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Late Miocene, 8 to 6 million years ago (Ma), climatic changes brought about dramatic floral and faunal changes. Cooler and drier climates that prevailed in the Late Miocene led to expansion of grasslands and retreat of forests at a global scale. Palaeogeographic studies suggest a global vegetation change causing an abrupt increase in C4 plant biomass while C3 biomass decreased between 8 and 6 Ma. Subsequent cycles of cooler and drier climatic conditions during the Mid-Pliocene (3.5–3 Ma) and Pleistocene (2.8–2.5; 1.8–1.6; 1.0–0.8 Ma) also caused forests to retreat into isolated refugia which played an important role in events that led speciation and radiation of Muroid (Order Rodentia, Superfamily Muroidea) rodents. Muroid rodents are comprised of 6 families (Placanthomyidae, Spalacidae, Calomyscidae, Nesomyidae, Cricetidae, and Muridae) and make up close to one-third of named mammal species. Family Cricetidae and Muridae are especially speciose (containing ~1600 species altogether) and much of the diversity within these families arose during or after the Late Miocene. My dissertation deals with the systematics and historical biogeography of these fast-evolving groups of rodents with an emphasis on the genera Apodemus and Hybomys (Subfamily Murinae, Family Muridae), and Neodon (Subfamily Arvicolinae, Family Cricetidae). Habitat specialists such as Apodemus that occupy broadleaf forests, and Hybomys that occupy rainforests were likely isolated in forest refugia after the retreat of forests facilitating allopatric speciation. While voles in the subfamily Arvicolinae, that are associated with grasslands, expanded their range when forests retreated and speciated when grasslands retreated. In addition, field work carried out for this project in Nepal included several localities previously not sampled for small mammals. Most of Nepal is poorly surveyed and the first chapter focuses on the history of mammalogical surveys in Nepal and adds new localities for small mammal species, expanding the known range of the Nepalese endemic Himalayan wood mouse (Apodemus gurkha).

The aim of this dissertation work was the study of the population dynamics of the yel-low -- necked mouse (Apodemus flavicollis) and the bank vole (Clethrionomys glareolus) depending on the crop of oak seeds during the five-year period from 2008 do 2012. The research of small terrestrial mammals was carried out in three forest complexes different in food supply in an intesinvely cultivated landscape of southern Moravia. In was an old semi-natural floodplain forest with the dominance of oak (locality Horní les 3 km a long way from the municipality of Lednice), further an productive deciduou forest with the dominance of oak and acacia (locality Hájek nearby township Vranovice) and a pheasantry with a variety of forest types formed with various species of roe deer (lo-cality Rumunská bažantnice 25 km southeast of Brno). Small mammals were caught in these areas at regular intervals to the classical mouse-hunting collapsible traps laid in lines. In total for the period were caught 1943 small mammals in eight species. There was trapped the total number of 1943 small mammals in eight species. Among the most mundant species (Apodemus flavicollis and Clethrionomys glareo-lus) there was also detected a signifiant impal seed year on the body weight of the stud-ied animals. In 2009 and in 2011 their body size was smaller even though there was a high crop of seeds of woody plants. The mason was that the crop was as late as in the autumn and so the rodents didn't have enough time to utilit the food supplies suffi-ciently that year. The relative is that to harvest occurred as late as in the fall and rodents so missed this year's food supply enough to be used. Abundance significantly varied among the localities. There was found out the tendency to prefer the most variable bi-otop in Rumunská bažantnice. The small mammals responded to the high crop of seeds in the autumn of 2009 and 2011, population growth in follows, therefore,in 2010 and 2012. Great crop of acorns may lead to a sharp increase in population, which can then cause damage to the natural regeneration of oak or artificial regeneration of the sowing.

