Thèses (M.Sc.A.)--Université de Sherbrooke (Canada), 1998. / Titre de l'écran-titre (visionné le 20 juin 2006). Publié aussi en version papier.

Reproduction de : Thèse d'exercice : Médecine vétérinaire : Toulouse 3 : 2008. / Titre provenant de l'écran titre. Bibliogr. p. 48-52.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Sciences agronomiques : Toulouse, INPT : 2005. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 325 réf.

Les campylobacters sont des bactéries zoonotiques responsables d'entérites chez l'homme. La viande de volaille est considérée comme une source importante de contamination. Il a été suggéré que les désinfectants et les stress subis par les bactéries au cours des procédures de nettoyage et désinfection et des procédés d'abattage des volailles puissent favoriser la sélection de gènes de résistance aux antibiotiques. Afin d'explorer cette hypothèse, des prélèvements dans 4 abattoirs de volailles ont été réalisés au cours de 9 visites. Les niveaux de résistance des campylobacters isolés ont été déterminés par la méthode de dilution en milieu gélosé pour 6 antibiotiques et 2 substances actives entrant dans la composition de désinfectants. Des souches isolées dans l'environnement des abattoirs après nettoyage et désinfection et sur les carcasses de volailles avant l'entrée en salle de ressuage, ont été génotypées avec la technique de PCR-RFLP des gènes pfla/gyrA et flaA. Nos résultats montrent d'une part que les campylobacters sont capables de survivre aux opérations de nettoyage et de désinfection dans les abattoirs de volailles, et que ces souches sont susceptibles de contaminer les carcasses de volailles. D'autre part, nos résultats indiquent que les opérations d'abattage et les procédures de nettoyage et désinfection dans les abattoirs de volailles ne semblent pas favoriser la sélection de souches de campylobacter résistantes aux antibiotiques.

Thesis (doctoral)--Veterinärhögskolan (Stockholm, Sweden), 1964. / At head of title: From the State Veterinary Medical Institute, Stockholm. eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references (p. 88-[95]).

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Thèse en cotutelle : « Université Laval, Québec, Canada, Philosophiæ doctor (Ph. D.) et Universidad de La Rioja Logrono, Espagne » / Les antibiotiques ont été largement utilisés comme promoteurs de croissance et prophylactiques pour prévenir les maladies dans l'élevage de volailles. En raison de l'urgence de la prévention de la propagation des bactéries multirésistantes, de nombreux gouvernements ont interdit leur utilisation comme facteurs de croissance. Malheureusement, ces mesures ne sont pas universellement appliquées et, comme effet secondaire, l'incidence des infections à Clostridium perfringens associées à l'entérite nécrotique (EN) a augmenté dans les pays où elles ont été interdites. En outre, des C. perfringens résistants apparaissent, mais comme ce microorganisme ne fait pas l'objet de programmes de surveillance, davantage d'informations sont nécessaires pour comprendre pleinement son profil de résistance. Tout cela souligne la nécessité de rechercher et de mettre en œuvre de nouvelles approches pour éviter l'utilisation d'antibiotiques chez les volailles. Les bactéries productrices de bactériocines (BAC+), capables d'inhiber la croissance de C. perfringens, constituent une bonne approche. Les entérocoques se caractérisent par la production de bactériocines (entérocines) et peuvent donc être utilisés à cette fin. Cependant, ces genres contiennent souvent des facteurs de virulence et des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Par conséquent, en raison de leur dualité en tant que pathogènes commensaux et opportunistes, une caractérisation plus approfondie de ces bactéries est nécessaire. C'est pourquoi l'utilisation de leurs entérocines pourrait être une approche encore meilleure et plus réaliste. Cette thèse tente de répondre à cette question en développant trois objectifs principaux. Le premier objectif était de caractériser au niveau génomique une collection d'isolats de C. perfringens provenant de volailles touchées par la NE. À cette fin, vingt isolats ont été caractérisés par séquençage du génome entier (WGS) et les données relatives à leur résistome, virulome, plasmidome, gènes de toxines et typage de séquences multilocus ont été analysés. Les résultats ont montré que les gènes tet (associés à la résistance à la tétracycline) étaient les gènes de résistance les plus fréquemment détectés et, fait intéressant, deux isolats portaient le gène