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Estudo da estrutura molecular dos cromossomos supranuméricos em Moenkhausia sanctaefilomenae (Teleostei, Characiformes, Characidae)Scudeler, Patrícia Elda Sobrinho [UNESP] 27 August 2010 (has links) (PDF)
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scudeler_pes_dr_botib.pdf: 3308271 bytes, checksum: e67620edd6e6af675f92b8452e36f2a2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os chamados cromossomos supranumerários ou B, também denominados de cromossomos extras ou acessórios, são elementos genômicos adicionais e não homólogos aos do complemento A. Alguns estudiosos consideram que os cromossomos B poderiam ter sido originados dos cromossomos do complemento cariotípico e posteriormente seguido sua própria evolução, mas existem também outras hipóteses a respeito disso. A presença desse tipo de cromossomo tem sido descrita em animais e plantas e estes elementos estruturais extras constituem material genético de origem e função geralmente desconhecidas. As mudanças no complemento cariotípico relacionadas à presença dos cromossomos B e a sua distribuição têm sido descritas como participantes dos mecanismos evolutivos em vertebrados. Entre os peixes, principalmente da fauna Neotropical, a presença de cromossomos B apresenta-se de forma expressiva entre as espécies, sendo de grande interesse para estudos sobre sua estrutura, origem e função no processo de diversificação biológica. Estes cromossomos têm um comportamento diferencial, quando submetidos à coloração por bandamento C, geralmente se apresentando total ou parcialmente heterocromáticos e às vezes eucromáticos. Essas características podem ser uma forte evidência da sua provável origem e evolução independente. Portanto, sabendo-se que o entendimento sobre os cromossomos B depende de intensivas análises citogenéticas e moleculares, e com o intuito de entender a natureza dos processos envolvidos na evolução desses cromossomos, no presente trabalho foram analisados cinco populações de Moenkhausia sanctaefilomenae e as espécies Moenkhausia cosmops e Moenkhausia oligolepis pertencentes a diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas em exemplares de M. sanctaefilomenae, população do ribeirão Araquá, técnicas citogenéticas básicas... / The so-called supernumerary or B chromosomes, also known as extra or accessory chromosomes, are additional genomic elements non-homologous to those from the standard or A complement. Some experts argue that B chromosome would have been derived from the standard karyotype that have undergone their own evolutionary history, bout other hypotheses have also been proposed. The occurrence of these chromosomes has been described in both animals and plants but the origin and function of such extra structural elements remains poorly understood. Karyotypical changes related to the presence of B chromosomes and their distribution have been reported as evolutionary mechanisms in vertebrates. Among fish, mainly neotropical ones, B chromosomes are expressively found in many species, justifying their great interest for studies about structure, origin and function during biological diversification processes. These chromosomes have a differential behavior when submitted to C-banding, being entirely or partially heterochromatic or else euchromatic. These features might be a reliable evidence of their probable independent origin and evolution. Therefore, the understanding about B chromosomes depends on intensive cytogenetic and molecular analyses, and in order to comprehend the nature of their evolutionary processes, five populations of Moenkhausia sanctaefilomenae and the species Moenkhausia cosmops and Moenkhausia oligolepis from different Brazilian hydrographic basins were analyzed in the present work. Basic cytogenetic (Giemsa staining, silver-stained NOR location and C-banding) and molecular (base-specific fluorochromes, 18S rDNA and 5S rDNA fluorescent in situ hybridization) techniques were applied on specimens of M. sanctaefilomenae from Araquá stream, to verify particularities related to heterochromatin distribution and B chromosomes, representing an interesting model for further molecular... (Complete abstract click electronic access below)
