Student Number : 9903144J - MSc (Med) dissertation - Faculty of Health Sciences / Since the introduction of vaccination against hepatitis B virus (HBV) infection in South Africa, at least one case of infection despite vaccination has occurred. The purpose of this study was to determine whether this infection was the result of mutations within the region of the surface (S) gene encoding the a determinant epitopes of the hepatitis B surface antigen, which permitted viral vaccine-escape. HBV DNA was extracted from the serum and liver tissue of the patient and amplified within the complete 3 215 bp genome and S gene, respectively. Following cloning, sequencing revealed a minor population displaying unique or uncommon S gene mutations that resulted in C138R, C139R, K141R, P142L, T143A, N146D, and T148A amino acid substitutions in the clones from the serum, and C139Y and D144N in the clones from the liver. Such isolates may represent South African HBV vaccine-escape mutants that caused chronic infection in the host prior to their reversion to wild-type.

Made available in DSpace on 2015-03-03T14:03:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CynthiaHKC_DISSERT.pdf: 2413327 bytes, checksum: 062d4378968e15e34eed7123a46717b9 (MD5) Previous issue date: 2010-05-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / Haplotypes linked to the ?S gene represent patterns of DNA polymorphisms along chromosome 11 of individuals bearing the ?S gene. Analysis of haplotypes, in addition to serving as an important source for anthropological studies about the ethnic origin of a population, contributes to a better understanding of the variations in clinical severity of sickle cell anemia. The aim of the present study was to determine ?S gene haplotypes in a group of patients with sickle cell anemia treated at the Dalton Barbosa Cunha Hematology Center (Hemonorte) in Natal, Brazil and the Oncology and Hematology Center in Mossor?, Brazil. Blood samples were obtained from 53 non-related patients (27 males and 26 females), aged between 3 months and 61 years (mean age: 16.9 ? 12.1 years). Laboratory analyses consisted of the following: erythrogram, reticulocyte count, hemoglobin electrophoresis at alkaline pH, measurement of hemoglobin A2 and Fetal hemoglobin, solubility test and molecular analysis to determine ?S gene haplotypes. DNA samples were extracted by illustra blood genomicPrep Mini Spin kit and ?S gene haplotypes were determined by PCR-RFLP, using Xmn I, Hind III, Hinc II and Hinf I restriction enzymes for analysis of six polymorphic restriction sites in the beta cluster. Of 106 ?S chromosomes studied, 75.5% were Central African Republic (CAR) haplotype, 11.3% Benin (BEN) and 6.6% Cameroon (CAM). The atypical haplotypes had a frequency of 6.6%. More than half the patients (58.5%) were identified as CAR/CAR genotype carriers, 16.9% heterozygous CAR/BEN, 13.2% CAR/CAM and 1.9% BEN/BEN. Patients with atypical haplotype in one or two chromosomes accounted for 9.5% (CAR/Atp, BEN/Atp and Atp/Atp). The genotype groups showed no statistically significant difference (p < 0.05) in their laboratory parameters. This is the first study related to ?S haplotypes conducted in state of Rio Grande do Norte and the higher frequency of Cameroon halotype found, compared to other Brazilian states, suggests the existence of a peculiarity of African origin / Os hapl?tipos do gene ?s representam padr?es de polimorfismos do DNA ao longo do cromossomo 11 de indiv?duos portadores do gene ?s. A an?lise dos hapl?tipos, al?m de servir como uma fonte importante para estudos antropol?gicos acerca da origem ?tnica de uma popula??o, colabora para uma melhor compreens?o da varia??o de gravidade cl?nica da anemia falciforme. O presente estudo teve como objetivo determinar os hapl?tipos do gene ?s em um grupo de pacientes portadores de anemia falciforme atendidos no Ambulat?rio de Hematologia do Hemocentro Dalton Barbosa Cunha (Hemonorte) - Natal/RN e no Centro de Oncologia e Hematologia de Mossor?/RN. Foram obtidas amostras sang??neas de 53 pacientes n?o aparentados (27 do sexo masculino e 26 do sexo feminino), com idade variando entre 3 meses e 61 anos (m?dia de idade: 16,9 ? 