L’estuaire de la Gironde est affecté par une pollution polymétallique historique, dont la contamination persistante en cadmium (Cd) empêche une reprise complète et le développement de la conchyliculture girondine, avec un risque potentiel pour le 1er site ostréicole français (Marennes-Oléron). D’autre part, le suivi de l’état de la qualité chimique des masses d’eau, mis en place par la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) a déclassé en 2009 la masse d’eau « Gironde centrale » à cause de niveaux élevés en tributylétain (TBT), hautement toxique et interdit depuis plusieurs décennies, détecté dans l’estuaire de la Gironde.Ce travail se base sur 12 campagnes océanographiques comprenant un suivi temporel mensuel pendant l’année 2015 aux sites de surveillance DCE (PK52 et PK86), à PK 30 et 3 profils longitudinaux sur l’ensemble du gradient salin depuis Bordeaux jusqu’à l’embouchure. Les mesures in-situ et les échantillons visaient à caractériser l’état actuel de la qualité des eaux girondines pour Cd et butyl-étains dans le contexte historique de décontamination et de résilience du système fluvio-estuarien. Les résultats ont montré les plus faibles additions en Cd dissous (Cdd) dans le gradient salin depuis 2002, pour des conditions hydriques contrastées. Le développement de plusieurs méthodes de calcul a permis de montrer une diminution des flux nets de Cdd au cours des 30 dernières années d’un facteur ~10. Les concentrations en Cd particulaire (Cdp) présentent des valeurs de l’ordre de 0,45 ± 0,07 mg/kg ces 10 dernières années. Cette valeur est supérieure au bruit de fond géochimique de l’estuaire salin (0,2 mg/kg) suggérant la persistance d’un potentiel de contamination de la zone côtière par désorption. Des mesures ADCP à l’embouchure de l’estuaire couplées à des analyses géochimiques ont permis d’estimer quantitativement les flux nets en matières en suspension (MES) et Cdp pour des conditions hydrologiques extrêmes. La prise en compte de l’ensemble de résultats scientifiques (mesures et modélisation hydrosédimentaire) antérieures et l’analyse des évènements de crue et des coefficients de marée depuis 1990 ont permis de proposer un modèle conceptuel d’export de MES et Cdp en zone côtière. Le suivi mensuel sur l’année 2015 montre que l’estuaire de la Gironde reste déclassé en TBT avec deux valeurs ponctuelles supérieures à la NQE-CMA et avec des moyennes annuelles supérieures à la NQE-MA pour les PK30, PK52 et PK86. Les enregistrements longitudinaux des butylétains (TBT, dibutylétain (DBT) et monobutylétain (MBT)) dans les compartiments eaux, MES et sédiments de l’ensemble de l’estuaire de la Gironde ont permis de mettre en évidence plusieurs sources potentielles actuelles localisées au niveau de Bordeaux, du Bec d’Ambès, mais surtout au niveau de la masse d’eau aval. / The Gironde Estuary is affected by historical multi-metal pollution. Persistent contamination by cadmium (Cd) prevents complete recovery of the Gironde oyster farming, and implies potential risks for the most important oyster farming areas in France (Marennes-Oléron). In addition, the water quality survey governed by the Water Framework Directive (WFD), has downgraded the "Central Gironde" water body in 2009 due to the presence of TBT, a highly toxic organo-metallic compound, on the list of priority substances and banned for several decades.This work relies on 12 oceanographic campaigns, including a monthly survey at the WFD monitoring sites (KP52 and KP86) in 2015 with additional sampling at KP30. Furthermore, 3 longitudinal profiles were carried out along the salinity gradient to characterize the current state of water quality in the Gironde Estuary for Cd and butyltin species, in a perspective of decontamination and resilience. The results showed the lowest dissolved Cd additions (Cdd) along the salinity gradient since 2002, for contrasting hydrological conditions. The development of several calculation methods has shown a decrease in net Cdd flows over the past 30 years by a factor of ~10. Particulate Cd (Cdp) concentrations were in the range of 0.45 ± 0.07 mg/kg during the past 10 years. This value is higher than the geochemical background of the saline Gironde Estuary (0.2 mg/kg) suggesting the persistence of potential contamination of the coastal zone by desorption. Physical and chemical measurements at the estuary mouth coupling ADCP with geochemical analyses have provided estimates of the suspended particulate matter (SPM) and Cdp fluxes, for extreme hydrological conditions. The set of previous scientific results (measurements and hydro-sedimentary modeling), the analysis of time-series of flood events and tidal coefficients since 1990, have been integrated into a conceptual model for the export of SPM and Cdp to the coastal zone. The 2015 monthly survey according to the WFD has produced two distinct values and annual average concentrations both exceeding the respective environmental quality thresholds showing that the Gironde Estuary remains downgraded with respect to TBT. Longitudinal records of butyltins (TBT, dibutyltin (DBT) and monobutyltin (MBT)) in water, SPM and sediment of the entire Gironde Estuary have pointed to several potential sources including urban discharges (from Bordeaux), industrial releases (Bec d’Ambès) and estuarine dredging activities (from downstream harbours).

