A ocorrência de rearranjos genômicos que afetam um mesmo segmento cromossômico sugerem a presença de mecanismos de recombinação envolvendo regiões cromossômicas críticas suscetíveis a alterações patogênicas. A deleção/duplicação parcial da região crítica 4p16.3 pode estar associada a doenças genômicas raras como a Síndrome de Wolf-Hirschhorn (WHS, OMIM 194190). Condição essa que ocorre devido à alteração de genes contíguos na região 4p16.3. A WHS apresenta um amplo espectro fenotípico, associado a um transtorno do desenvolvimento, alterações craniofaciais, deficiência de crescimento pré e pós-natal, deficiência intelectual, atraso do desenvolvimento psicomotor grave, convulsão e hipotonia. Essa condição tem uma prevalência estimada de 1:50,000 nascimentos e tem sido relatada mais frequentemente em mulheres do que em homens (2:1). Este estudo teve como objetivo geral realizar uma caracterização citogenômica da região cromossômica 4p16.3 em indivíduos com suspeita clínica de síndrome de Wolf-Hirschhorn (WHS) através de uma análise integrativa utilizando diferentes abordagens metodológicas. Além disso, objetivamos classificar os tipos de alterações cromossômicas na região 4p16.3 detectados nas amostras estudadas; mapear os pontos de quebra cromossômicos na região 4p16.3; determinar a posição genômica da alteração; e determinar a relevância clínica dos genes envolvidos na manifestação da WHS Um perfil citogenômico foi estebelecido em 16 amostras biológicas de indivíduos com WHS por meio de métodos de citogenética classica e citogenética molecular, bem como por meio de análise de interação gênica utilizando-se ferramentas da biologia de sistemas. Esta pesquisa envolveu a investigação da organização cromossômica á partir da detecção de rearranjos cromossômicos na região 4p163 e do estudo sobre localização, estrutura, função e expressão de genes relacionados a WHS. Identificamos 16 alterações estruturais envolvendo a região 4p16.3. No total, foram mapeadas 12 deleções terminais 4p, 1 deleção intersticial 4p, 2 cromossomos em anel do cromossomo 4 e um derivativo do cromossomo 4 (der4), produto desbalanceado originado de uma translocação t(4;8)(p16.3;p23.1). As deleções envolvendo a região 4p16.3 apresentaram extensão variável, desde 3,7 Mb a 26 Mb. A determinação da região cromossômica de sobreposição comum (SRO) permitiu a identificação de sete genes candidatos (FGFR3, LETM1, WHSC1, NELF-A, C4orf48, NAT8L e POLN) relacionados à WHS. Baseando-se nos dados obtidos por meio da análise citogenômica e da análise de interação gênica, este trabalho propõe uma região de 330 kb na região 4p16.3 como envolvida na susceptibilidade à microcefalia e convulsões no contexto da sindrome de Wolf-Hirschhorn. / The occurrence of genomic rearrangements that affect the same chromosomal segment suggests the presence of recombination mechanisms involving specific critical chromosomal regions. Chromosome rearrangements in the 4p16.3 region can involve variable size deletions associated with Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS, OMIM 194190), a contiguous gene deletion syndrome characterized by typical craniofacial features, pre and postnatal growth deficiency, intellectual disability, severe delay in psychomotor development, seizures and hypotonia. In this study, we performed a cytogenomic integrative analysis combining classical cytogenetic methods, fluorescence in situ hybridization (FISH), chromosomal microarray analysis (CMA), and systems biology strategies. The goal was to establish the cytogenomic profile involving the 4p16.3 critical region and suggest WHS-related intracellular cell signaling cascades. The cytogenetic and clinical patient profiles were evaluated. We characterized 12 terminal deletions, one interstitial deletion, two ring chromosomes, and one classical translocation 4;8. CMA allowed delineation of the deletions, which ranged from 3.7 to 25.6 Mb with breakpoints from 4p16.3 to 4p15.33 Furthermore, the smallest region of overlapping (SRO) encompassed seven genes encompassing seven candidate genes (FGFR3, LETM1, WHSC1, NELF-A, C4orf48, NAT8L and POLN) in a terminal region of 330 kb in the 4p16.3 region, suggesting this region for susceptibility to convulsions and microcephaly. Therefore, molecular interaction networks and topological analysis were performed to understand these WHS-related symptoms. Our results suggest that specific cell signaling pathways, including dopamine receptor, NAD+ nucleosidase activity, and fibroblast growth factor-activated receptor activity are associated with the diverse pathological WHS phenotypes and their symptoms. Additionally, we identified 29 hub-bottlenecks (H-B) nodes with a major role in WHS. In conclusion, cytogenomic profiling brings comprehensive and valuable new information which could help to understand the phenotypic spectrum of WHS.

