Orientador: Regina Helena Garcia Martins / Resumo: Mercuri G. Incidência e Prevalência da Papilomatose Laríngea no Estado de São Paulo [dissertação]. Botucatu, SP: Faculdade de Medicina de Botucatu, Universidade Estadual Paulista; 2019. Introdução: A papilomatose respiratória recorrente ou papilomatose laríngea recorrente é a neoplasia benigna da laringe causada pelo Papiloma Vírus Humano, caracterizando-se pela presença de lesões proliferativas exofíticas recorrentes. A ausência de tratamento curativo, os custos relacionados ao diagnóstico, prevenção e tratamento das doenças causadas pelo HPV apresentam importante impacto econômico em todo mundo. No entanto, a falta de dados epidemiológicos nacionais, quanto à incidência e prevalência da papilomatose laríngea no Brasil não nos permite analisar o comportamento da doença em nossa população, bem como os benefícios da vacinação. Objetivo: Estimar a incidência e a prevalência da Papilomatose Laríngea no Estado de São Paulo. Métodos: Estudo populacional que objetivou levantar todos os casos diagnosticados de Papilomatose Laríngea do Estado de São Paulo, considerando os principais centros de diagnóstico desta enfermidade. Foram mapeados e selecionados os principais serviços de residência e especialização em Otorrinolaringologia do Estado de São Paulo, a partir dos dados fornecidos pela Associação Brasileira de Otorrinolaringologia e Cirurgia Cérvico-Facial (ABORL-CCF). Através do preenchimento de um questionário obtivemos os dados para estimar a prevalência e a incidência mínimas p... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Mercuri G. Incidence and Prevalence of Laryngeal Papillomatosis in São Paulo State [thesis]. Botucatu, SP: Faculty of Medicine of Botucatu, Universidade Estadual Paulista; 2019. Introduction: Recurrent respiratory papillomatosis or recurrent laryngeal papillomatosis is a benign laryngeal neoplasm caused by Human Papilloma Virus, characterized by the presence of recurrent exophytic proliferative lesions. Without curative treatment, costs related to the diagnosis, prevention, and treatment of HPV-related diseases have a significant economic impact worldwide. However, the lack of national epidemiological data on the incidence and prevalence of laryngeal papillomatosis in Brazil does not allow us to analyze the behavior of the disease in our population, as well as the benefits of vaccination. Objective: To estimate the incidence and prevalence of Laryngeal Papillomatosis in the State of São Paulo. Methods: A population study was conducted aiming to raise all the diagnosed cases of Laryngeal Papillomatosis of the State of São Paulo, considering the main centers of diagnosis of this disease. The main services of residence and specialization in Otorhinolaryngology of the State of São Paulo were mapped and selected, based on the data provided by the Brazilian Association of Otorhinolaryngology and Cervical-Facial Surgery (ABORL-CCF). By completing a questionnaire we obtained the data to estimate the minimum prevalence and incidence for the State in 2017. Results: The questionnaire wa... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

The papillomatosis is an infectious disease caused by papillomaviruses which belongs to the Papillomaviridae family. In dogs, Canis familiaris papillomavirus (CPV) species is the causative agent of the disease and it has so far twenty identified types. These viruses can lead to benign neoplastic lesions of the skin and mucosal epithelium that are exophytic and endophytic papilloma and pigmented plaques which may occur progression to carcinoma squamous cell (SCCs) cancer. The pathogenicity of the virus related to the types, subtypes and variants can influence deafferents lesions on the animal. Thus, there is a need to identify and characterize the existing virus to a better understanding of the disease and adoptions of both preventive measures as treatment. In this study, the general objective is to analyze the genetic diversity of canine papillomavirus present in infected dogs in the state of Sergipe - Brazil. We used diagnostic strategies for the identification of canine papillomavirus; wherein the histopathology was used to the characterization of the lesion as papilloma and the PCR with electrophoresis for confirm the viral DNA, then sequencing performed for subsequent genotyping of samples