Introdução: O Vírus da Hepatite B (HBV) é um vírus de DNA com tropismo por hepatócitos, que apresenta um genoma circular parcialmente dupla fita. Baseado na divergência de sequência do genoma completo, dez linhagens evolutivas, denominadas “genótipos” de HBV, foram descritas (A-J), sendo F e H considerados como “indígenas” da América. Os genótipos de HBV apresentam uma forte estruturação geográfica, o que pode refletir padrões das migrações humanas. Na América do Sul, áreas de alto endemismo incluem a região amazônica, e as maiores taxas de infecção têm sido observadas em populações Nativas Americanas. Embora a forte estruturação geográfica seja indicativa de uma origem antiga, a maioria das análises visando datar a origem dos genótipos “americanos” F e H resulta em datações extremamente recentes que não condizem com eventos históricos relacionados ao HBV. Objetivo: Os objetivos desse trabalho compreendem avaliar o impacto de diferentes taxas evolutivas e da seleção purificadora sobre as estimativas de datação molecular a fim de inferir quais taxas são mais condizentes com a origem do HBV na América; caracterizar o HBV circulante em uma amostra histórica de Nativos Americanos, e discutir os processos históricos que possam ser relevantes para entender os padrões observados. Material e Métodos: Nós realizamos análise Bayesiana utilizando sequências disponíveis dos genótipos F e H e diferentes taxas evolutivas previamente reportadas, e comparamos a ocorrência de mutações sinônimas e não-sinônimas em ramos da filogenia classificados como “antigos” ou “recentes” a fim de inferir a atuação da seleção purificadora ao longo do tempo. Para caracterização do HBV presente nas populações Nativas Americanas, detecção e amplificação do DNA viral foi obtida através de PCR seguido de sequenciamento e análise filogenética. Análise Bayesiana de Skyline Plot foi realizada para comparar a dinâmica populacional do subgenótipo A1 presente na amostra de Nativos Americanos e em outras cepas isoladas no Brasil. Resultados e conclusão: Nossos resultados mostram que as estimativas de datação molecular são fortemente influenciadas pelas taxas evolutivas utilizadas na análise. Além disso, foi observado excesso de mutações não-sinônimas nos ramos recentes da filogenia, o que é compatível com a ocorrência de seleção purificadora, e pode gerar um viés sobre as estimativas, produzindo datações recentes demais. Na amostra de Nativos Americanos, nós constatamos o predomínio do subgenótipo A1, relacionado com populações africanas. Análise de Skyline Plot mostrou que a expansão populacional nas cepas isoladas de Nativos Americanos é mais recente que aquela inferida para outras cepas brasileiras, sugerindo que os processos históricos que contribuíram para a formação do subgenótipo A1 dos Nativos Americanos são relacionados com ondas migratórias mais recentes em direção à região amazônica. / Introduction: Hepatitis B virus (HBV) is a hepatotropic DNA virus that presents a partially double-stranded circular genome. Based on sequence divergence of the complete genome, ten HBV evolutionary lineages, called “genotypes” have been described (A-J), with F and H being considered as indigenous from the Americas. HBV genotypes present a remarkable geographic structure which may reflect historic patterns of human migrations. In South America, areas of high endemism include the Amazon basin, and high prevalence rates have been observed in Native American populations. Although the strong geographical structure indicates an ancient origin, most analysis trying to date the origin of the “American” genotypes F and H result in extremely recent dates that disagree with historical events related with HBV. Objective: The aims of this study comprise evaluate the impact of different evolutionary rates and of the purifying selection on molecular dating estimates in order to infer which rates are in better agreement with the origin of HBV in the Americas; to characterize the HBV circulating in a historical sample of Native Americans, and discussing the historical processes that might be relevant to understand the observed patterns. Materials and Methods: We performed a Bayesian analysis using the available sequences of F and H genotypes and different evolutionary rates previously reported, and compared the occurrence of synonymous and non-synonymous mutations in branches of phylogeny classified as “old” or “young” in order to infer the effects of purifying selection over time. For the characterization of HBV from Native American populations, detection and amplification of viral DNA were obtained through PCR followed by sequencing and phylogenetic analysis. Bayesian Skyline Plot analysis was performed to compare the population dynamics of the A1 subgenotype present in the sample of Native American and in other strains isolated from Brazil. Results and Conclusion: Our results show that molecular dating estimates are strongly influenced by the evolutionary rate assumed in the analysis. In addition, we observed an excess of non-synonymous mutations in recent branches of phylogeny, which is compatible with the occurrence of purifying selection and may create a bias on the estimates, producing too recent datings. In the sample of Native Americans, we observed a predominance of the A1 subgenotype, related with African populations. Skyline Plot analysis showed that population expansion in strains isolated from Native Americans is more recent than that inferred from other Brazilian strains, suggesting that the historical processes that contributed to the presence of A1 subgenotype A1 Native Americans are related with more recent migratory waves towards the Amazon region.