erm (T) associé à la résistance à l'érythromycine, qui n'a été signalé que chez d'autres bactéries Gram-positifs. Douze des isolats ont été toxinotypés comme étant de type A et sept comme étant de type G. D'autres facteurs de virulence codant pour des hyaluronases et des sialidases, ainsi que des plasmides, ont été fréquemment détectés. Les types de séquences ont révélé une grande variabilité des isolats et de nouvelles combinaisons alléliques ont été trouvées. Parmi les isolats, C. perfringens MLG7307 présentait des caractéristiques uniques, même en l'absence du gène conservateur colA, ce qui suggère que cet isolat pourrait appartenir à une nouvelle classification. Dans l'ensemble, les résultats obtenus permettent de mieux comprendre les caractéristiques génomiques de C. perfringens et de mieux appréhender ce pathogène. Le deuxième objectif était de cribler et de caractériser les souches d'entérocoques d'origine avicole ayant une activité antimicrobienne contre C. perfringens. À cette fin, une collection de 251 entérocoques provenant de volailles a été criblée pour son activité antimicrobienne contre la collection de C. perfringens et des BAC+ ont été sélectionnées pour effectuer une analyse WGS en termes de profil de résistance aux antimicrobiens, de virulence, de plasmidome et de typage de séquences multilocus. Selon les résultats obtenus, des entérocoques potentiellement inoffensifs ont été sélectionnés pour tester la survie digestive dans les conditions de la volaille. Parmi tous les entérocoques, E. faecium X2893 et X2906 étaient les candidats les plus prometteurs pour des études ultérieures en tant que cultures protectrices pour l'élevage de volailles. Les deux souches appartiennent au type de séquence ST722, portent les gènes codant pour l'entérocine A et l'entérocine B, n'ont pas de gènes de résistance acquis, ne portent pas de plasmides, portent le gène acm impliqué dans la colonisation de l'hôte et ont montré des taux de survie élevés dans des conditions digestives in vitro chez la volaille. Ils sont donc de bons candidats pour être utilisés comme cultures protectrices dans des études à venir. Le dernier objectif était de produire et de purifier des entérocines ayant une activité contre la collection de C. perfringens et d'autres bactéries pathogènes pour la volaille. Les entérocines A, B, P, SEK4 et L50 ont été obtenues par synthèse peptidique en phase solide assistée par micro-ondes et leur activité antimicrobienne a été évaluée contre la collection de C. perfringens et d'autres bactéries pertinentes. Des combinaisons de ces entérocines, en fonction de leurs mécanismes d'action, ont été évaluées pour obtenir une synergie. Les résultats ont montré que les deux peptides de L50 étaient les plus actifs contre C. perfringens, L50A étant plus actif. Ces peptides ont également montré le spectre le plus large, étant actifs même contre Campylobacter coli ATCC 33559 et Pseudomonas aeruginosa ATCC 27855. Toutes les combinaisons testées ont montré une synergie ou une synergie partielle. Cette étude renforce l'idée d'utiliser les entérocines seules et en combinaisons synergiques pour inhiber la croissance de C. perfringens et d'autres agents pathogènes comme une alternative prometteuse aux antibiotiques dans le secteur de la volaille. En conclusion, l'utilisation d'entérocoques BAC+, et en particulier de leurs entérocines, représente une alternative très intéressante aux antibiotiques dans le secteur de la volaille. D'autres perspectives sur ce sujet pourraient inclure l'optimisation de la production d'entérocines et des études plus détaillées (toxicité, dégradation enzymatique, etc.), afin de s'assurer que leur utilisation est sûre. Les prochaines étapes pourraient également inclure des modèles d'infection in vivo afin d'évaluer leur efficacité dans la prévention de l'infection par C. perfringens. / Antibiotics have been widely used in therapeutic, prophylaxis and growth promotion in poultry farming. Due to the urgency of preventing the spread of multi-drug resistant bacteria, many governments have banned the use of antibiotics for growth promotion and are calling for a general reduction of these agents in food production, requiring alternatives to preserve human and animal health. Clostridium perfringens infections associated with necrotic enteritis (NE) are one of the major threats of the poultry sector. Antibiotic resistance in C. perfringens is emerging, but as this microorganism is not subject to surveillance programmes, more information is needed to fully understand its antibiotic resistance profile. All