Orientador: Reinaldo José Bertini / Banca: Flávio Manzini / Banca: Maria Rita C. Chang / Resumo: No oeste-sudoeste do estado de São Paulo, entre as cidades de Lucélia e Irapuru, ocorrem afloramentos da Formação Adamantina (Grupo Bauru). Nos últimos onze anos tais afloramentos tem se mostrado uma importante fonte de prospecção de materiais fósseis de vertebrados, em especial testudinos, crocodilomorfos, maniraptoriformes, abelissauros e titanossauros. Alguns destes materiais podem ser importantes para estudos biocronológicos, paleobiogegráficos, filogenéticos e paleoecológicos, contribuindo para o entendimento do ecossistema que ocorria na região. Foram localizados quatro novos afloramentos. Os materiais revelaram, para testudinos, fragmentos de carapaças e plastrões; para crocodilomorfos, diversos dentes, um fragmento de pré-maxilar, um fragmento de surangular; para maniraptoriformes, um provável fragmento de crânio, 16 dentes, duas epífises de ossos apendiculares, quatro diáfises de ossos apendiculares;.para titanossauros, quatro costelas, um púbis, um ísquio, uma vértebra caudal, três centros de vértebras caudais, dois úmeros (direito e esquerdo) completos, uma diáfise de úmero esquerdo, um fêmur direito, uma epífise de tíbia direita / Abstract: On the West-Southwestern São Paulo State, between Lucélia and Irapuru cities, there are outcroups of the Adamantina Formation (Bauru Group). In the last eleven years such outcroups have been an important source of prospecting to vertebrate fossils materials, especially testudines, crocodylomorphs, maniraptoriforms, abelisaurs, titanosaurs. Some of these materials may be important for biocronological, paleobiogeographical, phylogenetical and paleoecological studies, contributing to the understanding of the ecosystem that occurred in the region. Four new outcrops were found. The materials revealed, for testudines, carapace and plastron fragments; for crocodylomorphs, several teeth, a pre-maxilar fragment, a surangular fragment; for maniraptoriforms, a cranial fragment, sixteen teeth, two epiphyses of appendicular bones, four diaphyses of appendicular bones; for titanosaurs, four ribs, a pubis, an ischium, a caudal vertebra, three caudal vertebra centra, two complete humerus (right and left), a diaphyfisis of left humerus, a right femur, a epiphysis of right tibia / Mestre

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Filosofia e Ciências Humanas, Programa de Pós-Graduação em Geografia, Florianópolis, 2009 / Made available in DSpace on 2012-10-24T13:03:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 271244.pdf: 99890712 bytes, checksum: c43d065eae12433ac6cb087681393860 (MD5) / Essa dissertação aborda a biogeografia da fauna de vertebrados de 23 ilhas costeiras do estado de Santa Catarina/Brasil, com enfoque nas aves marinhas e costeiras, através de uma análise regional e geossistêmica. As ilhas estão localizadas entre os municípios de Piçarras no norte e Laguna no sul. A coleta de dados em campo se deu através de visitas sazonais em cada ilha, totalizando 44 saídas de campo. As ilhas se formaram numa fase de subida do nível do mar iniciada à 11 mil anos, finalizando numa descida que durou 5 mil e cem anos, quando desapareceram os sistemas fluviais, mangues, lagos e lagunas. Foram identificados 15 habitats dos vertebrados: supralitoral rochoso, supralitoral arenoso, mesolitoral rochoso, mesolitoral arenoso, vegetação herbácea, vegetação arbustiva, vegetação arbórea, vegetação antropizada, alagado, solo, caverna, laguna, riacho, edificação e espaço aéreo. As ilhas, de norte a sul na costa e as de mar aberto e de mar protegido da grande baía da Ilha de Santa Catarina, apresentam os mesmos habitats. Corais é a ilha com a maior diversidade de habitats e, Santana-de-Dentro e Tacamí, apresentam a menor diversidade. Os vertebrados totalizam 143 espécies, com predomínio das aves. Os mamíferos são mais abundantes que os répteis e anfíbios juntos, e os peixes não existem. A pesquisa registrou 16 novas espécies. Os habitats com maior quantidade de fauna são os da vegetação nativa, o supralitoral rochoso, a vegetação antropizada e edificação. Os habitats com menos espécies são laguna e alagado, riacho, solo e caverna. A avifauna marinha e costeira catarinense é a mesma da costa brasileira, constituída por espécies pantropicais e cosmopolitas, como os Larideos, Pelecaniformes e Ciconiiformes. O fator mais importante para a manutenção dos vertebrados é a residência. A antropocoria é o mais dinâmico e a extinção é um fator recorrente e recente. A predação dos gaivotões sobre os trinta-réis é fator limitante para o sucesso reprodutivo das Sterna. A reprodução, o descanso e o isolamento das aves marinhas e costeiras é mais importante que o forrageamento. O baixo endemismo observado não indica baixa especiação, mas poucas pesquisas. As ilhas mais importantes para avifauna marinha e costeira são: Moleques-do-Sul, Batuta, Ilhota, Deserta e Feia. A transição climática, oceanográfica e botânica para os regimes mais frios e secos das regiões pampeana e patagônica, não é acompanhado por transição de fauna e de habitats. A pesquisa materializou a existência de dois espaços biogeográficos insulares: a Província Tupí, da floresta atlântica e o Domínio Oceânico Atlântico Tropical, dos costões e praias. Compartilham esses dois espaços, vertebrados das Regiões Neártica, Subantártica e Antárctica, das Províncias Pampeana e Patagônica e, das águas do Domínio Oceânico Atlântico Tropical. Considerando-se a falta de um enquadramento biogeográfico mais apropriado, sugere-se a criação do Distrito Biogeográfico Guaratiba