and bioinformatics tools was used for analysis of the nucleotide and amino acid sequences of the L1 gene. As a result, eighteen samples of possible papillomatous lesions were collected and nine samples had the presence of CPV DNA with oral and cutaneous exophytic lesions confirmed by histopathology. It was possible observe in one sample the presence of oral SCCs. The Canine papillomavirus type 1 (CPV1) was identified in nine samples of this study. Eight samples were CPV1 variants with 100% identity with the already described variants and one sample was identified as a new CPV1 variant having a difference of 0.8% when compared with the reference sequence of the CPV1 L1 gene and a difference of 0.2% with the existing CPV1 variant. The mutations of the variants and the change in stability of the protein structure were analyzed and it was observed that the V204A mutation of the new variant of isolate eight is highly destabilizing with alteration of protein function. This study corroborates the characterization of CPV1 as the main cause of oral papillomatosis in dogs, observing the genetic variability of CPV1 with variants of different pathogenic potentials, with a putative new variant associated with cancer with a mutation that can destabilize the L1 protein structure of CPV1 altering its function. / A papilomatose é uma doença infecciosa causada pelos papilomavírus pertencentes a família Papillomaviridae. Em cães, a espécie Canis familiaris papilomavírus (CPV) é o agente etiológico da doença e possui até o momento vinte tipos identificados. Estes vírus podem levar a lesões neoplásicas benignas na pele e epitélio da mucosa, que são os papilomas exofíticos, endofíticos e as placas pigmentadas, podendo ocorrer a progressão para o câncer carcinoma de células escamosas (CCEs). A patogenicidade do vírus relacionada aos tipos, subtipos e variantes pode influenciar diferentes tipos de lesões nos animais. Com isso, percebe-se que há uma necessidade de identificar e caracterizar os vírus existentes para um melhor entendimento da doença e adoções de medidas tanto preventivas quanto de tratamento. Nesse estudo o objetivo geral é analisar a diversidade genética de papilomavírus canino presentes em cães infectados no estado de Sergipe - Brasil. Estratégias de diagnóstico foram utilizadas para a identificação de papilomavírus canino, em que o exame histopatológico foi utilizado para a caracterização da lesão e o PCR juntamente com a eletroforese para a confirmação da presença do DNA viral, depois foi realizado o sequenciamento para subsequente genotipagem das amostras e ferramentas de bioinformática foram utilizadas para análise das sequências de nucleotídeos e aminoácidos do gene L1. Como resultado, dezoito amostras de possíveis lesões papilomatosas foram coletadas, nove amostras tiveram a presença do DNA de CPV, com lesões exofíticas orais e uma cutânea, confirmadas pelo histopatológico. Foi possível observar na amostra oito a presença de CCEs oral. O CPV1 foi identificado em nove amostras deste estudo. Oito amostras eram variantes de CPV1 com 100% de identidade com uma variante já descrita e uma amostra foi identificada como uma nova variante de CPV1, possuindo uma diferença de 0,8% quando comparada com a sequência do gene L1 de referência de CPV1 e uma diferença de 0,2% com a variante já existente de CPV1. As mutações das variantes e a alteração na estabilidade da estrutura proteína foram analisadas e pôde-se observar que a mutação V204A da nova variante do isolado oito é altamente desestabilizadora com alteração de função da proteína. Esse estudo corrobora com a caracterização do CPV1 como o principal causador da papilomatose oral em cães, observando-se a variabilidade genética de CPV1 com variantes de diferentes potenciais patogênicos, com uma putativa nova variante associada ao câncer com uma mutação que pode desestabilizar a estrutura proteica de L1 de CPV1 alterando sua função. / São Cristóvão, SE

