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Contrasting patterns of transposable element insertion polymorphism in autotetraploid and allotetraploid Arabidopsis species /Hazzouri, Khaled. January 2007 (has links)
Thesis (M.A.)--York University, 2007. Graduate Programme in Biology. / Typescript. Includes bibliographical references (leaves 53-63). Also available on the Internet. MODE OF ACCESS via web browser by entering the following URL: http://gateway.proquest.com/openurl?url_ver=Z39.88-2004&res_dat=xri:pqdiss&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:dissertation&rft_dat=xri:pqdiss:MR31999
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Biologia populacional do caranguejo fantasma Ocypode quadrata (Fabricius, 1787) (Decapoda, Ocypodidae) no litoral sudeste do BrasilSilveira, Augusto Rysevas January 2016 (has links)
Orientador: Maria Lucia Negreiros-Fransozo / Resumo: Os caranguejos do gênero Ocypode distribuem-se ao redor do globo nas regiões tropical e subtropical e são representados, no Atlântico ocidental, pela espécie Ocypode quadrata (Fabricius, 1787), comumente chamada de caranguejo fantasma. Essa espécie apresenta uma alta plasticidade de comportamentos e respostas aos estímulos ambientais, o que o torna um excelente bioindicador na região das praias arenosas. Os objetivos do presente estudo foram: investigar os padrões de crescimento relativo e somático, assim como estimar a longevidade, além de realizar um estudo populacional detalhado quanto aos aspectos da reprodução, da distribuição temporal e da estrutura populacional da espécie nas duas praias. Os espécimes foram capturados em duas praias (“Barra Seca” e “Vermelha do Centro”) no município de Ubatuda, litoral norte do Estado de São Paulo, Brasil, de janeiro a dezembro de 2002. Os indivíduos foram identificados quanto ao sexo, quanto ao estágio ontogenético (juvenil ou adulto), pela aderência do abdômen aos esternitos torácicos, e quanto ao estágio de desenvolvimento gonadal. Os caranguejos foram mensurados quanto à largura da carapaça (LC), comprimento da carapaça (CC), comprimento do própodo do quelípodo maior (CPQ) e altura do corpo (AC). A relação entre o tamanho do corpo e as diferentes partes foram analisadas por meio de regressões, a partir das quais foram estabelecidos os padrões de crescimento (Alometria). O padrão alométrico positivo foi obtido para a maioria das rel... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre
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Ecologia da assembléia de peixes da zona de arrebentação da praia de Jaguaribe, Itamaracá, PernambucoSANTANA, Fábio Magno da Silva 31 January 2013 (has links)
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Previous issue date: 2013 / FACEPE / As zonas costeiras são áreas de transição ecológica que possibilitam uma ligação entre
o ecossistema terrestre e marinho, através de trocas genéticas e de biomassa, caracterizandoas
como biologicamente diversificados. Dentre estes ecossistemas, encontram-se as zonas de
arrebentação, definidas como ambientes dinâmicos, caracterizados pela turbulência e alta
energia do movimento de ondas, marés e correntes. São consideradas como parte integrante
da antepraia, que é a porção submersa do perfil de praia, estendendo-se da linha de
arrebentação, ou primeira linha de quebra das ondas, até o limite inferior da face praial. A
presente tese teve como objetivos: I. Caracterizar a ictiofauna da zona de arrebentação da
praia de Jaguaribe, Itamaracá-PE, identificando as espécies residentes e seu uso sazonal; II.
Compilar dados para gerar a lista da ictiofauna da zona de arrebentação da costa brasileira e
inferir as principais diferenças ecológicas na estrutura da comunidade íctica nas regiões
analisadas; e III. Verificar a influência do período (diurno e noturno) e da lua (nova e
crescente) na riqueza de espécies de peixes da zona de arrebentação da Praia de Jaguaribe
(Ilha de Itamaracá, PE) e verificar a variação interanual da riqueza dessas espécies. Para as
análises da estrutura e ecologia da ictiofauna da zona de arrebentação da praia de Jaguaribe
(PE) e os fatores (lua e período do dia), foram feitos arrastos com rede do tipo picaré, com
malha entrenós de 5 mm, numa faixa de 50 m de praia definidos, entre os anos de 2005 a
2008. Para a compilação de dados sobre a composição da assembleia de peixes das zonas de
arrebentação do litoral brasileiro foram utilizados artigos científicos publicados sobre
composição de comunidades de peixes em zonas de arrebentação em qualquer localidade
brasileira. Foi coletado entre março de 2006 e fevereiro de 2007 um total de 6.407 exemplares
pertencentes a 35 famílias e 90 espécies. Sete espécies foram residentes anuais (Anchoa
tricolor, Anchoviella lepidentostole, Bairdiella ronchus, Larimus breviceps, Lycengraulis
grossidens, Polydactylus virginicus e Pomadasys corvinaeformis), três residentes apenas
durante a estiagem (Conodon nobilis, Lile piquitinga e Menticirrhus americanus) e duas (C.