L'Aquitaine se singularise par une instabilité des votes au niveau législatif, paradoxe dans une région où l'on voit la constitution de véritables fiefs municipaux de droite comme de gauche, comme en témoignent les longs mandats municipaux des socialistes René Cassagne, Michel Sainte-Marie ou encore André Labarrère. Des travaux ont étudié les instances nationales du Parti socialiste, les dirigeants et les différents courants, cependant l'analyse de l'implantation du socialisme au niveau régional reste lacunaire. Le sujet d'étude de cette thèse est le maillage et l'implantation du socialisme en Aquitaine de 1958 à 1993. L'objectif est la compréhension de l'influence d'une force politique sur un espace régional donné, les contraintes ou les facteurs facilitateurs de cette implantation. Plusieurs échelles d'analyse semblent pertinentes. Le socialisme dans toutes ses composantes peut être vu en tant que mobilisateur de masse au niveau local, mais l'étude porte également sur les réseaux mis en place afin d'enraciner une implantation et de créer des fiefs politiques. Enfin l'étude tendra à analyser le rapport de la SFIO puis du Parti socialiste en Aquitaine pris entre les aspirations des électeurs et les directives des instances nationales. Une différenciation peut être faite selon l'importance du maillage, la force de l'organisation politique, le déploiement de réseaux d'influence, d'un département à l'autre mais également à l'intérieur d'un même département. / Aquitaine stands out for being unstable in its votes at the legislative elections. This is paradoxical in a region where real local right-wing and left-wing stronghold has developed, as can be seen from the long local mandates of the socialists René Cassagne, Michel Sainte-Marie or André Labarrère. Research has studied the national authorities of the socialist party, its leaders and the different trends, however, the analysis of the reasons of the strong presence of the socialist party in the region remains incomplete. The subject for this thesis is the creation of a regional network and presence of socialism in Aquitaine from 1958 to 1993.The purpose here is to understand how a given regional area was influenced by political forces, the constraint or the factors which made its presence easier. Several levels of analysis seem to be relevant. Socialism in all its various elements can be seen as capable of attracting a large people’s support at a local level, however the study is also about the networks set up to fix the presence and to create political stronghold . Finally, the study will aim at analyzing the attitude of the elected Socialists caught between the hopes of the voters and the directive of the party leadership. A differentiation can be made according to the importance of the territorial coverage, the strength of the political organization, the display of network of influence, from one department to the other but also within a same department.

La mise en protection de la nature s’accélère et s’étend, le Programme desNations Unies pour l’Environnement (PNUE) dénombre plus de 100 000 sites terrestres et marins protégés. Implantés sur des espaces naturels habités ou fréquentés, la protection motive des missions d’information et d’éducation auprès des résidents et autres usagers de ces sites. Elle conditionne aussi un certain consensus sur les politiques à mettre en oeuvre et le respect des règles édictées. Pensée ainsi, la protection tend à occulter le travail de redéfinition et d’adaptation qu’opèrent les usagers à partir de leurs propres connaissances, expériences et collectifs d’appartenance. Notre recherche va de l’autre côté du miroir et s’intéresse à ce travail invisible que nous étudions sur deux espaces naturels : l’un protégé, le Parc marin du Saguenay—Saint-Laurent, l’autre en projet lors de notre enquête, le Parc naturel marin de l’estuaire de la Gironde et de la mer des Pertuis. En aval de la production des connaissances, des normes et des valeurs naturalistes qui président à l’identification des enjeux environnementaux, il s’agit de comprendre comment les usagers des espaces de nature, à travers leurs pratiques récréatives territorialisées, s’approprient ce qui est considéré comme des enjeux environnementaux. En prenant appui sur un cadre conceptuel qui mobilise la théorie de l’acteur en situation dans le champ de la sociologie de l’environnement, trois grandes hypothèses ont été formulées pour orienter notre questionnement. Ainsi, nous tentons de voir en quoi l’espace naturel, entendu à la fois comme écosystème et comme construction sociale, influence l’appropriation des enjeux environnementaux par les caractéristiques objectives dont il est porteur et les représentations sociales qu’il véhicule, mais également par les politiques de protection mises en oeuvre, ainsi que la proximité au territoire ressentie par ses usagers. Aussi, nous essayons de comprendre comment les usages récréatifs et leur culture associée influent sur cette appropriation à travers la pression du collectif, la légitimité de l’accès au territoire ou des techniques propres à la pratique. Enfin, nous nous intéressons à la « sensibilité écologique » et à « l’engagement vert » des usagers récréatifs pour saisir cette appropriation différenciée. Mobilisant une méthode comparative mixte, nous avons opté pour une démarche qualitative (entretiens et observations) qui permet d’analyser en finesse les différentes variables convoquées, que sont l’origine géographique, l’usage récréatif et ses modalités de pratique, ainsi que la