La recherche sur la fonction de lactation est indispensable pour la filière laitière. La glande mammaire est un organe composé de cellules épithéliales, de cellules myoépithéliales, de fibroblastes, d’adipocytes et de cellules endothéliales. L’identification et l’évolution en dynamique des populations cellulaires dans la glande mammaire bovine au cours la lactation reste encore à ce jour méconnues. Les objectifs de cette thèse ont été 1) l’obtention d’un panel des biomarqueurs pour identifier les différentes cellules dans la glande mammaire bovine et 2) le suivi de leur évolution au cours d’un cycle de lactation. Les biomarqueurs de surface (CD49f, EpCAM, CD24 et CD10) ont permis de phénotyper deux lignées mammaires bovines. Nous avons également utilisé ces biomarqueurs pour phénotyper les cellules dans la glande mammaire bovine au cours d’un cycle de lactation.Dans cet objectif, des biopsies ont été prélevées sur 5 vaches laitières primipares à quatre étapes durant la lactation. Après la digestion des biopsies, les cellules obtenues ont été marquées et phénotypées par cytométrie en flux. L’analyse des résultats montre des corrélations positives entre les populations cellulaires CD49f+ et CD49f+/CD24- avec la production laitière. Nous avons mis en évidence une population cellulaire CD49f-/EpCAM- qui augmente au cours de la lactation. Ces résultats suggèrent qu’à partir de l’utilisation de biomarqueurs il est possible d’identifier et phénotyper l’évolution de différentes cellules pendant la lactation dans la glande mammaire bovine. / Research of lactation function of the bovine mammary gland remains essential in dairy farming. The mammary gland is an organ composed of epithelial cells, myoepithelial cells, fibroblasts, adipose cells and endothelial cells. The identification and evolution of cell populations in the bovine mammary gland during lactation is currently unknown. The objectives of this thesis were 1) to obtain a panel of biomarkers capable of identifying different cells within the mammary gland 2) to follow the evolution of these cells throughout a lactation cycle. The cell surface biomarkers (CD49f, CD24, CD10 and EpCAM) allowed us to phenotype two bovine mammary cell lines. We also used these cell biomarkers to phenotype cell populations during lactation.For this objective mammary gland explants were obtained by biopsies taken on 5 primiparous lactating cows at four different times during lactation. After the biopsies were digested, the cells obtained were phenotyped by flow cytometry. Analysis of the results revealed a positive correlation between the CD49f+ and CD49f+/CD24- cell populations and milk yield. We also found evidence that one cell population (CD49f-EpCAM-) was increased during lactation. In general these results suggest that biomarker expression can be utilized to identify the phenotype and the evolution of different cell types during lactation in the bovine mammary gland.

L’endométrite est une maladie affectant les performances en reproduction chez la vache laitière. Elle est définie par la présence d’inflammation excessive au niveau de l’utérus durant la période post-partum. Le traitement antibiotique sous forme d’infusion intra-utérine est l’une des approches curatives les plus utilisées et améliore les performances de reproduction subséquentes. Considérant les enjeux modernes en lien avec l’antibiorésistance et la réduction de l’utilisation d’antibiotiques en productions animales, il est justifiable de remettre en question l’utilisation d’une méthode diagnostique de l’endométrite basée uniquement sur la présence d’inflammation en vue de déterminer si un traitement antibiotique doit être utilisé. En ce sens, l’objectif principal de ce projet de recherche était de valider l’exactitude des résultats de milieux de culture bactériologique utilisés à la ferme (Tri-plate et Petrifilm) en se basant sur ceux obtenus en laboratoire diagnostique. Un objectif secondaire était de vérifier la concordance entre les résultats bactériens de laboratoire et ceux cytologiques. Pour ce faire, une étude observationnelle transversale a été réalisée au sein de deux troupeaux laitiers commerciaux faisant partie de la clientèle de la Clinique ambulatoire bovine de la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal. Un total de 189 vaches en période post-partum (30 à 43 jours de lactation) ont été enrôlées de façon systématique afin de recueillir 2 échantillons utérins à partir de cytobrosses lors d’un même examen. La première cytobrosse était utilisée pour inoculer directement le milieu de culture Tri-plate et ensuite être envoyée