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Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados /

Mazzuchelli, Juliana. January 2012 (has links)
Orientador: Cesar Martins / Banca: Luiz Antônio Carlos Bertollo / Banca: Andrea Pedrosa-Harand / Banca: Gustavo Kulh / Banca: Luciana Bolsoni Lourenço / Resumo: Os ciclídeos representam um dos exemplos mais marcantes de evolução entre os vertebrados. Por isso, muitos estudos genômicos vêm sendo desenvolvidos para este grupo, incluindo mapas genéticos de ligação, mapas físicos com base em bibliotecas de cromossomos artificiais bacterianos (BAC) e, mais recentemente, o sequenciamento completo de genomas. Bibliotecas de BACs podem ainda ser exploradas no sentido de obtenção de sondas para mapeamento citogenético, fornecendo importantes informações sobre a estrutura e evolução cromossômica das espécies e grupos. Ainda, a análise das sequências nucleotídicas dos BACs em conjunto com mapeamento in silico podem ser utilizadas para integrar dados físicos cromossômicos, sequências gênicas, mapas genéticos e sequências de genomas completos. Esse trabalho teve por objetivo inferir sobre a diversificação cromossômica durante a evolução dos ciclídeos utilizando BACs de bibliotecas genômicas de Oreochromis niloticus para o mapeamento físico citogenético e análises comparativas entre os diversos genomas disponíveis de peixes e outros vertebrados. Os resultados mostram uma forte conservação cromossômica dos marcadores/genes analisados entre as espécies de ciclídeos estudadas. Além disso, análises in silico de citogenética e genômica comparativa mostram grandes segmentos cromossômicos conservados não somente entre os ciclídeos, mas também entre diferentes espécies/grupos de peixes e entre espécies de vertebrados demonstrando evidências de sintenia de grandes segmentos genômicos mesmo entre grupos taxonomicamente distantes em vertebrados. Esses resultados fornecem uma excelente base para futuros estudos de caracterização citogenética e integração de mapas para estudos evolutivos em peixes, em especial na família Cichlidae / Abstract: Cichlids represent one of the most striking examples of rapid and convergent evolutionary radiation among vertebrates. Several genomic resources have been developed for cichlid fish, including genetic linkage maps, physical mapping based on bacterial artificial chromosome (BAC) libraries and more recently and whole sequencing genomes. These BACs libraries can be explored to obtain probes for cytogenetic mapping providing important informations about chromosome structure and evolution. Additionally BAC-end sequencing analyzes in combination with in silico mapping can be used to integrate chromosomes, local (gene) sequences, genetic maps, and whole genome sequencing. The present study aimed to infer about the chromosomal diversification during cichlid evolution using BAC clones from Oreochromis niloticus libraries for cytogenetic mapping and a comparative analyzes using fish and other complete genomes available. The results show a strong conservation of number and location of hybridization signals between cichlids species. Furthermore, in silico comparative genomics and cytogenetic analysis showed that large chromosomal segments are conserved not only in cichlids but also among non-related fish groups and either between some vertebrates, providing evidence for large syntenic genomic segments. These results provide an excellent foundation for further cytogenetic characterization and comparative maps for chromosome evolution studies in fishes, especially in the Cichlidae family / Doutor
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Integrando citogenética e genômica em estudos comparativos entre peixes ciclídeos e outros vertebrados

Mazzuchelli, Juliana [UNESP] 03 February 2012 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-03Bitstream added on 2014-06-13T19:21:39Z : No. of bitstreams: 1 mazzuchelli_j_dr_botib.pdf: 1087544 bytes, checksum: 4b5f970a1c70323d6a2504cb2b7fcc04 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os ciclídeos representam um dos exemplos mais marcantes de evolução entre os vertebrados. Por isso, muitos estudos genômicos vêm sendo desenvolvidos para este grupo, incluindo mapas genéticos de ligação, mapas físicos com base em bibliotecas de cromossomos artificiais bacterianos (BAC) e, mais recentemente, o sequenciamento completo de genomas. Bibliotecas de BACs podem ainda ser exploradas no sentido de obtenção de sondas para mapeamento citogenético, fornecendo