The papillomatosis is an infectious disease caused by papillomaviruses which belongs to the Papillomaviridae family. In dogs, Canis familiaris papillomavirus (CPV) species is the causative agent of the disease and it has so far twenty identified types. These viruses can lead to benign neoplastic lesions of the skin and mucosal epithelium that are exophytic and endophytic papilloma and pigmented plaques which may occur progression to carcinoma squamous cell (SCCs) cancer. The pathogenicity of the virus related to the types, subtypes and variants can influence deafferents lesions on the animal. Thus, there is a need to identify and characterize the existing virus to a better understanding of the disease and adoptions of both preventive measures as treatment. In this study, the general objective is to analyze the genetic diversity of canine papillomavirus present in infected dogs in the state of Sergipe - Brazil. We used diagnostic strategies for the identification of canine papillomavirus; wherein the histopathology was used to the characterization of the lesion as papilloma and the PCR with electrophoresis for confirm the viral DNA, then sequencing performed for subsequent genotyping of samples and bioinformatics tools was used for analysis of the nucleotide and amino acid sequences of the L1 gene. As a result, eighteen samples of possible papillomatous lesions were collected and nine samples had the presence of CPV DNA with oral and cutaneous exophytic lesions confirmed by histopathology. It was possible observe in one sample the presence of oral SCCs. The Canine papillomavirus type 1 (CPV1) was identified in nine samples of this study. Eight samples were CPV1 variants with 100% identity with the already described variants and one sample was identified as a new CPV1 variant having a difference of 0.8% when compared with the reference sequence of the CPV1 L1 gene and a difference of 0.2% with the existing CPV1 variant. The mutations of the variants and the change in stability of the protein structure were analyzed and it was observed that the V204A mutation of the new variant of isolate eight is highly destabilizing with alteration of protein function. This study corroborates the characterization of CPV1 as the main cause of oral papillomatosis in dogs, observing the genetic variability of CPV1 with variants of different pathogenic potentials, with a putative new variant associated with cancer with a mutation that can destabilize the L1 protein structure of CPV1 altering its function. / A papilomatose é uma doença infecciosa causada pelos papilomavírus pertencentes a família Papillomaviridae. Em cães, a espécie Canis familiaris papilomavírus (CPV) é o agente etiológico da doença e possui até o momento vinte tipos identificados. Estes vírus podem levar a lesões neoplásicas benignas na pele e epitélio da mucosa, que são os papilomas exofíticos, endofíticos e as placas pigmentadas, podendo ocorrer a progressão para o câncer carcinoma de células escamosas (CCEs). A patogenicidade do vírus relacionada aos tipos, subtipos e variantes pode influenciar diferentes tipos de lesões nos animais. Com isso, percebe-se que há uma necessidade de identificar e caracterizar os vírus existentes para um melhor entendimento da doença e adoções de medidas tanto preventivas quanto de tratamento. Nesse estudo o objetivo geral é analisar a diversidade genética de papilomavírus canino presentes em cães infectados no estado de Sergipe - Brasil. Estratégias de diagnóstico foram utilizadas para a identificação de papilomavírus canino, em que o exame histopatológico foi utilizado para a caracterização da lesão e o PCR juntamente com a eletroforese para a confirmação da presença do DNA viral, depois foi realizado o sequenciamento para subsequente genotipagem das amostras e ferramentas de bioinformática foram utilizadas para análise das sequências de nucleotídeos e aminoácidos do gene L1. Como resultado, dezoito amostras de possíveis lesões papilomatosas foram coletadas, nove amostras tiveram a presença do DNA de CPV, com lesões exofíticas orais e uma cutânea, confirmadas pelo histopatológico. Foi possível observar na amostra oito a presença de CCEs oral. O CPV1 foi identificado em nove amostras deste estudo. Oito amostras eram variantes de CPV1 com 100% de identidade com uma variante já descrita e uma amostra foi identificada como uma nova variante de CPV1, possuindo uma diferença de 0,8% quando comparada com a sequência do gene L1 de referência de CPV1 e uma diferença de 0,2% com a variante já existente de CPV1. As mutações das variantes e a alteração na estabilidade da estrutura proteína foram analisadas e pôde-se observar que a mutação V204A da nova variante do isolado oito é altamente desestabilizadora com alteração de função da proteína. Esse estudo corrobora com a caracterização do CPV1 como o principal causador da papilomatose oral em cães, observando-se a variabilidade genética de CPV1 com variantes de diferentes potenciais patogênicos, com uma putativa nova variante associada ao câncer com uma mutação que pode desestabilizar a estrutura proteica de L1 de CPV1 alterando sua função. / São Cristóvão, SE

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-16T12:34:13Z No. of bitstreams: 1 andredinizdeoliveira.pdf: 3666386 bytes, checksum: 0179545867fe6173fdae7f0b67dff2d3 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2015-12-16T15:15:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 andredinizdeoliveira.pdf: 3666386 bytes, checksum: 0179545867fe6173fdae7f0b67dff2d3 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-16T15:15:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 andredinizdeoliveira.pdf: 3666386 bytes, checksum: 0179545867fe6173fdae7f0b67dff2d3 (MD5) Previous issue date: 2015-05-27 / Esta tese propõe dois métodos de estimação fasorial do componente fundamental. O pri-meiro estima o fasor na presença de componentes harmônicos, decaimento CC exponen-cial e ruído. O segundo estima o fasor na presença de componentes harmônicos, inter-harmônicos, inter-harmônicos variantes no tempo, decaimento CC exponencial e ruído. Todos os