this underlines the need to deepen in the control of NE associated to C. perfringens in the poultry sector reducing the use of antibiotics. Bacteriocin-producing (BAC+) bacteria, capable of inhibiting the growth of C. perfringens provide a good approach. Enterococci are characterized by the production of bacteriocins (enterocins) and can therefore be used for this purpose. However, these genera often contain virulence factors and antibiotic resistance mechanisms. Hence, due to their duality as commensal and opportunistic pathogen, a deep characterisation of these BAC+ enterococci is required. For this reason, the use of their enterocins instead could be an even better and more realistic approach. This thesis attempts to address this issue through the development of three main objectives. The first objective was to characterise at the genomic level a collection of C. perfringens isolates from poultry affected by NE. To this end, twenty isolates were characterised by whole genome sequencing (WGS) and data on their resistome, virulome, plasmidome, toxin genes and multilocus sequence typing were analysed. The results showed that the tet genes (associated with tetracycline resistance) were the most common resistance genes detected and, interestingly, two isolates carried the erm(T) gene associated with erythromycin resistance, which has only been reported in other Gram-positive bacteria. Twelve of the isolates were toxinotyped as type A and seven as type G. Other virulence factors encoding hyaluronases and sialidases and plasmids, were frequently detected. Identified sequence types revealed a high variability of the isolates and new allelic combinations were found. Among the isolates, C. perfringens MLG7307 showed unique characteristics, even lacking the housekeeping gene colA, suggesting that this isolate could belong to a newspecies/variant. Overall, the results obtained provide insights into the genomic characteristics of C. perfringens and a better understanding of this pathogen. The second objective was to screen and characterise for safety enterococcal strains of poultry origin with antimicrobial activity against C. perfringens. To this end, a collection of 251 enterococci from poultry was screened for antimicrobial activity against the C. perfringens collection and BAC+ strains were selected to perform WGS analysis in terms of the resistome, virulence, plasmidome and multilocus sequence typing. According to the results obtained, potentially harmless selected enterococci were also tested for digestive survival under poultry conditions. Among all enterococci, E. faecium X2893 and X2906 were the most promising candidates for further studies as protective cultures for poultry farming. Both strains belong to sequence type ST722, carry the genes encoding enterocin A and enterocin B, have no acquired resistance genes, do not carry plasmids, contain the acm gene involved in host colonisation and showed high survival rates under in vitro poultry digestive conditions. They are therefore good candidates for use as protective cultures in future studies. The last objective was to produce and purify enterocins with activity against the C. perfringens collection and other relevant bacterial poultry pathogens. Enterocins A, B, P, SEK4 and L50 were obtained by microwave- assisted solid-phase peptide synthesis and their antimicrobial activity was evaluated against the C. perfringens collection and other relevant bacteria. Combinations of these enterocins, according to their mechanisms of action, were evaluated to achieve synergy. The results showed that the two peptides from L50 were the most active against C. perfringens, with L50A being more active. These peptides also showed the broadest spectrum, being active even against Gram-negative Campylobacter coli ATCC 33559 and Pseudomonas aeruginosa ATCC 27855. All combinations tested showed synergy or partial synergy. This study strengthens the idea of using enterocins alone and in synergistic combinations to inhibit the growth of C. perfringens and other pathogens as a promising alternative to antibiotics in the poultry sector. In conclusion, the use of BAC+ enterococci, and especially their enterocins, represents a very attractive alternative to antibiotics in the poultry sector. Further perspectives on this topic could include the optimisation of enterocin production and more detailed studied (toxicity, enzymatic degradation, etc), to ensure that their use is safe. Also, next steps can includen vivo infection models to assess their efficacy in preventing C. perfringens