au laboratoire du Service diagnostic de la FMV de l’Université de Montréal pour culture bactérienne aérobique. La seconde cytobrosse était utilisée pour l’analyse cytologique (proportion de cellules polymorphonucléaires; PMNL), puis était diluée dans 1 ml de solution saline pour inoculer le milieu Petrifilm. Après une période d’incubation de 24h, le décompte de colonies était fait pour chaque milieu de culture. À partir de ces données, les analyses statistiques ont été complétées dans le but d’optimiser la sommation de sensibilité et spécificité (Se+Sp) des deux milieux de culture en fonction des résultats du laboratoire de référence. Pour le milieu Tri-plate, le seuil de ˃ 90 colonies a permis d’obtenir la Se+Sp maximale, soit 167,7. Pour le milieu Petrifilm, le seuil de ˃100 colonies a donné la Se+Sp maximale, soit 129. En ce qui concerne la concordance entre le diagnostic cytologique et bactériologique, les résultats de notre projet montrent que 64,3% des vaches positives au niveau cytologique (˃6% PMNL) se sont avérées négatives à la culture bactérienne, démontrant un manque de concordance. En conclusion, les résultats de notre étude supportent la faisabilité et le potentiel de la culture bactérienne d’échantillons de l’endomètre à la ferme. Notre projet met également en évidence que l’utilisation d’un dépistage cytologique de l’endométrite afin d’utiliser un traitement antibiotique puisse causer un manque d’optimisation dans l’efficacité des traitements. Il semble donc pertinent que d’autres projets soient complétés afin d’approfondir le dépistage bactériologique de l’endométrite et d’analyser le potentiel diagnostique de celui-ci. / Endometritis is a disease affecting reproductive performance in dairy cows. It is defined by the presence of excessive inflammation in the uterine body during the postpartum period. From a curative point of view, the use of antibiotic treatment in the form of intrauterine infusion is one of the most widely used methods which has a beneficial effect on subsequent reproductive performance in positive cases of endometritis. Considering the modern issues concerning the use of antibiotics in animal production, the use of a diagnostic method based on the presence of inflammation in order to administer antibiotic treatment is questionable. In that sense, the main objective of this research project was to validate the accuracy of the results of bacteriological culture medium used on the farm (Tri-plate and Petrifilm) based on the ones from diagnosis laboratory. A secondary objective was to verify the concordance between the bacterial and cytological results. To do this, a cross-sectional observational study was set up within two commercial dairy herds followed by the bovine outpatient clinic of the Faculty of Veterinary Medicine of the Université de Montréal. A total of 189 cows in the postpartum period (30 to 43 days in milk) were systematically enrolled in order to collect 2 uterine samples from cytobrush during the same examination. The first cytobrush was used to directly inoculate the Tri-plate medium and then be sent to the reference laboratory (Diagnostic service of the FVM of the Université de Montréal) for aerobic bacterial analysis. The second cytobrush was initially used to make a microscopic smear for cytological analysis (polymorphonuclear cell proportion (PMNL)) and subsequently diluted in 1 ml of saline to inoculate the Petrifilm medium. After an incubation period of 24 hours, the colony count was made for each culture medium. From these data, statistical analyses were completed in order to optimize the summation of sensitivity and specificity (Se + Sp) of the two culture medium according to the results of the reference laboratory. For the Tri-plate medium, the cutoff of ˃ 90 colonies resulted in the maximum Se + Sp, which was 167.7. For the Petrifilm medium, the threshold of ˃100 colonies gave the maximum Se + Sp, which was 129. Regarding the concordance between the cytological and bacterial diagnosis, the results of our project show that 64.3% of cows positive for cytological criteria (˃6% PMNL) were found to be negative from a bacterial point of view. In conclusion, this study shows that Tri-plate and Petrifilm medium used on-farms were best to reproduce the results obtained by laboratory analysis using 90 and 100 colony threshold respectively. Our results also support a lack of agreement between cytological and bacterial diagnosis. It therefore seems relevant that other projects are completed in order to deepen the bacterial screening for endometritis and to analyze its diagnostic potential.

