"Des modes de production respectueux de l'environnement et du bien-être animal sont de plus en plus au centre des préoccupations des consommateurs d'oeufs de table québécois. La tendance actuelle dans la filière québécoise de la production d'oeufs est donc à l'adoption de production dans des cages offrant plus d'espaces aux poules, à des élevages sans cages (poules en liberté), à la production biologique, ... Selon les systèmes de logement adoptés par les producteurs, ou selon leur choix d'adopter la production biologique ou non, ceux-ci devront faire face à des risques liés à la biosécurité, à la qualité des oeufs, et aux normes de production qui sont différents. Les producteurs feront également face à des risques financiers différents, la variabilité des coûts de production et des prix des oeufs n'étant pas la même dans tous les modes de production. À l'aide d'une approche de programmation quadratique appliquée au modèle moyenne-variance espérée, nous analysons le comportement d'investissement des producteurs agricoles face aux multiples sources d'incertitudes liées à l'ensemble de leurs activités. Ce modèle est appliqué aux données recueillies auprès des producteurs d'oeufs de table au Québec afin de déterminer l'investissement optimal face aux risques et incertitudes dans ce secteur. L'implication immédiate de cette incertitude pour les producteurs est qu'elle entraîne une volatilité dans les résultats attendus. Les résultats dé cette étude révèlent que compte tenu de leur aversion au risque, les producteurs peuvent atteindre un niveau minimum de risque en consacrant leur ressource à la production la moins risquée (la production d'oeufs conventionnels) et cela leur assurerait un profit optimal. Les implications politiques de cette recherche sont importantes étant donné le changement structurel de la demande auquel fait face l'industrie des oeufs en faveur des oeufs de spécialité."

L’industrie de la volaille est en pleine croissance au cours des dernières décennies. Au Québec, les producteurs de volailles sont organisés en association dans une complexe chaîne d’approvisionnement. Cette chaîne suit les principes de l’agriculture contractuelle sur un marché basé sur la gestion de l’offre. La gestion de l’offre, parmi d’autres règles, établit le prix de vente de la volaille aux épiceries. Cependant, il existe un marché spécialisé pour la volaille où le prix de vente n’est pas contrôlé par la gestion de l’offre. Ce marché spécialisé comprend le besoin de volaille fraîche de la restauration et des rôtisseries. Il est beaucoup plus profitable pour les producteurs d’approvisionner ce marché spécialisé. La coopérative partenaire de cette recherche est formée par des producteurs de volailles pour abattre et vendre leur production. La coopérative veut ajouter de la valeur à ses propriétaires en augmentant sa participation au marché spécialisé de la volaille. Cependant, ses produits ne sont pas toujours dans le standard de poids requis par ce marché. Ce mémoire présente l’étude du cas de cette coopérative, afin d’améliorer leurs processus opérationnels et d’obtenir des produits dans le poids standard établi par le marché spécialisé. On propose donc une solution à ce problème avec l’emploi de la programmation mathématique. L’algorithme de séparation et d’évaluation progressive (branch-and-bound) est appliqué pour l’obtention des résultats. On a trouvé une solution à la formulation mathématique proposée au problème opérationnel de la coopérative. Bien que la solution ait été obtenue avec un écart d’optimalité de 20%, la coopérative a vu qu’il était possible de gagner du temps dans son processus opérationnel si la solution était adoptée. La coopérative a donc décidé de transformer ce prototype en un vrai logiciel pour la planification de l’élevage. / The poultry industry faces a strong growth in the last decades. In Québec, poultry producers are organized in associations within a complex supply chain. This chain follows the principles of the contract farming in a market based on supply management. The supply management, among other rules, establishes the sales price of poultry to grocery stores. However, there is a specialized market for the poultry where the sale price is not controlled by the supply management. This specialized market gathers the need of fresh poultry for the restaurants and rotisseries. It is much more profitable for the producers to supply this specialized market. The cooperative partner of this research is composed of poultry producers to slaughter and sell their production. This cooperative wants to add value to their owners by increasing participation in the specialized poultry market. However, their products are not always within the required weight. This master thesis presents the case study of the cooperative so that they can enhance their operational processes and have the products within the standard weight established by the specialized market. We propose a solution to this problem by using mathematical programming. The branch-and-bound algorithm is used for obtaining the results. We found a solution for the mathematical formulation proposed for the operational problem. Even though the solution was obtained with an optimization gap of 20%, the cooperative noticed an opportunity to save time on the daily work in its operational process if the solution is adopted. So, the cooperative decided to transform this prototype in a real software for their production planning.