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Elucidação dos efeitos de cromossomos supernumeráveis na espécie de ciclídeo africano Astatotilapia latifasciata, com base na análise de expressão de micro-RNAsFantinatti, Bruno Evaristo de Almeida [UNESP] 31 July 2015 (has links) (PDF)
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000868844.pdf: 8016009 bytes, checksum: a5ffc89b1b5a01ff1b019ba237d0b05e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / CAPES: 3127-14-1 / CNPq: 151697/2001-6 / FAPESP: 13/04533-3
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Estimation of (co)variance components by weighted and unweighted symmetric differences squared, and selected MIVQUE's : relationships between methods and relative efficiencies /Keele, John Wiliam January 1986 (has links)
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Facteurs génétiques impliqués dans la différenciation de l'endoderme primitif au cours du développement préimplantatoire chez la sourisWustrack, Nina 04 June 2010 (has links) (PDF)
Les études menées depuis de nombreuses années sur l'embryogenèse de la souris ont permis sa caractérisation morphologique. Le but de notre équipe est de participer à l'élucidation des facteurs jouant un rôle important dans le développement préimplantatoire murin. Pour cela, nous nous sommes focalisés sur un des 1ers types cellulaires déterminé à ces stades : l'endoderme primitif (EPr). L'EPr est un tissu extra-embryonnaire formant un épithélium indispensable au bon déroulement du développement et à la survie de l'embryon. Afin de mieux caractériser les facteurs génétiques et voies de signalisations impliquées dans la différenciation de l'EPr chez la souris, je me suis intéressée à la signalisation rétinoïque ainsi qu'à la voie Wnt canonique. J'ai tout d'abord analysé l'expression des marqueurs de l'EPr et de l'épiblaste (le tissu embryonnaire) par RT-PCR quantitative au cours de la différenciation de cellules F9 en cellules de l'EPr par l'acide rétinoïque. Ainsi, j'ai montré que les marqueurs endodermiques sont induits séquentiellement et dans le même ordre que in vivo. J'ai également adapté ce protocole aux embryons préimplantatoires. Grâce à l'hybridation in situ et l'immunohistochimie j'ai caractérisé les profils d'expression de différents acteurs de la voie des rétinoïdes ainsi que de Dkk1 un inhibiteur spécifique de la voie Wnt canonique.
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Identificação dos cromossomos de Mazama gouazoubira (Artiodactyla; Cervidae) envolvidos em rearranjos induzidos pela doxorrubicina /Tomazella, Iara Maluf. January 2012 (has links)
Orientador: Jose Maurício Barbanti Duarte / Coorientador: Vanessa Veltrini Abril / Banca: Raquel Alves dos Santos / Banca: Marcelo de Bello Cioffi / Resumo: O processo de evolução cariotípica dos cervídeos a partir de um ancestral comum e hipotético, que possuía cariótipo com número diplóide e fundamental igual a 70, foi marcado por complexos rearranjos cromossômicos. Este cariótipo foi retido e pode ser encontrado na espécie Neotropical Mazama gouazoubira, que apresenta variação cromossômica e esta por sua vez, pode ser explicada pela fragilidade cromossômica. Este trabalho teve como finalidade identificar os cromossomos portadores de aberrações cromossômicas induzidas pela doxorrubicina, e localizar as regiões de quebras desses cromossomos. Foram analisados citogeneticamente 6 animais por meio da coloração convencional para a identificação e quantificação de 9 diferentes tipos de aberrações cromossômicas (anel, dicêntrico, gap cromatídico, gap cromossômico, quebra cromatídica, quebra cromossômica, forma trirradial, forma quadrirradial e rearranjo) e pelo bandamento G para a identificação precisa dos cromossomos portadores das aberrações e localização das regiões de quebras desses cromossomos. Os pares cromossômicos 1, 2, 4, 5, 6, 7, 15, 16 e o cromossomo sexual X apresentaram aberrações cromossômicas em todos os animais analisados. Entre os cromossomos que apresentaram aberrações cromossômicas, as regiões em que estas se concentraram com maior frequência foram as regiões mediana e distal em relação ao centrômero. Tais dados sugerem que estas regiões dos cromossomos podem estar mais suscetíveis à fragilidade cromossômica e