Os papilomavírus constituem uma extensa família de vírus associados a lesões epiteliotrópicas, assim como acometem o tecido mucoso onde podem causar tumores benignos que podem evoluir para a malignização. A papilomatose bovina é uma doença economicamente relevante, já que há a desvalorização dos animais a serem comercializados devido à aparência e depreciação do couro. Em humanos, a identificação dos tipos de papilomavírus (HPV) envolvidos bem como o relato de co-infecções são bem estabelecidos. Já foram descritos na literatura mais de 200 tipos de HPVs, o que ainda é pouco explorado na área da Medicina Veterinária, em que somente 21 tipos de papilomavírus bovino (BPV) foram caracterizados até o momento. A presente dissertação visou investigar a diversidade de BPV presentes em um papiloma de um bovino oriundo do Estado de Rondônia. A partir do DNA extraído da lesão, foi realizada a rooling circle amplification (RCA) seguida do sequenciamento de última geração (Ilumina MiSeq). O emprego dessas metodologias culminou na identificação do BPV13, que atualmente é bem caracterizado, e de três prováveis novos tipos de BPVs que haviam sido descritos em um único estudo recente. Estes resultados confirmam a presença de co-infecção em lesões de papilomatose bovina e demonstram que estas técnicas possibilitaram a detecção de espécies que não são identificadas pelos métodos convencionais. Este conhecimento sobre a diversidade de BPV servirá de base para o melhor entendimento da biologia do vírus e para a geração de vacinas profiláticas ou terapêuticas eficazes. / Papillomaviruses are an extensive family of viruses associated with epitheliotropic lesions, as well as affecting mucosal tissue where they can cause benign tumors that may progress to malignancy. Bovine papillomatosis is an economically relevant disease, since there is a devaluation of the animals to be marketed due to the appearance and depreciation of the leather. In humans, the identification of the types of papillomavirus (HPV) involved as well as the reporting of co-infections is well established. More than 200 types of HPV have been described in the literature, which is still little explored in the area of Veterinary Medicine, in which only 21 types of bovine papillomavirus (BPV) have been characterized. This study aimed to investigate the diversity of BPV present in a papilloma of a bovine animal from the State of Rondônia. From the DNA extracted from the lesion, the rooling circle amplification (RCA) was performed followed by the last generation sequencing (Ilumina MiSeq). The use of these methodologies culminated in the identification of BPV13, which is currently well characterized, and of three putative new BPVs types that had been described in a single recent study. These results confirm the presence of co-infection in bovine papillomatosis lesions and demonstrate that these techniques enabled the detection of species that are not identified by conventional methods. This knowledge on BPV diversity will serve as a basis for a better understanding of the biology of the virus and for the generation of effective prophylactic or therapeutic vaccines.

Orientador: Estela Kaminagakura / Coorientadora: Patrícia Pimentel de Barros / Banca: Ana Sueli Rodrigues Cavalcant / Banca: Luana Marotta Reis de Vasconcellos / Banca: Lia Mizobe Ono / Banca: Luciana Yamamoto de Almeida / Resumo: A papilomatose laríngea é uma neoplasia benigna causada pelo papilomavírus humano (HPV), sendo os tipos 6 e 11 os mais comuns, e que ocorre em dois grupos etários, juvenil e adulto. A possível coinfecção viral tem sido sugerida em lesões de cabeça e pescoço; nesse sentido, o Epstein Barr vírus (EBV), que também apresenta tropismo por células epiteliais vem sendo estudado neste grupo de lesões. Os objetivos deste estudo foram genotipar os HPVs, investigar a presença de EBV-DNA por PCR e EBV-RNA por hibridização in situ. Além disso, associar a presença de EBV com a imunoexpressão de CD21, os resultados obtidos com a escala laringoscópica de Derkay et al. (1998) e com os dados clinicopatológicos. Oitenta casos de papilomatose laríngea, juvenil (n=36) e adulta (n=44), foram retrospectivamente analisados e subdivididos em grupos de menor e maior severidade, baseando-se na escala de Derkay. Todas as amostras foram HPV posivitas, com 49 casos HPV 6, 26 casos HPV 11, 4 casos HPV 6 e 11, e 1 caso HPV 16. A presença de EBV-DNA foi detectada em 9 amostras, entretanto EBV-RNA não foi não foi identificado em nenhuma amostra. Assim como a presença do EBV-DNA, a imunoexpressão de CD21 não se associou estatisticamente com quaisquer variáveis. A presença de HPV 6 foi mais comum em PLA e, o HPV 11 foi mais comum (p=0,02) e maior em casos de maior severidade (p=0,04), no grupo juvenil. A presença do EBV provavelmente não desempenha papel importante na progressão/severidade desta patologia. / Doutor

