Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2023 / En l'absence de thérapie antirétrovirale (ART), le VIH conduit à de nombreuses perturbations physiologiques compliquant le quotidien des personnes infectées. Sous ART, l'établissement précoce et la persistance de réservoirs viraux (RV) est un obstacle majeur à l'éradication virale. Ces RV sont à l'origine des rebonds virémiques après l'interruption de traitements (ATI). Dans le sang et les ganglions périphériques, facilement accessibles chez l'homme, la pathogenèse virale a largement été étudiée. Ainsi, nous avons utilisé le modèle du macaque rhésus (RM) infecté par le virus de l'immunodéficience simienne (VIS) afin d'étudier la pathogenèse au sein des tissus viscéraux. Premièrement, nous avons analysé l'infection des cellules immunitaires de la rate et de l'intestin, ainsi que leur contribution dans le maintien des RV. Nous avons ensuite étudié l'impact de l'infection sur les tissus hépatiques et pulmonaires, en focalisant sur le rôle des macrophages tissulaires. Enfin, une analyse phénotypique et transcriptomique des lymphocytes T CD4 (LT CD4) du foie ont été réalisées. Mes travaux ont démontré que les monocytes/macrophages de la rate, de l'intestin, du foie et des poumons sont des cibles virales en l'absence de traitement, et peuvent produire du virus infectieux. Toutefois, les LT CD4 restent les cibles virales principales. En plus des désordres métaboliques hépatiques et pulmonaires, l'infection conduit à une forte expression de gènes associés à la réponse inflammatoire, interféron, et aux dommages tissulaires. Concomitamment, nous avons observé l'émergence de LT CD4 hépatiques exprimant des molécules pro-fibrotiques, ayant une machinerie mitochondriale altérée et un métabolisme lipidique accrue. Nous avons également démontré qu'une ART administrée au quatrième jour d'infection prévient l'infection des monocytes/macrophages de la rate, de l'intestin et du sang, mais que du virus résiduel peut persister dans les macrophages résidents CD206$^+$ du foie et des poumons. La persistance virale est également observée dans les LT CD4 de la rate, faisant de cet organe un réservoir anatomique majeur. La ART précoce réduit efficacement l'inflammation, mais l'expression de gènes liés aux dommages tissulaires et aux altérations métaboliques persiste dans les poumons. Après ATI, le rebond viral plasmatique est associé à l'infection rapide des tissus viscéraux. Les LT CD4 du sang, de la rate et de l'intestin sont prioritairement et majoritairement infectés que les monocytes/macrophages. Ces derniers constituent donc des cibles secondaires du virus après l'arrêt d'une ART précoce. L'ensemble de ces travaux a permis d'apporter une compréhension plus exhaustive sur la dissémination virale précoce dans les tissus viscéraux et des impacts physiologiques associés. Les études réalisées dans cette thèse ont mis en lumière la contribution des monocytes/macrophages et des LT CD4 viscéraux dans le maintien des RV. L'apport de ces nouvelles connaissances pourrait à la fois servir à l'amélioration de la prise en charge des personnes vivant avec le VIH, et aussi à développer des stratégies thérapeutiques ciblant les cellules réservoirs viscérales. / In the absence of antiretroviral therapy (ART), HIV leads to several physiological disorders complicating the daily lives of infected people. Under ART, the early establishment and persistence of viral reservoirs (VRs) is a major obstacle to viral eradication. These VRs cause the viral rebounds observed after ART interruption (ATI). In blood and peripheral lymph nodes, easily accessible in humans, viral pathogenesis has been widely studied. Thus, we used the rhesus macaque (RM) model infected with the simian immunodeficiency virus (SIV) to study the pathogenesis within visceral tissues. First, we analyzed the infection of immune cells of the spleen and the intestine, as well as their contribution in the maintenance of VRs. We then studied the impact of infection on hepatic and pulmonary tissues, focusing on the role of tissue macrophages. Finally, a phenotypic and transcriptomic analysis of liver CD4 T cells were performed. My work demonstrated that monocytes/macrophages from the spleen, intestine, liver and lungs are viral targets in the absence of treatment, and can produce infectious virus. However, CD4 T cells remain the priority viral targets. In addition to hepatic/pulmonary metabolic disorders, infection leads to high expression of genes associated with inflammatory response, interferon response, and tissue damage. Concomitantly, we observed the emergence of hepatic CD4 T cells expressing pro-fibrotic molecules, with altered mitochondrial machinery and increased lipid metabolism. We also demonstrated that