Si l’objectif est d’optimiser l’utilisation des protéines par les volailles, l'utilisation d’un système d’acides aminés digestibles est probablement supérieure à la quantité totale d’acide aminé (tAA) présente dans le régime. Avec la quantité considérable d’informations présentes sur les valeurs nutritives d’acides aminés (AA) utilisées dans les régimes alimentaires de volailles, l’objectif de cette étude est de prédire la digestibilité d’AA basée sur une analyse proximale via une méta-analyse. Deux modèles ont été testés : 1) Y = digestibilité apparente des AA (AAdig, % diet) ; X = protéine brute (CP) (%) et 2) Y = AAdig (g/kg de DM) ; X = AA totaux analysés (tAA, g/kg de DM) dans lequel l’ordonnée à l’origine du graphique est la perte d’endogène (EL). Une base de données de 49 publications a été divisée en 5 sous-sections 1) céréales (orge, sorgho, blé et maïs), 2) tourteau de soja (SBM), 3) farines de viande et d’os (MBM) 4) La sous-section 1) ainsi que des fèves de faba et de pois pour étudier EL et 5) seulement des fèves de faba et des pois. L’étude et les ingrédients ont été inclus dans le modèle comme effets fixes. Pour les céréales, la prédiction des AAdig par CP est précise (R² de 0.68 pour Thr et de 0.92 pour Ala). La pente est différente selon le type de céréales (céréale x CP ; P < 0.05) pour la majorité des AA sauf pour le maïs qui n’a pas eu de relation significative avec CP (P > 0.05). Dans le SBM et MBM, l’effet étude améliore la précision des modèles. Des ordonnées à l’origine négatives, et significativement différent de 0 (P< 0.002), sont obtenus systématiquement avec les fèves de faba, les pois ainsi que l’orge. Ces derniers ont une haute EL probablement due à son contenu élevé en fibres ainsi qu’en facteurs antinutritionnels. Parmi les AA, les ordonnées à l’origine étaient plus élevées pour Glu, Leu, Ser, Thr, qui sont prédominants dans les digesta iléaux. En conclusion, la CP peut être un indicateur pour les AA digestibles dans la plupart des AA présents dans les céréales, mais pas pour les SBM et MBM. La perte endogène basale semble être influencée par les fibres brutes ainsi que les facteurs antinutritionnels. / The use of digestible amino acid system is certainly superior to total amino acids (tAA) in feed formulation, if the objective is optimizing protein use by birds. With considerable information reporting AA digestible values of ingredients used in broiler diets, the objective of this study was to predict amino acid (AA) digestibility based on proximal analysis of ingredient using a meta-analysis approach. Two models were performed: 1) Y = apparent digestible AA (AAdig, % diet); X = dietary CP (%) and 2) Y = AAdig (g/kg of DM); X = total analyzed AA (tAA, g/kg of DM) in which the intercept is the endogenous losses (EL). A database of 49 publications was divided in 5 sub-databases: 1) cereals (barley, sorghum, wheat and corn), 2) soybean meal (SBM), 3) meat and bone meal (MBM), 4) database 1 plus faba beans and peas to study El and 5) only peas and faba beans. The study and ingredient were included as fixed effects. In cereals, prediction of AAdig by CP was accurate (R² from 0.68 for Thr to 0.92 for Ala). The slope was different between cereals (cereal x CP; P < 0.05) for most AA, where corn did not respond to CP (P > 0.05). In SBM and MBM, the study effect improved the precision of the models. More negative intercepts, and significantly different from 0 (P< 0.002), were systematically obtained for faba beans, peas and barley indicating higher EL probably due to its high content of fiber and anti-nutritional factors. Among AA, intercepts were higher for Glu, Leu, Ser and Thr, which are predominant in the ileal digesta. In conclusion, CP can be a predictor of digestible AA of most AA for cereals, but not for SBM and MBM. Basal EL seems to be influenced by crude fiber and anti-nutritional factors.

