La thèse s'inscrit dans le domaine de l'ingénierie de l'interaction Homme-Machine. Elle porte sur la plasticité des Interfaces Homme-Machine (IHM), c'est-à-dire leur capacité à s'adapter à leur contexte d'usage dans le respect des bonnes propriétés pour l'humain. Plus précisément, l'objet d'étude est la transformation de l'IHM pour accélérer l'interaction. / Research contributes to the engineering of Human Computer Interaction. It deals with the plasticity property, i.e. the ability of User Interfaces to withstand variations of the context of use while preserving user centered properties. More specifically, the object under study is the UI transformation for speeding up interaction.

Dans toutes sortes de milieux industriels comme l'aéronautique, l'industrie spatiale, l'industrie pétrolière et tant d'autres, il est indispensable d'effectuer des calculs numériques pour simuler des phénomènes intervenant dans des systèmes naturels ou artificiels modélisables par la mécanique des milieux continus. Nous nous sommes intéressés à la question scientifique suivante: Comment, pour une simulation donnée et des moyens de calcul donnés, obtenir la plus grande précision de prédiction ? Le but de cette thèse est de faire le lien entre deux techniques de simulation numérique : les méthodes multigrilles et les nouvelles méthodes adaptatives anisotropes récemment développées. On résout une équation aux dérivées partielles elliptique. L'adaptation des maillages au problème donné repose sur une minimisation d'une grandeur donnée suivant la méthode d'adaptation employée: l'erreur d'interpolation pour l'adaptation basée-hessiens, une pondération de l'erreur d'approximation pour la méthode goal-oriented et la norme de l'erreur d'approximation pour la méthode norm-oriented. La méthode multigrille permet d'accelérer la convergence sur chaque maillage. Plusieurs cas tests ont été effectués pour s'assurer de l'efficacité des différentes méthodes. / In many industrial activities such as aeronautics, space industry, oil industry and many others, it is essential to carry out numerical computations to simulate phenomena occurring in natural or artificial systems modelisable by mechanical Continuum. This thesis focuses on the following scientific question: how, for a given simulation and computing means given, obtain the highest prediction accuracy? Our contribustion makes the link between two numerical simulation techniques: multigrid methods and new recently developed anisotropic adaptative methods. We solve an elliptic partial differential equation. The adaptation of the mesh to the given problem is based on minimization of a given magnitude following the adaptation method employed: the interpolation error for the Hessian-based adaptation, a weighting of the approximation error for goal-oriented method and the norm of the approximation error for the norm-oriented method. The multigrid method permits to accelerate convergence on each mesh. Several tests cases were carried out to ensure the effectiveness of the different methods.

Des contaminations par Enterobacter gergoviae, dans les formulations cosmétiques diverses soulèvent le problème de la résistance bactérienne aux biocides. J'ai pu mettre en évidence, que certains épisodes de contaminations apparus au sein de l'entreprise partenaire, étaient dus à un même isolat persistant suite à un système de conservation/désinfection inefficace. Aux concentrations maximales autorisées par la commission européenne, les conservateurs ont des effets bactériostatiques mais ne présentent pas d'effets synergiques en association. Par conséquent, l'adaptation aux produits cosmétiques est favorisée. Divers mécanismes de résistance peuvent être mis en place par E. gergoviae : enzymatique (synthèse de peroxyredoxine), modifications de l'enveloppe (expression d'appendices externes : flagelles ou fimbriae/pili), modification de la mobilité, et formation de biofilms. L'apparition de ces mécanismes a aussi favorisé les résistances croisées conservateurs /désinfectants-détergents. / Contaminations by Enterobacter gergoviae in various cosmetic formulations raise the problem of bacterial resistance to biocides of the species, which represent the third source of cosmetics bacterial contaminations. The collaborative cosmetic company was concerned by unrelated contaminations but some contamination events were due to persistence of isolates in internal system process, despite disinfection protocols and use of preservatives. At the maximum levels allowed by the European Commission, preservatives tested have bacteriostatic effects and do not exhibit synergistic effects in combination. Therefore, adaptation in cosmetics is facilitated. Various resistance mechanisms can be implemented by E. gergoviae: Enzymatic (peroxyredoxin synthesis), changes in the envelope (expression of external appendages: flagella or fimbriae/pili), changes in mobility and biofilm formation. The appearance of such mechanisms has also promoted a cross-resistance conservative / disinfectant - detergent.

