Reproduction de : Thèse d'exercice : Médecine vétérinaire : Toulouse 3 : 2008. / Titre provenant de l'écran titre. Bibliogr. p. 93-97.

Proefschrift Universiteit van Amsterdam. / Met bibliogr., lit. opg. - Met samenvatting in het Nederlands.

Proefschrift Universiteit van Amsterdam. / Met lit. opg. - Met samenvatting in het Nederlands.

Proefschrift Rijksuniversiteit Limburg. Proefschrift (Med.) Maastricht. / Ten dele eerder verschenen art. Met samenv. i.h. Nederlands.

Les virus influenza de type A sont des pathogènes respiratoires causant des épidémies saisonnières et des pandémies de manière plus occasionnelles. Au cours d’une saison, 10 à 20 % de la population mondiale est touchée, ce qui constitue un problème majeur de santé publique. Les virus de sous-type A/H3N2 sont associés à une plus forte morbidité et mortalité que les virus de sous-type A/H1N1. La vaccination reste le moyen le plus efficace de contrôler les infections, cependant l’efficacité de ces vaccins est de courte durée et compromise en cas de non-appariemment entre les souches circulantes et vaccinales. La première partie de cette thèse a été consacrée à l’optimisation des vaccins inactivés A/H3N2 en testant de nouveaux adjuvants et de nouvelles voies d’administration chez la souris et le furet. Nous avons démontré que l’adjuvant AS25 semble prometteur pour le développement de vaccins plus efficaces. La seconde partie de cette thèse a été consacrée à suivre l’évolution moléculaire et antigénique des souches A/H3N2 circulantes au Québec entre 2009 et 2011. Notre conclusion est qu’il n’y a pas que le nombre de mutations dans la HA qui est important, en ce sens que la nature et la localisation de ces dernières jouent un rôle clé lors d’une dérive antigénique. Après avoir suivi les souches A/H3N2 sous pression immunitaire, nous avons suivi dans la troisième partie de cette thèse une souche A/H3N2 sous pression d’un nouvel antiviral; le laninamivir. Les antiviraux sont la première ligne de défense en cas de pandémie ou lors d’une épidémie lorsqu’il y a un mésappariemment entre les souches circulante et vaccinale. Notre conclusion est que la réplication de notre mutant est conservé in vitro mais non in vivo. Les différentes expériences effectuées au cours de cette thèse ont permis de suivre l’évolution des souches A/H3N2 et de mettre en œuvre de nouveaux moyens de prévention et de traitement. / Influenza are respiratory pathogens responsible for seasonal epidemics and more occasionnally pandemics. During a season, 10 to 20 % of the global population is infected, which is a major public health problem. A/H3N2 viruses are associated with greater morbidity and mortality than A/H1N1 viruses. Vaccination remains the most effective way to control infections; however the effectiveness of these vaccines is short-lived and compromised in the event of a mismatch between circulating and vaccine strains. The first part of this thesis was devoted to the optimization of inactivated A/H3N2 vaccines by testing new adjuvants and routes of administration in mice and ferrets. It was shown that the adjuvant AS25 looks promising for the development of more effective vaccines. The second part of this thesis was devoted to the characterization of the molecular and antigenic evolution of A/H3N2 strains circulating in Quebec between 2009 and 2011. Our conclusion is that not only the number of mutations in the HA gene is important, but the nature and location of such mutations also play a key role in the antigenic drift. After characterizing the A/H3N2 strains under immune selection, we followed, in the third part of this thesis, an A/H3N2 strain under pressure with a new antiviral, laninamivir. Antivirals are the first line of defense in a pandemic or during an outbreak when there is a mismatch between circulating and vaccine strains. Our conclusion is that the viral fitness of our mutant strain is conserved in vitro but not in vivo. The different experiments done in this thesis have permitted to characterize the evolution of A/H3N2 strains and new ways of preventing or treating such infections.