situado na região costeira entre o norte do Rio Grande do Sul e o Rio de Janeiro, faunisticamente balizado pelo domínio do gaivotão e aves marinhas e costeiras associadas. O paradigma biogeográfico encontrado apresenta interface entre os processos naturais e a ação humana, podendo servir de incentivo à pesquisas sobre conservação e como base aos administradores públicos para formulação de melhores mecanismos de manejo. / This dissertation approaches the vertebrate fauna biogeographic of the coast islands in Santa Catarina (Brazil), which focus are marine and short birds through regional and geosystemic analysis. The research occurred in 23 islands arranged between Piçarras (north) and the Laguna (south) towns, through seasonal visits, totaling 44 inspections. These islands were made up of 11 thousand years, when the sea were in a high level, finalizing on a descent that last 5 thousand and a hundred years, when disappeared the fluvial systems, mangrove swamps, lakes and lagoons. It had been identified 15 vertebrates habitats: rocky and sandy up coast, rocky and sandy middle coast, herbaceous vegetation, shrubs vegetation, trees vegetation, antropic vegetation, flood, cavern, lagoon, stream, building and air space. From the north to the south of the islands in coast, the open and protected seas of the big bay of the Island of Santa Catarina have the same habitats. The island which has more habitats diversity is the Corais whilst, Santana-de-Dentro and Tacamí, with the less diversity. The vertebrates total in143 species, with predominance of the birds. The mammals abounds more than the reptiles and amphibians altogether and there arent fishes. The search recorded 16 new species. The habitats with more fauna are in the native vegetation, rocky up coast, antropic vegetation and edification. The habitats with less speices are in lagoon and flood, stream, ground and cavern. The marine and shore birds of Santa Catarina are the same of the Brazilian coast and constitute by cosmopolitan and pan tropical species such as the Larídeos, Pelecaniformes and Ciconiformes. The most important of the vertebrates support is the residence. The antropocoria is the most dynamic and to become extinct is a fact nowadays. The fact that the seagulls are the predators of the tern, limit the breeding of the Sterna. The reproduction, the rest and the isolation of the marine and shore birds are more important than the forage. The low endemic doesnt means low species, but few research. The more important islands for the marine and coast birds are: Molequesdo-Sul, Batuta, Ilhota, Deserta and Feia. The climate, oceanographic and botanical transitions for the cold and dry systems of the pampeana and Patagonia regions, dont run parallel to the fauna and the habitats transition. The research showed two island biogeographic spaces: the Provincial Tupi, of the Atlantic forest and the Tropical Atlantic Oceanic Control of the coasts and the beaches. Vertebrates of the Neartic, Subantartic and Antarctic Regions, the Pampeana and Patagonia Provincias and the Tropical Atlantic Oceanic Control, share these two spaces. Considering that there isnt an appropriate biogeographic frame, the Guaratiba Biogeographic District in the coast region between the Rio Grande do Sul and Rio de Janeiro could be suggested. The district would be beacomed by the seagull and the associated marine and shore birds control. The founded biogeographic model presents an interface between the natural courses and the human action and it can be used to stimulate the researches about conservation besides as a structure to the public administrators to formulate better manage mechanisms.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-30Bitstream added on 2014-06-13T18:54:21Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_am_me_rcla.pdf: 4713170 bytes, checksum: 5b5460bd2417766bc21c584fde74f02b (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A Serra da Bodoquena apresenta cavernas calcárias, com restos fossilizados da megafauna pleistocênica. Poucos trabalhos foram feitos para a região abordando este tema, até o momento. Neste contexto, a presente dissertação de mestrado teve por objetivos realizar a identificação dos fósseis de vertebrados dos depósitos espélicos e fluviais da região. Em seguida foram feitas as análises tafonômicas no material. O material analisado é constituído por fósseis retirados do leito do Rio Formoso, Gruta das Fadas e Gruta Forever. Os grupos identificados correspondem a Alligatoridae, Mylodontidae, Megatheriidae, Glyptodontidae, Myrmecophagidae, Hominidae, Caviomorpha, Ursidae, Gomphotheriidae, Toxodontidae, Tayassuidae e Cervidae. Para a primeira localidade, as coletas se deram por meio de sucção dos sedimentos do leito do rio, durante obras do Gasoduto Bolívia-Brasil, em 1995. O material analisado apresentou alto grau de fragmentação. Na Gruta das Fadas foram feitas coletas superficiais em 2006, e os fósseis estudados apresentaram diferentes graus de abrasão, alguns ossos menores estando fragmentados, enquanto os maiores estão completos. Muitos estão friáveis, parcialmente permineralizados. Foram observadas preservações de tecidos não resistentes em um fêmur humano. Na Gruta Forever foram realizadas escavações em dois pontos diferentes, com 1 m2 e 2 m2 de áreas respectivamente, atingindo profundidades máximas de 10 cm, com a identificação de fósseis. Os fósseis apresentam alto grau de corrosão química e fragmentação. Parte deste material parece ter sido transportado por enxurradas para o interior da gruta. Possivelmente águas acidificadas, provenientes de chuvas, causaram