We investigated the species and genotypes of Cryptosporidium infecting wild rodents from the genus Apodemus in ten areas in the year 2012 in the Czech Republic. A total of 207 faecal samples, 182 samples of Apodemus flavicollis and 25 of Apodemus sylvaticus, were screened for presence of Cryptosporidium spp. using both the aniline-carbol-methyl violet staining method and molecular tools. Microscopy examination revealed the presence of Cryptosporidium spp. oocyst in 24 samples of Apodemus flavicollis and 1 sample of Apodemus sylvaticus. Genomic DNA was isolated from both microscopy positive and negative samples. Using the nested PCR amplifying gene encoding the small ribosomal subunit (SSU rRNA) 25 samples were detected positive for the presence of Cryptosporidium-specific DNA. The same results were obtained also in the nested PCR amplifying gene encoding actin. All microscopy positive samples were also PCR positive. Only 19 samples were successfully sequenced, following phylogeny analyses showed presence of two new genotypes. First genotype is phylogenetically related to Cryptosporidium ubiquitum (1 sample) and the second genotype (consisting of several subgroups) related to C. canis (18 samples). The new genotypes seem to be host specific, however this hypothesis needs to be verified using experimental infection in the future. This is the first report of these Cryptosporidium genotypes in Apodemus spp. and for the first time ever.

Die Frühsommer-Meningoenzephalitis (FSME) ist die medizinisch wichtigste durch Zecken übertragene virale Erkrankung des Menschen in Europa und Asien, welche jährlich 10.000 – 15.000 humane Fälle auf beiden Kontinenten verursacht. Das Verbreitungsgebiet der FSME erstreckt sich von Japan bis Frankreich. Das FSME-Virus zirkuliert in Mikrofoki, zwischen Zecken als natürlichen Vektoren und Säugetierwirten, insbesondere Nagetieren wie der Rötelmaus (Clethrionomys glareolus) und der Gelbhalsmaus (Apodemus flavicollis). Der Mensch infiziert sich mit dem FSME-Virus durch einen Zeckenstich, durch den Verzehr von infizierter Rohmilch oder entsprechenden Milchprodukten und in selten Fällen durch Organtransplantationen oder Muttermilch. Die große Bedeutung von Nagetieren als Teil des FSME-Übertragungszyklus wurde in den vergangenen Jahrzehnten bestätigt. Jedoch gibt es immer noch Wissenslücken über die Dynamik der FSME-Virusinfektion in Nagetierpopulationen in natürlichen FSME-Mikrofoki. Ziel der Studie war es deshalb, in bekannten FSME-Naturherden saisonale und zwischenjährliche Dynamiken des Virus bei wilden Nagetieren festzustellen und einen möglichen Einfluss von demographischen Wirtsfaktoren für eine FSME-Virusinfektion auf individueller Basis herauszufinden. Die Studie wurde in zwei gut untersuchten FSME-Naturherden in Haselmühl und Heselbach in der Oberpfalz, Bayern, durchgeführt. Nagetiere der Arten C. glareolus und A. flavicollis wurden von März bis Oktober 2019 bis 2022 einmal pro Monat für zwei aufeinanderfolgende Nächte in 50 Lebendfallen pro Standort gefangen, mit Isofluran anästhesiert und mit einem Transponder markiert. Anschließend wurde eine Blutprobe entnommen und das Serum auf Antikörper gegen das FSME-Virus mit einem indirekten Immunfluoreszenz-Test (IIFT) untersucht. Danach wurden die Tiere am Fangort wieder ausgesetzt. Sobald ein Nagetier in drei verschiedenen Monaten gefangen wurde, erfolgte die Euthanasie und die Entnahme einer Thoraxspülprobe, die ebenfalls serologisch mittels IIFT untersucht wurde. Die Konfidenzintervalle (95 % KI) für die Prävalenz von Antikörpern gegen das FSME-Virus in den Nagetieren, wurden mit der Methode nach Clopper und Pearson in GraphPad-Software errechnet. Der Einfluss individueller Charakteristika der Nagetiere sowie Jahr des Fangs, Jahreszeit und Standort wurden in einem linear gemischten Model mit des lme4 Pakets in R-Software berechnet. In der Studie konnten insgesamt 706 Fänge von 500 Individuen dokumentiert werden, von denen 651 Proben von 478 Individuen (338 C. glareolus; 140 A. flavicollis) serologisch untersucht wurden. Es konnte eine Gesamtprävalenz von 16,9 % (95 % KI: 14,2 – 20,0) ermittelt werden. Rötelmäuse (19,4 %) waren häufiger betroffen als Gelbhalsmäuse (10,5 %). Der Anteil der Seropositivität unterschied sich zwischen den Jahren nicht signifikant und lag zwischen 11,8 % im Jahr 2021 und 19,2 % im Jahr 2020. Die Jahreszeiten Frühling (23,6 %), Sommer (20,2 %) und Herbst (10,8 %) hatten keinen Einfluss auf die Infektionswahrscheinlichkeit der Nagetiere. Auch zwischen den Standorten Haselmühl (15,7 %) und Heselbach (17,8 %) gab es keine Unterschiede in der Prävalenz. Die Seropositivität der Geschlechter unterschied sich signifikant zwischen weiblichen (18,5 %) und männlichen A. flavicollis (7,1 %). Bei C. glareolus wurde bei den Männchen (40,4 %) ein signifikant höherer Anteil an Seropositivität beobachtet als bei den Weibchen (15,6 %). Adulte A. flavicollis (12,0 %) wiesen eine signifikant höhere Seroprävalenz auf als Juvenile (3,2 %), ebenso wie bei adulten C. glareolus (25,4 %) und Juvenilen (9,8 %). Unabhängig von saisonalen oder jährlichen Schwankungen wurden FSME-Virus-Antikörper mit einer Prävalenzrate von 16,9 % nachgewiesen. Männliche erwachsene Rötelmäuse waren in unserer Studie häufiger mit dem FSME-Virus infiziert. Gelbhalsmäuse spielen als Wirte im FSME-Viruszyklus wahrscheinlich eine untergeordnete Rolle.

