The aim of this project was to work towards developing a droplet-based microfluidic device which can perform cell lysis, Whole Genome Amplification (WGA) and storage of the amplified DNA. This would provide an automated biobanking device capable of high-throughput sample processing whilst shielding the samples from the sample loss and contamination commonly experienced by conventional, isolated sample handling methods.WGA has been examined using two commercially available WGA kits (GenomiPhi V2 and HY) to produce a continuous flow device that is capable of amplifying both human genomic DNA (gDNA) and bacterial plasmid DNA samples in nanolitre volume droplets. A positive effect of reducing reaction volumes on the amplification of bacterial plasmid DNA was shown by obtaining an increase in yield with decreasing volumes. It was shown, however, that a reduction in the volume of the WGA reaction has a negative impact on the amplification of human gDNA, in terms of both reduced yield and copy number variation (CNV). Furthermore, a novel method for reducing this CNV has been achieved by pooling the products of multiple reaction volumes. Finally, a cell lysis device has been developed which can perform rapid lysis of a human neuroblastoma cell line in continuously flowing droplets through addition of an alkaline solution.These devices provide an advantage over previously developed methods, displaying cell lysis of a human cell line and amplification of both human gDNA and plasmid DNA, while the continuous flow design of the devices allows for both high-throughput processing of samples and the future integration of the devices to form a μTAS biobanking device.

Apesar do grande desenvolvimento das biotecnologias da reprodução animal, como a produção in vitro de embriões (PIV), o diagnóstico genético pré-implantacional (PGD) ainda é aplicado com restrição na rotina da transferência de embriões em animais. Os recentes avanços da genômica têm permitido associar características fenotípicas com informações moleculares, possibilitando a realização da seleção assistida por marcadores moleculares. O objetivo do presente estudo foi de realizar o PGD de embriões bovinos em plataforma de alta densidade de SNP (BeadChip/6.909 SNP). A pequena quantidade de DNA genômico (gDNA) obtida na biópsia embrionária é a principal limitação para a análise de grande número de SNP. Dessa forma, a metodologia de amplificação total do genoma (WGA) (Repli-g Mini Kit, Qiagen, Hilden, Alemanha) foi utilizada para aumentar a quantidade de gDNA da biópsia e permitir a análise de milhares de SNP simultaneamente. Foram utilizados 88 embriões bovinos PIV, submetidos à micromanipulação pela técnica de microaspiração, possibilitando a formação de 3 grupos com diferentes números de células biopsiadas: G1) 5-10 (n=28); G2) 10-20 (n=37); G3) >100 - blastocisto eclodido (n=23). Todas as amostras foram submetidas ao mesmo protocolo de WGA e 4&micro;L de cada amostra foram utilizados para a genotipagem em plataforma iScan/Illumina. A qualidade dos genótipos foi avaliada pela análise do Call Rate (CR), 10o percentil do GCScore (GC10), Alelle Drop In (ADI) e Alelle Drop Out (ADO). O teste de Kruskal-Wallis foi utilizado para investigar diferenças na distribuição das variáveis entre os grupos. O coeficiente de correlação de postos de Spearman revelou correlação significativa entre todas as variáveis. Os resultados apresentaram correlação positiva entre o CR e GC10 (0,99/P<0,001), enquanto as taxas de ADI e ADO apresentaram correlação negativa com o CR e CG10 (ADI/CR: - 0,87; ADI/GC10:-0,88; ADO/CR:-0,87; ADO/GC10:-0,86), com P<0,001 para todas as variáveis. O teste de Kruskal-Wallis apontou para diferença significativa em todas as variáveis analisadas (CR, GC10, ADI e ADO) entre os 3 grupos de biópsias (G1, G2 e G3). O CR médio foi de 59,26%, 78,47% e 95,97%, para G1, G2 e G3, respectivamente. Foi desenvolvido programa computacional (mendelFix) baseado na Lei da Segregação, para inferência dos genótipos não determinados baseado no genótipo do progenitores, aumentando o CR dos grupos 1, 2 e 3 para 79,69%, 88,20% e 97,28%, respectivamente. Os resultados do presente estudo permitem concluir que é possível realizar a genotipagem de embriões bovinos em plataforma de alta densidade de SNP com amostras submetidas ao protocolo WGA/MDA, mas o número de células obtidas na biópsia embrionária afeta a qualidade da genotipagem. A associação das biotecnologias descritas no presente trabalho permite a aplicação da seleção assistida por marcadores moleculares em embriões bovinos, contribuindo para acelerar ainda mais o processo de melhoramento genético animal. / Despite the great development of animal reproduction