importantes informações sobre a estrutura e evolução cromossômica das espécies e grupos. Ainda, a análise das sequências nucleotídicas dos BACs em conjunto com mapeamento in silico podem ser utilizadas para integrar dados físicos cromossômicos, sequências gênicas, mapas genéticos e sequências de genomas completos. Esse trabalho teve por objetivo inferir sobre a diversificação cromossômica durante a evolução dos ciclídeos utilizando BACs de bibliotecas genômicas de Oreochromis niloticus para o mapeamento físico citogenético e análises comparativas entre os diversos genomas disponíveis de peixes e outros vertebrados. Os resultados mostram uma forte conservação cromossômica dos marcadores/genes analisados entre as espécies de ciclídeos estudadas. Além disso, análises in silico de citogenética e genômica comparativa mostram grandes segmentos cromossômicos conservados não somente entre os ciclídeos, mas também entre diferentes espécies/grupos de peixes e entre espécies de vertebrados demonstrando evidências de sintenia de grandes segmentos genômicos mesmo entre grupos taxonomicamente distantes em vertebrados. Esses resultados fornecem uma excelente base para futuros estudos de caracterização citogenética e integração de mapas para estudos evolutivos em peixes, em especial na família Cichlidae / Cichlids represent one of the most striking examples of rapid and convergent evolutionary radiation among vertebrates. Several genomic resources have been developed for cichlid fish, including genetic linkage maps, physical mapping based on bacterial artificial chromosome (BAC) libraries and more recently and whole sequencing genomes. These BACs libraries can be explored to obtain probes for cytogenetic mapping providing important informations about chromosome structure and evolution. Additionally BAC-end sequencing analyzes in combination with in silico mapping can be used to integrate chromosomes, local (gene) sequences, genetic maps, and whole genome sequencing. The present study aimed to infer about the chromosomal diversification during cichlid evolution using BAC clones from Oreochromis niloticus libraries for cytogenetic mapping and a comparative analyzes using fish and other complete genomes available. The results show a strong conservation of number and location of hybridization signals between cichlids species. Furthermore, in silico comparative genomics and cytogenetic analysis showed that large chromosomal segments are conserved not only in cichlids but also among non-related fish groups and either between some vertebrates, providing evidence for large syntenic genomic segments. These results provide an excellent foundation for further cytogenetic characterization and comparative maps for chromosome evolution studies in fishes, especially in the Cichlidae family
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Região promotora do gene do receptor de androgenos : conservação ou divergencia ?

Cabral, Daniela Farias 31 July 2018 (has links)
Orientadores : Christine Hackel, Silvana Bordin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-31T17:49:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cabral_DanielaFarias_D.pdf: 6803258 bytes, checksum: 5573dc43e42a10d1ed020bacb58e426b (MD5) Previous issue date: 2001 / Doutorado
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Estudo comparativo de restos fósseis e recentes de Amphisbaenia: abordagens filogenéticas, paleoecológicas, paleobiogeográficas

Benites, João Paulo de Almeida [UNESP] 17 April 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2016-01-13T13:27:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-17. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-13T13:32:23Z : No. of bitstreams: 1 000855485.pdf: 7534024 bytes, checksum: 3199f68c4c86807d828a2b5a85013760 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Amphisbaenia é um importante grupo de amniotas reptilianos, providos de corpo cilíndrico e alongado, usualmente desprovidos de membros, com a exceção da Família Bipedidae, que apresentam os anteriores desenvolvidos. Esta anatomia facilita a vida fossorial. São alocados aos Squamata, por possuírem hemipênis, dente para romper e sair do ovo, cloaca transversal e tegumento coberto de escamas. Por assemelharem-se a lacertílios e ofídios, seu posicionamento filogenético tem sido amplamente discutido e sua ancestralidade é ainda controversa. São limitados às regiões subtropicais e tropicais, constituindo importante informação para abordagens paleoecológicas e paleobiogeográficas. Confeccionam