componentes de sinais utilizados são modelados e, para facilitar o entendimento dos métodos que serão propostos, os componentes são divididos em dois grupos: compo-nentes gerais e componentes extras. Alguns algoritmos de estimação existentes na litera-tura são estudados e dois são escolhidos para compor as proposições: DFT com suas va-riações e métodos de subespaços. O primeiro método sintetiza e implementa uma janela seguida da aplicação de uma DTFT para eliminar os componentes fundamental e harmô-nicos do sinal. O resultado é utilizado para estimar a influência do decaimento CC expo-nencial no componente fundamental. Esta influência é subtraída de uma estimação faso-rial via DFT para obter o componente fundamental correto. O segundo método utiliza esta mesma estrutura, entretanto insere um método de subespaço para calcular a frequência e constante de tempo dos componentes extras. Essa união cria um algoritmo distinto dos encontrados na literatura e nomeado de DTFT ESPRIT. A partir da possibilidade dos novos cálculos, o método consegue estimar o componente fundamental na presença de inter-harmônicos e inter-harmônicos variantes no tempo, além de harmônicos, decai-mento CC exponencial e ruído. / This thesis proposes two methods to estimate the phasor of the fundamental frequency component. The first one estimates the phasor in the presence of harmonic, decaying DC, and noise. The second one estimates the phasor in the presence of harmonics, inter-har-monics, time-varying inter-harmonics, decaying DC, and noise. All the signal compo-nents to be used are modeled and divided in two groups (general components and extra componentes) to better understand the proposed methods. The existing estimation algo-rithms in the literature are studied and described. Two algorithms are chosen as part of the new propositions: DFT and its variations and subspaces methods. The first method synthesizes and implements a DTFT window to eliminate the fundamental frequency and harmonic components of the signal. The result is used to estimate the influence of the decaying DC in the fundamental frequency component. This influence is subtracted from a phasor estimation via DFT in order to get the correct fundamental component. The second method has the same structure, however uses a subspace method for computing the frequency and time constant of the extra components. This combination creates a new algorithm named DTFT ESPRIT. From the new variable computing, the method is able to estimate the fundamental frequency component in the presence of different types of components as well as harmonics, decaying DC, and noise: inter-harmonics and time-varying inter-harmonics.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-01-12T14:37:07Z No. of bitstreams: 1 eduardochinelatecosta.pdf: 1021822 bytes, checksum: b72dff6cf071e8de1cb23f6cb7d27245 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-01-25T17:15:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 eduardochinelatecosta.pdf: 1021822 bytes, checksum: b72dff6cf071e8de1cb23f6cb7d27245 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T17:15:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 eduardochinelatecosta.pdf: 1021822 bytes, checksum: b72dff6cf071e8de1cb23f6cb7d27245 (MD5) Previous issue date: 2015-02-23 / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Atualmente, há um grande interesse em investigar a dinâmica em Grafos Variantes no Tempo (GVTs). Esses grafos contemplam a evolução temporal, tanto de nós, quanto de arestas. Nesse cenário, de maneira similar a grafos estáticos, o conceito de centralidade geralmente se refere a métricas que avaliam a importância relativa dos vértices. Entretanto, GVTs possibilitam a avaliação da importância dos instantes de tempo (ou estados) de um grafo ao longo de sua existência. Determinar instantes de tempo importantes nesse contexto pode ter aplicações práticas fortes, sendo particularmente úteis para definir melhores momentos para difusão, gerar modelos e prever o comportamento de GVTs. Neste trabalho, nós definimos Centralidade de Tempo em Grafos Variantes no Tempo. A centralidade de tempo avalia a importância relativa dos instantes de tempo. São apresentadas duas métricas de centralidade de tempo voltadas a processos de difusão de informação e uma métrica baseada na disposição das conexões da rede. As métricas foram avaliadas em um conjunto de dados real. Os resultados mostram que os instantes de tempo melhor classificados, de acordo com as métricas criadas, podem tornar o processo de difusão mais rápido e eficiente. Comparado com uma escolha aleatória, o processo de difusão iniciado nos instantes de tempo mais bem classificados pode ser até 2,5 vezes mais rápido, e também pode atingir praticamente o dobro do número de nós na rede em alguns casos. / Currently, there is a great interest in investigating dynamics in Time-Varying Graphs (TVGs). These graphs contemplate the temporal evolution, both nodes and edges. In this scenario, similar to static graphs, centrality usually refers to metrics that assess the relative importance of vertices. However, in TVGs it is possible to assess the importance of time instants (or states) of a graph throughout its existence. Determining important time instants in this context may have strong practical applications and is particularly useful for defining best times to spread, generate models and predict the behavior of TVGs. In this paper, we define time centrality in Time-Varying Graphs. Time centrality evaluates the relative importance of time instants. We present two time centrality metrics focused on information dissemination processes and another based on layout of network connections.. We evaluate metrics we define relying in a real dataset from an hospital environment. Our results show that the best classified time instants, according to created metrics, can make a faster and more efficient diffusion process. Compared to a random choice, the diffusion process starting at best rated time instants can up to 2.5 times faster, and it also can reach almost double the number of nodes in the network in some cases.