sensibilité écologique et l’engagement vert, mais aussi les caractéristiques sociologiques classiques qui pourraient expliquer l’appropriation des enjeux environnementaux. L’enjeu est de discuter de l’écologisation des sociétés. Écologisation, qui derrière l’idéal d’ensauvagement, participerait plutôt de la domestication des usages de nature et par-là même concourrait à une nouvelle forme de domination sociale. / The protection of nature is accelerating and spreading. The United NationsEnvironment Programme (UNEP) counts more than 100,000 terrestrial and marineprotected areas. Since protection of nature is established on inhabited or visited natural spaces, it justifies information and education missions among people living or using theses sites. It also sets the terms of a consensus on the policies to achieve and the respect of established rules. Therefore, protection tends to conceal the redifinition and adaptation work made by the users according to their own knowledge, experiences and group of affiliation. Our research concentrates on this invisible work observed on two natural sites. One of these sites is a protected site : the Saguenay-St. Lawrence Marine Park. The second one is the Parc marin de l’estuaire de la Gironde et de la mer des Pertuis, which was in a planning stage during our research. More than the production of knowledge, norms and naturalist values, our purpose is to understand how the users of nature, through their leisure customs on definite territories, appropriate themselves what is considered as environmental stakes.We held on a conceptual frame considering the theory of the actor in situation in thefield of environmental sociology and drew three hypothesis guiding our questioning. So, we try to observe how the natural space, considered as an ecosystem and a social construction, influences the appropration of environmental stakes through the objective characteristics and the social representations it carries, as well as through the protection policies and the proximity between the territory and its users. We also try to understand how the leisure customs and their associated culture influence this appropriation via the pressure of the group, the legitimity of the access to the territory or the technics specific to the practice. To conclude, we observe this « ecological sensitivity » and the « green commitment » of customers to understand this differenciated appropriation. We based our research on a mixed comparative method and chose a qualitative approach – interviews and observations – making us able to analyse the different variables that are the geographical origin, the leisure custom and how it is practiced, the ecological sensitivity and the « green commitment », but also the usual sociological characteristics which could make clear the appropriation of the environmental stakes. The purpose is to deal with the ecologisation of societies which, helped by the wilderness ideal, would rather take part in the domestication of the uses of nature, and as a consequence, in a new kind of social domination.

L'objet de cette thèse est de se demander comment améliorer la gestion des zones humides etdes biens/services associés. En intégrant les connaissances pluridisciplinaires aux modèles degestion, nous étudions l'économie comme un outil au service de l'Homme et de la Nature.Nous proposons d'améliorer la gestion des zones humides en combinant une approcheéconomique à une approche biologique de manière à pouvoir rendre compte de la complexitéde ces milieux dans les modèles économiques. Pour ce faire, nous basons cette thèse surl'étude des fonctions écosystémiques fournies par les zones humides, que sont les fonctionsd'habitat, de production et de régulation. La fonction d'habitat est traitée à travers laproblématique de l'accessibilité des zones humides de l'Estuaire de la Gironde aux espècespiscicoles migratrices. La fonction de production, étroitement liée à la fonction d'habitat, estétudiée à travers un modèle théorique de partage d'une zone humide entre productionpiscicole et production agricole. Enfin, nous traitons la fonction de régulation en intégrantcette fonction dans un programme d'incitation à la réduction de rejets de polluants agricoleset de restauration de zones humides. / This thesis aims at improving the management of wetlands and associated goods/services.By integrating multidisciplinary knowledge to management models, we study the economyas a tool that served Human and Nature. We propose to improve wetlands management bycombining an economic approach to a biological approach in order to express the complexityof these environments in economic models. To do so, this thesis is based on the study ofecosystem services provided by wetlands, which are the functions of habitat, production andregulation. Habitat function is studied through the issue of wetlands accessibility in theGironde estuary by migratory fish species. The production function, closely linked to habitatfunction, is studied through a theoretical model of shared wetland between fish productionand agricultural production. Finally, we address the regulation function by integrating thisfunction in a program of incentives to reduce emissions of agricultural pollutants and restorewetlands