Les souches bactériennes à Gram négatif sont répertoriées comme étant celles qui causent le plus de toxi-infections alimentaire au Canada. Parmi les aliments incriminés, la viande de volailles demeure le plus connu des véhicules de transmission de ces pathogènes. Le contrôle de la flore pathogène chez la volaille consiste non seulement de réduire le taux de mortalité en élevage mais également d'assurer une meilleure qualité microbiologique à l'arrivé aux abattoirs et par conséquent de produire des denrées salubres sans danger pour le consommateur. L'antibiothérapie et ± l'antibioprévention ¿ sont actuellement les seuls moyens utilisés pour contrer les problèmes sanitaire et économique liés aux pathogènes aviaires. Cependant le recours aux antibiotiques a connue ses limites, en raison de l'émergence de nouvelles souches pathogènes multi-résistantes causée par l'utilisation abusive de ces composés dans le secteur avicole. Récemment, de nouvelles stratégies de prévention ont été proposées comme alternatives aux antibiotiques pour réduire l'incidence des pathogènes entériques chez la volaille. Parmi ces stratégie, le recours aux probiotiques semble offrir les résultats les plus prometteurs. L'objectif général de ce projet de recherche était d'isoler et de caractériser à partir du microbiote colique de la volaille des souches ayant un fort potentiel d'utilisation comme probiotique en aviculture. Plusieurs isolats provenant de contenus intestinaux de volailles ont été isolées et caractérisées sur le plan microbiologique et biologique. Parmi ces isolats, vingt quatre isolats ayant démontré une activité inhibitrice contre des pathogènes Gram négatifs ont été utilisées. Sept de ces souches ont été retenues par la suite en raison de leur forte activité inhibitrice. Une caractérisation préliminaire des substances inhibitrices produites par ces souches a permis de retenir trois isolats produisant des composés de nature protéique, thermostable et de faible poids moléculaire très apparentés à des bactériocines.

Une gestion précise des apports de phosphore (P) aux volailles est un enjeu important dans le domaine de la production avicole où il demeure un nutriment essentiel pour les performances des oiseaux, mais se doit d’être utilisé de façon précise pour nourrir les plantes afin d’éviter les problèmes environnementaux qui y sont associés. Le but de ce travail de maîtrise était de simuler le devenir du P alimentaire chez le poulet de chair à l’aide de la modélisation mécaniste en 1) évaluant la digestibilité iléale du P chez le poulet de chair à l’aide de l’outil de méta-analyse, 2) simulant la croissance des tissus protéique et lipidique et 3) en estimant la répartition de ces minéraux dans les différents tissus pour moduler l’excrétion du P selon les objectifs de production (ex. : optimisation des performances, diminution de l’excrétion de P). Dans un premier temps, la méta-analyse a permis d’étudier les interactions entre le calcium (Ca), les différentes formes de P et la phytase microbienne (PhytM). De façon générale, les rations riches en P phytique (PP) et en Ca ont montré une réponse plus élevée en termes de P digestible à la PhytM. Dans un deuxième temps, le modèle a permis d’estimer la répartition du P et du Ca dans les différents tissus, et ce, selon différents apports phosphocalciques. Ces simulations ont accentué l’importance d’un ratio Ca:P équilibré pour une utilisation optimale des deux minéraux par les poulets de chair et ce ratio doit être mis en lien avec l’apport de P donné aux oiseaux. En effet, considérant que les deux se déposent ensemble au niveau de l’os sous la forme d’hydroxyapatite, si le premier est apporté en excès par rapport à l’autre, il sera excrété et ainsi perdu engendrant une perte économique pour le producteur. Ce travail de maîtrise a donc permis d’avoir une meilleure compréhension des mécanismes contrôlant l’utilisation digestive et métabolique de P en lien avec les apports de Ca et de phytase microbienne et de développer un modèle mécaniste permettant de simuler le devenir métabolique du P et du Ca chez le poulet de chair. Les connaissances générées contribuent au développement d’outil d’aide à la formulation répondant aux enjeux de la durabilité de la production avicole.

