Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Parkinsons disease (PD) is the second most common neurodegenerative disease after Alzheimers disease, affecting nearly 1% of people above 65 years of age. The major clinical symptoms of this disease are: resting tremor, bradykinesia, rigidity, postural instability and a positive response to dopamine replacement therapy. Pathological findings include selective degeneration of dopaminergic neurons within the substantia nigra, with proteinaceous Lewy body inclusions in surviving cells. The pathogenesis of PD is not yet completely understood, however, both genetic and environmental factors contribute to the disease phenotype. Mutations in the leucine-rich repeat kinase 2 gene (LRRK2; OMIM 609007) represent the most frequent genetic known cause of familial and sporadic PD. The LRRK2 gene encodes a protein, member of the ROCO protein family, that contains both GTPase (ROC) domain and kinase (MAPKKK) domain, as well as, other motifs. In this study, we have screened the main domains of the LRRK2 in a group of 204 PD Brazilian patients. The screening was performed by direct sequencing of the PCR products. By the analysis of 14 exons corresponding to ROC, COR and MAPKKK domains, we identified 31 sequence variations. The novel variants, p.C1770R and p.C2139S, may play a role in the PD pathogenesis. Three exonic alterations (p.R1398R, p.T1410M and p.Y2189C) and nine intronic variants (c.4317+16C>T, c.5317+59A>C, c.5509+20A>C, c.5509+52T>C, c.5509+122A>G, c.5657-46C>T, c.6382-36G>A, c.6382-37C>T and c.6576+44T>C) seem to be not pathogenic. A total of 17 exonic and intronic alterations were previously described in the literature as non-pathogenic polymorphisms (p.R1398H, p.K1423K, p.R1514Q, p.P1542S, c.4828-31T>C, p.G1624G, p.K1637K, p.M1646T, p.S1647T, c.5015+32A>G, c.5170+23T>A, c.5317+32C>T, p.G1819G, c.5948+48C>T, p.N2081D, p.E2108E and c.6381+30A>G). The frequency of pathogenic mutations or potentially pathogenic variants was 3.4% (including the p.G2019S mutation, previously described in our previous report: Pimentel et al., 2008; Abdalla-Carvalho et al., 2010). In familial cases (11.1%) this frequency was approximately six times higher than in sporadic cases (1.8%). Our results suggest that LRRK2 mutations have an important contribution to PD development among Brazilian population. / A doença de Parkinson (DP) é a segunda doença neurodegenerativa mais frequente depois da Doença de Alzheimer, afetando aproximadamente 1% da população com idade superior a 65 anos. Clinicamente, esta doença caracteriza-se pela presença de tremor em repouso, bradicinesia, rigidez muscular e instabilidade postural, os quais podem ser controlados com a administração do levodopa. As características patológicas da DP incluem a despigmentação da substância nigra devido à perda dos neurônios dopaminérgicos e a presença de inclusões proteicas denominadas corpos de Lewy nos neurônios sobreviventes. As vias moleculares envolvidas com esta patologia ainda são obscuras, porém a DP é uma doença complexa, resultante da interação entre fatores ambientais e causas genéticas. Mutações no gene leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2; OMIM 609007) constituem a forma mais comum de DP. Este gene codifica uma proteína, membro da família de proteínas ROCO, que possui, entre outros domínios, dois domínios funcionais GTPase (ROC) e quinase (MAPKKK). Neste estudo, os principais domínios do gene LRRK2 foram analisados em 204 pacientes brasileiros com DP por meio de sequenciamento dos produtos da PCR. Através da análise de 14 exons correspondentes aos domínios ROC, COR e MAPKKK foram identificadas 31 variantes. As alterações novas, p.C1770R e p.C2139S, possuem um potencial papel na etiologia da DP. Três alterações exônicas (p.R1398R, p.T1410M e p.Y2189C) e nove intrônicas (c.4317+16C>T, c.5317+59A>C, c.5509+20A>C, c.5509+52T>C, c.5509+122A>G, c.5657-46C>T, c.6382-36G>A, c.6382-37C>T e c.6576+44T>C) são potencialmente não patogênicas. Ao todo, dezessete variantes exônicas e intrônicas constituem polimorfismos já relatados na literatura (p.R1398H, p.K1423K, p.R1514Q, p.P1542S, c.4828-31T>C, p.G1624G, p.K1637K, p.M1646T, p.S1647T, c.5015+32A>G, c.5170+23T>A, c.5317+32C>T, p.G1819G, c.5948+48C>T, p.N2081D, p.E2108E e c.6381+30A>G). A frequência total de alterações potencialmente patogênicas ou patogênicas detectadas em nossa amostra foi de 3,4% (incluindo a mutação p.G2019S, anteriormente descrita em 2 artigos publicados por nosso grupo: Pimentel et al., 2008; Abdalla-Carvalho et al., 2010), sendo a frequência de mutações nos casos familiares (11,1%) cerca de seis vezes maior do que a encontrada nos casos isolados da DP (1,8%). Os resultados alcançados neste estudo revelam que mutações no gene LRRK2 desempenham um papel significativo como fator genético para o desenvolvimento da DP em pacientes brasileiros.