A ocorrência de rearranjos genômicos que afetam um mesmo segmento cromossômico sugerem a presença de mecanismos de recombinação envolvendo regiões cromossômicas críticas suscetíveis a alterações patogênicas. A deleção/duplicação parcial da região crítica 4p16.3 pode estar associada a doenças genômicas raras como a Síndrome de Wolf-Hirschhorn (WHS, OMIM 194190). Condição essa que ocorre devido à alteração de genes contíguos na região 4p16.3. A WHS apresenta um amplo espectro fenotípico, associado a um transtorno do desenvolvimento, alterações craniofaciais, deficiência de crescimento pré e pós-natal, deficiência intelectual, atraso do desenvolvimento psicomotor grave, convulsão e hipotonia. Essa condição tem uma prevalência estimada de 1:50,000 nascimentos e tem sido relatada mais frequentemente em mulheres do que em homens (2:1). Este estudo teve como objetivo geral realizar uma caracterização citogenômica da região cromossômica 4p16.3 em indivíduos com suspeita clínica de síndrome de Wolf-Hirschhorn (WHS) através de uma análise integrativa utilizando diferentes abordagens metodológicas. Além disso, objetivamos classificar os tipos de alterações cromossômicas na região 4p16.3 detectados nas amostras estudadas; mapear os pontos de quebra cromossômicos na região 4p16.3; determinar a posição genômica da alteração; e determinar a relevância clínica dos genes envolvidos na manifestação da WHS Um perfil citogenômico foi estebelecido em 16 amostras biológicas de indivíduos com WHS por meio de métodos de citogenética classica e citogenética molecular, bem como por meio de análise de interação gênica utilizando-se ferramentas da biologia de sistemas. Esta pesquisa envolveu a investigação da organização cromossômica á partir da detecção de rearranjos cromossômicos na região 4p163 e do estudo sobre localização, estrutura, função e expressão de genes relacionados a WHS. Identificamos 16 alterações estruturais envolvendo a região 4p16.3. No total, foram mapeadas 12 deleções terminais 4p, 1 deleção intersticial 4p, 2 cromossomos em anel do cromossomo 4 e um derivativo do cromossomo 4 (der4), produto desbalanceado originado de uma translocação t(4;8)(p16.3;p23.1). As deleções envolvendo a região 4p16.3 apresentaram extensão variável, desde 3,7 Mb a 26 Mb. A determinação da região cromossômica de sobreposição comum (SRO) permitiu a identificação de sete genes candidatos (FGFR3, LETM1, WHSC1, NELF-A, C4orf48, NAT8L e POLN) relacionados à WHS. Baseando-se nos dados obtidos por meio da análise citogenômica e da análise de interação gênica, este trabalho propõe uma região de 330 kb na região 4p16.3 como envolvida na susceptibilidade à microcefalia e convulsões no contexto da sindrome de Wolf-Hirschhorn. / The occurrence of genomic rearrangements that affect the same chromosomal segment suggests the presence of recombination mechanisms involving specific critical chromosomal regions. Chromosome rearrangements in the 4p16.3 region can involve variable size deletions associated with Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS, OMIM 194190), a contiguous gene deletion syndrome characterized by typical craniofacial features, pre and postnatal growth deficiency, intellectual disability, severe delay in psychomotor development, seizures and hypotonia. In this study, we performed a cytogenomic integrative analysis combining classical cytogenetic methods, fluorescence in situ hybridization (FISH), chromosomal microarray analysis (CMA), and systems biology strategies. The goal was to establish the cytogenomic profile involving the 4p16.3 critical region and suggest WHS-related intracellular cell signaling cascades. The cytogenetic and clinical patient profiles were evaluated. We characterized 12 terminal deletions, one interstitial deletion, two ring chromosomes, and one classical translocation 4;8. CMA allowed delineation of the deletions, which ranged from 3.7 to 25.6 Mb with breakpoints from 4p16.3 to 4p15.33 Furthermore, the smallest region of overlapping (SRO) encompassed seven genes encompassing seven candidate genes (FGFR3, LETM1, WHSC1, NELF-A, C4orf48, NAT8L and POLN) in a terminal region of 330 kb in the 4p16.3 region, suggesting this region for susceptibility to convulsions and microcephaly. Therefore, molecular interaction networks and topological analysis were performed to understand these WHS-related symptoms. Our results suggest that specific cell signaling pathways, including dopamine receptor, NAD+ nucleosidase activity, and fibroblast growth factor-activated receptor activity are associated with the diverse pathological WHS phenotypes and their symptoms. Additionally, we identified 29 hub-bottlenecks (H-B) nodes with a major role in WHS. In conclusion, cytogenomic profiling brings comprehensive and valuable new information which could help to understand the phenotypic spectrum of WHS.

