Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-12-21T16:24:41Z No. of bitstreams: 2 Tese - Kelly Nobre Marra - 2012.pdf: 2565911 bytes, checksum: f0057800bcb5bba97865ae5ccc3e4507 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-12-26T14:21:56Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Kelly Nobre Marra - 2012.pdf: 2565911 bytes, checksum: f0057800bcb5bba97865ae5ccc3e4507 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-26T14:21:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Kelly Nobre Marra - 2012.pdf: 2565911 bytes, checksum: f0057800bcb5bba97865ae5ccc3e4507 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2012-05-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The involvement of Clostridium estertheticum as agents of deterioration of chilled beef packaged under vacuum from slaughterhouse brazilian, has been reported since 2007. Once detected, and presents the main sources of contamination in slaughter establishments, there was the need to advance the search for new knowledge about this Clostridia, however, the classical microbiological methods for their detection are considered difficult to implement because they require hard work and take a long time. PCR can be a quick and efficient detection of clostridia incriminated in the deterioration of beef chilled vacuum packaged and refrigerated environments slaughterhouses, without isolation of pure cultures. The objective of this study was to develop a test for realtime PCR for detection of Clostridium estertheticum in bovine meat and environments of slaughterhouse brazilian, as well as the molecular identification of isolates of Clostridium estertheticum by means of AFLP and RFLP techniques - PCR. The analytical results were compared with conventional PCR and confirmed by isolation. The Real-Time PCR assay for detection of Clostridium estertheticum in bovine meat and environments of slaughterhouse brazilian, was efficient. Evidence for the presence and distribution of C. estertheticum the sources studied and the technique of RT-PCR provided the highest percentage of positive samples from slaughterhouses that refrigerators Conventional PCR, and this is confirmed by isolation, which has become an important alternative for the detection of C. estertheticum in bovine meat and environments of slaughterhouse without isolation. The isolates used showed general similarity of 42.4%, suggesting high genetic diversity. In addition, the isolates obtained from samples of ambient and refrigerated meat tufted not show significant similarity, greater than 80%, used with any typical strain. The similarity found between the isolates may be indicative of possible similarity between those from meats and puffed from between those environments and equipment. The study revealed that additional steps necessary x for the characterization of Brazilian isolates, especially sequencing of other regions of the DNA so as to determine their taxonomic position. / O envolvimento de Clostridium estertheticum como agente de deterioração de carnes bovinas refrigeradas embaladas a vácuo provenientes de ambientes de frigoríficos no Brasil, vem sendo relatado desde 2007. Uma vez detectados, bem como apontadas as principais fontes de contaminação nos estabelecimentos de abate, surgiu à necessidade de avançar na busca de novos conhecimentos sobre esses clostrídios. No entanto, os métodos microbiológicos clássicos para sua detecção são considerados de difícil execução, pois exigem muito trabalho e demandam muito tempo. A PCR pode ser uma alternativa rápida e eficiente para detecção de clostrídios incriminados na deterioração de carnes bovinas refrigeradas embaladas a vácuo e ambientes de matadouros-frigoríficos, sem a necessidade de isolamento em culturas puras. Objetivou-se com o presente estudo desenvolver um ensaio de PCR em Tempo Real para detecção de Clostridium estertheticum em carnes bovinas e superfícies diversas de matadouros-frigoríficos brasileiros, assim como a identificação molecular de isolados de Clostridium estertheticum, por meio das técnicas RFLP e AFLP – PCR. Os resultados analíticos foram comparados com PCR Convencional e confirmados pelo isolamento. O ensaio PCR em Tempo Real desenvolvido para detecção de Clostridium estertheticum em carnes bovinas e superfícies diversas de matadouros-frigoríficos brasileiros, mostrou-se eficiente. Evidencia-se a presença e disseminação de C. estertheticum nas fontes estudadas e a técnica de PCR em Tempo Real proporcionou maior percentual de positividade para amostras de matadouros- frigoríficos que a técnica de PCR Convencional, sendo este confirmado pelo isolamento, o que demonstra ser uma alternativa importante na detecção de C. estertheticum de carnes bovinas e superfícies diversas de matadouros-frigoríficos sem a necessidade de isolamento. Os isolados utilizados revelaram similaridade geral de 42,4%, sugerindo alta diversidade genética. Além viii disso, os isolados obtidos a partir de amostras de ambientes frigoríficos e carnes tufadas não apresentaram similaridade significativa, maior que 80%, com nenhuma cepa padrão utilizada. A similaridade encontrada entre os isolados pode ser indicativa de possível semelhança entre aqueles provenientes de carnes tufadas e entre aqueles provenientes de ambientes e equipamentos. O estudo mostrou serem necessárias etapas complementares de caracterização dos isolados brasileiros, principalmente sequenciamento de outras regiões do DNA para assim determinar sua posição taxonômica.