O teste de programas concorrentes é uma atividade custosa devido principalmente à quantidade de sequências de sincronização que devem ser testadas para validar tais programas. Uma das técnicas mais utilizadas para testar a comunicação e sincronização de programas concorrentes é a geração automática de diferentes pares de sincronização ou, em outras palavras, a geração de variantes de disputa (race variant). Nesta técnica as variantes de disputa são geradas a partir de arquivos de rastro de uma execução não-determinística e algoritmos de execução determinística são utilizados para forçar que diferentes sincronizações sejam cobertas. Este trabalho aborda de maneira abrangente este problema, cujo objetivo principal é reduzir o tempo de resposta da atividade de teste estrutural de programas concorrentes quando diferentes variantes de disputa são executadas. Há três principais contribuições neste trabalho: (1) geração de arquivos de rastro e execução determinística total/parcial, (2) geração automática de variantes e (3) paralelização da execução das variantes. Diferentemente de outros trabalhos disponíveis na literatura, os algoritmos propostos consideram programas concorrentes que interagem simultaneamente com passagem de mensagens e memória compartilhada. Foram consideradas seis primitivas com semânticas distintas: ponto-a-ponto bloqueante/não bloqueante, coletivas um-para-todos/todos-para-um/todos-para-todos e semáforos. Os algoritmos foram desenvolvidos no nível de aplicação em Java, são ortogonais à linguagem de programação utilizada e não requerem privilégios de sistema para serem executados. Estas três contribuições são descritas, detalhando seus algoritmos. Também são apresentados os resultados obtidos com os experimentos feitos durante as fases de validação e avaliação de cada contribuição. Os resultados demonstram que os objetivos propostos foram atingidos com sucesso para cada contribuição e, do ponto de vista do testador, o tempo de resposta da atividade de teste estrutural de programas concorrentes foi reduzido enquanto a cobertura de programas concorrentes com ambos os paradigmas aumentou com procedimentos automatizados e transparentes. Os experimentos mostram speedups próximos ao linear, quando comparadas as versões sequencial e paralela dos algoritmos. / The testing of concurrent programs is an expensive task, mainly because it needs to test a high number of synchronization sequences, in order to validate such programs. One of the most used techniques to test communication and synchronization of concurrent programs is the automatic generation of different synchronizations pairs (or generation of race variants). Race variants are generated from the trace files of a nondeterministic execution, and the deterministic executions force the coverage of different synchronizations. This work approaches this problem in a more general way. It reduces the response time of the structural testing of concurrent programs when different variants are required. There are three main contributions in this work: the generation of trace files and the total or partial deterministic execution, the automatic generation of race variants and the parallelization of execution of race variants. The proposed algorithms take into account concurrent programs that interact simultaneously with message passing and shared memory, including six primitives with distinct semantics: blocking and non-blocking point-to-point, all-to-all/one-to-all/all-toone collectives and shared memory. The algorithms have been implemented in Java in the application level, they are language independent and do not need system privileges to execute. Results obtained during the validation and evaluation phase are also presented and they show that the proposed objectives are reached with success. From the tester viewpoint, the response time of structural testing of concurrent programs was reduced, while the coverage of the concurrent programs with both paradigms increased with automatic and transparent procedures. The experiments showed speedups close to linear, when comparing the sequential and parallel versions.

