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Análise de polimorfismo cromossômico em Mazama gouazoubira (Artiodactyla; Cervidae) : implicações para a evolução cariotípica em cervidae /

Tomazella, Iara Maluf. January 2016 (has links)
Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Banca: Patrícia Pasquali Parise Maltempi / Banca: Fausto Foresti / Banca: Denise Crispim Tavares / Banca: Jackson Antônio Marcondes de Souza / Resumo: Mazama gouazoubira (2n=70; NF=70), popularmente chamado de veado-catingueiro, é conhecido por apresentar fragilidade cromossômica, responsável pela variação cromossômica intraespecífica, caracterizada pela presença de translocações Robertsonianas e cromossomos B. Não existem dados sobre a localização das regiões cromossômicas envolvidas com os rearranjos em M. gouazoubira e com a possível existência de sítios frágeis (SFs) nos pontos em que ocorrem esses rearranjos. Assim, torna-se necessário avaliar o polimorfismo cromossômico apresentado pela espécie e identificar os SFs, investigando sua relação com o polimorfismo. Dos 135 animais analisados, 68 (50,37%) são individuos variantes, 47 animais (69,12%) apresentaram cromossomos B, seis animais (8,82%) são heterozigotos para uma translocação Robertsoniana, um indivíduo (1,47%) é homozigoto para uma translocação Robertsoniana, 14 animais (20,59%) são portadores de cromossomos B e heterozigotos para uma translocação Robertsoniana. Foram identificados sete tipos distintos de translocações (X;16, X;21, 7;21, 8;21, 4;16, 20;26, 14;16), envolvendo nove cromossomos diferentes. As translocações X-autossômicas foram confirmadas pelas técnicas de banda C, coloração Ag-RON, hibridização in situ fluorescente (FISH) com sondas teloméricas e pintura cromossômica com a sonda específica do cromossomo X. Foi observada uma grande variabilidade de cromossomos B entre os indivíduos analisados, sendo esses cromossomos altamente heterogêneos em rela... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Mazama gouazoubira (2n = 70; FN = 70), popylarly known as brown brocket deer, is known to have chromosomal fragility, which is responsible for intraspecific chromosome variation, characterized by the presence of Robertsonian translocations and B chromosomes. There are no data of the location of the chromosome regions involved in rearrangements of M. gouazoubira and the possible existence of fragile sites (FSs) in points where breaks occur. Thus, it is necessary to evaluate the chromosomal polymorphism presented by this species and to identify the FSs, investigating the relationship between FSs and polymorphism. Were analyzed 135 animals, of which 68 (50.37%) were variant individuals, 47 animals (69.12%) had B chromosomes, six animals (8.82%) were heterozygous for a Robertsonian translocation, one individual (1.47%) was homozygous for a Robertsonian translocation, 14 animals (20.59%) presented both B chromosomes and heterozygotes for a Robertsonian translocation. Were identified seven different types of translocations (X;16, X;21, 4;16, 14;16, 7;21, 20;26, 8;21) involving nine different chromosomes. X-autosomal translocations were confirmed by C-banding, Ag-NOR staining, Fluorescence in situ hybridization (FISH) with telomeric probes and chromosome painting with X chromosome-specific probe. A large variability of B chromosomes was observed among the analyzed individuals. These chromosomes were highly heterogeneous in relation to pattern of heterochromatin distribution, presence and amount of rDNA in nucleolar organizer region (NOR), lozalization of telomeric sequences and homologies between chromosome complements A and B. Aphidicolin was an efficient inducer of common fragile sites (CFSs), showing the occurrence of CFSs in gaps and breaks, both chromatid and chromosomal. The G-banding located 531 CFSs distributed in 18 chromosome (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Investigação da tolerância de Borreria latifolia (Aubl) e Richardia brasiliensis (Gomes) a Glyphosate e competitividade com a cultura da soja / Research on the tolerance of Borreria latifolia (Aubl) and Richardia brasiliensis (Gomes) to Glyphosate and competitiveness with soybean

Diesel, Francielli 13 December 2016 (has links)
