descritos 34 nomes. Ocorre amplamente na Amazônia, mas possui representantes na América Central, oeste dos Andes e na Mata Atlântica brasileira. É tradicionalmente composto por dois grupos distintos, nigricans e tyrannina, segregação baseada nos padrões da plumagem das fêmeas e nas vocalizações dos machos. Estas peculiaridades instigaram a revisão taxonômica deste gênero, após a qual foram propostas hipóteses filogenéticas sob o critério de parcimônia dos terminais com base em caracteres osteológicos, de plumagem e vocais. Foram examinados 52 esqueletos, além de 4.805 espécimes de Cercomacra conservados em via seca e depositados em 36 coleções ornitológicas nacionais e do exterior. Também foi possível analisar 1.097 gravações de Cercomacra disponibilizadas por colaboradores e de arquivos pessoais. Para determinação de caracteres e seus estados, outros 181 esqueletos pertencentes a 55 gêneros (englobando 119 espécies) e outras 85 peles de 14 gêneros (de 15 espécies) foram considerados grupos externos. Na revisão taxonômica foram determinadas 28 espécies filogenéticas inequivocamente diagnosticáveis por ao menos um caráter, seja ele morfológico ou vocal. Seis espécies não possuem nome prévio disponível e serão descritas futuramente. Foram realizadas quatro análises filogenéticas distintas com a utilização de diferentes caracteres: (A) osteológicos, (B) de plumagem, (C) de plumagem, vocais e de história natural e (D) evidência total. Três clados principais foram definidos com suporte máximo do índice de Bremer: Drymophila+Hypocnemis, grupo nigricans e grupo tyrannina. Embora o relacionamento entre eles não tenha sido resolvido, a monofilia de Cercomacra não foi recuperada. Isso ocorreu apenas com a inclusão de caracteres vocais nas matrizes de estados de caracteres (hipóteses C e D). Na ausência de um nome pretérito para o clado tyrannina, ele deve receber um nome recém proposto: Cercomacroides Tello & Raposo in TELLO et. al. (2014). As hipóteses filogenéticas mencionadas são similares àquelas recentemente publicadas e realizadas com dados moleculares, mas a topologia dos grupos internos apresenta variações. Caracteres osteológicos foram considerados pouco informativos para resolução das topologias dos terminais e, embora a monofilia de Cercomacra e Cercomacroides tenham sido recuperadas apenas com a inclusão de caracteres vocais, somente caracteres de plumagem são sinapomorfias de Cercomacra. Como já sugerido anteriormente, este estudo comprova que, de acordo com o conceito de espécie considerado, apenas um caráter vocal pode ser suficiente para a diagnose de uma espécie. São sugeridas futuras direções para a pesquisa com estes gêneros, especialmente com relação à distribuição geográfica de algumas espécies, as quais ainda não a possuem claramente determinada / The genus Cercomacra Sclater, 1858 has 12 species, to which up to 34 names were given. It occurs widely in the Amazon, but some taxa range in Central America, west of the Andes and in the Brazilian Atlantic Forest. It is traditionally composed of two distinct groups, tyrannina and nigricans, a segregation founded on patterns of female plumage and male vocalizations. I was instigated by these peculiarities to conduct the taxonomic revision of this genus. I then proposed phylogenetic hypotheses of all terminals under the criterion of parsimony based on osteological, plumage and vocal characters. I examined some 52 skeletons and 4,805 specimens of Cercomacra deposited in 36 national and foreign ornithological collections. I also analyzed 1,097 Cercomacra recordings available from colleagues and personnal archives. I considered some 181 skeletons of 55 genera (comprising 119 species) and another 85 skins of 14 genera (of 15 species) of out groups to determine character states. My taxonomic revision revealed 28 phylogenetic species unequivocally diagnosed by at least one character, be it morphological or vocal. Six species had no previous available names and will be described elsewhere. I conducted four distinct phylogenetic analyzes using different character sets: (A) osteological, (B) plumage, (C) plumage, vocal and natural history and (D) total evidence. Three major clades were defined with maximum Bremer index support: Drymophila+Hypocnemis, nigricans group and tyrannina group. Although their relationship could not be resolved, the monophyly of Cercomacra was not recovered. This occurred only with the inclusion of vocal characters in the character states matrix (hypotheses C and D). Due to the absence of a previous epithet for the tyrannina clade, it should receive a recently proposed name: Cercomacroides Tello & Raposo in TELLO et