profundos túneis compactando o solo, o que implica em grandes modificações morfológicas, tais como crânio robusto, formado por placas ósseas rígidas, e ligações interdigitais na região frontal, podendo ser sobrepostas, o que lhes confere maior resistência contra impactos na escavação. Sua anatomia é bastante convergente com aquela dos fósseis de lacertiformes mesozóicos, demonstrando um provável ancestral em comum com estes diápsidos. Um espécimen de Cryptolacerta, oriundo da Alemanha, compartilha características com Amphisbaenia. Entretanto sua filogenia ainda é incerta. De todo modo, junto com Sineoamphisbaena, pode indicar características convergentes entre lagartos laurasianos, possivelmente com aqueles que originaram Amphisbaenia. Os fósseis de anfisbênios são geograficamente restritos, predominantemente encontrados nos Estados Unidos, em quantidade relativamente escassa. A maior parte está relacionada à Família Rhineuridae, que poderia ser considerada primitiva. No entanto Bipedidae, um grupo recente, também é considerado como primitivo, devido à presença de cintura escapular e membros anteriores. Entretanto não há registros fósseis seguros, pois até então não foram encontrados restos fossilizados.. / Amphisbaenia is an important group of reptilian amniotes, provided with cylindrical and elongated body, usually limbless, with the exception of the Family Bipedidae, which presents limbs. This anatomy facilitates fossorial life. They are allocated to Squamata, by having hemipenis, tooth to break the egg, cross cloacal vent and integument covered with scales. Resembling lacertilians and snakes, their phylogenetic position has been widely discussed and their ancestry is still controversial. They are limited to subtropical and tropical regions, providing important paleoecological and paleobiogeographical informations to the group. They cave deep tunnels, compacting soil, which implies major morphological changes, such as robust skull bones, with rigid plates, and strong osteological connections in the frontal region, with superimposed bones, giving them greater resistance to impacts during excavation. Their anatomy is quite convergent with Mesozoic lacertiform fossils, showing a probable common ancestor with these diapsids. A specimen of VIII Cryptolacerta, from Germany, shares features with Amphisbaenia. However its phylogeny is still uncertain. But Sineoamphisbaena may indicate convergent features between Laurasian lizards, possibly with those originated Amphisbaenia. The fossil records are geographically restricted, predominantly from USA, in relatively small quantity. Most are related to the Family Rhineuridae, which could be considered primitive. However the Family Bipedidae, a recent group, is classified also as primitive, due to the presence of shoulder girdle and forelimbs. But Bipedidae does not present fossils, because until now there are not fossilized remains assigned to them. Morphological convergence occurs in Rhineuridae, detailed in phylogenetic analyses, placing it as a apomorphic group. Anyway it is clear that the origin of Amphisbaenia remains obscure. There are not well preserved fossil materials before beginning of Eocene
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Estudo comparativo de restos fósseis e recentes de Amphisbaenia : abordagens filogenéticas, paleoecológicas, paleobiogeográficas /

Benites, João Paulo de Almeida. January 2015 (has links)
Orientador: Reinaldo José Bertini / Banca: Maria Eliana Carvalho Navega Gonçalves / Banca: Silvia Regina Gobbo Rodrigues / Resumo: Amphisbaenia é um importante grupo de amniotas reptilianos, providos de corpo cilíndrico e alongado, usualmente desprovidos de membros, com a exceção da Família Bipedidae, que apresentam os anteriores desenvolvidos. Esta anatomia facilita a vida fossorial. São alocados aos Squamata, por possuírem hemipênis, dente para romper e sair do ovo, cloaca transversal e tegumento coberto de escamas. Por assemelharem-se a lacertílios e ofídios, seu posicionamento filogenético tem sido amplamente discutido e sua ancestralidade é ainda controversa. São limitados às regiões subtropicais e tropicais, constituindo importante informação para abordagens paleoecológicas e paleobiogeográficas. Confeccionam profundos túneis compactando o solo, o que implica em grandes modificações morfológicas, tais como crânio robusto, formado por placas ósseas rígidas, e ligações interdigitais na região frontal, podendo ser sobrepostas, o que lhes confere maior resistência contra impactos