infection in poultry production. / Los antibióticos se han utilizado ampliamente en terapéutica, profilaxis y como promotores del crecimiento en producción aviar. Dada la necesidad urgente de prevenir la propagación de bacterias multirresistentes, muchos gobiernos han prohibido su uso como promotores del crecimiento en producción animal, y urgen en la necesidad de reducir de forma general el uso de antibióticos en este sector, requiriendo alternativas para preservar la salud humana y animal. Las infecciones por Clostridium perfringens asociadas con enteritis necrótica (EN) han aumentado en los últimos años en el sector avicola y suponen un gran problema, que exige una vigilancia estrecha. La resistencia a antibióticos esta aumentando en C. perfringens, pero como este microorganismo no está sujeto a programas de vigilancia, se necesita más información para conocer a fondo su perfil de resistencia. Todo esto resalta la necesidad de investigar en el control de la EN asociada a C. perfringens, aplicando nuevos enfoques para reducir el uso de antibióticos en producción aviar. Las bacterias productoras de bacteriocinas (BAC+), capaces de inhibir el crecimiento de C. perfringens, suponen un buen enfoque. Los enterococos destacan por la producción de bacteriocinas (enterocinas) y, por tanto, pueden utilizarse con este fin. Sin embargo, con frecuencia los enterococos contienen factores de virulencia y mecanismos de resistencia a los antibióticos. De ahí que, debido a su dualidad como comensales y patógenos oportunistas, sea necesario caracterizarlos exhaustivamente. Así pues, el uso de sus enterocinas podría ser un enfoque aún mejor y más realista. Esta tesis intenta abordar esta problemática mediante el desarrollo de tres objetivos principales. El primer objetivo fue caracterizar a nivel genómico una colección de aislados de C. perfringens procedentes de aves de corral afectadas por NE. Para ello, se caracterizaron veinte cepas mediante secuenciación del genoma completo (WGS) y se analizaron datos sobre su resistoma, viruloma, plasmidoma, genes de toxinas y tipificación molecular. Los resultados mostraron que los genes tet (asociados a la resistencia a la tetraciclina) eran los más frecuentes y fue de interés la detección de dos aislados que portaban el gen erm(T), asociado a la resistencia a la eritromicina, que sólo se ha descrito previamente en otras bacterias Gram-positivas. Doce de los aislados fueron toxinotipados como tipo A y siete como tipo G. También se detectaron con frecuencia otros factores de virulencia que codifican hialuronasas y sialidasas, así como plásmidos. El tipado molecular reveló una gran variabilidad de los aislados, hallándose incluso nuevas combinaciones alélicas. Entre los aislados, C. perfringens MLG 7307 mostró características únicas, careciendo del gen « housekeeping » colA, lo que sugiere que podría pertenecer a una nueva especie/variedad. En su conjunto, los resultados obtenidos permiten conocer mejor las características genómicas de C. perfringens y profundizar en el estudio de este patógeno. El segundo objetivo fue caracterizar los enterococos de origen aviar con actividad antimicrobiana frente a C. perfringens para garantizar su seguridad. Para ello, se examinó la actividad antimicrobiana de una colección de 251 enterococos de origen aviar frente a la colección de C. perfringens y se seleccionaron cepas BAC+ para realizar análisis de secuenciación masiva (WGS) y determinar así su resistoma, viruloma, plasmidoma y realizar la tipificación molecular. Posteriormente, se analizó la supervivencia digestiva en condiciones aviares de los enterococos potencialmente inocuos seleccionados. De entre todos los enterococos, E. faecium X2893 y X2906 fueron los candidatos más prometedores para futuros estudios como cultivos protectores. Ambas cepas pertenecen al linaje ST722, son portadoras de los genes codificantes de la enterocina A y la enterocina B, no tienen genes de resistencia a antibióticos adquiridos, no portan plásmidos, poseen el gen acm implicado en la colonización del hospedador y mostraron elevadas tasas de supervivencia in vitro bajo condiciones digestivas aviares. Por lo tanto, son buenos candidatos para se utilizados como cultivos protectores en estudios posteriores. El último objetivo fue producir y purificar enterocinas con actividad antimicrobiana contra la colección de C. perfringens y otros patógenos relevantes. Las enterocinas A, B, P, SEK4 y L50 se obtuvieron mediante síntesis peptídica en fase sólida asistida por microondas y se evaluó su actividad antimicrobiana frente a la