O uso de etanol combustível no Brasil é hoje considerado o mais importante programa de combustível comercial renovável do mundo, sendo um potencial substituto aos derivados de petróleo. O aumento de rendimento fermentativo e a diminuição das perdas são objetivos de estudo em diversos centros de pesquisa, sendo o estudo da modelagem matemática e simulação do processo de grande importância para tal. A presente pesquisa apresenta como função identificar um modelo matemático para a linhagem isolada de Saccharomyces cerevisiae PE-2, de maneira a otimizar a maneira como é realizada a sua alimentação através de um controle H∞ por representação quasi-LPV. São realizados 9 ensaios de fermentação em 3 temperaturas distintas sob mesmas condições de concentração de substrato entrante. Após a finalização dos experimentos e análises, realiza-se a estimativa dos parâmetros componentes das equações diferenciais que modelam a cinética fermentativa, através de um algoritmo Quasi-Newton. De posse do modelo matemático, desenvolve-se um controle otimizado para a temperatura de 33ºC (temperatura usual de controle no processo industrial), considerando os parâmetros \"s\" e \"v\" variantes no tempo e os parâmetros x = 150 g/L e p = 70 g/L fixados, sendo valores médios obtidos durante o experimento. A utilização do controle desenvolvido possibilita um aumento de produtividade na faixa de 10% com relação a alimentação realizada em laboratório. Os resultados finais comprovam a eficiência do modelo matemático desenvolvido, comparado a outros estudos semelhantes, a influência da temperatura nos parâmetros cinéticos e a possibilidade de otimizar o processo através de um controle avançado do processo. / The use of ethanol in Brazil is considered the most important commercial renewable fuel program in the world, with a potential substitute for oil products. The increase in fermentation yield and losses reduction are objectives of study in various research centers, where the study of mathematical modeling and simulation of the process is of significant importance. This research presents as function to identify a mathematical model for the isolated strain of Saccharomyces cerevisiae PE-2, in order to optimize the way their substrate is fed, through a H∞ control based on quasi-LPV representation. Nine fermentation tests are performed at three different temperatures under the same conditions for incoming substrate concentration. After the experiments and analysis, it is carried out the estimation of parameters which are components of the differential equations that explain the fermentation kinetics, through a Quasi-Newton algorithm. With the mathematical model obtained, it is developed an optimal control for temperature 33°C (usual temperature control in the industrial process), considering the parameters \"s\" e \"v\" variyng in time and the parameters x = 150 g/L e p = 70 g/L set, which are average values obtained over the tests. The use of the control developed, applied to the flow variation, allows increasing productivity in 10% when compared with the flow performed in the tests conditions. The final results demonstrated the efficacy of the developed mathematical model, compared to other similar studies, the influence of temperature on the kinetic parameters and the possibility to optimize the process through an advanced process control.

Gracilaria caudata J. Agardh is one of the naturally occurring species in Brazil that produce good quality agar. In Rio do Fogo (RN), Brazil, a green variant was discovered in a G. caudata population of predominantly red (wild phenotype) tetrasporophytes. Epiphytes gametophytes on tetrasporophytes have been observed for both strains. Considering the wild and green variant strains in laboratory control conditions, this study: (i) assessed the impacts of epiphyte gametophytes on tetrasporophytes by evaluating the growth rates, the pigment content, and the photosynthetic potential of the tetrasporophytes; (ii) evaluated the amount of time required for the differentiation of cystocarps in free-living gametophytes and epiphyte gametophytes on tetrasporophytes; (iii) evaluated the number of epiphyte gametophytes produced by tetrasporophyte; and (iv) analyzed anatomical aspects of the intersection between the tetrasporophytes and the tetraspores that germinated on the tetrasporophytes. Samples were cultivated for 12 weeks on laboratory conditions. Control samples had epiphyte gametophytes growing on them, while treatment samples had their epiphyte gametophytes removed weekly. Physiological analyses compared control and treatment samples, while anatomical analysis used the control samples only. Considering the tetrasporophyte growth rates before fertility (2nd week), wild strain showed higher values than green variant; however, after 12 weeks, no differences were found between strains or between samples without epiphyte gametophytes. The wild strain produced tetraspores more frequently than the green variant and showed deficiency in phycoerythrin and allophycocyanin. Green variant treatment samples had higher content of allophycocyanin, phycocyanin and phycoerythrin than the control samples. Chlorophyll a was higher in the wild strain, and treatment samples