Orientador: Andrea Trevas Maciel-Guerra / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T11:52:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Freitas_TaniaMariaVulcanide_M.pdf: 5345190 bytes, checksum: 2223d2c248e01f6b4429e51d1e015069 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Este trabalho teve por objetivo demonstrar a aplicação das técnicas de citogenética molecular(FISH,CGHe SKY)na resoluçãode casosde anomaliasestruturaise mixoploidias que não puderam ser solucionadospelas técnicas de citogenéticaclássica, e ainda de casos com suspeita de anomalias estruturais que não haviam sido comprovadas pelas mesmas técnicas. Para isso, foram estudados 23 pacientes pertencentes a 21 famílias, que foram divididosem quatro grupos de acordocom a técnica de citogenéticamoleculara ser utilizada para cada caso.A utilização das técnicas de citogenéticamolecular (FISH,CGH e/ou SKY) permitiu uma caracterização rápida e precisa ou, ao menos, uma interpretação mais aprofimdada das aberrações cromossômicas estruturais em 10 dos 11 pacientes em que a citogenética clássica não havia sido suficiente para a correta definição dos segmentos cromossômicos envolvidos, devido à falta de um padrão de bandas coerentes e reconhecíveis. Além disso, permitiu a detecção de deleções sub-microscópias em dois dos nove pacientes com quadro clínico sugestivo da síndrome de Wolf-Hirschhom-SWH (deleção do braço curto do cromossomo 4) e afastou a hipótese de uma deleção envolvendo o gene PAX6 em uma família cujo caso-índice apresenta aniridia e translocação equilibrada As técnicas de citogenética molecular demonstraram ser poderosas ferramentas a serem incorporadas à rotina laboratorial, uma vez que permitiram uma visualização mais detalhada de toda a arquitetura genômica, resultando na identificação da origem de fromentos de origem desconhecida, da I estrutura de rearranjos cromossômicos complexos, e de pequenas alterações não reconhecíveis pela citogenética clássica / Abstract: Unbalanced chromosome rearrangements comprise about 3% of alI chromosome aberrations in newborns. Dependingon the chromosome(s)involved in the rearrangement, they may lead to growth disturbance,mental and motor retardation, congenital anomalies, sterilityand(or) disordersof gonadalfunction.Diagnosisis madedifficult due to the fact that classical cytogenetic studies do not allow detection of abnormaIitieswith a DNA length of less than 5-10Mb. In addition, chromosome rearrangements with uncommon banding patterns, such as marker chromosomesor complex translocationsinvolving many different breakpoints, are a difficult task to c1assicalcytogenetic analysis. Molecular cytogenetic techniques (jIuorescencein situ hybridisation- FISH, comparativegenomic hybridisation- CGHand pectralkaryotyping-SKY)becamepowerfultools to fast and accurate diagnosisof numeric and structuraIchromosomeabnormalities.TIúswork was carried out to demonstrate the usefulness of molecular cytogenetics to deaI with cases which could not be solved by c1assicaltechniques. Twenty three individuaIs belonging to 21 families were analyzed in order to get an accurate diagnosis ofnumeric and structural chromosome rearrangements (11 cases); investigate the existence of a 4p deletion in individuaIs with the Wolf-Hirschhom syndrome (WHS) phenotype and normal karyotype; and to analyze in detail a family in which the index case has both aniridia and a baIanced translocation inherited from the father and the mother, respectively. Molecular techniques were of great help to a precise identification or at least a better comprehension of numeric and structural chromosome rearrangements. In addition, in two ofthe nine patientswithWHSphenotypea 4p16.3deletioncouldbe detected;in the other cases, an anaIysisof another criticalregion in the short arm of chromosome4 wouldhave to be performed. Concemingthe family with both aniridia and baIancedtranslocation,a PAX6 gene deletion was not detectedwith the availableprobes, thus indicatinga greater possibility of an intragenic mutation. This work was able to demonstrate the great applicability of molecular cytogenetic studies in the investigation of chromosome abnormaIities,specially whenprecededby a thoroughclinicalevaluationand a classicalkaryotypeof good quality / Mestrado / Genetica Medica / Mestre em Ciências Médicas

A ocorrência de rearranjos genômicos que afetam um mesmo segmento cromossômico sugerem a presença de mecanismos de recombinação envolvendo regiões cromossômicas críticas suscetíveis a alterações patogênicas. A deleção/duplicação parcial da região crítica 4p16.3 pode estar associada a doenças genômicas raras como a Síndrome de Wolf-Hirschhorn (WHS, OMIM 194190). Condição essa que ocorre devido à alteração de genes contíguos na região 4p16.3. A WHS apresenta um amplo espectro fenotípico, associado a um transtorno do desenvolvimento, alterações craniofaciais, deficiência de crescimento pré e pós-natal, deficiência intelectual, atraso do desenvolvimento psicomotor grave, convulsão e hipotonia. Essa condição tem uma prevalência estimada de 1:50,000 nascimentos e tem sido relatada mais frequentemente em mulheres do que em homens (2:1). Este estudo teve como objetivo geral realizar uma caracterização citogenômica da região cromossômica 4p16.3 em indivíduos com suspeita clínica de síndrome de Wolf-Hirschhorn (WHS) através de uma análise integrativa utilizando diferentes abordagens metodológicas. Além disso, objetivamos classificar os tipos de alterações cromossômicas na região 4p16.3 detectados nas amostras estudadas; mapear os pontos de quebra cromossômicos na região 4p16.3; determinar a posição genômica da alteração; e determinar a relevância clínica dos genes envolvidos na manifestação da WHS Um perfil citogenômico foi estebelecido em 16 amostras biológicas de indivíduos com WHS por meio de métodos de citogenética classica e citogenética molecular, bem como por meio de análise de interação gênica utilizando-se ferramentas da biologia de sistemas. Esta pesquisa envolveu a investigação da organização cromossômica á partir da