Depuis l’identification in vitro du phénomène de tolérance à l’ampicilline chez Haemophilus influenzae (Hi), l’évaluation in vivo de souches Hi tolérantes s’avérait indispensable afin de vérifier leur implication thérapeutique. Cette étude comporte trois sections : 1) étude in vitro de souches d’Hi de type b sensible, résistante et tolérante. Des courbes de croissance et de létalité pour chacune des souches ont été faites. 2) utilisation du modèle expérimental de méningite à Bib chez des bébés-rats avec une durée d’infection de 24 hrs et 3) utilisation de ce même modèle avec une durée d’infection de 8 hrs. Le modèle de méningite à Hib chez les bébés-rats infectés depuis 24 hrs nous a permis de démontrer, in vivo, qu’une souche d’Hib tolérante survit plus longtemps qu’une souche sensible et ce, dans le sang et le LCR. De fait, la persistance de la souche tolérante est intermédiaire entre celle de la souche sensible et celle de la souche résistante. Même si la concentration d’antibiotique dans les deux compartiments (sang et LCR) était suffisante pour être bactéricide contre les souches non-tolérantes, l’ampicilline s’est avéré bactériostatique contre la souche tolérante. Le modèle de méningite d’une durée de 8 hrs donne sensiblement les mêmes résultats. L’implication thérapeutique du phénomène de tolérance à l’ampicilline chez Hib reste à déterminer chez l’humain. L’investigation présente devrait inciter les cliniciens à réévaluer leur traitement des méningites à Hib tolérant. Les céphalosporines de 3ième génération sont déjà utilisées comme premier choix dans le traitement des méningites à Haemophilus influenzae. Cependant les souches Hib peuvent être également tolérantes à ces nouveaux antibiotiques. D’autres études seraient donc nécessaires pour évaluer l’efficacité de ces céphalosporines contre des souches d’Hib tolérantes. / Québec Université Laval, Bibliothèque 2019

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles / Le virus respiratoire syncytial (VRS) et le métapneumovirus humain (MPVH) sont deux pathogènes respiratoires majeurs qui représentent un fardeau important pour la santé publique dans le monde entier, affectant particulièrement les populations vulnérables telles que les nourrissons, les personnes âgées et les patients immunodéprimés. Les deux virus appartiennent à la famille des *Pneumoviridae* (pneumovirus) et sont relativement similaires dans leur structure et leur réplication. Malgré plus de 60 ans de recherche dans ce domaine, les deux premiers vaccins contemporains pour la prévention du VRS ont été approuvés cette année, mais il n'existe toujours pas de vaccin contre le MPVH. Cette thèse donne un aperçu complet de la virologie moléculaire du VRS et du MPVH, de l'épidémiologie, du fardeau de la maladie, des modèles d'infection, de la réponse immunitaire et du paysage actuel des modalités de traitement et de prophylaxie du VRS et du MPVH, en mettant l'accent sur le développement d'un vaccin. Notre équipe de recherche a déjà développé Metavac®, un candidat vaccin vivant atténué contre le MPVH qui s'est avéré sécuritaire, immunogène et protecteur contre l'infection par le MPVH chez la souris. Cette thèse présente une tentative réussie de conception, de génération et de caractérisation d'un vaccin chimérique atténué MPVH/VRS basé sur la plateforme d'expression Metavac® en vue de son utilisation comme vaccin chimérique atténué bivalent contre les deux pneumovirus. Le projet de recherche comprend trois parties principales : I) Biologie moléculaire : L'étude de la génétique des pneumovirus et la tentative de trouver une localisation appropriée dans le génome du MPVH pour l'insertion de l'antigène principal du VRS. II) *II) In vitro :* Génération d'un virus viable par génétique inverse et production d'un stock de virus concentré pour son utilisation comme vaccin chimérique atténué MPVH/VRS. Caractérisation des virus chimériques. III) *In vivo*: Vaccination de souris BALB/c avec des virus chimériques MPVH/VRS et évaluation de leur efficacité protectrice contre le défi létal MPVH et VRS. / Respiratory Syncytial Virus (RSV) and Human Metapneumovirus (HMPV) are two major respiratory pathogens that pose a significant public health burden worldwide, particularly affecting vulnerable populations such as infants, elderly individuals, and immunocompromised patients. Both viruses belong to the family *Pneumoviridae* (pneumovieus) and are relatively similar in structure and replication. Despite over 60 years of research in the field, the first two contemporary vaccines for RSV prevention have been approved this year, and yet there is still no vaccine available against HMPV. This thesis provides a comprehensive overview of RSV and HMPV molecular virology, epidemiology, disease burden, models of infection, immune response, and the current landscape of RSV and HMPV treatment and prophylactic modalities with a focus on vaccine development. Our research team has previously developed Metavac®, a live attenuated HMPV vaccine candidate that proved safe, immunogenic, and protective against HMPV infection in mice. This work presents a successful attempt to design, generate, and characterize a chimeric attenuated HMPV/RSV virus based on the Metavac® expression platform for its use as a bivalent attenuated chimeric vaccine against both pneumoviruses. The research project includes three main parts: IV) Molecular biology: The study of pneumovirus genetics and the attempt to find an appropriate localization in the genome of HMPV for the insertion of the main antigen of RSV. V) *In vitro*: A rescue of a viable virus by reverse genetics and the production of a concentrated virus stock for its use as an attenuated chimeric HMPV/RSV vaccine. Characterization of chimeric viruses. VI) *In vivo*: Vaccination of BALB/c mice with chimeric HMPV/RSV viruses and evaluation of their protective efficacy against HMPV and RSV lethal challenge.

