Dissertação (mestrado) - Universidade de Brasilia. Departamento de Biologia Vegetal / Made available in DSpace on 2016-01-08T14:53:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 1984

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2012-10-21T01:27:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 191150.pdf: 993555 bytes, checksum: 2e779515979af2597a4cedc731d3419d (MD5) / Partindo do pressuposto de que o estudo referente aos recursos hídricos é de relevância para várias áreas do conhecimento, a presente pesquisa buscou enfocar o assunto num aspecto econômico-ecológico, apresentado em quatro momentos distintos. Inicialmente, fez-se uma análise crítica sobre a problemática, inserindo-a dentro de um contexto maior, como reflexo de uma crise civilizatória pela qual passamos na atualidade. Partiu-se, então, a uma descrição do que seria entendido como Economia Ambiental, apresentando suas principais vertentes e propostas. O objetivo foi o de evidenciar a relação que se estabelece entre a economia e o meio ambiente e avaliar sua contribuição para a solução de questões ambientais. No intuito de atender tal objetivo, realizou-se um estudo de caso, diagnosticando o estado de degradação/poluição hídrica como resultado da atividade de criação de suínos praticada na sub-bacia do rio Bonito/Coruja, localizada no município de Braço do Norte (SC) para, afinal, proceder a avaliação de metodologias e noções propostas pela economia ambiental.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2001-02-22Bitstream added on 2014-06-13T20:33:46Z : No. of bitstreams: 1 moreira_ae_me_sjrp.pdf: 1607576 bytes, checksum: 6defec23b76aee9fab3792f6dfc9ab01 (MD5) / O presente trabalho descreve a caracterização molecular parcial e a localização subcelular de um isolado brasileiro do vírus do mosaico do feijoeiro do sul dos E.U.A. (southern bean mosaic virus, SBMV, gênero Sobemovirus) encontrado no Estado de São Paulo e aqui intitulado SBMV-BSP. O SBMV-BSP infectou sistemicamente plantas de Phaseolus vulgaris L. 'Rosinha induzindo mosaico, distorção foliar e redução do tamanho da planta. O SBMV-BSP foi purificado à partir de folhas de feijoeiros, cv. Rosinha, infectados produzindo preparações de bom grau de pureza e concentração viral satisfatória (50-70 mg/Kg de folhas infectadas). Por eletroforese em gel desnaturante SDS-PAGE, foi determinada a massa molecular da proteína capsidial com valor estimado em 30 kDa. Um anti-soro para a proteína capsidial foi obtido de galinhas imunizadas com preparações purificadas do vírus (anti-SBMV), sendo este específico e de alto título (1:128.000). Em SDS-PAGE, uma análise comparativa de extratos de planta sadia e infectada evidenciou a presença de uma banda a mais neste último que foi identificada por Western blot utilizando o anti-SBMV como sendo correspondente à proteína capsidial do SBMV-BSP. RNAs de vários tamanhos (4,2 Kb; 3,1 Kb; 2,65 Kb; 2,15 Kb; 1,64 Kb; 1,36 Kb; e 1,0 Kb) foram obtidos do SBMV-BSP purificado, confirmando a heterogeneidade dos RNAs presentes nos virions. Uma sonda molecular não radioativa que reconhece especificamente os RNAs do SBMV-BSP e não reconhece RNAs de planta sadia foi produzida. Através de Northern blot e hibridização com essa sonda todos os fragmentos de RNAs foram detectados também em extratos de plantas infectadas pelo vírus, comprovando pela primeira vez a presença dos RNAs heterogêneos na planta hospedeira. Duas espécies de RNAs de fita dupla foram extraídas a partir de extratos de plantas de feijoeiro infectadas pelo SBMV-BSP,... / The present work describes the partial molecular characterization and the subcellular localization of a Brazilian isolated of Southern bean mosaic virus (SBMV, genus Sobemovirus) found in the São Paulo State and designated SBMV-BSP. The SBMV-BSP infected systemically plants of Phaseolus vulgaris L Rosinha inducing mosaic, leaf distortions and reduction of the size of the plant. The SBMV-BSP was purified from infected bean leaves yielding preparations with a good degree of purity and satisfactory virus concentration (50-70 mg/kh of infected leaves). By denaturing gel electrophoresis (SDS-PAGE), the molecular mass of the coat protein was determined to have an estimated value of 30 kDa. An antiserum