colección de C. perfringens y otros patógenos. Se evaluaron diferentes combinaciones de estas enterocinas, seleccionadas según sus mecanismos de acción, para lograr sinergias. Los resultados mostraron que los dos péptidos de la enterocina L50 eran los más activos contra C. perfringens, siendo L50A el más activo. Estos péptidos también mostraron el espectro más amplio, siendo activos incluso frente a las bacterias Gram-negativas Campylobacter coli ATCC 33559 y Pseudomonas aeruginosa ATCC 27855. Todas las combinaciones estudiadas mostraron sinergia o sinergia parcial. Este estudio consolida la idea de emplear enterocinas solas y en combinaciones sinérgicas para inhibir el crecimiento de C. perfringens y otros patógenos como alternativa prometedora a los antibióticos en el sector avícola. En conclusión, el uso de enterococos BAC+, y especialmente de sus enterocinas, representa una alternativa muy atractiva a los antibióticos en el sector avícola. Entre las perspectivas futuras sobre este tema podrían figurar la optimización de la producción de enterocinas y estudios más detallados (toxicidad, degradación enzimática, etc.), para garantizar que su uso sea seguro. Asimismo, los próximos pasos pueden incluir modelos de infección in vivo para evaluar su eficacia en la prevención de la infección por C. perfringens.

Dans un contexte économique diversifié, complexe et instable, un modèle de gestion de la production et d’organisation du travail mobilisé par la quête de flexibilité est recherché par les entreprises. Cellesci choisissent d’externaliser des activités de production, des activités périphériques ou de recrutement, ce qui engendre la création de deux grandes catégories de travailleurs : les travailleurs internes, directement engagés par l’entreprise et les travailleurs externes, provenant d’une agence ou travaillant pour une entreprise sous-traitante. L’analyse de ces formes d’externalisation, se traduisant par une reconfiguration de la relation d’emploi, invite entre autres à s’interroger sur la définition de celle-ci, sur les conditions de travail et d’emploi qui sont offertes aux travailleurs externalisés ainsi que sur la manière dont ils doivent composer avec la gestion de l’insécurité et du risque. Cette recherche se veut donc une analyse comparée de l’impact de diverses configurations de l’externalisation sur les conditions de travail et d’emploi et sur la relation d’emploi. Plus précisément, elle cherche à savoir en quoi l’externalisation affecte les conditions de travail et d’emploi et elle s’attarde à identifier comment l’externalisation transforme la relation d’emploi. Afin de répondre à ces interrogations, cette recherche s’appuie sur une étude de cas multiple (N=9) menée dans le secteur agroalimentaire et plus précisément dans le segment transformation de la filière de la volaille, une filière qui recourt à diverses configurations de l’externalisation et qui est organisée en chaîne de valeur. La stratégie de collecte des données mobilise cinq sources d’informations (documentation, visite d’une usine, entretiens semi-dirigés, conventions collectives, offres d’emploi publiées). La diversification de l’échantillon permet d’effectuer des comparaisons sur les trois niveaux d’analyse possibles : micro, méso et macro. Il ressort des analyses qu’une détérioration des conditions de travail et d’emploi s’enregistre à mesure que l’on descend dans la chaîne de valeur. Plus précisément, trois facteurs sont susceptibles de faire varier les conditions de travail et d’emploi. Il s’agit effectivement de la position de l’entreprise ou de l’établissement dans la chaîne de valeur (pivot, sous-traitant), mais également de son type d’activité (abattage et première transformation ou seconde transformation) et de la configuration de l’externalisation (agences de placement de personnel ou sous-traitance). De plus, lors de cette recherche, quatre types de relations d’emploi ont pu être observées, soit des relations bipartites typiques, bipartites atypiques, multipartites en sous-traitance et multipartites en agences de placement de personnel. La comparaison de ces diverses modalités a permis de comprendre comment l’externalisation transforme la relation d’emploi classique, ainsi que les effets de cette transformation sur les conditions de travail et d’emploi. En s’intéressant à l’externalisation, cette recherche démontre que ce choix stratégique comporte des enjeux pour le travail et l’emploi (par exemple, difficulté d’application des normes minimales et de santé et sécurité du travail), mais également pour l’ensemble de la