na escavação. Sua anatomia é bastante convergente com aquela dos fósseis de lacertiformes mesozóicos, demonstrando um provável ancestral em comum com estes diápsidos. Um espécimen de Cryptolacerta, oriundo da Alemanha, compartilha características com Amphisbaenia. Entretanto sua filogenia ainda é incerta. De todo modo, junto com Sineoamphisbaena, pode indicar características convergentes entre "lagartos" laurasianos, possivelmente com aqueles que originaram Amphisbaenia. Os fósseis de anfisbênios são geograficamente restritos, predominantemente encontrados nos Estados Unidos, em quantidade relativamente escassa. A maior parte está relacionada à Família Rhineuridae, que poderia ser considerada primitiva. No entanto Bipedidae, um grupo recente, também é considerado como primitivo, devido à presença de cintura escapular e membros anteriores. Entretanto não há registros fósseis seguros, pois até então não foram encontrados restos fossilizados.. / Abstract: Amphisbaenia is an important group of reptilian amniotes, provided with cylindrical and elongated body, usually limbless, with the exception of the Family Bipedidae, which presents limbs. This anatomy facilitates fossorial life. They are allocated to Squamata, by having hemipenis, tooth to break the egg, cross cloacal vent and integument covered with scales. Resembling lacertilians and snakes, their phylogenetic position has been widely discussed and their ancestry is still controversial. They are limited to subtropical and tropical regions, providing important paleoecological and paleobiogeographical informations to the group. They cave deep tunnels, compacting soil, which implies major morphological changes, such as robust skull bones, with rigid plates, and strong osteological connections in the frontal region, with superimposed bones, giving them greater resistance to impacts during excavation. Their anatomy is quite convergent with Mesozoic lacertiform fossils, showing a probable common ancestor with these diapsids. A specimen of VIII Cryptolacerta, from Germany, shares features with Amphisbaenia. However its phylogeny is still uncertain. But Sineoamphisbaena may indicate convergent features between Laurasian "lizards", possibly with those originated Amphisbaenia. The fossil records are geographically restricted, predominantly from USA, in relatively small quantity. Most are related to the Family Rhineuridae, which could be considered primitive. However the Family Bipedidae, a recent group, is classified also as primitive, due to the presence of shoulder girdle and forelimbs. But Bipedidae does not present fossils, because until now there are not fossilized remains assigned to them. Morphological convergence occurs in Rhineuridae, detailed in phylogenetic analyses, placing it as a apomorphic group. Anyway it is clear that the origin of Amphisbaenia remains obscure. There are not well preserved fossil materials before beginning of Eocene / Mestre
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Revisão dos Testudines fósseis do cretáceo superior da Bacia Bauru, com a descrição preliminar de novo morfótipo

Menegazzo, Mirian Costa [UNESP] 09 October 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-09Bitstream added on 2014-06-13T18:29:42Z : No. of bitstreams: 1 menegazzo_mc_me_rcla.pdf: 10356948 bytes, checksum: 56f764ea2f9a268b9fefcc4b3771d258 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Testudines constituem um grupo de amniotas muito comum em depósitos do Cretáceo do Brasil, sendo abundantes na Bacia Bauru. Até o momento, para estes sedimentos, foram descritas as espécies “Podocnemis” harrisi, “Podocnemis” brasiliensis, Roxochelys wanderleyi, Bauruemys elegans e Cambaremys langertoni. As ocorrências de Testudines distribuem-se amplamente pelo Oeste dos estados de São Paulo e Minas Gerais, estando presentes nas formações Santo Anastácio, Araçatuba, Adamantina e Marília. O presente estudo revisa a Paleontologia, Paleoecologia e Paleobiogeografia relacionadas a essas ocorrências. Em adição, um novo material é descrito e discutida a Filogenia de alguns Pelomedusoides e as espécies presentes na Bacia Bauru. A descrição do novo morfótipo permitiu algumas questões sobre o relacionamento entre Cambaremys langertoni e “Podocnemis” brasiliensis, considerados no presente trabalho como um único táxon. Assim, essa proposta pode trazer possibilidades de correlações estratigráficas, porque o novo morfótipo, e as espécies Cambaremys langertoni e “Podocnemis” brasiliensis são provenientes de quatros unidades