Les virus influenza sont des pathogènes respiratoires responsables d’épidémies saisonnières touchant 10 à 20% de la population mondiale chaque année, constituant donc un problème majeur de santé publique. La vaccination annuelle réduit l’impact des épidémies grippales; cependant, un mésappariement entre les souches vaccinales et circulantes peut parfois survenir et résulter en un échec de protection de la population. Dans ces cas, il est important d’avoir un traitement adéquat afin de traiter l’infection virale. Les inhibiteurs de la neuraminidase (INAs) constituent la principale classe d’antiviraux recommandée pour la prévention et le traitement des infections grippales. Les INAs lient de façon compétitive le site actif de la neuraminidase (NA), ce qui bloque la libération des virions des cellules hôtes inhibant de la sorte la dissémination du virus dans le tractus respiratoire. L’émergence sporadique de virus résistants à l’oseltamivir et/ou au zanamivir avec de faibles taux de transmission a été identifiée lors de traitements des souches saisonnières de l’influenza. Le développement de nouveaux antiviraux devient donc un sujet important d’investigation. Le peramivir, un nouvel INA disponible depuis peu en Amérique du Nord, exerce une activité sur des virus influenza A et B et son efficacité contre des mutants résistants à l’oseltamivir ou au zanamivir n’a pas encore été complètement caractérisée. À cause des différences dans la liaison des INAs avec l’enzyme cible, la nature des mutations de résistance peut varier d’un INA à l’autre bien que certaines mutations pourraient engendrer une résistance croisée à plusieurs INAs. Nous avons démontré que le peramivir s’avère très actif contre les différents sous-types de grippe saisonnière, quoique certains variants aient présentés des phénotypes de multi-résistance à l’oseltamivir, au zanamivir ainsi qu’au peramivir. À cet égard, un nouveau mécanisme de résistance d’un variant menant à la résistance croisée aux INAs a été décrit (I427T/Q313R) dans le cadre de ce mémoire et a permis de comprendre comment des substitutions retrouvées hors du site actif de la NA peuvent affecter la capacité de réplication du virus et sa résistance aux antiviraux. / Influenza viruses are respiratory pathogens responsible for seasonal epidemics affecting 10 to 20% of the world's population every year, thus constituting a major public health impact. Annual vaccination reduces the impact of influenza epidemics; however, a mismatch between the vaccine strain and the circulating strain can sometimes occur and result in an unsuccessful attempt in protecting the population. In such cases, it is important to have adequate treatment to treat influenza infections. Neuraminidase inhibitors (NAIs) are the primary class of antiviral agents recommended for the prevention and treatment of influenza infections. NAIs competitively bind the neuraminidase (NA) active site, blocking the release of virions from host cells and thereby inhibiting the spread of the virus into the respiratory tract. The sporadic emergence of oseltamivir- and/or zanamivir-resistant viruses with low transmission rates was identified in seasonal influenza strains. The development of new antivirals thus became an important subject of investigation. Peramivir, a new NAI recently available in North America, exerts its activity against influenza A and B viruses, but its effectiveness against mutations conferring resistance to oseltamivir or zanamivir has not yet been fully characterized. Due to differences in the binding of NAIs to the target enzyme, the nature of the resistance mutations may vary from one NAI to another, although some mutations could induce global NAI cross-resistance. We have demonstrated that peramivir is highly active against the different seasonal influenza subtypes, although some variants have shown multi-resistance phenotypes to oseltamivir, zanamivir as well as peramivir. In this regard, a new resistance mechanism by which a NA variant leads to NAI cross-resistance (I427T/Q313R) has been described in this thesis and has helped to understand how substitutions found outside the NA active site can affect the replication kinetics of the virus and its resistance to antivirals.