Le virus H5N1 hautement pathogène a été à l'origine d'importantes pertes humaines, animales et économiques dans tous les pays affectés. Nos études ont été pensées afin d'appréhender le problème complexe de la circulation et de la dissémination du virus H5N1 hautement pathogène de manière intégrée et transdisciplinaire en envisageant les problèmes sous des angles différents mais complémentaires. La première partie de ce manuscrit est consacrée à l'analyse de la dynamique de circulation du virus H5N1 en Asie du sud-est ainsi que dans la région du Cambodge et du Vietnam ce qui a permis de mieux comprendre la structure, la diversité, et l'origine des populations virales retrouvées au Cambodge. Cela a permis de décrire la succession des lignées virales introduites successivement dans le pays et d'en retracer les origines. Ce travail a aussi montré que depuis 2010 une nouvelle lignée endémique au Cambodge avait émergé et évolué à partir d'une lignée mère avant de donner naissance à un nouveau sous-clade (1.1.A). Ce travail s'est également concentré sur l'impact des mouvements de volailles sur la diffusion du virus au Cambodge ainsi que sur l'analyse des marchés de volailles vivantes comme réservoir potentiel du virus H5N1. Le rôle potentiel de l'environnement comme source d'infection humaine et animale a également été exploré dans ce travail. En effet, nos résultats montrent clairement que l'environnement des fermes à la suite d'épidémies ou que les échantillons environnementaux prélevés dans les marchés aux volailles vivantes étaient fortement contaminés par le virus aviaire. L'impact sur la survenue d'épidémies d'une évolution des pratiques des éleveurs, en particulier dans la manipulation des volailles et dans la déclaration de la mortalité, a été évalué et nous avons montré que des progrès avaient été réalisés avec le temps mais qu'il restait encore des progrès à réaliser, en particulier dans la manipulation des volailles. Nous avons également décrit la survenue d'épidémie chez des oiseaux sauvages et des chats au Cambodge et démontré le rôle que pourrait jouer dans la dissémination du virus et dans la contamination humaine une pratique bouddhiste qui consiste à relâcher des passereaux captifs. Mots-clés : virus H5N1, évolution virale, environnement, marchés aux volailles vivantes, Cambodge, Asie du sud-est, oiseaux sauvages, chats, transmission. / The Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) virus, subtype H5N1, has caused important human, animal and economical losses in all countries affected. This work was designed as a somehow transdisciplinary and integrative project to try addressing the complex problem of HPAI H5N1 virus circulation and spread through different complementary but related angles. The first domain to be addressed was that of the dynamics and evolution of the virus which allowed us to better understand the structure, diversity and origin of the viral populations found in Cambodia. It also allowed to determine the succession of lineages that were introduced in the country and to identify their origin. This work also demonstrated that since 2010 a novel lineage, endemic to Cambodia, has emerged and evolved from the mother lineage to become a genetically distinct sub-clade (1.1.A). This work also focused on the impact of poultry movement networks in the spread of avian influenza in Cambodia and on the analysis of live markets as potential HPAI H5N1 reservoirs. The potential role of the environment as a source of infection for both animals and humans was also explored in the work. Indeed, our data clearly demonstrated that the environment of the farms following an outbreak or the environmental samples collected from life bird markets were highly contaminated by H5N1 virus. The evolution in poultry workers behavior, especially poultry handling and poultry mortality report and their influence on the epidemics in Cambodia was analyzed and data demonstrated some improvements over the time but some key issues, especially in regards poultry handling, should still be addressed. The occurrence of outbreaks in captive wild birds and cats in Cambodia was also observed, whereas the final part of the manuscript demonstrated the potential role of the Merit Release Birds, used during some common Buddhist ritual in Asia, in the dissemination of virus to avian and human population. Key-Words: H5N1 virus, virus evolution, environment, Live Poultry Market, Cambodia, Southeast Asia, wild birds, cats, transmission.