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Parkinsons disease (PD) is the second most common neurodegenerative disease after Alzheimers disease, affecting nearly 1% of people above 65 years of age. The major clinical symptoms of this disease are: resting tremor, bradykinesia, rigidity, postural instability and a positive response to dopamine replacement therapy. Pathological findings include selective degeneration of dopaminergic neurons within the substantia nigra, with proteinaceous Lewy body inclusions in surviving cells. The pathogenesis of PD is not yet completely understood, however, both genetic and environmental factors contribute to the disease phenotype. Mutations in the leucine-rich repeat kinase 2 gene (LRRK2; OMIM 609007) represent the most frequent genetic known cause of familial and sporadic PD. The LRRK2 gene encodes a protein, member of the ROCO protein family, that contains both GTPase (ROC) domain and kinase (MAPKKK) domain, as well as, other motifs. In this study, we have screened the main domains of the LRRK2 in a group of 204 PD Brazilian patients. The screening was performed by direct sequencing of the PCR products. By the analysis of 14 exons corresponding to ROC, COR and MAPKKK domains, we identified 31 sequence variations. The novel variants, p.C1770R and p.C2139S, may play a role in the PD pathogenesis. Three exonic alterations (p.R1398R, p.T1410M and p.Y2189C) and nine intronic variants (c.4317+16C>T, c.5317+59A>C, c.5509+20A>C, c.5509+52T>C, c.5509+122A>G, c.5657-46C>T, c.6382-36G>A, c.6382-37C>T and c.6576+44T>C) seem to be not pathogenic. A total of 17 exonic and intronic alterations were previously described in the literature as non-pathogenic polymorphisms (p.R1398H, p.K1423K, p.R1514Q, p.P1542S, c.4828-31T>C, p.G1624G, p.K1637K, p.M1646T, p.S1647T, c.5015+32A>G, c.5170+23T>A, c.5317+32C>T, p.G1819G, c.5948+48C>T, p.N2081D, p.E2108E and c.6381+30A>G). The frequency of pathogenic mutations or potentially pathogenic variants was 3.4% (including the p.G2019S mutation, previously described in our previous report: Pimentel et al., 2008; Abdalla-Carvalho et al., 2010). In familial cases (11.1%) this frequency was approximately six times higher than in sporadic cases (1.8%). Our results suggest that LRRK2 mutations have an important contribution to PD development among Brazilian population. / A doença de Parkinson (DP) é a segunda doença neurodegenerativa mais frequente depois da Doença de Alzheimer, afetando aproximadamente 1% da população com idade superior a 65 anos. Clinicamente, esta doença caracteriza-se pela presença de tremor em repouso, bradicinesia, rigidez muscular e instabilidade postural, os quais podem ser controlados com a administração do levodopa. As características patológicas da DP incluem a despigmentação da substância nigra devido à perda dos neurônios dopaminérgicos e a presença de inclusões proteicas denominadas corpos de Lewy nos neurônios sobreviventes. As vias moleculares envolvidas com esta patologia ainda são obscuras, porém a DP é uma doença complexa, resultante da interação entre fatores ambientais e causas genéticas. Mutações no gene leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2; OMIM 609007) constituem a forma mais comum de DP. Este gene codifica uma proteína, membro da família de proteínas ROCO, que possui, entre outros domínios, dois domínios funcionais GTPase (ROC) e quinase (MAPKKK). Neste estudo, os principais domínios do gene LRRK2 foram analisados em 204 pacientes brasileiros com DP por meio de sequenciamento dos produtos da PCR. Através da análise de 14 exons correspondentes aos domínios ROC, COR e MAPKKK foram identificadas 31 variantes. As alterações novas, p.C1770R e p.C2139S, possuem um potencial papel na etiologia da DP. Três alterações exônicas (p.R1398R, p.T1410M e p.Y2189C) e nove intrônicas (c.4317+16C>T, c.5317+59A>C, c.5509+20A>C, c.5509+52T>C, c.5509+122A>G, c.5657-46C>T, c.6382-36G>A, c.6382-37C>T e c.6576+44T>C) são potencialmente não patogênicas. Ao todo, dezessete variantes exônicas e intrônicas constituem polimorfismos já relatados na literatura (p.R1398H, p.K1423K, p.R1514Q, p.P1542S, c.4828-31T>C, p.G1624G, p.K1637K, p.M1646T, p.S1647T, c.5015+32A>G, c.5170+23T>A, c.5317+32C>T, p.G1819G, c.5948+48C>T, p.N2081D, p.E2108E e c.6381+30A>G). A frequência total de alterações potencialmente patogênicas ou patogênicas detectadas em nossa amostra foi de 3,4% (incluindo a mutação p.G2019S, anteriormente descrita em 2 artigos publicados por nosso grupo: Pimentel et al., 2008; Abdalla-Carvalho et al., 2010), sendo a frequência de mutações nos casos familiares (11,1%) cerca de seis vezes maior do que a encontrada nos casos isolados da DP (1,8%). Os resultados alcançados neste estudo revelam que mutações no gene LRRK2 desempenham um papel significativo como fator genético para o desenvolvimento da DP em pacientes brasileiros.