Ferramentas e técnicas de visualização promovem uma análise de dados mais efetiva pelo fato de explorar a capacidade humana na percepção de padrões, principalmente em representações gráficas. Muitos fenômenos são associados a algum tipo de referência, temporal ou geográfica, que pode oferecer informação importante quando são submetidos a processos de análise. Este trabalho aborda representações visuais de dados geradas por técnicas de projeção multidimensional, e propõe uma estratégia para o tratamento diferenciado das referências temporais ou geográficas presentes em conjuntos de dados, no processo de gerar uma projeção multidimensional. Foi proposta e implementada uma variação da técnica Least Square Projection (LSP) que evidencia a informação das referências e permite ao usuário interagir com os mapas visuais gerados, bem como diversas funcionalidades que auxiliam no processo de análise exploratória. A nova abordagem é ilustrada por meio de estudos de caso envolvendo bases de dados temporais e com referências geográficas, em que foi possível observar o comportamento global dos elementos, bem como comportamentos de elementos ou grupos de elementos de interesse. Limitações da estratégia proposta também são discutidas / Visualization tools and techniques promote more effective data analysis by exploiting the human visual perception capabilities in detecting patterns in graphical representations. Many phenomena generate data that include temporal or geographical references, which are likely to provide important information in data analysis procedures. This work addresses data visualizations generated with multidimensional projections, proposing a strategy to handle temporal and geographical references present in multidimensional data sets, when generating multidimensional projections. The Least Squares Projection (LSP) technique was extended to explicitly handle the reference information and represent it in the visual maps, and a set of supporting analysis functions have been implemented. The proposed approach is illustrated through case studies on multidimensional data sets, in which it was possible to observe the global behavior of the elements, as well as individual behavior of elements or groups of elements of interest

[pt] Neste trabalho usamos o arcabouço dos modelos GAS para gerar previsões conjuntas de fator de capacidade eólico, pertencentes a diferentes usinas localizadas em áreas geográficas distintas. Esses cenários são insumos para gerar uma distribuição de fluxo de caixa associada a um portfólio de contratos atrelados aos parques eólicos em questão. Inicialmente modelamos as densidades marginais via um modelo GAS, supondo densidade Beta. De maneira a capturar a estrutura de dependência entre esses fatores de capacidade, usamos uma cópula t-Student com a matriz de correlação também sendo atualizada via mecanismo GAS. Uma das contribuições importantes desse trabalho para o setor elétrico está na geração de cenários conjuntos apenas em um passo, evitando a necessidade de modelar variáveis transformadas e posteriormente transforma-las para retornar às suas respectivas escalas originais. Assim como é feito no caso supondo normalidade para as marginais. Como é sabido, exponenciar valores simulados a partir de uma densidade normal pode gerar resultados equivocados para fatores de capacidade eólico, e por propagação, isso pode afetar severamente as medidas de risco que são obtidas a partir da distribuição simulada de fluxo de caixa associada com o portfolio das usinas eólicas. Nossos resultados mostram que quando a dependência é levada em consideração, os fluxos de caixa tendem a ser maiores do que quando ignora-se a dependência. / [en] In this work we use the framework of GAS models to generate joint forecasts for capacity factors of several wind plants belonging to different geographical areas. Such scenarios are then used as input to raise the distribution of cash flows associated with a portfolio of contracts attached to these wind plants. We first model the marginal density of each capacity factor using a GAS model with Beta density. In order to capture the observed dependence among these capacity factors, we use a copula t- Student with correlation matrix evolving through a GAS mechanism. One of the important contributions of our framework is that generation of scenarios is accomplished in just one step, avoiding the need of transforming back variables to its original scale, as it is the case under a Gaussian assumption for the marginals. As it is known, exponentiation of simulated Gaussian values can result in unrealistic sampling paths for the wind capacity factor, and by propagation, this can badly a ect the risk measures obtained from the simulated distribution of the cash flows associated with a particular portfolio of wind plants. Our results shows that when taking into account dependence the cash flows are higher than when ignoring dependence.

Gracilaria. caudata J. Agardh é uma das espécies mais comuns no Oceano Atlântico tropical e subtropical. No nordeste do Brasil a espécie é explotada como uma importante agarófita, onde recentemente foram encontradas variantes de coloração marrom-esverdeada crescendo lado a lado a indivíduos de coloração vermelha (mais comuns) em uma população natural. Este estudo teve por objetivo averiguar a estabilidade e o padrão de herança de cor marrom-esverdeada de indivíduos de G. caudata procedentes de uma população natural, bem como avaliar o desempenho somático e reprodutivo das diferentes fases do histórico de vida, levando-se em consideração indivíduos de coloração marrom-esverdeada e vermelha. A partir de cruzamentos teste foi possível verificar que a coloração marrom-esverdeada é estável e herdável, sendo o padrão de herança dessa coloração do tipo nuclear codominante, em que tetrasporófitos homozigotos são vermelhos (vmvm) ou marrom-esverdeados (meme) e os heterozigotos apresentam o fenótipo marrom (vmme e mevm). Variantes pigmentares, independentemente da fase do histórico, atingiram precocemente a maturidade reprodutiva quando comparadas a espécimes do tipo selvagem. Essa característica pode favorecer a manutenção da variante marrom-esverdeada na natureza. No entanto, apesar da diferenciação tardia de cistocarpos, gametófitos femininos, provenientes de tetrasporófitos vmvm, apresentaram um melhor desempenho reprodutivo em relação a gametófitos femininos provenientes de tetrasporófitos com variação pigmentar (meme, vmme e mevm); essa característica poderia contribuir para a predominância de espécimes selvagens na natureza. Entretanto, tetrasporófitos com variação pigmentar não só atingiram precocemente a maturidade reprodutiva como se tornaram mais férteis em relação ao tipo selvagem. Apenas na descendência de tetrasporófitos selvagens (vmvm) foi observada a proporção sexual esperada, entre gametófitos femininos e masculinos. Na progênie de tetrasporófitos com variação pigmentar foram observadas alterações na proporção sexual, devido à presença de gametófitos bissexuais. Essa