had lower values in comparison to control samples. Epiphyte gametophytes possibly promoted reduction in pigment content of the tetrasporophytes on both strains. Wild strain samples without epiphyte gametophytes had higher photosynthetic efficiency. Epiphyte gametophytes produced cystocarps one week before free-living gametophytes. The amount of epiphyte gametophytes on tetrasporophytes is not different between strains. Epiphyte gametophytes were visible one week before on the wild strain than in the green variant strain. It was found that tetraspores give rise to epiphyte gametophytes through two distinct germination methods: outside or inside the thallus of the tetrasporophyte. Germination outside the tetrasporophyte thallus was more common, produced visible holdfasts and promoted cortex thickening in the cortical region of the tetrasporophyte. Germination inside the tetrasporophyte thallus did not show evidences of holdfasts nor cortex thickening on the tetrasporophytes. Epiphyte gametophytes holdfasts had adjacent cells to the cortex of the tetrasporophytes when they germinate outside the thallus; however, when germination occurred inside the thallus, the connection interface was closer to the medulla of the tetrasporophyte. Epiphyte gametophytes might represent a new life strategy that promotes sexual variability in a population mostly composed of tetrasporophytes. For cultivation purposes, wild tetrasporophytes with epiphyte gametophytes yielded more mass than the variant tetrasporophytes, being the best option for production. However, the green variant without epiphyte gametophytes produced more phycobiliproteins, making it a better option to harvest those substances / Gracilaria caudata J. Agardh é uma das espécies encontradas na costa brasileira que produzem ágar de boa qualidade. Em Rio do Fogo (RN), Brasil, uma linhagem variante verde de G. caudata foi descoberta em uma população composta principalmente por indivíduos de coloração vermelha (fenótipo selvagem). Gametófitos epífitos em tetrasporófitos foram observados para as duas linhagens. Considerando-se as linhagens selvagem e verde em condições controladas de laboratório, este estudo analisou: (i) os impactos dos gametófitos epífitos nos tetrasporófitos por meio de taxas de crescimento, conteúdo pigmentar e potencial fotossintetizante dos tetrasporófitos; (ii) o tempo necessário para a diferenciação de cistocarpos em gametófitos de vida livre e gametófitos epífitos; (iii) o número de gametófitos epífitos produzidos por tetrasporófito; e (iv) aspectos anatômicos da interseção entre tetrasporófitos e gametófitos epífitos. O experimento teve duração de 12 semanas. Amostras controle foram mantidas com seus gametófitos epífitos durante o experimento, enquanto as amostras tratamento tiveram seus gametófitos epífitos removidos semanalmente. Análises fisiológicas compararam amostras controle e tratamento, enquanto que para os estudos anatômicos utilizou-se apenas as amostras controle. A linhagem selvagem apresentou maiores taxas de crescimento que a linhagem verde nas duas primeiras semanas do experimento, quando ainda não estavam férteis; entretanto, após as doze semanas de cultivo, não foram observadas diferenças entre as linhagens tetrasporofíticas. A linhagem vermelha produziu tetrásporos com mais frequência do que a linhagem verde e apresentou deficiência em ficoeritrina e aloficocianina. As amostras tratamento da linhagem verde apresentaram valores maiores de aloficocianina e ficoeritrina do que às do controle. A linhagem selvagem apresentou menores teores de ficoeritrina e aloficocianina quando comparada à linhagem verde. As amostras tratamento da linhagem verde apresentaram maiores valores de aloficocianina, ficocianina e ficoeritrina que as amostras controle da mesma linhagem. A quantidade de clorofila a foi maior na linhagem selvagem, e as amostras tratamento desta linhagem apresentaram valores maiores que às do controle. A presença de gametófitos epífitos promoveu a redução no conteúdo pigmentar nas duas linhagens. Amostras tratamento da linhagem selvagem apresentaram potencial fotossintetizante maior do que amostras controle. A quantidade de gametófitos epífitos não foi diferente entre as linhagens. Gametófitos epífitos produziram cistocarpos uma semana antes do que gametófitos de vida livre. A linhagem selvagem produziu gametófitos epífitas uma semana antes da linhagem verde. A germinação de tetrásporos em tetrasporófitos ocorreu de duas maneiras: antes e após a liberação de tetrásporos. A liberação de tetrásporos seguida da germinação sobre o tetrasporófito foi mais frequente, produziu apressórios e promoveu aumento do número de células no córtex do tetrasporófito. A germinação de tetrásporos dentro do talo do tetrasporófito não apresentou evidências de apressórios ou espessamento da região cortical do tetrasporófito. A porção basal de apressórios de gametófitos epífitos permaneceu adjacente ao córtex do tetrasporófito. Quando a germinação do tetrásporo ocorreu ainda dentro do talo, a interface de conexão das células foi mais próxima da medula do tetrasporófito. Gametófitos epífitos podem representar uma nova estratégia de vida para a espécie por possibilitar a variabilidade por