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:13:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Camila Silveira de Melo.pdf: 1600630 bytes, checksum: 775f7bf932366a49562642895c0c3764 (MD5) Previous issue date: 2011-10-07 / Abstract: Blown Pack is a process of spoilage which characterizes by the build-up of gas in the package of chilled meat cuts, causing a repulsing aspect. In Brazil, this spoilage has been described in many States, mainly meat for export, which needs longer shelf-life. The main cause of blown Pack is attributed to Clostridium estertheticum, a bacteria which multiplies easily in long-term storage at refrigeration temperatures and also in anaerobic organisms found in vacuum-packed chilled meat. The management of these bacteria in the flowchart of slaughter is very difficult due to its sporulated shape, easy dissemination and growth during the meat processing. Having said that, this work aimed to propose a decision support system for risk management for Clostridium estertheticum in the flowchart of bovine slaughter and vacuum-packed chilled beef cuts. Hence, it was carried out an identification of Control Point and Critical Point Control for bacteria as well as a risk classification and quantification in the process of vacuum-packed chilled beef cuts. The decision support system was based on the concept of Risk Assessment and Bayesian Networks. The system elaboration was performed at Shell Netica program. The probabilistic was manually input during the meeting with experts on the area. The first proposed structure of the system was elaborated for classification and quantification for microbiological risks, having as a parent node, a Risk Characterization of blown pack. The children nodes, linked to the parent node, were elaborated and based on Risk Exposure and Hazard Characterization for microbial deterioration in blown packed spoilage in meat cuts. In the second part of the proposition of the system, it was selected the slaughter operations and the determining factors of contamination in the processes. The parent nodes indentified the contamination risks and the children nodes the slaughter conditions. The system performance was assessed by specificity and sensibility. The proposed model presented a satisfactory performance, being reliable to the productive reality. The system presented high risk for blown pack for C. estertheticum, lactic acid bacteria and Enterobacteriaceae. Concerning its performance in identifying the contamination risk on the flowchart of slaughter, it has been high, with 100% of specificity and sensibility. The proposed model presented clear diagnosis, showing the operations that need more attention by the risk manager‟s part. / O tufamento é um processo de deterioração que se caracteriza pelo acúmulo de gases no interior da embalagem de cortes cárneos, provocando aspecto repugnante. No Brasil, essa deterioração já foi observada em vários Estados, principalmente em lotes destinados a exportação, que necessitam de maior vida de prateleira. O principal causador do tufamento é o Clostridium estertheticum, uma bactéria que se multiplica com facilidade em temperaturas de refrigeração e em anaerobiose, sendo essas condições encontradas em carnes embaladas a vácuo. O gerenciamento dessa bactéria no fluxograma de abate é muito difícil devido à sua forma esporulada e facilidade de disseminação e crescimento durante o processamento da carne bovina. Diante do exposto, objetivou-se com o presente trabalho propor um sistema de apoio à decisão de gerenciamento de risco de Clostridium estertheticum, no fluxograma de abate de bovinos e em cortes cárneos embalados a vácuo. Para isso, foi realizada a identificação dos Pontos de Controle e Pontos Críticos de Controle para a bactéria, além da classificação e quantificação de riscos no processo de obtenção de cortes cárneos refrigerados embalados a vácuo. O sistema de apoio a decisão foi baseado no conceito de Avaliação de Risco e Redes Bayesianas. A elaboração do sistema foi realizada no programa Shell Netica, com as probabilidades inseridas de forma manual durante reuniões com especialista da área. A primeira estrutura do sistema proposto foi elaborada para classificação e quantificação de riscos microbiológicos, possuindo como nó pai a Caracterização do Risco de tufamento. Os nós filhos, ligados ao nó pai, foram elaborados com base na Exposição de Risco e Caracterização de Perigo para deteriorantes incriminados em tufamento de cortes cárneos. Na proposição da segunda parte do sistema, foram elencadas as operações de abate e os fatores determinantes da contaminação dos processos, assim sendo, os nós pais identificaram o risco de contaminação e os nós filhos as condições de abate. O desempenho do sistema foi avaliado por meio da especificidade e sensibilidade. O modelo proposto apresentou desempenho satisfatório, sendo fidedigno à realidade produtiva. O sistema apresentou alto risco de tufamento para C. estertheticum, bactérias ácido láticas e Enterobacteriaceae. Quanto ao seu desempenho em identificar risco de contaminação no fluxograma de abate, esse se mostrou elevado, com 100% de especificidade e sensibilidade. O modelo proposto apresentou diagnósticos claros, apontando as operações que necessitam de maior atenção por parte do gestor de riscos.