consequentemente, poderiam estar envolvidas com a diferenciação cariotípica das espécies / Abstract: The process of karyotype evolution of deer from a hypothetical common ancestor with diploid and fundamental numbers equal to 70 was characterized by complex chromosomal rearrangements. This ancestral karyotype was retained and it is considered to be standard for the current Neotropical species, Mazama gouazoubira. Several animals of this species, analyzed in different studies, showed karyotype variation that can be explained by chromosomal fragility. This study aimed to identify the chromosomes carrying doxorubicin-induced aberrations and to locate the regions of chromosome breaks (proximal, middle or distal). Six animals were analyzed by conventional staining for the identification and quantification of nine different types of chromosomal aberrations (ring, dicentric, chromatid gap, chromosomal gap, chromatid break, chromosomal break, triradials form, quadriradials form and rearrangements) and by G-banding for the precise identification of the chromosomes that carry aberrations and the regions where the breaks occur. The 1, 2, 4, 5, 6, 7, 15 and 16 chromosome pairs and the X sex chromosome showed chromosomal aberrations in all analyzed animals. Among all chromosomes that presented chromosomal aberrations, most of them were located in the middle and distal regions. These data suggest that the middle and distal regions of the chromosome may be more susceptible to chromosomal fragility and, consequently, could be involved in the karyotype differentiation of Mazama species / Mestre
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Análise genética de resistência ao Rhipicephalus (Boophilus) microplus em bovinos cruzados Hereford x Nelore /Ayres, Denise Rocha. January 2012 (has links)
Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Márcia Cristina de Sena Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: Com o objetivo de investigar a variação genética para característica resistência a carrapato e encontrar o modelo mais adequado para avaliação genética desta característica, foram utilizados dados de contagem de carrapato (CC) por infestação natural em bovinos cruzados Hereford x Nelore. Primeiramente os dados de CC obtidos de rebanhos localizados nos estados de Rio Grande do Sul (RS), Paraná (PR), Mato Grosso do Sul (MS) e São Paulo (SP) foram transformados para log10(CC+1) e agrupados em duas regiões, definidas por análise de agrupamento. Cada grupo foi considerado como uma característica diferente e com a utilização de um modelo bi-característica foram estimados os componentes de (co)variância e ainda avaliada a ocorrência de interação genótipo x ambiente para a característica. As estimativas de herdabilidade observadas para resistência à infestação por carrapatos foram baixas sugerindo que exista a possibilidade de seleção para animais resistentes a carrapato, porém com um lento progresso genético. Foi observada alta correlação genética para a característica contagem de carrapatos entre os dois grupos e não foi observada interação genótipo x ambiente para esta característica na população de estudo. Posteriormente, foi realizado um estudo comparativo quanto à habilidade preditiva e o ajuste de diferentes modelos para avaliação da característica contagem de carrapatos. Para isso foram utilizados três diferentes modelos de avaliação: linear com a utilização da transformação logarítmica das observações (MLOG); linear sem a transformação das observações (MLIN) e o linear generalizado Poisson com adição de um termo residual (MPOI). Foi utilizada validação cruzada para comparar a habilidade preditiva dos modelos. Uma discreta superioridade quanto à qualidade de ajuste... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Aiming to investigate the genetic variation of tick resistance and to find the Best fitting model for this trait, data of tick counting (TC) by natural infestation in Hereford Nellore cattle were used. Firstly, the data of TC obtained from herds located in the states of Rio Grande do Sul (RS), Parana (PR), Mato Grosso do Sul (MS) e São Paulo (SP) were transformed into log10(CC+1) and grouped into two regions, defined by cluster analysis. Each group was considered as a different trait, and by using a two-trait model, the covariance components were estimated, and also, the occurrence of genotype x environment interaction was evaluated for the trait. Estimates of heritability observed for TC were low, suggesting that there is a possibility of selecting animal that are resistant to tick infestation, however, with a low genetic progress. High genetic correlation for TC between both groups was estimated, and no genotype x environment interaction was observed for this trait in this population. After, a comparative study was performed regarding the predictive ability and the fitting of different models for the evaluation of TC. For that, three different evaluation models were used: linear with the use of logarithmic transformation of the data (MLOG); linear without the use of logarithmic transformation of the data (MLIN), and linear generalized Poisson with the addition of a residual term (MPOI). Cross validation was performed to compare the predictive ability of the models. A discreet superiority regarding the adjustment quality and the predictive ability were showed by the model MPOI. Correlations between observed and predicted TC were almost equal in all models and the highest rank correlation between EBVs was observed between... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Parâmetros genéticos de características associadas à integridade óssea em frangos de corte /Souza, Camila Gabrielle de. January 2013 (has links)
Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Jane de Oliveira Peixoto / Coorientador: Mônica Corrêa Ledur / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Resumo: A intensa seleção realizada nos frangos de corte com base, principalmente, no peso corporal ao abate resultou em respostas correlacionadas indesejáveis, tais como, problemas de pernas, mortalidade e doenças metabólicas das aves. Estes problemas causam perdas econômicas para a indústria avícola, pois o desempenho e bem-estar das aves fica comprometido, ocasionando significativo índice de descarte de carcaças nos abatedouros. Neste trabalho, o objetivo foi avaliar a variabilidade genética do peso corporal e integridade óssea de uma população de frangos de corte, com o intuito de fornecer subsídios ao programa de melhoramento genético da população. Parâmetros genéticos foram estimados para características morfométricas, mecânicas e a composição química dos ossos longos da tíbia de 1448 aves da população referência TT de frangos de corte, pertencente ao programa de Melhoramento Genético de Aves da Embrapa Suínos e Aves, cuja seleção é baseada, principalmente, no peso corporal aos 42 dias de idade (PV42). As análises foram efetuadas pelo método de máxima verossimilhança restrita, em modelo animal multi-característica, considerando os efeitos aleatórios de animal e residual e os efeitos fixos de grupo sexo-incubação (10 níveis). Foram avaliados PV42, comprimento (COMP) e espessura da tíbia (ESP) em milímetros (mm); resistência à quebra da tíbia (RQ) em quilogramaforça/ milímetro (kgf/mm); características químicas do osso da tíbia, tais como matéria seca da tíbia (MS) e cinzas da tíbia (CZ) em porcentagem (%) e magnésio (Mg) da tíbia em partes por milhão (ppm). As estimativas de herdabilidade do presente estudo variaram entre 0,18 ± 0,07 (MS) a 0,46 ± 0,07 (PV42), indicando que as características apresentam variabilidade genética aditiva suficiente para serem submetidas a seleção. As estimativas de correlação genética variaram de ... / Abstract: The intense selection carried out in broilers based mainly on body weight at slaughter resulted in undesirable correlated responses such as leg problems, mortality and metabolic diseases of poultry. These problems cause economic losses to the poultry industry, because the performance and welfare of the birds is compromised, causing significant rate of disposal of carcasses in slaughterhouses. The aim of this study was to evaluate the genetic variability of body weight and tibia bone integrity-related traits in a paternal broiler line. Data from 1448 broilers was used to estimate the genetic parameters of body weight at 42 days of age (PV42), tibia length and width (COMP and ESP), breaking resistance (RQ), percentage of dry matter (MS), ash (CZ) and magnesium (Mg), in