Introdução: O Vírus da Hepatite B (HBV) é um vírus de DNA com tropismo por hepatócitos, que apresenta um genoma circular parcialmente dupla fita. Baseado na divergência de sequência do genoma completo, dez linhagens evolutivas, denominadas “genótipos” de HBV, foram descritas (A-J), sendo F e H considerados como “indígenas” da América. Os genótipos de HBV apresentam uma forte estruturação geográfica, o que pode refletir padrões das migrações humanas. Na América do Sul, áreas de alto endemismo incluem a região amazônica, e as maiores taxas de infecção têm sido observadas em populações Nativas Americanas. Embora a forte estruturação geográfica seja indicativa de uma origem antiga, a maioria das análises visando datar a origem dos genótipos “americanos” F e H resulta em datações extremamente recentes que não condizem com eventos históricos relacionados ao HBV. Objetivo: Os objetivos desse trabalho compreendem avaliar o impacto de diferentes taxas evolutivas e da seleção purificadora sobre as estimativas de datação molecular a fim de inferir quais taxas são mais condizentes com a origem do HBV na América; caracterizar o HBV circulante em uma amostra histórica de Nativos Americanos, e discutir os processos históricos que possam ser relevantes para entender os padrões observados. Material e Métodos: Nós realizamos análise Bayesiana utilizando sequências disponíveis dos genótipos F e H e diferentes taxas evolutivas previamente reportadas, e comparamos a ocorrência de mutações sinônimas e não-sinônimas em ramos da filogenia classificados como “antigos” ou “recentes” a fim de inferir a atuação da seleção purificadora ao longo do tempo. Para caracterização do HBV presente nas populações Nativas Americanas, detecção e amplificação do DNA viral foi obtida através de PCR seguido de sequenciamento e análise filogenética. Análise Bayesiana de Skyline Plot foi realizada para comparar a dinâmica populacional do subgenótipo A1 presente na amostra de Nativos Americanos e em outras cepas isoladas no Brasil. Resultados e conclusão: Nossos resultados mostram que as estimativas de datação molecular são fortemente influenciadas pelas taxas evolutivas utilizadas na análise. Além disso, foi observado excesso de mutações não-sinônimas nos ramos recentes da filogenia, o que é compatível com a ocorrência de seleção purificadora, e pode gerar um viés sobre as estimativas, produzindo datações recentes demais. Na amostra de Nativos Americanos, nós constatamos o predomínio do subgenótipo A1, relacionado com populações africanas. Análise de Skyline Plot mostrou que a expansão populacional nas cepas isoladas de Nativos Americanos é mais recente que aquela inferida para outras cepas brasileiras, sugerindo que os processos históricos que contribuíram para a formação do subgenótipo A1 dos Nativos Americanos são relacionados com ondas migratórias mais recentes em direção à região amazônica. / Introduction: Hepatitis B virus (HBV) is a hepatotropic DNA virus that presents a partially double-stranded circular genome. Based on sequence divergence of the complete genome, ten HBV evolutionary lineages, called “genotypes” have been described (A-J), with F and H being considered as indigenous from the Americas. HBV genotypes present a remarkable geographic structure which may reflect historic patterns of human migrations. In South America, areas of high endemism include the Amazon basin, and high prevalence rates have been observed in Native American populations. Although the strong geographical structure indicates an ancient origin, most analysis trying to date the origin of the “American” genotypes F and H result in extremely recent dates that disagree with historical events related with HBV. Objective: The aims of this study comprise evaluate the impact of different evolutionary rates and of the purifying selection on molecular dating estimates in order to infer which rates are in better agreement with the origin of HBV in the Americas; to characterize the HBV circulating in a historical sample of Native Americans, and discussing the historical processes that might be relevant to understand the observed patterns. Materials and Methods: We performed a Bayesian analysis using the available sequences of F and H genotypes and different evolutionary rates previously reported, and compared the occurrence of synonymous and non-synonymous mutations in branches of phylogeny classified as “old” or “young” in order to infer the effects of purifying selection over time. For the characterization of HBV from Native American populations, detection and amplification of viral DNA were obtained through PCR followed by sequencing and phylogenetic analysis. Bayesian Skyline Plot analysis was performed to compare the population dynamics of the A1 subgenotype present in the sample of Native American and in other strains isolated from Brazil. Results and Conclusion: Our results show that molecular dating estimates are strongly influenced by the evolutionary rate assumed in the analysis. In addition, we observed an excess of non-synonymous mutations in recent branches of phylogeny, which is compatible with the occurrence of purifying selection and may create a bias on the estimates, producing too recent datings. In the sample of Native Americans, we observed a predominance of the A1 subgenotype, related with African populations. Skyline Plot analysis showed that population expansion in strains isolated from Native Americans is more recent than that inferred from other Brazilian strains, suggesting that the historical processes that contributed to the presence of A1 subgenotype A1 Native Americans are related with more recent migratory waves towards the Amazon region.