ART administered on the fourth day of infection prevents infection of monocytes/macrophages of the spleen and intestine, as well as the blood, but that residual virus may persist in resident CD206$^+$ macrophages of the liver and lungs. Viral persistence is also observed in splenic CD4 T cells, making the spleen a major anatomical viral reservoir. Furthermore, early ART efficiently reduces inflammation, but expression of genes associated with tissue damage and metabolic alterations persists in the lung. After ATI, plasma viral rebound is associated with rapid infection of visceral tissues. CD4 T cells of the blood, spleen and intestine are primarily and predominantly infected than monocytes/macrophages. The latter therefore constitute secondary viral targets after early ART discontinuation. Together, these works have provided a more comprehensive understanding of viral dissemination in visceral tissues and the associated-physiological impacts. The studies of this thesis highlighted the contribution of monocytes/macrophages and visceral CD4 T cells in the maintenance of VRs. These new insights could be useful for improving the care of people living with HIV, but also for developing new therapeutic strategies targeting visceral reservoir cells.

L’immunopathogenèse de l’infection au VIH-1 est principalement causée par la déplétion des LT CD4 (lymphocytes T-CD4). Cette mort des LT CD4 dépend de plusieurs facteurs comme la lyse des LT CD4 infectés et la présence de vésicules extracellulaires et d’exosomes libérées par les cellules dendritiques et les LT CD4 infectés au VIH-1. L’analyse protéomique des exosomes issus des cellules dendritiques mises en culture avec le VIH-1 a révélé la présence de molécules pro-apoptotiques comme le Dap-3 (Death Associated Protein 3). Nous avons proposé comme hypothèse que le Dap-3 puisse être contenu dans d’autres types de vésicules extracellulaires et que le Dap-3 vésiculaire contribue à la déplétion des LT CD4. Après avoir optimisé l’immunobuvardage avec l’anti-Dap-3, nous avons déterminé la présence de Dap-3 dans les vésicules extracellulaires issues des cellules RAJI-CD4-DCIR infectées au VIH-1. L’utilisation de gradients de vélocité nous a permis d’observer la présence de Dap-3 dans les fractions du gradient contenant les exosomes issus des cellules RAJI-CD4-DCIR infectées, mais également dans d’autres fractions du gradient de vélocité encore non caractérisées. Chez les patients, nous avons montré une hétérogénéité des vésicules extracellulaires dans les fractions du gradient de vélocité issues des plasmas des patients VIH-1+. Ces résultats indiquent la présence de plusieurs populations de vésicules extracellulaires séparées par la méthode du gradient de vélocité. Enfin, la transfection des cellules RAJI-CD4-DCIR et des cellules dendritiques a été mise au point avec les ARN anti-sens de Dap-3 afin de produire éventuellement des vésicules Dap-3 négatives. Ce projet de recherche aura permis de valider les outils nécessaires à la poursuite de l’étude du rôle de Dap-3 dans la pathogenèse de l’infection au VIH-1.

Les vésicules extracellulaires (VE) jouent un rôle de communication intercellulaire pouvant réguler le système immunitaire. Les VE sont composées de différentes populations que l'on retrouve dans tous les fluides biologiques et constituent des biomarqueurs ainsi que des outils thérapeutiques dans diverses pathologies comme les cancers. Une étude dans notre laboratoire a révélé le potentiel de biomarqueur des vésicules extracellulaires plasmatiques (VEsp) chez des patients infectés par le virus de l'immunodéficience humaine de type-1 (VIH-1). Cette étude a montré un enrichissement des VE acétylcholinestérase positive (AChE+) et des marqueurs protéiques de la population des exosomes chez les patients infectés. Nous avons proposé comme hypothèse que la population de VEsp AChE+ serait des exosomes et que cette population constituerait un meilleur biomarqueur de l'infection par le VIH-1 que l'ensemble des VE. Les VEsp AChE+ d'une nouvelle cohorte de patients ont été caractérisées. Dans un premier temps, la purification des VEsp AChE+ a été optimisée afin de séparer les grosses vésicules des petites. Dans un deuxième temps nous avons validé que la population de VEsp AChE+ est une population homogène et spécifique dont le potentiel de biomarqueur de l'infection a été validé. Pour terminer la caractérisation de cette population, elle a été séparée dans un gradient de vélocité à l'iodixanol afin de valider que cette population de vésicules était des exosomes. Ce projet a permis de valider que la population d'exosomes AChE+ purifiées et caractérisées dans une cohorte de patients atteints du VIH-1+, représente un biomarqueur de l'évolution de l'infection par le VIH-1.