Avec la mise en place de la nouvelle limite maximale de 400 000 cellules somatiques par millilitres de lait (c/mL) au réservoir, le mois d’août 2012 a marqué une étape importante en termes de qualité du lait pour les producteurs de bovins laitiers du Canada. L’objectif de cette étude consistait en l’établissement d’un modèle de prédiction de la violation de cette limite au réservoir à l’aide des données individuelles et mensuelles de comptages en cellules somatiques (CCS) obtenues au contrôle laitier des mois précédents. Une banque de donnée DSA comprenant 924 troupeaux de laitiers québécois, en 2008, a été utilisée pour construire un modèle de régression logistique, adapté pour les mesures répétées, de la probabilité d’excéder 400 000 c/mL au réservoir. Le modèle final comprend 6 variables : le pointage linéaire moyen au test précédent, la proportion de CCS > 500 000 c/mL au test précédent, la production annuelle moyenne de lait par vache par jour, le nombre de jours en lait moyen (JEL) au test précédent ainsi que les proportions de vaches saines et de vaches infectées de manière chronique au test précédant. Le modèle montre une excellente discrimination entre les troupeaux qui excèdent ou n’excèdent pas la limite lors d’un test et pourrait être aisément utilisé comme outil supplémentaire de gestion de la santé mammaire à la ferme. / August 2012 represents an in important step in terms of milk quality for the Canadian bovine dairy producers because the upper tolerance limit for bulk tank somatic cell count (BTSCC) was lowered to 400 000 somatic cells per millilitre (c/mL). The objective of this study was to develop a predictive model of exceeding the BTSCC limit based on monthly individuals somatic cell count (SCC) measures obtained in the previous months. A database including DHI data from the year 2008 of 924 dairy herds in Québec, Canada was used. A logistic regression model for repeated measures was constructed. The final model included 6 variables related to monthly individual cow somatic cell count: mean individual linear score at the previous test, proportion of cows over 500 000 cells/mL at the previous test, mean herd annual daily milk production per cow, average days in milk at the previous test, proportion of healthy cows at previous test, proportion of chronic cows at previous test. The model has excellent discrimination between herd that exceeded and herd that did not exceed 400 000 cells/mL and can be use to advise dairy producers of impending risks of exceeding the BTSCC limit.

Il existe plusieurs moyens d'augmenter la rentabilité d'une exploitation laitière. Parmi celles-ci, la réforme peut avoir un effet sur la production moyenne du troupeau et par conséquent sur les coûts de production de par la modulation de la structure du troupeau qu'elle entraîne. Afin de déterminer une rentabilité optimale des troupeaux, il est donc important de quantifier la réforme et de comprendre les mécanismes qui amènent à réformer un animal. Cette thèse a pour objectif principal de décrire la réforme dans les troupeaux laitiers du Québec. Plus précisément, elle vise à quantifier le taux de réforme, à explorer la relation entre le troupeau, le taux de réforme et le risque individuel de réforme, à déterminer l'effet causal de la mammite clinique sur la réforme, et à identifier les critères de décision utilisés lors de la réforme par les producteurs et les différents intervenants à la ferme. Une étude rétrospective longitudinale a été menée à partir des informations de santé et de production des vaches des troupeaux laitiers du Québec (Canada). Dix années de données, entre 2001 et 2010, ont été utilisées afin de déterminer des profils de troupeau et leurs taux de réforme, et un éventuel lien entre ceux-ci. L'influence du troupeau sur le risque individuel de réforme d'une part, et l'effet causal de la mammite clinique sur la réforme d'autre part, ont été explorés respectivement par analyse contextuelle et à l'aide d'un modèle marginal structural. Les critères de décision de réforme communs entre les producteurs, vétérinaires et autres conseillers ont été identifiés grâce à la méthodologie Q, qui permet