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Habitat fragmentation during 50s of 20th century caused decrease in food resource availibility for many small mammalian forest species. Despite all of the changes, those species managed to adapt to it - one of the adaptation mechanics has been migrating into agricultural areas. The main aim of this study was to describe the spatial activity of Apodemus sylvaticus and Myodes glaerolus inside two forst patches and compare it. My next aim was evaluate the significance of agricultural areas nearby the researched forest patches. One part of this was even the comparison of different marking techniques used for rodents in field. Data describing movement activity of researched species were collected using capture-mark-recapture (CMR) As expected the data differ - Greater mobility was found in A. sylvaticus, the M. glaerolus preffered to stay inside patches with larger vegetation cover. The raids into surrounding patches differed even in those two researched forest sites. In site "Samota" A. sylvaticus showed greater movement distance, however in "Hejtman" it were M. glaerolus expressing greater movement ability. Theirs movement were directed inside clover field. Both species of Samota site ventured into patches with dense plant cover, perhaps to minimise the risk of predation. The best method of marking proved to be the clipping the rodents ears with tags. As the next more efficient I would choose the ear-clipping.

An island subspecies endemic to the remote St Kilda archipelago, Apodemus sylvaticus hirtensis is considered of national importance but has been little studied, despite its inclusion in the criteria for the islands’ designation as a World Heritage Site. This study expands our knowledge of the core ecology of the mice; distribution, morphology, age structure, breeding phenology, population density, range size, survival and fecundity are all described and quantified using data collected from 4462 captures of 787 individuals between 2009-2012 on three sites (Carn Mor, Glen Bay & Village Bay), 1-2km apart on the main island of Hirta. Morphological analysis confirmed the reputed gigantism the mice, with maximum body weights of 60g for males and 50.5g for a non-gravid female both being approximately double that of a mainland specimen (the heaviest gravid female caught weighed 56g). Sexual dimorphism was evident, with males >1 year old being 8.7% heavier than females on average. Significant geographical variation in size was also found; mice on the seabird breeding colony of Carn Mor were heavier, longer and in better condition than mice elsewhere. Mice were observed to have a well-defined breeding season between April and September, shorter than on the mainland, with most individuals not breeding until their second year and very few surviving two winters. No geographical differences were found in the proportion of adult mice more than a year old that were in breeding condition at any given time, although there were significant geographical differences in the proportion of individuals in breeding condition for ‘young adult’ mice entering their first spring and sub adult mice in the autumn of the year in which they were. Spatially explicit capture-recapture (SECR) methods were used to quantify population densities free from ad hoc methods of trapping area estimation. Temporal variation in population size typical of temperate small mammals was found, with densities as low as 2 mice/ha in spring, increasing through summer and autumn with juvenile recruitment until reaching a peak at the beginning of winter of up to 50 mice/ha. Geographical variation was again observed, with frequent significant differences between trapping sites and an overall trend of highest population densities on the seabird breeding site. Mean individual range sizes varied between 0.3-3.0ha and were largest in Village Bay and in males in breeding condition. Pradel robust design recruitment models were used to quantify monthly survival (0.67-1.00) and fecundity (0.03- 0.41) and overall rate of population change (0.81-1.52) between sessions. Survival varied little between grids outside of the breeding season, but tended to be greater in Carn Mor than Village Bay during the summer. Fecundity rates varied little between years and grids, with one exception where increased summer fecundity followed a severe winter decline on Carn Mor. The possible role of differences in the quality of the food supply (in particular the seabird breeding colony and spatial variation in sheep grazing pressure) on creating geographical variation in body size, condition, breeding phenology, density and population dynamics are discussed in detail, as is the overall pattern of insular traits found in the mice.