Introdução: O Vírus da Hepatite B (HBV) é um vírus de DNA com tropismo por hepatócitos, que apresenta um genoma circular parcialmente dupla fita. Baseado na divergência de sequência do genoma completo, dez linhagens evolutivas, denominadas “genótipos” de HBV, foram descritas (A-J), sendo F e H considerados como “indígenas” da América. Os genótipos de HBV apresentam uma forte estruturação geográfica, o que pode refletir padrões das migrações humanas. Na América do Sul, áreas de alto endemismo incluem a região amazônica, e as maiores taxas de infecção têm sido observadas em populações Nativas Americanas. Embora a forte estruturação geográfica seja indicativa de uma origem antiga, a maioria das análises visando datar a origem dos genótipos “americanos” F e H resulta em datações extremamente recentes que não condizem com eventos históricos relacionados ao HBV. Objetivo: Os objetivos desse trabalho compreendem avaliar o impacto de diferentes taxas evolutivas e da seleção purificadora sobre as estimativas de datação molecular a fim de inferir quais taxas são mais condizentes com a origem do HBV na América; caracterizar o HBV circulante em uma amostra histórica de Nativos Americanos, e discutir os processos históricos que possam ser relevantes para entender os padrões observados. Material e Métodos: Nós realizamos análise Bayesiana utilizando sequências disponíveis dos genótipos F e H e diferentes taxas evolutivas previamente reportadas, e comparamos a ocorrência de mutações sinônimas e não-sinônimas em ramos da filogenia classificados como “antigos” ou “recentes” a fim de inferir a atuação da seleção purificadora ao longo do tempo. Para caracterização do HBV presente nas populações Nativas Americanas, detecção e amplificação do DNA viral foi obtida através de PCR seguido de sequenciamento e análise filogenética. Análise Bayesiana de Skyline Plot foi realizada para comparar a dinâmica populacional do subgenótipo A1 presente na amostra de Nativos Americanos e em outras cepas isoladas no Brasil. Resultados e conclusão: Nossos resultados mostram que as estimativas de datação molecular são fortemente influenciadas pelas taxas evolutivas utilizadas na análise. Além disso, foi observado excesso de mutações não-sinônimas nos ramos recentes da filogenia, o que é compatível com a ocorrência de seleção purificadora, e pode gerar um viés sobre as estimativas, produzindo datações recentes demais. Na amostra de Nativos Americanos, nós constatamos o predomínio do subgenótipo A1, relacionado com populações africanas. Análise de Skyline Plot mostrou que a expansão populacional nas cepas isoladas de Nativos Americanos é mais recente que aquela inferida para outras cepas brasileiras, sugerindo que os processos históricos que contribuíram para a formação do subgenótipo A1 dos Nativos Americanos são relacionados com ondas migratórias mais recentes em direção à região amazônica. / Introduction: Hepatitis B virus (HBV) is a hepatotropic DNA virus that presents a partially double-stranded circular genome. Based on sequence divergence of the complete genome, ten HBV evolutionary lineages, called “genotypes” have been described (A-J), with F and H being considered as indigenous from the Americas. HBV genotypes present a remarkable geographic structure which may reflect historic patterns of human migrations. In South America, areas of high endemism include the Amazon basin, and high prevalence rates have been observed in Native American populations. Although the strong geographical structure indicates an ancient origin, most analysis trying to date the origin of the “American” genotypes F and H result in extremely recent dates that disagree with historical events related with HBV. Objective: The aims of this study comprise evaluate the impact of different evolutionary rates and of the purifying selection on molecular dating estimates in order to infer which rates are in better agreement with the origin of HBV in the Americas; to characterize the HBV circulating in a historical sample of Native Americans, and discussing the historical processes that might be relevant to understand the observed patterns. Materials and Methods: We performed a Bayesian analysis using the available sequences of F and H genotypes and different evolutionary rates previously reported, and compared the occurrence of synonymous and non-synonymous mutations in branches of phylogeny classified as “old” or “young” in order to infer the effects of purifying selection over time. For the characterization of HBV from Native American populations, detection and amplification of viral DNA were obtained through PCR followed by sequencing and phylogenetic analysis. Bayesian Skyline Plot analysis was performed to compare the population dynamics of the A1 subgenotype present in the sample of Native American and in other strains isolated from Brazil. Results and Conclusion: Our results show that molecular dating estimates are strongly influenced by the evolutionary rate assumed in the analysis. In addition, we observed an excess of non-synonymous mutations in recent branches of phylogeny, which is compatible with the occurrence of purifying selection and may create a bias on the estimates, producing too recent datings. In the sample of Native Americans, we observed a predominance of the A1 subgenotype, related with African populations. Skyline Plot analysis showed that population expansion in strains isolated from Native Americans is more recent than that inferred from other Brazilian strains, suggesting that the historical processes that contributed to the presence of A1 subgenotype A1 Native Americans are related with more recent migratory waves towards the Amazon region.