Os papilomavírus constituem uma extensa família de vírus associados a lesões epiteliotrópicas, assim como acometem o tecido mucoso onde podem causar tumores benignos que podem evoluir para a malignização. A papilomatose bovina é uma doença economicamente relevante, já que há a desvalorização dos animais a serem comercializados devido à aparência e depreciação do couro. Em humanos, a identificação dos tipos de papilomavírus (HPV) envolvidos bem como o relato de co-infecções são bem estabelecidos. Já foram descritos na literatura mais de 200 tipos de HPVs, o que ainda é pouco explorado na área da Medicina Veterinária, em que somente 21 tipos de papilomavírus bovino (BPV) foram caracterizados até o momento. A presente dissertação visou investigar a diversidade de BPV presentes em um papiloma de um bovino oriundo do Estado de Rondônia. A partir do DNA extraído da lesão, foi realizada a rooling circle amplification (RCA) seguida do sequenciamento de última geração (Ilumina MiSeq). O emprego dessas metodologias culminou na identificação do BPV13, que atualmente é bem caracterizado, e de três prováveis novos tipos de BPVs que haviam sido descritos em um único estudo recente. Estes resultados confirmam a presença de co-infecção em lesões de papilomatose bovina e demonstram que estas técnicas possibilitaram a detecção de espécies que não são identificadas pelos métodos convencionais. Este conhecimento sobre a diversidade de BPV servirá de base para o melhor entendimento da biologia do vírus e para a geração de vacinas profiláticas ou terapêuticas eficazes. / Papillomaviruses are an extensive family of viruses associated with epitheliotropic lesions, as well as affecting mucosal tissue where they can cause benign tumors that may progress to malignancy. Bovine papillomatosis is an economically relevant disease, since there is a devaluation of the animals to be marketed due to the appearance and depreciation of the leather. In humans, the identification of the types of papillomavirus (HPV) involved as well as the reporting of co-infections is well established. More than 200 types of HPV have been described in the literature, which is still little explored in the area of Veterinary Medicine, in which only 21 types of bovine papillomavirus (BPV) have been characterized. This study aimed to investigate the diversity of BPV present in a papilloma of a bovine animal from the State of Rondônia. From the DNA extracted from the lesion, the rooling circle amplification (RCA) was performed followed by the last generation sequencing (Ilumina MiSeq). The use of these methodologies culminated in the identification of BPV13, which is currently well characterized, and of three putative new BPVs types that had been described in a single recent study. These results confirm the presence of co-infection in bovine papillomatosis lesions and demonstrate that these techniques enabled the detection of species that are not identified by conventional methods. This knowledge on BPV diversity will serve as a basis for a better understanding of the biology of the virus and for the generation of effective prophylactic or therapeutic vaccines.

Submitted by Vivian Narana Ribeiro El Achkar null (vivian.narana@gmail.com) on 2018-03-13T17:45:45Z No. of bitstreams: 1 Tese Doutorado Vivian Narana Ribeiro El Achkar 2018.pdf: 2729366 bytes, checksum: 456859c4eee05d53290891b79a9d2732 (MD5) / Approved for entry into archive by Silvana Alvarez null (silvana@ict.unesp.br) on 2018-03-20T20:39:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 elachkar_vnr_dr_sjc.pdf: 2729366 bytes, checksum: 456859c4eee05d53290891b79a9d2732 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-20T20:39:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 elachkar_vnr_dr_sjc.pdf: 2729366 bytes, checksum: 456859c4eee05d53290891b79a9d2732 (MD5) Previous issue date: 2018-01-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A papilomatose laríngea (PL) é uma doença rara e grave, dividida em dois grupos: juvenil (PLJ) e adulta (PLA), ambas causadas pelo papilomavírus humano (HPV). Seu curso pode ser agressivo, com inúmeras recidivas, risco de malignização, disseminação pulmonar e obstrução das vias aéreas. Para identificar os casos mais agressivos e nortear os tratamentos