Les estuaires, situés à l’interface entre les domaines continental et marin, constituent des zones essentielles dans les échanges de matières. Ils jouent dès lors un rôle capital pour les cycles biogéochimiques et biologiques et subissent, par ailleurs, des pressions climatiques et anthropiques croissantes depuis plusieurs décennies. Le présent travail a été focalisé sur les peuplements benthiques et pélagiques présents dans la partie fluviale (Garonne et Dordogne) de l’estuaire de la Gironde, zone àtrès faible salinité où ces peuplements n’avaient encore jamais été étudiés. Alors que la méiofaune, composée principalement de Nématodes, s’est avérée relativement abondante dans les domaines intertidal et subtidal, le macrobenthos est apparu composé essentiellement d’Oligochètes en intertidal et complètement absent en subtidal. La grande plasticité du copépode dominant Eurytemora affinis a été confirmée, celui-ci occupant une niche écologique différente dans la partie fluviale de l’estuaire par rapport à la zone haline. L’importance de la température plutôt que la qualité du pool nutritif sur la productivité d’E. affinis a été démontrée, mettant en évidence une fois de plus la grande adaptabilité de cette espèce dans un habitat très fluctuant. L’étude de l’habitat benthique et pélagique, notamment en terme de qualité du pool nutritif disponible pour les organismes, a démontré que la contribution de la matière organique réfractaire d’origine terrestre est dominante. La contribution du micro phytobenthos à la composition de la matière organique sédimentaire et pélagique a aussi été mise en évidence. Enfin,l’étude des communautés planctoniques dans la partie fluviale de l’estuaire de la Gironde a montré que l’espèce E. affinis y occupe une position clef. / Being at the interface between continental and marine systems, estuaries are essential areas for matter exchanges. Therefore, they play a crucial role in biological and biogeochemical cycles. In addition to natural fluctuations, these systems have also undergone increasing climate and anthropogenic pressures for several decades. The present work focused on the benthic and pelagic assemblages in the fluvial section (Garonne and Dordogne rivers) of the Gironde estuary, a low salinity area where these communities had never been studied. Meiofauna, mainly composed ofnematodes, was found in relatively high abundance in both intertidal and subtidal zones.Macrozoobenthos was essentially composed of oligochaetes in the intertidal, while it was totally absent in the subtidal areas. The high plasticity of the dominant copepod Eurytemora affinis was confirmed, with a different ecological niche in the freshwater section of the estuary compared to the haline area downstream. The importance of temperature rather than the quality of the nutrient pool on the productivity of E. affinis was demonstrated, thereby confirming the great adaptability of thisspecies to a highly fluctuating habitat. Study of benthic and pelagic habitat, especially in terms of quality of the nutrient pool available to the organisms, showed that the contribution of refractoryorganic matter with a terrestrial origin is dominant. A significant contribution of microphytobenthos to the composition of sedimentary and pelagic organic matter was also highlighted. Finally, the study of planktonic communities in the fluvial part of the Gironde estuary showed that the species E. affinis occupies a key position in this part of the estuary.

La compréhension des processus écologiques affectant la matière transitant ou produite dans les estuaires nécessite une bonne connaissance des facteurs qui contrôlent le développement des différents groupes biologiques et leurs relations trophiques dans le milieu.Les milieux estuariens macrotidaux sont le plus souvent caractérisés par des fortes turbidités qui limitent généralement la production primaire locale. Ils présentent cependant une forte productionsecondaire et des concentrations en chlorophylle non négligeables dans la colonne d’eau. L’une des problématiques demeure donc l’origine de cette production primaire dans les eaux turbides de ces milieux. Cette thèse s’inscrit dans cette logique ; dans la continuité des travaux réalisés précédemment. Elle vise à analyser l’importance et le rôle de la production primaire dans la production globale de l’estuaire de la Gironde. Le présent manuscrit résume ainsi l’ensemble des travaux réalisés et lesrésultats obtenus sur les principaux groupes de producteurs primaires (phytoplancton et microphyto-benthos) présents le long du continuum fluvio-estuarien de la Gironde. Les principales questions qui sont développées dans ce travail structurent ce rapport en trois axes de recherche. Le premier axe permet, au moyen d’une modélisation 1D de transport et réaction, de simuler,dans l’espace et le temps, la dynamique de la chlorophylle-a et des sels nutritifs, témoins d’uneproduction primaire dans le milieu. Les résultats indiquent que la dynamique de la chlorophylle-adans la Gironde reste fortement dépendante des débits et des temps de résidence très courts des massesd’eau, renforçant ainsi une origine allochtone du phytoplancton. Parmi les sources potentielles deproduction d’origine allochtone présents dans la colonne d’eau, les microalgues benthiques jouent unrôle majeur puisqu’elles peuvent être remises en suspension au cours de chaque marée. L’analyse dece compartiment et de sa production a permis dans un second axe de travail, de montrer que les zonesintertidales situées en aval de l’estuaire sont les plus productives et sont majoritairement autotrophes.Elles produiraient relativement plus de matière que les zones situées en amont qui elle, sont fortementinfluencées par les débits des fleuves.Finalement dans le troisième axe, les différentes voies de transfert de la matière organique au seindu réseau trophique, où les copépodes occupent une place prépondérante, sont analysées au moyendu traçage par les isotopes stables de carbone et de l’azote (13C et 15N) / Abstract