12,1 anos). As an?lises laboratoriais consistiram em: eritrograma, contagem de reticul?citos, eletroforese de hemoglobina em pH alcalino, dosagem de hemoglobinas A2 e Fetal, teste de solubilidade e an?lise molecular para determin??o dos hapl?tipos ?s. O DNA foi extra?do pelo kit illustra blood genomicPrep Mini Spin e a determina??o dos hapl?tipos do gene S foi realizada por PCR-RFLP, utilizando as endonucleases de restri??o Xmn I, Hind III, Hinc II e Hinf I para an?lise de 6 s?tios polim?rficos do cluster ?. Os resultados observados mostraram, em rela??o ao n?mero de cromossomos, o predom?nio do hapl?tipo CAR (75,5%), frente aos hapl?tipos Benin (11,3%), e Camar?es (6,6%). Os hapl?tipos at?picos tiveram freq??ncia de 6,6%. Com rela??o aos gen?tipos, mais da metade dos pacientes (58,5%) foram identificados como portadores do gen?tipo CAR/CAR. O segundo mais freq?ente foi o CAR/BEN (16,9%), seguido de CAR/CAM (13,2%) e BEN/BEN (1,9%). Os pacientes com hapl?tipo at?pico em um ou nos dois cromossomos representaram 9,5% (CAR/Atp, BEN/Atp e Atp/Atp). N?o houve diferen?a estatisticamente significativa das m?dias dos par?metros laboratoriais entre os diferentes grupos de gen?tipos comparados. O presente trabalho ? o primeiro estudo relacionado aos hapl?tipos ?s realizado no estado do Rio Grande do Norte e o encontro de uma maior freq??ncia do hapl?tipo Camar?es, em rela??o a outros estados do Brasil, sugere a exist?ncia de uma peculiaridade da origem africana no estado

Coronavírus bovino (BCoV) é o agente causador de doença, tanto entérica como respiratória em bovinos, mas até agora existem controvérsias sobre a relação genealógica entre as amostras de BCoV em diferentes tecidos. Neste estudo, amostras de fezes e secreções nasais de 14 vacas de um mesmo rebanho apresentando simultaneamente disenteria epizoótica e doença respiratória foram estudados quanto a presença de BCoV. As amostras virais detectadas tiveram tanto o gene de espícula (S) como o gene hemaglutinina-esterase (HE) parcialmente sequenciados. Para o gene HE, foram obtidas 12 sequências de secreções nasais e 12 de amostras de fezes e para o gene S, foram obtidas 14 sequências de secreções nasais e 12 de amostras de fezes, com 100% de identidade nucleotídica para cada gene para as amostras deste estudo. Estes resultados apresentam algumas divergências com estudos anteriores os quais relatam que linhagens diferentes de BCoV podem ser esperados em casos de disenteria e doença respiratória em vacas, pois linhagens com sequências idênticas dos genes S e HE podem não mostrar diferenças em relação tropismo pelos diferentes tecidos. Sequências completas de duas amostras brasileiras de BCoV mostram que o já descrito padrão filogeográfico baseado no sequenciamento do gene S parcial foi mantido, foram encontradas substituições de aminoácidos específicos. / Bovine coronavirus (BCoV) is the causative agent of both enteric and respiratory disease in cattle, but hitherto there were some controversy on the genealogic relationship amongst strains from these different tissues. In this study, samples of feces and nasal secretions of 14 cows from a same herd simultaneously presenting epizootic dysentery and respiratory disease were screened for BCoV and the strains detected had both the spike (S) and hemagglutinin-esterase (HE) genes partially sequenced. For HE gene, 12 sequences from nasal secretions and 12 from fecal samples were obtained and for S gene, 14 sequences from nasal secretions and 12 from fecal samples were obtained, with 100% nucleotide identities for each gene for the strains of this study. These results have some disagreements with previous reports which try to put forward that divergent BCoV strain should be expected in cases of dysentery and respiratory disease in cows, showing that strain with identical S and HE sequences might show no differences in tropisms. Complete S gene sequences of two Brazilian BCoV strains show that the already described phylogeographic pattern based on partial S gene is sustained, though specific amino acids subtitutions are found.