foram desenvolvidas escalas laringoscópicas, dentre elas; a escala desenvolvida por Derkay et al. (1998). O objetivo deste projeto foi caracterizar a PL e correlacionar suas características clínico-patológicas com com a escala laringoscópica de Derkay. Os dados e biópsias de 36 pacientes com PLJ e 56 com PLA foram coletados e analisados por meio da microscopia de luz. Os pacientes foram separados em grupos de acordo com os índíces de Derkay: ≥20 para os mais agressivos e <20 para os casos menos agressivos. Foram realizadas reações de imuno-histoquímicas anti- Fator XIIIa, CD3, CD4, CD8, CD15, CD20, CD68, FoxP3 e MUM-1. As células inflamatórias foram quantificadas. Todas as características clínico-patológicas e os resultados da reação imuno-histoquímica encontrados foram comparados entre os grupos propostos através do teste estatístico de Qui-Quadradro e correlacionados através do teste de correlação de Spearman. O nível de significância considerado foi de 5%. Ao comprar a severidade entre os grupos PLJ e PLA, o grupo PLJ foi considerado mais agressivo (P=0,02). Os pacientes entre as amostras com score ≥20 apresentaram maior incidência de traqueostomia e dificuldade respiratória grave. As displasias de alto grau foram associadas à presença de células FatorXIII+ e CD68+ (P<0,05) e tanto para PLJ quanto para PLA não houve associação destas displasias com a severidade (P=0,55 e P=0,87, respectivamente). A média do índice de Derkay para as amostras com mitoses acima da camada basal e atípicas foi 10,65 (± 5,93), maior do que a média das amostras que não apresentavam esta característica (8,02 ± 4,64), sendo estatisticamente significante (P=0,03). Amostras de PLA apresentaram maior quantidade de células CD3+. CD8+ e MUM1+ (P<0,05). A presença de CD15+ é diretamente proporcional ao índice de Derkay (P<0,05), enquanto MUM-1 é inversamente proporcional (P=0,01). Baseados nestes resultados, conclui-se que a PL é mais severa no pacientes jovens; mitoses atípicas e nas camadas mais superiores do epitélio foram mais frequentes na PLJ e estas foram correlacionadas com a maior severidade. As células inflamatórias também foram relacionadas a severidade e diferiram entre os grupos PLJ e PLA. / Laryngeal papillomatosis (LP) is a rare and serious disease, divided into two groups: juvenile (JLP) and adult (ALP), both caused by the human papillomavirus (HPV). Its course can be aggressive, with numerous relapses, risk of malignancy, pulmonary dissemination and airway obstruction. To identify the most aggressive cases and guide the treatments, laryngoscopic scales were developed, among them; the scale developed by Derkay et al. (1998). The objective of this project was to characterize LP and to correlate its clinical-pathological characteristics with Derkay's laryngoscopic scale. The data and biopsies of 36 patients with JLP and 56 patients with ALP were collected and analyzed by light microscopy. The patients were separated into groups according to the Derkay indices: ≥20 for the most aggressive and <20 for the less aggressive cases. Anti-Factor XIIIa, CD3, CD4, CD8, CD15, CD20, CD68, FoxP3 and MUM-1 immunohistochemical reactions were performed and the inflammatory cells were quantified. All the clinical-pathological characteristics and the results of the immunohistochemical reaction were compared between the groups proposed using the Chi-Square test and correlated through the Spearman correlation test. The significance level considered was 5%. When comparing aggressivity between the JLP and ALP groups, the JLP group was considered more aggressive (P = 0.02). Patients among the samples with score ≥20 had a higher incidence of tracheostomy and severe respiratory distress. High-grade dysplasias were associated with the presence of Factor XIII+ and CD68+ cells (P <0.05), and for both JLP and ALP there was no association of these dysplasias with aggressivity (P = 0.55 and P = 0.87, respectively). The mean of the Derkay index for the samples with mitoses above the basal and atypical layer was 10.65 (± 5.93), higher than the mean of the samples that did not show this characteristic (8.02 ± 4.64), (P = 0.03) being statistically significant. The ALP samples showed higher quantities of CD3+ cells, CD8+ and MUM1+ (P <0.05). The presence of CD15+ is directly proportional to the Derkay index (P <0.05), while MUM-1 is inversely proportional (P = 0.01). Based on these results, it is concluded that LP is more aggressive in young patients; atypical mitoses and in the uppermost layers of the epithelium were more frequent in JLP and these were correlated with aggressivity. Inflammatory cells were also related to aggressiveness and differed between the groups PLJ e PLA. / FAPESP: 2016/24019-0