parts per million. Variance components were estimated by Restricted Maximum Likelihood under multi-trait animal model. The general model included the fixed effect of sex-hatching group, and the random additive genetic and residual effects. Heritability estimates ranged from 0,18 ± 0,07 (MS) to 0.46 ± 0.07 (PV42). Genetic correlations ranged from -0.66 ± 0.20 (Mg and RQ) to 0,55 ± 0,15 (CZ and RQ). Environmental correlations ranged from -0.25 ± 0.08 (CZ and COMP) to 0.53 ± 0.05 (PV42 and COMP). The magnitude of heritability estimates observed for body weight and the evaluated tibia bone integrity-related traits, indicate that these traits can respond to selection in this population. The selection for PV42 favors moderately the tibia length, breaking resistance, and the MS and CZ content. However, the improvement in bone integrity would not be entirely proportional to increasing in body weight, what would explain partially the locomotion problems and economic losses verified during the slaughter process, since the development of bone tissue does not follows straight to body growth rate of broilers / Mestre
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Diversidade alélica do gene DRB3 do complexo principal de histocompatibilidade nas raças de búfalo mediterrâneo, Jafarabadi e Murrah /Olivatto, Lucas Matheus. January 2013 (has links)
Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientador: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Luciane Madureira de Almeida / Resumo: O Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é uma região do genoma com um denso agrupamento de genes que apresentam alto grau de polimorfismo. Os genes do MHC estão divididos em regiões que apresentam similaridades funcionais, contendo genes da classe I, II e III, sendo que em bovídeos a classe II é subdividida em dois agrupamentos denominados IIa e IIb. Genes da classe II do MHC têm chamado muito a atenção, se tratando de animais de produção, diante da necessidade de melhorar métodos de controle de doenças, por meio do desenvolvimento de novas vacinas e seleção de animais resistentes. Desta forma, o presente trabalho visou à realização de um estudo da diversidade alélica do gene DRB3 em três raças de búfalo de rio criadas no Brasil (Mediterrâneo, Jafarabadi e Murrah) utilizando a técnica de PCR-RFLP. As amostras de DNA foram extraídas de bulbo folicular de 24 animais da raça Mediterrâneo, 23 animais da raça Jafarabadi e 18 animais da raça Murrah. As reações de PCR foram realizadas com volume total de 30 μl e o produto de PCR obtido foi digerido com três enzimas de restrição: RsaI, HaeIII e PstI. Os pares de iniciadores de PCR produziram produto de PCR de aproximadamente 300 bp de tamanho. A digestão com a enzima de restrição RsaI apresentou oito alelos, com tamanhos aproximados: O (300 bp), RsaI-A (230+70 bp), RsaI-B (180+120 bp), RsaI-C (130+90+70 bp), RsaI-D (140+90+70 bp), RsaI-E (120+70+60 bp), RsaI-F (120+110+70 bp) e RsaI-G (110+70+60+55 bp), sendo cinco alelos (O, RsaI-A, RsaI-B, RsaI-C, RsaI-E) na raça Mediterrâneo, quatro alelos (O, RsaI-A, RsaI-F e RsaI-G) na raça Jafarabadi e três alelos (O, RsaI-A e RsaI-D) na raça Murrah. Em todos os produtos de PCR, das três raças, o genótipo homozigoto para o alelo O foi o mais frequente (300bp/300bp). Com a enzima de restrição HaeIII foram observados quatro alelos, com tamanhos aproximados ... / Abstract: The Major Histocompatibility Complex (MHC) is a genome region with have a dense clusters of genes that showing a high degree of polymorphism. The genes of the MHC are divided in regions that show similar functions, and contain genes of the classe I, II and III. The class II, in bovides is subdivided in two clusters called IIa and IIb. Much attention has been given to class II genes, especially to the livestock, because the production animal has a need of more efficient methods to control diseases through the development of vaccines and selection of resistant animals. Therefore, the present work aimed study the allelic diversity of the DRB3 gene in three breeds of river buffaloes raised in Brazil (Mediterranean, Jafarabadi and Murrah) by PCR-RFLP. DNA samples were extracted from follicle bulb of 24 Mediterranean, 23 Jafarabadi and 18 Murrah buffaloes