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-03-24T13:22:43Z No. of bitstreams: 2 Tese - Rita de Cássia Pereira da Costa e Silva - 2017.pdf: 1886601 bytes, checksum: 1bc3d00228ab4b2618ed1cfc39a2ac4e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-03-24T13:23:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Rita de Cássia Pereira da Costa e Silva - 2017.pdf: 1886601 bytes, checksum: 1bc3d00228ab4b2618ed1cfc39a2ac4e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T13:23:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Rita de Cássia Pereira da Costa e Silva - 2017.pdf: 1886601 bytes, checksum: 1bc3d00228ab4b2618ed1cfc39a2ac4e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-14 / Endometriosis is defined by the emergence of foci of endometrial tissue with glandular and stromal or characteristics identical to those of the uterine cavity in other locations than the endometrium and focuses primarily on women of reproductive age. It is present in 10% of the general population and in 50% of cases of infertility, showing a strong genetic component by correlating the disease with various polymorphisms. One of them, G894T of eNOS gene of the enzyme endothelial nitric oxide synthase (eNOS) has been studied by have implications with infertility. The present study examined the allele frequency and genotype of this polymorphism in women with endometriosis storied in fertile and infertile. Blood samples were used 47 women with endometriosis from a center of reference in laparoscopy and infertility of the city of Goiânia, Goiás. The DNA was extracted and measured for genotypic analysis (PCR/RFLP) with primers and controls to enlarge the gene eNOS G894T. In the statistical analysis we used the Chi square tests and/or Fisher and Mann-Whitney. The patients had an average age 32.5 ± 2.9 years. Was demonstrated difference in average age between fertile and infertile patients p = 0.034, fertile was demonstrated 39,9± 3,0 anos, and infertile 37,3 ± 5,6 anos. Genotype polymorphism frequencies in study were: GG 59.6% 29.8% and GT TT 10.6%; to split into sub-groups of fertile and infertile met respectively: 70% and 50% GG; GT 30% and 29.2%; TT was null between fertile and infertile 20.8%. The allele frequency between the fertile and infertile, was, respectively: G 85% and 15% T; G 64.6% and 35.4% T, p = 0.04 (95% CI 3.0 OR = 1.12-8.29). In the frequency analysis of genotypic heritage models, codominant and recessive were respectively: (GG vs. TT) 59.6% (28/47) vs. 10.6% (5/47) p = 0.044 and recessive (TT vs. GT + GG) was 10.6% (5/47) vs. 89.4% (42%) p = 0.049. The study showed that the presence of the T allele of eNOS gene G894T polymorphism of endothelial nitric oxide synthase enzyme in fertile and infertile patients have an important role in the increase of endometriosis and in homozygous T allele confers risk for the infertility in endometriosis in women in the city of Goiânia-Goiás. / A endometriose é definida pelo aparecimento de focos de tecido endometrial com características glandulares e/ou estromais idênticas às da cavidade uterina em outras localizações, que não o endométrio e incide principalmente em mulheres em idade reprodutiva. Está presente em 10% da população geral e em 50% dos casos de infertilidade, apresentando um forte componente genético correlacionando a doença com diversos polimorfismos. Um deles, G894T do gene eNOS da enzima óxido nítrico sintase endotelial (eNOS) tem sido estudado por ter implicações com a infertilidade. O presente estudo analisou a frequência alélica e genotípica desse polimorfismo, em mulheres com endometriose estratificadas em férteis e inférteis. Foram utilizadas amostras de sangue de 47 mulheres com endometriose provenientes de um centro de referência em videolaparoscopia e infertilidade na cidade de Goiânia, Goiás. O DNA foi extraído e quantificado para a análise genotípica (PCR/RFLP) com primers e controles para ampliar o gene eNOS G894T. Na análise estatística foram utilizados os testes qui quadrado e/ou Fisher e Mann-Whitney. As pacientes apresentaram média de idade 32,5±2,9 anos. Foi demonstrada diferença nas médias de idade entre pacientes férteis e inférteis p = 0,034, as férteis apresentaram média de 39,9 ± 3,0 anos, enquanto as inférteis 37,3 ± 5,6 anos. As frequências genotípicas do polimorfismo em estudo foram: GG 59,6%, GT 29,8% e TT 10,6%; ao dividir em subgrupos de férteis e inférteis encontrou-se respectivamente: GG 70% e 50%; GT 30% e 29,2%; TT foi nulo entre as férteis e 20,8% nas inférteis. A frequência alélica entre as férteis e inférteis, foi, respectivamente: G 85% e T 15%; G 64,6% e T 35,4%, p = 0,04 (OR = 3,0 IC 95% 1,12 – 8,29). Na análise dos modelos de herança genotípica, codominante e recessivo as frequências observadas foram respectivamente: (GG vs. TT) 59,6% (28/47) vs 10,6% (5/47) p = 0,044 e recessivo (TT vs. GT +GG) foi de 10,6% (5/47) vs 89,4% (42%) p= 0,049. O estudo demonstrou que a presença do alelo T do polimorfismo G894T do gene eNOS da enzima do óxido nítrico sintase endotelial em pacientes férteis e inférteis tem um importante papel no agravamento da endometriose e em homozigose o alelo T confere risco para infertilidade na endometriose em mulheres na cidade de Goiânia - Goiás.