biotechnology, such as embryo in vitro production (IVP), preimplantation genetic diagnosis (PGD) is still applied with restraint in animals embryo transfer. Recent advances in genomics have associated phenotypic characteristics with molecular information, allowing the development of marker assisted selection. The aim of this study was to perform PGD in bovine embryos using high-throughput SNP platform (BeadChip/6,909 SNP). The small amount of genomic DNA (gDNA) obtained from embryo biopsy is the main limitation for the high-density SNP analysis. Thus, the Whole Genome Amplification (WGA) (Repli-g Mini Kit, Qiagen, Hilden, Germany) was used to increase the amount of gDNA from embryo biopsy and allow the analysis of thousands SNP simultaneously. Eighty-eight IVP bovine embryos were subjected to micromanipulation by microaspiration, allowing the formation of three groups with different numbers of biopsied cells: G1) 5-10 (n=28); G2) 10-20 (n=37); G3) > 100 - hatched blastocyst (n = 23). All samples were subjected to the same WGA protocol, and 4&micro;L of each sample were used for genotyping on iScan/Illumina platform. The genotyping quality was assessed using the Call Rate (CR), 10th percentile GCScore (GC10), Alelle Drop In (ADI) and Alelle Drop Out (ADO). Kruskal-Wallis test was applied to investigate differences in the distribution of variables among groups. Spearman`s rank correlation coefficient revealed a significant correlation between all variables. The results showed a positive correlation between CR and GC10 (0.99/P <0.001), while ADI and ADO rates were negatively correlated with CR and CG10 (ADI/CR: -0.87; ADI/GC10: - 0.88; ADO/CR: -0.87; ADO/GC10: -0.86), P<0.001 for all variables. Kruskal Wallis pointed to significant differences in all variables (CR, GC10, ADO and ADI) among the 3 groups of biopsies (G1, G2 and G3). The CR average was 59.26%, 78.47% and 95.97% for G1, G2 and G3, respectively. Was developed a script (mendellFix) based on the \"Law of Segregation\", for inference of not determined genotypes based on the parents genotypes, thus increasing the CR of group 1, 2 and 3 to 79.69%, 88.20% and 97 28%, respectively. The results of this study show that it is possible to perform the genotyping of bovine embryos in highthroughput SNP platform with samples subjected to WGA/MDA protocol, but the number of cells obtained by embryo biopsy affects the quality of genotyping. The association of biotechnologies described in this work allows the application of marker-assisted selection in bovine embryo, contributing to further accelerate the process of animal breeding.

Apesar do grande desenvolvimento das biotecnologias da reprodução animal, como a produção in vitro de embriões (PIV), o diagnóstico genético pré-implantacional (PGD) ainda é aplicado com restrição na rotina da transferência de embriões em animais. Os recentes avanços da genômica têm permitido associar características fenotípicas com informações moleculares, possibilitando a realização da seleção assistida por marcadores moleculares. O objetivo do presente estudo foi de realizar o PGD de embriões bovinos em plataforma de alta densidade de SNP (BeadChip/6.909 SNP). A pequena quantidade de DNA genômico (gDNA) obtida na biópsia embrionária é a principal limitação para a análise de grande número de SNP. Dessa forma, a metodologia de amplificação total do genoma (WGA) (Repli-g Mini Kit, Qiagen, Hilden, Alemanha) foi utilizada para aumentar a quantidade de gDNA da biópsia e permitir a análise de milhares de SNP simultaneamente. Foram utilizados 88 embriões bovinos PIV, submetidos à micromanipulação pela técnica de microaspiração, possibilitando a formação de 3 grupos com diferentes números de células biopsiadas: G1) 5-10 (n=28); G2) 10-20 (n=37); G3) >100 - blastocisto eclodido (n=23). Todas as amostras foram submetidas ao mesmo protocolo de WGA e 4&micro;L de cada amostra foram utilizados para a genotipagem em plataforma iScan/Illumina. A qualidade dos genótipos foi avaliada pela análise do Call Rate (CR), 10o percentil do GCScore (GC10), Alelle Drop In (ADI) e Alelle Drop Out (ADO). O teste de Kruskal-Wallis foi utilizado para investigar diferenças na distribuição das variáveis entre os grupos. O coeficiente de correlação de postos de Spearman revelou correlação significativa entre todas as variáveis. Os resultados apresentaram correlação positiva entre o CR e GC10 (0,99/P<0,001), enquanto as taxas de ADI e ADO apresentaram correlação negativa com o CR e CG10 (ADI/CR: - 0,87; ADI/GC10:-0,88; ADO/CR:-0,87; ADO/GC10:-0,86), com P<0,001 para todas as variáveis. O teste de Kruskal-Wallis apontou para diferença significativa em todas as variáveis analisadas (CR, GC10, ADI e ADO) entre os 