Le VIH demeure une problématique de santé publique importante partout dans le monde. En Côte d’Ivoire, les hommes ayant des relations sexuelles avec d’autres hommes (HARSAH) ont un fardeau disproportionné de VIH. Dans cette étude, nous avons évalué l’acceptabilité et la faisabilité de la prophylaxie préexposition (PrEP), une méthode de prévention contre le VIH, chez les HARSAH de Bouaké, en Côte d’Ivoire. Nous avons conduit quatre groupes de discussion avec 31 HARSAH séronégatifs, huit entrevues individuelles approfondies avec des participants des groupes de discussion et cinq entrevues avec des informateurs-clés. Les données ont été interprétées à l’aide d’une analyse thématique de contenu. Seulement quatre HARSAH (13 %) connaissaient la PrEP avant l’étude. Tous les participants étaient intéressés à utiliser la PrEP : 61.3% préféreraient le régime quotidien et 38.7% le régime sur demande. Plusieurs avantages de la PrEP ont été mentionnés : la protection lors d’un bris du condom, la protection lors de comportements sexuels à risque, l’autonomie, la diminution de la peur du VIH, l’augmentation de la confiance en son partenaire et la facilité d’utilisation. Les barrières à l’utilisation de la PrEP qui ont été nommées incluent : l’absence de protection contre les autres infections transmises sexuellement (ITS), prendre un comprimé régulièrement, la taille du comprimé, les effets secondaires, le coût et l’accessibilité. Six participants (19.3 %) ont admis qu’ils utiliseraient moins les condoms s’ils utilisaient la PrEP. Nos résultats montrent que la PrEP est hautement acceptable chez les HARSAH de Bouaké. Son implantation devrait être faite rapidement et la PrEP devrait être une composante d’un programme de prévention incluant du counseling, un dépistage des ITS et la promotion des pratiques sexuelles sécuritaires. Les autorités de Côte d’Ivoire devraient considérer la PrEP pour tous les groupes à risque afin d’éviter d’accentuer la stigmatisation en ne ciblant que les HARSAH. / HIV remains an important public health issue throughout the world. In Côte d’Ivoire, a high burden of HIV is observed in men who have sex with men (MSM). In this study, we assessed the acceptability and feasibility of preexposure prophylaxis (PrEP), an efficient prevention method against HIV, among MSM in Bouaké, Côte d’Ivoire. We conducted four focus groups with 31 HIV-negative MSM, eight indepth individual interviews with participants recruited from the focus groups and five interviews with key informants. Data were interpreted with a thematic analysis method. Only four MSM (13%) were aware of PrEP before participating in the study. All participants were interested in taking PrEP if available: 19 (61.3%) would prefer the daily regimen and 12 (38.7%) would opt for the on-demand regimen. Many advantages of PrEP were mentioned, such as: protection in case of condom breakage, protection in case of high-risk sexual behaviour, self-reliance, decreasing HIV fear, increasing trust in partner and ease of use. Barriers to the use of PrEP included: it does not protect against other sexually transmitted infections (STIs) which implies that condom use is still necessary, having to take a pill regularly, the size of the pill, possibility of side effects and long-term effects, the cost and the accessibility. Six participants (19.3 %) admitted that they would stop using condoms or would use them less if they take PrEP. Findings indicate that PrEP is highly acceptable within the MSM community. Implementation should be done rapidly, and PrEP should be part of a global prevention program which includes counselling, regular STI screening and promotion of safe sex practices, including condom promotion. Health authorities should consider PrEP for all high-risk groups to avoid worsening stigmatization by targeting MSM only.

