The papillomatosis is an infectious disease caused by papillomaviruses which belongs to the Papillomaviridae family. In dogs, Canis familiaris papillomavirus (CPV) species is the causative agent of the disease and it has so far twenty identified types. These viruses can lead to benign neoplastic lesions of the skin and mucosal epithelium that are exophytic and endophytic papilloma and pigmented plaques which may occur progression to carcinoma squamous cell (SCCs) cancer. The pathogenicity of the virus related to the types, subtypes and variants can influence deafferents lesions on the animal. Thus, there is a need to identify and characterize the existing virus to a better understanding of the disease and adoptions of both preventive measures as treatment. In this study, the general objective is to analyze the genetic diversity of canine papillomavirus present in infected dogs in the state of Sergipe - Brazil. We used diagnostic strategies for the identification of canine papillomavirus; wherein the histopathology was used to the characterization of the lesion as papilloma and the PCR with electrophoresis for confirm the viral DNA, then sequencing performed for subsequent genotyping of samples and bioinformatics tools was used for analysis of the nucleotide and amino acid sequences of the L1 gene. As a result, eighteen samples of possible papillomatous lesions were collected and nine samples had the presence of CPV DNA with oral and cutaneous exophytic lesions confirmed by histopathology. It was possible observe in one sample the presence of oral SCCs. The Canine papillomavirus type 1 (CPV1) was identified in nine samples of this study. Eight samples were CPV1 variants with 100% identity with the already described variants and one sample was identified as a new CPV1 variant having a difference of 0.8% when compared with the reference sequence of the CPV1 L1 gene and a difference of 0.2% with the existing CPV1 variant. The mutations of the variants and the change in stability of the protein structure were analyzed and it was observed that the V204A mutation of the new variant of isolate eight is highly destabilizing with alteration of protein function. This study corroborates the characterization of CPV1 as the main cause of oral papillomatosis in dogs, observing the genetic variability of CPV1 with variants of different pathogenic potentials, with a putative new variant associated with cancer with a mutation that can destabilize the L1 protein structure of CPV1 altering its function. / A papilomatose é uma doença infecciosa causada pelos papilomavírus pertencentes a família Papillomaviridae. Em cães, a espécie Canis familiaris papilomavírus (CPV) é o agente etiológico da doença e possui até o momento vinte tipos identificados. Estes vírus podem levar a lesões neoplásicas benignas na pele e epitélio da mucosa, que são os papilomas exofíticos, endofíticos e as placas pigmentadas, podendo ocorrer a progressão para o câncer carcinoma de células escamosas (CCEs). A patogenicidade do vírus relacionada aos tipos, subtipos e variantes pode influenciar diferentes tipos de lesões nos animais. Com isso, percebe-se que há uma necessidade de identificar e caracterizar os vírus existentes para um melhor entendimento da doença e adoções de medidas tanto preventivas quanto de tratamento. Nesse estudo o objetivo geral é analisar a diversidade genética de papilomavírus canino presentes em cães infectados no estado de Sergipe - Brasil. Estratégias de diagnóstico foram utilizadas para a identificação de papilomavírus canino, em que o exame histopatológico foi utilizado para a caracterização da lesão e o PCR juntamente com a eletroforese para a confirmação da presença do DNA viral, depois foi realizado o sequenciamento para subsequente genotipagem das amostras e ferramentas de bioinformática foram utilizadas para análise das sequências de nucleotídeos e aminoácidos do gene L1. Como resultado, dezoito amostras de possíveis lesões papilomatosas foram coletadas, nove amostras tiveram a presença do DNA de CPV, com lesões exofíticas orais e uma cutânea, confirmadas pelo histopatológico. Foi possível observar na amostra oito a presença de CCEs oral. O CPV1 foi identificado em nove amostras deste estudo. Oito amostras eram variantes de CPV1 com 100% de identidade com uma variante já descrita e uma amostra foi identificada como uma nova variante de CPV1, possuindo uma diferença de 0,8% quando comparada com a sequência do gene L1 de referência de CPV1 e uma diferença de 0,2% com a variante já existente de CPV1. As mutações das variantes e a alteração na estabilidade da estrutura proteína foram analisadas e pôde-se observar que a mutação V204A da nova variante do isolado oito é altamente desestabilizadora com alteração de função da proteína. Esse estudo corrobora com a caracterização do CPV1 como o principal causador da papilomatose oral em cães, observando-se a variabilidade genética de CPV1 com variantes de diferentes potenciais patogênicos, com uma putativa nova variante associada ao câncer com uma mutação que pode desestabilizar a estrutura proteica de L1 de CPV1 alterando sua função. / São Cristóvão, SE