3 grupos de biópsias (G1, G2 e G3). O CR médio foi de 59,26%, 78,47% e 95,97%, para G1, G2 e G3, respectivamente. Foi desenvolvido programa computacional (mendelFix) baseado na Lei da Segregação, para inferência dos genótipos não determinados baseado no genótipo do progenitores, aumentando o CR dos grupos 1, 2 e 3 para 79,69%, 88,20% e 97,28%, respectivamente. Os resultados do presente estudo permitem concluir que é possível realizar a genotipagem de embriões bovinos em plataforma de alta densidade de SNP com amostras submetidas ao protocolo WGA/MDA, mas o número de células obtidas na biópsia embrionária afeta a qualidade da genotipagem. A associação das biotecnologias descritas no presente trabalho permite a aplicação da seleção assistida por marcadores moleculares em embriões bovinos, contribuindo para acelerar ainda mais o processo de melhoramento genético animal. / Despite the great development of animal reproduction biotechnology, such as embryo in vitro production (IVP), preimplantation genetic diagnosis (PGD) is still applied with restraint in animals embryo transfer. Recent advances in genomics have associated phenotypic characteristics with molecular information, allowing the development of marker assisted selection. The aim of this study was to perform PGD in bovine embryos using high-throughput SNP platform (BeadChip/6,909 SNP). The small amount of genomic DNA (gDNA) obtained from embryo biopsy is the main limitation for the high-density SNP analysis. Thus, the Whole Genome Amplification (WGA) (Repli-g Mini Kit, Qiagen, Hilden, Germany) was used to increase the amount of gDNA from embryo biopsy and allow the analysis of thousands SNP simultaneously. Eighty-eight IVP bovine embryos were subjected to micromanipulation by microaspiration, allowing the formation of three groups with different numbers of biopsied cells: G1) 5-10 (n=28); G2) 10-20 (n=37); G3) > 100 - hatched blastocyst (n = 23). All samples were subjected to the same WGA protocol, and 4&micro;L of each sample were used for genotyping on iScan/Illumina platform. The genotyping quality was assessed using the Call Rate (CR), 10th percentile GCScore (GC10), Alelle Drop In (ADI) and Alelle Drop Out (ADO). Kruskal-Wallis test was applied to investigate differences in the distribution of variables among groups. Spearman`s rank correlation coefficient revealed a significant correlation between all variables. The results showed a positive correlation between CR and GC10 (0.99/P <0.001), while ADI and ADO rates were negatively correlated with CR and CG10 (ADI/CR: -0.87; ADI/GC10: - 0.88; ADO/CR: -0.87; ADO/GC10: -0.86), P<0.001 for all variables. Kruskal Wallis pointed to significant differences in all variables (CR, GC10, ADO and ADI) among the 3 groups of biopsies (G1, G2 and G3). The CR average was 59.26%, 78.47% and 95.97% for G1, G2 and G3, respectively. Was developed a script (mendellFix) based on the \"Law of Segregation\", for inference of not determined genotypes based on the parents genotypes, thus increasing the CR of group 1, 2 and 3 to 79.69%, 88.20% and 97 28%, respectively. The results of this study show that it is possible to perform the genotyping of bovine embryos in highthroughput SNP platform with samples subjected to WGA/MDA protocol, but the number of cells obtained by embryo biopsy affects the quality of genotyping. The association of biotechnologies described in this work allows the application of marker-assisted selection in bovine embryo, contributing to further accelerate the process of animal breeding.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-03-04T18:04:54Z No. of bitstreams: 1 Alana Alves Farias Análise da marcação...2015.pdf: 1042656 bytes, checksum: 8c570ad74d5f6150c8fb9527f324b2d4 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-03-04T18:05:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Alana Alves Farias Análise da marcação...2015.pdf: 1042656 bytes, checksum: 8c570ad74d5f6150c8fb9527f324b2d4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-04T18:05:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alana Alves Farias Análise da marcação...2015.pdf: 1042656 bytes, checksum: 8c570ad74d5f6150c8fb9527f324b2d4 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz, Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / ntrodução e objetivos: O glioblastoma multiforme é um glioma de alto grau que apresenta um prognóstico ruim. O diagnóstico definitivo é estabelecido pela avaliação histológica, porém este pode apresentar conflitos na classificação, com isso surge à necessidade de ferramentas que auxiliem o patologista em sua análise. Atualmente, maior ênfase tem sido dada a alterações na glicosilação, pois estão associadas a