Chez les patients atteints du VIH-1, le PD-L1, une molécule de costimulation inhibitrice des lymphocytes T, est régulé à la hausse. Puisque plusieurs molécules cellulaires sont incorporées dans le VIH-1 et que certaines conservent leur fonction de signalisation une fois incorporées, nous avons vérifié si le PD-L1 pouvait être incorporé dans le VIH-1 pour ensuite induire certains défauts fonctionnels chez des lymphocytes T exprimant son récepteur PD-1. Nos résultats démontrent que non seulement le VIH-1 acquiert le PD-L1 en bourgeonnant de macrophages dérivés de monocytes ou de lymphocytes T CD4+ humains in vitro, mais que cette acquisition se produit également in vivo. Lorsqu'il est mis en présence de lymphocytes T CD8+ exprimant le PD-1, le VIH-1 porteur du PD-L1 favorise l'activation des caspases, signe potentiel de l'induction de l'apoptose. Ces résultats démontrent qu'en acquérant le PD-L1, le VIH-1 pourrait bien être directement impliqué dans l'épuisement de la réponse immunitaire.

Nous avons mesuré la fréquence de la violence physique, sexuelle et psychologique à l’encontre des femmes travailleuses du sexe et évalué l’association entre la violence, le bris du préservatif et l’infection à VIH. L’analyse multivariée de régression log-binomiale a été utilisée pour estimer les rapports de prévalence ajustés (RPa) du VIH. La prévalence du VIH était de 20,4%. Au total, 17,2%, 13,5% et 33,5% des participantes ont respectivement été exposées à la violence physique, sexuelle et psychologique; 15,9% ont rapporté avoir eu au moins un bris du préservatif au cours des rapports sexuels de la semaine précédant notre enquête. Les RPa du VIH étaient respectivement de 1,45 (intervalle de confiance [IC]95% : 1,05 – 2,00), 1,42 (IC95%1,02 – 1,98), et 1,41 (IC95%1,08 – 1,41) chez les femmes exposées à la violence physique, sexuelle et psychologique. Nos résultats montrent que les femmes exposées à la violence avaient une prévalence plus élevée du VIH. / Objective: To examine the relationship between violence, condom breakage and HIV prevalence among female sex workers (FSWs). Design: Data were obtained from the 2012 cross-sectional integrated biological and behavioural survey conducted in Benin. Methods: Multivariable log-binomial regression was used to estimate the adjusted prevalence ratios (APRs) of HIV infection and condom breakage in relation to violence towards FSWs. A score was created to examine the relationship between the number of violence types reported and HIV infection. Results: Among the 981 women who provided a blood sample, HIV prevalence was 20.4%. During the last month, 17.2%, 13.5% and 33.5% of them had experienced physical, sexual and psychological violence, respectively. In addition, 15.9% reported at least one condom breakage during the previous week. There was a significant association between all types of violence and HIV prevalence. The APRs of HIV were 1.45 (95% confidence interval [95%CI]: 1.05 - 2.00), 1.42 (95%CI: 1.02 - 1.98), and 1.41 (95%CI: 1.08 - 1.41) among those who had ever experienced physical, sexual and psychological violence, respectively. HIV prevalence increased with the violence score (p=0.002, test for trend), and physical and sexual violence were independently associated with condom breakage (p values 0.010 and 0.003, respectively). Conclusion: The results show that violence is associated with a higher HIV prevalence among FSWs and that condom breakage is a potential mediator for this association. Longitudinal studies designed to analyse this relationship and specific interventions integrated to current HIV prevention strategies are needed to reduce the burden of violence among FSWs. Key words: Violence, condom failure, HIV, female sex workers, sub-Saharan Africa.