Tandis que la Drôle de Guerre est l’occasion d’une première confrontation avec la réglementation et la réquisition, la signature de l’armistice marque pour les entreprises de la Gironde occupée le début d’un dialogue complexe et fécond avec le gouvernement de Vichy et les autorités allemandes. Celles-ci font face à une polycratie franco-allemande, imposant des nouveaux cadres, administratifs et territoriaux, à leur activité. L’entreprise devient un enjeu réel de pouvoir. Apparaissent à la fois des réels points de convergence (aryanisation des « entreprises juives », rémunérations du travail) et d’importantes surfaces de tension (contrôle du port, concentration de la production, départ d’ouvriers pour l’Allemagne). Par ailleurs, le régime de Vichy ne lésine pas sur les moyens, en vue de faire de l’entreprise une vitrine idéologique (Révolution nationale) : cérémonies collectives, structures d’entraide, corporatismes, associations politiques, mouvements collaborationnistes. Armé d’un redoutable arsenal législatif et répressif, il parvient – avec le soutien des Allemands – à en faire un lieu d’exclusion, d’où sont violemment extraits les éléments jugés indésirables, que ce soit pour leurs activités politiques (les communistes) ou pour leur appartenance religieuse abusivement qualifiée de « raciale » (les juifs). À l’inverse, la stratégie consistant à faire de chaque établissement un lieu d’intégration à ses idéaux, ne rencontre qu’un succès mitigé. L’attachement des acteurs de l’entreprise à la personne même du maréchal Pétain, réel au début de la période, s’estompe sous l’effet des épreuves et des sujétions dont sont victimes les Girondins. De ce point de vue, la politique sociale de l’État français (Charte du travail et comités sociaux) ne lui permet pas – sauf exception – de « ramener » patrons et ouvriers dans le giron vichyste. Dans un contexte de graves pénuries (matières premières, main-d’œuvre, moyens de transport), les entreprises girondines cherchent bien des alternatives à ce qu’on appelle communément la « collaboration économique » : utilisation de produits de remplacement, reconversion des activités, réadaptation de l’appareil productif, essor des pratiques illicites (marché noir). Mais rares sont les patrons à ne pas devoir se poser la question de l’opportunité de proposer une offre de services à l’occupant. Cette offre est largement répandue, mais variable selon les métiers, les branches et les temps de l’Occupation. Les occupants tirent ainsi profit des atouts du tissu économique local, puisqu’ils parviennent à intégrer à leur économie de guerre les industries anciennement mobilisées pour la Défense nationale et plus encore les richesses tirées du sol girondin : le bois, la résine, le vin. / While the Phoney War occasioned a first confrontation with regulations and requisition, the signing of the Armistice marked the start of a complex period for the enterprises in occupied Gironde, in that it prompted a fruitful dialogue with the Vichy government and the German authorities. These enterprises faced a French German polycracy, which imposed new administrative and territorial executives on their activities. Enterprise became a real power issue. There were points of convergence (the aryanisation of “Jewish enterprises”, the remuneration of work) as there were of conflict (the control of the port, the concentration of production, the workers' departure for Germany). Moreover, the Vichy regime did all it could to make enterprise an ideological showcase (“Révolution Nationale”): ceremonies, support groups, corporatism, political associations, collaborationist movements. Armed with a formidable legislative and repressive arsenal, it managed – with the support of the Germans – to create a place of exclusion, from which were violently removed, any elements that were judged undesirable either for their political activities (communists) or for their religious affiliation, abusively qualified as “racial” (Jews). On the contrary, the strategy which consisted in making each establishment a place of integration of its ideals, was not met with much success. The attachment that the actors of the enterprises had for Maréchal Pétain himself, which was very real in the beginning, soon faded with the trials and constraints that the people of Gironde had to suffer. From this point of view, the social policy of the French State (“Charte du Travail”) did not allow it – with some exceptions – to “bring” employers and workers back to the Vichy realm. In a context of severe shortage (primary goods, labour and means of transport), enterprises in Gironde looked for alternatives to what we commonly call the “economic collaboration”: use of products of replacement, reconversion of activities, readjustment of the productive machine, development of illicit practices (black market). Few entrepreneurs, however, missed the business opportunity that lay in offering their services to the occupying forces. These services were widespread, but varied according to jobs, fields of activity and times of the Occupation. In this way, the occupying forces benefited, from the strengths of the local economic fabric, since they managed to integrate into their war economy not only the industries that had earlier been mobilized for the “Défense Nationale” but also the natural resources of the land: wood, resin, wine.