for the coat protein was obtained from hens immunized with purified viral preparation (anti-SBMV), having high specificity and title (1:120,000). In SDS-PAGE a comparative analysis of infected and healthy plants showed the presence of an extra band in extracts of infected plants identified by Western blot, using anti-SBMV, as the coat protein of the SBMV-BSP. RNAs of many sizes (4.2 Kb; 3.1 Kb; 2.65 Kb; 2.15 Kb; 1.64 Kb; 1.36 Kb; e 1.0 Kb) were detected in SBMV-BSP purified preparations, confirming the heterogeneity of the RNAs found in virions. A non-radioactive molecular probe was produced which recognizes specifically viral RNAs but does not recognize RNAs from healthy plants. Using Northern blot and hybridization with the specific probe it was shown that the heterogenous RNA fragments were also found in extracts of infected plants providing, for the first time, evidence of their presence in the host plant. Two species of double stranded RNAs (dsRNA) were obtained from extracts of SBMV-BSP infected plants, with sizes of 4.2 Kbp and 1.0 Kbp. In bean leaves, SBMV-BSP particles were seen dispersed in the cytoplasm and sometimes arranged in almost crystalline patterns...(Complete abastract click electronic access below)

Les zoonoses émergentes constituent un problème de santé publique majeur. A l'image des virus de l'immunodéficience humaine (VIH), influenza, ou encore Ebola, la plupart des pathogènes zoonotiques prennent leur origine chez la faune sauvage. Les chiroptères sont des réservoirs de virus zoonotiques qui peuvent provoquer des pathologies graves chez l'Homme, comme le virus de la rage ou le coronavirus responsable de la pandémie du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2003-2004. En Asie du Sud-Est, reconnue comme un point chaud d'émergence, les chiroptères sont régulièrement en contact avec l'Homme du fait de l'exploitation des mêmes environnements et des activités de chasse et de consommation de ces animaux sauvages. Le risque de transmission de potentiels virus des chiroptères à l'Homme reste encore très peu étudié, notamment au Cambodge et au Laos. C’est dans ce contexte que s’inscrit ce travail de thèse, qui a pour but de détecter et de caractériser des coronavirus et des astrovirus chez les chiroptères de ces deux pays, et d'explorer les environnements où le risque de transmission à l'Homme serait plus élevé.Un premier axe de travail a porté sur la détection et la caractérisation de ces deux familles virales chez des chiroptères échantillonnés de 2010 à 2013. Une forte diversité de coronavirus et d'astrovirus a été détectée chez de nombreux genres de chiroptères insectivores et frugivores. De nouveaux hôtes réservoirs et de nouvelles souches virales ont été mis en évidence, dont certaines sont relativement proches de souches pathogènes chez l'Homme ou chez d'autres espèces animales. Le deuxième axe d'étude visait une caractérisation plus approfondie des virus. L'étude des protéines impliquées dans l'entrée cellulaire (protéines de capside et de spicule pour les astrovirus et coronaivrus respectivement), permet d'évaluer le potentiel de passage de la barrière d'espèce de ces virus. Plusieurs techniques de séquençage ont été tentées, en particulier au niveau des gènes d'intérêt. Les résultats ont été très limités, et n'ont pas permis une caractérisation approfondie des souches. Néanmoins, ce travail a mis en évidence les points critiques et les approches à envisager dans l'optique d'un futur séquençage de ces virus.Enfin, le troisième axe de recherche a porté sur l'étude des facteurs environnementaux qui pourraient impacter les chiroptères et les potentiels virus zoonotiques qu'ils peuvent porter. Bien que les données aient été limitées, l'approche méthodologique et les pistes d'étude sont à retenir pour des études épidémiologiques futures. De plus les caractéristiques liées à la transformation des paysages naturels par l'Homme est un aspect important à prendre en compte. / Zoonoses are important public health issues, and represent 60% of emerging infectious diseases. Most of zoonotic pathogens originate from wildlife, such as the Human Immunodeficiency Virus, Influenza Virus or Ebola Virus. Chiroptera have been recognized as an important reservoir of