société. Elle met de plus en lumière les limites des théories classiques en relations industrielles dans l’explication du phénomène de l’externalisation et invite à leur renouvellement. Mots-clés : externalisation, agences de placement de personnel, sous-traitance, relation d’emploi, conditions de travail. / In an economic context that is diversified, complex and unstable, employers are turning towards production management and work organization models fostered by a quest for flexibility. By choosing to externalize their core, non-core or recruitment activities, they create two categories of workers: “internal workers” that have been hired directly by the company and “external workers” that have been hired through staffing agencies or subcontractors. These externalization strategies bring major changes to the employment relationship. This raises questions about the very definition of the employment relationship, the external workers’ working and employment conditions and the way they manage to deal with insecurity and risk. This research is a comparative analysis of the impact of different types of externalization on working and employment conditions and on the employment relationship. More precisely, this research aims to explain how externalization affects working and employment conditions and how it transforms the employment relationship. This research is based on multiple case studies (N=9) from the food industry. More specifically, companies were chosen in the poultry sector because they are known for externalizing many of their activities and because this sector is structured using the value chain model. Data was collected using five sources of information (business documentation, plant tour, semi-directed interviews, collective agreements and online job postings). A diverse sample made comparisons possible on all levels of analysis: micro, meso and macro. This study shows that working and employment conditions worsen as we move down the value chain. Three variables were found to explain this phenomenon: the company’s or the plant’s location on the value chain, its activities (first-stage and second-stage processing) and the types of externalization (staffing agencies or subcontractors). Four types of employment relationships were found in the poultry industry: two-party, standard relationships; two-party, nonstandard relationships; multiparty with subcontracting and multiparty with staffing agencies. Comparing these types of employment relationships allowed for a better understanding of how externalization transforms the traditional employment relationship and the effects of this transformation on working and employment conditions. By focussing on externalization, this research demonstrates that this strategic choice raises challenges for both work and employment (regarding, for instance, occupational health and safety or labour standards enforcement) as well as for society as a whole. Finally, this research highlights the many limits of the mainstream theories of the field of industrial relations in explaining the externalization phenomenon and argues in favour of their renewal. Keywords: externalization, staffing agencies, subcontracting, employment relationship, working conditions.

La chlamydiose aviaire, causée par la bactérie Chlamydia psittaci, représente un risque zoonotique important. L’infection chez l’animal est principalement asymptomatique, mais chez l’Homme elle peut entrainer des pneumopathies atypiques sévères et causer la mort dans les cas les plus graves. Les personnes infectées sont principalement celles exposées régulièrement à des oiseaux, particulièrement dans le cadre professionnel. En France, de nombreux cas humains sont liés à une exposition à des canards Mulard, espèce utilisée pour la production du foie gras. Afin d’évaluer la prévalence des Chlamydiaceae chez les volailles et de caractériser les souches circulantes, des suivis ont été réalisés à différents stades de l’élevage (couvoir, pré-gavage et gavage pour la filière canard, et abattoirs impliqués dans l’abattage de différentes espèces aviaires). Des prélèvements d’air et de poussières ainsi que des suivis sérologiques et biologiques de personnels volontaires ont été effectués en parallèle afin d’évaluer l’exposition des professionnels travaillant au contact des volailles. Des prélèvements environnementaux ainsi que des essais in vitro visant à étudier la survie de C. psittaci ont été réalisés afin de tenter de mieux caractériser les voies de contamination des oiseaux, ce qui pourrait, à terme, permettre de maitriser