Depuis de nombreuses années, les évaluations de la faune circulante au sein de l’estuaire de la Gironde s’appuient sur plusieurs dispositifs de suivis ichtyologiques, chroniques de pêches scientifiques et professionnelles. Cependant, ces approches conventionnelles nécessitent souvent un échantillonnage conséquent, restent ponctuelles dans le temps, spatialement limitées et destructrices. Tester la mise en œuvre d’un suivi acoustique prend ainsi toute son sens et son intérêt. Plus largement appliqué en milieux marin et lacustre, cette approche reste encore rarement utilisée en estuaires. En raison de l’extrême variabilité intrinsèque de ce type d’écosystème, la mise en œuvre de cet outil est un réel défi. En s’appuyant sur la connaissance préalablement acquise, une réflexion méthodologique approfondie a été menée pour définir des stratégies d’échantillonnage acoustiques afin d’optimiser la récolte de ce type de données. Plusieurs stratégies acoustiques ont d’abord été testées en tenant compte de la complexité et de la taille importante de l’écosystème étudié. La pertinence de ces données recueillies a ensuite été confrontée aux données des pêches scientifiques. Enfin, l’hydroacoustique a été mis à profit pour répondre à des questions sur la dynamique ichtyologique à des échelles spatiales et temporelles plus fines notamment pour étudier les influences tidales et nycthémérales. Ce travail démontre qu’il est possible de mettre en place un suivi acoustique des peuplements ichtyologiques pour un estuaire comme la Gironde. Comme outil complémentaire aux approches traditionnelles, l’hydroacoustique ouvre un large champ de possibilités pour appréhender la biocénose piscicole pour les milieux estuariens. / For many years, assessments of fish densities within the Gironde estuary have been based on a number of different fish monitoring techniques, as well as professional and scientific surveys. However, these approaches are often destructive. They require substantial sampling, and are limited from the points of view of both time and space. With this in mind, the benefits of non-invasive acoustic monitoring are clear. While such methods are often used in lakes and other marine environments, they have yet to be widely applied to shallow-water areas, in particular estuaries. Applying an acoustic approach to this kind of intrinsically changeable environment represents a real challenge. In this research project, an in-depth methodological study was carried out to determine the optimum way of applying acoustic sampling. Several acoustic monitoring strategies were then tested, keeping in mind the size and complexity of the ecosystem under investigation. The results of these tests were then checked for relevance against data from scientific fisheries. Finally, hydroacoustics was used to examine fish dynamics at finer spatial and temporal scales, notably in the study of diurnal and tidal influences. The results of this study show that it is possible to use acoustic monitoring to complement traditional methods of estimating fish populations in estuarine areas, and that the use of such a combination opens up a broad range of new possibilities.

L’estuaire de la Gironde est le plus grand estuaire macrotidal d’Europe formé par la confluence de la Garonne (où se situe l’agglomération de Bordeaux) et de la Dordogne. L’une de ses principales caractéristiques est la présence d’une zone à forte turbidité (bouchon vaseux) où les processus hétérotrophes (dégradation de la matière organique) sont favorisés et où au contraire les processus autotrophes (production primaire) sont limités par le manque de lumière. Ainsi, des déficits en oxygène pouvant être préjudiciables à la vie aquatique se développent systématiquement dans la zone du bouchon vaseux de la Garonne estuarienne. Ces préoccupations environnementales ont donc conduit à étudier en détail dans le cadre de ce travail de doctorat, les facteurs environnementaux qui provoquent ces hypoxies estuariennes. Dans un premier temps, j’ai réalisé un suivi sur le réseau d’eaux urbaines partiellement séparatif et unitaire de la Communauté Urbaine de Bordeaux, de ses stations d’épurations et déversoirs d’orage afin d’appréhender les apports urbains de matières organique et azotées et de les comparer à ceux en provenance du bassin versant amont. Bien que les deux stations d’épuration réalisent des abattements très significatifs sur la matière organique et l’ammonium, il s’avère que les flux vers le milieu naturel restent importants, notamment durant les périodes estivales, pendant lesquelles des orages peuvent engendrer des déversements d’effluents non traités. Ensuite, des expériences d’incubations ont permis de mettre en évidence le caractère fortement labile de cette matière organique urbaine. Le carbone organique dissous et l’ammonium, contenus dans les eaux usées, sont des composés fortement consommateurs en oxygène. Des expériences de respirométrie ont également permis d’estimer les taux de consommation en oxygène nettement plus importants dans les effluents urbains que dans les eaux de la Gironde. Enfin, l’analyse des données du réseau de mesures en continu de la qualité physico-chimique des eaux MAGEST (MArel Gironde ESTuaire) a démontré que l’estuaire subit dans sa section garonnaise des périodes d’hypoxie lors d’étiages prononcés, la masse d’eau la plus affectée par ces désoxygénations étant celle qui oscille aux alentours de l’agglomération de Bordeaux. Si ces résultats démontrent l’impact significatif