L’impact des programmes de vaccination repose, en partie, sur la proportion des personnes ciblées qui reçoivent les vaccins recommandés, soit la couverture vaccinale. Au Québec dans les dix dernières années, le programme de vaccination chez les enfants avant l’âge de 24 mois a subi plusieurs changements, qui peuvent avoir eu un impact sur les couvertures vaccinales et les retards vaccinaux. Un retard vaccinal à une visite influence l’administration à temps des doses subséquentes. Plusieurs études ont documenté l’impact d’un retard à la première visite sur le statut vaccinal, mais l’impact des retards aux autres visites a été peu décrit. Depuis 2006, des enquêtes postales sont réalisées à tous les deux ans auprès d’enfants de 1 an et 2 ans afin d’évaluer la couverture vaccinale. Ces enquêtes prévoient jusqu’à 4 contacts auprès des participants potentiels pour maximiser la participation ainsi qu’une validation auprès des vaccinateurs des données vaccinales obtenues avec le carnet pour les enfants avec un statut vaccinal incomplet. Nous avons utilisé les données des enquêtes de 2006 à 2016 afin d’évaluer l’impact de l’ajout de nouveaux vaccins, des retards vaccinaux et des méthodes de collecte de l’information vaccinale sur l’estimation de la couverture vaccinale. Les analyses ont été réalisées auprès de 7183 enfants nés au Québec, dont 3508 enfants de la cohorte 2 ans. Nous avons observé que la couverture vaccinale à 24 mois pour les antigènes présents au calendrier depuis 2006 n’a pas diminué avec l’ajout des nouveaux antigènes et qu’elle a même augmenté pour les enquêtes réalisées en 2014 et 2016. En 2016, la couverture vaccinale à l’âge de 24 mois pour les antigènes déjà au programme était de 88,3 % et de 78,2 % lorsque tous les antigènes étaient considérés. La couverture vaccinale pour les nouveaux antigènes augmentait progressivement après leur introduction, mais demeurait inférieure à celle pour les antigènes déjà au programme. Nous avons également observé que la prévalence des retards vaccinaux augmentait selon les visites prévues à 2, 4, 6 et 12 mois et que l’impact des retards vaccinaux sur le statut vaccinal à l’âge de 24 mois était important pour les visites de vaccination après celle de 2 mois. Parmi les enfants avec un statut vaccinal incomplet à 24 mois, 16,1 % étaient attribuables à un retard à 2 mois, 10,6 % à un retard à 4 mois, 14,0 % à un retard à 6 mois et 31,8 % à un retard à 12 mois. Toutefois, environ les trois quarts des enfants qui présentaient un retard à la visite de 2 mois avaient un retard à une visite subséquente. Des facteurs associés à un statut vaccinal incomplet à 24 mois et à la présence de retards vaccinaux ont été identifiés afin de définir les populations les plus vulnérables qui pourraient bénéficier d’un suivi particulier. En se basant seulement sur les données du carnet, la couverture vaccinale aurait été sous-estimée de 5,5 % à 23,7 % dépendamment de l’année de l’enquête. Nous avons aussi comparé la couverture vaccinale à 24 mois entre les répondants à chacune des 4 étapes de la collecte des données. La proportion d’enfants complètement vaccinés était significativement plus élevée de 7,8 % chez les enfants des parents ayant répondu au 1er contact comparativement à ceux ayant répondu au 3e contact, mais seulement 2,1 % plus élevée que celle estimée parmi tous les répondants. L’ajout de répondants à chacune des étapes a permis d’augmenter le taux de réponse de l’enquête, mais a eu un impact limité sur la validité des estimés. Pour terminer, les enquêtes de couverture vaccinale sont essentielles pour évaluer la pénétration des programmes de vaccination et leur évolution dans le temps. L’évaluation des retards vaccinaux permet d’avoir un meilleur portrait de la vulnérabilité de la population. Il faudrait également considérer les autres visites dans la planification des interventions visant à réduire les délais dans l’administration des vaccins en plus de la visite de 2 mois. La validation des données de vaccination auprès d’autres sources doit être poursuivie afin de limiter la possibilité d’un biais d’information, mais peut être restreinte aux enfants avec un statut incomplet. Afin de mieux évaluer les bénéfices de réaliser plusieurs