al. (2014). The phylogenetic hypotheses aforementioned are similar to those recently published and performed with molecular data, but the topology of the in groups differ. I concluded osteological characters were non informative to resolve terminal topologies and, although the monophyly of Cercomacra and Cercomacroides were recovered only with the inclusion of vocal characters, plumage characters alone were synapomorphies of Cercomacra. As previously suggested, this study proves that, depending on the species concept, only one vocal character may be enough for the diagnosis of a species. I eventually suggest future directions with these genera, especially with regard to the geographical distribution of some species, which have not yet been clearly determined

No presente trabalho nós investigamos a história filogeográfica de dois passeriformes: Dendrocincla turdina (Dendrocolaptidae) e Drymophila squamata (Thamnophilidae). As duas espécies são endêmicas de baixadas da Mata Atlântica e boa parte de suas distribuições é coincidente, mas D. turdina chega a altitudes maiores e D. squamata ocorre em uma região disjunta no nordeste onde D. turdina não ocorre. Foram analisadas a estrutura genética das duas espécies e suas histórias demográficas, também foram feitas inferências sobre os processos históricos que poderiam ter contribuído para a diversidade genética que observamos hoje. Para D. turdina foram utilizados sete microssatélites, um marcador mitocondrial e um íntron. Enquanto para D. squamata foram utilizados um marcador mitocondrial e dois íntrons. O primeiro capítulo da Tese aborda os dados de D. turdina, que mostraram ausência de estrutura geográfica e evidências de expansão populacional. A utilização de microssatélites reforçou a possibilidade de ser uma população única, uma vez que, dada a alta taxa de mutação desses marcadores, em geral é possível detectar divergências recentes. A expansão demográfica foi evidenciada e datada a partir do último máximo glacial (UMG) baseado no marcador mitocondrial e no íntron. A computação Bayesiana aproximada (ABC) foi utilizada para testar esse cenário de população única com expansão populacional baseado nos nove marcadores. Os parâmetros estimados foram congruentes com os resultados das outras análises. Parece ter ocorrido um gargalo genético seguido por aumento do tamanho populacional, sendo que no UMG o tamanho efetivo populacional era duas ordens de grandeza menor do que o atual. No segundo capítulo da Tese analisamos a espécie D. squamata, para a qual foram encontradas quatro linhagens mitocondriais separadas geograficamente. Sendo que as linhagens Sul, Centro e Norte parecem ter se divergido durante o Pleistoceno médio, enquanto o grupo Nordeste, composto pela população disjunta, parece ter se diversificado há mais tempo, cerca de 1,1 milhão de anos atrás. Para os clados Sul e Norte foram identificadas expansões demográficas no UMG. Tanto eventos geotectônicos quanto oscilações climáticas do Quaternário podem ter atuado no processo de diversificação; enquanto os rios podem ter contribuído para a manutenção dessas divergências, ao menos entre os clados Norte e Centro. Os grupos genéticos encontrados no presente estudo não condizem com a distribuição geográfica descrita para as subespécies descritas de D. squamata, isso indica a necessidade de uma revisão taxonômica. A divergência do clado Nordeste parece ser bastante antiga e essa linhagem ocorre em uma área reduzida e impactada da mata Atlântica, além de geograficamente isolada das maior área de distribuição do táxon. Isso indica que o clado Nordeste merece atenção quanto à sua conservação. A presente Tese contribuiu com o melhor entendimento da distribuição da diversidade genética das espécies aqui estudadas e da história da biodiversidade da mata Atlântica, trazendo informações sobre dois táxons com histórias filogeográficas diferentes, embora possivelmente moldadas por processos semelhantes. / Here we present the phylogeographic history of two Passerine birds: Dendrocincla turdina (Dendrocolaptidae) and Drymophila squamata (Thamnophilidae). Both are endemic species of the Atlantic Forest lowlands and their occurrence overlaps along most of their geographic distribution, but D. turdina reaches higher altitudes and D. squamata has in a disjunct population in the northeast, where D. turdina does not occur. The genetic structure and the demographic history of both species was studied, and inferences about potential historical processes that could have influenced their genetic diversity pattern were made. For D. turdina we used seven microsatellites and sequences of one mitochondrial (mtDNA) gene