condição de bissexualidade, provavelmente, é decorrente da presença de um alelo recessivo denominado bi, o qual possibilitaria a expressão de funções femininas em gametófitos masculinos. No presente estudo, pudemos evidenciar que a bissexualidade em G. caudata é herdável, e que gametófitos femininos que portam a mutação bi foram capazes de transmitir a mutação aos descendentes, porém o alelo não é fenotipicamente detectável. Como não foram observados gametófitos bissexuais na descendência de tetrasporófitos vmvm (provenientes do cruzamento feminino vm x masculino vm) sugere-se que a mutação bi estaria presente apenas em tetrasporófitos marrom-esverdeados oriundos da natureza. No entanto, permanece a possibilidade de ocorrência de espécimes bissexuais de coloração vermelha em populações naturais, já que tais indivíduos foram observados na progênie de tetrasporófitos vmme e mevm, indicando assim, que não há ligação entre a bissexualidade e a coloração do talo. Gametófitos femininos vermelhos apresentam melhor desempenho somático quando comparados a gametófitos femininos marrom-esverdeados. Esse aspecto foi evidenciado por meio de taxas de crescimento, número de ápices diferenciados e percentual de fixação ao frasco de cultura. Essas características devem contribuir para a predominância de espécimes do tipo selvagem na natureza. Gametófitos marrom-esverdeados, em contrapartida, apresentaram melhor desempenho fotossintetizante, o que poderia representar uma vantagem, considerando-se o ambiente heterogêneo de ocorrência da espécie, e desse modo, contribuir para a manutenção dessa variante em população natural. Entretanto, não foram observadas diferenças com relação às taxas crescimento entre tetrasporófitos dos quatro genótipos (vmvm, meme, vmme e mevm), apesar das diferenças quanto à fertilidade, concentração pigmentar, número de ápices diferenciados e desempenho fotossintetizante. Tais tetrasporófitos apresentaram taxas de crescimento semelhantes às observadas para gametófitos femininos marrom-esverdeados, apesar do melhor desempenho fotossintetizante desses últimos. Os dados obtidos nesse trabalho sugerem que a variante marrom-esverdeada apresente vantagens adaptativas para G. caudata / Gracilaria caudata J. Agardh is one of the most common species in the tropical and subtropical Atlantic Ocean. In the northeast of Brazil the species is exploited as an important agar producer, where greenish-brown color variants have recently been found growing side by side with individuals of red color (more common) in a natural population. The aim of this study was to investigate the stability and pattern of green-brown inheritance of G. caudata individuals from a natural population, as well as to evaluate the somatic and reproductive performance of the different stages of life history, considering individuals of greenish-brown and red colors. From test crosses it was possible to verify that the greenish-brown color is stable and inheritable. Codominant nuclear inheritance was found in the greenish-brown strains. Homozygous tetrasporophytes are red (rdrd) or greenish-brown (gbgb) while heterozygous tetrasporophytes present the brown phenotype (rdgb and gbrd). Color variants, regardless of the history phase, reached early reproductive maturity when compared to wild type specimens. This feature may favor the maintenance of the greenish-brown variant in nature. However, in spite of the late differentiation of cystocarps, female gametophytes derived from rdrd tetrasporophytes had a better reproductive performance in relation to female gametophytes from tetrasporophytes with color variation (gbgb, rdgb and gbrd); this feature could contribute to the predominance of wild specimens in nature. However, tetrasporophytes with color variation not only reached reproductive maturity early but also became more fertile in relation to the wild type. The expected sexual ratio between female and male gametophytes was only observed in the offspring of wild tetrasporophytes (rdrd). There were changes in the sexual proportion in the progeny of tetrasporophytes with color variation due to the presence of bisexual gametophytes. This condition of bisexuality is probably due to the presence of a recessive allele called bi, which would allow the expression of female functions in male gametophytes. In the present study, we could show that bisexuality in G. caudata is inheritable, and that female gametophytes, which carry the bi mutation, were able to transmit the mutation to the offspring, but the allele is not phenotypically detectable. As no bisexual gametophytes were found in the offspring of rdrd tetrasporophytes (from the cross female rd x male rd), it is suggested that the bi mutation would only be present in brown-green tetrasporophytes from the natural population. However, it remains the possibility of occurrence of bisexual specimens of red color in natural populations, since such individuals were observed in the progeny of tetrasporophytes rdgb and gbrd, thus indicating that there is no link between bisexuality and the thallus color. Red female gametophytes show better somatic performance when compared to the greenish-brown female gametophytes. This aspect was evidenced by means of growth rates, number of differentiated apices, and percentage of attachment to the culture flask. These characteristics should contribute to the predominance of wild type specimens in natural populations. Otherwise, the greenish-brown gametophytes showed better photosynthetic performance, which could represent an advantage considering the heterogeneous environment of the species occurrence, thus contributing to the maintenance of this variant in the natural population. However, no differences were observed among tetrasporophytes of the four genotypes (rdrd, gbgb, rdgb and gbrd), regarding the growth rates, despite of the differences in fertility, pigment concentration, number of differentiated apices, and photosynthetic performance. These tetrasporophytes presented similar growth rates to those observed for greenish-brown female gametophytes, despite of the better photosynthetic performance of the latter. The data obtained in this work suggest that the greenish-brown variant presents adaptive advantages for G. caudata