Submitted by Cristiane Chim (cristiane.chim@ucpel.edu.br) on 2016-10-19T16:18:10Z No. of bitstreams: 1 Dissertação CLARISSA RIBEIRO BASTOS.pdf: 4376745 bytes, checksum: 05e26e833e53a5a4c385cc5908d0bbcc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-19T16:18:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação CLARISSA RIBEIRO BASTOS.pdf: 4376745 bytes, checksum: 05e26e833e53a5a4c385cc5908d0bbcc (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Introduction: Suicide is one of the ten leading causes of death worldwide, emerging from a complex interaction between genetic, environmental and psychosocial factors. In this aspect studies found that individuals with suicidal tendencies have elevations in the levels of pro-inflammatory cytokines and alterations in the functioning of the HPA axis. Objective: Investigate the association of the polymorphism in the CRHR1 gene (rs110402) with the suicidal behavior, as well as the genotype effects on IL-1β levels. Methods: Sample consisted in 171 individuals that participated in the study, from which 15 were at risk of suicide, 20 had attempted suicide and 136 were controls. We perform genotyping of individuals by real-time PCR and IL-1β levels measured by ELISA technique. Results: Individuals with a clinical diagnosis of attempted suicide carrying the A allele of SNP rs110402 showed increased IL-1β levels (19.3 IQR: 6.84 to 36.47) compared to the control group (4.91 IQR: 3.22 to 6.39; p = 0.027). Ratings isolated from the levels of this interleukin and genotypes of the rs10402 SNP showed no relationship with suicidal behavior. Conclusion: Our results suggest that alterations in CRHR1 gene can affect the levels of pro-inflammatory molecules, showing the complex interactions of biological markers in suicidal behavior. / Introdução: O suicídio é umas das dez principais causas de morte no mundo, emergindo de uma interação complexa entre fatores genéticos, ambientais e psicossociais. Neste aspecto, estudos identificaram que indivíduos com tendências suicidas apresentam elevações nos níveis de citocinas pró-inflamatórias e alterações no funcionamento do eixo HPA. Objetivo: Investigar a associação de um polimorfismo gene do CRHR1 (rs110402) com o comportamento suicida, bem como os efeitos do genótipo sobre os níveis de IL-1β. Métodos: A amostra foi composta de 171 indivíduos, e destes 15 apresentavam risco de suicídio, 20 já haviam tentado o suicídio e 136 eram controles. Realizamos a genotipagem dos indivíduos por PCR em tempo real e a dosagem de IL-1β pela técnica de Elisa. Resultados: Indivíduos com um diagnóstico clínico de tentativa de suicídio que carregavam o alelo A do SNP rs110402 mostraram aumento dos níveis de IL-1β (19,3 IQR: 6,84 - 36,47) em relação ao grupo controle (4,91 IQR: 3,22-6,39; p = 0,027). Avaliações isoladas em relação aos níveis dessa interleucina e aos genótipos desse polimorfismo não mostraram relação com o comportamento suicida. Conclusão: Nossos resultados sugerem que alterações no gene do CRHR1 podem afetar os níveis de moléculas pró-inflamatórias, mostrando as interações complexas de marcadores biológicos no comportamento suicida.

Submitted by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2012-08-08T13:09:03Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao_ScreeningPolimorfismosAnalise.pdf: 2010288 bytes, checksum: 3b65b8b482f0b0dee0ead43e8e45bdf2 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2012-08-08T13:09:58Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_ScreeningPolimorfismosAnalise.pdf: 2010288 bytes, checksum: 3b65b8b482f0b0dee0ead43e8e45bdf2 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-08T13:09:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_ScreeningPolimorfismosAnalise.pdf: 2010288 bytes, checksum: 3b65b8b482f0b0dee0ead43e8e45bdf2 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2012 / As neoplasias astrocitárias correspondem a cerca de (60%) dos tumores do sistema nervoso central, sendo que atingem principalmente adultos numa fase altamente produtiva da vida e com evoluções pouco satisfatórias apesar dos tratamentos disponíveis. Um melhor entendimento de sua biologia molecular se faz necessário na tentativa de compreender sua evolução e melhor planejar e tratamento, assim como na busca de novas terapias. Este trabalho teve como objetivo analisar modificações no gene TP53 com relação ao número de cópias e polimorfismos nos éxons de 4 a 11, considerados hotspots para mutações. Um total de 14 amostras de diferentes graus de malignidade foram analisadas por experimentos de FISH interfásico com sondas loco-específicas do gene TP53 e centroméricas para o cromossomo 17, e também pela técnica de SSCP para o screening de polimorfismos dos éxons 4-10. Foram comparados os resultados obtidos entre tumores de graus I e II (benignos) com aqueles de graus III e IV (malignos). Os resultados referentes às sondas loco-específicas (gene TP53 e centrômero do cromossomo 17) mostraram que a ocorrência de deleções ou amplificações, apesar de importantes estatisticamente em relação aos núcleos com número de marcações normais, não apresentou correlação com idade, sexo ou grau de malignação. Entretanto, as alterações foram encontradas com maior freqüência nos paciente portadores de astrocitomas de grau intermediário (III). A técnica de SSCP revelou polimorfismos nos éxons 5, 7 e 10, e apesar de não estarem associados à malignidade tumoral, os casos polimórficos corresponderam aos pacientes com menor sobrevida