dissoluções sobre a superfície dos ossos. Todos os fósseis estão permineralizados. Futuramente estudos sobre a História Geológica desta gruta poderão ajudar no entendimento... / The Bodoquena Plateau shows calcareous caves, with fossilized remains of the Pleistocenic Megafauna. Few investigations have been implemented to the region, approaching this subject. In this context the present Master Dissertation intends to identify vertebrate fossils from caves and fluvial deposits from this region. There have been made taphonomics analysis on the materials and evaluated their contexts. These materials are fossils removed from Formoso River, and the caves “Gruta das Fadas” and “Caverna Forever”. The groups identified are Alligatoridae, Mylodontidae, Megatheriidae, Glyptodontidae, Myrmecophagidae, Hominidae, Caviomorpha, Ursidae, Gomphotheriidae, Toxodontidae, Tayassuidae and Cervidae. In the first site the collect were made through suctions of sediments during works of the “Gasoduto Bolivia-Brasil” construction, in 1995. The material analyzed showed high degree of fragmentations. Inside “Gruta das Fadas” were performed surface samplings in 2006, and the fossils studied showed different degrees of abrasions, some small specimens are fragmented and larger are completed. Many are crumbly, few remains not permineralized. Preservations of soft tissues were evidenced in some of these materials, on the human femur, for instance. Inside “Gruta Forever” were made excavations in two different points, with 1m2 and 2m2 areas respectively, achieving maxima depths of 10 cm. The fossils show high degree of chemical corrosion and fragmentation. Some of these materials appears to have been transported through pluvial process inside this cave. Presumably acidified waters, from rains, have caused dissolutions on bones surfaces. All these materials seem completely permineralized. Future studies about Geological History of this cave can help understand its depositional processess. Thus, the knowledge generated from this work... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-09-29Bitstream added on 2014-06-13T20:34:02Z : No. of bitstreams: 1 paulo_po_me_rcla.pdf: 7478896 bytes, checksum: b407d0e66ef447d5ae6f5f6dd9e88ff6 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Embora possua significativas áreas com depósitos sedimentares, o Estado de Goiás apresenta-se quase inexplorado quanto aos vertebrados fósseis. O principal objetivo desta investigação foi reunir, em um único trabalho, todas as ocorrências de paleovertebrados de Goiás, compreendidos entre o Período Permiano e a Época Pleistoceno, a partir das referências bibliográficas disponíveis e dos materiais depositados em algumas coleções brasileiras. No Estado de Goiás ocorrem significativas áreas de exposição de estratos paleozóicos, da Bacia do Paraná. Destacam-se as formações Irati e Corumbataí, cujas idades correspondem respectivamente aos Permianos Inferior e Médio. Para a Formação Irati têm sido reportadas ocorrências de restos de mesossauros, desde os primeiros levantamentos geológicos empreendidos em Goiás, em meados dos anos 1930. Para a Formação Corumbataí, os restos coletados em Goiás limitam-se a fragmentos de escamas e dentes de peixes, ainda inéditos. No Estado de Goiás ocorrem também significativas áreas de exposição de afloramentos das unidades componentes da Bacia Bauru, de idade Cretáceo Superior. Correspondem às formações Adamantina e Marília, aflorantes em amplas áreas ao Sul do estado. Destas unidades foram anotadas ocorrências de restos dinossaurianos na região Sudoeste, especialmente no Membro Echaporã da Formação Marília. Coberturas superficiais pleistocênicas são encontradas em áreas correspondentes aos interflúvios dos principais rios. Algumas destas forneceram significativas quantidades de restos atribuíveis a megafauna pleistocênica, especialmente em localidades nunca antes reportadas, como Goiânia e Niquelândia. As cavernas de Goiás forneceram expressiva quantidade de materiais pleistocênicos / holocênicos, de grande interesse ao estudo da diversidade das comunidades... / Despite significant areas with sedimentary strata, and great possibility for prospections of fossil remains, the Goias State is still barely explored. The main objective of this work is to gather, in one contribution, all occurrences of paleovertebrates of the Goiás State, from Permian Period to Pleistocene Epoch. The informations for this compilation are based on available literature and Brazilians museums and collections. In the Goiás State there are considerable areas with exposition of Paleozoic strata, being related to the Paraná Basin. The Irati and Corumbataí formations are respectively related to Lower and Middle Permian. For the Irati Formation there has been reported the occurrence of mesosaurs, since the first geological studies performed in Goias, during the 1930s. For the Corumbataí Formation, the remains collected in the state are restricted to fragments of fishes teeth and scales, still not published. In the Goiás State there are substantial areas of the Bauru Basin, from the Upper Cretaceous. They are associated to the Adamantina and Marília formations, geological unities occurrying on areas situated Southern Goiás State. From these units there have been reported the occurrence of dinosaur remains, especially in the Echaporã Member from the Marília Formation. Pleistocenic deposits are commonly found in areas corresponding to ridges between the most important rivers. Some of these regions provide relevant amounts of remains, associated the Giant Pleistocene Fauna, especially in localities never reported before, just as Goiânia and Niquelândia. Goiás State caves also provided an abundant amount of Pleistocenic / Holocenic remains, of great importance for the study of the diversity of vertebrates communities during this chronological transition. Among the most important catalogued families are Didelphidae, Dasypodidae, Phylostomidae, Natalidae, Vespertilionidae... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-09-01Bitstream added on 2014-06-13T20:34:02Z : No. of bitstreams: 1 geroto_cfc_me_rcla.pdf: 2536593 bytes, checksum: 22f09ed64ed39df82e0a68f3d898c160 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / No oeste-sudoeste do estado de São Paulo, entre as cidades de Lucélia e Irapuru, ocorrem afloramentos da Formação Adamantina (Grupo Bauru). Nos últimos onze anos tais afloramentos tem se mostrado uma importante fonte de prospecção de materiais fósseis de vertebrados, em especial testudinos, crocodilomorfos, maniraptoriformes, abelissauros e titanossauros. Alguns destes materiais podem ser importantes para estudos biocronológicos, paleobiogegráficos, filogenéticos e paleoecológicos, contribuindo para o entendimento do ecossistema que ocorria na região. Foram localizados quatro novos afloramentos. Os materiais revelaram, para testudinos, fragmentos de carapaças e plastrões; para crocodilomorfos, diversos dentes, um fragmento de pré-maxilar, um fragmento de surangular; para maniraptoriformes, um provável fragmento de crânio, 16 dentes, duas epífises de ossos apendiculares, quatro diáfises de ossos apendiculares;.para titanossauros, quatro costelas, um púbis, um ísquio, uma vértebra caudal, três centros de vértebras caudais, dois úmeros (direito e esquerdo) completos, uma diáfise de úmero esquerdo, um fêmur direito, uma epífise de tíbia direita / On the West-Southwestern São Paulo State, between Lucélia and Irapuru cities, there are outcroups of the Adamantina Formation (Bauru Group). In the last eleven years such outcroups have been an important source of prospecting to vertebrate fossils materials, especially testudines, crocodylomorphs, maniraptoriforms, abelisaurs, titanosaurs. Some of these materials may be important for biocronological, paleobiogeographical, phylogenetical and paleoecological studies, contributing to the understanding of the ecosystem that occurred in the region. Four new outcrops were found. The materials revealed, for testudines, carapace and plastron fragments; for crocodylomorphs, several teeth, a pre-maxilar fragment, a surangular fragment; for maniraptoriforms, a cranial fragment, sixteen teeth, two epiphyses of appendicular bones, four diaphyses of appendicular bones; for titanosaurs, four ribs, a pubis, an ischium, a caudal vertebra, three caudal vertebra centra, two complete humerus (right and left), a diaphyfisis of left humerus, a right femur, a epiphysis of right tibia

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-21Bitstream added on 2014-06-13T21:03:46Z : No. of bitstreams: 1 000741895.pdf: 15459081 bytes, checksum: d63bdd273032427c5d062ded87237abe (MD5) / Atualmente os sistemas biológicos vem sendo abordados por diversas áreas de pesquisas, dentre elas a biologia de sistemas. Essa área tem centrado esforços para descrever e compreender as relações entre os componentes bióticos e abióticos desses sistemas, utilizando para isso a teoria de grafos. Uma forma de estudar esses sistemas, é avaliar as interações entre proteínas, que são as interações biomoleculares mais abundantes nas células. Nesse contexto, a presente tese focou no desenvolvimento de um algoritmo computacional capaz de predizer interações entre proteínas de qualquer espécie ou conjunto protéico. Para isso, foram utilizadas técnicas de aprendizado de máquina (sub-área da inteligência artificial) para a construção e aplicação desse preditor, o qual mostrou-se eficaz em predizer interações entre proteínas de mais de 80 espécies diferentes, incluindo interações entre proteínas de parasita e hospedeiro. Esse novo preditor foi aplicado no proteoma de zebrafish (Danio rerio) e humanos (Homo sapiens), gerando assim redes de interações proteicas para ambas as espécies. As interações obtidas foram avaliadas em um contexto geral e o foco das análises foi direcionado para a sub-rede relacionada com as vias de determinação e diferenciação sexual em vertebrados. Os resultados demonstraram uma relativa baixa conservação desses grafos ao longo da evolução dos vertebrados, tanto do ponto de vista global quanto da sub-rede relacionada com a determinação e diferenciação sexual em vertebrados. Além disso, foi possível observar ao menos um hub conservado entre as duas sub-redes, o qual representa um novo alvo a ser avaliado por pesquisas experimentais. Contudo, os dados demonstram que o preditor gerado possui um grande potencial para diversas áreas de estudos e é bastante útil para predição de interações em larga-escala. Além disso, os aspectos evolutivos aqui... / Nowadays the biological systems have been analyzed under several research foci, including the system biology. This area focus to describe and understand the relationship between biotic and abiotic factors using the graph theory. The protein interactions are target interactions to the system biology because they are the most abundant biomolecular interactions within a cell. Thus, this thesis reported the development of a computational algorithm to predict proteinprotein interactions for all species or protein sets. The machine learning technique (sub-area of artificial intelligence) were used to develop and apply this method, giving effective results to predict protein-protein