tentatives de contacts, il serait utile que les enquêtes de couverture vaccinales similaires à celle réalisée dans le cadre de ce projet présentent la couverture vaccinale estimée auprès des répondants à chacune des étapes. / The impact of vaccination programs depends upon the proportion of the target population who have received the recommended vaccines, i.e. vaccination coverage. In Quebec (Canada), during the last ten years, many new vaccines were added in the vaccination schedule for children under 24 months of age and this may have decreased the vaccination coverage and increased vaccine delays. Vaccine delay at one visit had an impact of on-time administration of subsequent doses. Many studies had shown that vaccine delays at first vaccines on the vaccination status, but there are scarce data regarding the impact of vaccine delays at other visits. Since 2006, vaccination coverage surveys are conducted every two years among children aged 1 and 2 years of age. These studies included up to four attemps to contact eligible individuals and data from vaccine booklets were supplemented by data from vaccine providers for children with missing doses. We used data collected from 2006 to 2016 to evaluate the impact of the addition of new vaccines in the early childhood schedule, the impact of vaccine delays and the impact of methods used to collect vaccination information. Analyses were realised with the 7183 children born in Québec; including 3508 children from the 2-year cohort. We observed that vaccination coverage by 24 months did not decrease with the addition of new vaccines for antigens included in the schedule since 2006 and was in fact higher in 2014 and 2016. In 2016, vaccination coverage for antigens in the schedule since 2006 was of 88.3% and of 78.2% including all recommended antigens. The vaccination coverage for new antigens increased rapidly after their introduction but remained lower than vaccination coverage for antigens in the schedule since 2006. We observed that the prevalence of vaccine delays increased by vaccination visits at 2, 4, 6 and 12 months and that the impact of vaccine delays on incomplete vaccination status by 24 months was important for delays after the 2-month visit. Among children with an incomplete vaccination status by 24 months, 16.1% were attributable with a first vaccine delay (2 mois), 10.6% at 4 months, 14.0% at 6 months and 31.8% at 12 months. However, about 75% of children with a vaccine delay at 2 months also had vaccine delays at later visits. Factors associated with an incomplete vaccination status by 24 months and with vaccine delays were assessed to identify more vulnerable populations who may required a particular follow-up. Without validation among vaccine providers in our study, the vaccination coverage by 24 months would have been underestimated from 5.5% to 23.7 depending on the survey year. We have compared vaccination coverage by 24 months between each contacts among potential respondents. We observed that the proportion fully vaccinated by 24 months of age was significantly 7.8% higher in children whose parents responded to the first rather than the third contact, but it was only 2.1% higher when comparing respondents to contact 1 and all respondents. Conducting multiple contact attempts increased the overall response rate, but had limited impact on the validity of estimates. To conclude, vaccination coverage studies are essential to evaluate the impact of vaccination programs and trends over the years. Monitoring of vaccine delays provide more information regarding the susceptibility of the population. Intervention to improve timeliness should address delays at each visit and not only focus on the first visit. In addition, validation of vaccination data among other sources is necessary to limit the presence of information bias in vaccination coverage studies, but may be restricted to children incompletely vaccinated. To better evaluate the benefit of multiple contacts it would be useful for future similar vaccination surveys to present the coverage obtained from respondants to each contact.

Thèse d'exercice : Médecine. Médecine générale : Paris 12 : 2007. / Titre provenant de l'écran-titre. 57 f. : ill. Bibliogr. f. 54-57.