de révéler la structure décisionnelle des individus. Cette étude a permis de quantifier un taux de réforme moyen de 32% sur les dix années de suivi de la cohorte, avec des variations importantes entre troupeaux. Il n'a pas été possible de déterminer des profils spécifiques de troupeaux en fonction d'un ensemble de caractéristiques liées à leurs performances de reproduction, de production, à leur gestion et indicateurs de santé. Il est, par contre, possible de les distinguer en fonction de certaines caractéristiques prise une à une et d'y associer le taux de réforme, notamment pour la gestion, la reproduction et la quantité de lait produite. Ces caractéristiques peuvent servir de variables contextuelles dans des analyses multiniveaux. Un effet contextuel du troupeau est présent dans le risque individuel de réforme, mais limité. Il résulte essentiellement de la pression exercée par les primipares arrivant dans le troupeau. Le risque de réforme dû à la mammite clinique, évalué dans le cadre contrefactuel d'une étude longitudinale où l'exposition est dépendante du temps, est comparable entre primipares et multipares. Pour ce risque, la production laitière a moins d'influence chez les primipares que chez les multipares. Les producteurs et leurs conseillers se réfère à un cadre de décision commun pour réformer une vache, se référant essentiellement à la santé mammaire de la vache et à sa production de lait. Le taux de réforme du troupeau n'intervient pas dans la décision de réformer une vache particulière. / There are several ways to increase the profitability of dairy farms. Among them, culling can affect the average herd production and therefore the costs of production, by modifying the herd structure. In order to determine an optimal herd profitability, it is important to quantify the culling rates and to understand the mechanisms leading to the culling of an animal. The main objective of this thesis is to describe culling in Québec dairy herds. Specifically, it aims to quantify the culling rates, to explore relationship between the herd, the culling rate, and the individual culling risk, to determine the causal effect of clinical mastitis on culling, and to identify the decision-making criteria used by producers and farm advisers. A retrospective longitudinal study was conducted on health and production data from cows in dairy herds from Québec, Canada. Ten years of data, between 2001 and 2010, were used to determine herd profiles and their culling rates, and their potential relationship. Herd influence on individual culling risk and the causal effect of clinical mastitis were explored respectively by contextual analysis and by using a marginal structural model. Shared criteria on culling decisions held by dairy producers, veterinarians and other advisers were identified with the help of the Q-methodology, which provides a means to reveal the decision structure of individuals. This study quantified an average culling rate of 32% based on ten years of follow-up, with significant variations between herds. Specific herd profiles according to a set of characteristics related to their reproductive and production performances, management and health indicators could not be determined. It is however possible to distinguish herds against certain unique feature taken one by one and to relate it to the culling rate, including herd management, reproduction performances, and milk production. These indicators can be considered as contextual variables in multilevel analyses. A herd contextual effect is present in the cow culling risk, but limited. It is mainly due to the pressure of heifers coming into the herd. Culling risk due to clinical mastitis, considered in the counterfactual framework of a longitudinal study where exposure is time-varying, is comparable between primiparous and multiparous cows. For this risk, dairy production has less influence in primiparous that in multiparous cows. Producers and their advisers share a common framework for culling decision-making, referring essentially to cow's udder health and her milk production. Herd culling rate is not involved in the decision to cull a specific cow.