neoplasias, e a descoberta da capacidade de lectinas em reconhecer tais alterações fez destas, ferramentas aplicáveis para o diagnóstico biomédico. Dessa forma, o objetivo deste trabalho é analisar a marcação das lectinas CpL, WGA e Con A em células da linhagem C6 e astrócitos. Métodos: As células foram cultivadas em condições estéreis, a 37ºC em atmosfera com 5 % de CO2 até atingirem confluência. Em seguida, foram lavadas com PBS e marcadas com as lectinas CpL, WGA e Con A numa concentração de 1 mg/ml, o controle negativo foi obtido com adição do carboidrato inibidor das lectinas (D-galactose, β-N-acetilglucosamina e glicose), respectivamente, numa concentração de 0,1 M. A incubação se deu por uma hora com proteção da luz, a análise foi realizada em microscópio de fluorescência. Para a quantificação em citometria de fluxo, as células foram marcadas obedecendo ao mesmo protocolo anterior, com exceção do tempo de incubação que se deu por 15 minutos. Posteriormente, as células foram lavadas, centrifugadas, transferidas para tubos e ressuspensas em PBS para a realização da leitura em citômetro. Resultados: A lectina CpL apresentou melhor marcação para os astrócitos, porém, ainda assim, mostra baixo desempenho comparado com as demais lectinas. Já a lectina WGA apresentou marcação eficiente tanto para astrócitos quanto para as células C6, esta última apresentou o dobro de emissão. Desta forma, é possível inferir que as lectinas CpL e WGA não são capazes de reconhecer diferenças importantes no perfil de glicoconjugados nas membranas das células C6 e dos astrócitos. Entretanto, a lectina Con A revelou marcação eficiente em relação às células C6 capaz de definir a forma celular, mostrando que há uma distribuição quase uniforme destes carboidratos ao longo da superfície da membrana, e ainda exibiu mediana de fluorescência cerca de 99 vezes superior em relação aos astrócitos. Assim, a Con A mostrou ser um marcador capaz de diferenciar as células da linhagem de glioma murino das células de cultura primária. Conclusão: Com base nestes resultados podemos inferir que a lectina Con A pode auxiliar numa identificação mais eficiente com possibilidade de um diagnóstico mais seguro. / Introduction and objectives: Glioblastoma multiforme is a high-grade glioma that has a poor prognosis. The definitive diagnosis is established by histological assessment. However, this can present conflicts in grading gliomas, which justifies new tools to assist the pathologist in his analysis. Currently, it is known that there are changes in glycosylation pattern of molecules associated with cancer, and the discovery of the ability of lectins to recognize these changes made these tools applicable for biomedical diagnosis. Thus, the aim of this study is to analyze the labelling of C6 and astrocyte lineage cells with fluorescent lectins CpL, WGA and Con A. Methods: The cells were cultured under sterile conditions at 37°C in an atmosphere with 5% CO2 until they reached confluence. They were then washed with PBS and labeled with CpL, WGA, or Con A lectins in a concentration of 1 mg/ml. Negative controls were incubated with the carbohydrate that competitively inhibits the reaction (D-galactose, β-N-acetylglucosamine and glucose, respectively), at a concentration of 0.1 M. The incubation occurred for one hour with protection from the light, the analysis was performed on a fluorescence microscope. For flow cytometry quantitation, cells were labeled following the same previous protocol, except that the incubation time was 15 minutes. Subsequently, the cells were washed, centrifuged, transferred to tubes and resuspended in PBS to carry out the reading on a cytometer. Results: The CpL lectin better labeled astrocytes. However, it showed a poor performance compared to other lectins. On the other hand, the WGA lectin efficiently marked both astrocytes and C6 cells; the latter presented the double emission compared to the former. Thus, it is possible to infer that the CpL and WGA lectins are not able to recognize important differences in the glycosylation profile in the membranes of C6 cells and astrocytes. However, the lectin Con A efficiently marked C6 cells, defining their morphology and showing that there is a nearly uniform distribution of glucose along the surface of the membrane, which was not observed in astrocytes. This also exhibited a median fluorescence about 99 times greater than that obtained for astrocytes. Thus, Con A showed to be a marker capable of differentiate cells of murine glioma lineage from primary astrocytes. Conclusion: Based on these results we can infer that the Con A lectin may be a tool for a more efficient identification of glioma cells in histopathological analysis.