Le nitrate est une source essentielle d’azote pour les plantes. Les transporteurs racinaires qui prélèvent le nitrate du sol sont soumis à des régulations transcriptionnelles qui modulent les capacités de prélèvement du nitrate. NRT2.1, transporteur de nitrate essentiel et majoritaire au niveau racinaire, est très fortement exprimé en condition limitante en nitrate, et réprimé sous forte nutrition azotée. Cette répression est corrélée avec un enrichissement en marque chromatinienne H3K27me3 qui semble dépendant du régulateur chromatinien HNI9. H3K27me3 est une marque chromatinienne répressive pour l’expression des gènes, catalysée par le complexe PRC2, et est impliquée dans la régulation du développement. Cependant, le rôle de H3K27me3 et de PRC2 dans l’adaptation à des environnements nutritionnels fluctuants reste à étudier. Le projet qui m’a été confié était d’étudier, chez Arabidopsis, la contribution de H3K27me3 dans la régulation du gène NRT2.1 en réponse à l'azote. Nous démontrons que H3K27me3 n’est pas le déterminant majeur de la répression de NRT2.1 par le fort statut azoté, mais que H3K27me3 régule directement NRT2.1, dans un contexte où NRT2.1 est fortement exprimé, afin de tempérer son expression. Nous montrons également que l’absence de limitation de l’hyperactivité du promoteur NRT2.1 peut in fine conduire à un état totalement réprimé par méthylation de l’ADN. Ce travail révèle une fonction insoupçonnée de PRC2 en tant que modulateur et protecteur de l’expression de gènes fortement exprimés. Nous montrons aussi que HNI9 aurait pour fonction d’activer des gènes de réponse à un stress oxydant mis en place lors d’une forte nutrition, et que PRC2 et NRT2.1 ont des rôles indépendants dans la régulation de l’architecture racinaire. L’ensemble de ce travail a permis de mettre en lumière de nouvelles fonctions de la dynamique chromatinienne dans la régulation de gènes majeurs pour la nutrition des plantes. / Nitrate is an essential source of nitrogen for plants. Root nitrate transporters are subjected to transcriptional regulations that allow a fine control of nitrate uptake capacities. NRT2.1, an essential and major nitrate transporter in roots, is strongly expressed under limiting nitrate condition, and repressed under high nitrogen nutrition. This repression is correlated with an enrichment in chromatin mark H3K27me3, which seems to be dependent on the chromatin regulator HNI9. H3K27me3 is a chromatin mark repressive for gene expression, catalysed by the PRC2 complex, and involved in developmental regulation. However, the role of H3K27me3 and PRC2 in the adaptation to fluctuating nitrogen environments remains to be understood. My project was to study, in Arabidopsis, the contribution of H3K27me3 in the regulation of NRT2.1 gene in response to nitrogen provision.We demonstrate that H3K27me3 is not the major determinant of NRT2.1 repression by high nitrogen status, but that H3K27me3 directly regulates NRT2.1, in a context where NRT2.1 is strongly expressed, to temper its expression. We also show that the absence of limitation of NRT2.1 promoter hyperactivity can lead to a switch to full silencing by DNA methylation.This reveals an unexpected function of PRC2 as a safeguard for the expression of highly expressed genes. We also show that HNI9 is involved in the activation of oxidative stress responsive genes, which occurs under N-rich nutrition, and that PRC2 and NRT2.1 play independent roles in the regulation of root architecture. This work has highlighted new functions of chromatin dynamic in the regulation of genes with major significance for plant nutrition.