Huit cent trente et un troupeaux de vaches laitières répartis dans 5 états américains ont été enrôlés dans une étude de cohorte prospective. Un modèle d’équations d'estimation généralisées a été utilisé pour étudier l'association entre les signes cliniques et la détection de salmonelles dans les fèces des animaux soupçonnés de salmonellose clinique. La sensibilité et la spécificité de la culture bactériologique ont été estimées à l’aide d’un modèle de classes latentes. Dix-huit pour cent des 874 échantillons provenant de veaux et 29% des 1479 échantillons de vaches adultes étaient positifs pour Salmonella spp. Il n’a pas été possible d’établir une association claire entre les différents signes cliniques observés et la détection de salmonelles. Les 2 sérotypes les plus fréquemment isolés étaient Typhimurium et Newport. La probabilité de détecter des salmonelles était plus élevée chez les veaux où un autre agent entéropathogène était également détecté. La proportion d’échantillons positifs était plus élevée parmi les vaches ayant reçu des antibiotiques dans les jours précédant l’échantillonnage. La sensibilité de la culture a été estimée à 0,48 (intervalle de crédibilité à 95% [ICr95%]: 0,22-0,95) pour les veaux et 0,78 (ICr95%: 0,55-0,99) pour les vaches. La spécificité de la culture était de 0,94 (ICr95%: 0,87-1,00) pour les veaux et de 0,96 (ICr95%: 0,90-1,00) pour les vaches. Malgré une sensibilité imparfaite, la culture bactériologique demeure utile pour obtenir une meilleure estimation de la probabilité post-test de salmonellose clinique chez un bovin laitier, par rapport à la probabilité estimée suite au seul examen clinique. / Eight hundred and thirty-one dairy herds in 5 states in the northeast USA were enrolled in a prospective cohort study. A generalized estimating equations model including herd as a random effect was built to study the association between clinical signs and detection of Salmonella spp. in the faeces of animals suspected of clinical salmonellosis. The sensitivity and specificity of the bacteriological culture were estimated using a latent class model. Eighteen percent of the 874 samples from calves and 29% of the 1479 samples from adult cows were positive for Salmonella spp. It was not possible to establish a clear association between the various clinical signs and detection of Salmonella spp. in the faeces. The two most frequently isolated serotypes were Typhimurium and Newport. The probability of detecting salmonellas was higher for calves when another enteric pathogen was also detected. The proportion of positive samples was higher among cows that received antibiotics in the days preceding the sampling. The sensitivity of the bacteriological culture was estimated at 0.48 (95% credibility interval [95%CrI]: 0.22 to 0.95) for calves and 0.78 (95%CrI 0.55 to 0.99) for cows. The specificity of the culture was 0.94 (95%CrI: 0.87 to 1.00) for calves and 0.96 (95%CrI: 0.90 to 1.00) for cows. Despite imperfect sensitivity, bacterial culture remains useful to obtain a better estimate of the post-test probability of clinical salmonellosis in dairy cattle, compared to the estimated probability following the clinical examination alone.

Les objectifs de cette étude ont été de : (1) déterminer s’il existe une association entre la présence intra-utérine d'Escherichia coli dans la 1 ère semaine postpartum et le développement de la métrite postpartum, (2) déterminer s’il y a une association entre les gènes de virulence d'E. coli et la métrite postpartum, et (3) d'évaluer si les analyses bactériologiques (bactéries et gènes de virulence d'E. coli) pourraient prédire la métrite postpartum chez la vache laitière. Des écouvillons utérins ont été prélevés dans la première semaine postpartum sur 486 vaches de race Holstein et soumis au laboratoire pour détection de E. coli. Les gènes de virulence d'E. coli ont été identifiés par la technique d'hybridation des sondes radioactives. Un total de 252 vaches (52%) ont été positives à E. coli et 67 vaches positives à la métrite postpartum (13,7%). Les vaches positives à E. coli intra-utérin dès la première semaine postpartum avaient un risque 2,6 fois plus élevé de développer la métrite postpartum que les vaches sans E. coli. La plupart des E. coli possédaient un ou plusieurs gènes des E. coli d'origine extra-intestinale (ExPEC) dont fimH (89%), HlyE (87%) et iss (70%). Parmi les autres gènes ExPEC, on a retrouvé sitA (23%), fepC (20%) hra1 (20%) malX (14%) tsh (11%) et bien d'autres. Les gènes de virulence kpsMTII et hra1 ont été associés à la métrite postpartum avec un rapport de cote de 4,3 chacun. La présence d'E. coli dans l'utérus avait une valeur prédictive positive de 18% tandis que la présence des gènes kpsMTII