Le DCIR, une lectine de type C, a été identifié comme un facteur facilitant le transfert des virus des cellules dendritiques vers les lymphocytes TCD4 lors de l’infection au VIH-1. Cinq isoformes différentes du DCIR existent. L’expression de certaines isoformes peut être modulée de façon indépendante dans certaines pathologies. L’hypothèse qui a été posée est que les isoformes du DCIR sont modulées au cours de l’infection au VIH-1 et qu’il est possible de générer des cellules déficientes en DCIR par la technique de CRISPR/Cas9. Les objectifs étaient de développer une PCR quantitative spécifique pour chaque isoforme du DCIR, de quantifier l’expression des isoformes du DCIR dans des cellules immunitaires de patients infectés par le VIH-1, de déterminer s’il existe des corrélations entre le patron d’expression de chaque isoforme et les données cliniques des patients VIH-1 et, finalement, de développer un outil CRISPR/Cas9 permettant le knock-out du gène du DCIR dans des cellules souches hématopoïétiques. Les résultats montrent que l’expression des isoformes 1 à 4 n’est pas modulée par l’infection au VIH-1. Cependant, une corrélation existe entre le ratio CD4/CD8 des patients traités et l’expression de l’isoforme 1 du DCIR dans les cellules polynucléées. De plus, dans les cellules mononucléées sanguines périphériques, les isoformes 1 et 3 du DCIR sont les plus exprimées et, dans les cellules sanguines polynucléées, l’isoforme 1 du DCIR est la plus exprimée. Finalement, un outil CRISPR/Cas9, permettant d’inactiver le gène du DCIR dans des cellules souches hématopoïétiques par infection lentivirale, a été développé. Ces données permettront de mieux caractériser les rôles des isoformes du DCIR, contribuant ainsi au développement de stratégies thérapeutiques ciblant cette lectine. / The C type lectin DCIR was identified as viral transfer factor from dendritic cells to CD4 T cells during HIV-1 infection. There are five known isoforms of the DCIR protein. The expression of some of these isoforms can be modulated independently in some pathologies. The hypothesis of this project is that DCIR isoforms can be modulated during HIV-1 infection and that it is possible to generate DCIR deficient cells with CRISPR/Cas9 technology. Our objectives were: to develop a specific quantitative PCR for each isoforms of DCIR; to quantify the expression of DCIR isoforms in immune cells of HIV-1 infected patients; to determine if there are correlations between the expression pattern of each isoform and the patients’ clinical data and; to develop a CRISPR/Cas9 tool allowing the knock out of the DCIR gene in hematopoietic stem cells. The results show that the expression of DCIR isoforms 1 to 4 is not modulated by HIV-1 infection. However, a positive correlation exists between the CD4/CD8 T cell ratio of treated HIV-1 patients and the expression of DCIR isoform 1 in polymorphonuclear cells. Furthermore, the DCIR isoforms 1 and 3 are the most expressed isoforms in the patients’ peripheral blood mononuclear cells, while the DCIR isoform 1 is the most expressed isoform in the patients’ polymorphonuclear cells. Finally, our CRISPR/Cas9 tool, allowing the inactivation of the DCIR gene in hematopoietic stem cells by lentiviral infection, has been developed. These results will allow us to better characterize the roles of DCIR isoforms, contributing so to the development of therapeutic strategies targeting this lectin.

Des avancées thérapeutiques majeures résultantes de plusieurs décennies de recherche intensives ont significativement modifié la physionomie de l'infection au virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1). Dans plusieurs pays, mais pas tous, les personnes infectées peuvent désormais bénéficier de la trithérapie antirétrovirale pour contrôler la charge virale systémique. Néanmoins, pour plus de la moitié des cas d'infection, des particules virales sont présentes très tôt dans le système nerveux suivant la neuroinvasion du virus et occasionnent différentes dysfonctions neurocognitives. Fait important, la prévalence de ces troubles neurologiques persiste même en présence d'un traitement suppressif et efficace. Le système nerveux agit donc comme sanctuaire où le virus peut infecter des microglies et astrocytes pour ainsi causer une réaction neuroinflammatoire délétère pour la physiologie neuronale. De nombreuses recherches ont d'ailleurs démontré que les dommages au cerveau corrèlent davantage avec cette réaction qu'avec la charge virale. Dans un premier temps, cette thèse présente un article de revue faisant état d'une problématique majeure intimement reliée à l'infection par le VIH-1 dans le cerveau. Nous décrivons le débalancement abrute dressé par un profil sécrétoire prépondérant en composés neurotoxiques accompagné par un déclin important dans la production de différents composés neurotrophiques. Plus précisément, nous discutons plus en détail les divers rôles de premiers plans entrepris par ces composés neurotrophiques dans ce contexte de neuropathogenèse. De façon additionnelle, nous adressons les mécanismes biologiques variés par lesquels le virus, directement ou indirectement, interfère avec leurs productions et leurs rôles fondamentaux dans le cerveau de sujets infectés. Enfin, nous discutons des retombées pathophysiologiques de telles perturbations. Par la suite, nous présentons un premier article de recherche complété se concentrant justement sur la relation entre le VIH-1 et l'un de ces facteurs neurotrophiques, nommément la chimiokine fractalkine. Nous y présentons une relation de causalité entre l'infection d'astrocytes et la réduction de cette chimiokine autant au niveau transcriptomique que protéomique. Par des comparaisons directes avec d'autres cytokines exprimées par les astrocytes, nous mettons en évidence un dérèglement transcriptionnel spécifique de celle-ci. Ainsi, nous évoquons un mécanisme biologique particulier faisant intervenir des défauts dans le recrutement du facteur de transcription NF-κB au promoteur du gène codant pour la fractalkine. Ensuite, nous caractérisons les facteurs solubles produits de cellules infectées/activées connus pour jouer un rôle dans la sécrétion de la fractalkine par les astrocytes. La dernière partie de cet article confirme le potentiel neuroprotecteur de cette chimiokine contre l'apoptose neuronale lors d'une exposition à du milieu conditionné de cellules infectées. Nous terminons en proposant qu'un dérèglement dans la signalisation de la fractalkine dans le cerveau accentue le débalancement décrit en détail dans l'article précédent et puisse avoir des conséquences notables pour la survie neuronale. Pour finir, dans le cadre d'un deuxième projet de recherche, un autre chapitre de cette thèse est alloué à des données préliminaires mettant en lumière le potentiel anti-inflammatoire de la fractalkine. Les données présentées illustrent l'expression du récepteur correspondant sur des microglies, autant infectées que non-infectées, avec entre autres une réponse fonctionnelle à la fractalkine recombinante se traduisant par une modulation du profil inflammatoire. Par conséquent, cette étude aborde un autre rôle intrinsèque de ce facteur qui serait bénéfique dans l'optique de mieux contrôler l'activité microgliale parfois neurotoxique. D'autres investigations présentement en cours et prévues prochainement permettront idéalement d'approfondir cet aspect intéressant. Globalement, ces travaux de recherche de doctorat permettent une mise en perspective de la relation entre le VIH-1, la production de la fractalkine par les astrocytes et ses propriétés bénéfiques dans le cerveau sous des conditions neuroinflammatoires. Les données présentées ici permettent de laisser entrevoir une possible percée thérapeutique dans le but de mieux contrôler les symptômes d'ordre neurocognitifs associés à l'infection au VIH-1 qui, rappelons-le, demeurent prévalents.