após tratamentos, sugerindo, uma associação entre mutações nesses éxons e uma maior agressividade tumoral. / Astrocytic neoplasms comprises around 60% of the Central Nervous System tumors, affecting mainly adults in a highly productive phase of life, and showing poor prognosis despite of the available treatments. A better knowledge of the molecular biology of this group of tumors is necessary to understand their evolution and to plan the treatment in a better way, as well as to develop new therapies. Hence, this study had the aim the analysis of modifications of gene TP53 related to changes in the number of copies and the presence of polimorphisms in exons 4 to 11, considered hotspots for mutations. A total of 14 samples of different malignant grades were analyzed by interphasic FISH using locus-specific probes for gene TP53 and centromeric for chromosome 17, and by SSCP for screening polymorphism in exons 4 to 11. The results were compared between tumors with grades I and II (benign) to those with grades III and IV (malign). The results concerning the locus specific probes (gene TP53 and centromere of chromosome 17) showed that the occurrence of deletions and amplifications were statistically important when compared to nuclei with normal copy number. However, these alterations were not related to the age, sex or malignancy. On the other hand, these alterations were found more frequently in patients with tumors with intermediate grades (III). SSCP experiments revealed polymorphisms in exons 5, 7 and 10, and although they were not realted to the malignancy of tumors, the samples with polymorphism corresponded to the patients with shorter survival after treatment, suggesting a relation between the mutations in these exons and higher aggressively tumors.

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2012-10-26T13:07:58Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ ValorPrognosticoSNP.pdf: 1081759 bytes, checksum: 3f99912e853e9a6fec8ec65daf8204cc (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2012-10-26T18:23:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ ValorPrognosticoSNP.pdf: 1081759 bytes, checksum: 3f99912e853e9a6fec8ec65daf8204cc (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-26T18:23:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ ValorPrognosticoSNP.pdf: 1081759 bytes, checksum: 3f99912e853e9a6fec8ec65daf8204cc (MD5) Previous issue date: 2011 / O Meduloblastoma é a neoplasia encefálica mais comum na infância, correspondendo a taxas de 16 a 25% de todos os tumores encefálicos em menores de 19 anos e 30-40% de todos os tumores da fossa posterior. Para investigar o papel do polimorfismo de base única (SNP) TP53 Arg72Pro sobre o risco de desenvolvimento, prognóstico e resposta a terapêutica adjuvante em Meduloblastoma, foi realizado um estudo caso-controle com 122 pacientes e 122 controles saudáveis do Brasil. Em comparação com Arg/Arg, que é o genótipo mais comum na população em estudo, tanto o genótipo Arg/Pro e Pro/Pro não influenciaram o risco de desenvolvimento de Meduloblastoma (OR = 1,36 e P = 0,339 para o genótipo Arg/Pro; OR = 1,50 e P = 0,389 para o genótipo Pro/Pro). Com relação ao prognóstico, a sobrevida livre de doença não foi significativamente diferente entre os genótipos SNP TP53 Arg72Pro (P> 0,05), porém o genótipo menos freqüente, Pro/Pro, foi associado a uma menor sobrevida global dos pacientes com Meduloblastoma (P = 0,021 ). Estes dados sugerem que embora não haja nenhuma associação entre o SNP TP53 Arg72Pro e o risco de desenvolvimento de Meduloblastoma, o genótipo Pro/Pro está associado a uma menor sobrevida global dos pacientes submetidos a terapia adjuvante. No entanto, devido à composição interétnica da população brasileira, futuros estudos envolvendo populações maiores e de outras partes do mundo serão essenciais para uma conclusão definitiva da função do SNP TP53 Arg72Pro. / Medulloblastoma is a highly cellular malignant embryonal neoplasm, and it is the most common malignant pediatric brain tumor, comprising 20 to 25% of pediatric central nervous systen tumors. To investigate the role of the TP53 Arg72Pro single nucleotide polymorphism (SNP) on medulloblastoma risk, medulloblastoma prognosis, and adjuvant therapy response, we performed a case-control study with 122 patientes and 122 healthy controls from Brazil. Compared to Arg/Arg, which is the most common genotype in the study population, both the Arg/Pro and Pro/Pro genotypes did not influence the medulloblastoma development risk (OR= 1.36 and P= 0.339 for the Arg/Pro genotype; OR=1.50 and P=0.389 for the Pro/Pro genotype). With regard to prognosis, the disease-free survival was not significantly different among the TP53 Arg72Pro SNP genotypes (P > 0.05), but the less frequent genotype, Pro/Pro, was associated with a shorter overall survival of medulloblastoma patients (P= 0.021). These data suggested that although there is no association between the TP53 Arg72Pro and medulloblastoma risk, the Pro/Pro genotype is associated with a shorter overall survival of patients submitted to adjuvant therapy. Nevertheless, due to the interethnic composition of the Brazilian population, future studies on larger populations from other parts of the world are essential for a definitive conclusion of the function of the TP53 Arg72Pro SNP