Orientadores: Fernando Lopes Gonçales Junior, Neiva Sellan Lopes Gonçales / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-08T15:36:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jardim_RuthNogueiraCordeirodeMoraes_M.pdf: 4267075 bytes, checksum: e1769c6758a1c8847d53c93bc31bd35a (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A infecção oculta pelo VHB é caracterizada pela presença do DNA-VHB em indivíduos com o antígeno de superfície (HBsAg) indetectável. A prevalência e significado clínico desta infecção ainda não são totalmente conhecidos. Este trabalho teve por objetivo determinar a prevalência de infecção oculta pelo VHB em dois grupos de pacientes imunossuprimidos (pacientes em tratamento por hemodiálise e pacientes HIV positivos) com anti-HBc positivo co-infectados ou não pelo vírus da hepatite C (VHC). Foi investigada uma possível correlação entre prevalência do DNA-VHB e carga viral, níveis de CD4, fatores de risco e administração de lamivudina no grupo de HIV positivos. O primeiro grupo (G1) foi formado por 34 pacientes hemodialisados que eram HBsAg negativo/anti-HIV negativo. O segundo grupo (G2) formado por 159 pacientes infectados pelo vírus da imunodeficiência humana (anti-HIV positivo) e HBsAg negativo. Foi utilizado como grupo controle (G3), 150 doadores de sangue com marcadores sorológicos negativos para o HBsAg e para o HIV, mas reagentes para o anti-HBc. A pesquisa do DNA do VHB foi realizada pela PCR ?in house? , segundo a técnica de Kaneko et al. (1989), utilizando-se ?primers? específicos da região do core do VHB (limite de detecção 100 cópias/ml). Entre os pacientes hemodialisados, a infecção oculta não esteve presente, talvez devido ao controle da infecção pelo VHB nestes centros, pela adoção das medidas de precauções universais e imunização específica por vacinação contra o VHB que possivelmente, foram eficazes para evitar a presença de infecção oculta pelo VHB. A prevalência de positividade do VHB-DNA entre os pacientes HIV positivos foi de 5,03% (8/159). Este dado mostrou que não houve diferença significativa entre o grupo HIV positivo e o grupo controle (5,03% x 4%). De acordo com estes resultados, provavelmente, a imunossupressão nestes pacientes HIV positivos não foi fator determinante na prevalência de infecção oculta. O DNA-VHB foi observado independente da presença do anti-HBs nos pacientes HIV positivos coinfectados ou não pelo VHC. Esta observação sugere que o anti-HBs não foi capaz de proteger, na totalidade, os pacientes. A prevalência de infecção oculta pelo vírus da hepatite B não foi diferente entre os grupos estudados, HIV positivos e doadores de sangue. Não foi observada associação entre contagem de CD4, carga viral, fator de risco e nem à utilização da lamivudina como parte do tratamento anti-retroviral e ocorrência de hepatite B oculta / Abstract: Occult hepatitis B virus infection is characterized by presence of HBV-DNA in individuals with undetectable hepatitis B surface antigen (HBsAg). The prevalence and clinical significance of this infection remain incompletely defined. The aim of this study was to determinate the prevalence of occult HBV infection between two immunosuppressed populations (maintenance haemodialysis patients and HIV positive patients) with anti-HBc positive, co-infected or not with hepatitis C virus (HCV). Possible correlations were investigated between prevalence of HBV-DNA, viral load, CD4 levels, risk factors and lamivudina administration in the HIV group. The first group (G1) was formed by 34 hemodialysed patients that were HBsAg negative/anti-HIV negative. The second group (G2) formed by 159 human immunodeficiency virus infected patients (anti- HIV positive) and HBsAg negative. Used as a control group (G3), 150 blood donors with serologic markers negative to HBsAg and HIV, but positive for anti-HBc. HBV-DNA testing was performed using ?in house? nested PCR as described by Kaneko et al. and was detected using specific primers derivated from core regions of HBV genome (detection limit 100 copies / ml). Occult hepatitis B virus infection was absent in hemodialysis patients may be due the control of HBV infection in these centers, by adoption universal precautions measures and specific immunization by hepatitis B