This study is the result of tests conducted to determine the adaptability of the human eye to darkness.

This thesis explores the possibility of controller restructuring for improved closed-loop performance of nonlinear plants using a gradient based method of symbolic adaptation- Model Structure Adaptation Method (MSAM). The adaptation method starts with a controller which is a linear controller designed according to the linearized model of the nonlinear plant. This controller is then restructured into a series of nonlinear candidate controllers and adapted iteratively toward a desired closed-loop response. The noted feature of the adaptation method is its ability to quantify structural perturbations to the controllers. This quantification is important in scaling the structural Jacobian that is used in gradient-based adaptation of the candidate controllers. To investigate this, two nonlinear plants with unknown nonlinearities viz., nonlinear valve and nonlinear inverted pendulum are chosen. Furthermore, the properties of restructured controllers obtained for two systems, stability, effect of measurement noise, reachability, scalability and algorithmic issues of MSAM are studied and compared with the starting controller.

When designing a complex Cyber-Physical System it is often impossible to foresee all potential situations in advance and prepare corresponding tactics to adapt to the changes in dynamic environment. This greatly hurts the system's resilience and dependability. All kinds of trouble can rise from situations that lie beyond the expected "envelope of adaptability" from malfunction of one component to failure of the whole system. Self-adaptation approaches are typically limited in choosing a tactic from a fixed set of tactics. Meta-adaptation strategies extend the limits of system's inherent adaptation by creating new tactics at runtime. This thesis elaborates and provides implementations of selected meta-adaptation strategies for IRM-SA in jDEECo as well as their evaluation in a scenario based on a firefighter coordination case study. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)