reprodução sexual em uma população predominantemente composta por tetrasporófitos. Para um possível cultivo em larga escala, tetrasporófitos com gametófitos epífitos da linhagem selvagem seriam mais adequados por produzirem mais massa que os da variante verde. Entretanto, se o objetivo for a produção de ficobiliproteínas, a linhagem verde seria a mais indicadaphycoerythrin and allophycocyanin. Green variant treatment samples had higher content of allophycocyanin, phycocyanin and phycoerythrin than the control samples. Chlorophyll a was higher in the wild strain, and treatment samples had lower values in comparison to control samples. Epiphyte gametophytes possibly promoted reduction in pigment content of the tetrasporophytes on both strains. Wild strain samples without epiphyte gametophytes had higher photosynthetic efficiency. Epiphyte gametophytes produced cystocarps one week before free-living gametophytes. The amount of epiphyte gametophytes on tetrasporophytes is not different between strains. Epiphyte gametophytes were visible one week before on the wild strain than in the green variant strain. It was found that tetraspores give rise to epiphyte gametophytes through two distinct germination methods: outside or inside the thallus of the tetrasporophyte. Germination outside the tetrasporophyte thallus was more common, produced visible holdfasts and promoted cortex thickening in the cortical region of the tetrasporophyte. Germination inside the tetrasporophyte thallus did not show evidences of holdfasts nor cortex thickening on the tetrasporophytes. Epiphyte gametophytes holdfasts had adjacent cells to the cortex of the tetrasporophytes when they germinate outside the thallus; however, when germination occurred inside the thallus, the connection interface was closer to the medulla of the tetrasporophyte. Epiphyte gametophytes might represent a new life strategy that promotes sexual variability in a population mostly composed of tetrasporophytes. For cultivation purposes, wild tetrasporophytes with epiphyte gametophytes yielded more mass than the variant tetrasporophytes, being the best option for production. However, the green variant without epiphyte gametophytes produced more phycobiliproteins, making it a better option to harvest those substances

A raiva é uma zoonose quase sempre fatal, que causa milhares de mortes humanas por ano em todo mundo. Essa enfermidade manifesta-se nos mamíferos em duas formas clínicas: furiosa e paralítica. Distinções em relação à evolução, manifestações clínicas, lesões, distribuição e respectiva carga viral no Sistema Nervoso Central (SNC) podem estar relacionadas às características de neuroinvasividade e neuropatogenicidade das diferentes variantes do vírus da raiva (RABV). O objetivo deste projeto foi estabelecer um modelo para o estudo da patogênese da raiva em camundongos inoculados com vírus fixo CVS/31 e variantes de rua do RABV originárias de bovino (variante 3 compatível com isolados de morcegos hematófagos) e de canídeo silvestre (variante compatível com isolados de canídeo silvestre). Para estabelecer o modelo murino, 24 camundongos isogênicos da linhagem BALB/c, de três semanas de idade foram inoculados com 103 DLIC50/0,03mL por via intracerebral (IC) para confirmar a neurovirulência das diferentes variantes do RABV. De modo concomitante, 32 camundongos desta mesma linhagem e faixa etária, foram inoculados com 105 DLIC50/0,03mL pela via coxim plantar (CP) com o intuito de mimetizar a progressão da infecção natural. Para o estudo da patogênese do RABV foram analisados durante um período de trinta dias após a inoculação (DPI) em camundongos pela via CP os seguintes parâmetros: manifestações clínicas, alterações histopatológicas, distribuição antigênica viral pela técnica de imuno-histoquímica (IHQ) e distribuição de RNA viral pela técnica da reação em cadeia da polimerase em tempo real precedida pela transcrição reversa (RT-qPCR) - sistema SYBR Green em diversos segmentos do SNC. Todos os camundongos inoculados com as três amostras do RABV apresentaram sintomas compatíveis com a forma paralítica da doença, tais como: piloereção, perda de peso, postura arqueada, prostração e paresia dos membros posteriores. Apesar de não ser possível observar diferenças de neuropatogenicidade entre as variantes virais, detectaram-se diversidade de virulência entre essas estirpes, demonstrado pelas distinções de período de incubação e taxa de letalidade. Ao analisar os resultados, também foi possível observar diferenças entre a neurovirulência e a neuroinvasividade das diferentes variantes do RABV. Nos camundongos inoculados com CVS/31 pela via CP, no 6º DPI, observaram-se predomínio de manguitos perivasculares na medula espinhal e degeneração neuronal em córtex e intensa distribuição antigênica de RABV no tronco encefálico. Nos camundongos inoculados via CP com amostras do RABV originárias de bovino, no 8º DPI, apresentaram moderada distribuição de manguitos perivasculares na medula e córtex e intensa distribuição antigênica no tálamo. Já nos animais inoculados com a amostra de canídeo silvestre, no 9ºDPI, relataram-se moderada distribuição de manguitos perivasculares no tronco encefálico e moderada distribuição antigênica no