zoonotic viruses, such as the lyssavirus or the coronavirus responsible for the pandemic of severe acute respiratory syndrome (SARS) in 2003-2004.Southeast Asia is a hotspot for emerging diseases. Bats represent 30% of the biodiversity and are in close contact with human populations, due to the exploitation of the same environment and the use of bats as food in subsistence hunting. So far, there has been a lack of knowledge and understanding concerning the viruses circulating in the bat population in this region, especially in Cambodia and Lao P.D.R. The work presented in this thesis is dedicated to this problematic, with a special focus on the detection and molecular characterization of coronaviruses and astroviruses in bat populations in these two countries. The aim was also to depict environmental aspects which increase the risk of potential transmission from bats to humans.The first part of this work was dedicated to the detection and typing of astroviruses and coronaviruses in bats collected over a three-year period throughout Cambodia and Lao P.D.R. A high diversity of these viruses was found in various insectivorous and frugivorous bats. New bat reservoirs and new potential virus strains were detected, including some related to strains known to be highly pathogenic for humans or livestock species.The second part of this work therefore concentrates on a deeper characterization of the strains of interest, targeting genomic regions involved in cell host entry, and thus in ability to cross species barriers .Several isolation and sequencing methods were implemented in order to characterize the regions of interest, i.e. capsid and spike proteins. Results were limited and did not permit a deeper characterization. Nevertheless, this work highlights the aspects which need to be improved in order to sequence the viruses more effectively.The final part of this thesis examined environmental factors impacting the distribution pattern of bats, as well as the potential risk for virus transmission to humans. Transformation of landscape by humans from natural to cultivated lands, appeared to be important factors to take into account when investigating bat distribution, and the viruses they can harbor. Despite the weakness of the dataset, the methodological approach is worth being considered in further epidemiological studies on bat-associated viruses.

Orientador: Nelson Szpeiter / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Parana, Setor de Ciencias da Saude, Programa de Pós-Graduação em Medicina Interna / Resumo: Este trabalho foi efetuado para levantar a prevalência de pessoas portadoras do anticorpo contra o vírus da hepatite C. Foram estudadas 3 populações distintas: doadores de sangue, politransfundidos, e funcionários que trabalham na área da saúde. Em relação aos doadores de sangue foram testados 14.235, e destes 122 foram considerados reagentes (positivos), isto e, portadores de anticorpos contra o vírus da hepatite C, perfazendo um percentual de 0,85 %. Dos politransfundidos estudou-se 3 grupos de indivíduos, ou seja 110 hemofilicos com um total de 95 reagentes (positivos), e 15 negativos com um percentual de 86,36 %. A soroprevalencia entre os talassemicos e de 36,84 %, dos 19 testados 7 apresentam o anticorpo contra o vírus da hepatite C. Dos 7 falcemicos testados apenas 1 foi considerado positivo (reagente) com um percentual de 14,20 %. Dentre os 121 funcionários estudados todos apresentaram o teste anti-HCV ELISA negativo. Em detrimento do fato que a alta soroprevalência acomete principalmente os indivíduos submetidos a transfusão de sangue, e seus produtos fica como sugestão a feitura obrigatória do teste anti-HCV ELISA em bancos de sangue como triagem sorológica. Outra conclusão: a soroprevalencia entre doadores de sangue por nos encontrada de 0,85 % não difere da casuística mundial. A soroprevalencia entre os 121 profissionais da área de saúde foi de zero por cento, indicando que a hepatite do tipo C não parece estar relacionada ao tipo de atividade exercida por estes profissionais que neste trabalho foram estudados. / Abstract: The prevalence of hepatitis C virus antibodies was studied in the following populations: volunteers blood donors, multitmafused patients and health