La maladie de Newcastle (MN) et l'influenza aviaire (IA) sont des maladies virales d'importances majeures. L'aviculture malgache est dominée par de petits élevages familiaux. Plusieurs facteurs de risque d'IA et de MN décrits dans la littérature sont présents à Madagascar. Les objectifs de cette thèse sont de déterminer les facteurs de risque associés à la transmission des virus de la MN et de l'IA ; d'évaluer leur niveau de circulation et leur incidence clinique ; d'étudier le rôle des circuits de commercialisation des volailles dans leur diffusion et de proposer des mesures de surveillance adaptées.Les sites d'étude étaient Antananarivo et son pourtour, et le Lac Alaotra. Une étude exploratoire des facteurs de risque a été effectuée, suivie d'une.surveillance épidémiologique événementielle et d'une épidémiologie participative pour estimer l'incidence clinique des maladies. Le rôle des circuits commerciaux a été évalué par des méthodes d'analyse de réseaux sociaux.La circulation des 2 virus était plus importante au Lac Alaotra, caractérisé par les rizières, les eaux de surface et les palmipèdes. Les élevages de basse-cour et les élevages de poulets à haut niveau relatif de protection sanitaire étaient les plus à risque à la MN Antananarivo. Leurs profils de facteurs de risque étaient l'absence de mesure de biosécurité et un contact avec plusieurs marchés pour le premier ; et une densité élevée, les visites des auxiliaires d'élevage et des collecteurs d'œufs et un contact avec d'autres acteurs pour le second. Il n'y a pas de circulation d'IAH, la MN est la maladie dominante avec un taux de mortalité de 44%. Le rôle du circuit de commercialisation a été confirmé. Les villages ayant les plus fortes connexions commerciales étaient les plus exposés à la MN mais constituaient aussi des super-diffuseurs de virus. L'association de plusieurs méthodes de surveillance a été discutée pour en améliorer la sensibilité, la faisabilité pratique et l'efficacité. / Newcastle disease (ND) and avian influenza (AI) are major poultry viral diseases. Poultry production in Madagascar is dominated by smallholder family system. Several risk factors for both diseases described in the literature are present in Madagascar: The objectives of this thesis were to determine the risk factors associated with transmission of AI and ND viruses; evaluate the intensity of their transmission and their clinical incidence; study the role of poultry trade network in their spread and suggest surveillance adapted to local conditions.Study sites were: Antananarivo and its surrounding and the Lake Alaotra. An exploratory study of risk factors was carried out. Passive surveillance and participatory surveys were combined to assess the incidence and clinical impact of AI and ND. The role of poultry-trade network was assessed using social network analysis methods. Higher circulating level for both viruses was observed in Lake Alaotra which is characterized by large paddy fields and surface water, and a high density of domestic waterfowl. At the farm level, backyard chicken and chicken farms with some biosecurity awareness were associated with higher risk of ND in Antananarivo. Risk factors associated with them were lack of biosecurity measures and contact with many markets for the former, and a high density of poultry, high exposition to the visits of animal health workers, egg collectors and multiple interactions with other poultry stakeholders for the second. There was no evidence of HPAI circulation The major infection was ND with an overall mortality rate of 44%, within observed outbreaks. The role of poultry trade in the spread of these viruses was confirmed. Villages with the highest commercial connections were the most exposed to ND. They were also super-spreaders of these viruses. The relevance of the specific combination of several methods of surveillance was discussed to improve their sensitivity, practical implementation, and effectiveness.