vaccination perhaps were effective to avoid occult HBV infection. The prevalence of HBV-DNA in HIV positive patients was 5,03% (8/159). This data showed that there was not significant difference between group HIV positive and control (5,03% x 4%). According these results probably the Immunosuppression in this HIV positive patients were not a determinant factor in prevalence of occult infection. The HBV-DNA was observed independent the presence of anti-HBs in HIV positive patients co-infected or not by HCV. This observation suggest that anti-HBs was not able to protect in the totality this patents. The prevalence of occult hepatitis B virus infection was not different among the group studied HIV positive patients and blood donors. It was not observed association between CD4 cell count, viral load, risk factor or treatment antiretroviral with lamivudine and occurrence of occult hepatitis B / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cintia Mara Costa de Oliveira.pdf: 1536626 bytes, checksum: a546517f7c00e6b13c3a43eac85bbc3f (MD5) Previous issue date: 2007-06-01 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The hepatitis B virus (HBV) is an agent of universal distribution which produces in humanity both the gaud and chronic infection. According to the World health organization (WHO) approximately 30% of world population, or about 2 billion of the people, are infected by the HBV. Of these, more than 350, million have become chronic patients. The molecular analysis of the genome HBV has allowed the identification of different genotypes as well as the main mutations which are present in its genome. The present study had as objective to make the sequence of S and C of HBV isolated from different samples born in the Amazon State and to analyze the frequency of mutations in these genes related with the disease evolution. Samples of 80 patients positive for the HBV were obdied. From these, 60 were born on Manaus and 20 on the urban zone of Labrea city, AM.. The amplification of the S gene and C gene by PCR showed that from 80 samples that were analyzed, 68 (85%) were DNA-HBV positive. The filogenetic analyze identified 3 genotypic groups A, D and F. The prevalent genotype was the A type 40/51 (78,4%), followed by F genotype, (7%) and D 2/51 (3,9%) as walles two undetermined sequences. The A genotype was the most frequent in the samples obtained of people who were born in Manaus, while the F genotype was prevalent in the samples of people from the interior of the Amazon State. Considering the mutations, a very low frequency of mutations related with the development of the disease both in the S and C gene was observed. / O vírus da hepatite B (VHB) é um patógeno de distribuição universal que produz no homem tanto a infecção aguda quanto a crônica. De acordo com a Organização Mundial da Saúde (OMS), aproximadamente 30% da população do planeta, ou cerca de dois bilhões de pessoas no mundo, estão infectadas pelo VHB. Destas, mais de 350 milhões tornaram-se portadoras crônicas. A análise molecular do genoma VHB têm permitido a identificação de diferentes genótipos bem como das principais mutações presentes em seu genoma. O presente estudo teve como principais objetivos seqüenciar os genes S e C do genoma do VHB isolados de diferentes amostras obtidas de indivíduos naturais do Estado do Amazonas e analisar a freqüência de mutações nesses genes relacionando-as a evolução da doença. Foram analisadas um total de 80 amostras de plasma de indivíduos positivos para o VHB. Destas, 60 foram procedentes de Manaus e 20 da zona urbana do município de Lábrea, AM. A amplificação dos genes S e C por PCR mostrou que das 80 amostras analisadas, 68 (85%) foram DNA-VHB positivas. A análise filogenética identificou os três grupos genotípicos A, D e F. O genótipo A foi predominante em 40/51 (78,4%), seguido dos genótipos F 7/51 (13,7%) e D 2/51 (3,9%) além de duas seqüências não determinadas. O genótipo A foi mais freqüente nas amostras obtidas de indivíduos naturais da cidade de Manaus enquanto que o genótipo F predominou nas amostras de indivíduos procedentes do interior do Estado do Amazonas. Quanto às mutações observou uma baixa freqüência de mutações relacionadas ao desenvolvimento da doença tanto no gene S quanto no C.