Les alliages à base de Ni-Mn-In ont attiré une attention considérable en raison de leurs propriétés multifonctionnelles depuis leur découverte en 2004, telles que l’effet de mémoire de forme métamagnétique (Metamagnetic shape memory effect MMSME), l'effet magnétocalorique (MCE) et l'effet de magnétorésistance (MR). Cependant, certaines connaissances fondamentales sur ces alliages manquent toujours jusqu'à présent, telles que la structure cristalline de la martensite, les caractéristiques cristallographiques de microstructure et de transition magnétostructurale. Dans cette thèse, les caractéristiques cristallographiques, les comportements mécaniques et les propriétés magnétiques des alliages Ni-Mn-In base ont été étudiés théoriquement et expérimentalement. Tout d'abord, les structures cristallines des alliages Ni-Mn-In ont été déterminées avec précision par la méthode de Rietveld dans le cadre de la théorie du superespace. Ensuite, la microstructure de la martensite, notamment l'organisation et l'interface des variantes, ainsi que les caractéristiques cristallographiques de la transformation martensitique, telles que les relations d'orientation (OR), le chemin de déformation de la transformation et la compatibilité géométrique entre l'austénite et la martensite, ont été systématiquement étudiés. Enfin, avec cette connaissance fondamentale sur les alliages Ni-Mn-In, les comportements et les mécanismes de sélection /réarrangement des variantes de martensite sous deux types de stratégies de chargement mécanique, à savoir le chargement à l'état martensitique et le chargement durant la transition structurelle, et les effets du recuit sur l'effet MCE et les pertes d'hystérésis associées ont été explorées. Les principaux résultats sont les suivants. La martensite modulé a une structure cristalline incommensurable avec la structure cristalline 6M et le groupe de superespace I2/m(α0γ)00 qui peut être approximée par un modèle de superstructure de multiplicité 3 dans l'espace à tridimensionnel. La microstructure de martensite est en forme de plaques et auto-organisée en colonies. Chaque colonie a quatre variantes d'orientations distinctes. Le maximum de 6 colonies distinctes et 24 variantes peut être généré à l'intérieur d'un grain austénitique. Bien que jusqu'à 14 types de relations de maclage sont proposées dans le cadre des théories cristallographiques de transformation martensitique, seuls trois types de relations de maclage sont généralement observés, à savoir des macles de type I, type II et composées. Les interfaces des variantes sont définies à l'échelle mésoscopique par leur plan de maclage K1 correspondant. Cependant, à l'échelle atomique, la macle de type I a une interface cohérente, alors que celles de type-II et les macles composées ont des interfaces étagées. Les deux relations d'orientations K-S et Pitsch sont appropriés pour décrire la correspondance de réseau entre austénite et martensite dans les alliages Ni-Mn-In. Cependant, le chemin de déformation lié à la relation de Pitsch est mis en évidence pour être efficace pour la déformation de la structure. Avec le chemin de transformation déterminé, le mécanisme sous-jacent de l'organisation des variantes est révélé. À travers la transformation martensitique, en dépit de l'existence d'une relativement large couche contrainte (de l'ordre de 20 nm), le plan d'habitat est bordé par une variante de martensite simple avec l'austénite plutôt que la structure généralement observée "en sandwich", ce qui suggère une relativement bonne compatibilité géométrique entre les phases correspondantes. Pour le chargement en compression à l'état martensitique, l'arrangement des variantes est réalisé par des processus de démaclage. Il est démontré que l'état de variante unique dans certaines colonies pourrait être obtenu lorsque l'orientation de chargement est située dans la zone de Facteur de Schmid (SF) positif commune pour les trois systèmes de démaclage. [...] / Ni-Mn-In based alloys have attracted considerable attention due to their multifunctional properties since its discovery in 2004, such as metamagnetic shape memory effect (MMSME), magnetocaloric effect (MCE) and magnetoresistance (MR) effect. However, some fundenmental knowledge on these alloys is still missing until now, such as crystal structure of martensite, crystallographic features of microstructure and magnetostructural transition. In this dissertation, the crystallographic features, mechanical behaviors and magnetic properties of Ni-Mn-In based alloys were studied theoretically and experimentally. First, the crystal structures of Ni-Mn-In alloys were accurately determined by Rietveld method in the frame of superspace theory (Chapter 3). Then, the microstructure of martensite (Chapter 4), such as variant organization and interface structure, and the crystallographic features of martensitic transformation, such as orientation relationship (OR), transformation strain path and geometrical compatibility between austenite and martensite, were systematically studied (Chapter 5). Finally, with this fundamental knowledge on Ni-Mn-In alloys, the behaviors and mechanisms of martensite variant rearrangement/ selection under two kinds of mechanical loading strategies, i.e. loading at martensite state and loading across the structural transition, and the effects of annealing on MCE and its related hysteresis loss were explored (Chapter 6). The main results are as follows. The modulated martensite has an incommensurate 6M crystal structure with superspace group I2/m(α0γ)00 that can be approximated by a three-fold superstructure model in the three-dimensional space. The microstructure of martensite is in plate shape and self-organized in colonies. Each colony has four distinct orientation variants. The maximum of 6 distinct colonies and 24 variants can be generated within one austenite grain. Although as many as 14 kinds of twin relations are suggested in the frame of crystallographic theories of martensitic transformation, only three types of twin relations are generally detected, i.e. type-I, type-II and compound twin. Variant interfaces are defined by their corresponding twinning plane K1 at mesoscopic scale. However, at atomic scale, the type-I twin has a coherent interface, whereas type-II and compound twins have “stepped” interfaces. Both the K-S and Pitsch ORs are appropriate to describe the lattice correspondence between austenite and martensite in Ni-Mn-In alloys. However, the strain path related to the Pitsch relation is evidenced to be the effective for the structural distortion. With the determined transformation path, the underlying mechanism of variant organization is revealed. Across the martensitic transformation, despite the existence of a relative wide stressed layer (around 20 nm), the habit plane is bordered by single martensite variant with austenite rather than the generally observed “sandwich-like” structure, implying a relative good geometrical compatibility between the corresponding phases. For compressive loading at martensite, variant arrangement is realized by the detwinning process. It is evidenced that a single variant state in some colonies can be obtained when the loading orientation is located in the common positive Schmid factor (SF) zone of the three detwinning systems. For loading across the structural transition, the prestrain is obtained by variant selection in which the number of colonies is significantly reduced and the variant organization within colony is greatly changed. The SF for transformation strain path is introduced to evaluate the possible selection of variants. Heat treatment can significantly enhance the magnetic entropy change ΔSM but simultaneously increase the magnetic hysteresis loss. For ΔSM, the chemical ordered degree should play a prominent role [...]