and one intron. For D. squamata sequences of one mtDNA gene and two introns were obtained. The first chapter shows that D. turdina does not present population genetic structure but has evidences of population expansion. Microsatellite analyses also show absence of structure and given their high mutation rates, this indicates that there is no evidence of any recent divergences. Results based on mtDNA and intron sequences showed that the demographic expansion started during the last glacial maximum (LGM). Approximate bayesian computation (ABC) was used to test this scenario of a unique population with expansion based on nine molecular markers. The results were congruent with those from other analyses. It seems that a bottleneck was followed by an increase of population size, and at the LGM the population effective size was two orders of magnitude lower than nowadays. The second chapter presents data on D. squamata. Four mitochondrial lineages that are geographically separated were observed. Lineages South, Center, and North seem to have diverged in the middle of the Pleistocene and the Northeast lineage, that grouped the disjunct population, seems to have diverged around 1.1 million years ago. Clades South and North presented evidences of demographic expansions during the LGM. Both geotectonic and climatic oscillations from the Quaternay could have beeen involved in the diversification process; while rivers may helped to maintain the lineages differentiated, at least clades North and Center. The geographic distribution of these lineages did not match the one described for D. squamata subspecies. Thus, indicating that a taxonomic revision is needed. The divergence of the Northeast lineage seems to be old and it occurs in a reduced and deforested area, besides it is geographically isolated from the main distribution of the species. This highlights that the conservation of the Northeast lineage should be granted major attention. This thesis contributed with data on two avian species with distinct phylogeographic histories that could have been shaped by similar processes that occurred in the Atlantic forest.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-06-21T18:45:41Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao_Erik_Choueri_versFinal.pdf: 1694322 bytes, checksum: ac0f0c21f91cbd03c41643170d5ee15d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T18:45:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_Erik_Choueri_versFinal.pdf: 1694322 bytes, checksum: ac0f0c21f91cbd03c41643170d5ee15d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-08-28 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Amazon floodplains is a mosaic of environments who occupy more than 10% of basin and harbor countless species of animals and plants. In this context, the associeted avifauna exhibit different degrees of dependence related to use of microhabitats. Despite its ecological importance, the organisms’ population dynamics that use these environments are not well known, as well as the historical mechanisms that influenced the formation of these landscapes. Thus, this study evaluated the population dynamics of four forest birds species specialized in the Amazon floodplains use. Among these, were evaluated a generalist specie in the floodplain use (Hypocnemoides melanopogon) and three species that use preferably fluvial islands (Myrmotherula assimilis, Myrmoborus lugubris and Thamnophilus nigrocinereus), environments arranged discretely in landscape. When considering archipelagos situated in lower Negro River, despite evidences of gene flow between islands, subtle signals indicate that genetic diversity is heterogeneously distributed across the landscape. In a broader geographic scale, lineages of birds specialists of insular environments exhibited distinctions between Negro and other great rivers of Amazon. These results contrast with other studies that indicated no genetic structure in specialized birds in the amazon’s floodplains. It should be noted that such response was not observed in the generalist specie of flooded areas, suggesting that the organisms’ ecological characteristics can influence genetic diversity in these habitats. The temporal congruence of divergences between lineages of Negro and Solimões are evidences that paleoclimatic and geologic process related to the formation of landscape in recent past (Pleistocene) were possibly responsible by the current organization of these species. Finally, the species studied does not showed remarkable signals of population expansion, a similar result to that achieved for other floodplains’ birds, but are contrasting to those