córtex. Além disso, foi observado discrepâncias na comparação entre a intensidade e distribuição de marcações antigênicas pela IHQ e inferência semi-quantitativa de distribuição de RNA viral analisada pelo RT-qPCR-sistema SYBR Green no SNC de camundongos / Rabies is a zoonotic disease usually fatal, causing thousands of human deaths each year worldwide. This disease manifests itself in mammals in two clinical forms: furious and paralytic. Distinctions regarding the evolution, clinical manifestations, injuries, distribution and their viral load on the central nervous system (CNS) may be related to the characteristics of neuroinvasiveness and neuropathogenicity of different variants of rabies virus (RABV). The objective of this project was to establish a model to study the pathogenesis of rabies in mice inoculated with fixed virus CVS / 31 and RABV Street variants originating from bovine (variant 3 - compatible with isolates from vampire bats) and wild canid (variant supports isolated from wild canid). To establish the mouse model, 24 mice of the inbred strain BALB/c, three weeks old were inoculated with 103DLIC50/0,03mL intracerebrally (IC) to confirm the neurovirulence of the different variants of RABV. Concomitantly, 32 mice of the same lineage and age were inoculated with 105DLIC50/0,03mL via footpad (CP) in order to mimic the natural progression of the infection. To study the pathogenesis of RABV CP the following parameters were analyzed over a period of thirty days after inoculation (DPI) in mice via CP: clinical, histopathological changes, viral antigen distribution by the technique of immunohistochemistry (IHC) and distribution of RNA by real-time polymerase chain reaction technique preceded by reverse transcription (RT-qPCR) - SYBR Green system in various segments of the CNS. All mice inoculated with the three RABV samples showed symptoms consistent with the paralytic form of the disease, such as ruffled fur, weight loss, hunched, prostration and paresis of the hind limbs. Although it is not possible to observe neuropathogenicity differences between viral variants, the virulence diversity is detected between these strains demonstrated by distinctions incubation period and fatality rate. When analyzing the results, it was also possible to observe differences between neurovirulence and neuroinvasiveness of different variants of RABV. In mice inoculated with CVS/31 via CP on the 6th DPI, there were predominance of perivascular cuffing in spinal cord and neuronal degeneration in cortex and intense antigenic distribution of the RABV in the brainstem. Mice inoculated via CP with RABV samples originating from bovine on the 8thDPI had moderate distribution of perivascular cuffing in the medulla and cortex and intense antigenic distribution in the thalamus. The animals inoculated with the sample of wild canid in 9thDPI reported a moderate perivascular cuffing distribution in the brainstem and moderate antigenic distribution in the cortex. Additionally, discrepancies were observed when comparing the intensity and distribution of antigenic tags by IHC, semi-quantitative inference viral RNA distribution analyzed by RT-qPCR using SYBR Green system in the mouse CNS

L'ingénierie des lignes de produits logiciels (Software Product Line Engineering-SPLE en Anglais) est une discipline qui met en œuvre des principes de réutilisation pour le développement efficace de familles de produits. Une famille de produits logiciels est un ensemble de logiciels similaires, ayant des fonctionnalités communes, mais néanmoins différents selon divers aspects; nous parlerons des différentes variantes d'un logiciel. L'utilisation d'une ligne de produit permet de développer les nouveaux produits d'une famille plus vite et d'augmenter la qualité de chacun d'eux. Ces avantages sont liés au fait que les éléments communs aux membres d'une même famille (besoin, architecture, code source, etc.) sont réutilisés et adaptés. Créer de toutes pièces une ligne de produits est une tâche difficile, coûteuse et longue. L'idée sous-jacente à ce travail est qu'une ligne de produits peut être créée par la réingénierie de logiciels similaires (de la même famille) existants, qui ont été préalablement développés de manière ad-hoc. Dans ce contexte, la contribution de cette thèse est triple. La première contribution est la proposition d'une approche pour l'identification des liens de traçabilité entre les caractéristiques (features) d'une application et les parties du code source qui les implémentent, et ce pour toutes les variantes d'une application. Ces liens sont utiles pour générer (dériver) de nouveaux logiciels par la sélection de leurs caractéristiques. L'approche proposée est principalement basée sur l'amélioration de la technique conventionnelle de recherche d'information (Information Retrieval –IR en Anglais) et des approches les plus récentes dans ce domaine. Cette amélioration est liée à deux facteurs. Le premier facteur est l'exploitation des informations liées aux éléments communs ou variables des caractéristiques et du code source des produits logiciels analysés. Le deuxième facteur concerne l'exploitation des similarités et des dépendances entre les éléments du code source. Les résultats que