interaction for more than 80 different species, including parasitehost associations. This new predictor was applied to the proteome set of zebrafish (Danio rerio) and humans (Homo sapiens), generating the protein-protein interactions for both species. Evolutionary aspects of the protein interactions were studied in a broad context and the focus was directed to the sub-network involved in the vertebrate sex determination and differentiation. The results reported a low conservation of those graphs across the evolution in a general view or for the sub-network related to the vertebrate sex determination and differentiation. Moreover, it was reported at least one conserved hub between both subnetworks, to be further evaluated by experimental procedures. Anyway, the data showed that the predictor here reported may be very useful for several research areas and it is desirable for large-scale prediction procedures. Furthermore, the evolutionary aspects discussed in this thesis open new perspectives concerning system biology and evolutionary pathways of vertebrate sex determination and differentiation

Orientador : Prof. Dr. Henry Louis Spach / Orientador : Prof. Dr. Jean-Christophe Joyeux / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação. Defesa: Curitiba, 17/03/2014 / Inclui referências / Resumo: Nesse estudo, foram investigadas as mudanças na estrutura da ictiofauna estuarina em diferentes escalas geográficas, os processos ecológicos subjacentes a essas mudanças, bem como a localização de áreas prioritárias para a conservação na zona marinha brasileira. No Capítulo 1, um desenho de amostragem hierárquico foi usado para comparar a variação na estrutura das assembleias de peixes entre duas escalas espaciais e para estimar os efeitos individuais e sinergéticos de alguns parâmetros ambientais e da distância geográfica na estruturação da fauna. Para isso, foram amostradas oito áreas separadas por 0,7-25 km (escala local) dentro de cada um dos cinco estuários separados por 970-600 km (escala regional). As análises revelaram diferenças significativas na estrutura das assembleias (em termos de biomassa relativa e presença/ausência das espécies) para ambas as escalas e que a variação regional foi comparativamente maior do que a variação local. Porém, os cinco estuários amostrados segregaram-se em dois grupos amplamente congruentes com as províncias biogeográficas Brasileira e Argentina. Três variáveis ambientais (temperatura média da água no mês mais frio, área de manguezal e precipitação média anual) e a distância entre os estuários explicaram, respectivamente, 44,8 e 16,3% da variabilidade regional na biomassa relativa das espécies. Em escala local, os resultados sugerem que as assembleias de diferentes estuários são estruturadas por fatores distintos. No Capítulo 2, os padrões geográficos de riqueza de espécies e raridade da ictiofauna estuarina foram mapeados e integrados para identificar regiões importantes para a conservação na costa brasileira. Além disso, também foi analisada a efetividade do sistema nacional de áreas protegidas para representar essas regiões. Quarenta e oito bandas, com 0,25° de latitude cada, foram consideradas prioritárias para a conservação, por possuírem simultaneamente uma alta riqueza de espécies e assembleias relativamente raras. Também foi verificado que o sistema atual de áreas protegidas é ineficiente para proteger essas bandas. Por fim, no Capítulo 3, foram elaboradas alternativas para a expansão das áreas marinhas protegidas (AMPs) em águas brasileiras, que maximizam a representação das espécies e evitam conflitos com atividades econômicas relevantes. Para isso, foram utilizados dados de distribuição de 750 espécies de vertebrados marinhos (incluindo mamíferos, aves, tartarugas e peixes), das AMPs existentes e das concessões para exploração/produção de petróleo e gás natural na Zona Econômica Exclusiva do País. As soluções elaboradas mostraram que uma rede de AMPs, abrangendo 10% da área de estudo com alta prioridade para a conservação, poderia proteger, em média, entre 85,8 e 86,5% da distribuição das espécies. Foi constatado que a inclusão das AMPs existentes e das concessões para exploração de petróleo e gás no processo de priorização causou somente uma pequena perda na representação de espécies em perigo e ameaçadas de extinção. Os resultados sugerem, no entanto, que é possível compatibilizar a produção atual de petróleo e gás com a expansão da rede nacional de AMPs. As informações apresentadas nesse estudo podem contribuir para a tomada de decisões vinculadas ao objetivo do Brasil, de proteger 10% da sua zona marinha e costeira até 2020. Palavras-chave: comunidade de peixes, biodiversidade, estuários, planejamento para conservação, áreas marinhas protegidas, raridade. / Abstract: The present study aims to investigate changes in estuarine ichthyofauna across different spatial scales, the ecological process underlining these changes, as well as the localization of priority areas for conservation at Brazilian marine zone. In Chapter 1, a hierarchical sampling design was used to quantify variations in assemblage structures of Brazilian estuarine fish across two spatial scales and to estimate the individual and synergetic effects of selected environmental variables and of geographical distance on the ichthyofauna structure. For this analysis, eight areas separated by 0.7 to 25 km (local scale) were sampled in five estuaries separated by 970 to 6000 km (regional scale). Multivariate analysis revealed that assemblage structure varied significantly in terms of relative biomass and presence/absence of