spixii e N. usta) residentes exclusivamente na época chuvosa. Durante os 3 anos de coletas
foram observadas 140 espécies de peixes para a zona de arrebentação de Jaguaribe e
constatado que o período do dia e a fase da lua afetam de maneira relevante a riqueza e a
abundância de sua ictiofauna. Existe também uma importante variação interanual nas
assembléias e é possível obter uma amostragem adequada da comunidade de peixes na zona
de surfe com 12 meses de amostragem, desde que as diferentes combinações de período do
dia e fase da lua sejam incluídas na amostragem.. Para todo o litoral brasileiro foram
compilados 22 artigos científicos sobre distribuição de peixes nas zonas de arrebentação do
Brasil e registradas 239 espécies pertencentes a 71 famílias de peixes. As 15 famílias mais
especiosas representaram aproximadamente 60% do total de espécies validadas. Os resultados
encontrados confirmam a importância da zona de arrebentação para as espécies que habitam
este ambiente em diferentes fases do seu ciclo de vida, que o ambiente ainda é pouco estudado
e sofre variações de acordo com as estações do ano, luas e período do dia.
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Avaliação das atividades citotóxica e genotóxica de Taninos de Mimosa arenosa (Willd.) Poir. (MIMOSACEAE)Goncalves, Gregorio Fernandes 07 October 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011-10-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Natural products represent a rich source of biologically active compounds and
are an example of molecular diversity, with recognized potential in the discovery
and development of new drugs The genus Mimosa is distributed in various
environments and various types of vegetation in tropical regions. In northeast
Brazil can be found in the state of Bahia, Pernambuco and Paraíba. Many
species of Mimosa are economically important, however, few biological studies
of plants of this kind were carried out so far, with proven antibacterial and
allelopathic activity. Therefore, the objective of this study was to evaluate the
cytotoxic and genotoxic activities of the species M. arenosa (Willd.) Poir.
tannins. The minimum inhibitory concentration (MIC) obtained for Pseudomonas
aeruginosa ATCC 8027 and Pseudomonas aeruginosa ATCC 25619 was
1000μg, for Bacillus subtilis ATCC 0516 and Escherichia coli ATCC 2536 MIC
was 500μg, as to the strains of Staphylococcus aureus ATCC 6538,
Staphylococcus aureus ATCC 25925 and Escherichia coli ATCC 10536 the
amount of tannin required to inhibit the growth of these bacteria was 250μg. The
antibacterial activity exerted by Mimosa arenosa tannins against all strains
tested was bacteriostatic. In the evaluation of cytotoxicity in any of the tested
concentrations of tannins M. arenosa no caused significant hemolysis of red
cells in any of the blood groups tested. However, the tannins were unable to
protect the erythrocyte cells when exposed to hypotonic salt solutions. The
tannins were not affected in any of the oxidant concentrations tested but they
have reduced the oxidation of hemoglobin when exposed to an oxidizing agent.
The tannins were not able to induce mutations but showed antimutagenic effect
in strains of S. thyphimurium. Tannins did not induce structural cromossomal
damage and/or numerical in erythrocytes of mouse. / Os produtos naturais representam uma rica fonte de compostos biologicamente
ativos e são um exemplo de diversidade molecular, com reconhecido potencial
na descoberta e desenvolvimento de novos medicamentos. O gênero Mimosa
se distribui nos mais variados ambientes e nos diversos tipos de vegetação das
regiões tropicais. No nordeste do Brasil pode ser encontrado nos estados da
Bahia, Pernambuco e Paraíba. Muitas espécies de Mimosa são
economicamente importantes, no entanto, poucos estudos biológicos de
plantas desse gênero foram realizados ate o momento, sendo comprovadas
atividade antimicrobiana e alelopática. Sendo assim, o objetivo deste trabalho
foi avaliar as atividades citotóxica e genotóxica de taninos da espécie Mimosa
arenosa (Willd.) Poir. A concentração inibitória mínima (CIM) obtida para
Pseudomonas aeruginosa ATCC 8027 e Pseudomonas aeruginosa ATCC
25619 foi 1000μg, para Bacillus subtilis ATCC 0516 e Escherichia coli ATCC
2536 a CIM foi de 500μg, já para as linhagens de Staphylococcus aureus
ATCC 6538, Staphylococcus aureus ATCC 25925 e Escherichia coli ATCC
10536 a quantidade necessária de taninos para inibir o crescimento dessas
bactérias foi de 250μg. A atividade antibacteriana exercida pelos taninos de M.