nous avons obtenus par expérimentation confirment l'efficacité de notre approche. Dans la deuxième contribution, nous appliquons nos résultats précédents (contribution no 1) à l'analyse d'impact (Change Impact Analysis –CIA en Anglais). Nous proposons un algorithme permettant à un gestionnaire de ligne de produit ou de produit de détecter quelles les caractéristiques (choix de configuration du logiciel) impactées par une modification du code. Cet algorithme améliore les résultats les plus récents dans ce domaine en permettant de mesurer à quel degré la réalisation d'une caractéristique est impactée par une modification. Dans la troisième contribution nous exploitons à nouveau ces liens de traçabilité (contribution No 1) pour proposer une approche permettant de satisfaire deux objectifs. Le premier concerne l'extraction de l'architecture de la ligne de produits. Nous proposons un ensemble d'algorithmes pour identifier les points de variabilité architecturale à travers l'identification des points de variabilité au niveau des caractéristiques. Le deuxième objectif concerne l'identification des liens de traçabilité entre les caractéristiques et les éléments de l'architecture de la ligne de produits. Les résultats de l'expérimentation montre que l'efficacité de notre approche dépend de l'ensemble des configurations de caractéristiques utilisé (disponibles via les variantes de produits analysés). / Software Product Line Engineering (SPLE) is a software engineering discipline providing methods to promote systematic software reuse for developing short time-to-market and quality products in a cost-efficient way. SPLE leverages what Software Product Line (SPL) members have in common and manages what varies among them. The idea behind SPLE is to builds core assets consisting of all reusable software artifacts (such as requirements, architecture, components, etc.) that can be leveraged to develop SPL's products in a prescribed way. Creating these core assets is driven by features provided by SPL products.Unfortunately, building SPL core assets from scratch is a costly task and requires a long time which leads to increasing time-to-market and up-front investment. To reduce these costs, existing similar product variants developed by ad-hoc reuse should be re-engineered to build SPLs. In this context, our thesis proposes three contributions. Firstly, we proposed an approach to recover traceability links between features and their implementing source code in a collection of product variants. This helps to understand source code of product variants and facilitate new product derivation from SPL's core assets. The proposed approach is based on Information Retrieval (IR) for recovering such traceability links. In our experimental evaluation, we showed that our approach outperforms the conventional application of IR as well as the most recent and relevant work on the subject. Secondly, we proposed an approach, based on traceability links recovered in the first contribution, to study feature-level Change Impact Analysis (CIA) for changes made to source code of features of product variants. This approach helps to conduct change management from a SPL's manager point of view. This allows him to decide which change strategy should be executed, as there is often more than one change that can solve the same problem. In our experimental evaluation, we proved the effectiveness of our approach in terms of the most used metrics on the subject. Finally, based on traceability recovered in the first contribution, we proposed an approach to contribute for building Software Product Line Architecture (SPLA) and linking its elements with features. Our focus is to identify mandatory components and variation points of components. Therefore, we proposed a set of algorithms to identify this commonality and variability across a given collection of product variants. According to the experimental evaluation, the efficiency of these algorithms mainly depends on the available product configurations.

Neste trabalho foram utilizadas cópulas bivariadas variantes no tempo para modelar a dependência entre séries de retornos financeiros. O objetivo deste trabalho é apresentar uma abordagem de estimação semi-paramétrica de cópulas variantes no tempo a partir de uma função de cópula paramétrica na qual o parâmetro varia no tempo. A função do parâmetro desconhecido será estimada pela aproximação de ondaleta Haar, polinômio de Taylor e Kernel. O desempenho dos três métodos de aproximação será comparado via estudos de simulação. Uma aplicação aos dados reais será apresentada para ilustrar a metodologia estudada. / In this work the bivariate Time-varying copula models have been used to model the dependence between payback. The aim of this work is to present an approach of semiparametric estimation of Time-varying copula models from a parametric copula function in which the parameter varies with the time. The function of the unknown parameter will be estimated by Haar wavelet approach, Taylor series and smoothing Kernel approximation. The measured performance of the three estimation method will be compared by simulation study. An application of the data will be presented to illustrate the studied methodology.