Submitted by MARIANA HERMAN null (marianaherman@hotmail.com) on 2016-06-17T05:48:51Z No. of bitstreams: 1 Boneco Dissertação Mestrado versão impressão Mariana Herman.pdf: 876889 bytes, checksum: 79d967c24bf0e8b487ccc7174438f22f (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-06-21T20:43:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 herman_m_me_bot.pdf: 876889 bytes, checksum: 79d967c24bf0e8b487ccc7174438f22f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-21T20:43:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 herman_m_me_bot.pdf: 876889 bytes, checksum: 79d967c24bf0e8b487ccc7174438f22f (MD5) Previous issue date: 2016-04-18 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As papilomatoses ocupam uma posição de destaque na medicina humana e veterinária uma vez que são enfermidades virais dermatológicas com potencial para desenvolver malignidade tumoral. Nos equinos os papilomas estão associados às seguintes enfermidades: papilomatose clássica, associada ao EcPV1; carcinoma de células escamosas associado ao EcPV2; Massas tumorais em mucosas genitais (EcPV2 e EcPV7); placa aural, associado ao EcPV3, 4, 5 e 6; sarcóide equino, associado ao papilomavírus bovino 1 e 2 (BPV1 e 2). Dessas, a que está em estudo nesse trabalho é a placa aural, caracterizada por lesões puntiformes de poucos milímetros, despigmentadas e queratinizadas na face interior do pavilhão auricular, podendo evoluir e coalescer em lesões maiores e por vezes se estendendo por todo pavilhão auricular. Visando obter um teste de diagnóstico específico, sensível e rápido para identificação destes vírus, foi padronizada a técnica de PCR em tempo real (qPCR) para o EcPV3, 4, 5 e 6. E com a finalidade de avaliar a incidência dessa enfermidade no rebanho nas cinco regiões do país e estabelecer a prevalência de cada tipo viral a partir da técnica padronizada, foram coletadas 104 amostras das regiões Nordeste, Norte, Sul, Sudeste e Centro-Oeste. Como resultado obteve-se a padronização da técnica. Na análise das amostras a prevalência de pelo menos um tipo viral na lesão foi 90,39%, com as seguintes prevalências por tipo: EcPV3 36,54%, EcPV4 81,73%, EcPV5 0,96% e EcPV6 10,58%, apresentando variação entre as diferentes regiões. O presente estudo traz uma evolução no que se refere às pesquisas relacionadas a Placa Aural e também levanta novos questionamentos para estudos futuros. / Papillomatosis occupy a prominent position both in human and veterinary medicine, since they are viral skin diseases with potential to develop malignancy. In horses papillomas are associated with the following diseases: classical papillomatosis associated with EcPV1; squamous cell carcinoma associated with EcPV2; tumors in mucous membranes on the genital area (EcPV2 and EcPV7); aural plaque associated with EcPV3, 4, 5 and 6; equine sarcoid, associated with bovine papillomavirus (BPV1 and 2). Of all equine papillomatosis, aural plaque is the one analyzed in this work, which is characterized by small papules, with a few millimeters, hypochromic and keratinized on internal surface of the pinnae and can evolve and coalesce into larger lesions. To obtain a specific diagnostic test, also sensitive and quick to identify these viruses, a Real Time PCR was standardized for EcPV3, 4, 5 and 6. In order to evaluate the incidence of this disease in equine herds distributed in the five regions of Brazil and establish the prevalence of each viral type using the standardized technique, 109 samples were collected in the Northeast, North, South, Southeast and Midwest. The main result was the technique standardization of the technique. Applying the qPCR technique in the samples resulted in 90,39% of at least on viral type prevalence, the prevalence for each type was: EcPV3 36,54%, EcPV4 81,73%, EcPV5 0,96% e EcPV6 10,58%, with variation between different regions. This study represents an evolution in the area related to aural plaque and equine papillomatosis and raises new questions for future research.

