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The ecology of small mammal communities found in set-aside and adjacent farm land was investigated to determine the ecological consequences of set-aside land to small mammals. Field work was carried out for two years at three study sites in NE Scotland. First Aldroughty farm, a mosaic of set-aside, crop and semi-natural land. The two remaining study sites; Ythan Lodge at Newburgh, and Fraser's farm near Aldroughty, were whole fields of set-aside. Wood mice <i>Apodemus sylvaticus</i>, bank voles <i>Clethrionomys glareolus</i> and field voles <i>Microtus agrestis</i> were trapped in the habitat mosaic at Aldroughty, and wood mice and field voles in the set-aside at Newburgh. Wood mice had higher densities, greater survival, heavier weights, longer breeding seasons and more juveniles at Aldroughty than Newburgh. These differences were thought to be due to a difference in habitat productivity between the two sites. Field voles showed less of a difference in population dynamics between Aldroughty and Newburgh, and both species of vole maintained populations at low density. The home range size of 33 wood mice was measured using radiotelemetry. At both study sites home range size was smaller than in other habitats revealed by other studies. The apparently anomalous results obtained, of low population densities and small home range sizes of wood mice in the set-aside at Newburgh, may have been due to predation from cats <i>Felis catus</i>. Wood mice showed no clear habitat preference, nesting and foraging in all habitat types, while both vole species showed almost exclusive preference for rough grassland. An assessment of the habitat characteristics of the study sites showed that there was heterogeneity in the vegetation communities found in set-aside.

Annotation The thesis deals with an influence of linear landscape elements and landscape heterogeneity on a biodiversity and population dynamics of small terrestrial mammals (STM) in an agricultural landscape of South Bohemia. The theoretical part consists of literally review about landscape, historical analysis of landscape structures development in the area of interest and summarizes existing knowledge about the ecology of present STM species. The aim of the practical part is to compare small mammals' biodiversity in three biotopes using capture-release-recapture method. The thesis follows my bachelor thesis and uses the same methods as in 2013. Data obtained in 2013 and 2015 were evaluated and the results were compared. In both years three three-days long captures were performed, always with 30 traps in 5 meters distance in every biotope. The species, sex, weight, foot length and age of captured animals were determined. In 2013, 60 individuals of three species of small terrestrial mammals were captured (Apodemus sylvaticus, Myodes glareolus and Microtus arvalis). In 2015, 444 individuals of four species were captured (Apodemus sylvaticus, Myodes glareolus, Microtus arvalis and Apodemus flavicollis). The total numbers of STM significantly differ between 2013 and 2015 (Wilcoxon's pair test, Z = 2,66; p = 0,008). The biotopes differ significantly in animal abundance in both 2013 (Chi-Square 114,1; d. f. = 2; p < 0, 0001) and 2015 (Chi-Square 346,96; d. f. = 2; p < 0, 0001). The highest species diversity and abundance were always found in linear landscape element (alley).

Le Morvan et les Cévennes sont des massifs protégés pour leur paysage et leur biodiversité exceptionnels. Cependant dès la Protohistoire, ces régions réputées pour la qualité de leur environnement ont été le lieu d’activités minières et métallurgiques. Les effets de telles activités peuvent être rémanents sur les écosystèmes, il est donc important dans un premier temps de les localiser, puis de quantifier leur impact sur la faune et la flore. Le présent travail propose une démarche pluridisciplinaire alliant archéologie, géochimie, écologie et écotoxicologie. L’application de méthodes statistiques empruntées à la prospection minière a permis de dresser des cartes de potentiel minier, supposées guider l’archéologue dans ses recherches de terrain. Des cartes de distribution spatiale des éléments traces métalliques ont été construites sur six sites (trois dans chaque parc). La biodisponibilité des éléments traces métalliques a été estimée sur des mulots, des truites et des bryophytes. Bien que la plupart de ces éléments semblent appartenir à la fraction non-extractible des sols, la part biodisponible restante peut être détectée dans des bioindicateurs. Une relation négative entre les indices de condition et la concentration en plomb dans les animaux, et dans certains cas une plus grande instabilité de développement a été trouvée, suggérant la présence d’effets délétères sur les organismes. L’impact des anciens sites miniers et métallurgiques est donc toujours décelable dans les écosystèmes actuels. Ces sites doivent être surveillés, notamment au sein des zones protégées supposées à tort comme éloignées de toutes contaminations anthropiques. / The Morvan and the Cevennes Massifs are nowadays protected for their outstanding landscape and biodiversity. However since Prehistory, these regions experienced mining and smelting activities. Because of remnant properties, locating these ancient sites is capital and then impact on fauna and flora must be estimated. This present work is based in on a pluridisciplinary approach combining archeology, geochemistry, ecology and ecotoxicology. Statistical methods, from modern prospection technique, have been applied in order to delineate geochemical anomalies, potentially due to mining exploitation and thus facilitate the archeological prospection. Spatial distribution maps of trace metals were built on six sites (three in each park). Biodisponibility was assessed thanks to the analyses of wood mice, trout and bryophytes. Even if it seems that most of these elements belong to the non-extractible fraction of soil, the remaining bioavailable trace metals can be detected in the bioindicators. A negative relationship between Pb concentrations in animals and their body condition indices was found, and in some cases developmental instability was higher, suggesting deleterious effect on current wildlife. As a consequence, the impact of past mining and smelting works is still traceable in ecosystems. For this reason, these sites should be monitored, particularly in protected areas thought to be relatively free of anthropogenic contamination.

En intégrant cette étude dans un contexte d'écologie du stress, l'objectif général de cette thèse est d'une part d'évaluer l'exposition et les effets des éléments traces métalliques (ETMs)et du parasitisme chez le mulot sylvestre (apodemus sylvaticus) et d'autre part de contribuer au développement de marqueurs d'exposition et d'effets toxiques non létaux. Au cours de trois sessions de capture, des individus ont été collectés dur 30 sites localisés autour de l'ancienne fonderie de Metaleurop (Nord-Pas-de-Calais) les concentrations en Cd et Pb ont été mesurées dans les organes cibles (foie et reins) et dans les poils des mulots. différents biomarqueurs d'effets toxiques létaux et non létaux ont également été mesurés. Le nombre important de mulots prélevé (n=886) a permis d'étudier l'influence des caractéristiques individuelles (âge et sexe) et des caractéristique paysagères sur les réponses des biomarqueurs. Les résultats indiquent que les concentrations en ETMs des animaux vivants sur les sites les plus contaminés s'avèrent significativement plus importantes que celles mesurées sur les autres sites. En outre, plus de 25% des mulots provenant des sites des plis pollués présente des concentrations supérieures aux seuils toxiques et ont donc un risque accru de développer des pathologies (œdème, cancers). Par ailleurs, cette étude révèle également que ETMs chez le mulot est influencée par les caractéristiques, individuelles (âge et sexe), par l'occupation des sols et qu'elle varie en fonction de la session de capture. De plus, les résultats montrent que les concentrations ETMs [...] et les caractéristiques paysagères modulent les prévalences de certains parasites. En effet, la richesse parasitaire augmente chez les individus les plus exposés aux ETMs. Ces concentrations influencent également les différents biomarqueurs d'effets létaux [...] et non létaux [...]évalués. Ces résultats illustrent donc l'intérêt du développement de biomarqueurs on létaux pour l'évaluation des effets toxiques des ETMs les plus élevées présentent des atteintes au niveau individuel [...] et au niveau cellulaire [...] Cependant, étant donnés les effets potentiels de parasitisme sur la santé de la faune sauvage, les liens de causalité entre la présence d' ETMs et les atteintes observées sont discutables. Ce travail de thèse souligne l'intérêt des approches multi-stress dans le cadre de l'évaluation de la santé de la faune sauvage. / By integrating this study in a stess-ecology Framework, the aim of this thesis is to assess exposure and effects of trace metals (TMs) and parasitism on wood mouse[…] and to contribute to the development of non-lethal exposure and toxicity makers […].This study also reveals that the accumulations of the TMs in wood mice is influenced by individual characteristics […] and landscape features and varies according to the trapping session. In addition, results show that the concentrations of TMs […] and landscape characteristics modulate the prevalence of some parasites. […].However, given the potential effects of parasitism on animals’ health, the causal links between the presence of TMs and observed alterations are questionable. This work emphasizes the importance of multi-stress approaches on wildlife’s health assessment.