Ferramentas e técnicas de visualização promovem uma análise de dados mais efetiva pelo fato de explorar a capacidade humana na percepção de padrões, principalmente em representações gráficas. Muitos fenômenos são associados a algum tipo de referência, temporal ou geográfica, que pode oferecer informação importante quando são submetidos a processos de análise. Este trabalho aborda representações visuais de dados geradas por técnicas de projeção multidimensional, e propõe uma estratégia para o tratamento diferenciado das referências temporais ou geográficas presentes em conjuntos de dados, no processo de gerar uma projeção multidimensional. Foi proposta e implementada uma variação da técnica Least Square Projection (LSP) que evidencia a informação das referências e permite ao usuário interagir com os mapas visuais gerados, bem como diversas funcionalidades que auxiliam no processo de análise exploratória. A nova abordagem é ilustrada por meio de estudos de caso envolvendo bases de dados temporais e com referências geográficas, em que foi possível observar o comportamento global dos elementos, bem como comportamentos de elementos ou grupos de elementos de interesse. Limitações da estratégia proposta também são discutidas / Visualization tools and techniques promote more effective data analysis by exploiting the human visual perception capabilities in detecting patterns in graphical representations. Many phenomena generate data that include temporal or geographical references, which are likely to provide important information in data analysis procedures. This work addresses data visualizations generated with multidimensional projections, proposing a strategy to handle temporal and geographical references present in multidimensional data sets, when generating multidimensional projections. The Least Squares Projection (LSP) technique was extended to explicitly handle the reference information and represent it in the visual maps, and a set of supporting analysis functions have been implemented. The proposed approach is illustrated through case studies on multidimensional data sets, in which it was possible to observe the global behavior of the elements, as well as individual behavior of elements or groups of elements of interest

O teste de programas concorrentes é uma atividade custosa devido principalmente à quantidade de sequências de sincronização que devem ser testadas para validar tais programas. Uma das técnicas mais utilizadas para testar a comunicação e sincronização de programas concorrentes é a geração automática de diferentes pares de sincronização ou, em outras palavras, a geração de variantes de disputa (race variant). Nesta técnica as variantes de disputa são geradas a partir de arquivos de rastro de uma execução não-determinística e algoritmos de execução determinística são utilizados para forçar que diferentes sincronizações sejam cobertas. Este trabalho aborda de maneira abrangente este problema, cujo objetivo principal é reduzir o tempo de resposta da atividade de teste estrutural de programas concorrentes quando diferentes variantes de disputa são executadas. Há três principais contribuições neste trabalho: (1) geração de arquivos de rastro e execução determinística total/parcial, (2) geração automática de variantes e (3) paralelização da execução das variantes. Diferentemente de outros trabalhos disponíveis na literatura, os algoritmos propostos consideram programas concorrentes que interagem simultaneamente com passagem de mensagens e memória compartilhada. Foram consideradas seis primitivas com semânticas distintas: ponto-a-ponto bloqueante/não bloqueante, coletivas um-para-todos/todos-para-um/todos-para-todos e semáforos. Os algoritmos foram desenvolvidos no nível de aplicação em Java, são ortogonais à linguagem de programação utilizada e não requerem privilégios de sistema para serem executados. Estas três contribuições são descritas, detalhando seus algoritmos. Também são apresentados os resultados obtidos com os experimentos feitos durante as fases de validação e avaliação de cada contribuição. Os resultados demonstram que os objetivos propostos foram atingidos com sucesso para cada contribuição e, do ponto de vista do testador, o tempo de resposta da atividade de teste estrutural de programas concorrentes foi reduzido enquanto a cobertura de programas concorrentes com ambos os paradigmas aumentou com procedimentos automatizados e transparentes. Os experimentos mostram speedups próximos ao linear, quando comparadas as versões sequencial e paralela dos algoritmos. / The testing of concurrent programs is an expensive task, mainly because it needs to test a high number of synchronization sequences, in order to validate such programs. One of the most used techniques to test communication and synchronization of concurrent programs is the automatic generation of different synchronizations pairs (or generation of race variants). Race variants are generated from the trace files of a nondeterministic execution, and the deterministic executions force the coverage of different synchronizations. This work approaches this problem in a more general way. It reduces the response time of the structural testing of concurrent programs when different variants are required. There are three main contributions in this work: the generation of trace files and the total or partial deterministic execution, the automatic generation of race variants and the parallelization of execution of race variants. The proposed algorithms take into account concurrent programs that interact simultaneously with message passing and shared memory, including six primitives with distinct semantics: blocking and non-blocking point-to-point, all-to-all/one-to-all/all-toone collectives and shared memory. The algorithms have been implemented in Java in the application level, they are language independent and do not need system privileges to execute. Results obtained during the validation and evaluation phase are also presented and they show that the proposed objectives are reached with success. From the tester viewpoint, the response time of structural testing of concurrent programs was reduced, while the coverage of the concurrent programs with both paradigms increased with automatic and transparent procedures. The experiments showed speedups close to linear, when comparing the sequential and parallel versions.