Insgesamt 1746 Kleinsäuger aus den Familien Muridae (Murinae, Arvicolinae) und Soricidae aus dem Naturschutzgebiet ”Großer Hakel” (Sachsen-Anhalt) und der Tagebaufolgelandschaft ”Phönix-Ost und Rusendorf” Meuselwitz (Thüringen) wurden auf einen Befall mit Capillaria hepatica und Metazestoden von Bandwürmern (Cyclophyllida) untersucht. Das Tiermaterial stammte aus genehmigten faunistischen Untersuchungen aus den Jahren 1993 bis 1997 in Zusammenarbeit mit der Universität Halle und dem Naturkundemuseum "Mauritianum" Altenburg. Alle Mäuse wurden seziert und der Brust- und Bauchraum einschließlich aller Organoberflächen, der Subkutis, des Gehirns und der Leber untersucht. Eine Altersbestimmung der Wirte erfolgte bei den untersuchten Rötelmäusen (Clethrionomys glareolus). Erstmals in Deutschland konnte im Hakel ein stabiles Endemiegebiet von Capillaria hepatica bei Wildmäusen nachgewiesen werden. Die aus dem ”Großen Hakel” stammenden Gelbhals- (Apodemus flavicollis) und Rötelmäuse wiesen Befallshäufigkeiten von 8,5 bzw. 15,1 % auf, die Eizahlen pro Leber lagen zwischen 67 und 3 600 000. Weibliche Mäuse zeigten eine höhere Befallshäufigkeit als männliche Mäuse. Bei den Rötelmäusen konnte ein Anstieg der Befallshäufigkeit von 5,8 % der bis zu 3 Monate alten bis auf 28,6 % der bis zu einem Jahr alten Tiere beobachtet werden. Patente Infektionen waren erst in der Altersgruppe 3-6 Monate nachzuweisen. In dem Untersuchungsgebiet Meuselwitz war Capillaria hepatica bei den untersuchten 1069 Muridae und Soricidae nicht nachweisbar. Eine aktuelle Übersicht der weltweit in 53 Ländern festgestellten 137 Wirtsarten aus 25 Säugetierfamilien von Capillaria hepatica wurde zusammengestellt. Die Familie Muridae stellt mit 83 Arten die bedeutendste Wirtsgruppe dar. Bisher wurde über 56 Capillaria-hepatica-Infektionen beim Menschen (davon 39 Kinder) aus 18 Ländern berichtet. Die Leitsymptome der Erkrankung beim Menschen sind intermittierendes Fieber, Hepatomegalie, Leukozytose mit hochgradiger, persistierender Eosinophilie, Anämie, Hypergammaglobulinämie und Hypoalbuminämie. Die Serumaktivitäten von AST, ALT und LDH sind erhöht. Die Diagnose der zum Teil tödlich verlaufenden Erkrankung ist intra vitam bisher nur durch Leberbiopsie oder Laparotomie möglich. Einzelne Versuche mit serologischen Tests scheinen erfolgversprechend. Die Einzelnachweise von Capillaria hepatica bei Mensch, Hase und Sumpfbiber in Deutschland (Bayern, Sachsen und Sachsen-Anhalt) sind als Hinweise auf bestehende Endemiegebiete zu werten. Aufgrund der weiteren Verbreitung und der diagnostischen Probleme kann von einer höheren Gefährdung des Menschen (insbesondere Kleinkinder) und der Haustiere durch den Zoonoseerreger Capillaria hepatica ausgegangen werden. Bei 10,5 % aller untersuchten Mäuse wurden Metazestoden gefunden. Die Rötelmaus wies insgesamt mit durchschnittlich 23,5 % (Meuselwitz 30,2 %, Hakel 15,1 %) die signifikant höchsten Befallshäufigkeiten mit Metazestoden auf. Insgesamt konnten bei Muridae und Soricidae in Sachsen-Anhalt und Thüringen Metazestoden von 8 Bandwurmgattungen bzw. -arten (Cladotaenia globifera, Mesocestoides spp., T. crassiceps, T. martis martis, T. martis americana, T. mustelae, T. polyacantha, T. taeniaeformis) nachgewiesen werden. Die breiteste Metazestodenfauna mit insgesamt 7 Arten wurde bei der Feldmaus (Microtus arvalis), nur jeweils eine Metazestodenart dagegen bei Brandmaus (Apodemus agrarius), Zwergmaus (Micromys minutus), Feldspitzmaus (Crocidura leucodon) und Waldspitzmaus (Sorex araneus) gefunden. Die Zwergspitzmaus (Sorex minutus) war nicht von Metazestoden befallen. Eine deutliche Wirtsspezifität (Feldmaus) konnte für T.