et hra1 avait une valeur prédictive positive de 36% et 31% respectivement. La détection de certains gènes de virulence d'E. coli dans les prélèvements utérins pourrait renseigner sur le risque de développement de la métrite postpartum chez la vache laitière. Les études ultérieures pourraient tester encore plus de gènes et viser à développer des tests de dépistage simple, facilement et rapidement applicable à la ferme. / The objectives of this study were to (1) determine whether there is an association between the presence of intra-uterine Escherichia coli in the first week postpartum and the occurrence of postpartum metritis in the subsequent weeks, (2) determine whether there is an association between E. coli virulence genes and postpartum metritis, and (3) to assess whether the presence of these E. coli virulence genes could predict the occurrence of postpartum metritis in dairy cows. Uterine swabs were collected in the first week postpartum from 486 Holstein cows and submitted to the laboratory for detection of E. coli. Virulence genes of E. coli were identified using the radioactive probe hybridization method. A total of 252 cows (52%) were positive for intra-uterine E. coli and 67 cows (13.7%) were positive for postpartum metritis. Cows positive for intra-uterine E. coli in the first week postpartum had 2.6 times the odds of developing postpartum metritis compared to negative cows. Most intra-uterine E. coli possessed one or more ExPEC genes, among which FimH (89%), hlyE (87%), and iss (70%). Other ExPEC genes such as sitA (23%), fePC (20%) hra1 (20%) malX (14%) tsh (11%) and others were found with low prevalence. The presence of the virulence genes kpsMTII and hra1 was associated with 4.3 times each the odds of developing postpartum metritis compared to negative cows. The presence of E. coli in the uterus had a positive predictive value of 18%, while the presence of the genes kpsMTII and hra1 had a positive predictive value of 36% and 31% respectively. The detection of certain virulence genes of E. coli in uterine swabs could inform about the risk of developing postpartum metritis in dairy cattle. Further studies could test more virulence genes and aim at developing molecular tests that would be simple, quickly and easily applicable on farm.

Ce travail a pour objectif d'étudier les effets d’une supplémentation en acides gras polyinsaturés (AGPI) n-3 à longues chaines sur la production d’embryons chez les vaches laitières. Le régime enrichi en AGPI n-3 a eu tendance à augmenter le nombre moyen des complexes ovocyte-cumulus récupérés par vache par session d’OPU par rapport au groupe témoin AGPI n-6. Une tendance à augmenter le nombre moyen par vache par session d’OPU de blastocystes et de blastocystes expansés avec une augmentation significative de blastocystes de qualité 1 et 2 ont été notés dans le groupe n-3. De même, les taux de blastocystes, de blastocystes expansés et de blastocystes de qualité 1 et 2 ont été significativement augmentés dans le groupe n-3. Nous avons aussi montré que l’addition d’acide docosahexaénoïque (DHA, C22:6 n-3) à une faible concentration (1μM) pendant la maturation in vitro des ovocytes bovins augmente significativement le taux de clivage et le taux et la qualité de blastocyste. La stimulation de FFAR4 (free fatty acid receptor 4), au cours de la MIV, par un agoniste spécifique (TUG 891), a entrainé des effets bénéfiques similaires à ceux du DHA (1μM) sur la compétence ovocytaire. Cela suggère que l’effet bénéfique du DHA pourrait passer, au moins partiellement, par l’activation du FFAR4. / We aimed to investigate whether dietary n-3 PUFA, in Prim‘Holstein dairy cattle in lactation, could influence reproductive performance in terms of embryo production. We showed that n-3 PUFA-enriched diet had a tendency to increase the average number of oocyte-cumulus complexes recovered per cow per OPU session. A tendency to increase the average numbers per cow per OPU session of blastocysts and expanded blastocysts with significantly increase of blastocysts of quality 1 and 2 were noted in the n-3 group compared to the n-6 group. Similarly, the rate of blastocysts, expanded blastocysts and blastocysts of quality 1 and 2 were significantly increased in the n-3 group compared to the n-6 group. We also showed that the addition of docosahexaenoic acid (DHA, C22:6 n-3) at low concentration (1μM) during IVM of bovine oocytes increased cleavage rate, blastocyst rate and embryo quality. DHA and free fatty acid receptor 4 (FFAR4) agonist TUG- 891 (1 or 5 μM) supplied during IVM similarly improved in vitro embryo development, suggesting that FFAR4 may, at least partially, mediate DHA beneficial effects on OCC, through activation of signaling pathways.