le risque de contamination par C. psittaci chez l’animal et donc de réduire l’exposition des professionnels. Les résultats ont démontré une prévalence importance de C. psittaci chez le canard Mulard, au contraire des autres volailles qui hébergent très majoritairement C. gallinacea. L’exposition des professionnels aux Chlamydia est réelle, tout au long du processus d’élevage des volailles, mais plus particulièrement en élevages de canards Mulard et à l’abattoir, aussi il convient pour les professionnels de se protéger à chaque contact avec les animaux. L’hypothèse d’une contamination environnementale des animaux se fait de plus en plus claire, avec notamment la mise en évidence d’un lien existant entre les procédures de nettoyage et désinfection et l’excrétion des canards, la description de la survie de C. psittaci en dehors de tout hôte vivant, ou encore la mise en évidence d’une possible survie de C. psittaci au sein d’A. castellanii. La mise au point de moyens de lutte efficaces permettant de réduire voire de supprimer l’excrétion chez les volailles est également nécessaire, dans le but de diminuer l’exposition des professionnels / Avian chlamydiosis is a factor of economic loss to the poultry industry as well as a risk for zoonotic transmission to human. Chlamydia psittaci is the primary avian chlamydial pathogen with zoonotic potential. Although being mainly asymptomatic in birds, it can cause a disease called “psittacosis” in humans, with severe atypical pneumonia that leads to death in the most severe cases. Persons affected are mainly those whose occupations put them at risk of exposure, and a number of recent reports in France have confirmed that most of the human cases seemed to be linked to poultry, especially mule ducks. Currently there is evidence suggesting that avian chlamydiosis in poultry involves a new chlamydial agent, namely C. gallinacea. In order to evaluate the presence of Chlamydiaceae in poultry and the exposure of workers, we conducted four studies in the poultry industries, in duck hatchery, breeding farms and slauhgterhouse, as well as a studie in two poultry slaughterhouses including samples from voluntary workers. Results showed an important asymptomatic carriage of C. psittaci by mule ducks and a real, invisible and unpredictable exposure of workers. The species C. gallinacea was really prevalent in poultry othe than ducks and we still ignore its impact on human. Contamination of animals on farm seems to be mainly made via the environment. In vitro studies have been done to examine the survival of C. psittaci as a function of temperature in a non-nutritiv middle and showed that viable bacteria were still detectable after two months. Finally, the possible interactions between C. psittaci and an amoeba, Acanthamoeba castellanii, were studied and seem to show that the bacteria was able to enter the amoeba but we still ignore if it can survive or not

L'objectif de ce travail est de contribuer à l'étude des mécanismes biochimiques responsables de l'amplitude de la diminution du pH post mortem dans le muscle pectoral des volailles. Le travail repose sur l'hypothèse selon laquelle la variabilité de l'activité de l'AMP désaminase (AMP, Adénosine MonoPhosphate), enzyme responsable de la désamination progressive de l'AMP en IMP dans le muscle post mortem, explique une part importante de la variation du pH ultime (pHu). En effet, l'AMP est un co-facteur de certaines enzymes de la glycogénolyse et de la glycolyse. Sa disparition dans le muscle post mortem entraîne donc une inactivation de ces voies métaboliques et de fait, un arrêt de la chute du pH. La première expérience réalisée chez la dinde (souche commerciale BUT9) permet de préciser 1) le rôle important du pHu dans le déterminisme des qualités organoleptiques et technologiques de la viande dans une situation expérimentale où l'on peut assurer que l'effet du pHu et du développement des défauts de type PSE (pale, soft and exudative) ne sont pas confondus et 2), la faible liaison entre le niveau des réserves énergétiques du muscle au moment de l'abattage (glycogène) et le pHu (r= -0.44, p <0.01, n= 64). La seconde étude montre que la liaison entre la concentration de glycogène à l'abattage dans le muscle pectoral et le pHu est significative chez les poulets Label à croissance lente et chez les poulets 'lourds' à croissance rapide (plus de 50 % de la variance du pHu expliqués), mais pas chez les poulets Standard à croissance rapide. Les poulets Standard présentent le pHu et l'activité de l'AMPd les plus élevés, comparés aux poulets Label