care workers. Among 14.235 blood donors tested in the Parana State, Brazil, 122 (=0,85%) were positive for anti-HCV test by second generation ELISA method. In the multitransfused population, three groups of patients were studied: haemophilics, thalassemics and patients with sickle cell anaemia. The prevalence of seropositivity in the 110 haemophilics studied was 95 (=86,36%), in 19 thalassemics tested was 7 (=36,84%) and 1 of 7 patients with sickle cell anaemia was positive (=14,20%). In the 121 health care workers tested, nobody were positive. Due to the high prevalence of anti-HCV in the multitransfused patients, the introduction of anti-HCV test for donor selection is needed. The low prevalence of anti-HCV positivity among health care workers indicate the low risk of infection.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-03Bitstream added on 2014-06-13T19:58:35Z : No. of bitstreams: 1 pachecofilho_jr_me_assis.pdf: 335729 bytes, checksum: bb541156dcb1b311fc0c14224c9d30e1 (MD5) / O Brasil é o país da América do Sul com maior número de casos da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (Aids), possuindo mais de 500 mil casos confirmados. Prejuízos cognitivos, decorrentes da infecção do sistema nervoso central pelo HIV (vírus de imunodeficiência humana), provocam diversos graus de retardo motor, bem como alterações cognitivas e comportamentais, concomitantes às doenças oportunistas. Entretanto, a literatura é pouco específica em relação às alterações mais associadas aos aspectos psicológicos e funcionais, os quais podem interferir na qualidade de vida da pessoa infectada. OBJETIVO: Identificar quais são as alterações cognitivas e comportamentais mais freqüentes em pessoas infectadas pelo HIV, no estágio sintomático. MÉTODO: Para tal, 46 pessoas soronegativas (grupo controle) e 46 pessoas soropositivas divididas em dois grupos (23 com contagem de T CD4+ maior que 350 até 499 mm³ de sangue, constituindo o grupo leve, e 23 com contagem de T CD4+ entre 200 e 350 mm³ de sangue, constituindo o grupo moderado) foram avaliadas por meio de uma bateria de testes psicológicos e instrumentos de avaliação emocional. RESULTADOS: Foram observadas alterações na memória, linguagem, atenção e habilidades vísuo-espaciais em ambos os grupos, bem como elementos relacionados à depressão, ansiedade e desesperança. Prejuízos nas habilidades motoras e funções executivas foram características do grupo com sintomas moderados. CONCLUSÃO: Ambos os grupos – leve e moderado - apresentaram alterações, tanto nos testes psicológicos, quanto nos instrumentos de rastreio emocional, porém com perfis diferenciados, conduzidos de acordo com a contagem de células T CD4+ . / Brazil is the South America country with the largest number of cases of Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS), with more than 500,000 confirmed cases. Cognitive impairments resulting from central nervous system infection by HIV (Human Immunodeficiency Virus), causing many degrees of motor retardation, as well as cognitive and behavioral losses, concomitants to opportunistic diseases. However, the literature is not well specific in relation to changes associated with functional and psychological aspects, which can interfere in the infected person quality of life. PURPOSE: To identify what are the cognitive and behavioral alterations frequently found in HIV-infected people in the symptomatic stage. METHOD: To this end, 46 people seronegative (control group) and 46 seropositive individuals divided into two groups (23 with T CD4+ count greater than 350 to 499 mm ³ of blood, constituting the mild group, and 23 with T CD4+ count greater than 200 to 350 mm ³ of blood, being the moderate group) were evaluated using a battery of psychological and emotional evaluation tests. RESULTS: We observed changes in memory, language, attention and visuospatial skills in both groups, as well as factors related to depression, anxiety and hopeless. Losses in motor skills and executive functions were features of the group with moderate symptoms. CONCLUSION: Both groups – mild and moderate - showed changes in psychological tests and in the emotional screening instruments, but with different profiles, conducted according to the T CD4+ cells count.

Orientador: José Osmar Gaspar / Banca: Addolorata Colariccio / Banca: Gustavo Orlando Bonilla Rodriguez / Resumo: O presente trabalho descreve a caracterização molecular parcial e a localização subcelular de um isolado brasileiro do vírus do mosaico do feijoeiro do sul dos E.U.A. (southern bean mosaic virus, SBMV, gênero Sobemovirus) encontrado no Estado de São Paulo e aqui intitulado SBMV-BSP. O SBMV-BSP infectou sistemicamente plantas de Phaseolus vulgaris L. 'Rosinha" induzindo mosaico, distorção foliar e redução do tamanho da planta. O SBMV-BSP foi purificado à partir de folhas de feijoeiros, cv. Rosinha, infectados produzindo preparações de bom grau de pureza e concentração viral satisfatória (50-70 mg/Kg de folhas infectadas). Por eletroforese em gel desnaturante SDS-PAGE, foi determinada a massa molecular da proteína capsidial com valor estimado em 30 kDa. Um anti-soro para a proteína capsidial foi obtido de galinhas imunizadas com preparações purificadas do vírus (anti-SBMV), sendo este específico e de alto título (1:128.000). Em SDS-PAGE, uma análise comparativa de extratos de planta sadia e infectada evidenciou a presença de uma banda a mais neste último que foi identificada por "Western blot" utilizando o anti-SBMV como sendo correspondente à proteína capsidial do SBMV-BSP. RNAs de vários tamanhos (4,2 Kb; 3,1 Kb; 2,65 Kb; 2,15 Kb; 1,64 Kb; 1,36 Kb; e 1,0 Kb) foram obtidos do SBMV-BSP purificado, confirmando a heterogeneidade dos RNAs presentes nos virions. Uma sonda molecular não radioativa que reconhece especificamente os RNAs do SBMV-BSP e não reconhece RNAs de planta sadia foi produzida. Através de "Northern blot" e hibridização com essa sonda todos os fragmentos de RNAs foram detectados também em extratos de plantas infectadas pelo vírus, comprovando pela primeira vez a presença dos RNAs heterogêneos na planta hospedeira. Duas espécies de RNAs de fita dupla foram extraídas a partir de extratos de plantas de feijoeiro infectadas pelo SBMV-BSP,...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present work describes the partial molecular characterization and the subcellular localization of a Brazilian isolated of Southern bean mosaic virus (SBMV, genus Sobemovirus) found in the São Paulo State and designated SBMV-BSP. The SBMV-BSP infected systemically plants of Phaseolus vulgaris L "Rosinha" inducing mosaic, leaf distortions and reduction of the size of the plant. The SBMV-BSP was purified from infected bean leaves yielding preparations with a good degree of purity and satisfactory virus concentration (50-70 mg/kh of infected leaves). By denaturing gel electrophoresis (SDS-PAGE), the molecular mass of the coat protein was determined to have an estimated value of 30 kDa. An antiserum for the coat protein was obtained from hens immunized with purified viral preparation (anti-SBMV), having high specificity and title (1:120,000). In SDS-PAGE a comparative analysis of infected and healthy plants showed the presence of an extra band in extracts of infected plants identified by Western blot, using anti-SBMV, as the coat protein of the SBMV-BSP. RNAs of many sizes (4.2 Kb; 3.1 Kb; 2.65 Kb; 2.15 Kb; 1.64 Kb; 1.36 Kb; e 1.0 Kb) were detected in SBMV-BSP purified preparations, confirming the heterogeneity of the RNAs found in virions. A non-radioactive molecular probe was produced which recognizes specifically viral RNAs but does not recognize RNAs from healthy plants. Using Northern blot and hybridization with the specific probe it was shown that the heterogenous RNA fragments were also found in extracts of infected plants providing, for the first time, evidence of their presence in the host plant. Two species of double stranded RNAs (dsRNA) were obtained from extracts of SBMV-BSP infected plants, with sizes of 4.2 Kbp and 1.0 Kbp. In bean leaves, SBMV-BSP particles were seen dispersed in the cytoplasm and sometimes arranged in almost crystalline patterns...(Complete abastract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Paulo Inácio da Costa / Banca: Henrique Ferreira / Banca: Nelson Wulff / Banca: José Belasque Junior / Banca: Marcel Bellato Spósito / Resumo: Devido a grande importância econômica da citricultura no Brasil e mundo e aos problemas sanitários enfrentados sendo alguns limitantes para o cultivo, como é o caso das doenças causadas por vírus como: a tristeza cítrica, causada pelo vírus da tristeza dos citros (CTV), pertencente ao gênero Closterovirus, família Closteroviridae, uma das maiores ameaças da citricultura mundial, mesmo com a pré imunização através de estirpes fracas do vírus e substituição de porta enxertos, estirpes fortes de CTV ainda causam prejuízos consideráveis. E com o aparecimento da doença morte súbita dos citros (MSC) de etiologia não determinada. Pelo fato de não haver ainda métodos eficientes de separação de ambos os vírus presentes em uma única amostra, levantando se as hipóteses que a causa da MSC esteja relacionada a uma estirpe do vírus CTV, a um vírus do gênero Marafivirus denominado Citrus Sudden Death-associated Virus (CSDaV), pertencente ao gênero Marafivirus, família Tymoviridae, ou a uma associação entre eles. Este trabalho vem propor um método eficaz de separação por citometria de fluxo (FC) de CTV e CSDaV em amostras semi purificadas, diluídas em tampão TE, pH7,5, utilizando marcação de ácidos nucléicos com Iodeto de Propídeo (PI) e conjugação de anticorpos policlonais anti CTV com Isotiocianato de Fluoresceína (FITC), cuja eficácia do método foi comprovada pela reação da polimerase em cadeia (PCR) / Abstract: Because of high economic importance of citrus in Brazil and the world and health problems being faced some limiting factors for growing as is the case of diseases caused by viruses such as sadness citrus caused by citrus tristeza virus (CTV) belonging to Closterovirus gender, family Closteroviridae, one of the biggest threats to the citrus industry worldwide, even with the pre immunization using mild virus strains and replacement of the rootstocks, strong strains of CTV still cause considerable damage. And with the onset of the disease citrus sudden death (MSC) of undetermined etiology. Because there is not yet efficient methods of separation of the two viruses present in a single sample, raising the hypotheses that the cause of SCD is related to a strain of CTV, a virus Marafivirus group called Citrus Sudden Death-associated Virus (CSDaV) belonging to the genus Marafivirus, Tymoviridae family, or an association between them, this paper proposes an effective method of separation by flow cytometry (FC) and CTV in samples CSDaV semi purified, diluted in TE buffer, pH7, 5, using marking of nucleic acids with propidium iodide (PI) and a combination of polyclonal anti CTV with Fluorescein isothiocyanate (FITC), the effectiveness of the method was confirmed by polymerase reaction chain reaction (PCR) / Doutor

Introdução: O Vírus da Hepatite B (HBV) é um vírus de DNA com tropismo por hepatócitos, que apresenta um genoma circular parcialmente dupla fita. Baseado na divergência de sequência do genoma completo, dez linhagens evolutivas, denominadas “genótipos” de HBV, foram descritas (A-J), sendo F e H considerados como “indígenas” da América. Os genótipos de HBV apresentam uma forte estruturação geográfica, o que pode refletir padrões das migrações humanas. Na América do Sul, áreas de alto endemismo incluem a região amazônica, e as maiores taxas de infecção têm sido observadas em populações Nativas Americanas. Embora a forte estruturação geográfica seja indicativa de uma origem antiga, a maioria das análises visando datar a origem dos genótipos “americanos” F e H resulta em datações extremamente recentes que não condizem com eventos históricos relacionados ao HBV. Objetivo: Os objetivos desse trabalho compreendem avaliar o impacto de diferentes taxas evolutivas e da seleção purificadora sobre as estimativas de datação molecular a fim de inferir quais taxas são mais condizentes com a origem do HBV na América; caracterizar o HBV circulante em uma amostra histórica de Nativos Americanos, e discutir os processos históricos que possam ser relevantes para entender os padrões observados. Material e Métodos: Nós realizamos análise Bayesiana utilizando sequências disponíveis dos genótipos F e H e diferentes taxas evolutivas previamente reportadas, e comparamos a ocorrência de mutações sinônimas