Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Cette étude a pour but de retracer l'évolution paléogéographique du bassin delphino-helvétique savoyard et de sa marge jurassienne du Tithonique au Valanginien. Elle consiste en une analyse biostratigraphique et sédimentologique détaillée des séries continentales à marines d'âge tithonique à valanginien du Jura franco - suisse et des chaînes subalpines septentrionales du SE de la France. Grâce à l'imbrication des faciès marins et continentaux qui caractérise le Jura méridional durant le Berriasien, les échelles biostratigraphiques mésogéennes d'ammonites et de calpionelles utilisées pour dater les faciès hémipélagiques du domaine deiphino- helvétique ont pu être corrélées avec une biozonation continentale mise au point récemment par mon collègue P.O. Mojon (Univ. Genève) sur la plateforme jurassienne à l'aide des charophytes et des ostracodes d'eau douce. A l'échelle régionale, cet outil de corrélation a permis de préciser la position stratigraphique de la limite Jurassique-Crétacé, de comprendre quels étaient, en domaine de plate-forme, les mécanismes à l'origine des érosions sous-marines, des resédimentations et des condensations mises en évidence dans le bassin subalpin puis de proposer une reconstitution paléogéographique ainsi qu'un découpage séquentiel de la marge jurassienne de la Téthys selon les concepts de la stratigraphie physique. La mauvaise corrélation entre le découpage Séquentiel des dépôts du Jurassique terminal- Crétacé basal des domaines jurassien, présubalpin et subalpin et celui proposé par HAQ et al. (I987) suggère que l'évolution paléogéographique du bassin delphino-helvétique (domaine subalpin) et de sa marge jurassienne entre le Kimméridgien et l'Hauterivien inférieur, ne dépendait pas des seules variations du niveau marin. Un contrôle tectonique est venu moduler le signal eustatique à plusieurs reprises, notamment au passage Jurassique-Crétacé (limite des Zones A et B), au cours du Berriasien inférieur-moyen (Zone B supérieure-terminale) et durant le Valanginien inférieur. Il a retardé, atténué ou annulé les effets des variations eustatiques négatives tandis que les remontées relatives du niveau marin continuaient de s'enregistrer fidèlement. Parallèlement, une structuration, héritée ou non, de type blocs basculés, a contrôlé l'organisation sédimentaire du bassin delphino- helvétique savoyard. Durant le Berriasien et le Valanginien, l'architecture de ce dernier s'articulait alors autour de deux sillons d'accumulation sédimentaire d' orientation SSW-NNE qui étaient séparés, dans la partie septentrionale du domaine d'étude, par le haut-fond du massif cristallin des Aiguilles Rouges. La sursédimentation et l'organisation sédimentaire des dépôts berriasiens et valanginiens qui ont assuré le comblement du sillon occidental sont caractéristiques d'un prisme d'accumulation sédimentaire situé en bordure de plate-forme. Ce dernier correspond à la zone présubalpine dont la différentiation paléogéographique est intervenue dès le Berriasien inférieur. Ces résultats montrent que pendant la période d'accrétion océanique téthysienne, amorcée à la fin du Dogger et/ ou au début du Malm (LEMOINE 1982), la marge jurassienne de la Téthys continuait d'enregistrer une activité tectonique synsédimentaire distensive dont les effets sont particulièrement bien visibles au sein des dépôts du Crétacé basal.

Le projet se situe dans le contexte de la gonarthrose fémoro-tibiale, et plus spécifiquement de son traitement par orthèse de décharge. Du fait de la cinématique particulière de l’orthèse testée, un protocole spécifique a été mis en place dans le but d’approfondir les mécanismes d’actions de cette orthèse. Ce protocole s’est appuyé sur des outils d’investigation utilisés dans la routine clinique (système EOS® et Vicon®). Seize sujets symptomatiques ont participé à l’étude. Les objectifs principaux étaient de valider et d’utiliser des méthodes de personnalisation des modèles, support de la biomécanique, dans ce contexte spécifique, afin d’améliorer la précision de la quantification des paramètres cinématiques et dynamiques. En effet, l’état de l’art démontre que l’indicateur dynamique couramment utilisé dans l’étude de la gonarthrose, le moment articulaire externe d’adduction, souffre de résultats controversés. Les objectifs secondaires étaient de caractériser la pathologie à l’aide des indicateurs calculés ainsi que d’approfondir le mécanisme d’action de l’orthèse de décharge. Ainsi, deux méthodes principales ont été investiguées. La première porte sur l’analyse séquentielle cinématique de l’articulation fémoro-tibiale en utilisant le système EOS®. Cette analyse nécessite une étape de recalage d’objet 3D sur des vues 2D biplanaires. La fiabilité de ce recalage manuel a été quantifiée en évaluant, d’une part, la précision de la méthode grâce à des données in vitro et, d’autre part, la répétabilité de la méthode grâce à la participation de 3 opérateurs et de 6 sujets asymptomatiques dont les acquisitions ont permis d’obtenir des vues du genou dans plusieurs positions (extension et flexion 20°, 40°et 90°). La seconde méthode consiste en la fusion de données issues de deux environnements (EOS® et Vicon®) de façon à quantifier les moments articulaires externes dans le genou en définissant le point auquel sont calculés ces moments à partir du modèle 3D du fémur. Ce modèle étant recalé dans l’environnement Vicon® par l’intermédiaire des marqueurs externes détectables dans les acquisitions EOS® et Vicon®. Les résultats principaux concernent :1/ la fiabilité du recalage des modèles 3D des os sur des vues 2D de l’ordre de 0,3° et 1,6 mm dans le plan sagittal de 2,1° et 1,8mm dans le plan transversal ; 2/ la quantification d’angles positionnels 3D du fémur et du tibia des membres inférieurs symptomatiques montrant que la surface articulaire tibiale (plateaux tibiaux) tend à demeurer horizontale contrairement à l’inclinaison plus marquée du fémur ; 3/ une variation des moments articulaires externes en fonction de l’intégration ou non d’un modèle interne pour le calcul de ce paramètre ; 4/ la quantification de la cinématique séquentielle de l’orthèse et du genou. La fiabilité des méthodes développées dans ce travail a été estimée ouvrant la voie à leurs applications et à leurs développements en clinique.Mots clés : gonarthrose fémoro-tibiale ; orthèse ; analyse séquentielle ; recalage. / The context is the knee osteoarthritis and its treatment via an unloading brace. As the evaluated brace has specific kinematics, a dedicated protocol was set up using clinical routine tools (EOS® and Vicon®). Sixteen symptomatic subjects participated to this study. The main objective was to validate and to use personalization methods of the biomechanical models to improve the accuracy kinematics and kinetics parameter computation in this specific context. Indeed, the state of the art highlights that the dynamic indicator, currently used in knee osteoarthritis studies, the external adduction joint moment is controversial. The secondary objectives were both the characterization of the pathology using indicators obtained on the acquired data and the in-depth study of the mechanical action of the unloading brace evaluated in this study. Thus, two main methods were investigated. The first one is the sequential analysis of the knee kinematics using EOS® system. This analysis required a registration step of a 3D object on 2D biplanar views. The manual registration reliability was quantified by evaluating both the method accuracy with in-vitro data and the method repeatability thanks to the participation of 3 operators and 6 asymptomatic subjects allowing the acquisition of knee images in several positions (extension and 20°, 40°, and 90° flexion). The second method consists in the fusion of data obtained in the two acquisitions environments (EOS® and Vicon®), to obtain the external knee joint moment in order to define the point where the moment is computed from the femur 3D model. This model is registered in the Vicon® environment through external markers visible in both the EOS® and Vicon® acquisitions. The main results relate to: 1/the reliability of the registration of the bone 3D model on 2D views estimated at about 0,3° and 1,6 mm in the sagittal plane and about 2,1° and 1,8 mm in the transverse plane ; 2/ the quantification of the angular relative position of the shank and tibia of the symptomatic lower limbs, showing the tibial plateau horizontality opposed to the femur emphasized inclination ; 3/ external joint moment variation according to the computation method (with or without internal model included) ; 4/ brace and knee sequential kinematic quantification. As the reliability of the methods developed in this study was estimated, further developments and clinical applications and development could now be explored using these methods.Keywords : knee osteoarthritis; brace, sequential analysis; registration.

Les puces à ADN permettent d'étudier simultanément l'expression de plusieurs milliers de gènes à partir de peu d'individus biologiques. Trois approches sont considérées dans cette thèse pour résoudre les problèmes de sensibilité dans la recherche de gènes différentiellement exprimés: la modélisation des variances-covariances, l'analyse séquentielle et la méta-analyse. La première et la troisième partie reposent principalement sur des approches dites de 'shrinkage' qui estiment les valeurs de chaque gène à partir de l'information provenant de l'ensemble des gènes. En diminuant le nombre de paramètres à estimer, elles permettent d'augmenter la sensibilité. La modélisation des variances se révèle particulièrement utile dans le cas d'expériences avec de petits échantillons. La modélisation des covariances est quant à elle particulièrement pertinente pour les études de suivi longitudinal où les mesures sont répétées sur les mêmes individus au cours du temps. Côté analyse séquentielle, la sensibilité est étudiée en tant que règle d'arrêt. On cherche alors à arrêter une expérience en cours dès que ce critère dépasse un certain seuil, afin d'en diminuer les coûts. La méta-analyse est ensuite étudiée dans un contexte beaucoup plus général que celui de l'analyse séquentielle où on combinait les analyses intermédiaires. Elle permet de gagner de la sensibilité en regroupant des résultats d'études individuelles qui ne sont pas comparables directement mais qui répondent à une même question biologique. La méta-analyse est abordée à la fois sous l'angle fréquentiste (combinaison de grandeurs des effets ou combinaison de p-values) et sous l'angle bayésien.

Ce travail concerne le Trias alpin de la partie septentrionale de Belledonne : affleurements de la Girotte, de la vallée de l'Arly, Crest Volland et Signal de Bisane. La sédimentation continentale est étudiée dans des zones à la tectonique très active.

Le vieillissement de la population entraîne une hausse des maladies chroniques telle que la maladie d’Alzheimer dans nos sociétés occidentales. L’enjeu du vieillissement se répercute aussi dans les réformes de nos politiques sociales, et plus généralement dans la gestion des services publics. Dans ce contexte, le régime de santé publique québécois connaît diverses modifications concernant la prestation de soins de première ligne. De nouveaux acteurs acquièrent des rôles et des responsabilités définissant des enjeux particuliers. Nous étudierons l’un de ces enjeux. Ce mémoire vise à spécifier les processus sociaux à la base de l’isolement des aidants familiaux de personnes atteintes par la maladie d’Alzheimer. La stigmatisation des aidants et les microprocessus afférents sont les principaux mécanismes analysés. Les données sont extraites d’entrevues semi-structurées réalisées avec une cohorte d’aidants familiaux (N=60) suivie longitudinalement depuis le début de leur trajectoire de soins. Une démarche qualitative soutient ce projet. Nous avons analysé un échantillon de douze participants au moyen d’une approche séquentielle. Trois processus typiques ont été identifiés : le stigma de forme en ruptures (séparation sociale), le stigma de forme transitoire (stigma transitoire) et le stigma de forme anomique (anomie sociale). Les résultats suggèrent que les réseaux sociaux des aidants sont soumis à un ensemble de conditions favorisant la structuration du stigma social, la principale condition étant un enjeu de pouvoir concernant le contrôle de la personne malade. Les aidants conjoints de personnes atteintes sont plus enclins à la stigmatisation en début de trajectoire. / Aging populations in western societies contribute to the raise of chronic illnesses such as Alzheimer disease. The issue of aging also echoes in recent political reforms and more generally in the way we manage public services. In this context, Quebec’s public health regime has known diverse modifications concerning “first line caregiving” (soins de première ligne). New actors of the public system have acquired roles and responsibilities defining particular issues. We address one of these issues. This research aims at specifying the social processes inherent to the isolation of family caregivers helping a relative suffering from Alzheimer disease. The stigmatization process and related microprocesses are the principal mechanisms analysed. The data derives from in-depth, semi-structured interviews, realised with a cohort of sixty family caregivers followed longitudinally since the beginning of their care trajectories. A qualitative scheme bears out our investigation. We have analysed a sample of twelve participants using a sequential approach. Three typical processes were identified: social separation, transitory stigma and social anomia. Results suggest that the caregivers’ support networks are subjected to a setting of conditions structuring social stigma, the recurrent condition being an issue of power implying the social control of the ill relative. Caregivers who also are the spouses of the ill relative are the most inclined to stigmatization in early trajectory.

Les troubles anxieux figurent parmi les psychopathologies les plus fréquentes chez les enfants. Ils peuvent avoir de graves répercussions sur leur développement et, à long terme, ils tendent à persister ainsi qu’à s’aggraver. L’évitement est un moyen souvent utilisé par les personnes anxieuses, adultes ou enfants, afin de tenter d’échapper à l'objet de leur peur et ainsi faire diminuer leur niveau d’anxiété. Les schémas cognitifs dysfonctionnels reliés à l’anxiété, et à l’origine de l’évitement, se développent tôt chez l’enfant et sont en partie reliés aux interactions parent-enfant. La présente recherche vise à examiner, à l’aide d’une analyse séquentielle des interactions, la dépendance entre les comportements d’anxiété et d’évitement chez les membres de 20 dyades parent-enfant, dont les enfants sont âgés entre 4 et 7 ans. La tâche d’interaction, une histoire à compléter par les membres de la dyade, a la capacité de susciter des émotions anxieuses chez les participants. Les résultats de cette étude ne permettent pas de démontrer une dépendance entre les comportements d’anxiété et d’évitement des parents et ceux des enfants. La discussion présente des éléments de réflexion sur des pistes de recherche à explorer. / Anxiety disorders are common among children. They can have serious consequences on their development, and tend to persist or even get worst over time. Avoidance behaviors are often used by anxious people, including children, to escape the object of their fear and to decrease their anxiety level. Dysfunctionnal anxious cognitions that support avoidance tend to develop early in childhood and are partially related to parent-child interactions. The objective of the present study was to examine sequential dependency between anxious and avoidant behaviours, by means of sequential analysis of parent-child interactions. The sample included 20 parent-child dyads, children being aged between 4 and 7 years. A story-completion task was administered in order to arouse anxious feelings in participants. Results of the present study did not suggest a dependency between anxious and avoidant behaviours among dyads. The discussion proposes avenues for future research to explore.

La formation de la Vaca Muerta, dans le bassin de Neuquén (Argentine), constitue le gisement non conventionnel le plus important d’Argentine. Dès lors, cette formation à la fois roche mère et roche réservoir a suscité un intérêt particulier dans le monde pétrolier afin de comprendre l’architecture des corps sédimentaires et la distribution de la matière organique de ce réservoir. L’étude menée dans le cadre de cette thèse se base sur la sédimentologie, la stratigraphie, la minéralogie et la géochimie dans le but de comprendre la logique de mise en place des systèmes de dépôt et les conditions d’oxygénation du milieu. Le but final de ce travail est de comprendre les conditions de dépôt et de préciser la relation stratigraphique entre les intervalles riches en matière organique et l'évolution du bassin (interactions entre remplissage et déformations/structuration). L’étude de sismique 3D menée dans la partie orientale du bassin a permis de déterminer un système de dépôt dominé par la houle, et montrer l’impact de la tectonique locale sur la géométrie des clinoformes et le contrôle eustatique des séquences sismiques. L’étude de terrain centrée dans un premier temps sur l’anticlinal de Picún Leufú en partie méridionale du bassin puis sur d’autres secteurs le long d’un transect nord-sud de plus de 500 km de long, a permis de mettre en évidence deux grands secteurs ayant évolué distinctement. Un secteur centro-méridional qui évolue pendant l’intervalle Tithonien-Valanginien depuis un environnement de plateforme silicoclastique vers un environnement de rampe mixte; ce secteur est alimenté essentiellement depuis le sud et le transport des sédiments vers le large est assuré par la combinaison entre des courants de dérive littorale, des courants de tempêtes et des courants gravitaires. Le second secteur au nord du bassin correspondant à la zone de Malargüe, et montre un environnement de rampe carbonatée pérenne pendant tout l’intervalle Tithonien-Valanginien. L’analyse et la synthèse stratigraphique des différents secteurs étudiés montrent un signal stratigraphique homogène avec la mise en place de cinq séquences transgressives-régressives dans le bassin pendant l’intervalle Tithonien-Valanginien. L’étude minéralogique et géochimique a permis d'évaluer l’impact du climat sur les terres émergées et par conséquent sur la distribution des sédiments vers le large. La géochimie révèle des conditions oxiques de la colonne d’eau faisant suite à une période initiale euxiniques qui coïncident avec le dépôt des niveaux les plus riches en matière organique. Enfin, la synthèse entre le signal stratigraphique et le signal géochimique montre l’existence de 4 ou 5 intervalles relativement riches en matière organique et préférentiellement localisés dans les cortèges transgressifs. / The Vaca Muerta Formation is the principal source rock in the Neuquén Basin (Argentina). It constitutes also the major unconventional play in Argentina. Therefore, the Vaca Muerta formation stirs up large interest in the oil industry to understand the architecture and the organic matter distribution of this reservoir. Our study proposes an integrated approach, using sedimentology, stratigraphy, mineralogy and geochemistry in order to understand the depositional system and the paleoenvironmental conditions. The ultimate goal of this work is to clarify the stratigraphic relationship between organic-rich level and the basin filling. In the eastern part of the Neuquén basin, the study of 3D seismic allowed us to identify a wave-dominated depositional system and assess the role of the local tectonic and the eustatic control through seismic geometry. We carried out extensive field investigation, including logs and sampling, first in the Picún Leufú Anticline (southern part of the basin) and second, on several areas along a N-S trend over 500 km distance. This study allowed to define two major sectors which evolve differently. The first one corresponds to the central and southern part of the basin (from Picún Leufú Anticline to Chos Malal). There, an evolution from a siliciclastic shelf to a mixed ramp setting is observed during the Tithonian-Valanginian interval. Sediments were redistributed along the shoreface by longshore currents and further transported by storm and gravitary currents basinward. The second sector corresponds to Malargüe area (North area). It displays a perennial carbonate ramp during the Tithonian-Valanginian interval. Sequence stratigraphy analysis of all areas shows an homogeneous signal with five transgressive-regressive sequences in the basin. The geochemistry and clay mineralogy indicate the climate role in the evolution of the sedimentary environments. Geochemistry displays a “normal marine” environment with oxic waters and short-lived episodes of euxinia that coincides with the organic-rich levels. Lastly, the integrated approach, connecting stratigraphy end geochemistry shows four to five organic-rich intervals that coincide with the transgressive systems tract.

L'étude sédimentologique, stratigraphique et paléostructurale de la série liasique constituant la couverture des massifs cristallins externes(La Mure Beaumont) a permis de préciser les modalités d'évolution d'un secteur de la paléomarge de la Téthys jurassique. L'étude sédimentologique a entrainé la distinction de plusieurs ensembles de faciés caractérisant trois types de milieux de dépôt : faciés de bassin, bathyaux ou circalittoraux, faciés de talus et faciés de plate-forme. Du matériel issu de la plate-forme peut également se retrouver resédimenté dans des milieux plus profonds (turbidites et coulées boueuses). La sédimentologie des calcaires à entroques a été détaillée. Les déterminations génériques et les variations de taille des organismes ont conduit à la mise en évidence d'oscillations de la profondeur des milieux de dépôt au cours du Lias. L'analyse séquentielle montre l'existence de trois horizons de discontinuité majeurs: deux d'entre eux correspondent à de brusques approfondissements (Hettangien-Sinémurien ; Toarcien moyen-Toarcien supérieur) la signification du dernier, qui est souligné par le passage de séries à turbidites à des séries à coulées boueuses et se situe au Carixien supérieur-Domérien reste conjecturale. L'étude stratigraphique des séries liasiques réduites de La Mure et des séries épaisses du Beaumont a permis de préciser certaines datations,notamment celles de la formation des calcaires de Laffrey. Un découpage en grandes unités lithologiques a été effectué dans les deux types de séries. La confrontation de l'étude sédimentologique et de l'étude stratigraphique permet de proposer des corrélations sur des bases nouvelles entre les deux types de séries. L'étude paléostructurale a permis de mettre en évidence deux phases tectoniques majeures (la première à la limite Hettangien-Sinémurien, la seconde doméro-toarcienne), toujours suivies par un approfondissement brusque des milieux de dépôt, phénoméne d'origine tectonique et/ou eustatique. Des phases de moindre ampleur s'observent également et sont enregistrées dans les sédiments de diverses manières: basculement du substratum, sédiments bioclastiques remaniés gravitairement, présence de galets de matériel crntallophyllien. Paléogéographie et paléotectonique L'évolution de la Téthys jurassique, désormais classique dans les Alpes Occidentales, a donc pu être précisée pour ce secteur de la marge: Au Trias : dépôt de carbonates de plate-forme, à rares invasions marines A l'Hettangien inférieur : apparition de failles à faible rejet suivie d'un approfondissement modéré des milieux de dépôt. De l'Hettangien supérieur au Toarcien inférieur : existence de deux périodes de crise tectonique encadrant une période de calme relatif;qui conduisent à une accentuation du rejet de certaines failles et à l'individualisation de blocs basculés plurikilométriques, limitant des zones hautes à entroques et des milieux plus profonds à micrites et coulées turbides. Au Toarcien moyen : uniformisation des faciés argileux, qui scellent les structures antérieures.

Le vieillissement de la population entraîne une hausse des maladies chroniques telle que la maladie d’Alzheimer dans nos sociétés occidentales. L’enjeu du vieillissement se répercute aussi dans les réformes de nos politiques sociales, et plus généralement dans la gestion des services publics. Dans ce contexte, le régime de santé publique québécois connaît diverses modifications concernant la prestation de soins de première ligne. De nouveaux acteurs acquièrent des rôles et des responsabilités définissant des enjeux particuliers. Nous étudierons l’un de ces enjeux. Ce mémoire vise à spécifier les processus sociaux à la base de l’isolement des aidants familiaux de personnes atteintes par la maladie d’Alzheimer. La stigmatisation des aidants et les microprocessus afférents sont les principaux mécanismes analysés. Les données sont extraites d’entrevues semi-structurées réalisées avec une cohorte d’aidants familiaux (N=60) suivie longitudinalement depuis le début de leur trajectoire de soins. Une démarche qualitative soutient ce projet. Nous avons analysé un échantillon de douze participants au moyen d’une approche séquentielle. Trois processus typiques ont été identifiés : le stigma de forme en ruptures (séparation sociale), le stigma de forme transitoire (stigma transitoire) et le stigma de forme anomique (anomie sociale). Les résultats suggèrent que les réseaux sociaux des aidants sont soumis à un ensemble de conditions favorisant la structuration du stigma social, la principale condition étant un enjeu de pouvoir concernant le contrôle de la personne malade. Les aidants conjoints de personnes atteintes sont plus enclins à la stigmatisation en début de trajectoire. / Aging populations in western societies contribute to the raise of chronic illnesses such as Alzheimer disease. The issue of aging also echoes in recent political reforms and more generally in the way we manage public services. In this context, Quebec’s public health regime has known diverse modifications concerning “first line caregiving” (soins de première ligne). New actors of the public system have acquired roles and responsibilities defining particular issues. We address one of these issues. This research aims at specifying the social processes inherent to the isolation of family caregivers helping a relative suffering from Alzheimer disease. The stigmatization process and related microprocesses are the principal mechanisms analysed. The data derives from in-depth, semi-structured interviews, realised with a cohort of sixty family caregivers followed longitudinally since the beginning of their care trajectories. A qualitative scheme bears out our investigation. We have analysed a sample of twelve participants using a sequential approach. Three typical processes were identified: social separation, transitory stigma and social anomia. Results suggest that the caregivers’ support networks are subjected to a setting of conditions structuring social stigma, the recurrent condition being an issue of power implying the social control of the ill relative. Caregivers who also are the spouses of the ill relative are the most inclined to stigmatization in early trajectory.