geológicas distintas da Bacia Bauru, formações Araçatuba, Adamantina, Marília e Santo Anastácio / Testudines is an amniote group very common in the Cretaceous deposits from Brazil, and it is abundant in the Bauru Basin. For these sediments, until now, there were described the species: “Podocnemis” harrisi, “Podocnemis” brasiliensis, Roxochelys wanderleyi, Bauruemys elegans and Cambaremys langertoni. The occurrences of Testudines are widely distributed in Western São Paulo and Minas Gerais states, and they are present in the Santo Anastácio, Araçatuba, Adamantina and Marília formations. The present study revises the Paleontology, Paleoecology and Paleobiogeography related to these occurrences. In addition, a new fossil material is described and the Phylogeny of some Pelomedusoides and the species presents in the Bauru Basin is discussed. The description of the new morphotype allowed some questions about the relationships between Cambaremys langertoni and “Podocnemis” brasiliensis, and in this study they are considered the same taxon. So, this assumption could bring significant stratigraphical correlations possibilities, because the new morphotype, “Podocnemis” brasiliensis and Cambaremys langertoni came from four distinct geological units of the Bauru Basin, Araçatuba, Adamantina, Marília and Santo Anastácio Formation
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Helmintofauna associada a répteis provenientes da Reserva Particular do Patrimônio Natural Foz do Rio Aguapeí, estado de São Paulo

Silva, Lidiane Aparecida Firmino da [UNESP] 27 February 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2014-11-10T11:58:40Z : No. of bitstreams: 1 000786523.pdf: 3204960 bytes, checksum: 56fc411aea7922a35918f2e46bb8b479 (MD5) / Os biomas de Mata Atlântica e Cerrado possuem pontos de contato conhecidos como “áreas de transição”, as quais são altamente complexas por abrigarem elementos dos dois biomas e ainda elementos distintos, o que as tornam de alta relevância, devido à possibilidade de endemismos. O objetivo deste estudo foi descrever a helmintofauna associada à répteis de uma região caracterizada por bioma de transição, localizado na unidade de conservação da Reserva Particular do Patrimônio Natural (RPPN) Foz do Rio Aguapeí, porção Noroeste do Estado de São Paulo, município de Castilho. Foram necropsiados 88 espécimes de répteis, representados por cinco famílias de serpentes (Boidae, Colubridae, Dipsadidae, Typhlopidae e Viperidae), cinco de lagartos (Diploglossidae, Gymnophthalmidae, Mabuyidae, Teiidae e Tropiduridae), uma de crocodilianos (Alligatoridae) e uma de quelônio (Chelidae). A prevalência parasitária total observada foi de 57%. Vinte e sete taxa de helmintos foram recuperados: Acanthocephala (Cistacanto), Digenea (Cheloniodiplostomum testudinis, Infidum infidum, Infidum similis, Nematophila grandis, Telorchis birabeni, Travtrema stenocotyle e dois morfotipos não identificados), Monogenea (Polystomoides brasiliensis e Polystomoides sp.), Cestoda (Crepidobothrium cf. gerrardii, Oochoristica sp. e Ophiotaenia sp.) e Nematoda (Brevimulticaecum sp., Brevimulticaecum pintoi, Cistos, Cosmocerca podicipinus, Hastospiculum digiticaudatum, Ortleppascaris alata, Parapharyngodon largitor, Physaloptera sp., Physalopteroides sp., Rhabdias sp., Serpinema monospiculatus, Spiroxys figuereidoi e Strongyloides ophidae). Este estudo registra 25 novos hospedeiros para diferentes espécies de helmintos. Além de representar uma importante contribuição para o conhecimento da helmintofauna associada à répteis da América do Sul, aumentando o conhecimentos do parasitismo nesses hospedeiros da região neotropical / The biomes Atlantic Forest and Savannah hold contact points known as “transition areas”. Such areas are highly complex because they harbor elements belonging to the two biomes and also distinct elements, which make them relevant due to the possibility of endemism. The aim of this study was to characterize the composition and structure of the helminth fauna associated with reptiles from a biome of transition area, located in the National Park “Foz do Aguapeí” (Reserva Particular do Patrimônio Natural – RPPN - Foz do Rio Aguapeí), Northwest portion of São Paulo State, Castilho municipality. It was necropsied 88 reptile specimens, comprised by five snake families (Boidae, Colubridae, Dipsadidae, Typhlopidae and Viperidae), five lizard families (Diploglossidae, Gymnophthalmidae, Mabuyidae, Teiidae and Tropiduridae), one crocodile family (Alligatoridae), and one