CAPES / Espécies de plantas daninhas tolerantes aos herbicidas estão amplamente disseminadas em todas as regiões brasileiras. O objetivo desta pesquisa foi ampliar as informações sobre espécies/biótipos da família Rubiaceae que permitam um melhor entendimento da variação da sua tolerância ao herbicida glyphosate, dos mecanismos fisiológicos e genéticos associados à tolerância e das perdas por competição das mesmas com a cultura da soja. Populações das espécies rubiáceas Borreria latifolia e Richardia brasiliensis foram coletadas no estado do Paraná e Norte de Santa Catarina. O primeiro estudo, que avaliou a resposta a doses de glyphosate nestas espécies/populações, foi conduzido em delineamento inteiramente casualizado (DIC), em esquema bifatorial, sendo o primeiro fator as populações de cada espécie (B. latifolia e R. brasiliensis), e o segundo níveis de glyphosate (0, 74, 163, 360, 792 e 1742 g ha-1 de e.a.). Foram avaliados o controle visual aos 14 e 28 dias após aplicação (DAA), massa da parte aérea verde (MPAV) e seca (MPAS) aos 28 DAA. A investigação da absorção e translocação com glyphosate marcado radioativamente (14C) foi conduzida em DIC, com três repetições, em esquema bifatorial, sendo o primeiro fator espécies/biótipos com resposta contrastante ao glyphosate e o segundo fator sete períodos de avaliação (2, 8, 24, 48 e 72 horas após aplicação com o herbicida (HAA)). Dois estudos foram realizados em casa-de-vegetação, em DIC para quantificar ceras epicuticulares presentes na superfície das folhas das espécies rubiáceas. O primeiro foi arranjado em esquema fatorial 6 x 2, com seis biótipos, três de B. latifolia e três de R. brasiliensis (sensível, média tolerância e alta tolerância para cada espécie) submetidos aos regimes próximo a capacidade de campo do solo (CC) e próximo ao ponto de murcha permanente (PMP). Posteriormente, foi procedida a extração das ceras epicuticulares com solventes e sua quantificação por pesagem. O segundo estudo foi arranjado em fatorial 2 x 3 x 5, sendo o primeiro fator as condições hídricas do solo (CC e PMP), o segundo fator três biótipos com respostas contrastantes ao glyphosate e o terceiro fator doses do herbicida glyphosate 0,72, 163, 360 e 792 g e.a. ha-1. Foram determinados os níveis de controle das plantas aos 14 e 28 DAA, MPAV e MPAS aos 28 DAA. Um estudo determinou a variabilidade genética existente entre indivíduos e populações de espécies B. latifolia e R. brasiliensis com respostas distintas ao herbicida glyphosate (sensível e com maior tolerância) através da técnica RAPD. Dois estudos conduzidos em delineamento blocos ao acaso com quatro repetições, em esquema bifatorial para determinar a capacidade competitiva de espécies rubiáceas com a cultura da soja. O primeiro fator foi constituído pelas espécies B. latifolia e R. brasiliensis e o segundo pelas densidades 0, 2, 4, 6, 8, 10 e 12 plantas m-2. Foram avaliadas a altura de planta, área foliar e clorofila total nos estádios V6 e R5 da cultura, número de vagens por planta, número de grãos por vagem, massa de 1000 grãos e perda de rendimento de grãos. Houve variabilidade de resposta ao herbicida glyphosate entre os biótipos das espécies B. latifolia e R. brasiliensis coletados em diferentes locais do Paraná e Santa Catarina. A maior parte do herbicida absorvido ficou depositada na folha tratada, com maior translocação no biótipo sensível apenas nas avaliações efetuadas 48 e 72 HAA. A produção de ceras epicuticulares foi incrementada pelo déficit hídrico, com maior ênfase nos biótipos mais tolerantes ao glyphosate para ambas as espécies. Os marcadores RAPD foram satisfatórios na detecção de polimorfismo entre os indivíduos pertencentes a biótipos de B. latifolia e R. brasiliensis com respostas contrastantes ao herbicida glyphosate. A espécie B. latifolia foi mais competitiva com a cultura da soja, comparativamente à R. brasiliensis, provocando maiores perdas em todas as variáveis analisadas. / Herbicide tolerant weed species are widely disseminated in all Brazilian regions. The objective of this research was to increase the information about the glyphosate tolerance on species / biotypes of the family Rubiaceae, allowing a better understanding of the physiological and genetic mechanisms associated to the tolerance and the soybean losses caused due to interference. Populations of Borreria latifolia and Richardia brasiliensis were sampled in the States of Paraná and Santa Catarina. The first study, which evaluated the response to doses of glyphosate in these species / populations, was conducted in a completely randomized design (DIC) in a bifactorial scheme, with the first factor being the populations of each species (B. latifolia and R. brasiliensis), and the second the glyphosate level (0, 74, 163, 360, 792 and 1742 g ha-1 of ea). Visual control at 14 and 28 days after application (DAA), green aerial part mass (MPAV) and dry matter (MPAS) at 28 DAA were evaluated. The investigation of the absorption and translocation with radiophase (14C) -labeled glyphosate was conducted in DIC, with three replicates, in a bifactorial scheme, being the first factor species / biotypes with a glyphosate response and the second factor seven periods of evaluation (2,8 , 24, 48 and 72 hours after application with the herbicide (HAA). Two studies were carried out in greenhouse, in DIC to quantify epicuticular waxes present on the surface of the leaves of the rubiaceous species. The first one was arranged in a 6 x 2 factorial scheme, with six biotypes, three of B. latifolia and three of R. brasiliensis (sensitive, medium tolerance and high tolerance for each species) submitted to the regimes near soil field capacity (CC) and near the permanent wilting point (PMP). Subsequently, the epicuticular waxes were extracted with solvents and quantified by weighing. The second factor was arranged in factorial 2 x 3 x 5, the first factor being the soil water conditions (CC and PMP), the second factor three biotypes with contrasting responses to glyphosate and the third factor doses of the glyphosate herbicide 0, 72, 163, 360 and 792 g and ha-1. The plants control levels were determined at 14 and 28 DAA, MPAV and MPAS at 28 DAA. Another study determined the genetic variability among individuals and populations of B. latifolia and R. brasiliensis species with different responses to the herbicide glyphosate (sensitive and with greater tolerance) using the RAPD technique. Two studies conducted in a randomized complete block design with four replications, in a two - factorial scheme to determine the competitive capacity of rubiaceous species with soybean culture. The first factor consisted of the species B. latifolia and R. brasiliensis and the second by the plant density (0, 2, 4, 6, 8, 10 and 12 plants m-2). Plant height, leaf area and total chlorophyll in the V6 and R5 stages of the crop, number of pods per plant, number of grains per pod, mass of 1000 grains and loss of grain yield were evaluated. There was variability of response to glyphosate among the biotypes of B. latifolia and R. brasiliensis species collected in different locations of Paraná and Santa Catarina. Most of the absorbed herbicide was deposited on the treated leaf, with the highest translocation in the sensitive biotype only in the 48 and 72 HAA evaluations. The production of epicuticular waxes was increased by water deficit, with greater emphasis on glyphosate tolerant biotypes for both species. The RAPD markers were satisfactory in detecting polymorphism among individuals belonging to B. latifolia and R. brasiliensis biotypes with contrasting responses to glyphosate herbicide. The species B. latifolia was more competitive with the soybean crop, compared to R. brasiliensis, causing higher losses in all variables.
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Investigação da tolerância de Borreria latifolia (Aubl) e Richardia brasiliensis (Gomes) a Glyphosate e competitividade com a cultura da soja / Research on the tolerance of Borreria latifolia (Aubl) and Richardia brasiliensis (Gomes) to Glyphosate and competitiveness with soybean

Diesel, Francielli 13 December 2016 (has links)
CAPES / Espécies de plantas daninhas tolerantes aos herbicidas estão amplamente disseminadas em todas as regiões brasileiras. O objetivo desta pesquisa foi ampliar as informações sobre espécies/biótipos da família Rubiaceae que permitam um melhor entendimento da variação da sua tolerância ao herbicida glyphosate, dos mecanismos fisiológicos e genéticos associados à tolerância e das perdas por competição das mesmas com a cultura da soja. Populações das espécies rubiáceas Borreria latifolia e Richardia brasiliensis foram coletadas no estado do Paraná e Norte de Santa Catarina. O primeiro estudo, que avaliou a resposta a doses de glyphosate nestas espécies/populações, foi conduzido em delineamento inteiramente casualizado (DIC), em esquema bifatorial, sendo o primeiro fator as populações de cada espécie (B. latifolia e R. brasiliensis), e o segundo