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:03:20Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_BiologiaMolecularAplicada.pdf: 8918060 bytes, checksum: d929a519e6a827337140388ee9beb358 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T12:43:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_BiologiaMolecularAplicada.pdf: 8918060 bytes, checksum: d929a519e6a827337140388ee9beb358 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T12:43:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_BiologiaMolecularAplicada.pdf: 8918060 bytes, checksum: d929a519e6a827337140388ee9beb358 (MD5) Previous issue date: 2016-09-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A hanseníase é causada pelo Mycobacterium leprae e os indivíduos acometidos pela hanseníase podem ser classificados, em Paucibacilares e Multibacilares. Alternativamente, segundo Ridley-Jopling (1966), com base em critérios clínicos e imuno-hitológicos em outros dois pólos: (i) o pólo Tuberculóide (TT); e (ii) pólo Lepromatoso (LL), e seus intermediários. Independente de sua classificação, este espectro parecer ser inflluenciado por moléculas moduladoras da resposta imune, como os genes que codificam estes mediadores, e por um grupo de pequenos RNAs (microRNAs) que são responsáveis pela regulação destes genes, portanto essas investigações podem adensar o conhecimento sobre o mecanismo de resposta ao processo infecsioso, assim como possibilitar a identificação de novos biomarcadores no auxilio ao diagnóstico da hanseníase. O objetivo foi investigar oito polimorfismos do tipo INDEL nos genes CYP19A1, NFKβ1, IL1α, CASP8, UGT1A1, PAR1, CYP2E1, e IL4, para identificar possíveis marcadores de susceptibilidade e a influência da ancestria genética neste risco, além disso foi realizado o primeiro miRnoma da hanseníase por sequenciamento massivo em plataforma de alto desempenho, afim de elucidar o perfil epigenético presente na hanseníase. Nosso estudo revelou que os genes NFΚβ1, CASP8, PAR1 e IL4, são potenciais marcadores de susceptibilidade para a hanseníase, enquanto que NFΚβ1, CASP8, PAR1 e CYP19A1 são potenciais marcadores da forma clínica multibacilar. Adicionalmente, a análise da ancestralidade genômica mostrou que a contribuição Européia elevou o risco ao desenvolvimento da doença, enquanto a contribuição Africana aumentou proteção. No que diz respeito a análise diferencial do perfil de expressão dos microRNAs de pacientes com hanseníase, por meio da análise de biopsias de pele, revelaram-se 67 miRNAs diferencialmente expressos, dos quais 43 apresentavam um padrão de expressão downregulated e 24 upregulated. Quando analisamos amostras de sangue desses mesmos pacientes, observaram-se 10 miRNAs diferencialmente expressos, dos quais 9 com padrão de expressão downregulated e 1 upregulated. Os alvos pesquisados, em análise in silico, a partir desses resultados sugeriu os genes (IL1β, IL6, IL8, IL12, TLR2, TLR4, IL17RB, IFNGR1, TGFBR1, NFκβ, família SMAD, STAT3, CASP8, CYP19A1, BCL-2, entre outros) como envolvidos na patologia da hanseníase. Por fim, monstrou-se pela primeira vez o perfil de microRNAs em genome wide da Hanseníase. / Leprosy is caused by Mycobacterium leprae and patients can be grouped in Paucibacillary and Multibacillary. Alternatively, according by Ridley-Jopling (1966), using immune-hystogical criteria, grouped in two distinct pole: (i) Tuberculóide (TT); and (ii) lepromatous (LL), and your intermediaries. Independently these classification, the disease can be affected by molecules that modulates immune response, like genes that encode these molecules, and by small RNA (micro-RNA), wich regulated these genes, thus these study can improve the knowledge about the mechanism of response to infectious process, as well as enable the identification of new possibles biomarkers to assist diagnosis in leprosy. The objective of this study was to investigate eight INDEL polymorphisms on genes CYP19A1, NFKβ1, IL1α, CASP8, UGT1A1, PAR1, CYP2E1, and IL4, to identify possible susceptibility markers of leprosy and evaluate the influence of genetic ancestry on disease risk. Besides was performed the first genome wide miRNA profiling of Leprosy by next generation sequencing (NGS), assessing and describing the expression standard in leprosy. Our study shows that the NFKβ1, CASP8, PAR1, IL4 and CYP19A1 genes are possible markers for the susceptibility to development of leprosy and the severe clinical form MB. Moreover, after correcting for population structure within an admixture population, the results show that different levels of ethnic group composition can generate different OR rates for leprosy susceptibility. The differential expression profile from tissue samples reveal 67 miRNAs differentially expression, with 43 down and 24 upregulated and from blood sample were found a total of 10 miRNAs differentially expression with 9 down and one upregulated. Moreover was performed in silico target analysis and detect the genes (IL1β, IL6, IL8, IL12, TLR2, TLR4, IL17RB, IFNGR1, TGFBR1, NFκβ, família SMAD, STAT3, CASP8, CYP19A1, BCL-2, in others) involved on pathological of leprosy. Lastly, was showed for the first time the genome wide microRNA of leprosy.