breeds. The PCR reactions have 30 μl of volume and the PCR product was digested with three restriction enzymes: RsaI, HaeIII and PstI. The primers pairs produced a PCR product with 300 bp size proximally. Digestion with the restriction enzyme RsaI presented eight alleles, with proximally sizes: O (300 bp), RsaI-A (230+70 bp), RsaI-B (180+120 bp), RsaI-C (130+90+70 bp), RsaI-D (140+90+70 bp), RsaI-E (120+70+60 bp), RsaI-F (120+110+70 bp) and RsaI-G (110+70+60+55 bp), and were five alleles (O, RsaI-A, RsaI-B, RsaI-C and RsaI-E) in the Mediterranean breed, four alleles (O, RsaI-A, RsaI-F and RsaI-G) in the Jafarabadi breed and three alleles (O, RsaIA and RsaI-D) in the Murrah breed. In all of the PCR products, of the three breeds, the homozygote genotype for the allele O was the most frequent (300bp/300bp). Digestion with the HaeIII restriction enzyme produced four alleles, with proximally sizes: HaeIII-A (220+80 bp), HaeIII-B (170+80+50 bp), HaeIII-C (210+80 bp) and HaeIII-D (170+130 bp), where the Mediterranean breed presented the four alleles ... / Mestre
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Variabilidade genética e estruturação populacional do Bicudinho-do-brejo-paulista, Formicivora paludicola (aves: Thamnophilidae) uma espécie criticamente ameaçada do estado de São Paulo /Camargo, Crisley de. January 2014 (has links)
Orientador: Adriane Pinto Wasko / Coorientador: Mercival Roberto Francisco / Coorientador: Luis Fábio Silveira / Banca: Cristina Yumi Miyaki / Banca: Ricardo Belmonte-Lopes / Resumo: Populações pequenas são mais susceptíveis aos efeitos causados por deriva genética e endocruzamento o que, geralmente, está associado à perda de variabilidade genética. Baixos níveis de diversidade genética podem resultar em drásticas consequências nos indivíduos, como alterações nas taxas de fertilidade e capacidade de se adaptar a mudanças ambientais. Embora estes fatores possam elevar o risco de extinção, o fluxo gênico pode balancear estes efeitos, mantendo a variabilidade genética e diminuindo a divergência entre populações. Deste modo, conhecer as características genéticas intra e interpopulacionais é essencial quando se trata da conservação de espécies ameaçadas. Marcadores moleculares, como microssatélites e SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), são importantes ferramentas para acessar níveis de variabilidade genética e padrões de fluxo gênico em populações e vêm sendo amplamente utilizados em espécies alvo de programas de conservação. O bicudinho-do-brejo-paulista (Formicivora paludicola) é uma pequena ave restrita a brejos da Mata Atlântica que foi recentemente descrita na região metropolitana da cidade de São Paulo. Ocorre em 15 localidades isoladas situadas nas bacias do Alto Tietê e do rio Paraíba do Sul e, especialmente devido à destruição do seu hábitat, já está classificada como "Criticamente em Perigo" no estado de São Paulo. Ações prioritárias para a conservação da espécie incluem estudos genéticos para estabelecer o monitoramento e o manejo das populações naturais. Visto isso, o presente trabalho teve como objetivo avaliar os níveis de variabilidade genética e os padrões de fluxo gênico de duas populações de bicudinho-do-brejo-paulista, visando fornecer subsídios para futuras estratégias de conservação a serem desenvolvidas para a espécie. Para tanto, foram analisados 9 loci de microssatélites espécie-específicos e ... / Abstract: Small populations are more susceptible to genetic drift and inbreeding effects which, generally, can be associated to loss of genetic variability. Low levels of genetic diversity can result in severe effects in the individuals, as fertility alterations and capability of adaption to environmental changes. Although these factors can, in turn, increase the risk of extinction, gene flow may balance these effects, maintaining the genetic variability and reducing genetic divergences among populations. Therefore, it is essential to understand intra and inter population genetic data, in order to conserve threatened species. Molecular markers, such as microsatellites and SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), are reliable tools for assessing levels of genetic variability and patterns of gene flow in populations and have been