et lourds. Néanmoins, les résultats ne permettent pas de confirmer clairement, et de manière définitive, l'hypothèse concernant le rôle de l'AMPd dans le déterminisme du pH ultime. En effet, la relation entre l'activité de l'AMPd et le pHu n'est pas significative intra-type génétique, mais seulement lorsqu'elle est calculée sur l'ensemble des animaux (r= 0.32, p <0.01, n= 90). Dans la troisième expérience, le modèle poulet (Standard vs Label) est conservé mais un facteur de variation potentiel et supplémentaire de l'amplitude de la chute du pH est introduit (mise à jeun avant l'abattage). Dans le but d'identifier d'autre protéines potentiellement impliquées dans le déterminisme du pHu, l'approche enzymatique est élargie à une approche plus globale de l'étude du protéome musculaire sur un souséchantillon d'animaux présentant des pHu différents pour un niveau de glycogène à l'abattage similaire. Dans ce sous-échantillon et chez les poulets Standard seulement, la liaison entre le pHu et l'activité de l'AMPd est forte (r= 0.77, p <0.01, n= 10). L'analyse du protéome montre une différence d'expression nette entre les deux groupes de poulets Label (pH bas et pH élevé pour une même concentration de glycogène) pour une enzyme clé de la biosynthèse de l'IMP et des nucléotides puriques (phospho-ribosyl-pyrophosphate synthétase; PRS1), une voie métabolique dans laquelle l'AMPd est impliquée. Ce dernier point, s'il ne milite pas directement en faveur de l'implication de l'AMPd, suggère toutefois que cette voie métabolique pourrait intervenir dans les mécanismes expliquant la variabilité du pH ultime.

Les campylobactérioses sont les infections intestinales bactériennes d’origine alimentaire les plus fréquemment rapportées au sein de l’Union Européenne et sont principalement associées à la consommation de viande de volailles. Une diminution de la colonisation intestinale des volailles par Campylobacter de 2 à 3 log10 UCF/g permettrait de réduire l’incidence des cas humains de 76 à 100 %. La vaccination aviaire constitue un moyen de lutte potentiel mais, malgré de nombreuses études, aucun vaccin commercial n’est actuellement disponible. L’objectif de ce projet a été d’identifier de nouveaux antigènes vaccinaux contre Campylobacter en appliquant la stratégie de la vaccinologie inverse et d’évaluer leurs pouvoirs immunogène et protecteur contre la colonisation intestinale des volailles. Sur la base de leur localisation subcellulaire, leur antigénicité, leur densité en épitopes B et leur homologie de séquence avec l’ensemble des souches de C. jejuni et C. coli, quatorze antigènes ont été sélectionnés. Six d’entre eux ont été produits et testés in vivo en appliquant un protocole vaccinal optimisé. Quatre antigènes ont montré des diminutions significatives de la charge intestinale des oiseaux de 2 à 4,2 log10 UFC/g associées à l’induction de réponses humorales spécifiques. L’immunogénicité de ces candidats vaccins et l’efficacité protectrice de deux antigènes ont été observées à nouveau. Ces premiers résultats montrent l’intérêt et la fiabilité de la vaccinologie inverse. L’évaluation du potentiel vaccinal de ces nouveaux antigènes doit être poursuivie et approfondie lors de futures expérimentations. / Campylobacteriosis is the most prevalent bacterial foodborne gastroenteritis reported in the European Union and is mainly associated to consumption of poultry meat. Reducing the intestinal colonization of broilers by Campylobacter from 2 to 3 log10 CFU/g could decrease human cases incidence by 76 to 100%. Vaccination of poultry could be a potential strategy but despite many studies, no efficient vaccine is available yet. The aim of this project was to identify new vaccine antigens against Campylobacter using the reverse vaccinology strategy and to assess their immune and protective powers against the avian intestinal colonization. Based on their sub-cellular localization, immunogenicity, B-epitopes density and their sequence conservation among C. jejuni and C. coli strains, fourteen antigens were selected. Six out of them were produced and in vivo tested according to an optimized avian vaccine protocol. Four antigens showed intestinal load decreases from 2 to 4.2 log10 CFU/g correlated with the induction of specific humoral responses. Vaccine candidates’ immunogenicity and the protective efficiency of two antigens were observed again. These first results highlight the interest and reliability of the reverse vaccinology. The assessment of these new antigens vaccine potential needs to be continued and deepened in next experiments.