Le système de traite robotisé connaît une croissance exponentielle en Europe. Cet outil modifiant profondément la gestion du troupeau laitier a fait l'objet, au début des années 2000, d'études soulignant son impact sur différents critères de qualité du lait, l'indice de lipolyse et les cellules somatiques notamment. Notre étude rétrospective réalisée auprès de 53 exploitations robotisées cherche à décrire l'évolution des différents critères de qualité du lait lors de l'installation d'un robot de traite. L'accent est mis sur l'évolution de la santé mammaire et la recherche de facteurs favorables ou défavorables à la maîtrise des infections intramammaires en traite robotisée. La concentration en cellules somatiques, spores butyriques, germes totaux et l'indice de lipolyse sont affectés plus ou moins longtemps lors de la mise en place du robot de traite (respectivement environ 18 mois, 12 mois et au moins 24 mois pour les deux derniers critères). L'augmentation de la concentration en cellules somatiques du lait de troupeau constatée est en moyenne d'environ 100 000 cellules/ml les premiers mois d'utilisation du robot. Elle est très majoritairement la conséquence d'une augmentation des nouvelles infections. L'incidence observée après l'installation du robot est fortement liée au niveau de prévalence des infections intramammaires constaté dans les deux années qui précédent l'installation du robot de traite. En revanche, le taux de guérison des mammites n'est que faiblement affecté par l'installation du robot de traite. Les pratiques mises en oeuvre dans le but de maîtriser les infections intramammaires au cours des 6 premiers mois d'utilisation du robot ont généralement peu d'effet. Les exploitations évoluant le plus favorablement après l'installation du robot sont majoritairement des exploitations où les infections intramammaires sont gérées correctement de manière routinière depuis plusieurs années.

Nous avons entrepris une analyse globale, de type écopathologique, sur les facteurs de risque de l'infertilité chez les vaches laitières de l'île de la Réunion. Vingt et un troupeaux ont été suivis pendant 2 années (1153 lactations de vaches multipares de race Holstein) afin d'identifier les principaux facteurs nutritionnels et sanitaires associés à une faible réussite de l'insémination première (I1) et à la durée des intervalles vêlage – insémination première (VI1) et vêlage – insémination fécondante (VIf). La modélisation statistique de ces paramètres de reproduction s'est appuyée sur les mesures d'état corporel, de production laitière et de paramètres biochimiques sanguins (glucose, insuline, cholestérol, AGNE, β-OH, urée, albumine, GLDH, GGT, Ca, P et Mg) et sur les fréquences des troubles sanitaires. Les points de vue biologique et statistique nous ont conduit à distinguer l'influence respective de ces facteurs à trois stades physiologiques distincts :avant vêlage, au cours des 30 premiers jours de lactation et lors de la période de reproduction. Ainsi, une mobilisation intense (> 1,5 points) des réserves corporelles au cours du 1er mois postpartum, un déficit énergétique antepartum chez les vaches fortes productrices, des déséquilibres azotés (déficits ou excès) observés avant vêlage ou en début de lactation, une atteinte hépatique au moment de l'I1 et certains troubles sanitaires survenus en tout début de lactation sont associés à une diminution de la réussite de l'I1 et/ou à l'allongement des intervalles VI1 et VIf. Nous avons mis en évidence que la plupart des déséquilibres nutritionnels exercent un effet différé de plusieurs semaines sur la survenue de l'I1 ou de l'If. Ceci coïncide avec des atteintes des premiers stades des cycles de maturation folliculaire qui surviennent en tout début de lactation. Nous avons également mis en évidence que certaines pratiques d'alimentation comportent des risques : sous-alimentation des vaches taries, médiocre qualité de conservation des ensilages d'herbe, complémentation azotée inadaptée aux fourrages tropicaux, absence d'allotement des animaux selon leurs exigences alimentaires. Nous soutenons la thèse que ce type d'approche permet de hiérarchiser efficacement, sur des troupeaux en production, les facteurs de risques qui ont été auparavant isolés dans des expérimentations analytiques factorielles. Dans le cas présent, nous montrons la primauté des déséquilibres nutritionnels sur les troubles sanitaires dans l'atteinte des paramètres de reproduction. Nous avons établi des relations d'association entre ces facteurs et la reproduction des vaches qui pourront être utiles à des démarches intégratives d'appréhension des relations nutrition – reproduction et à des démarches d'appui au développement.