widely used to analyze target species on conservation programs. The São Paulo marsh antwren (Formicivora paludicola) is a small bird restricted to marshes of Atlantic Forest that was recently described in the metropolitan region of São Paulo city. It occurs in 15 isolated localities spread on High Tietê and Paraíba do Sul River basins and, especially due to its habitat destruction, it is already considered as "Critically Endangered" in São Paulo State. Priorities actions for this species' conservation include genetic studies to establish the monitoring and management of natural populations. Therefore, the present study aimed to evaluate the genetic variability levels and the gene flow patterns of two populations of F. paludicola in order to support future conservation strategies for the species. As so, we analyzed 9 species-specific microsatellite loci and 8 additional heterologous loci, and also 1.227 SNPs loci that were developed by a RAD-seq (Restriction-site Associated DNA sequencing) approach. A total of 44 animals were collected in two marsh areas near Mogi das Cruzes city (MC) (N = 26) and Salesópolis city (SL) ... / Mestre
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Assinaturas de seleção na linhagem de trabalho de equinos da raça quarto de milha /Rincón Beltrán, Natalia Andrea. January 2014 (has links)
Orientador: Luis Artur Loyola Chardulo / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Gabriel de Menezes Yazbeck / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Resumo: O objetivo desta pesquisa foi identificar, por meio da utilização e análise de painéis de genotipagem de SNPs de alta densidade e da aplicação das estatísticas homozigose relativa do haplótipo estendido (REHH), uma extensão da análise EHH, e índice de fixação (FST), regiões do genoma selecionadas na linhagem de trabalho da raça Quarto de Milha de forma divergente em relação à de corrida. Foram utilizados 188 cavalos de ambos os sexos, nascidos entre 1985 e 2009, registrados na Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Quarto de Milha (ABQM), sendo 68 da linhagem de trabalho e 120 da de corrida. A partir de 36 regiões do genoma, consideradas assinaturas de seleção por ambas as estatísticas utilizadas, foi feita a anotação funcional de genes a fim de identificar aqueles que possam ter sido importantes ao longo do processo de formação da linhagem de trabalho. Quarenta e cinco genes foram identificados em processos biológicos relacionados aos sistemas muscular, esquelético, cardiovascular, respiratório e nervoso, neurotransmissão, metabolismo energético muscular, atividade motora, visão, audição, e função cognitiva. Os genes relacionados aos últimos quatro processos, merecem destaque pelo fato de que, em confluência, podem estar relacionados ao cow sense ou habilidade de apartação, característica de grande importância para a utilização do equino no manejo de bovinos de corte / Abstract: The objective of this study was to identify genomic regions selected in cutting line of Quarter Horses divergently in relation to racing line using high-density SNP genotyping arrays and the relative extended haplotype homozygosity (REHH) test, an extension of EHH analysis, and the fixation index (FST) as statistical methods. A total of 188 horses of both sexes, born between 1985 and 2009 and registered with the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders (ABQM), were used. Of these, 68 horses were from the cutting line and 120 from the racing line. On the basis of 36 genomic regions classified as selection signatures by the two statistical methods, functional annotation of genes was performed in order to identify those that might have been important during formation of the cutting line. Forty-five genes were found to be involved in biological processes related to the muscle, skeletal, cardiovascular, respiratory and nervous systems, neurotransmission, muscle energy metabolism, motor activity, vision, hearing, and cognitive function. The genes related to the last four processes are particularly interesting because these genes together may be involved in cow sense or cutting ability, an important characteristic for the management of beef cattle / Doutor
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