e não-sinônimas em ramos da filogenia classificados como “antigos” ou “recentes” a fim de inferir a atuação da seleção purificadora ao longo do tempo. Para caracterização do HBV presente nas populações Nativas Americanas, detecção e amplificação do DNA viral foi obtida através de PCR seguido de sequenciamento e análise filogenética. Análise Bayesiana de Skyline Plot foi realizada para comparar a dinâmica populacional do subgenótipo A1 presente na amostra de Nativos Americanos e em outras cepas isoladas no Brasil. Resultados e conclusão: Nossos resultados mostram que as estimativas de datação molecular são fortemente influenciadas pelas taxas evolutivas utilizadas na análise. Além disso, foi observado excesso de mutações não-sinônimas nos ramos recentes da filogenia, o que é compatível com a ocorrência de seleção purificadora, e pode gerar um viés sobre as estimativas, produzindo datações recentes demais. Na amostra de Nativos Americanos, nós constatamos o predomínio do subgenótipo A1, relacionado com populações africanas. Análise de Skyline Plot mostrou que a expansão populacional nas cepas isoladas de Nativos Americanos é mais recente que aquela inferida para outras cepas brasileiras, sugerindo que os processos históricos que contribuíram para a formação do subgenótipo A1 dos Nativos Americanos são relacionados com ondas migratórias mais recentes em direção à região amazônica. / Introduction: Hepatitis B virus (HBV) is a hepatotropic DNA virus that presents a partially double-stranded circular genome. Based on sequence divergence of the complete genome, ten HBV evolutionary lineages, called “genotypes” have been described (A-J), with F and H being considered as indigenous from the Americas. HBV genotypes present a remarkable geographic structure which may reflect historic patterns of human migrations. In South America, areas of high endemism include the Amazon basin, and high prevalence rates have been observed in Native American populations. Although the strong geographical structure indicates an ancient origin, most analysis trying to date the origin of the “American” genotypes F and H result in extremely recent dates that disagree with historical events related with HBV. Objective: The aims of this study comprise evaluate the impact of different evolutionary rates and of the purifying selection on molecular dating estimates in order to infer which rates are in better agreement with the origin of HBV in the Americas; to characterize the HBV circulating in a historical sample of Native Americans, and discussing the historical processes that might be relevant to understand the observed patterns. Materials and Methods: We performed a Bayesian analysis using the available sequences of F and H genotypes and different evolutionary rates previously reported, and compared the occurrence of synonymous and non-synonymous mutations in branches of phylogeny classified as “old” or “young” in order to infer the effects of purifying selection over time. For the characterization of HBV from Native American populations, detection and amplification of viral DNA were obtained through PCR followed by sequencing and phylogenetic analysis. Bayesian Skyline Plot analysis was performed to compare the population dynamics of the A1 subgenotype present in the sample of Native American and in other strains isolated from Brazil. Results and Conclusion: Our results show that molecular dating estimates are strongly influenced by the evolutionary rate assumed in the analysis. In addition, we observed an excess of non-synonymous mutations in recent branches of phylogeny, which is compatible with the occurrence of purifying selection and may create a bias on the estimates, producing too recent datings. In the sample of Native Americans, we observed a predominance of the A1 subgenotype, related with African populations. Skyline Plot analysis showed that population expansion in strains isolated from Native Americans is more recent than that inferred from other Brazilian strains, suggesting that the historical processes that contributed to the presence of A1 subgenotype A1 Native Americans are related with more recent migratory waves towards the Amazon region.