obtained in lowland (Terra Firme) organisms. This answer can be an idicative of constant avaliability of floodplains during the transition Pleistocene/Holocene. / As planícies alagáveis da Amazônia correspondem à um mosaico de ambientes que ocupam mais de 10% da bacia e abrigam inúmeras espécies de animais e plantas. Neste contexto, a avifauna associada apresenta graus distintos de dependência ao uso de determinados microhabitats. Apesar de sua relevância ecológica, pouco se conhece sobre a dinâmica populacional dos organismos que utilizam estes ambientes, assim como os mecanismos históricos que influenciaram a formação destas paisagens. Desta forma, o presente estudo avaliou a dinâmica populacional de quatro espécies de aves florestais de planícies alagáveis da Amazônia. Dentre estas, foi considerada uma espécie generalista no uso deste habitat (Hypocnemoides melanopogon) e outras três que utilizam preferencialmente ilhas fluviais (Myrmotherula assimilis, Myrmoborus lugubris e Thamnophilus nigrocinereus), ambientes dispostos de forma discreta na paisagem. Quando considerados os arquipélagos do baixo Rio Negro, apesar de evidências de fluxo gênico entre ilhas, foram encontrados sinais de distribuição heterogênea da diversidade genética na paisagem. Em escala geográfica mais ampla, linhagens das três espécies especializadas no uso de ambientes insulares apresentaram distinção entre o Negro outros grandes rios amazônicos. Estes resultados são contrastantes com outros estudos que indicaram ausência de estruturação genética em aves de planícies de fluviais amazônicas. Cabe salientar que tal reposta não foi observada para a espécie generalista de áreas alagadas, sugerindo que as características ecológicas dos organismos podem influenciar sua diversidade genética nestes habitats. A congruência temporal das divergências entre estas linhagens dos Negro e Solimões evidencia que processos paleoclimáticos e geológicos relacionados à formação da paisagem no passado recente (Pleistoceno) foram possivelmente responsáveis por reger a organização atual destes organismos. Por fim, as espécies estudadas não apresentaram sinais marcantes de expansão populacional recente, resultado concordante ao obtido para outras aves de planícies alagadas, mas que contrastam com aqueles obtidos para organismos de Terra Firme. Tal resposta pode ser um indicativo de disponibilidade constante dos habitats alagáveis amazônicos durante a transição entre Pleistoceno/Holoceno.

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-09-25T21:19:46Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Raíssa Guerra Sales.pdf: 3719949 bytes, checksum: 35cc33d9d2858f9173b404a9cafae4c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-09-28T18:25:39Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Raíssa Guerra Sales.pdf: 3719949 bytes, checksum: 35cc33d9d2858f9173b404a9cafae4c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-28T18:25:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Raíssa Guerra Sales.pdf: 3719949 bytes, checksum: 35cc33d9d2858f9173b404a9cafae4c0 (MD5) Previous issue date: 2016-11-16 / CAPES / Populações de aves podem se diferenciar morfológica e/ou geneticamente quando isoladas por uma barreira física. No entanto, ainda é incerto como a variação vocal em aves acompanha mudanças genotípicas e fenotípicas. Na região amazônica do Escudo das Guianas tem sido descrita uma importante zona de sutura, onde numerosos pares de espécies e diferentes subespécies se substituem geograficamente em margens opostas dos rios Branco e Negro. Cerca de um terço das espécies de aves típicas das florestas de terra firme (totalizando aproximadamente 80 taxa) possuem uma subespécie diferente ou uma alo-espécie do outro lado dessas barreiras. Das quase 80 espécies de aves com estrutura genética ou morfológica na região, pelo menos 15 pertencem à família Thamnophilidae. Este grupo é ideal para entender a relação entre as barreiras físicas e a variação vocal, pois acredita-se que estas aves herdam o canto geneticamente. Além do mais, por terem cantos relativamente simples e estereotipados, são relativamente fáceis de serem analizados. Desta forma, estudando a variação vocal de populações isoladas por uma barreira física, é possível avaliar se estas se encontram em processo de diferenciação. Historicamente, o principal gargalo na realização de estudos bioacústicos era a obtenção de amostras do canto das aves para posterior análise em softwares específicos. Na última década, o número de amostras disponíveis em bancos de dados online tem aumentado dramaticamente. Infelizmente, o principal arquivo acústico digital do mundo (Xeno-canto) disponibiliza