arenosa frente a todas as linhagens testadas foi bacteriostática. Na avaliação
de citotoxicidade, em nenhumas das concentrações testadas, os taninos de M.
arenosa causaram hemólise significativa dos eritrócitos em nenhum dos grupos
sanguineos testados. Entretanto, os taninos não conseguiram proteger as
células eritrocitárias quando expostas a soluções hipotônicas de sal. Os taninos
não apresentaram efeito oxidante em nenhuma das concentrações testadas,
entretanto estes conseguiram reduzir a oxidação da hemoglobina quando
expostas a um agente oxidante. Os taninos não foram capazes de induzir
mutações, porém apresentaram efeito antimutagênico em linhagens de S.
thyphimurium e também não promoveram dano cromossômico estrutural e/ou
numérico em eritrócitos de camundongo in vivo .
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Systematika a fylogeografie diploidních zástupců druhového komplexu Arabidopsis arenosa / Systematics and phylogeography of diploid lineages of Arabidopsis arenosa complexHyklová, Lucie January 2016 (has links)
The Arabidopsis arenosa species complex is closely related to the model species Arabidopsis thaliana. Distribution range of the diploid lineage covers most parts of Central and South-eastern Europe with a remarkable diversity of ecological niches from sea level to alpine peaks. There is still little known about genetic relationships among the diploid populations of A. arenosa. The evolutionary history of the diploid cytotype across its entire range was explored by using 14 nuclear microsatellite loci. Five lineages occupying biogeographically distinct regions were identified in Arabidopsis arenosa complex. These lineages were labelled as Western Carpathians, Eastern Carpathians, Pannonian Lowland, Dinaric Alps and Baltic Shore (according to geographical regions where these lineages occur). Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
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Malla a tierra en un área arenosa y protección S.E. H1 del proyecto Renovandes ChanchamayoMaita Cipriano, Blademir Antonio 06 September 2018 (has links)
¿Influye la malla a tierra en un área arenosa en la protección de la SE (subestación eléctrica) H1 del Proyecto Renovandes - Chanchamayo?. Como objetivo se pretende: determinar la influencia de la malla a tierra en un área arenosa en la protección de la SE H1 del Proyecto Renovandes - Chanchamayo y como hipótesis se asume que la malla a tierra en un área arenosa influye positivamente en la protección de la SE H1 del Proyecto Renovandes – Chanchamayo. El diseño fue el no experimental, en la muestra de la SE H1 del Proyecto Renovandes – Chanchamayo, a quien se aplicó la malla de puesta a tierra, basado en el Análisis de criticidad que permitió mejorar la confiabilidad operacional de la SE H1 del Proyecto Renovandes – Chanchamayo. Concluyendo que el procedimiento de la malla a tierra en un área arenosa que se describe y corresponde a la SE H1 del Proyecto Renovandes - Chanchamayo permite obtener niveles seguros de tensiones de paso y de toque dentro de la subestación (área cercada) y en sus proximidades. Puesto que la tensión de malla representa la peor tensión de toque posible dentro de la subestación (excluyendo los potenciales transferidos), esta clase de tensión se usará como base para el diseño.
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Studying genetics of leaf shape variation in Arabidopsis lyrataKvernes Macpherson, Carina January 2019 (has links)
The relationship between leaf and its environment has resulted in a tremendous diversification of leaf shape within and between plants species, which is important to cope with the differing environmental conditions. Arabidopsis lyrata is a prime model plant that shows leaf shape variation within species and between related species. In Cardamine and Capsella, the RCO genes (homeodomain leucine zipper family transcription factors) are involved in shaping leaves, yielding more complex shaped leaves (leaflets). In A. thaliana, over the course of evolution, the RCO-A and RCO-B paralogous genes have been deleted that led to the loss of lobes (leaf simplification). Based on previous quantitative trait locus (QTL) mapping results, these gene family members are thought to control leaf shape variation also in A. lyrata. Since the paralog involved in leaf shape variation is unknown, both copies of the RCO genes (AL6G13350 and AL6G13360) were sequenced. The study aimed to identify whether DNA sequence variation exists in the two paralogous RCO genes, which could explain the phenotype variation both within population and between A. lyrata populations, along with related species A. arenosa. The results showed limited variation in the coding regions in the form of indels, single nucleotide polymorphisms (SNPs) and amino acid substitutions resulting in no significant difference in phenotype between genotype (p>0.139). The most variants were rare and increasing the number of individuals within the populations, to cover the full phenotypic spectrum, may lead to different results. Not being able to obtain the nucleotide sequence of the promotor region, further analysis is required since it is an important region for gene expression, which could explain phenotype variation for leaf shape in Arabidopsis lyrata.