detecção de rearranjos cromossômicos na região 4p163 e do estudo sobre localização, estrutura, função e expressão de genes relacionados a WHS. Identificamos 16 alterações estruturais envolvendo a região 4p16.3. No total, foram mapeadas 12 deleções terminais 4p, 1 deleção intersticial 4p, 2 cromossomos em anel do cromossomo 4 e um derivativo do cromossomo 4 (der4), produto desbalanceado originado de uma translocação t(4;8)(p16.3;p23.1). As deleções envolvendo a região 4p16.3 apresentaram extensão variável, desde 3,7 Mb a 26 Mb. A determinação da região cromossômica de sobreposição comum (SRO) permitiu a identificação de sete genes candidatos (FGFR3, LETM1, WHSC1, NELF-A, C4orf48, NAT8L e POLN) relacionados à WHS. Baseando-se nos dados obtidos por meio da análise citogenômica e da análise de interação gênica, este trabalho propõe uma região de 330 kb na região 4p16.3 como envolvida na susceptibilidade à microcefalia e convulsões no contexto da sindrome de Wolf-Hirschhorn. / The occurrence of genomic rearrangements that affect the same chromosomal segment suggests the presence of recombination mechanisms involving specific critical chromosomal regions. Chromosome rearrangements in the 4p16.3 region can involve variable size deletions associated with Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS, OMIM 194190), a contiguous gene deletion syndrome characterized by typical craniofacial features, pre and postnatal growth deficiency, intellectual disability, severe delay in psychomotor development, seizures and hypotonia. In this study, we performed a cytogenomic integrative analysis combining classical cytogenetic methods, fluorescence in situ hybridization (FISH), chromosomal microarray analysis (CMA), and systems biology strategies. The goal was to establish the cytogenomic profile involving the 4p16.3 critical region and suggest WHS-related intracellular cell signaling cascades. The cytogenetic and clinical patient profiles were evaluated. We characterized 12 terminal deletions, one interstitial deletion, two ring chromosomes, and one classical translocation 4;8. CMA allowed delineation of the deletions, which ranged from 3.7 to 25.6 Mb with breakpoints from 4p16.3 to 4p15.33 Furthermore, the smallest region of overlapping (SRO) encompassed seven genes encompassing seven candidate genes (FGFR3, LETM1, WHSC1, NELF-A, C4orf48, NAT8L and POLN) in a terminal region of 330 kb in the 4p16.3 region, suggesting this region for susceptibility to convulsions and microcephaly. Therefore, molecular interaction networks and topological analysis were performed to understand these WHS-related symptoms. Our results suggest that specific cell signaling pathways, including dopamine receptor, NAD+ nucleosidase activity, and fibroblast growth factor-activated receptor activity are associated with the diverse pathological WHS phenotypes and their symptoms. Additionally, we identified 29 hub-bottlenecks (H-B) nodes with a major role in WHS. In conclusion, cytogenomic profiling brings comprehensive and valuable new information which could help to understand the phenotypic spectrum of WHS.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:52:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5039_1.pdf: 5784153 bytes, checksum: b50720efe0cedffc908f8b2a3d9c0097 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Foi realizada a análise citogenética em 32 acessos diplóides, com 2n = 18, e dois triplóides, com 2n = 27, de citros através da coloração CMA/DAPI. Adicionalmente, foi realizada a hibridização in situ em cultivares de lima, limão, cidra e pomelo. A maioria dos cromossomos apresentou regiões heterocromáticas principalmente nos telômeros dos braços longos. Dois tipos cromossômicos novos foram encontrados em Citrus depressa (tipo E) e em C. aurantifolia (tipo G). As tangerinas apresentaram alta variabilidade no padrão de bandas e foram divididas em quatro grupos distintos de acordo com os tipos cromossômicos encontrados. Apenas as tangerinas do grupo I e algumas do grupo II foram homozigotas para todos os pares cromossômicos, sendo indicadas como prováveis espécies básicas do gênero. As quatro cultivares de C. limon e duas de C. paradisi analisadas apresentaram a mesma fórmula cariotípica, sugerindo diversificação por mutações somáticas espontâneas. Similarmente, os limões Cravo (C. limonia), Rugoso (C. jambhiri) e Volkameriano (C. volkameriana) mostraram cariótipo muito similar, diferindo dos limões verdadeiros (C. limon) pela presença de um cromossomo C neste último. A cultivar limão Ponderosa mostrou-se relacionada ao grupo pomelo-toranja e não ao grupo dos limão-lima. Dentro desses grupos, C. medica e C. grandis foram as únicas espécies homozigotas, reforçando a hipótese de que representam duas das três espécies básicas de Citrus. A origem mais provável para a lima ácida Tahiti seria pela fecundação de um gameta diplóide de C. aurantifolia por um gameta haplóide de C. limon. As duas seleções estudadas dessa lima ácida divergiram principalmente pela localização dos sítios de DNAr 5S e 45S. A análise das anteras mostrou total esterilidade masculina na seleção Tahiti IAC 05 , enquanto em Tahiti CNPMF 2000 a meiose é irregular

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-02-14T20:51:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaComparativa.pdf: 1658140 bytes, checksum: 714e0a563ce382baf00bea1348a3f558 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-02-15T13:28:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaComparativa.pdf: 1658140 bytes, checksum: 714e0a563ce382baf00bea1348a3f558 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-15T13:28:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaComparativa.pdf: 1658140 bytes, checksum: 714e0a563ce382baf00bea1348a3f558 (MD5) Previous issue date: 2011-03 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os morcegos representam um grupo amplamente distribuído e diversificado. A diversidade de hábitos alimentares faz da ordem Chiroptera uma das mais bem sucedidas entre os mamíferos, desempenhando, em função de seus hábitos, um importante papel no controle de insetos, na polinização e na dispersão de sementes de numerosos vegetais. A família Phyllostomidae constitui a terceira maior família em número de espécies dentro da Ordem Chiroptera. Entre as representantes neotropicais é a mais numerosa, sendo encontrada em florestas tropicais da America do Sul, particularmente, concentrada na Amazônia que é a região com maior diversidade de morcegos do mundo. No presente trabalho foram analisados citogeneticamente exemplares de três espécies da subfamília Phyllostominae: Chrotopterus auritus, Trachops cirrhosus e Vampyrum spectrum coletados no estado do Pará e Amazonas. Os dados cromossômicos obtidos para Chrotopterus auritus (2n = 28 e NF = 52) e Trachops cirrhosus (2n = 30, FN = 56) estão de acordo com os descritos na literatura. Para Vampyrum spectrum (2n=30 NF=56) relatamos os primeiros padrões de bandeamento e FISH (Hibridização in situ Fluorescente). A técnica de bandeamento C demonstrou um padrão pericentromérico de distribuição da heterocromatina constitutiva nas três espécies estudadas. A técnica de FISH com sondas de DNA teloméricas humanas mostrou apenas marcações distais em todos os cromossomos das três espécies e as sondas de rDNA 18S confirmaram a localização das Regiões Organizadoras Nucleares observadas na técnica de Ag-NOR, presentes no braço longo do par 2 de Chrotopterus auritus, no par 11 de Trachops cirrhosus e no braço longo do par 1 de Vampyrum spectrum. A análise comparativa entre elas sugere um extenso grau de diferenciação cromossômica, com poucos cromossomos compartilhados entre os três gêneros. Contudo, cinco pares cromossômicos inteiros se mantiveram conservados sem nenhum tipo de rearranjo após a divergência das três linhagens. A comparação entre as espécies revela que C. auritus e V. spectrum apresentam mais elementos compartilhados entre si do que em relação à T. cirrhosus. Nossos resultados apoiam a proximidade filogenética entre C. auritus e V. spectrum e sugerem a associação de T. cirrhosus com o clado do gênero Phyllostomus. / Bats are a highly distributed and diversified group.The diversity of feeding habits makes the Order Chiroptera one of the highest successes among mammals, being very important, because of these habits, on the control of insects, on pollination, and on dispersion of seeds of many vegetables. The family Phyllostomidae is the third bigger family on number of species into the Order Chiroptera. Among the neotropical ones, this family is the most numerous, being found in the rainforests of South America, especially in the Amazon region, where there is the highest diversity of bats in the World. In the present work it was analyzed cytogenetically a sample of three species of the subfamily Phyllostominae: Chrotopterus auritus, Trachops cirrhosus and Vampyrum spectrum collected in the Pará and Amazon states. The chromosomal data obtained for Chrotopterus auritus (2n = 28 e NF = 52) and Trachops cirrhosus (2n = 30, FN = 56) are in agreement with the ones described in the literature. For Vampyrum spectrum (2n=30 NF=56) we described for the fist time the banding patterns and FISH (Fluorescent in situ Hybridization). The C-banding technique demonstrated a pericentric pattern of distribution of the centromeric heterochromatin in the three species here studied. The FISH with telomeric DNA probes shown only distal hybridizations in all chromosomes of the three species, while the 18S rDNA proble confirmed the location of the NOR observed by Ag-NOR staining, in the long arm of pair 2 Chrotopterus auritus, in the pair 11 of Trachops cirrhosus and in the long arm of the pair 1 of Vampyrum spectrum. The comparative analysis among the species suggests an extensive chromosomal differentiation, with few chromosome pairs being shared among the three genera. Five whole chromosome pairs were conserved without any rearrangement after the divergence of the three lineages. The comparison among the species shows that C. auritus and V. spectrum have more shared pairs between them than with T. cirrhosus. Our results support the phylogenetic association between C. auritus and V. spectrum and suggest the association of T. cirrhosus with the genus Phyllostomus.

Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-09-20T18:32:08Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaMorcegos.pdf: 2267189 bytes, checksum: 170b09d0e099f5761f466fa972ff382f (MD5) / Rejected by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br), reason: on 2017-10-10T17:00:12Z (GMT) / Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-10-17T18:12:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaMorcegos.pdf: 2267189 bytes, checksum: 170b09d0e099f5761f466fa972ff382f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-11-23T17:24:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaMorcegos.pdf: 2267189 bytes, checksum: 170b09d0e099f5761f466fa972ff382f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-23T17:24:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaMorcegos.pdf: 2267189 bytes, checksum: 170b09d0e099f5761f466fa972ff382f (MD5) Previous issue date: 2011-04-29 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Pela primeira vez foram estudadas citogeneticamente morcegos da família Emballonuridae provenientes da Amazônia brasileira. As espécies estudadas foram Cormura brevirostris-CBR (2n=22; NF=40), Rhynchonycteris naso-RNA (2n=22 e NF=36), Saccopteryx canescens-SCA (2n=24 e FN=38) e Saccopteryx leptura-SLE (2n=28 e NF=38), caracterizadas por bandeamento G, C, NOR e por Hibridização in situ fluorescente (FISH). Em CBR os cariótipos encontrados apresentaram os mesmos números diplóide e fundamental já descritos na literatura. FISH com sondas de DNA ribossomal e impregnação com nitrato de prata revelaram dois sítios de NOR e hibridizações com sondas teloméricas evidenciaram marcações nos centrômeros de todos os cromossomos, exceto o Y. Através de estudos meióticos, bandeamentos cromossômicos e FISH utilizando sondas totais do cromossomo X de Phyllostomus hastatus (Chiroptera, Phyllostomidae) sugerimos que o par sexual dessa espécie é diferente daquele descrito na literatura. Células em diplóteno-diacinese apresentaram uma conformação em anel envolvendo quatro pares de cromossomos, sugerindo a ocorrência de múltiplas translocações recíprocas envolvendo esses cromossomos, fato esse raro em vertebrados e inédito em mamíferos eutérios. A análise de RNA, SCA e SLE indicam que os cariótipos de Emballonuridae são conservados mesmo comparando espécimes afastados geograficamente, mas a análise do bandeamento C indica que podem ocorrer variações intraespecíficas a nível de heterocromatina constitutiva. Pela primeira vez as regiões organizadoras de nucléolos foram descritas revelando marcações em um par de cromossomos em cada espécie analisada. A FISH com sondas de DNA Ribossomal 18S coincidiram com as marcações da prata. FISH com sondas teloméricas humanas revelaram marcações distais em todos os cromossomos. Esses trabalhos são importantes para compreender a biodiversidade de morcegos da região amazônica, bem como a compreensão da evolução cromossômica de Chiroptera. / This is the first description of the karyotypes of bats of the family Emballonuridae from the Brazilian Amazon region. The species studied were Cormura brevirostris-CBR (2n=22; NF=40), Rhynchonycteris naso-RNA (2n=22 and NF=36), Saccopteryx canescens-SCA (2n=24 and FN=38) and Saccopteryx leptura-SLE (2n=28 and NF=38), characterized by G-, C-banding, NOR-staining and Fluorescent In Situ Hybridization (FISH). In CBR the karyotypes found had the same diploid number and fundamental number than in literature. FISH with ribosomal DNA probes and Ag-NOR staining showed two NOR places. Hybridization with telomeric probes showed that the sequences were found in the centromeres of all chromosomes but the Y. Using meiotic studies, chromosome banding and FISH with a whole X chromosome probe from Phyllostomus hastatus (Chiroptera, Phyllostomidae) we suggest that the sex chromosome pair of this species is not the one described in the literature. Cells in diploid and diakinesis had a ring conformation with four chromosome pairs, what suggests multiple reciprocal translocations among these chromosomes, a very rare situation in vertebrates and never found in eutherian mammals. The analyses of RNA, SCA and SLE shows that the karyotypes of Emballonuridae are very conservative even when compared with samples collected geographically very far, but the C-banding analyses shows that it can happen intraspecific variations in the constitutive heterochromatin. For the first time the Nucleolar Organizer Regions were described, showing a stained pair of chromosomes on each analyzed species. The FISH with 18S rDNA probes agrees with the Ag-NOR staining. FISH with human telomeric probes showed hybridizations in the distal portion of all chromosomes. These works are Important to understand the biodiversity of bats from the Amazon region, as well as the comprehension of the chromosomal evolution of Chiroptera.

Objetivos: Caracterização de síndromes em indivíduos com FL/P associadas a MAC e anomalias cromossômicas e ampliação dos espectros fenotípicos de síndromes já descritas. Local de execução: Laboratório de Citogenética Humana e Serviço de Genética Clínica, HRAC-USP, Bauru-SP. Participantes: 15 indivíduos com fissura labiopalatina associada a múltiplas anomalias congênitas e alteração cromossômica estrutural em seu cariótipo. Intervenções/Variáveis: Avaliação genética-clínica, estudo citogenético/anomalias cromossômicas estruturais. Resultados: Dos 15 indivíduos, 8 eram do gênero masculino e 7, do gênero feminino, foram detectados: translocação equilibrada em 1 indivíduo, cromossomo derivado em 5, duplicação em 2, cromossomo recombinante com duplicação parcial de um cromossomo em 1, deleção em 2 e cromossomo em anel em 4. O indivíduo 14 apresentou associação de trissomia dos cromossomos sexuais e der(22)t(11;22) extranumerário. Conclusões: Caracterizou-se 7 quadros sindrômicos de etiologia cromossômica com fissura de lábio e/ou palato em seu quadro clínico (dup 3p, dup 4q, dup 7p, del 9p, del 18q, del 21q e dup 22q) e um quadro de padrão único com provável etiologia ambiental. Ampliou-se o espectro fenotípico das síndromes de duplicação 7p com a possível inclusão de esclerocórnea em seu quadro clínico, da deleção 9p com a adição de mais um caso de presença de hemangioma e da deleção 18q com a confirmação de dois casos adicionais de fístulas no lábio inferior. / Objective: Characterization of syndromes presented by patients with cleft lip and palate (CL/P) associated with associated with multiple congenital anomalies (MMC) and chromosomal abnormalities and expansion of the phenotyipc spectrum of syndromes already described. Setting: Human Cytogenetics Laboratory and Clinical Genetics Service, HRAC-USP, Bauru-SP. Participants: 15 patients with cleft lip and palate associated with multiple congenital malformation and structural chromosome abnormalities in their karyotypes. Interventions/Variables: Clinical-genetic evaluation, cytogenetic analysis/structural chromosome abnormalities. Results: Among the 15 patients, 8 were of the masculine gender and 7, of feminine gender. In this sample, was detected reciprocal translocation in 1 patient, derivative chromosome in 5, duplication in 2, recombinant chromosome with partial duplication of one chromosome in 1, deletion in 2 and ring chromosome in 4. The individual 14 presented association of trisomy of sexual chromosomes and der (22)t(11;22) extranumerary. Conclusions: Were characterized 7 chromosomal syndromes with cleft lip and/or palate on their clinical pictures (dup 3p, dup 4q, dup 7p, del 9p, del 18q, del 21q and dup 22q) and a single case with probable ambiental cause; and were extended the phenotypic spectum of syndromes of duplication 7p with the possible inclusion of sclerocornea on its clinical picture, deletion 9p with the addition of one more case of presence of hemangioma and deletion 18q with the confirmation of two additional cases of lip pits in the lower lip.

Made available in DSpace on 2015-11-18T13:20:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 yasmin_farias_ioc_mest_2013.pdf: 2570192 bytes, checksum: 08f3d8b50b732ac0d3d33ed27c715211 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os rotavírus da espécie A (RVA) são os principais responsáveis pela gastroenterite aguda (GA) em diversas espécies animais. Em humanos, as crianças \2264 5 anos de idade são as mais afetadas. Cerca de 453.000 mortes infantis são causadas pela infecção por RVA, anualmente. Devido a este impacto na saúde pública algumas medidas de controle e prevenção foram estabelecidas: no Brasil, em março de 2006 foi introduzida uma vacina monovalente (G1P[8]) atenuada contra RVA, denominada Rotarix®. Segundo a Organização Mundial da Saúde, é necessário uma extensa e contínua monitorização dos genótipos circulantes de RVA, além de estudos de vigilância para que se possa avaliar os impactos da vacina, sua eficácia e o surgimento de novas variantes virais que possivelmente possam escapar do processo de imunização. Para uma melhor caracterização e entedimento da diversidade genética dos RVA, foi proposto um novo sistema de classificação baseada na análise dos 11 segmentos gênicos, no qual os genótipos de cada um dos segmentos devem ser caracterizados. Esta abordagem está fornecendo dados para apoiar a existência de três genogrupos dominantes entre humanos: Wa-like(I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1), DS1-like (G2-P[4]- I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2) e AU1-like ((G3-P[9]-I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H3), sendo este último menor e compartilhado por estirpes de origem felina/canina. No Brasil, trabalhos envolvendo a caracterização de todos os segmentos gênicos são escassos. No presente estudo foram selecionadas 40 espécimes fecais entre 1994-2012 de crianças hospitalizadas devido a GA causada por RVA G1, G2, G3, G4, G9 e G12, na região Norte do Brasil A principal finalidade do estudo foi avaliar a diversidade genética dos RVA circulantes antes e depois da introdução da vacina Rotarix®. Para tal, os genes de RVA foram amplificados, sequenciados e analisados por reconstrução filogenética. Através desta análise foi possível identificar pelo menos três alelos subgênicos distintos para cada gene, permitindo evidenciar constelações genotípicas diferentes, porém conservadas relacionadas aos três principais genogrupos: Wa-like, DS1-like e AU-like, sendo que neste último,uma amostra (PID084) se relacionou com estirpes de origem felina. Foram evidenciados mecanismos de variabilidade genética viral, como: reassortment inter-genogrupos ocorrendo em amostras de origem humana e entre humana-animal; reassortment intra-genogrupos ocorrendo em cepas G1P[8], G2P[4], G4P[8] e G9P[8] e com genes de origem animal; e ainda mutações pontuais ocorrendo na sequência de todos os genes das estirpes analisadas. O maior grau de variabilidade genética foi encontrado em cepas circulantes antes da introdução da vacina. Com relação aos genes que codificam para proteínas externas, foi possível identificar mudanças em resíduos localizados em regiões antigências de estirpes circulantes nos dois períodos, podendo refletir em modificações estruturais importantes na proteína. Os dados do presente estudo contribuem para uma melhor compreensão acerca da diversidade genética dos RVA e de seus mecanismos evolutivos, sendo um dos poucos trabalhos sobre a caracterização dos 11 segmentos gênicos de estirpes circulantes na Região Norte, contribuindo para esclarecer caracterísiticas que podem representar um desafio para o Programa Nacional de Imunização no Brasil / Specie A Rotaviruses (RVA) are responsible for acute gastroenteritis (GA) in many animal species. In humans, children under five years old are the most affected. Each year, a bout 453,000 infant deaths are caused by RV infections . Due to this public health impact, prevention and control measures were established: in March 2006, the Brazilian Health Ministry made available an monovalent att enuated vaccine, called Rotarix®. According to World Health Organization, extensive and continuous monitoring of RVA strains and surveillance studies are necessary to evaluate the impact and efficacy vaccine and to investigate appearance of new viral varia nts that could possibly escape the immunization procedure. For a better characterization and understanding of the RVA genetic diversity, proposed a new classification system encompassing all 11 RVA gene segments. This approach has facilitated the exponenti al growth of complete RVA genome data during recent years. On the basis of complete RVA genome sequence comparisons, two major genotype constellations (genogroups): I1 - R1 - C1 - M1 - A1 - N1 - T1 - E1 - H1 (Wa - like) and I2 - R2 - C2 - M2 - A2 - N2 - T2 - E2 - H2 (DS1 - like), have been shown to circulate worldwide among humans. A third (minor) human genotype constellation, referred to as AU1 - like (I3 - R3 - C3 - M3 - A3 - N3 - T3 - E3 - H3).In Brazil, studies involving the characterization of all genes segments are rare . In the current study, a total of 40 fecal specimens were selected between 1994 and 2011 from children hospitalized due to acute diarrhea caused by RVA G1, G2, G3, G4, G9 and G12 in Northern Brazil region, aiming to evaluate the RVA genetic diversity in the pre - vaccine period and post - va ccine.For this, the RVA genes were amplified, the amplicons were sequenced and analyzed for phylogenetic reconstruction. Based this analysis were identified three subgenotype alleles for each gene, allowing evidence con served genotypic constellations, thou gh related to three distinct genogroups: Wa - like, DS1 - like e AU - like. AU1 - like strain (PID084) revealed close relationship with genes feline origin. The results also show evidence some genetic variability