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Mestrado em Ciências Forenses / Master Degree Course in Forensic Sciences / A possibilidade de analisar amostras com quantidades exíguas de material genético (amostras Low Copy Number ou LCN), em que estão presentes apenas algumas células, tem alterado a forma de encarar a cena do crime. Alguns vestígios que até agora não eram considerados como susceptíveis de proporcionarem resultados, podem actualmente ser analisados com sucesso. As impressões digitais são um bom exemplo. Estes vestígios apresentam um baixo número de células, permitindo apenas recuperar quantidades de DNA inferiores a 100 pg. Assim, para a análise do DNA nuclear, é necessário implementar sistemas muito sensíveis que consistem, habitualmente, no aumento do número de ciclos da PCR. Contudo, alguns artefactos são produzidos, tornando difícil a interpretação dos electroforectogramas. Neste trabalho pretendeu-se comparar a aplicação do estudo de STR autossómicos, Y-STR e miniSTR na análise genética de impressões digitais, partindo do conceito do aumento do número de ciclos como estratégia para se obter maior sensibilidade. Procedeu-se também à amplificação total do genoma e nested-PCR, como métodos alternativos ao aumento do número de ciclos. Adicionalemente, neste estudo tentou-se perceber a influência dos principais métodos reveladores de impressões digitais (cianoacrilato, pó magnético e pó branco) na análise do DNA. Os resultados mostram que o aumento do número de ciclos é a melhor opção como método para aumentar a sensibilidade. Constata-se também que o DNA extraído de impressões digitais encontra-se parcialmente degradado, obtendo-se diferenças significativas entre loci com fragmentos de amplificação menores e maiores do que 200 pb. Dos diferentes marcadores caracterizados verifica-se que, em termos de percentagem de alelos detectados, os miniSTR proporcionam os melhores resultados. Por outro lado, os Y-STR parecem altamente sensíveis à degradação ou presença de inibidores, pelo que são menos robustos para este tipo de análises. Verifica-se também que os perfis LCN são drasticamente afectados por artefactos, principalmente os derivados de variação estocástica, como o allele dropout e o desequilíbrio heterozigótico. A determinação de perfis de consenso permite reduzir alguns destes artefactos. Dos métodos de revelação estudados, o cianoacrilato é o que apresenta menor influência na análise e, pelo contrário, o pó branco provoca os resultados mais negativos. / The possibility to perform low copy number DNA typing, when just a few cells are available, as changed the way how crime scene investigations is faced. Nowadays it is possible to successfully type some evidence that couldn t be considered until now. Fingerprints are a good example of those. Since that just a few cells are present in this evidence (enabling recovery of low quantities of DNA, fewer than 100pg) just very sensitive systems can detect nuclear DNA. The most used method is definitely increasing the number of PCR cycles. However, increased occurrence of stutters and artifacts that reduced the quality of the DNA profile is normally observed. The present work aimed to compare the application of autosomic STR, Y-STR and miniSTR markers, based on the concept of increased number of PCR cycles as a strategy to achieve more sensitivity. Some other methods, such as whole genome amplification and nested-PCR, were also evaluated as an alternative way to reach the desired sensitivity. Another goal was to determine the influence of several reagents for developing latent fingerprints (cyanoacrylate fuming, magnetic powder and white powder) in DNA typing. The results shows that increasing the number of PCR cycles still is the best way to attain the required sensitivity. Moreover we could realize that DNA was partially degraded, once there were observed significant differences between loci larger and smaller than 200bp. Among all markers miniSTR showed to perform the best results in terms of detected alleles percentage. On the other hand, Y-STR seemed to be highly affected in the presence of degraded DNA and PCR inhibitors, which makes them less robust for these analyses. LCN profiles are significantly affected by artifacts, like allele dropout and heterozygous imbalance, derived from stochastic fluctuation. Reporting consensus profiles reduces artifact inherent errors. Finally, cyanoacrylate proved to have a minimum negative effect on DNA profiling, while white powder was the worst reagent.