-crassiceps- und T.-polyacantha-Metazestoden festgestellt werden. Im Gebiet Meuselwitz dominierten bei Muridae Metazestoden von T. mustelae (Befallshäufigkeit 9,3 %) sowie von T. martis martis (Befallshäufigkeit 6,4 %), im Hakel von T. martis martis (Befallshäufigkeit 2,5 %) sowie T. mustelae (Befallshäufigkeit 2,2 %). Während in Meuselwitz die höchsten Befallshäufigkeiten mit Metazestoden von T. mustelae (24,7 %) bei der Rötelmaus und von T. martis martis (13 %) bei der Gelbhalsmaus vorlagen, waren im Hakel die Rötelmäuse am häufigsten mit T.-mustelae- (8,2 %) und T.-martis-martis- Metazestoden (4,8 %) befallen. Mit zunehmendem Alter der Rötelmäuse stieg die Befallshäufigkeit mit Metazestoden bei dieser Tierart an. Rötelmäuse unter einem Alter von 2 Monaten waren noch nicht von Metazestoden befallen. Infektionen mit 2 Metazestodenarten traten erstmals bei 4 Monate alten Rötelmäusen auf, bei zwei Tieren im Alter von 9 bzw. 12 Monaten wurden Infektionen mit 3 Metazestodenarten (Cladotaenia globifera + T. martis americana + T. mustelae; Cladotaenia globifera + T. martis martis + T. mustelae) nachgewiesen. Bei insgesamt 10 Muriden konnten Mischinfektionen mit Capillaria hepatica und Metazestoden von Bandwürmern festgestellt werden. Bei Mäusen der Familie Soricidae sind ausschließlich Metazestoden von Cladotaenia globifera gefunden worden. Erstnachweise für Deutschland stellen Funde der Metazestoden von Cladotaenia globifera bei der Feldspitzmaus, T. martis americana bei der Rötelmaus, T. mustelae bei Erd- und Zwergmaus und T. polyacantha bei der Waldmaus dar. Das erste Mal in Europa konnten T.-martis-americana-Metazestoden bei der Feldmaus gefunden werden. Eine wichtige Einflußgröße auf die Metazestodenfauna war das Aufeinandertreffen von End- und Zwischenwirt in bestimmten Biotopen. / The occurrence of Capillaria hepatica and metacestodes of Cyclophillida was investigated in 1746 small mammals of the families Muridae (Murinae, Arvicolinae) and Soricidae from the nature reserve ”Grosser Hakel” (Saxony-Anhalt) and the former open-cast mining area "Phoenix-Ost and Rusendorf" Meuselwitz (Thuringia). The animals came from approved faunistic surveys in co-operation with the University of Halle and the natural history museum ”Mauritianum” Altenburg. All mice were sectioned and the thoracic as well as the abdominal cavity including all organ surfaces, subcutaneous tissue, brain and liver were examined. The age of all bank voles (Clethrionomys glareolus) was determined. In the nature reserve "Grosser Hakel"an stable endemic area of Capillaria hepatica in wild mice could be detected for the first time in Germany. The percentage of yellow-necked mice (Apodemus flavicollis) infected with Capillaria hepatica in that area was 8.5 %, the percentage of bank voles infected with Capillaria hepatica in that area reached 15.1 % respectively. The number of eggs per liver ranged from 67 to 3,600,000. The proportion of infected mice was higher in female than in male mice. In bank voles the frequency of infection increased with age (from 5.8 % in the age of 3 months to 28.6 % in the age of one year). Patent infections were first detected in the age group of 3 to 6 month. No Capillaria hepatica could be found in 1069 Muridae and Soricidae examined in the Meuselwitz area. A current survey of the world-wide occurrence of Capillaria hepatica in 137 hosts of 25 mammal families was prepared. The family of Muridae (with 