chelonian family (Chelidae). A total parasite prevalence of 57% was observed. The helminthes recuperated represent 27 taxa: Acanthocephala (Cystacanth), Digenea (Cheloniodiplostomum testudinis, Infidum infidum, Infidum similis, Nematophila grandis, Telorchis birabeni, Travtrema stenocotyle and two unidentified morpho-types), Monogenea (Polystomoides brasiliensis and Polystomoides sp.), Cestoda (Crepidobothrium cf. gerrardii, Oochoristica sp. and Ophiotaenia sp.) and Nematoda (Brevimulticaecum sp., Brevimulticaecum pintoi, Cistos, Cosmocerca podicipinus, Hastospiculum digiticaudatum, Ortleppascaris alata, Parapharyngodon largitor, Physaloptera sp., Physalopteroides sp., Rhabdias sp., Serpinema monospiculatus, Spiroxys figuereidoi and Strongyloides ophidae). This study records 25 new hosts for different helminth species, and represents an important contribution for the knowledge of helminth fauna associated with reptiles from South America, broadening the parasitism records of hosts from the Neotropical region
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Analisando a determinação sexual de vertebrados com base em redes de interação entre proteínas /

Valente, Guilherme Targino. January 2013 (has links)
Orientador: Cesar Martins / Coorientador: Ney Lemke / Banca: Antonio Sérgio Kimus Braz / Banca: José Luiz Rybarczyk Filho / Banca: Reinaldo Otávio Alvarenga Alves de Brito / Banca: Pedro Manuel Galetti Junior / Resumo: Atualmente os sistemas biológicos vem sendo abordados por diversas áreas de pesquisas, dentre elas a biologia de sistemas. Essa área tem centrado esforços para descrever e compreender as relações entre os componentes bióticos e abióticos desses sistemas, utilizando para isso a teoria de grafos. Uma forma de estudar esses sistemas, é avaliar as interações entre proteínas, que são as interações biomoleculares mais abundantes nas células. Nesse contexto, a presente tese focou no desenvolvimento de um algoritmo computacional capaz de predizer interações entre proteínas de qualquer espécie ou conjunto protéico. Para isso, foram utilizadas técnicas de aprendizado de máquina (sub-área da inteligência artificial) para a construção e aplicação desse preditor, o qual mostrou-se eficaz em predizer interações entre proteínas de mais de 80 espécies diferentes, incluindo interações entre proteínas de parasita e hospedeiro. Esse novo preditor foi aplicado no proteoma de zebrafish (Danio rerio) e humanos (Homo sapiens), gerando assim redes de interações proteicas para ambas as espécies. As interações obtidas foram avaliadas em um contexto geral e o foco das análises foi direcionado para a sub-rede relacionada com as vias de determinação e diferenciação sexual em vertebrados. Os resultados demonstraram uma relativa baixa conservação desses grafos ao longo da evolução dos vertebrados, tanto do ponto de vista global quanto da sub-rede relacionada com a determinação e diferenciação sexual em vertebrados. Além disso, foi possível observar ao menos um hub conservado entre as duas sub-redes, o qual representa um novo alvo a ser avaliado por pesquisas experimentais. Contudo, os dados demonstram que o preditor gerado possui um grande potencial para diversas áreas de estudos e é bastante útil para predição de interações em larga-escala. Além disso, os aspectos evolutivos aqui ... / Abstract: Nowadays the biological systems have been analyzed under several research foci, including the system biology. This area focus to describe and understand the relationship between biotic and abiotic factors using the graph theory. The protein interactions are target interactions to the system biology because they are the most abundant biomolecular interactions within a cell. Thus, this thesis reported the development of a computational algorithm to predict proteinprotein interactions for all species or protein sets. The machine learning technique (sub-area of artificial intelligence) were used to develop and apply this method, giving effective results to predict protein-protein interaction for more than 80 different species, including parasitehost associations. This new predictor was applied to the proteome set of zebrafish (Danio rerio) and humans (Homo sapiens), generating the protein-protein interactions for both species. Evolutionary aspects of the protein interactions were studied in a broad context and the focus was directed to the sub-network involved in the vertebrate sex determination and differentiation. The results reported a low conservation of those graphs across the evolution in a general view or for the sub-network related to the vertebrate sex determination and differentiation. Moreover, it was reported at least one conserved hub between both subnetworks, to be further evaluated by experimental procedures. Anyway, the data showed that the predictor here reported may be very useful for several research areas and it is desirable for large-scale prediction procedures. Furthermore, the evolutionary aspects discussed in this thesis open new perspectives concerning system biology and evolutionary pathways of vertebrate sex determination and differentiation / Doutor
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Vertebrados fósseis do estado de Goiás, com ênfase em sua fauna de amniotas, compreendida entre o período permiano e a época pleistoceno /

Paulo, Pedro Oliveira. January 2009 (has links)
Orientador: Reinaldo José Bertini / Banca: Maria Rita Caetano Chang / Banca: Gisele Mendes Lessa del Giúdice / Resumo: Embora possua significativas áreas com depósitos sedimentares, o Estado de Goiás apresenta-se quase inexplorado quanto aos vertebrados fósseis. O principal objetivo desta investigação foi reunir, em um único trabalho, todas as ocorrências de paleovertebrados de Goiás, compreendidos entre o Período Permiano e a Época Pleistoceno, a partir das referências bibliográficas disponíveis e dos materiais depositados em algumas coleções brasileiras. No Estado de Goiás ocorrem significativas áreas de exposição de estratos paleozóicos, da Bacia do Paraná. Destacam-se as formações Irati e Corumbataí, cujas idades correspondem respectivamente aos Permianos Inferior e Médio. Para a Formação Irati têm sido reportadas ocorrências de restos de mesossauros, desde os primeiros levantamentos geológicos empreendidos em Goiás, em meados dos anos 1930. Para a Formação Corumbataí, os restos coletados em Goiás limitam-se a fragmentos de escamas e dentes de peixes, ainda inéditos. No Estado de Goiás ocorrem também significativas áreas de exposição de afloramentos das unidades componentes da Bacia Bauru, de idade Cretáceo Superior. Correspondem às formações Adamantina e Marília, aflorantes em amplas áreas ao Sul do estado. Destas unidades foram anotadas ocorrências de restos dinossaurianos na região Sudoeste, especialmente no Membro Echaporã da Formação Marília. Coberturas superficiais pleistocênicas são encontradas em áreas correspondentes aos interflúvios dos principais rios. Algumas destas forneceram significativas quantidades de restos atribuíveis a megafauna pleistocênica, especialmente em localidades nunca antes reportadas, como Goiânia e Niquelândia. As cavernas de Goiás forneceram expressiva quantidade de materiais pleistocênicos / holocênicos, de grande interesse ao estudo da diversidade das comunidades... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Despite significant areas with sedimentary strata, and great possibility for prospections of fossil remains, the Goias State is still barely explored. The main objective of this work is to gather, in one contribution, all occurrences of paleovertebrates of the Goiás State, from Permian Period to Pleistocene Epoch. The informations for this compilation are based on available literature and Brazilians museums and collections. In the Goiás State there are considerable areas with exposition of Paleozoic strata, being related to the Paraná Basin. The Irati and Corumbataí formations are respectively related to Lower and Middle Permian. For the Irati Formation there has been reported the occurrence of mesosaurs, since the first geological studies performed in Goias, during the 1930s. For the Corumbataí Formation, the remains collected in the state are restricted to fragments of fishes teeth and scales, still not published. In the Goiás State there are substantial areas of the Bauru Basin, from the Upper Cretaceous. They are associated to the Adamantina and Marília formations, geological unities occurrying on areas situated Southern Goiás State. From these units there have been reported the occurrence of dinosaur remains, especially in the Echaporã Member from the Marília Formation. Pleistocenic deposits are commonly found in areas corresponding to ridges between the most important rivers. Some of these regions provide relevant amounts of remains, associated the Giant Pleistocene Fauna, especially in localities never reported before, just as Goiânia and Niquelândia. Goiás State caves also provided an abundant amount of Pleistocenic / Holocenic remains, of great importance for the study of the diversity of vertebrates communities during this chronological transition. Among the most important catalogued families are Didelphidae, Dasypodidae, Phylostomidae, Natalidae, Vespertilionidae... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Atropelamento de vertebrados nas rodovias MG-428 e SP-334 com análise dos fatores condicionantes e valoração econômica da fauna

Freitas, Carlos Henrique [UNESP] 16 July 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-16Bitstream added on 2014-06-13T19:05:57Z : No. of bitstreams: 1 freitas_ch_dr_rcla.pdf: 1423658 bytes, checksum: 1cf47ffae9bf2508e9b8769ad2cd9369 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As estradas causam a mortalidade de animais, bem como a remoção de hábitats, a fragmentação da paisagem, o efeito de borda e criam uma barreira física a muitas espécies. Alguns fatores estão relacionados aos atropelamentos, como por exemplo tipo de acostamento, topografia e vegetação. O desenho da estrada (curva ou reta) tem influência na velocidade dos veículos e é um importante fator condicionante que necessita ser considerado. Além disso, os atropelamentos podem atrair animais necrófagos ou domésticos (cães e gatos) para as carcassas, aumentando a probabilidade de novos atropelamentos. Embora vários estudos sobre atropelamentos de vertebrados tenham sido publicados no mundo, poucos tem documentado a mortalidade no Brasil. Nós realizamos um estudo que focou nos fatores causais bem como no valor (Disposição A Pagar – DAP) dos animais mortos em colisões com veículos. Nossa proposta foi documentar a composição de espécies e a riqueza e compreender os fatores espaciais e temporais relacionados a mortalidade na rodovia. Nós registramos e identificamos as espécies e o número de vertebrados atropelados em dois trechos de rodovias estaduais (97 Km da MG-428 e 63 Km da SP-334) no sudeste do Brazil. As rodovias foram amostradas semanalmente, de janeiro a dezembro de 2007. Além disso medidas de variáveis explanatórias relacionadas as estradas foram incluídas: tipo de acostamento, topografia, tipo de vegetação e desenho da estrada. Nós usamos estes dados para examinar a relação entre as variáveis explanatórias e a mortalidade dos grupos de vertebrados nas estradas ao longo do tempo. Foi realizado o teste do qui-quadrado de aderência para examinar a distribuição espacial dos atropelamentos. Nós também entrevistamos 601 motoristas para obter a disposição a pagar (DAP) pela conservação da fauna. Usamos a regressão logística para estabelecer... / Roads result in mortality on the road as well as habitat removal, landscape fragmentation, edge effects, and pose a physical barrier to many species. Some roadside factors are related to road-kills, e.g., type of shoulder, topography, and vegetation. Road alignment (curved or straight) has an influence on vehicle speed and is an important conditioning factor needing consideration. Additionally, road-kills may attract scavengers or domestic animals (cats and dogs) to carcasses, increasing the probability of new road-kills. Although many studies on vertebrate road-kill have been published around the world, few have documented road mortality in Brazil. We conducted a study that focused on causal factors as well as the value (Willingness To Pay) of animals killed by vehicle collisions. Our purpose was to document species composition and richness and to understand the spatial and temporal patterns of roadrelated mortality. We recorded the number and species identification of vertebrates killed on two state roads segments (63 Km of SP - 334 and 97 Km of MG - 428) in southeastern Brazil. The roads were surveyed weekly from January to December 2007. Additional road related explanatory variables measured, included: type of shoulder, topography, vegetation type, and road design. We used that data to examine correlations between the explanatory variables and the mortality of vertebrate groups on the roads over time. We performed the chi-square goodness of fit to examines the spatial road-kills distribution. We also interviewed 601 vehicle drivers to assess their Willingness To Pay (WTP) for fauna conservation. We used logistic regression to relate the independent variables with the location and number of mortalities we recorded. We used linear correlation to examine how certain aspects of the user profile (namely, monthly income, education level, and frequency of road use) were related... (Complete abstract click electronic access below)

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