níveis de glyphosate (0, 74, 163, 360, 792 e 1742 g ha-1 de e.a.). Foram avaliados o controle visual aos 14 e 28 dias após aplicação (DAA), massa da parte aérea verde (MPAV) e seca (MPAS) aos 28 DAA. A investigação da absorção e translocação com glyphosate marcado radioativamente (14C) foi conduzida em DIC, com três repetições, em esquema bifatorial, sendo o primeiro fator espécies/biótipos com resposta contrastante ao glyphosate e o segundo fator sete períodos de avaliação (2, 8, 24, 48 e 72 horas após aplicação com o herbicida (HAA)). Dois estudos foram realizados em casa-de-vegetação, em DIC para quantificar ceras epicuticulares presentes na superfície das folhas das espécies rubiáceas. O primeiro foi arranjado em esquema fatorial 6 x 2, com seis biótipos, três de B. latifolia e três de R. brasiliensis (sensível, média tolerância e alta tolerância para cada espécie) submetidos aos regimes próximo a capacidade de campo do solo (CC) e próximo ao ponto de murcha permanente (PMP). Posteriormente, foi procedida a extração das ceras epicuticulares com solventes e sua quantificação por pesagem. O segundo estudo foi arranjado em fatorial 2 x 3 x 5, sendo o primeiro fator as condições hídricas do solo (CC e PMP), o segundo fator três biótipos com respostas contrastantes ao glyphosate e o terceiro fator doses do herbicida glyphosate 0,72, 163, 360 e 792 g e.a. ha-1. Foram determinados os níveis de controle das plantas aos 14 e 28 DAA, MPAV e MPAS aos 28 DAA. Um estudo determinou a variabilidade genética existente entre indivíduos e populações de espécies B. latifolia e R. brasiliensis com respostas distintas ao herbicida glyphosate (sensível e com maior tolerância) através da técnica RAPD. Dois estudos conduzidos em delineamento blocos ao acaso com quatro repetições, em esquema bifatorial para determinar a capacidade competitiva de espécies rubiáceas com a cultura da soja. O primeiro fator foi constituído pelas espécies B. latifolia e R. brasiliensis e o segundo pelas densidades 0, 2, 4, 6, 8, 10 e 12 plantas m-2. Foram avaliadas a altura de planta, área foliar e clorofila total nos estádios V6 e R5 da cultura, número de vagens por planta, número de grãos por vagem, massa de 1000 grãos e perda de rendimento de grãos. Houve variabilidade de resposta ao herbicida glyphosate entre os biótipos das espécies B. latifolia e R. brasiliensis coletados em diferentes locais do Paraná e Santa Catarina. A maior parte do herbicida absorvido ficou depositada na folha tratada, com maior translocação no biótipo sensível apenas nas avaliações efetuadas 48 e 72 HAA. A produção de ceras epicuticulares foi incrementada pelo déficit hídrico, com maior ênfase nos biótipos mais tolerantes ao glyphosate para ambas as espécies. Os marcadores RAPD foram satisfatórios na detecção de polimorfismo entre os indivíduos pertencentes a biótipos de B. latifolia e R. brasiliensis com respostas contrastantes ao herbicida glyphosate. A espécie B. latifolia foi mais competitiva com a cultura da soja, comparativamente à R. brasiliensis, provocando maiores perdas em todas as variáveis analisadas. / Herbicide tolerant weed species are widely disseminated in all Brazilian regions. The objective of this research was to increase the information about the glyphosate tolerance on species / biotypes of the family Rubiaceae, allowing a better understanding of the physiological and genetic mechanisms associated to the tolerance and the soybean losses caused due to interference. Populations of Borreria latifolia and Richardia brasiliensis were sampled in the States of Paraná and Santa Catarina. The first study, which evaluated the response to doses of glyphosate in these species / populations, was conducted in a completely randomized design (DIC) in a bifactorial scheme, with the first factor being the populations of each species (B. latifolia and R. brasiliensis), and the second the glyphosate level (0, 74, 163, 360, 792 and 1742 g ha-1 of ea). Visual control at 14 and 28 days after application (DAA), green aerial part mass (MPAV) and dry matter (MPAS) at 28 DAA were evaluated. The investigation of the absorption and translocation with radiophase (14C) -labeled glyphosate was conducted in DIC, with three replicates, in a bifactorial scheme, being the first factor species / biotypes with a glyphosate response and the second factor seven periods of evaluation (2,8 , 24, 48 and 72 hours after application with the herbicide (HAA). Two studies were carried out in greenhouse, in DIC to quantify epicuticular waxes present on the surface of the leaves of the rubiaceous species. The first one was arranged in a 6 x 2 factorial scheme, with six biotypes, three of B. latifolia and three of R. brasiliensis (sensitive, medium tolerance and high tolerance for each species) submitted to the regimes near soil field capacity (CC) and near the permanent wilting point (PMP). Subsequently, the epicuticular waxes were extracted with solvents and quantified by weighing. The second factor was arranged in factorial 2 x 3 x 5, the first factor being the soil water conditions (CC and PMP), the second factor three biotypes with contrasting responses to glyphosate and the third factor doses of the glyphosate herbicide 0, 72, 163, 360 and 792 g and ha-1. The plants control levels were determined at 14 and 28 DAA, MPAV and MPAS at 28 DAA. Another study determined the genetic variability among individuals and populations of B. latifolia and R. brasiliensis species with different responses to the herbicide glyphosate (sensitive and with greater tolerance) using the RAPD technique. Two studies conducted in a randomized complete block design with four replications, in a two - factorial scheme to determine the competitive capacity of rubiaceous species with soybean culture. The first factor consisted of the species B. latifolia and R. brasiliensis and the second by the plant density (0, 2, 4, 6, 8, 10 and 12 plants m-2). Plant height, leaf area and total chlorophyll in the V6 and R5 stages of the crop, number of pods per plant, number of grains per pod, mass of 1000 grains and loss of grain yield were evaluated. There was variability of response to glyphosate among the biotypes of B. latifolia and R. brasiliensis species collected in different locations of Paraná and Santa Catarina. Most of the absorbed herbicide was deposited on the treated leaf, with the highest translocation in the sensitive biotype only in the 48 and 72 HAA evaluations. The production of epicuticular waxes was increased by water deficit, with greater emphasis on glyphosate tolerant biotypes for both species. The RAPD markers were satisfactory in detecting polymorphism among individuals belonging to B. latifolia and R. brasiliensis biotypes with contrasting responses to glyphosate herbicide. The species B. latifolia was more competitive with the soybean crop, compared to R. brasiliensis, causing higher losses in all variables.
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Mutações do gene codificador da enzima metilenotetraidrofolato redutase e sua associação com a trissomia do cromossomo 21

Acácio, Gregório Lorenzo 03 August 2018 (has links)
Orientador: Ricardo Barini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:35:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Acacio_GregorioLorenzo_D.pdf: 535867 bytes, checksum: 20a91322410977607d4766de399beaa5 (MD5) Previous issue date: 2004 / Doutorado
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Caracterização de alterações epigenéticas no gene JARID1C e desequilíbrios genéticos como causas do retardo mental ligado ao x de etiologia idiopática / Characterization of epigenetic alterations in JARID1C gene and genetic imbalance as causes of X-linked mental retardation of idiopathic etiology

Natalia Fintelman Rodrigues 17 February 2011 (has links)
Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / O retardo mental (RM) é caracterizado por um funcionamento intelectual significantemente abaixo da média (QI<70). A prevalência de RM varia entre estudos epidemiológicos, sendo estimada em 2-3% da população mundial, constituindo assim, um dos mais importantes problemas de saúde pública. Há um consenso geral de que o RM é mais comum no sexo masculino, um achado atribuído às numerosas mutações nos genes encontrados no cromossomo X, levando ao retardo mental ligado ao X (RMLX). Dentre os genes presentes no cromossomo X, o Jumonji AT-rich interactive domain IC (JARID1C) foi recentemente identificado como um potencial candidato etiológico do RM, quando mutado. O JARID1C codifica uma proteína que atua como uma desmetilase da lisina 4 da histona H3 (H3K4), imprescindível para a regulação epigenética. Tão recente como a identificação do gene JARID1C, é a descoberta de que mudanças no número de cópias de sequências de DNA, caracterizadas por microdeleções