O NER é uma via de reparo de DNA capaz de lidar com uma ampla variedade de lesões. Participam do NER diversas proteínas, entre elas a endonuclease XPG. Pacientes que possuem mutações no gene XPG apresentam a síndrome XP, e em alguns casos XP/CS. Investigamos a natureza genética de dois pacientes XP-G, que são irmãos e apresentam fenótipo moderado. As células destes pacientes demonstraram alta sensibilidade à luz UVC. Quando expostas a um agente oxidativo, apenas células XP-G/CS exibiram sensibilidade. Identificamos duas mutações missense no gene XPG desses pacientes, e comparamos com outras mutações existentes. Observamos que as mutações possuem um impacto negativo na funcionalidade de XPG. A proteína com a mutação p.Ala28Asp exibiu uma atividade residual em testes de complementação. Os resultados indicam que o fenótipo XP-G desses pacientes é causado por duas mutações missense em heterozigose composta, e que células portadoras dessas alterações exibem respostas diferenciadas frente aos estresses genotóxicos causados pela luz UV e pelo agente oxidativo utilizado. / NER is the most flexible of all known DNA repair mechanisms. XPG is an endonuclease that participates in the final steps of NER. Mutations in this gene may result in the human syndrome XP and, in some cases, in the XP/CS. We investigated the genetic nature in two XP-G patients, siblings and mildly affected. The cells from these patients demonstrated the high UV sensitivity typical of this syndrome. When exposed to an oxidative agent, only XP-G/CS cells exhibited sensitivity. We identified two missense mutations in the XPG gene of these patients, and a comparison with other known mutations is presented. These mutations have a negative impact in the function of XPG. The protein harboring the mutation p.Ala28Asp exhibited residual activity in complementation tests. These results indicate that the phenotype of XP-G patients is caused by two missense mutations in a compound heterozygous manner, and that the cells carrying these alterations exhibit different responses against genotoxic stress caused by the UV light and by the oxidative agent used.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 sidneypinheirojunior_tese.pdf: 1185692 bytes, checksum: 2cae9b38515819abe487b6260ac74acc (MD5) Previous issue date: 2012-03-27 / Background Outstanding, among the factors associated to cholelithiasis after bariatric surgery, are those related to metabolism and synthesis of lipoproteins, such as apolipoprotein E (ApoE) and protein from cholesterol ester transfer protein (CETP). Methods - 220 patients have been part of the study, 114 (G1) with cholelithiasis postoperatively and 106 (G2) without cholelithiasis in over 8 months period, including the analysis of apoE-Hha I and CETP-TaqIB polymorphisms per PCR / RFLP and biochemical profile [total cholesterol (TC), lipoprotein cholesterol fraction of low (LDL), high (HDLc) and very low density (VLDLc), triglycerides (TG) and glucose levels. It was accepted level of significance for P <0.05. Results - Preoperatively, it was observed that in G1 54% of the patients with the APOE*4 allele had serum altered levels of LDL. Postoperatively, there was a decrease (P <0.001) of LDL with TG in G2 (85.3 ± 32.1 mg / dL, P <0.0001) and glucose (G1 = 83.2 ± 10.7 mg / dL; G2 = 84.7 ± 11.5 mg / dL, P <0.0001 for both), TC and LDL and HDL cholesterol increased only in G2 (P <0.0001). The B1 allele was related to decreased (P <0.01) of TC, LDLc and TG postoperatively in both groups, in addition to lowering glucose levels and increase HDL cholesterol only in G2 (P <0.0001). The genotype APOE*_/4 in G2 was associated with decreased levels of TC, LDL, TG and glucose levels and increased levels of HDL cholesterol (P<0.01) postoperatively. Conclusions - This study does not confirm the association of apoE-Hha-I and CETP-TaqIB with gallstones in the late postoperative period after bariatric surgery. However, B1 allele seems to enhance the action of bariatric surgery in the control of dyslipidemia effectively reducing levels of TC, LDL and TG, with additional benefit to those without gallstones by decreasing blood glucose levels and also increase HDL cholesterol. The relationship of APOE*4 with increased LDLc preoperatively only in G1 suggests its association with cholelithiasis in the late postoperative bariatric surgery, which should be evaluated