mechanisms: inergenogroup reassortments events occ ourring between human - human and human - animal genes ; intragenogroup reassortment events in G1P[8], G2P[4], G3P[8], G4P[6], G4P[8] RVA strains between human - human and human - animal gene, newly; and still occurring point mutations in the sequences of all gene s of strains analyzed. A large degree of variability has been found in circulating strains before vaccine introduction.Regarding genes encoding foreign proteins, it was possible to identify changes in residues located in antigenic regions and may reflect s ignificant changes in structural proteins.In conclusion, the current work help to increase the knowledge on the genomic diversity of RVA, aiming detect new variants and possible antigenic changes, whose potential effect on vaccine effectiveness should be s tudied. Additionally, our findings identified close relationships between human and animal RVA, contribute to clarify characteristics that can pose a challenge for the Brazilian National Immunization Program

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-09-20T11:57:07Z No. of bitstreams: 1 Lamonier Chaves Ramos.pdf: 550825 bytes, checksum: b8839328e2d38c2e95c580ba9f82fa5a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-20T11:57:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lamonier Chaves Ramos.pdf: 550825 bytes, checksum: b8839328e2d38c2e95c580ba9f82fa5a (MD5) Previous issue date: 2014-08-14 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The genus Agave L. is extensively cultivated in many countries for present utilities in various sectors of the economy. The species Agave sisalana Perrine and the hybrid 11648 are the most important economically genotypes for Brazil, which is the largest producer and exporter of the extracted fiber from its leaves, known as “sisal”. Studies of their karyotypes have been limited so far the conventional staining techniques, which have been presented as insufficient, which have proven insufficient due to the small size and similarity of their chromosomes, so there is a need for more detailed analysis. This study aimed to analyze the karyotypes of the species Agave sisalana and hybrid 11648, by means of conventional staining techniques, the double staining CMA / DAPI and fluorescent in situ hybridization (FISH), in order to provide information that might be useful in breeding programs. The research was conducted at the Laboratório de Citogenética Vegetal, on the Universidade Federal Rural de Pernambuco (Botany Departament, UFRPE). The data of the conventional staining revealed that the hybrid 11648 is a diploid with 2n = 60, with a bimodal karyotype composed by five large chromosomes pairs and 25 small pairs. On the other hand, the species A. sisalana presented a pentaploid karyotype with 5n = 147 chromosomes, of which 25 were large and 122 were small. The pattern of CMA + band observed revealed that there is presence of constitutive heterochromatin rich in CG and that probably it remains conserved in both genotypes, with four bands observed in the hybrid and eight in the A. sisalana. In the hybrid sisal, FISH revealed two sites of 5S rDNA in a small chromosomes pair and two sites of 45S rDNA in a large chromosomes pair. In the species A. sisalana, 45S rDNA probes revealed five NOR, two of which are fully distended, forming secondary constrictions and the other three remain condensed and inactive throughout the cell cycle. This study provides new insights on the sisal karyotype, which can be useful for purposes of characterization and conservation of hits on germplasm banks as well as for use in breeding programs. / O gênero Agave L. representa uma cultura extensivamente cultivada em vários países por apresentar utilidades em diversos setores da economia. A espécie Agave sisalana Perrine e o híbrido 11648 são os genótipos de maior importância econômica para o Brasil, que é o maior produtor e exportador da fibra extraída de suas folhas, conhecida como sisal. Os estudos de seus cariótipos têm sido limitados, até então, as técnicas de coloração convencional, que têm se mostrado insuficientes devido ao pequeno tamanho e similaridade dos seus cromossomos, havendo assim a necessidade de análises mais detalhadas. O presente trabalho objetivou analisar os cariótipos da espécie Agave sisalana e do híbrido 11648, por meio das técnicas de coloração convencional, da dupla coloração CMA/DAPI e da hibridização in situ fluorescente (FISH), com a finalidade de fornecer informações que possam ser úteis em programas de melhoramento. A pesquisa foi conduzida no Laboratório de Citogenética Vegetal, da Universidade Federal Rural de Pernambuco (Departamento de Botânica, UFRPE). Os dados da coloração convencional revelaram que o híbrido 11648 é um diplóide com 2n = 60, com um cariótipo bimodal, composto de cinco pares cromossômicos grandes e 25 pares pequenos. Já a espécie A. sisalana apresentou um cariótipo pentaplóide com 5n = 147 cromossomos, dos quais 25 foram grandes e 122 foram pequenos. O padrão de banda CMA+ observado revelou que há presença de heterocromatina constitutiva rica em CG e que, provavelmente, esta se mantém conservada em ambos os genótipos, sendo observadas quatro bandas no híbrido e oito na A. sisalana. No sisal híbrido, a FISH revelou dois sítios de DNAr 5S em um par de cromossomos pequenos e dois sítios de DNAr 45S em um par de cromossomos grandes. Na espécie A. sisalana, as sondas de DNAr 45S revelaram cinco RONs, sendo que duas delas são completamente distendidas, formando constrições secundárias, e as outras três se mantêm condensadas e inativas ao longo do ciclo celular. O presente estudo traz novas contribuições sobre o cariótipo de sisal que podem ser úteis para fins de caracterização e conservação de acessos em bancos de germoplasma bem como para uso em programas de melhoramento genético.