species on both scales, and that the regional variation was greater than the local variation for either dataset. However, the five estuaries sampled segregated into two major groups largely congruent with the Brazilian and Argentinian biogeographic provinces. Three environmental variables (mean temperature of the coldest month, mangrove area and mean annual precipitation) and distance between estuaries explained 44.8 and 16.3%, respectively, of the regional-scale variability in the species relative biomass. At the local scale, the importance of environmental predictors for the spatial structure of the assemblages differed between estuarine systems. In Chapter 2, geographic patterns of species richness and rarity of the estuarine ichthyofauna were mapped and integrated to identify important regions for biodiversity conservation across the Brazilian coast. Furthermore, also was analyzed the effectiveness of the national system of protected areas to represent these regions. Forty-eight bands of 0.25° latitude each were recognized as conservation priorities by harbor simultaneously high species richness and assemblages that are relatively rare. Also was found that the existing system of protected areas is inefficient to represent priority bands identified in this study. Lastly, in Chapter 3 were developed alternatives for the expansion of current marine protected areas (MPAs) in Brazilian waters that maximize species representation and reduce potential conflicts with relevant economic activities. For this were utilized distribution data of 750 marine vertebrate species (including mammals, birds, turtles and fishes), of established MPAs and of the areas concessioned for oil and gas exploitation. The results showed that a MPA network encompassing 10% of the study area with high conservation priority would protect, on average, between 85.8 and 86.5% of species distribution. It was found that incorporating existing MPAs and areas concessioned for oil and gas exploitation in the prioritization process caused only a small loss in representation of near-threatened and threatened species. The results highlight, therefore, that it is possible to reconcile current offshore oil and gas production with the expansion of the national MPA network, without significant losses in species' representation. The solutions presented here may be useful as scientific support in political negotiations about Brazil's commitment to protect 10% of its coastal and marine areas by 2020. Key-words: fish communities, biodiversity, estuaries, conservation planning, marine protected areas, rarity.

Orientador: Reinaldo José Bertini / Coorientador: Francisco Sekiguchi de Carvalho e Buchmann / Banca: Mirian Liza Alves Forancelli Pacheco / Banca: Paulo Milton Barbosa Landin / Resumo: A Serra da Bodoquena apresenta cavernas calcárias, com restos fossilizados da megafauna pleistocênica. Poucos trabalhos foram feitos para a região abordando este tema, até o momento. Neste contexto, a presente dissertação de mestrado teve por objetivos realizar a identificação dos fósseis de vertebrados dos depósitos espélicos e fluviais da região. Em seguida foram feitas as análises tafonômicas no material. O material analisado é constituído por fósseis retirados do leito do Rio Formoso, Gruta das Fadas e Gruta Forever. Os grupos identificados correspondem a Alligatoridae, Mylodontidae, Megatheriidae, Glyptodontidae, Myrmecophagidae, Hominidae, Caviomorpha, Ursidae, Gomphotheriidae, Toxodontidae, Tayassuidae e Cervidae. Para a primeira localidade, as coletas se deram por meio de sucção dos sedimentos do leito do rio, durante obras do Gasoduto Bolívia-Brasil, em 1995. O material analisado apresentou alto grau de fragmentação. Na Gruta das Fadas foram feitas coletas superficiais em 2006, e os fósseis estudados apresentaram diferentes graus de abrasão, alguns ossos menores estando fragmentados, enquanto os maiores estão completos. Muitos estão friáveis, parcialmente permineralizados. Foram observadas preservações de tecidos não resistentes em um fêmur humano. Na Gruta Forever foram realizadas escavações em dois pontos diferentes, com 1 m2 e 2 m2 de áreas respectivamente, atingindo profundidades máximas de 10 cm, com a identificação de fósseis. Os fósseis apresentam alto grau de corrosão química e fragmentação. Parte deste material parece ter sido transportado por enxurradas para o interior da gruta. Possivelmente águas acidificadas, provenientes de chuvas, causaram dissoluções sobre a superfície dos ossos. Todos os fósseis estão permineralizados. Futuramente estudos sobre a História Geológica desta gruta poderão ajudar no entendimento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Bodoquena Plateau shows calcareous caves, with fossilized remains of the Pleistocenic Megafauna. Few investigations have been implemented to the region, approaching this subject. In this context the present Master Dissertation intends to identify vertebrate fossils from caves and fluvial deposits from this region. There have been made taphonomics analysis on the materials and evaluated their contexts. These materials are fossils removed from Formoso River, and the caves "Gruta das Fadas" and "Caverna Forever". The groups identified are Alligatoridae, Mylodontidae, Megatheriidae, Glyptodontidae, Myrmecophagidae, Hominidae, Caviomorpha, Ursidae, Gomphotheriidae, Toxodontidae, Tayassuidae and Cervidae. In the first site the collect were made through suctions of sediments during works of the "Gasoduto Bolivia-Brasil" construction, in 1995. The material analyzed showed high degree of fragmentations. Inside "Gruta das Fadas" were