L’histoire du texte a toujours accompagné la recherche sur le Manuscrit trouvé à Saragosse, roman-somme de l’aristocrate polonais Jean Potocki (1761-1815). Mais elle ne peut pourtant pas expliquer pourquoi l’auteur en a rédigé trois versions successives. Ce que l’on peut dégager du texte, c’est la manière dont Potocki a modifié les versions dites de 1794, 1804 et 1810. Ainsi, si l’on compare minutieusement le texte et la structure des versions, on constate que certaines tendances de réajustements apparaissent à tous les niveaux de l’écriture : celui des mots, celui des phrases et celui des chapitres ou « journées ». À titre d’exemple, on peut citer la tendance à la concision, puisque les histoires racontées sont plus concentrées dans les versions remaniées. On peut mentionner aussi les modifications euphoniques ou rythmiques, qui sont perceptibles si l’on compare entre eux les mots choisis par l’auteur et qui permettent d’établir plusieurs synthèses concernant les refontes de la structure globale du roman. / The history of text has never failed to accompany the researches about Manuscrit trouvé a Saragosse, monumental novel by the Polish aristocrat Jean Potocki (1761-1815). Still it does not explain why the author has written three successive versions. The only differences you can read out of the text is the way Potocki has modified each version of the novel (1794, 1804, 1810). A careful comparison of text and structure of each version show certain tendencies of reworking at all levels of writing: that of words, the sentences and the chapters or “journées”. One of these tendencies for example is the concision, as the stories in the modified versions are told more concentrated. Also euphonic and rhythmic changes may be mentioned here: they appear in comparison with the words chosen by the author and allow further syntheses with the revision of the entire novel structure.

OBJETIVOS: Avaliar características clínico-patológicas com ênfase na presença de variantes histológicas (VH) nos carcinomas uroteliais da bexiga e nas metástases linfonodais (ML). Caracterizar perfis imuno-histoquímicos relacionados aos subtipos moleculares e verificar suas associações clínico-patológicas. MÉTODOS: 183 carcinomas uroteliais de alto grau músculo-invasivos submetidos a cistectomia radical no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo, HCFMUSP ou Hospital Alemão Oswaldo Cruz foram caracterizados quanto ao gênero, idade, tamanho, focalidade, configuração neoplásica, necrose, invasões angiolinfática e perineural, VH, carcinoma in situ, infiltrado inflamatório peri e intratumoral, estádio, margem cirúrgica, ML e VH na metástase. Resultados semi-quantitativos da pesquisa imuno-histoquímica (IH) de CK20 e GATA3 (associados ao subtipo luminal) e CK5, SALL4 e Vimentina (associados ao subtipo basal), que foi realizada em micromatrizes teciduais com abundante representação do tumor primário e das ML, tiveram valor de corte de 20%, definindo os casos em positivos e negativos. Casos negativos para CK20 ou GATA3 e positivos para CK5 foram agrupados no subtipo basal; casos positivos para CK20 ou GATA3 e negativos para CK5 agrupados no subtipo luminal e casos duplo positivos ou duplo negativos agrupados no subtipo indeterminado. As associações entre estes subtipos e as características clínico-patológicas foram realizadas através de testes qui-quadrado ou exato de Fisher para as variáveis categóricas. A comparação dos subtipos obtidos no centro do tumor e na ML foi realizada com testes de McNemar-Bowker e concordância pelo coeficiente Kappa. A análise de sobrevida foi realizada pelo método Kaplan-Meier e testes de Breslow. RESULTADOS: VH foram observadas em 116 (63,4%) casos e associadas a invasão linfovascular (p=0,043), VH na metástase (p < 0,001), pior sobrevida global (p=0,043). Havia 14 diferentes VH, a escamosa, mais comum, foi associada a tumores maiores (p=0,003); necrose (p=0,004); VH sarcomatoide (p=0,047), VH na metástase (p=0,003), sem impacto nas sobrevidas. VH micropapilífera, segunda mais observada, foi associada a invasão linfovascular (p=0,002); margem cirúrgica positiva (p=0,005); metástase linfonodal (p < 0,001), VH na metástase (p=0,007) e piores sobrevidas doença específica (p=0,016) e global (p=0,005). VHs foram observadas em 40,7% das metástases linfonodais, com apenas um caso discordante das VH observadas no tumor vesical. Nos dois perfis IH estabelecidos não houve impacto nas sobrevidas e o subtipo basal foi