Le virus de l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) de type H5N1 apparu en Chine en 1996 constitue une menace pour la santé humaine en raison de sa circulation endémique dans les volailles domestiques et de son potentiel zoonotique. La sévérité de l'infection liée à l'IAHP H5N1 est variable selon les espèces d'oiseaux: certains anatidés sont porteurs sains et asymptomatiques du virus tandis que dans les élevages de poulets, l'IAHP est fortement contagieux et caractérisé par des taux de mortalité supérieurs à 90%. Chez les humains, l'impact de l'IAHP H5N1 reste à ce jour modéré (630 cas humains dont 375 morts, World Health Organization Juin, 2013) en raison de la faible transmission du virus des volailles aux humains et d'humain à humain. Cependant, étant donné les taux de létalité élevés (>50%), un changement des modalités de transmission pourrait mener à un impact beaucoup plus élevé.<p>Depuis son émergence, l'IAHP H5N1 a eu un impact économique important dans de nombreux pays d’Asie du Sud-Est. La Thaïlande, pays qui fait partie des principaux exportateurs mondiaux de viande de volaille, a été sévèrement touchée par les multiples vagues épidémiques entre 2003 et 2005. Ces épisodes ont eu un impact sur les revenus des petits et moyens producteurs, mais également causé des pertes économiques importantes dans le secteur de la production intensive de volailles en raison de l'embargo imposé par les principaux marchés d'exportation. <p>L'objectif de ce travail est d’étudier quantitativement l'association entre la production intensive de la volaille et la distribution spatio-temporelle de l'IAHP H5N1 en Thaïlande. Deux approches ont été développées pour aborder cette étude: le développement d’une part de modèles statistiques visant à identifier les déterminants du risque d'IAHP H5N1, et d'autre part, de modèles mécanistiques visant à simuler des trajectoires épidémiques sur base de la connaissance des mécanismes de transmission de l'IAHP H5N1, de la structure du secteur de la production de volaille et des mesures d'intervention mises en place. <p>A l’aide de facteurs environnementaux et anthropogéniques, nous montrons que: (i) la distribution des canards domestiques en Asie peut être prédite en utilisant des modèles de régression non-linéaire, et (ii) la production de volailles peut être désagrégée entre production extensive et intensive sur base du nombre de volailles par éleveur. Enfin (iii), nous montrons en utilisant des arbres de régression boostés ("Boosted Regression Trees", BRT) que les principaux déterminants de la distribution du risque d'IAHP H5N1 sont les canards élevés en systèmes intensifs, le nombre de cycles de culture de riz et la proportion d'eau présente dans le paysage. Finalement, nous illustrons les potentialités des modèles mécanistiques pour évaluer l'efficacité des mesures d'intervention implémentées, tester des scénarios alternatifs d'intervention et identifier des stratégies optimales de prévention et d'intervention contre de futures épidémies<p> / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le secteur de la volaille au Canada est réglementé par un programme de gestion de l’offre contrôlant la production nationale et les importations. Celles-ci sont limitées par un contingent tarifaire par lequel un volume minimum ou contingent est taxé à un faible taux alors que toute importation excédentaire ou hors contingent est taxée à un taux élevé. Dans le cadre de l’Accord de Libre Échange Nord-Américain (ALÉNA), l’accès minimum au marché du poulet canadien a été fixé à 7,5 % de la production de l’année précédente. Toutefois, cet accès minimum pourrait faire l’objet de renégociations, même si la position américaine actuelle est que le Canada mette fin à ses programmes de gestion de l’offre pour le lait, le poulet, le dindon, les oeufs de table et les oeufs d’incubation. Des demandes d’élimination de la gestion de l’offre ont été formulées dans le passé par l’Union Européenne au début des négociations de l’Accord Économique et Commercial Global et par la Nouvelle-Zélande et les États-Unis lorsque le Canada a exprimé son intérêt à participer aux négociations du Partenariat Trans-Pacifique (PTP). Dans cette perspective, nous nous sommes basés sur les concessions canadiennes conclues dans le cadre du PTP pour déterminer l’effet d’une éventuelle expansion progressive du marché même si le PTP a été rejeté par l’administration du Président Trump. Par l’intermédiaire du modèle développé par Pouliot et Larue (2012) et des données mises à jour, nos simulations montrent que des augmentations de la part des importations dans le marché peuvent induire des hausses ou des baisses de prix le long de la chaîne d’approvisionnement, de la ferme au détail, dépendant des hypothèses faites concernant l’allocation des permis d’importation et des paramètres caractérisant les négociations de prix. Les résultats mettent en lumière l’importance des rapports de force et l’allocation des permis d’importations entre les différents acteurs le long de la filière canadienne du poulet. / The poultry sector in Canada is regulated by a supply management program which limits domestic production and imports. The latter are constrained by a tariff-rate quota that taxes at a low rate a minimum level of imports or quota and taxes at a high rate any imports in excess of the quota. Under the North American Free Trade Agreement (NAFTA), chicken imports must minimally represent 7,5% of the previous year’s production. However, this minimum access may be subject to renegotiation, although the current US position is that Canada terminate its supply management programs for milk, chicken, turkey, table eggs and hatching eggs. Requests for the elimination of supply management have been made in the past by the European Union at the beginning of the negotiations of the Global Economic and Trade Agreement and by New Zealand and the United States when Canada has expressed interest in participating in the Trans-Pacific Partnership (TPP) negotiations. In this perspective, we relied on Canadian concessions under the TPP to determine the effect of a possible gradual market expansion even though the TPP was rejected by the administration of President Trump. Using the model developed by Pouliot and Larue (2012) and updated data, our simulations show that increases in the share of imports in the market can induce price rises or falls along the supply chain from farm to retail, depending on the assumptions made regarding the allocation of import permits and the parameters characterizing the price negotiations. The results highlight the importance of the balance of power and the allocation of import permits among the various actors along the Canadian chicken industry.