Huit cent trente et un troupeaux de vaches laitières répartis dans 5 états américains ont été enrôlés dans une étude de cohorte prospective. Un modèle d’équations d'estimation généralisées a été utilisé pour étudier l'association entre les signes cliniques et la détection de salmonelles dans les fèces des animaux soupçonnés de salmonellose clinique. La sensibilité et la spécificité de la culture bactériologique ont été estimées à l’aide d’un modèle de classes latentes. Dix-huit pour cent des 874 échantillons provenant de veaux et 29% des 1479 échantillons de vaches adultes étaient positifs pour Salmonella spp. Il n’a pas été possible d’établir une association claire entre les différents signes cliniques observés et la détection de salmonelles. Les 2 sérotypes les plus fréquemment isolés étaient Typhimurium et Newport. La probabilité de détecter des salmonelles était plus élevée chez les veaux où un autre agent entéropathogène était également détecté. La proportion d’échantillons positifs était plus élevée parmi les vaches ayant reçu des antibiotiques dans les jours précédant l’échantillonnage. La sensibilité de la culture a été estimée à 0,48 (intervalle de crédibilité à 95% [ICr95%]: 0,22-0,95) pour les veaux et 0,78 (ICr95%: 0,55-0,99) pour les vaches. La spécificité de la culture était de 0,94 (ICr95%: 0,87-1,00) pour les veaux et de 0,96 (ICr95%: 0,90-1,00) pour les vaches. Malgré une sensibilité imparfaite, la culture bactériologique demeure utile pour obtenir une meilleure estimation de la probabilité post-test de salmonellose clinique chez un bovin laitier, par rapport à la probabilité estimée suite au seul examen clinique. / Eight hundred and thirty-one dairy herds in 5 states in the northeast USA were enrolled in a prospective cohort study. A generalized estimating equations model including herd as a random effect was built to study the association between clinical signs and detection of Salmonella spp. in the faeces of animals suspected of clinical salmonellosis. The sensitivity and specificity of the bacteriological culture were estimated using a latent class model. Eighteen percent of the 874 samples from calves and 29% of the 1479 samples from adult cows were positive for Salmonella spp. It was not possible to establish a clear association between the various clinical signs and detection of Salmonella spp. in the faeces. The two most frequently isolated serotypes were Typhimurium and Newport. The probability of detecting salmonellas was higher for calves when another enteric pathogen was also detected. The proportion of positive samples was higher among cows that received antibiotics in the days preceding the sampling. The sensitivity of the bacteriological culture was estimated at 0.48 (95% credibility interval [95%CrI]: 0.22 to 0.95) for calves and 0.78 (95%CrI 0.55 to 0.99) for cows. The specificity of the culture was 0.94 (95%CrI: 0.87 to 1.00) for calves and 0.96 (95%CrI: 0.90 to 1.00) for cows. Despite imperfect sensitivity, bacterial culture remains useful to obtain a better estimate of the post-test probability of clinical salmonellosis in dairy cattle, compared to the estimated probability following the clinical examination alone.