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:43:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseVariacoesGenomicas.pdf: 1857913 bytes, checksum: 513536f42bf2753021a281a5f32cef7d (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-24T13:51:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseVariacoesGenomicas.pdf: 1857913 bytes, checksum: 513536f42bf2753021a281a5f32cef7d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T13:51:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseVariacoesGenomicas.pdf: 1857913 bytes, checksum: 513536f42bf2753021a281a5f32cef7d (MD5) Previous issue date: 2015-08-29 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Os polimorfismos COMT Val158Met e ZDHHC8 rs175174 têm recebido papel de destaque no estudo molecular da esquizofrenia não apenas por estarem localizados no principal locus de suscetibilidade da doença, 22q11, mas também por relacionarem-se, respectivamente, ao estado dopaminérgico do córtex pré-frontal e à atividade de diversas proteínas em células neuronais. Para avaliar a influência dos genótipos polimórficos na esquizofrenia, genotipamos por PCR em tempo real 130 pacientes e 175 controles de uma população do Norte do Brasil. Nossos resultados indicaram uma ausência de associação entre ambos os polimorfismos com a chance de esquizofrenia na população estudada. Todavia, quando categorizada por sexo, encontramos uma associação dicotômica entre o genótipo Met/Met do polimorfismo COMT Val158Met e a suscetibilidade à esquizofrenia, conferindo uma chance maior da doença em homens (OR = 10,76; IC 95% = 2,09–55,34; p = 0,004) que em mulheres (OR = 0,23; IC 95% = 0,07–0,69; p =0,009). Além disso, a análise de variância revelou uma associação dos genótipos Val/Met (COMT Val158Met) e GG (ZDHHC8 rs175174) com maiores médias de idade de início da esquizofrenia. Nosso estudo suporta a hipótese de associação dependente de gênero do polimorfismo COMT Val158Met com a esquizofrenia, além de apontar uma influência de ambos os polimorfismos estudados com a idade de início da doença. / The COMT Val158Met and ZDHHC8 rs175174 polymorphisms have received increased attention in the molecular study of schizophrenia not only because they are localised to the main susceptibility locus of the disease, 22q11, but also because they are related to the dopaminergic status of the prefrontal cortex and the activity of several neuronal proteins, respectively. To evaluate the influence of the polymorphic genotypes on schizophrenia, we used real-time PCR to genotype 130 patients and 175 controls in a population from the North Region of Brazil. Our results indicated an absence of association between both polymorphisms and the likelihood of schizophrenia in the population studied. However, when categorised by gender, we found a dichotomous association between the Met/Met genotype of the COMT Val158Met polymorphism and susceptibility to schizophrenia, conferring a higher probability of disease in men (OR = 10.76; CI 95% = 2.09–55.34; p = 0.004) than in women (OR = 0.23; CI 95% = 0.07–0.69; p =0.009). Moreover, the variance analysis showed an association of the genotypes Val/Met (COMT Val158Met) and GG (ZDHHC8 rs175174) with higher average age at onset of schizophrenia. Our study supports the hypothesis of a gender-dependent association of the COMT Val158Met polymorphism with schizophrenia, in addition to suggesting an influence of both polymorphisms studied on the age at disease onset.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As lesões impalpáveis da mama que muitas das vezes são assintomáticas, podem corresponder à um estágio de progressão de câncer difícil de ser detectado, durante os exames de rotina de palpação da mulher. O único método possível para a descoberta dessas lesões é através dos exames de imagem da mama, de modo geral, através da mamografia, que geralmente ocorre após os 45 anos. Devido a esses fatores, lesões impalpáveis, são frequentemente, descobertas apenas quando o estágio de desenvolvimento da doença já está avançado e as intervenções terapêuticas são menos reparadoras. Com a finalidade de iniciar a caracterização de tumores impalpáveis iniciais, objetivamos analisar o perfil genético (mutação) e epigenético (metilação de região promotora) de regiões do DNA relacionadas ao gene supressor tumoral TP53, provenientes de biópsias de mulheres residentes do Estado do Rio de Janeiro. Neste trabalho, foram investigadas 34 amostras de tecido de tumor de mama, por sequenciamento de DNA, nos exons de 5 a 8 do gene TP53. Nesta região, não foi encontrada nenhuma mutação. Este resultado pode estar relacionado ao tipo inicial de lesão, de acordo com os dados radiológicos das lesões de categorias 3 e 4 da escala BIRADS. Para verificar o estado de metilação da região promotora do gene TP53, analisamos 30 pares de amostras (sangue e tumor) de pacientes com suspeita de câncer de mama, pela técnica MSP-PCR. Nenhuma amostra tumoral apresentou alteração no estado de metilação na região promotora do gene TP53, quando comparada à amostra normal. Um motivo possível para a disparidade de resultados em relação à outros trabalhos pode ter sido a utilização da técnica. A caracterização das lesões impalpáveis apenas foi iniciada neste trabalho, no qual pudemos constatar que a mutação em TP53 pode ser um evento mais tardio. Portanto, a lesão mamária, em suas diferentes formas, continuará a ser o assunto investigado por nosso grupo, ampliando o número de amostras e alcançando melhor conexão da conduta e dos métodos clínicos já existentes, com as novas possibilidades de diagnóstico via marcadores moleculares em tumores e fluidos biológicos / Nonpalpable breast lesions that are often asymptomatic, may correspond to a stage of progression of the cancer that is difficult to be detected during routine screening. The only possible way for their discovery is through breast images preventive examinations, generally mammography, which