83 species) is the most important host group. Up to now 56 Capillaria-hepatica-infections in humans (including 39 children) from 18 different countries were reported. Major symptoms in humans are intermittent fever, hepatomegaly, leucocytosis with severe, persistent eosinophilia, anaemia, hypergammaglobulinaemia and hypoalbuminaemia. The serum activities of AST, ALT and LDH are elevated. Intra-vitam diagnosis of this partly lethal disease is only possible by liver biopsy or laparatomy. First serological tests are promising. Sporadic detection of Capillaria hepatica in humans, hares and nutria in Germany (Bavaria, Saxony and Saxony-Anhalt) can be regarded as an indication of existing endemic areas. A higher risk of Capillaria-hepatica-infection in humans (especially in small children) and domestic animals can be assumed on the basis of the wide distribution and the diagnostic problems. Metacestodes were found in 10.5 % of all examined mice. The bank voles showed the significantly highest rate of infection with 23.5 % (Meuselwitz 30.2 % and Hakel 15.1 %). Altogether metacestodes of 8 tapeworm genuses (Cladotaenia globifera, Mesocestoides spp., T. crassiceps, T. martis martis, T. martis americana, T. mustelae, T. polyacantha, T. taeniaeformis) could be detected in Muridae and Soricidae in Saxony-Anhalt and Thuringia. The broadest metacestode-fauna (with 7 species) was found in the common vole (Microtus arvalis). Only one metacestode-species was detected in the stripped field mouse (Apodemus agrarius), the harvest mouse (Micromys minutus), the bicoloured whitetoothed shrew (Crocidura leucodon) and the eurasion common shrew (Sorex araneus). The pygmy shrew (Sorex minutus) was not infected by metacestodes. A distinct host specificity (in the common vole) could be established for T. crassiceps and T. polyacantha. Metacestodes of T. mustelae (infection rate 9.3 %) and T. martis martis (infection rate 6.4 %) dominated in Muridae of the Meuselwitz area. In the Hakel area T. martis martis (infection rate 2.5 %) and T. mustelae (infection rate 2.2 %) dominated as well. Whereas metacestodes of T. mustelae occurred in the bank vole with an infection rate of 24.7 % and T. martis martis in yellow-necked mice with an infection rate of 13.0 % in the Meuselwitz area, T. mustelae occurred in bank voles with an infection rate of 8.2 % and T. martis martis in yellow-necked mice with an infection rate of 4.8 % in the Hakel area. The infection rate of bank voles with metacestodes increased with age. No metacestodes were found in bank voles younger than 2 month of age. Infection with 2 different metacestode-species occurred in bank voles for the first time at the age of 4 month. 3 metacestode-species were found in 2 animals at the age of 9 to 12 months (Cladotaenia globifera + T. martis americana + T. mustelae; Cladotaenia globifera + T. martis martis + T. mustelae). In 10 Muridae occurred a mixed infection with Capillaria hepatica and metacestodes of tapeworms. In mice of the Soricidae-family only metacestodes from Cladotaenia globifera could be found. For the first time in Germany were detected metacestodes of Cladotaenia globifera in the bicoloured whitetoothed shrew, of T. martis americana in bank voles, of T. mustelae in the common field vole and the harvest mouse and of T. polyacantha in the wood mouse. For the first time in Europe T. martis americana-metacestodes could be detected in the common vole. Of high importance to the metacestode-fauna was the encounter of final host and intermediate host in certain biotopes.