Vagal sensory afferent innervation corresponds to regulation of neurogenic inflammation in the airways. Capsaicin is mostly used for stimulation of sensory nerves that induce pain and inflammatory responses. It can specifically stimulate sensory afferent nerves, inducing neurogenic inflammation in the airways. According the past studies, we have found the right thoracic vagus nerve (RTVN) and right recurrent laryngeal nerve (RRLN); branches of right thoracic vagus trunk (RTVT) mediate different degree of neurogenic inflammation by intraenous injection of capsaicin (300 nmol/ml/kg). In order to investigate the innervation from the RTVN and RRLN of rat tracheobronchi and their involvement in plasma exudation, we injected 3 £gl of capsaicin (10 mg/ml) into RTVT and denervated the RRLN or RTVN and used India ink as tracer dye to label the leaky microvessels. Our observation indicated that injection of capsaicin into the RTVT coud induce obvious plasma exudation in trachea (area density of leaky blood vessels was about 22%), but plasma exudation was significantly decreased after denervation of RRLN. The left upper side of trachea was decreased by 77.6% and the right upper side decreased by 84.5%. This phenomenon was not caused by denervation of RTVN. The results suggest that vagal nerve innervation of upper trachea mostly came from the RLN. Otherwise, capsaicin injection into the RTVT also induced neurogenic inflammation in the larynx. Experimental denervation of both superior and recurrent laryngeal nerves resulted in a decrease of plasma extravasation by 84.98%. Denervation of either RTVN or RRLN also decreased the plasma extravasation in the larynx. The evidence suggest that sensory fibers in the superior laryngeal nerve, recurrent laryngeal nerve, and thoracic vagus nerve might come from the same population of vagal ganglion sensory neurons.

Studiens syfte är att bidra till att beskriva hur tidningarna The New York Times, The New York Post och The Hollywood Reporter har rapporterar om manusförfattarstrejken i Hollywood som var 2007–2008 och den som var 2023, kontra hur de tidningarna har förändrats i deras rapportering. Uppsatsen utgår från Norman Faircloughs kritiska diskursanalys som både teori och metod, samt användning av komparativ metod. Studien empiriska material är artiklar från när de båda strejkerna precis innan och efter de började 2007 och 2023. Resultatet visar att alla tre tidningar har ändrat deras sätt på hur de rapporterar sina nyheter från 2007 till 2023. The New York Post har blivit mer konservativ genom åren och tenderade att skriva mer negativt om Writers Guild of America (WGA) 2023 än vad de gjorde 2007. The New York Times har gått från att vara en relativt neutral tidning 2007 till att öppna sin tidning för WGA-medlemmar och låta dem skriva debatterande artiklar på deras hemsida. The Hollywood Reporter har gått från att vara positiva för WGA tills att vara helt öppet på deras sida och även de har öppnat sin tidning för WGA-medlemmar att skriva anonyma artiklar om vadsomhelst under och efter strejken.

1) Aims To explore the ultrastructure of interstitial cells in the upper lamina propria of the human bladder, to describe the spatial relationships and to investigate cell-cell contacts. 2) Methods Focused ion beam scanning electron microscopy (FIB-SEM), 3-View SEM and confocal laser scanning microscopy were used to analyze the 3D ultrastructure of the upper lamina propria in male and female human bladders. 3) Results 3View-SEM image stacks as large as 59µm x 59µm x 17µm (xyz) at a resolution of 16nm x 16nm x 50 nm and high resolution (5nm x 5nm x 10nm) FIB-SEM stacks could be analyzed. Interstitial cells with myoid differentiation (mIC) and fibroblast like interstitial cells (fIC) were the major cell types in the upper lamina propria. The flat, sheet-like ICs were oriented strictly parallel to the urothelium sheet-like morphology. No spindle shaped cells were present. We furthermore identified one branched cell (bIC) with several processes contacting urothelial cells by penetrating the basal membrane. This cell did not make any contacts to other ICs within the upper lamina propria. We found no evidence for the occurrence of telocytes in the upper lamina propria. 4) Conclusions Comprehensive 3D-ultrastructural analysis of the human bladder confirmed distinct subtypes of interstitial cells. We provide evidence for a foremost unknown direct connection between a branched interstitial cell and urothelial cells of which the functional role has still to be elucidated. 3D-ultrastructure analyses at high resolution are needed to further define the subpopulations of lamina propria cells and cell-cell interactions.