os arquivos de forma comprimida (mp3), o que tem levantado críticas sobre seu uso em pesquisas bioacústicas. Portanto, para poder aproveitar o enorme acervo disponível de gravações digitais disponíveis neste tipo de arquivos acústicos, é necessário avaliar a utilidade desse material em formato mp3. O capítulo 1 teve como objetivo testar se o formato comprimido de áudio distorce significativamente as gravações ornitológicas, avaliando se todas as variáveis medidas são afetadas da mesma forma ou se alguns parâmetros podem ser utilizados apesar do formato de qualidade reduzida, levando em consideração as propriedades acústicas da Família Thamnophilidae. Para esse teste foram utilizadas 27 gravações referentes a 3 espécies dessa família (Herpsilochmus dorsimaculatus, Thamnophilus murinus e Thamnophilus amazonicus), e testadas 27 variáveis acústicas. As variáveis vocais mais utilizadas em pesquisas ornitológicas (frequência, tempo, nº de notas e ritmo) não sofreram distorções significativas após compressão. No Capítulo 2, avaliei o grau de variação vocal em 19 linhagens de aves dessa família no Escudo das Guianas, onde várias espécies possuem diferentes graus de variação genética e fenotípica. Utilizando apenas as variáveis não afetadas pelo formato do áudio, avaliei se o grau de variação vocal está associado com o grau de variação genética entre os 19 pares de taxa separados pelas barreiras ribeirinhas. Os resultados sugerem que a variação genética não é um bom preditor da variação vocal; algumas espécies com pouca variação genética apresentaram uma grande variação vocal e pares de taxa muito diferenciados geneticamente tiveram cantos pouco diferenciados. / Bird populations can differentiate morphologically and/or genetically when isolated on opposite sides of a geographic barrier. However, remains uncertain how vocal variation follows these genotypic and phenotypic changes. In the Amazon region the Guiana Shield has been described as an important suture zone, where several pairs of different species and subspecies geographically replace on opposite banks of the Branco and Negro rivers. About a third of the bird species typical of upland forests (totaling approximately 80 taxa) have a different subspecies or alo-specie across these barriers. Of the nearly 80 species of birds with genetic or morphological structure in the region, at least 15 belong to Thamnophilidae family. This group is perfect to understand the relationship between physical barriers and vocal variation, since it’s believed that these birds inherit genetically song. Moreover, by having relatively simple and stereotyped songs are relatively easy to be analyzed. Thus, studying the vocal range of isolated populations by a physical barrier, it is possible to avaliate whether these are in the process of differentiation. Historically, the main bottleneck in the realization of bioacoustics studies was to obtain samples of birdsong for later analysis of specific software. In the last decade, the number of samples available in online databases has increased dramatically. Unfortunately, the main digital sound file of the world (Xeno-canto) provides the compressed form of files (mp3), which is not suitable for bioacoustical research. Thus, there’s a need to assess the usefulness of the material, taking into account the available audio format. Chapter 1 aimed to test whether the compressed audio format significantly distorts ornithological recordings assessing whether all the measured variables are affected in the same way or if some parameters can be used despite the reduced quality format, taking into account the acoustic properties of the Thamnophilidae Family. For this test were used 27 recordings relating to 3 species of this family (Herpsilochmus dorsimaculatus, Thamnophilus murinus and Thamnophilus amazonicus) and tested 27 acoustic variables. The vocal variables most used in ornithological research (frequency, time, number of notes and pace) showed no significant distortions after compression. In Chapter 2, I evaluated the degree of vocal range in 19 strains of birds of this family in the Guiana Shield, where several species have different degrees of genetic and phenotypic variation. Using only the variables unaffected by the audio format, evaluated if the degree of vocal variation is associated with the degree of genetic variation among the 19 pairs of taxa divided by river barriers. The results suggest that genetic variability is not a good predictor of the vocal range; some species with little genetic variation showed a great vocal variation and differentiated pairs of taxa had little genetically different songs.

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-01-18T20:18:05Z No. of bitstreams: 1 493365.pdf: 15989179 bytes, checksum: 9e376e8664b10cc5f18148983680b0c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-18T20:18:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 493365.pdf: 15989179 bytes, checksum: 9e376e8664b10cc5f18148983680b0c1 (MD5) Previous issue date: 2001-01-12 / CAPES / A biologia reprodutiva de Formicivora erythronotos (Thamnophilidae), espécie ameaçada e endêmica do sudoeste do Estado do Rio de Janeiro, foi estudada em Angra dos Reis e Paraty, entre julho de 1997 e dezembro de 1999. Nada era conhecido sobre sua biologia reprodutiva antes deste estudo. Um total de 31 ninhos foi encontrado. A maioria deles estava posicionada à beira de trilhas e estradas, com circulação frequente de pessoas. O ninho é um pequeno cesto preso a ramos de plantas herbáceas e posicionado próximo ao chão. Ele é composto basicamente de uma fibra vermelha não identificada e pequenas raízes. A postura, que se dá em dias alternados, é de um (raramente) ou dois ovos brancacentos com máculas marrons concentradas principalmente no polo rombo. O monitoramento intensivo de alguns ninhos, totalizando cerca de 337 horas, permitiu determinar os papeis sexuais na reprodução da espécie. Cortejo nupcial, que consiste na oferta de alimento à fêmea pelo companheiro, precedeu a postura dos ovos. A divisão básica dos cuidados no ninho em F. erythronotos concorda com o padrão básico observado na família. Ambos os sexos participam na construção do ninho, alimentação dos ninhegos, incubação e choco diurnos, sendo a contribuição do macho ligeiramente superior nessas três últimas atividades. A incubação e choco noturnos são responsabilidade exclusiva da fêmea. Fora do ninho, cada filhote fica sob os cuidados exclusivos de um dos pais. A duração média das sessões de incubação em F erythronotos é bem inferior à de outras espécies de tamnofilídeos, enquanto a taxa de alimentação dos ninhegos exibe o padrão inverso. Diferenças na exposição do ninho à predação e nas estratégias de forrageio são sugeridas para explicar essas disparidades. O período de incubação e de ninhego é de cerca de 14 dias e 10 dias, respectivamente... / The breeding biology of the Black-hooded Antwren Formicivora erythronotos (Aves: Passeriformes: Thamnophilidae), an endangered species which is endemic to southwestern Rio de Janeiro State, was studied from July 1997 to December 1999 at Angra dos Reis and Paraty. Nothing was known on its breeding biology before. Most of the 31 nests found were placed by the side of trails and roads that were frequently used by people. The species' nest is a small cup made basically of an unidentified reddish fiber and rootlets, and is attached to twigs of herbaceous plants close to the ground. Clutch size is two (rarely one) eggs. These are whitish with brown markings, concentrated at the large end, and are laid on altemate days. An intensive monitoring of some nests, totaling about observation 337 hours, allowed that sexual roles on the species' breeding biology were known. Egg laying was preceded by a nuptial display, in which males offered food to their mates. As in other species of the family, male and female Black-hooded Antwrens build the nest, and also take turns incubating the eggs, and brooding and feeding the young. Male's contribution is slightly greater in the latter three activities, and female alone takes charge of nocturnal incubation and brooding. Each parent takes care exclusively of one fledgling. The average duration of incubation sessions in this species is much smaller than in other species in the family, while the feeding rate of the young was much greater. These differences may be related to different nest exposure to predation as well as to foraging strategies. Incubation lasts 14 days and nestlings stay 10 days in the nest...