in prospective studies. / Introdução- Destacam-se entre os fatores associados à colelitíase após cirurgia bariátrica, aqueles relacionados a metabolismo e síntese de lipoproteínas plasmáticas, como apolipoproteína E (apo E) e proteína de transferência do éster de colesterol (CETP). Objetivos-Avaliar a associação das variantes genéticas apoE-Hha I e CETP-TaqIB na colelitíase e sua influência no perfil bioquímico,além de perfil antropométrico e co-morbidades em pacientes com obesidade mórbida após cirurgia bariátrica. Métodos- Foram estudados 220 pacientes: 114 (G1) com colelitíase no pós-operatório e 106 (G2) sem colelitíase, em período >8 meses, incluindo a análise dos polimorfismos apoE-HhaI e CETP-TaqIB por PCR/RFLP e perfil bioquímico [colesterol total (CT), fração de colesterol de lipoproteína de baixa (LDLc), alta (HDLc) e muito baixa densidade (VLDLc), triglicérides (TG) e glicemia], além do índice de massa corporal (IMC), cintura abdominal (CA), hipertensão e diabete melito. Admitiu-se nível de significância para P<0,05. Resultados- Houve semelhança entre os grupos para os genótipos de apoE-HhaI e CETP-TaqIB. O genótipo APOE*3/3 prevaleceu em ambos os grupos (G1: 65% e G2:73%; P=0,204), enquanto genótipos APOE*_/4 destacaram-se em G1 (23% versus 16%; P=0,269). Para CETP o alelo B1 prevaleceu em G1 (0,59) e G2 (0,62; P=0,558). O perfil bioquímico, com valores recomendados já no pré-operatório em ambos os grupos, exceto para TG (141,4±75,4; 159,3±90,9mg/dL, respectivamente, P=0,123) e glicemia (113,0±53,2; 105,8±34,3mg/dL, respectivamente; P=0,262), mostrou decréscimo (P<0,001) no pós-operatório para todas as variáveis, incluindo TG (respectivamente, 89,0±34,6mg/dL; 85,3±32,1mg/dL; P<0,0001 para ambos) e glicemia (respectivamente, 83,2±10,7mg/dL; 84,7±11,5mg/dL; P<0,0001 para ambos). Níveis de HDLc mostraram acréscimo no pós-operatório apenas em G2 (52,5±14,7 versus 43,0±11,9; P<0,0001). Em G1, 54% dos pacientes portadores do alelo APOE*4 tinham níveis séricos alterados de LDLc no pré-operatório. O genótipo APOE*3/3, em G1, associou-se com decréscimo nos níveis de CT, LDLc, TG e glicemia e aumento nos níveis de HDLc (P<0,01). O mesmo ocorreu para genótipos APOE*_/4, em G2. O alelo B1 relacionou-se com decréscimo (P<0,01) de CT, LDLc e TG no pós-operatório em ambos os grupos, além de redução de glicemia e aumento de HDLc apenas em G2 (P<0,0001).Ambos os grupos mostraram redução nos valores de IMC e CA, além de hipertensão e diabete melito. Conclusões: Variantes de apoE-HhaI e CETP-TaqIB não diferenciam os grupos com e sem colelitíase no pós-operatório tardio de cirurgia bariátrica. Presença de APOE*4 relacionada com aumento de LDLc no pré-operatório, sugere sua influência no desenvolvimento de colelitíase no pós- operatório tardio, a ser confirmado em estudos prospectivos. CETP-Taq IB, representado pelo alelo B1 parece potencializar a ação da cirurgia bariátrica no controle do perfil bioquímico, particularmente em G2 com aumento de HDLc e decréscimo da glicemia. Além disso, independente da presença de colelitiase, a cirurgia bariátrica controla também doenças crônicas como diabete melito e hipertensão arterial.

Neste trabalho foram utilizadas cópulas bivariadas variantes no tempo para modelar a dependência entre séries de retornos financeiros. O objetivo deste trabalho é apresentar uma abordagem de estimação semi-paramétrica de cópulas variantes no tempo a partir de uma função de cópula paramétrica na qual o parâmetro varia no tempo. A função do parâmetro desconhecido será estimada pela aproximação de ondaleta Haar, polinômio de Taylor e Kernel. O desempenho dos três métodos de aproximação será comparado via estudos de simulação. Uma aplicação aos dados reais será apresentada para ilustrar a metodologia estudada. / In this work the bivariate Time-varying copula models have been used to model the dependence between payback. The aim of this work is to present an approach of semiparametric estimation of Time-varying copula models from a parametric copula function in which the parameter varies with the time. The function of the unknown parameter will be estimated by Haar wavelet approach, Taylor series and smoothing Kernel approximation. The measured performance of the three estimation method will be compared by simulation study. An application of the data will be presented to illustrate the studied methodology.