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:13:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Claudia peixoto bueno.pdf: 2154558 bytes, checksum: e3212e2f2e948a89b381b38c7ab473b7 (MD5) Previous issue date: 2009-02-20 / The deterioration of vacuum packed refrigerated meat accompanied by large gas production - a phenomenon called blown pack - is considered a major cause of economic losses of the meat industry in several regions of Brazil and the world. Several psychrophilic and psychrotrophic microorganisms may be involved, especially species of Clostridium. The objective of the present study was to perform the molecular characterization, through the use of the PCR technique, and the molecular isolation by conventional bacteriology, of the main microorganisms that cause blown pack in refrigerated meat from Brazil, New Zealand and the United Kingdom. Thus, typing techniques were used to differentiate the species and subspecies involved in this type of deterioration. Tirty-six samples of Brazilian blown pack meat, 6 samples from the UK and 12 experimental blown pack samples of venison from the North Island of New Zealand were analyzed. Three pairs of primers, the RFP / RRP, the 16SEF/16SER and the pair EISRF / EISRR were used for C. estertheticum estertheticum and Clostridium estertheticum like, and one for C. gasigenes (16DBF/16DBR). The samples with the PCR results were sent to a microbiology laboratory for conventional isolation of Clostridium estertheticum. It was concluded that Clostridium estertheticum estertheticum is responsible for the deterioration of meat and hence the blown pack in the UK. Samples of blown pack Brazilian meat have Clostridium estertheticum like as primary causal agent. The typing was carried out in isolates and strains - donated by Mirinz Center / Ruakura Agresearch / Hamilton / New Zealand - together with two isolates from Brazil, involved in this type of deterioration. The selected techniques AFLP and RFLP - PCR were able to distinguish species and subspecies of psychrophilic and psychrotrophic clostridia. However, the AFLP showed the highest discriminatory power, being able to distinguish 100% of the species - C. estertheticum, C. frigoris, C. bowmani, C. lacusfryxellense and C. psychrophylum - and also the subspecies C. estertheticum estertheticum, C. estertheticum laramiense, C. estertheticum like k21 and k24. Through the technique of RFLP, it was possible to differentiate the species of clostridia psychrotrophic, psichrophilic and also the subspecies C. estertheticum estertheticum and Clostridium estertheticum like, along with the use of four restriction endonucleases - AluI, CfoI, TaqI and HaeIII. The HaeIII provided greater variety of fragments and the ability to differentiate the species of clostridia psychrophilic and psychrotrophic, whereas TaqI was the only enzyme capable of differentiating the subspecies of C. estertheticum estertheticum and C. estertheticum laramiense of C. estertheticum like. The Brazilian samples isolated fit into the group of Clostridium estertheticum like, although there is no confirmation of the absence of Clostridium estertheticum estertheticum in the country. / A deterioração de carnes refrigeradas embaladas a vácuo acompanhada de grande produção de gás - fenômeno denominado tufamento de embalagens - é considerada uma das principais causas de perdas econômicas da indústria cárnea, em várias regiões do Brasil e do mundo. Diversos microrganismos psicrofílicos e psicrotróficos podem estar envolvidos, destacando-se espécies do gênero Clostridium. Objetivou-se com o presente estudo a caracterização molecular, por meio do emprego da técnica de PCR e o isolamento pela bacteriologia convencional, dos principais microrganismos causadores do tufamento de embalagens de carnes refrigeradas procedentes do Brasil, Nova Zelândia e Reino Unido. Para tanto, foram empregadas técnicas de tipagem visando a diferenciação das espécies e subespécies envolvidas neste tipo de deterioração. Foram analisadas 36 amostras tufadas de carnes brasileiras, 6 amostras tufadas oriundas do Reino Unido e 12 amostras experimentais tufadas de carne de cervo provenientes da Ilha Norte da Nova Zelândia. Foram utilizados três pares de primers, o RFP/RRP, o 16SEF/16SER e o par EISRF/EISRR para C. estertheticum estertheticum e Clostridium estertheticum like e um para C. gasigenes (16DBF/16DBR). As amostras com os resultados positivos ao PCR foram enviadas para a microbiologia convencional para isolamento do Clostridium estertheticum. Concluiu-se que o Clostridium estertheticum estertheticum é responsável pela deterioração das carnes e, consequentemente, pelo tufamento das embalagens no Reino Unido. As amostras tufadas de embalagens de carnes brasileiras têm como principal agente causador o Clostridium estertheticum like. A tipagem foi relizada em cepas e isolados doados pelo Mirinz Centre/ Ruakura AgResearch/ Hamilton/NZ - juntamente a dois isolados brasileiros, envolvidos nesse tipo de deterioração . As técnicas eleitas AFLP e RFLP PCR foram capazes de distinguir as espécies e subespécies de clostrídios psicrofílicos e psicrotróficos, porém, o AFLP apresentou maior poder discriminatório, sendo capaz de diferenciar 100% das espécies C. estertheticum, C. frigoris, C. bowmani, C. lacusfryxellense e C psychrophylum - e também as subespécies - Clostridium estertheticum estertheticum, Clostridium estertheticum laramiense, o Clostridium estertheticum like K21 e Clostridium estertheticum like K24. Por meio da técnica de RFLP foi possível diferenciar as espécies do clostrídio psicrofílicos e psicrotróficos e também as subespécies C. estertheticum estertheticum e Clostridium estertheticum like, utilizando em conjunto as quatro endonucleases de restrição AluI, CfoI, TaqI e HaeIII. A HaeIII proporciona maior variedade de fragmentos e capacidade de diferenciar as espécies de clostrídios psicrofílicos e psicrotróficos. Já a TaqI foi a única enzima capaz de diferenciar as subespécies C. estertheticum estertheticum e C. estertheticum laramiense do C. estertheticum like. As amostras brasileiras isoladas se enquadraram no grupo do Clostridium estertheticum like.