performed surface samplings in 2006, and the fossils studied showed different degrees of abrasions, some small specimens are fragmented and larger are completed. Many are crumbly, few remains not permineralized. Preservations of soft tissues were evidenced in some of these materials, on the human femur, for instance. Inside "Gruta Forever" were made excavations in two different points, with 1m2 and 2m2 areas respectively, achieving maxima depths of 10 cm. The fossils show high degree of chemical corrosion and fragmentation. Some of these materials appears to have been transported through pluvial process inside this cave. Presumably acidified waters, from rains, have caused dissolutions on bones surfaces. All these materials seem completely permineralized. Future studies about Geological History of this cave can help understand its depositional processess. Thus, the knowledge generated from this work... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Thomas Michael Lewinsohn / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T00:31:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Loyola_RafaelDias_D.pdf: 14476866 bytes, checksum: c3233f8ed69a9d1f787b6862157bb260 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Procurei identificar prioridades de conservação para vertebrados terrestres em diferentes escalas geográficas (da regional/continental à global), usando ecorregiões como unidades geográficas. Mais especificamente, avaliei (1) a correlação entre riqueza e endemismo exibida por vertebrados terrestres que ocorrem em ecorregiões do Brasil e a eficiência de cada classe de vertebrados terrestres (anfíbios, répteis, aves e mamíferos) como grupos indicadores para a identificação de prioridades de conservação em ecorregiões brasileiras; (2) identifiquei ecorregiões prioritárias para a representação eficiente de todos os vertebrados terrestres, incluindo aqueles endêmicos e ameaçados de extinção, na região Neotropical, e o quanto essas ecorregiões representam da fauna existente nessa província biogeográfica; (3) identifiquei ecorregiões prioritárias para a representação eficiente de todos os anuros (Amphibia: Anura) ameaçados de extinção na região Neotropical e como a inclusão de características da história de vida (e.g. modo reprodutivo) desse grupo no processo de priorização pode auxiliar no delineamento dessas áreas prioritárias; (4) de maneira similar, assinalei ecorregiões prioritárias para a conservação de todos os carnívoros (Mammalia: Carnivora) na região Neotropical e no mundo, e como a inclusão de características ecológicas, evolutivas e da história de vida desse grupo - associadas a custos econômicos (US$/km2) da aquisição de terras em ecorregiões - pode auxiliar no delineamento dessas áreas prioritária. Os resultados apontam, de maneira geral, ecorregiões localizadas no sul do México, América Central, Andes tropicais, sul da América do Sul, sudeste asiático e Filipinas, e a Mata Atlântica brasileira como áreas de extrema relevância, cuja conservação eficiente, por meio de redes de reservas cuidadosamente implementadas, poderia minimizar consideravelmente as ameaças atuais aos vertebrados terrestres. A identificação de áreas prioritárias para a conservação da biodiversidade que vão de uma escala regional/continental à global, é apenas um primeiro passo no estabelecimento de estratégias de conservação in-situ que garantirão a persistência de espécies por períodos ecológicos e evolutivos relevantes para sua existência. Os trabalhos incluídos nessa tese reforçam o arcabouço teórico e metodológico da avaliação de conservação e oferecem bases científicas para o delineamento de regiões prioritárias para a conservação de biodiversidade em um mundo em constante mudança. / Abstract: I aimed to identify conservation priorities for terrestrial vertebrates across different spatial scales (from regional/continental to global), using ecoregions as geographic units. I have evaluated, in particular, (1) the congruence between overall richness and endemism patterns among terrestrial vertebrates that occur in Brazil, and the effectiveness of each vertebrate class (amphibians, reptiles, birds, and mammals) as indicator groups for identifying conservation priorities among Brazilian ecoregions; (2) I have identified priority sets of ecoregions that are effective in representing terrestrial vertebrate diversity in the Neotropics, including those endemics and threatened of extinction; (3) I have also identified priority sets of ecoregions for the conservation of Neotropical threatened anurans, and have also evaluated how the inclusion of species lifehistory traits (e.g. reproductive modes) in the prioritization process may help to improve areasetting analysis; (4) similarly, I have highlighted Neotropical and Global priority sets of ecoregions for the conservation of all carnivores (Mammalia: Carnivora), and again, how the inclusion of biological traits - along with economic costs (US$/km2) of land acquisition within ecoregions - may help in the delineation of these priority set of areas. In general, results highlighted ecoregions found in southern Mexico, Central America, tropical Andes, southern South America, southeast Asia and the Philippines, and the Brazilian Atlantic Forest as extremerelevance areas. Their effective conservation, through the implementation of carefully designed reserve networks, could therefore minimize significantly current threats to terrestrial vertebrates. Identification of a comprehensive set of natural areas, as presented here, is a first step towards an in-situ biodiversity maintenance strategy, which only subtends a much more complex process of policy negotiation and implementation. The studies included in the thesis contribute to a joint framework for the development of national and continental strategies for biodiversity conservation, adding to burgeoning initiatives to plan the application of finite funds and efforts where they will be most effective. / Doutorado / Doutor em Ecologia