Le virus de l’immunodéficience humaine de type-1 (VIH-1) a été identifié comme étant l’agent responsable de la pandémie qui frappe actuellement notre civilisation. En une trentaine d’années le virus à causé la mort de plus de 35 millions de personnes. Une telle épidémie dans l’histoire de l’humanité n’est pas une première; rappelons-nous dans le passé, la peste noire ou encore la grippe espagnole qui ont fait elles aussi des millions de morts. Cependant, pour la première fois dans l’ère moderne, nous avons la possibilité de lutter contre ce fléau grâce à l’étude approfondie de la biologie du virus qui a permis, entre autres, l’avènement de la trithérapie. Le VIH-1 acquiert un nombre impressionnant de molécules cellulaires tout au long de son cycle réplicatif. En dépit de tous les efforts consacrés à l’étude des molécules de l’hôte, le(s) mécanisme(s) exact par lequel toutes ces molécules sont acquises n'est toujours pas connu. Néanmoins, dans le cas d'ICAM-1, une des molécules transmembranaires les plus étudié il apparaît que le précurseur viral Pr55Gag est un candidat potentiel d'interaction avec ICAM-1. Par conséquent, nous avons étudié et caractérisé au niveau moléculaire le processus d'incorporation d'ICAM-1 en utilisant dans un premier temps un modèle de pseudo particules virales (VLPs) dérivé de Pr55Gag. La substitution de plusieurs domaines de Pr55Gag tels que la nucléocapside, SP2 et p6 n'ont pas eu d'effet sur son acquisition. Par la suite, nous avons démontré que la protéine de matrice (MA) est nécessaire à son incorporation. Nous avons confirmé ces résultats préliminaires en générant le mutant de matrice dans un clone moléculaire couramment utilisé en laboratoire (NL4.3). Des études complémentaires suggèrent que les deux tiers C-terminal de la MA sont importants et en particulier treize acides aminés présents dans l'hélice-α 5. De plus, en se basant sur la modélisation 3D des interactions protéines-protéines et en validant par la suite ces prédictions par immunocapture, nous avons trouvé qu'une série d'acides aminés acides de la MA interagit avec des acides aminés basiques présents sur le domaine cytoplasmique d'ICAM-1 et sont responsables de son incorporation. En résumé, nos résultats apportent de nouvelles connaissances dans le mécanisme moléculaire régissant l'acquisition d'ICAM-1, une molécule de l'hôte connu pour renforcer l'infectiosité virale et moduler la pathogénèse du VIH-1.

Le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1), agent causal du syndrome d'immunodéficience humaine (SIDA), est rapidement devenu pandémique suite à son identification en 1981. Les données statistiques publiées par l'Organisation des Nations Unies pour le Syndrome d'Immunodéficience Acquise (ONUSIDA) démontrent que, parmi les 34,3 à 41,4 millions de cas d'infection recensés en 2014, près de 70 % d'entre eux ont été répertoriés en Afrique subsaharienne et environ 6,5 % en Europe et en Amérique du Nord. L'Agence de la santé publique du Canada estimait, quant à elle, à près de 75 500 le nombre de personnes vivant avec le VIH-1 sur son territoire en 2014, dont environ 18 000 résidant au Québec. Malgré l'avènement de trithérapies contrôlant l'infection, à ce jour, aucune médicamentation n'en permet la guérison. La complexité de la pathogenèse virale menant à l'établissement d'une infection latente et à des comorbidités associées à l'état d'inflammation chronique est si considérable qu'aucun traitement ne peut encore enrayer la maladie. La recherche fondamentale et translationnelle, permettant de mieux comprendre le fonctionnement du système immunitaire en réponse à l'infection et d'associer plus efficacement ces avancées faites en laboratoire à la pratique médicale, sont donc primordiales. Les résultats présentés dans cette thèse abondent dans ce sens, puisqu'ils mènent à une meilleure compréhension du rôle que peut avoir le microbiote sur la susceptibilité à l'infection au VIH-1 des lymphocytes T CD4+ primaires, ce qui pourrait inspirer l'élaboration de composés médicamenteux limitant le dialogue entre les bactéries et les cellules permissives au virus. En effet, l'infection au VIH-1 peut être associée à un désordre du tractus gastro-intestinal menant à une translocation de bactéries de la lumière intestinale vers les muqueuses avoisinantes. Cette migration bactérienne semble influencer la susceptibilité à l'infection des lymphocytes T CD4+, mais encore aujourd'hui, tous les mécanismes ne sont pas parfaitement connus. Les deux études présentées dans ce manuscrit contribuent donc à l'avancement des connaissances dans le domaine puisqu'elles démontrent que 1) l'engagement du TLR2 semble entraîner la production de virus par les lymphocytes T CD4+ activés en favorisant l'activité de NF-B et la réplication virale chez les cellules CCR6+ et que 2) la sécrétion d'acétate (petit acide gras produit par la fermentation de composés non digestibles par les bactéries du tractus gastro-intestinal) semble promouvoir l'activation cellulaire et la diminution de l'activité des HDAC de classe 1 et 2 de sorte à accentuer l'intégration de l'ADN proviral dans le génome des lymphocytes T CD4+.