Introdução: O Vírus da Hepatite B (HBV) é um vírus de DNA com tropismo por hepatócitos, que apresenta um genoma circular parcialmente dupla fita. Baseado na divergência de sequência do genoma completo, dez linhagens evolutivas, denominadas “genótipos” de HBV, foram descritas (A-J), sendo F e H considerados como “indígenas” da América. Os genótipos de HBV apresentam uma forte estruturação geográfica, o que pode refletir padrões das migrações humanas. Na América do Sul, áreas de alto endemismo incluem a região amazônica, e as maiores taxas de infecção têm sido observadas em populações Nativas Americanas. Embora a forte estruturação geográfica seja indicativa de uma origem antiga, a maioria das análises visando datar a origem dos genótipos “americanos” F e H resulta em datações extremamente recentes que não condizem com eventos históricos relacionados ao HBV. Objetivo: Os objetivos desse trabalho compreendem avaliar o impacto de diferentes taxas evolutivas e da seleção purificadora sobre as estimativas de datação molecular a fim de inferir quais taxas são mais condizentes com a origem do HBV na América; caracterizar o HBV circulante em uma amostra histórica de Nativos Americanos, e discutir os processos históricos que possam ser relevantes para entender os padrões observados. Material e Métodos: Nós realizamos análise Bayesiana utilizando sequências disponíveis dos genótipos F e H e diferentes taxas evolutivas previamente reportadas, e comparamos a ocorrência de mutações sinônimas e não-sinônimas em ramos da filogenia classificados como “antigos” ou “recentes” a fim de inferir a atuação da seleção purificadora ao longo do tempo. Para caracterização do HBV presente nas populações Nativas Americanas, detecção e amplificação do DNA viral foi obtida através de PCR seguido de sequenciamento e análise filogenética. Análise Bayesiana de Skyline Plot foi realizada para comparar a dinâmica populacional do subgenótipo A1 presente na amostra de Nativos Americanos e em outras cepas isoladas no Brasil. Resultados e conclusão: Nossos resultados mostram que as estimativas de datação molecular são fortemente influenciadas pelas taxas evolutivas utilizadas na análise. Além disso, foi observado excesso de mutações não-sinônimas nos ramos recentes da filogenia, o que é compatível com a ocorrência de seleção purificadora, e pode gerar um viés sobre as estimativas, produzindo datações recentes demais. Na amostra de Nativos Americanos, nós constatamos o predomínio do subgenótipo A1, relacionado com populações africanas. Análise de Skyline Plot mostrou que a expansão populacional nas cepas isoladas de Nativos Americanos é mais recente que aquela inferida para outras cepas brasileiras, sugerindo que os processos históricos que contribuíram para a formação do subgenótipo A1 dos Nativos Americanos são relacionados com ondas migratórias mais recentes em direção à região amazônica. / Introduction: Hepatitis B virus (HBV) is a hepatotropic DNA virus that presents a partially double-stranded circular genome. Based on sequence divergence of the complete genome, ten HBV evolutionary lineages, called “genotypes” have been described (A-J), with F and H being considered as indigenous from the Americas. HBV genotypes present a remarkable geographic structure which may reflect historic patterns of human migrations. In South America, areas of high endemism include the Amazon basin, and high prevalence rates have been observed in Native American populations. Although the strong geographical structure indicates an ancient origin, most analysis trying to date the origin of the “American” genotypes F and H result in extremely recent dates that disagree with historical events related with HBV. Objective: The aims of this study comprise evaluate the impact of different evolutionary rates and of the purifying selection on molecular dating estimates in order to infer which rates are in better agreement with the origin of HBV in the Americas; to characterize the HBV circulating in a historical sample of Native Americans, and discussing the historical processes that might be relevant to understand the observed patterns. Materials and Methods: We performed a Bayesian analysis using the available sequences of F and H genotypes and different evolutionary rates previously reported, and compared the occurrence of synonymous and non-synonymous mutations in branches of phylogeny classified as “old” or “young” in order to infer the effects of purifying selection over time. For the characterization of HBV from Native American populations, detection and amplification of viral DNA were obtained through PCR followed by sequencing and phylogenetic analysis. Bayesian Skyline Plot analysis was performed to compare the population dynamics of the A1 subgenotype present in the sample of Native American and in other strains isolated from Brazil. Results and Conclusion: Our results show that molecular dating estimates are strongly influenced by the evolutionary rate assumed in the analysis. In addition, we observed an excess of non-synonymous mutations in recent branches of phylogeny, which is compatible with the occurrence of purifying selection and may create a bias on the estimates, producing too recent datings. In the sample of Native Americans, we observed a predominance of the A1 subgenotype, related with African populations. Skyline Plot analysis showed that population expansion in strains isolated from Native Americans is more recent than that inferred from other Brazilian strains, suggesting that the historical processes that contributed to the presence of A1 subgenotype A1 Native Americans are related with more recent migratory waves towards the Amazon region.