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Lokální adaptace přírodních populací Arabidopsis arenosa k hadci. / Local adaptation of natural population of Arabidopsis arenosa to serpentine soilLamotte, Timothée January 2021 (has links)
Arabidopsis arenosa represents a promising model for studying the mechanisms underlying the adaptation to serpentine soil. Genetic basis of serpentine adaptation is still poorly known and A. arenosa possesses many advantages as a tool to complete that knowledge. The first step of this study was to reveal the presence of a local adaptation to serpentine soil in a population of A. arenosa. To do so, I used the data from a reciprocal transplant experiment realized between a Czech pair of serpentine - non-serpentine populations and I explored the phenotypes associated with the adaptation. Subsequently, I produced the F2 hybrids coming from crosses between serpentine - non-serpentine parents and I studied the expression of fitness traits in F2 plants growing in serpentine in order to estimate the number of loci underlying the adaptation which I compared with other studies. I confirmed the presence of a local adaptation, with the population of serpentine origin performing better than the non-serpentine population in the serpentine substrate of origin, associated with accumulation of heavy metals in the leaves. Analyses of the soil composition revealed differences in heavy metals and nutrients contents, Ca/Mg ratio and pH between the two localities. Those results fitted with the function of the candidate...
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Role fenotypické plasticity v paralelní výškové diferenciaci u řeřišničníku písečného (Arabidopsis arenosa) / The role of phenotypic plasticity in parallel altitudinal differentiation in Arabidopsis arenosaPožárová, Doubravka January 2021 (has links)
Plants adjust to challenging environments by genetically fixed changes and phenotypically plastic response. Alpine environments pose multiple challenges to plant life including cold, high irradiance and short vegetative period. To survive such specific conditions, plants often significantly alter their morphology. In my thesis I studied to which extent specific traits of alpine ecotypes repeatedly appear among independently formed alpine populations and to which extent these changes represent fixed genotypic differentiation vs phenotypic plasticity. To address these questions I performed an experiment in which Arabidopsis arenosa plants from sixteen populations belonging to two ecotypes (alpine and foothill) were grown in conditions resembling alpine vs foothill conditions. Specifically, I modified levels of irradiance and temperature and complemented alpine-like and foothill-like treatment by additional two extreme treatments to reach full-factorial design. I used discriminant and classificatory analysis to examine the overall morphological differentiation characterised by set of twenty measured traits. Then I examined variation in each trait by statistical Bayesian model that I designed for this purpose. I found out that although ecotypes are predominantly differentiated by fixed morphological...
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Molekulární evoluce meiózy u diploidů a tetraploidů druhu Arabidopsis arenosa / Molecular evolution of meiosis in diploids and tetraploids of Arabidopsis arenosaHolcová, Magdalena January 2017 (has links)
Meiosis is functionally conserved across eukaryotes, thus not expected to vary considerably among different species, and even less so among lineages within a species. However, recent studies showed that this is not necessarily the case in Arabidopsis arenosa. Genome scanning identified an excess differentiation in meiosis genes between A. arenosa diploids and tetraploids, interpreted as meiosis adaptation to the whole genome duplication in tetraploids and differentiation was also found between two diploid lineages. Thus, I present a population-based analysis of positive selection acting on meiosis proteins across multiple lineages of A. arenosa. I showed that meiosis proteins were under positive selection in all diploid lineages, mainly in the Pannonian and South-eastern Carpathian lineage. The evidence for positive selection in diploid lineages suggested differential pathways of meiosis adaptations in the species, probably reflecting the necessity to adapt to local environments, among all to temperature. The highest enrichment of amino acid substitutions (AASs) under positive selection was identified in tetraploids, in consistence with previous genome-scan results. As several interacting meiosis proteins were under positive selection in the same A. arenosa lineage, I hypothesize that the close...
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