Orientador: José Paes de Oliveira Filho / Resumo: As papilomatoses ocupam uma posição de destaque na medicina humana e veterinária uma vez que são enfermidades virais dermatológicas com potencial para desenvolver malignidade tumoral. Nos equinos os papilomas estão associados às seguintes enfermidades: papilomatose clássica, associada ao EcPV1; carcinoma de células escamosas associado ao EcPV2; Massas tumorais em mucosas genitais (EcPV2 e EcPV7); placa aural, associado ao EcPV3, 4, 5 e 6; sarcóide equino, associado ao papilomavírus bovino 1 e 2 (BPV1 e 2). Dessas, a que está em estudo nesse trabalho é a placa aural, caracterizada por lesões puntiformes de poucos milímetros, despigmentadas e queratinizadas na face interior do pavilhão auricular, podendo evoluir e coalescer em lesões maiores e por vezes se estendendo por todo pavilhão auricular. Visando obter um teste de diagnóstico específico, sensível e rápido para identificação destes vírus, foi padronizada a técnica de PCR em tempo real (qPCR) para o EcPV3, 4, 5 e 6. E com a finalidade de avaliar a incidência dessa enfermidade no rebanho nas cinco regiões do país e estabelecer a prevalência de cada tipo viral a partir da técnica padronizada, foram coletadas 104 amostras das regiões Nordeste, Norte, Sul, Sudeste e Centro-Oeste. Como resultado obteve-se a padronização da técnica. Na análise das amostras a prevalência de pelo menos um tipo viral na lesão foi 90,39%, com as seguintes prevalências por tipo: EcPV3 36,54%, EcPV4 81,73%, EcPV5 0,96% e EcPV6 10,58%, apresentando var... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Papillomatosis occupy a prominent position both in human and veterinary medicine, since they are viral skin diseases with potential to develop malignancy. In horses papillomas are associated with the following diseases: classical papillomatosis associated with EcPV1; squamous cell carcinoma associated with EcPV2; tumors in mucous membranes on the genital area (EcPV2 and EcPV7); aural plaque associated with EcPV3, 4, 5 and 6; equine sarcoid, associated with bovine papillomavirus (BPV1 and 2). Of all equine papillomatosis, aural plaque is the one analyzed in this work, which is characterized by small papules, with a few millimeters, hypochromic and keratinized on internal surface of the pinnae and can evolve and coalesce into larger lesions. To obtain a specific diagnostic test, also sensitive and quick to identify these viruses, a Real Time PCR was standardized for EcPV3, 4, 5 and 6. In order to evaluate the incidence of this disease in equine herds distributed in the five regions of Brazil and establish the prevalence of each viral type using the standardized technique, 109 samples were collected in the Northeast, North, South, Southeast and Midwest. The main result was the technique standardization of the technique. Applying the qPCR technique in the samples resulted in 90,39% of at least on viral type prevalence, the prevalence for each type was: EcPV3 36,54%, EcPV4 81,73%, EcPV5 0,96% e EcPV6 10,58%, with variation between different regions. This study represents an evolut... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Os papilomavírus constituem uma extensa família de vírus associados a lesões epiteliotrópicas, assim como acometem o tecido mucoso onde podem causar tumores benignos que podem evoluir para a malignização. A papilomatose bovina é uma doença economicamente relevante, já que há a desvalorização dos animais a serem comercializados devido à aparência e depreciação do couro. Em humanos, a identificação dos tipos de papilomavírus (HPV) envolvidos bem como o relato de co-infecções são bem estabelecidos. Já foram descritos na literatura mais de 200 tipos de HPVs, o que ainda é pouco explorado na área da Medicina Veterinária, em que somente 21 tipos de papilomavírus bovino (BPV) foram caracterizados até o momento. A presente dissertação visou investigar a diversidade de BPV presentes em um papiloma de um bovino oriundo do Estado de Rondônia. A partir do DNA extraído da lesão, foi realizada a rooling circle amplification (RCA) seguida do sequenciamento de última geração (Ilumina MiSeq). O emprego dessas metodologias culminou na identificação do BPV13, que atualmente é bem caracterizado, e de três prováveis novos tipos de BPVs que haviam sido descritos em um único estudo recente. Estes resultados confirmam a presença de co-infecção em lesões de papilomatose bovina e demonstram que estas técnicas possibilitaram a detecção de espécies que não são identificadas pelos métodos convencionais. Este conhecimento sobre a diversidade de BPV servirá de base para o melhor entendimento da biologia do vírus e para a geração de vacinas profiláticas ou terapêuticas eficazes. / Papillomaviruses are an extensive family of viruses associated with epitheliotropic lesions, as well as affecting mucosal tissue where they can cause benign tumors that may progress to malignancy. Bovine papillomatosis is an economically relevant disease, since there is a devaluation of the animals to be marketed due to the appearance and depreciation of the leather. In humans, the identification of the types of papillomavirus (HPV) involved as well as the reporting of co-infections is well