Face à la rapidité des changements climatiques, les arbres doivent faire preuve de plasticité phénotypique. Les mécanismes épigénétiques font partie des pistes de recherche actuelles pour expliquer la plasticité phénotypique. Cette thèse visait à évaluer le rôle de la méthylation de l’ADN dans la plasticité phénotypique d’un organisme pérenne séquencé, le peuplier, en réponse à des variations de disponibilité en eau du sol. Les travaux, combinant écophysiologie et épigénomique, se sont focalisés sur le méristème apical caulinaire, centre de la morphogenèse de la tige feuillée. Trois résultats majeurs sont issus de cette thèse : i) Chaque état hydrique est associé à un méthylome et un transcriptome spécifiques, ii) Certaines régions différentiellement méthylées sont conservées dans le temps et entre contextes environnementaux, iii) Des lignées RNAi hypométhylées soumises à différents contextes hydriques présentent une réponse modifiée. Les résultats acquis lors de cette thèse appuient une contribution de la méthylation de l’ADN à la plasticité phénotypique et suggèrent un rôle des mécanismes épigénétiques dans la mémoire d’un stress chez les arbres. / Due to rapid climate changes, trees must exhibit phenotypic plasticity. Epigenetic mechanisms are part of current research to explain phenotypic plasticity. This thesis aimed to evaluate the role of DNA methylation in phenotypic plasticity of a perennial sequenced organism, poplar, in response to variations in soil water availability. The work, combining ecophysiology and epigenomics, focused on the shoot apical meristem, the center of morphogenesis of the leafy stem. Three major results emerge from this thesis: (i) Each hydric state is associated with a specific methylome and transcriptome, (ii) Some differentially methylated regions are conserved in time and between environmental contexts, (iii) Hypomethylated RNAi lines subjected to different contexts show a modified response. The results obtained during this thesis support a contribution of DNA methylation to phenotypic plasticity and suggest a role of epigenetic mechanisms in stress memory in trees.

[Truncated abstract] Industrial processing to refine alumina from bauxite ore produces millions of tonnes of refining residue each year in Australia. Revegetation of bauxite residue sand (BRS) is problematic for a number of reasons. Harsh chemical conditions caused by residual NaOH from ore digestion mean plants must overcome extremely high pH (initially >12), saline and sodic conditions. At such high pH, manganese (Mn) is rapidly oxidised from Mn2+ to Mn4+. Plants can take up only Mn2+. Thus, Mn deficiency is common in plants used for direct BRS revegetation, and broadcast Mn fertilisers have low residual value. Added to this, physical conditions of low water-holding capacity and a highly compactable structure make BRS unfavourable for productive plant growth without constant and large inputs of water as well as Mn. However, environmental regulations stipulate that the residue disposal area at Pinjarra, Western Australia, be revegetated to conform with surrounding land uses. The major land use of the area is pasture for grazing stock. Hence, pasture revegetation with minimum requirement for fertiliser and water application is desirable. This thesis investigates a number of avenues with potential for maintaining a productive pasture system on BRS whilst reducing the current level of Mn fertiliser and irrigation input. Emphasis was placed on elucidation of chemical and physical factors affecting Mn availability to plants in BRS