e microduplicações, poderiam ser consideradas como razões funcionalmente importantes de RMLX. Atualmente, cerca de 5-10% dos casos de RM em homens são reconhecidos por ocorrerem devido a estas variações do número de cópias no cromossomo X. Neste estudo, investigamos mutações no gene JARID1C, através do rastreamento dos éxons 9, 11, 12, 13, 15 e 16, em 121 homens de famílias com RM provavelmente ligado ao X. Paralelamente, realizamos a análise da variação do número de cópias em 16 genes localizados no cromossomo X através da técnica de MLPA no mesmo grupo de pacientes. Esta metodologia consiste em uma amplificação múltipla que detecta variações no número de cópias de até 50 sequências diferentes de DNA genômico, sendo capaz de distinguir sequências que diferem em apenas um nucleotídeo. O DNA genômico foi extraído a partir de sangue periférico e as amostras foram amplificadas pela técnica de PCR, seguida da análise por sequenciamento direto. Foram identificadas três variantes na sequência do gene JARID1C entre os pacientes analisados: a variante intrônica 2243+11 G>T, que esteve presente em 67% dos pacientes, a variante silenciosa c.1794C>G e a mutação inédita nonsense c.2172C>A, ambas presentes em 0,82% dos indivíduos investigados. A análise através do MLPA revelou uma duplicação em um dos pacientes envolvendo as sondas referentes ao gene GDI1 e ao gene HUWE1. Este trabalho expande o estudo de mutações no gene JARID1C para a população brasileira ereforça a importância da triagem de mutações neste gene em homens portadores de RM familiar de origem idiopática, assim como, é primeiro relato científico relativo à investigação de variações no número de cópias de genes localizados no cromossomo X em homens brasileiros com RM, através da técnica de MLPA. / Mental retardation (MR) is defined as a disability characterized by significant below average intellectual functioning (IQ>70). The prevalence of MR varies between epidemiological studies, estimated at 2-3% of the population, thus constituting a major public health problem. There is a general consensus that MR is more common in males, a finding attributed, in part, to mutations in the genes located on the X chromosome, leading to an X-linked mental retardation (XLMR). Among all the genes present on X chromosome, Jumonji AT-rich interactive domain IC (JARID1C) was recently identified as aetiologic potential candidate of MR, when mutated. The JARID1C gene encodes a protein that acts as a histone demethylase specific for histone 3 lysine 4 (H3K4) and it is indispensable for the epigenetic regulation. As recently as the identification of the JARID1C gene, it is the discovery that changes in the number of copies of DNA sequences, characterized by microdeletions and microduplications, could be regarded as functionally important reasons to XLMR. Currently, about 5-10% of men MR cases are known to occur due to these variations in the number of copies of chromosome X. In this study we investigated mutations in the JARID1C gene by screening of exons 9, 11, 12, 13, 15 and 16 in 121 patients from families with X-linked MR. At the same time we analyzed the variation in the number of copies in 16 genes located in X chromosome through the MLPA technique. This metodology consists of a multiplex amplification that detects variations in the number of copies up to 50 different genomic DNA sequences, being able to distinguish sequences that differ by only one nucleotide. Genomic DNA was extracted from peripheral blood and the samples were amplified by PCR followed by direct sequencing analysis. We identified three sequence variants among 121 patients. The intronic variant c.2243 +11 G> T, which was present in 67% of patients analyzed, the silent variant c.1794C> G and the novel nonsense mutation c.2172C> A, which was present in 0,82% of patients analyzed. The MLPA analysis revealed that the patient 58 exhibited a duplication involving probes for the GDI1 gene and the HUWE1 gene, resulting in an increase in the number of copies of this gene. This work expands the study of mutations in the JARID1C gene for the Brazilian population and reinforces the importance of screening for mutations in this gene in men with idiopathic mental retardation, and it is the first scientific report on the investigation of variations in the number of copies in genes located on chromosome X in Brazilian men with MR using the MLPA technique.