established. More than 200 types of HPV have been described in the literature, which is still little explored in the area of Veterinary Medicine, in which only 21 types of bovine papillomavirus (BPV) have been characterized. This study aimed to investigate the diversity of BPV present in a papilloma of a bovine animal from the State of Rondônia. From the DNA extracted from the lesion, the rooling circle amplification (RCA) was performed followed by the last generation sequencing (Ilumina MiSeq). The use of these methodologies culminated in the identification of BPV13, which is currently well characterized, and of three putative new BPVs types that had been described in a single recent study. These results confirm the presence of co-infection in bovine papillomatosis lesions and demonstrate that these techniques enabled the detection of species that are not identified by conventional methods. This knowledge on BPV diversity will serve as a basis for a better understanding of the biology of the virus and for the generation of effective prophylactic or therapeutic vaccines.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2016-06-02T14:36:17Z No. of bitstreams: 1 Gustavo Alves do Nascimento.pdf: 1681544 bytes, checksum: acfb4a02e8653a17d32122ce9e6a41e5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-02T14:36:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gustavo Alves do Nascimento.pdf: 1681544 bytes, checksum: acfb4a02e8653a17d32122ce9e6a41e5 (MD5) Previous issue date: 2011-11-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The bovine papillamatosis is a disease caused by papillomavirus that can generate damage for producers and farmers. In extreme cases it can affect all the herd. Diagnostic methods for bovine papillomavirus are essential to the sector because traditional methods of morphological observations are not very effective. The use of devices technological to recognize specific biological molecules may help treatment and prevention of bovine viral diseases. The biosensor incorporates a biological recognition element through electrochemical reactions that generate electrical signals that can be quantified and interpreted. Thus, this work aimed to develop molecular diagnostic methods for detection of bovine viral diseases through the construction of biosensors. One of the biosensor was constructed from pencil graphite type 4B and the other model biosensor was composed to three screen-printed electrodes. In both biosensors proposed, a DNA probe specific for the BPV was immobilized on the working electrode by electrodeposition or by adsorption and then a target sequence was hybridized with the probe immobilized. The hybridization redox signals were analyzed using differential pulse voltammetry. The results showed that biosensors could differentiate hybridization of non-hybridization. The hybridization occurrence showed decrease on the redox signal and represented the positive diagnostic for BPV infection. The two biosensors (pencil graphite and screen-printed electrodes) showed high sensitivity which detection limits were 3.84 nM and 4.35 nM, respectively. The biosensor also detected viral DNA extracted from bovine blood using screen-printed electrodes. The data obtained with the biosensors showed viability for the diagnosis of various bovine papillomavirus types, thereby allowing the development of a new portable detection system for viruses. / Enfermidades virais bovina, com destaque para o papilomatose bovina, trazem prejuízos para os produtores, podendo acometer todo o rebanho. Métodos de diagnósticos para o papilomavírus bovino (BPV) vêm sendo indispensáveis para o setor, pois os métodos tradicionais de observação morfológica são pouco eficazes. O uso de dispositivos capazes de reconhecerem moléculas biológicas específicas, como os biossensores, pode auxiliar no tratamento e prevenção de doenças virais bovina. O presente trabalho visou o desenvolvimento de métodos diagnósticos para detecção molecular de enfermidades bovinas de origem viral através da construção de biossensores. Um dos biossensores foi construído a partir de lápis grafite tipo 4B e outro modelo de biossensor foi constituído por eletrodos impressos. Nos dois biossensores propostos, um sonda de DNA específica para o BPV foi imobilizada no eletrodo de trabalho por eletrodeposição ou por adsorção e em seguida uma sequência alvo foi hibridizada com a sonda imobilizada. Os sinais redox da hibridização foram analisados pela técnica de voltametria de pulso diferencial. Os resultados mostraram que os biossensores puderam diferenciar a hibridização da não-hibridização. A ocorrência da hibridização apresentou diminuição no sinal redox e representou a positividade para a infecção do BPV. Os dois biossensores propostos (lápis grafite e eletrodos impressos) apresentaram elevada sensibilidade cujos limites de detecção foram 3,84 nM e 4,35 nM, respectivamente. O biossensor detectou também DNA viral extraído a partir de sangue bovino utilizando os eletrodos impressos. Os dados obtidos com os biossensores mostraram viabilidade para o diagnóstico de vários tipos de papilomavírus bovino, permitindo com isso o desenvolvimento de um novo sistema de detecção portátil para os vírus.