Chez la pomme de terre Solanum tuberosum, la jambe noire et la pourriture molle sont des maladies provoquées par des populations bactériennes associant une ou plusieurs espèces des genres Pectobacterium et Dickeya. Depuis plusieurs décennies en Europe, l’implication des Dickeya s’amplifie, notamment avec l’émergence récente de D. solani dans les années 2000. Aucun moyen de lutte curatif n’est efficace contre ces phytopathogènes ; seules des approches prophylactiques sont mises en place par les filières de production. Dans ce travail, l’analyse de la structure de populations pathogènes au sein de parcelles de pomme de terre du nord de la France montre que D. dianthicola et D. solani dominent en abondance relative les populations de Pectobacterium, tandis que D. dianthicola domine D. solani lorsque les deux populations coexistent. Dans une seconde partie, des populations artificielles de D. dianthicola et D. solani ont permis d’évaluer leur agressivité et leur compétitivité en serre. Tandis que la population de D. dianthicola confirme sa plus forte agressivité et compétitivité après infection de plantes entière de S. tuberosum, celle de D. solani s’avère plus agressive et compétitive après infection de jacinthes Hyacinthus orientalis, ainsi qu’en milieux de culture riche et minimum. L’analyse individuelle des isolats composant les populations artificielles de D. dianthicola et de D. solani montre que l’agressivité différente chez l’hôte S. tuberosum est un trait distinctif de ces espèces pathogènes ; ce qui renforce l’hypothèse d’un transfert d’hôte récent (plantes à bulbes vers plants de pomme terre) de D. solani. D’une manière remarquable, dans les tissus infectés de S. tuberosum (tige et tubercules), les gènes de virulence pelD et pelE sont plus fortement exprimés et d’une manière plus hétérogène chez les isolats de D. solani que ceux de D. dianthicola. Une analyse transcriptomique comparative confirme la variabilité de l’expression de fonctions de virulence entre 3 isolats de D. solani. L’ensemble de ce travail révèle que D. solani est encore en phase d’adaptation à l’hôte S. tuberosum avec une moindre compétitivité contre D. dianthicola lors de co-infection mais a une expression des fonctions de virulence en condition de macération plus importante que D. dianthicola. Ainsi, sous condition de sélection de variations génétiques favorables à son installation sur l’hôte S. tuberosum et à l’amélioration de sa compétitivité contre D. dianthicola, D. solani représente un risque majeur à moyen terme pour la culture de pomme de terre. / In potato plant (Solanum tuberosum), blackleg and soft rot are diseases caused by bacterial populations associating one or more species of the genus Pectobacterium and Dickeya. For several decades in Europe, the involvement of the genus Dickeya has increased, notably with the recent emergence of D. solani in the 2000s. No effective control exists against these plant pathogens; only prophylactic approaches are set up by the production industry. In this work, analysis of the structure of pathogenic populations in potato fields of northern France shows that D. dianthicola and D. solani dominate populations of Pectobacterium in relative abundance, while D. dianthicola dominates D. solani when both populations coexist. In a second part, artificial populations of D. dianthicola and D. solani isolates have allowed to assessed their aggressiveness and competitiveness in a greenhouse experiment. While the D. dianthicola population confirms its strongest aggressiveness and competitiveness when whole plants of S. tuberosum are infected, D. solani population is more aggressive and competitive when infecting Hyacinthus orientalis, as well as in rich and minimal liquid mediums. The individual analysis of the isolates of the artificial populations of D. dianthicola and D. solani shows that different aggressiveness in the host S. tuberosum is a distinctive trait of these pathogenic species; which reinforces the hypothesis of a recent host transfer (bulb plants to potato plants) of D. solani. Remarkably, in infected tissues of S. tuberosum (stem and tubers), the virulence genes pelD and pelE are highly expressed and more heterogeneously among D. solani isolates than those of D. dianthicola. A comparative transcriptomic analysis confirms the variability of the expression of virulence functions between 3 isolates of D. solani. All this work reveals that D. solani is still in adaptation phase to the host S. tuberosum, with less competitiveness against D. dianthicola during co-infection but an expression of the virulence functions in maceration condition greater that D. dianthicola. Thus, under the condition of selection of favorable genetic variations to its establishment on S. tuberosum host plant and the improvement of its competitiveness against D. dianthicola, D. solani represents a medium-term major risk for potato cultivation.

Ce travail se concentre sur l'idée que la rationalité organisationnelle est limitée: les décideurs recherchent des solutions offrant un minimum de satisfaction et pensent d’une manière qui est typique pour l'homme. La thèse explore cette interaction entre le processus de recherche organisationnelle et la cognition des décideurs et démontre que certains biais (distorsions) dans les aspects caractéristiques de notre pensée peuvent être des instruments de stratégie comportementale.Comme le point de départ, je complète le premier primitif de la rationalité limitée, i.e. la génération et l'évaluation d’alternatives, avec des éléments intégrés de la cognition humaine, tels que la pensée intuitive, spécifiquement l’heuristique d’affect, et des représentations mentales imparfaites. À l'aide de modèles de calcul, j’étudie les effets des biais correspondants à ces éléments de la cognition humaine (préférences affectives et erreurs systématiques dans les représentations mentales) dans le temps lorsque des organisations s'adaptent à des environnements complexes. Cela me permet d'identifier les cycles de vie des éléments de la cognition humaine et de montrer que les organisations devraient gérer (plutôt que d'éliminer) certains biais. Enfin, je fais des propositions et je teste empiriquement un sous-ensemble de mes prédictions.En conclusion, ce travail vise à faire progresser la théorie émergente de la stratégie comportementale en considérant conjointement différents primitifs de la rationalité limitée et en les intégrant aux connaissances existantes en sciences organisationnelles. Une question générale qui motive ce travail est la façon dont les organisations peuvent gérer les nombreuses limites de la rationalité humaine. / This work centers on the tenet that organizational rationality is bounded: decision makers search, satisfice, and think in the way that is typical (in its integrity) only of humans. The dissertation explores this interplay between search and decision maker’s cognition and demonstrates how biases in characteristic aspects of our thinking can be instruments of behavioral strategy.As a starting point, I take search, sequential generation and evaluation of alternatives, as the first primitive of bounded rationality and complement it with integral elements of human cognition, such as automatic, intuitive thinking, specifically affect heuristic, and imperfect mental representations of reality. With the help of computational models, I track the effects of the corresponding biases (systematic affective preferences and systematic errors in mental representations) over time as organizations adapt to complex environments. This allows me to identify life cycles of the elements of human cognition and show that organizations should manage (rather than eliminate) some biases over time. Finally, I derive predictions and empirically test a subset of my propositions.In conclusion, this work aims to advance the emerging theory of behavioral strategy by jointly considering different primitives of bounded rationality and integrating them with the existing knowledge in organization sciences. A broad question that motivates this work is how organizations can manage the many bounds to human rationality.

Aujourd’hui, face à l’épidémie d’obésité, de plus en plus de personnes ont recours à la chirurgie bariatrique, qui permet une perte de poids importante et une amélioration des conditions métaboliques associées à l’obésité. L’adaptation gastro-intestinale après la chirurgie et ses conséquences métaboliques sont cependant peu connues. Nous avons développé des modèles murins de bypass gastriques et de gastrectomie longitudinale (sleeve) et nous avons caractérisé l’adaptation morphologique et fonctionnelle de l’épithélium gastro-intestinal après ces chirurgies afin de comprendre l’origine des améliorations métaboliques. Nous avons montré que l’estomac était remodelé après les deux chirurgies, suggérant une augmentation de la production acide par les cellules pariétales et une altération de la production de gastrine et de ghréline. Après le bypass, l’anse alimentaire était hyperplasique et la consommation intestinale de glucose était augmentée chez le rat et l’homme; après la sleeve, l’absorption de glucose lors du repas était diminuée. De plus, l’augmentation du nombre de cellules entéroendocrines observée après le bypass, et l’augmentation de leur densité après la sleeve pourraient participer à l’hypersécrétion des hormones incrétines. L’ensemble de ces mécanismes pourrait contribuer à améliorer le contrôle de la glycémie. Enfin, le mini-bypass chez le rat a induit une malabsorption protéique et des fuites énergétiques majeures qui n’étaient pas compensées par l’hyperplasie intestinale ou l’augmentation de l’expression des transporteurs de peptides. Cette thèse montre l’importance du tractus gastro-intestinal dans les conséquences métaboliques de la chirurgie bariatrique / In today’s global epidemic of obesity, more and more people are undergoing bariatric surgery, which is the best known treatment available to lose weight and treat obesity-associated diseases. Yet, little is known about gastrointestinal (GI) adaptation and its metabolic consequences after surgery. We developed original models of Roux-en-Y gastric bypass (RYGB), mini-bypass (MGB) and vertical sleeve gastrectomy (VSG) in rats, and we characterized the morphological and functional adaptations of the GI epithelium after these surgeries in order to understand the origin of the observed metabolic improvements. We reported profound changes in the remaining gastric mucosa of rats having undergone RYGB and VSG, suggesting an increase in acid production by parietal cells and an impaired production of gastrin and ghrelin. In RYGB rats and patients, the alimentary limb was hyperplasic and intestinal glucose consumption was increased. After VSG, the absorption of glucose during meals appeared diminished. These adaptations could participate in the lowering of blood glucose after surgery. In addition, the increased number of enteroendocrine cells observed in RYGB rats and patients, and their increased density in VSG rats, could contribute to the higher secretion of incretin hormone and improved glycemic control in operated individuals. Finally, we demonstrated in rats that the MGB was more malabsorptive than the RYGB. Indeed, we observed an increased fecal loss of nitrogen and energy despite intestinal overgrowth and higher expression of peptide transporters. This thesis brings new insight to the role of the GI tract in the metabolic outcomes of bariatric surgeries