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Caracterização de alterações epigenéticas no gene JARID1C e desequilíbrios genéticos como causas do retardo mental ligado ao x de etiologia idiopática / Characterization of epigenetic alterations in JARID1C gene and genetic imbalance as causes of X-linked mental retardation of idiopathic etiology

Natalia Fintelman Rodrigues 17 February 2011 (has links)
Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / O retardo mental (RM) é caracterizado por um funcionamento intelectual significantemente abaixo da média (QI<70). A prevalência de RM varia entre estudos epidemiológicos, sendo estimada em 2-3% da população mundial, constituindo assim, um dos mais importantes problemas de saúde pública. Há um consenso geral de que o RM é mais comum no sexo masculino, um achado atribuído às numerosas mutações nos genes encontrados no cromossomo X, levando ao retardo mental ligado ao X (RMLX). Dentre os genes presentes no cromossomo X, o Jumonji AT-rich interactive domain IC (JARID1C) foi recentemente identificado como um potencial candidato etiológico do RM, quando mutado. O JARID1C codifica uma proteína que atua como uma desmetilase da lisina 4 da histona H3 (H3K4), imprescindível para a regulação epigenética. Tão recente como a identificação do gene JARID1C, é a descoberta de que mudanças no número de cópias de sequências de DNA, caracterizadas por microdeleções e microduplicações, poderiam ser consideradas como razões funcionalmente importantes de RMLX. Atualmente, cerca de 5-10% dos casos de RM em homens são reconhecidos por ocorrerem devido a estas variações do número de cópias no cromossomo X. Neste estudo, investigamos mutações no gene JARID1C, através do rastreamento dos éxons 9, 11, 12, 13, 15 e 16, em 121 homens de famílias com RM provavelmente ligado ao X. Paralelamente, realizamos a análise da variação do número de cópias em 16 genes localizados no cromossomo X através da técnica de MLPA no mesmo grupo de pacientes. Esta metodologia consiste em uma amplificação múltipla que detecta variações no número de cópias de até 50 sequências diferentes de DNA genômico, sendo capaz de distinguir sequências que diferem em apenas um nucleotídeo. O DNA genômico foi extraído a partir de sangue periférico e as amostras foram amplificadas pela técnica de PCR, seguida da análise por sequenciamento direto. Foram identificadas três variantes na sequência do gene JARID1C entre os pacientes analisados: a variante intrônica 2243+11 G>T, que esteve presente em 67% dos pacientes, a variante silenciosa c.1794C>G e a mutação inédita nonsense c.2172C>A, ambas presentes em 0,82% dos indivíduos investigados. A análise através do MLPA revelou uma duplicação em um dos pacientes envolvendo as sondas referentes ao gene GDI1 e ao gene HUWE1. Este trabalho expande o estudo de mutações no gene JARID1C para a população brasileira ereforça a importância da triagem de mutações neste gene em homens portadores de RM familiar de origem idiopática, assim como, é primeiro relato científico relativo à investigação de variações no número de cópias de genes localizados no cromossomo X em homens brasileiros com RM, através da técnica de MLPA. / Mental retardation (MR) is defined as a disability characterized by significant below average intellectual functioning (IQ>70). The prevalence of MR varies between epidemiological studies, estimated at 2-3% of the population, thus constituting a major public health problem. There is a general consensus that MR is more common in males, a finding attributed, in part, to mutations in the genes located on the X chromosome, leading to an X-linked mental retardation (XLMR). Among all the genes present on X chromosome, Jumonji AT-rich interactive domain IC (JARID1C) was recently identified as aetiologic potential candidate of MR, when mutated. The JARID1C gene encodes a protein that acts as a histone demethylase specific for histone 3 lysine 4 (H3K4) and it is indispensable for the epigenetic regulation. As recently as the identification of the JARID1C gene, it is the discovery that changes in the number of copies of DNA sequences, characterized by microdeletions and microduplications, could be regarded as functionally important reasons to XLMR. Currently, about 5-10% of men MR cases are known to occur due to these variations in the number of copies of chromosome X. In this study we investigated mutations in the JARID1C gene by screening of exons 9, 11, 12, 13, 15 and 16 in 121 patients from families with X-linked MR. At the same time we analyzed the variation in the number of copies in 16 genes located in X chromosome through the MLPA technique. This metodology consists of a multiplex amplification that detects variations in the number of copies up to 50 different genomic DNA sequences, being able to distinguish sequences that differ by only one nucleotide. Genomic DNA was extracted from peripheral blood and the samples were amplified by PCR followed by direct sequencing analysis. We identified three sequence variants among 121 patients. The intronic variant c.2243 +11 G> T, which was present in 67% of patients analyzed, the silent variant c.1794C> G and the novel nonsense mutation c.2172C> A, which was present in 0,82% of patients analyzed. The MLPA analysis revealed that the patient 58 exhibited a duplication involving probes for the GDI1 gene and the HUWE1 gene, resulting in an increase in the number of copies of this gene. This work expands the study of mutations in the JARID1C gene for the Brazilian population and reinforces the importance of screening for mutations in this gene in men with idiopathic mental retardation, and it is the first scientific report on the investigation of variations in the number of copies in genes located on chromosome X in Brazilian men with MR using the MLPA technique.

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