Submitted by Celso Magalhaes (celsomagalhaes@ufrrj.br) on 2017-05-29T13:53:42Z No. of bitstreams: 1 2016 - Lidiane Maria da Silva.pdf: 11158526 bytes, checksum: 92a272f4f09e476cee2262d286c61963 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-29T13:53:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Lidiane Maria da Silva.pdf: 11158526 bytes, checksum: 92a272f4f09e476cee2262d286c61963 (MD5) Previous issue date: 2016-02-18 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The thaminophilid passerines, just as other families of Passeriformes, can be parasitized by different species of coccidia, especially the genera Isospora Schneider, 1881 and Eimeria Schneider, 1875. In this context, this study aimed to identify, characterize and quantify coccidian species from Thamnophilidae in the Itatiaia National Park. Seven expeditions were performed at Itatiaia National Park, of which five were in conserved areas and two in areas around the park. A total of 184 species of birds were captured with mist nets, being 26 thaminophilid passerines. After fecal sampling and processing were observed coccidia of the genera Isospora and Eimeria. The species Isospora parnaitatiaiensis Silva, Rodrigues, Lopes, Berto, Luz, Ferreira, Lopes, 2015 was identified in two different hosts, Pyriglena leucoptera (Vieillot, 1818) and Dysithamnus mentalis (Temminck, 1823), and their oocysts were characterized as polymorphic, since the oocysts from P. leucoptera were more ellipsoidal and the oocysts from D. mentalis were more sub-spherical, which may be the result of speciation process/adaptation to these hosts. The intensities of infection in different hosts were relatively low, since that P. leucoptera and D. mentalis shed together an OoPD of 316 oocysts of I. parnaitatiaiensis, which can be explained by the conserved environment in the Itatiaia National Park and the insectivore feeding habit. Finally, the specificity occurred at the family level, because P. leucoptera and D. mentalis, both of Thamnophilidae family, have been reported as hosts of I. parnaitatiaiensis / Os taminofil?deos, da mesma forma que outras fam?lias de Passeriformes, podem ser parasitados por diversas esp?cies de cocc?dios, principalmente dos g?neros Isospora Schneider, 1881 e Eimeria Schneider, 1875. Neste contexto, este trabalho teve por objetivo identificar, caracterizar e quantificar esp?cies de cocc?dios parasitos de Thamnophilidae do PNI. Foram realizadas sete expedi??es no Parque Nacional do Itatiaia, das quais cinco foram em ?reas mais preservadas e duas em ?reas no entorno do parque, as aves foram capturadas com o auxilio de redes de neblina, ao todos foram capturados 184 esp?cimes de aves sendo 26 taminofil?deos, ap?s o processamento das amostras observou ser cocc?dios do g?nero Isospora e Eimeria. A esp?cie Isospora parnaitatiaiensis Silva, Rodrigues, Lopes, Berto, Luz, Ferreira, Lopes, 2015 foi identificada em dois diferentes hospedeiros da fam?lia Thamnophilidae, Pyriglena leucoptera (Vieillot, 1818) e Dysithamnus mentalis (Temminck, 1823), sendo que seus oocistos foram caracterizados como polim?rficos, j? que os oocistos de P. leucoptera s?o mais elips?ides em rela??o aos oocistos de D. mentalis que tendem ao ser mais sub-esf?ricos, o que pode ser consequ?ncia do processo de especia??o/adapta??o ao hospedeiro. A intensidade de infec??o nos diferentes hospedeiros taminofil?deos positivos foram relativamente baixas, P. leucoptera e D. mentalis tiveram juntos um OoPD de 316 para os oocistos de I. parnaitatiaiensis, o que pode ser justificado pelo ambiente conservado do PNI e pelo h?bito alimentar inset?voro. Finalmente, a especificidade ocorreu em n?vel de fam?lia, pelo fato de P. leucoptera e D. mentalis, ambos da fam?lia Thamnophilidae, ter sido relatados como hospedeiros de I. parnaitatiaiensis