usually occurs after age 45. Because of these factors, impalpable lesions are often discovered when the developmental stage of the disease is already advanced and therapeutic interventions are less aggressive.This study aimed to characterize impalpable tumors by the analysis of genetic (mutation and instability) and epigenetic (methylation of the promoter region) of DNA regions related to TP53 tumor suppressor gene from impalpable lesions extracted from biopsies of women living in the state of Rio de Janeiro. Were investigated 34 tissue samples from breast cancer by DNA sequencing in exons 5-8 of TP53. In this region, no mutation was found, this result may be related to the initial type of injury according to data of the radiological lesions of categories 3 and 4 of scale BIRADS . In order to check the status of methylation of the promoter region of the TP53 gene, we analyzed 30 pairs from samples (blood and tumor) of patients with suspected breast cancer, by MSPPCR technique. No tumor sample showed a change in the state of methylation in the promoter region of TP53 as compared to the normal sample. One possible reason for the disparity in the results between this study and the other studies may be related with the applied techniques. The characterization of the nonpalpable lesions just started this work in which we could verify that the mutation in TP53 may be a later event. Therefore, the breast lesion, in its different forms, remains the subject investigated by this group. We have been worked for expanding the number of samples, so as to link the new possibilities of molecular diagnostics in clinical practice in tumors and biological fluids

O câncer de mama é o tipo mais frequente de neoplasia maligna entre as mulheres, com a incidência de mais de um milhão de novos casos no mundo, por ano. O gene TP53 é responsável por regular o destino da célula em resposta a estresses genotóxicos e não genotóxicos. Mutações somáticas neste gene são encontradas em, aproximadamente, 50% dos carcinomas humanos. No câncer de mama, a frequência das mutações no TP53 é em torno de 20 a 50%, sendo a alteração mais encontrada. Estas mutações podem alterar a conformação da proteína, prejudicando sua função de ativadora da transcrição de genes alvo e, pode levar a p53 a apresentar tendência à agregação. Neste trabalho, foi realizado a análise da presença de mutações nos exons 5 a 10 do gene TP53, em biópsias de câncer de mama, de mulheres residentes na cidade do Rio de Janeiro. Após a identificação das amostras com mutação em TP53, algumas foram selecionadas para se verificar o comportamento das diversas mutantes quanto à formação de agregados de p53, em cortes histológicos dos tumores de mama. Foram utilizados os anticorpos A11 e DO1, que reconhecem oligômeros pré-fibrilares e a p53 mutante ou selvagem, respectivamente. Para tanto, foi utilizado o ensaio de co-localização por imunofluorescência, utilizando microscópio confocal para a observação dos resultados. Mutações no gene TP53 foram detectadas em 19% dos casos analisados de câncer de mama sendo 88,2% do tipo &#8213;missense&#8214;. Estas mutações, em tumores do tipo carcinoma ductal infiltrante (CDI), estavam associadas a um estágio mais tardio e agressivo de câncer, representado pelo Grau III de Elston (p< 0,0001). Também foi observada relação positiva dos tumores com mutações e o acúmulo da p53 (p= 0,0184). Além disso, foi observado um padrão diferente das mutantes de p53 quanto à tendência a agregação, sendo as mutantes R273H e P278A as que apresentaram uma maior agregação. Assim, a agregação da p53 mutante observada &#8213;in vivo&#8214; e descrita nesta dissertação, parece depender do tipo de mutação observada nos casos de câncer de mama. / Breast cancer is the most frequent cancer in women, with 1 million of new cases in the world each year. The TP53 gene is responsible for the regulation of the cells fate in response to genotoxic and non-genotoxic stress. Somatic TP53 mutations are found in, approximately, 50% of human cancers. In breast cancer, TP53 mutation is the most frequent genetic alteration, being present in 20 to 50% of cases. These mutations may change the protein conformation, impairing the transcription of target genes, and may lead the mutant p53 to aggregate. In this study, we analyzed the presence of mutations in exons 5-10 of TP53 in breast cancer biopsies of women resident in the metropolitan area of Rio de Janeiro. After the determination of samples with mutation, some of them were selected to investigate the behavior of different mutants in the formation of p53 aggregates in tumors using A11 and DO-1 antibodies, which recognizes pre-fibrillar oligomers and mutant or wild-type p53, respectively. So, we utilized a immunofluorescence co-localization assay using confocal microscope. TP53 mutations were detected in 19% of the breast cancer cases, with 88.2% of missense type. These mutations, in tumors classified as infiltrating ductal carcinoma (CDI), were associated with a later and aggressive stage of cancer, represented by Elstons Grade III (p< 0.0001). A relation was also observed between these mutations and p53 accumulation (p= 0.0184). Furthermore, a different pattern of p53 mutants for the tendency to aggregate was observed and we detected that the mutants R273H and P278A showed a greater aggregation. Thus, the mutant p53 aggregation observed in vivo and described in this study, seems to depend on the type of mutation found in breast cancer cases.