associado a tumores maiores (CK5/CK20 p=0,025; CK5/GATA3 p=0,006) e a variante escamosa (CK5/CK20 e CK5/GATA3 p < 0,001) e o subtipo luminal foi associado a variantes micropapilífera (CK5/CK20 e CK5/GATA3 p < 0,001) e plasmocitoide (CK5/CK20 p=0,003; CK5/GATA3 p=0,011). Foi moderado o grau de concordância do subtipo observado no centro comparado ao observado na ML (CK5/CK20 Kappa=0,57; CK5/GATA3 Kappa=0,48). CONCLUSÕES: A presença de VH nos carcinomas uroteliais da bexiga, além de acarretar heterogeneidade intratumoral, foi associada a características clínico-patológicas de agressividade, com impacto na sobrevida, sobretudo na variante micropapilífera. O perfil IH basal foi associado a tumores maiores com variante escamosa e o perfil IH luminal foi associado às variantes micropapilífera e plasmocitoide. Os perfis IHs não diferiram quanto às sobrevidas e houve moderada concordância com os perfis observados nas ML / OBJETIVES: Evaluate clinicopathological features emphasizing the presence of histological variants (HV) in bladder urothelial carcinomas and their lymph node metastasis (LNM). Characterize immunohistochemical profiles related to molecular subtypes and verify their clinicopathological associations. METHODS: 183 high-grade muscle-invasive urothelial carcinomas undergoing radical cystectomy at Instituto do Câncer do Estado de São Paulo, HCFMUSP or Hospital Alemão Oswaldo Cruz were classified according to gender, age, size, focality, neoplastic configuration, necrosis, lymphovascular and perineural invasion, HV, carcinoma in situ, peritumoral and intratumoral inflammatory infiltrate, stage, surgical margin, LNM and HV in metastasis. Semi-quantitative results of the immuhistochemical (IHC) studies for CK20 and GATA3 (associated with the luminal subtype) and CK5, SALL4 and Vimentin (associated with basal subtype), which were performed in tissue microarrays with abundant representation of the primary tumor and LNM, had a cutoff value of 20%, dividing cases into positive and negative. Negative cases for CK20 or GATA3 and positive for CK5 were grouped into the basal subtype; positive cases for CK20 or GATA3 and negative for CK5 were grouped into luminal subtype and double positive or double negative cases were grouped into the undetermined subtype. The associations between these subtypes and clinicopathological features were performed using chi-square or Fisher´s exact tests for the categorical variables. Comparison of the subtype obtained at the center of the tumor and LNM was performed using McNemar-Bowker test and agreement with Kappa coefficient. Survival analysis was performed using Kaplan-Meier method and Breslow tests. RESULTS: HV were observed in 116 (63.4%) cases and associated with lymphovascular invasion (p=0.043); HV in metastasis (p < 0.001), worse overall survival (p=0.043). There were 14 different HV, and squamous variant, the most common, was associated with larger tumors (p=0.003); necrosis (p=0.004), sarcomatoid variant (p=0,047), HV in metastasis (p=0.003), with no impact on survival. Micropapillary variant, the second most observed, was associated with lymphovascular invasion (p=0.002); positive surgical margin (p=0.005); LNM (p < 0.001); HV in metastasis (p=0.007) and worse disease-specific (p=0.016) an overall survival (p=0.005). HV were observed in 40.7% of the LNM, and only one case was discordant with HV observed in the bladder tumor. In both IHC profiles there was no impact on survival, and the basal subtype was associated with larger tumors (CK5/CK20 p=0.025; CK5/GATA3 p=0.006) and squamous variant (CK5/CK20 and CK5/GATA3 p < 0.001). Luminal subtype was associated with micropapillary variant (CK5/CK20 and CK5/GATA3 p < 0.001) and plasmacytoid variant (CK5/CK20 p=0.003; CK5/GATA3 p=0.011). There was moderate agreement between the subtype observed in the tumor center compared to that observed in LNM (CK5/CK20 Kappa=0.57; CK5/GATA3 Kappa=0.48). CONCLUSIONS: The presence of HV in bladder urothelial carcinomas, in addition to cause intratumoral heterogeneity, was associated with clinical and pathological characteristics of aggressiveness, with impact on survival, especially in the micropapillary variant. The basal IHC profile was associated with larger tumors and squamous variant, and the luminal IHC profile was associated with micropapillary and plasmacytoid variants. The IHC profiles did not differ on the survival rates and there was moderate agreement compared to the subtypes observed in LNM