Coronavírus bovino (BCoV) é o agente causador de doença, tanto entérica como respiratória em bovinos, mas até agora existem controvérsias sobre a relação genealógica entre as amostras de BCoV em diferentes tecidos. Neste estudo, amostras de fezes e secreções nasais de 14 vacas de um mesmo rebanho apresentando simultaneamente disenteria epizoótica e doença respiratória foram estudados quanto a presença de BCoV. As amostras virais detectadas tiveram tanto o gene de espícula (S) como o gene hemaglutinina-esterase (HE) parcialmente sequenciados. Para o gene HE, foram obtidas 12 sequências de secreções nasais e 12 de amostras de fezes e para o gene S, foram obtidas 14 sequências de secreções nasais e 12 de amostras de fezes, com 100% de identidade nucleotídica para cada gene para as amostras deste estudo. Estes resultados apresentam algumas divergências com estudos anteriores os quais relatam que linhagens diferentes de BCoV podem ser esperados em casos de disenteria e doença respiratória em vacas, pois linhagens com sequências idênticas dos genes S e HE podem não mostrar diferenças em relação tropismo pelos diferentes tecidos. Sequências completas de duas amostras brasileiras de BCoV mostram que o já descrito padrão filogeográfico baseado no sequenciamento do gene S parcial foi mantido, foram encontradas substituições de aminoácidos específicos. / Bovine coronavirus (BCoV) is the causative agent of both enteric and respiratory disease in cattle, but hitherto there were some controversy on the genealogic relationship amongst strains from these different tissues. In this study, samples of feces and nasal secretions of 14 cows from a same herd simultaneously presenting epizootic dysentery and respiratory disease were screened for BCoV and the strains detected had both the spike (S) and hemagglutinin-esterase (HE) genes partially sequenced. For HE gene, 12 sequences from nasal secretions and 12 from fecal samples were obtained and for S gene, 14 sequences from nasal secretions and 12 from fecal samples were obtained, with 100% nucleotide identities for each gene for the strains of this study. These results have some disagreements with previous reports which try to put forward that divergent BCoV strain should be expected in cases of dysentery and respiratory disease in cows, showing that strain with identical S and HE sequences might show no differences in tropisms. Complete S gene sequences of two Brazilian BCoV strains show that the already described phylogeographic pattern based on partial S gene is sustained, though specific amino acids subtitutions are found.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cintia Mara Costa de Oliveira.pdf: 1536626 bytes, checksum: a546517f7c00e6b13c3a43eac85bbc3f (MD5) Previous issue date: 2007-06-01 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The hepatitis B virus (HBV) is an agent of universal distribution which produces in humanity both the gaud and chronic infection. According to the World health organization (WHO) approximately 30% of world population, or about 2 billion of the people, are infected by the HBV. Of these, more than 350, million have become chronic patients. The molecular analysis of the genome HBV has allowed the identification of different genotypes as well as the main mutations which are present in its genome. The present study had as objective to make the sequence of S and C of HBV isolated from different samples born in the Amazon State and to analyze the frequency of mutations in these genes related with the disease evolution. Samples of 80 patients positive for the HBV were obdied. From these, 60 were born on Manaus and 20 on the urban zone of Labrea city, AM.. The amplification of the S gene and C gene by PCR showed that from 80 samples that were analyzed, 68 (85%) were DNA-HBV positive. The filogenetic analyze identified 3 genotypic groups A, D and F. The prevalent genotype was the A type 40/51 (78,4%), followed by F genotype, (7%) and D 2/51 (3,9%) as walles two undetermined sequences. The A genotype was the most frequent in the samples obtained of people who were born in Manaus, while the F genotype was prevalent in the samples of people from the interior of the Amazon State. Considering the mutations, a very low frequency of mutations related with the development of the disease both in the S and C gene was observed. / O vírus da hepatite B (VHB) é um patógeno de distribuição universal que produz no homem tanto a infecção aguda quanto a crônica. De acordo com a Organização Mundial da Saúde (OMS), aproximadamente 30% da população do planeta, ou cerca de dois bilhões de pessoas no mundo, estão infectadas pelo VHB. Destas, mais de 350 milhões tornaram-se portadoras crônicas. A análise molecular do genoma VHB têm permitido a identificação de diferentes genótipos bem como das principais mutações presentes em seu genoma. O presente estudo teve como principais objetivos seqüenciar os genes S e C do genoma do VHB isolados de diferentes amostras obtidas de indivíduos naturais do Estado do Amazonas e analisar a freqüência de mutações nesses genes relacionando-as a evolução da doença. Foram analisadas um total de 80 amostras de plasma de indivíduos positivos para o VHB. Destas, 60 foram procedentes de Manaus e 20 da zona urbana do município de Lábrea, AM. A amplificação dos genes S e C por PCR mostrou que das 80 amostras analisadas, 68 (85%) foram DNA-VHB positivas. A análise filogenética identificou os três grupos genotípicos A, D e F. O genótipo A foi predominante em 40/51 (78,4%), seguido dos genótipos F 7/51 (13,7%) e D 2/51 (3,9%) além de duas seqüências não determinadas. O genótipo A foi mais freqüente nas amostras obtidas de indivíduos naturais da cidade de Manaus enquanto que o genótipo F predominou nas amostras de indivíduos procedentes do interior do Estado do Amazonas. Quanto às mutações observou uma baixa freqüência de mutações relacionadas ao desenvolvimento da doença tanto no gene S quanto no C.