de l’agglomération Bordelaise, le traitement statistique des données MAGEST pour la période 2005-2011 montre que les phénomènes de désoxygénation sont accrus en période d’étiage prononcé, en présence du bouchon vaseux et lorsque la température de l’eau est élevée. Dans ces conditions, l’oxygène dissous, déjà présent en faible quantité, peut être rapidement consommé lors d’apports supplémentaires d’eaux urbaines non traitées qui ont lieu pendant de fortes précipitations orageuses. Ce travail démontre également que le type de traitement biologique des eaux usées employé par les stations d’épuration et les capacités de stockage temporaire d’eaux d’orages ont un rôle critique sur les bilans de ces composés rejetés dans le milieu naturel. Enfin, ce travail permet de proposer aux gestionnaires des stratégies de rejets des effluents à court et moyen terme, en fonction des conditions hydrologiques et physico-chimiques du milieu, dans le but de limiter leur impact sur l’oxygénation des eaux estuariennes de la Garonne. / The Gironde Estuary is the largest macrotidal estuary in Western Europa, formed by the Garonne River (where the urban area of Bordeaux is located) and the Dordogne River. One of its main characteristics is the presence of a Turbidity Maximum Zone (TMZ) where heterotrophic processes (organic matter decomposition) are favored and where low penetration of light limits autotrophic processes (photosynthetic activity). Low dissolved oxygen (DO) that could impact aquatic biota occurred exclusively in the fluvial, low salinity and high turbidity sections of the estuary. These environmental concerns have led to study in detail in this work factors that cause estuarine hypoxia. First, I have estimated organic matter and ammonium fluxes from urban inputs in separate and combined sewer network of the Urban Community of Bordeaux, its wastewater treatment plants (WWTP) and combined sewer overflow, to compare them to the upstream watershed inputs. Even if the two WWTPs succeed in significant reduction in organic matter and ammonium contents of effluents, discharges into estuarine waters are important especially during summer, periods while storm events can generate untreated effluent inputs. This work demonstrates the high lability of this urban organic matter through incubation experiments. The dissolved organic carbon and ammonium contents in wastewater consume oxygen. Respirometry experiments allowed us to estimate higher oxygen uptake rates in wastewater than in the waters of the Gironde Estuary. Finally, the analysis of 7-yr data series from the continuous monitoring of the physico-chemical water quality (MAGEST network: MArel Gironde ESTuary) highlights periods of hypoxia in the upstream section of the estuary during pronounced low water around the Bordeaux conurbation. Statistical treatments of the 7-yr time series of DO concentration demonstrate the significant impact of the Bordeaux metropolitan area as it appears that the under-oxygenations increase during marked low water, in the presence of the TMZ, when the water temperature is high, and where the dissolved oxygen content is already low and can be quickly consumed after untreated storm water discharges. This study also shows that the nature of biological treatment used by the WWTPs and the temporary storage capacity of storm water have a critical role in the release of such compounds into the environment. This work finally provides strategies for effluent discharges to water managers, to short and medium terms, based on hydrological and physico-chemical conditions of the environment in order to limit their impact on the water oxygenation of the Garonne River.

Les estuaires sont des écosystèmes aquatiques particulièrement soumis au changement global et notamment à la pollution par de nombreux xénobiotiques pouvant présenter un risque écotoxicologique et sanitaire. En toxicologie environnementale et en évaluation des risques la bioaccumulation est un processus fondamental car elle contrôle les doses internes de toxiques potentiels. Or les flux de contamination et de décontamination des organismes dépendent de processus internes (e.g. nutrition, croissance) eux-mêmes dépendant des conditions environnementales (e.g. température, nourriture) qui peuvent être affectées par le changement global.Dans ce contexte, cette thèse se propose de décrire, dans un cadre de modélisation mécaniste, les processus de bioaccumulation de deux familles de polluants organiques persistants (POP) halogénés potentiellement toxiques et bioaccumulables, aux propriétés physico-chimiques contrastées : les polychlorobiphényles (PCB, composés historiques fortement lipophiles) et les substances perfluorées (PFAS, composés émergents amphiphiles). Ce travail se focalise sur l’estuaire de la Gironde dont la fonction de nourricerie est fondamentale pour de nombreuses espèces de poissons marins dont la sole commune (Solea solea), souvent utilisée comme indicatrice de la qualité des nourriceries côtières et estuariennes.Pour permettre de tenir compte des fluctuations des conditions environnementales sur la bioaccumulation, dans la première partie de ce travail, j’ai développé un modèle de toxicocinétique(TK) couplé avec un modèle mécaniste bioénergétique basé sur la théorie DEB (Dynamic Energy Budget). Ce modèle DEB a été paramétré pour la sole commune et calibré pour chaque sexe (package DEB tool). Il permet de prédire les principales évolutions des fonctions physiologiques d’intérêt en bioaccumulation (ingestion, croissance, reproduction...), tout au long du cycle de vie d’un individu, en fonction de conditions environnementales dynamiques. Le modèle TK développé a été complexifié par l’ajout d’un flux d’élimination de contaminants, non considéré dans les précédents modèles DEB-TK.La calibration des paramètres toxicocinétiques (TK) du modèle, pour 4 congénères de PCB, est basée sur une méthode innovante de prise en compte de la variabilité individuelle d’ingestion, appliquée à une expérimentation de contamination de juvéniles de sole via leur nourriture. Ce travail a montré que même en tenant compte de l’ingestion de chaque poisson, l’assimilation efficace de contaminant était très variable et corrélée aux taux de lipides des individus. Dans une seconde partie, ce modèle a été appliqué aux conditions in situ de l’estuaire de la Gironde. Il a permis de mettre en évidence la forte influence de la composition du régime alimentaire sur la variabilité de l’âge à la maturité sexuelle et de la contamination des soles pour les deux familles de contaminant étudiées. La confrontation des prédictions du modèle aux mesures de contaminants dans les juvéniles de sole de l’estuaire a permis de calibrer les paramètres TK du composé majeur de chaque famille dans l’environnement (CB153 et PFOS). Cette calibration a conduit à deux constats dans le cadre de l’évaluation du risque : (1) un manque de connaissances pour extrapoler les calibrations de paramètres TK en conditions contrôlées vers les conditions naturelles ; (2) la différence d’erreur d’évaluation du risque liée à l’utilisation des mêmes paramètres TK «les plus pessimistes » quels que soient les composés. Enfin, des scenarios prospectifs simples ont été développés pour illustrer ces résultats et les possibles applications du modèle développé.In fine, ces prédictions de la contamination, de la croissance et du développement des soles pourront être reliées, lors de travaux ultérieurs, à des effets potentiels sur les fonctions physiologiques de la sole (modèles DEBtox), et aux conséquences sur la dynamique des populations de soles (e.g.modèles matriciels de population). / Estuarine ecosystems are particularly impacted by global change and, specifically, bychemical pollution from numerous xenobiotics that may be associated to ecotoxicological and health risks. In environmental toxicology and risk assessment, bioaccumulation is a fundamental process as it controls the internal doses of potential toxicants in organisms. However, the contamination and decontamination flows depend on internal processes thatare themselves dependent on environmental conditions (e.g. temperature, food) and thus on the other variables of global change.In this context, this manuscript aims at describing, within a mechanistic modelling framework, the bioaccumulation processes of two families of potentially toxic and bioaccumulable halogenated persistent organic pollutants (POPs) with contrasting physicochemical properties: the polychlorinated biphenyls (PCBs, highly lipophilic historical compounds) and the perfluorinated substances (PFAS, amphiphilic emerging compounds).This work focuses on the Gironde estuary whose nursery function is fundamental for many species of marine fish including the common sole (Solea solea), often used as an indicator of the quality of coastal and estuarine bursary grounds. In order to account for the influence of environmental conditions on bioaccumulation, the first part of this work consisted in developing a toxicokinetic model (TK) coupled with a mechanistic bioenergetic model based on the theory DEB (Dynamic Energy Budget). This DEBmodel has been parameterized for common sole and calibrated for each sex (packageDEBtool). It allows predicting the main evolution of the physiological functions of interest forbioaccumulation (ingestion, growth, reproduction...) throughout the life cycle of an individualaccounting for dynamic environmental conditions. The developed TK model was first calibrated for some PCBs, under controlled conditions, using an innovative method to take into account individual ingestion variability. This work showed that even if the individual ingestion of each fish is accounted for, the effective assimilation of contaminant is very variable and correlated with the lipid levels of the individuals. The application of the model tothe in situ conditions of the Gironde estuary led to identify that, whatever the contaminant family, the composition of the soles diet had a strong influence on the variability of soles contamination and age at sexual maturity. The comparison of model predictions with measurements made in juveniles of the estuary allowed calibrating the TK parameters values for the major compound of each family in the environment (CB153 and PFOS). This calibration led to two observations in the context of a risk assessment: (1) a lack of knowledge to extrapolate calibrations of TK parameters under controlled conditions to natural conditions;(2) the difference in risk assessment error related to the use of the same "worst case" TK parameters regardless of the compounds. Lastly, simple prospective scenarios have beendeveloped to illustrate these results and the possible applications of the model developed.Ultimately, these predictions of soles contamination, growth and development may be related in future work to potential effects on the physiological functions of sole (DEBtox models), and to consequences on soles population dynamics (e.g. matrix population models).