Orientadores: Lucia Elvira Alvares, Jose Xavier Neto / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T10:17:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sobreira_DeboraRodrigues_M.pdf: 2481929 bytes, checksum: 2cb1105ccc78322b5f11f4528108d2fc (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Splicing Alternativo é um mecanismo importante para expandir a diversidade protéica em eucariotos. Este processo permite a produção de diferentes mRNAs a partir de uma mesma molécula de pré-RNA e é freqüentemente utilizado pelos genes envolvidos no desenvolvimento embrionário. O gene Oapper1 (Opr1) é um importante modulador da via de sinalização Wnt, atuando em diversos processos como especificação do tecido neural, morfogênese cefálica e desenvolvimento do coração e olho. Entre seus parceiros estão as '1lOléculas Dishevelled, o fator de transcrição TCF-3 (ambas as moléculas envolvidas na sinalização Wnt) e Dbf-4 (regulador do ciclo celular). Considerando que Dpr1 possui uma estrutura modular e interage com diferentes parceiros moleculares através de diferentes domínios estruturais, esta molécula poderia utilizar a maquinaria de Splicing Alternativo para combinar diferentes domínios e conseqüentemente ampliar suas funções biológicas. Neste estudo, descrevemos uma nova Variante do gene Opr1, identificada inicialmente no transcriptoma de camundongo utilizando ferramentas de Bioinformática. Esta nova Variante é maior em 111 pb em relação à codificada pela seqüência referência de RNAm para Dpr1 RefSeq, as quais são denominadas, respectivamente, como Variante A e Variante B. Estes transcritos variantes são gerados por dois sítios aceptores de Splicing distintos presentes no início do exon 4. O segmento exclusivo da Variante A codifica 37 aminoácidos localizados na região onde Opr1 se associa ao fator transcricional TCF-3. Uma análise comparativa do lócus de Opr1 entre diversos vertebrados (peixe, anfíbio, galinha, camundongo e humano) revelou que ambos os sítios aceptores de Splicing são conservados nos tetrápodas, enquanto que em peixe apenas um sítio é encontrado. Ensaios de RT-PCR confirmaram nossos resultados obtidos em Bioinformática. Além disso, demonstramos que ambas as Variantes são co-expressas ao longo do desenvolvimento de galinha, sugerindo que a concentração relativa dessas moléculas pode ser importante para a sua função. Finalmente, análises de pressão seletiva foram realizadas para a molécula de Dpr1. Apesar de não se confirmar a presença de seleção positiva ao longo da proteína Dpr1, o exon 4 parece estar sob pressão seletiva mais relaxada quando comparado aos outros exons. Nossos resultados são consistentes com a hipótese de que o mecanismo de Splicing Alternativo atua acelerando a evolução, reduzindo a seleção negativa. / Abstract: Alternative splicing is an important mechanism to expand protein diversity in eukaryotes. This process allows the production of different mRNAs from a single coding sequence and is frequentfy used by genes involved in development. Oapper 1 (Opr1) is an important rnodulator of Wnt signalling, working in several developmental processes, such as neural tissue specification, head morphogenesis, heart and eye development. While its interaction with Oishevelled is known to modulate Wnt signalling both in vivo and in vitre, the interaction wrth other molecules is required to mediate its multiple biological functions. Considering that Dpr1 has a modular structure that mediates its interaction with different partners through different structural domains, this molecule could greatly benefit from alternative splicing in order to combine different domains and consequently amplify its biological functions. In the present study we describe a new Opr1 isoform that was initially identified in the mouse transcriptome using bioinformatic tools. This isoform is 111 pb longer than the one encoded by the RefSeq mRNA for Opr1, here named O and E isoforms, respectively. The variant transcripts are generated through two distinct acceptor splice sites in exon 4. The segment exclusive of the O isoform is in frame and encodes 37 residues located in a variable region of Oprl exon 4, known to be necessary for the interaction with the transcriptional factor Tcf3. comparative analysis of the Opr1 locus among fish, frog, chicken, mouse and human revealed that in tetrapods two acceptor splice sites are conserved in the beginning of the exon 4, while in fish a single acceptor splice site is found. RT-PCR using species-specific primers confirmed the expression of the O and E isoforms in tetrapods while in fish only the O isoform was detected. In addition, we showed that the Opr1 isoforms are coexpressed throughout chicken development, suggesting that the relative concentration of these molecules may be important for their functionality. Finally, even though no evidence of positive selection was detected for the entire Dpr1 protein, exon 4 seems to be under more relaxed selective pressure than the other exons. These results are consistent with the notion that alternative splicing can act as a mechanism for opening accelerated paths of evolution by reducing negative selection pressure. / Mestrado / Histologia / Mestre em Biologia Celular e Estrutural