Les travaux de recherche effectués dans le cadre de cette thèse ont été guidés par le manque d’information et une compréhension limitée des mécanismes épidémiologiques à l’origine de l’émergence et de la diffusion de la grippe aviaire hautement pathogène, souche H5N1 en Chine du Sud, aussi reconnue comme l’épicentre potentiel de l’émergence des virus influenza aviaires à caractères pandémiques. <p>Dans ce cadre, des données spatio-temporelles relatives aux foyers de la maladie ainsi que des données de surveillance virologiques (isolement du virus effectué dans le cadre du système de surveillance nationale) ont été collectées sur une période de quatre ans et analysées afin d’éxplorer les facteurs de risque relatifs à l’émergence et persistence de la maladie dans certaine zones de production du sud de la Chine. Les analyses ainsi effectuées ont permis d’identifier, à travers l’utilisation de méthodes statistiques robustes ayant fait leur preuve dans le domaine de la santé ou de l’écologie (la régression logistique classique et les arbres de regression logistique), des facteurs de risque liés à certains types de production de volailles (canards élevés en plein air, zones riches en eau et par extension associées à la riziculture) ou des facteurs associés à l’activité humaine. A travers une représentation cartographique des facteurs ainsi identifiés, des cartes de risque ont été produites permettant ainsi de visualiser d’une part les zones à haut risque de persistence de l’infection virale et d’autre part les zones vulnérables à l’apparition de foyers de la maladie, donnant aux autorités nationales la possibilité de mieux cibler leurs politiques de surveillance et de contrôle. <p>Dans un second temps, notre étude s’est portée sur les marchés à volailles traditionnels du sud de la Chine qui représentent un risque permanent de persistence, d’évolution et de diffusion des virus influenza aviaires, ainsi qu’un risque important en matière de santé publique. La dynamique de ces marchés et les liens qui les unissent ont été étudiés à travers des outils d’analyse empruntés à la sociologie tels que l’Analyse des Réseaux Sociaux (Social Network Analysis). Grace à cette approche, l’importance de l’hygiène de ces marchés et notamment du nettoyage et de la désinfection des cages dans la persistence du virus a été mise en évidence. Enfin, des enquêtes effectuées auprès des vendeurs de volailles ont permis d’identifier l’origine et la destination des animaux vendus et de reconstruire des réseaux plus ou moins intriqués de liens commerciaux qui unissent ces marchés entre eux dans trois provinces du sud de la Chine. L’analyse de ces réseaux et de leurs configurations ont permis d’identifier des marchés à plus haut risque de persistence de l’infection du fait de leur position centrale au sein de ces réseaux. De même qu’il est indispensable de cibler la surveillance et le contrôle de la maladie dans des zones écologiquement favorables à la persistence des virus influenza aviaires, cette étude révèle l’importance de certaines pratiques hygiéniques et commerciales dans la persistence de la maladie et la nécessité de cibler la surveillance et le contrôle au niveau de certains de ces marchés situés au centre d’un réseau dense et connecté, pour pouvoir in fine mieux contrôler la maladie au niveau national.<p> / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished