Proline-rich antimicrobial peptides (PrAMPs) are promising candidates to treat bacterial infections. The designer peptide ARV-1502 exhibits strong antimicrobial effects against Enterobacteriaceae both in vitro and in vivo. Since the inhibitory effects of ARV-1502 reported for the 70 kDa heat-shock protein DnaK do not fully explain the antimicrobial activity of its 176 substituted analogs, we further studied their effect on the bacterial 70S ribosome of Escherichia coli, a known target of PrAMPs. ARV-1502 analogues, substituted in positions 3, 4, and 8 to 12 (underlined) of the binding motif D3KPRPYLPRP12 with aspartic acid, lysine, serine, phenylalanine or leucine, were tested in a competitive fluorescence polarization (FP) binding screening assay using 5(6)-carboxyfluoresceinlabeled (Cf-) ARV-1502 and the 70S ribosome isolated from E. coli BW25113. While their effect on ribosomal protein expression was studied for green fluorescent protein (GFP) in a cell-free expression system (in vitro translation), the importance of known PrAMP transporters SbmA and MdtM was investigated using E. coli BW25113 and the corresponding knockout mutants. The dissociation constant (Kd) of 201 16 nmol/L obtained for Cf-ARV-1502 suggests strong binding to the E. coli 70S ribosome. An inhibitory binding assay indicated that the binding site overlaps with those of other PrAMPs including Onc112 and pyrrhocoricin as well as the non-peptidic antibiotics erythromycin and chloramphenicol. All these drugs and drug candidates bind to the exit-tunnel of the 70S ribosome. Substitutions of the C-terminal fragment of the binding motif YLPRP reduced binding. At the same time, inhibition of GFP expression increased with net peptide charge. Interestingly, the MIC values of wild-type and DsbmA and DmdtM knockout mutants indicated that substitutions in the ribosomal binding motif altered also the bacterial uptake, which was generally improved by incorporation of hydrophobic residues. In conclusion, most substituted ARV-1502 analogs bound weaker to the 70S ribosome than ARV-1502 underlining the importance of the YLPRP binding motif. The weaker ribosomal binding correlated well with decreased antimicrobial activity in vitro. Substituted ARV-1502 analogs with a higher level of hydrophobicity or positive net charge improved the ribosome binding, inhibition of translation, and bacterial uptake.

Des progrès importants ont été réalisés dans la thérapie des personnes vivant avec le VIH (PVVIH) avec le développement d’antirétroviraux (ARV) de plus en plus efficaces, sûrs avec une bonne innocuité et tolérance. Cependant, des défis thérapeutiques demeurent chez les PVVIH dont le VIH pourrait être porteur de mutations génétiques conférant de la résistance aux traitements soit en raison d’une histoire d’échec thérapeutique antérieur soit en raison d’une exposition antérieure à une mono/bithérapie aux inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse (INTI) (thérapie sous-optimale qui se faisait avant l’ère des trithérapies). Chez ces patients, les cliniciens peuvent tenter des combinaisons peu étudiées dans l’espoir de mieux contrôler la charge virale ou de réduire les effets secondaires. Ainsi, cette thèse par articles avait trois objectifs qui visaient à étudier des thérapies utilisées chez ces patients mais pour lesquelles il y a peu ou pas de données. Le premier objectif (article 1) consistait à déterminer si l'efficacité du régime ARV avec dolutégravir chez les patients stables (dont la charge virale est supprimée) variait en présence d'une histoire d’échec virologique ou d’exposition antérieure à la thérapie sous-optimale. Le deuxième objectif (article 2) visait à comparer l’issue virologique des PVVIH stables ayant un échec virologique documenté ou une exposition antérieure à la thérapie sous-optimale et qui ont maintenu leur régime inhibiteur de la protéase/ritonavir (IP/r) par rapport à ceux qui sont passés au dolutégravir. Finalement, le troisième objectif (article 3) était de comparer le risque d’échec virologique chez les PVVIH avec une histoire d’échec virologique ou de thérapie sous-optimale prenant un traitement non standard d’ARV composé d’abacavir/ténofovir disoproxil (ABC/TDF) avec un 3e ARV d’une classe différente par rapport à un régime composé d’un traitement de fond standard. Nous avons utilisé les données de la cohorte VIH du Québec qui regroupe 10 219 PVVIH suivies au niveau de quatre centres à Montréal incluant la Clinique de médecine urbaine du Quartier Latin (CMUQL), la Clinique médicale l’Actuel (CMA), le Centre hospitalier universitaire de Montréal (CHUM) et le Centre universitaire de santé McGill (CUSM). Une restriction à certains patients a été réalisée pour chacun des objectifs. Les patients avec une charge virale indétectable qui avaient reçu une thérapie avec dolutégravir + 2 INTI à partir de 2013 ont été retenus pour l’objectif 1. Le modèle de risque proportionnel de Cox avec score de propension a été utilisé afin de comparer l’issue virologique des patients sous dolutégravir en fonction de l’exposition étudiée. Pour l’objectif 2, les patients stables avec une histoire d’échec virologique documenté ou d’exposition à une thérapie sous-optimale qui étaient sous IP/r + 2 INTI à partir de 2014 ont été sélectionnés. Le modèle de Cox structurel marginal a permis de voir l’effet du changement de traitement vers le dolutégravir + 2 INTI en comparaison avec ceux qui sont restés sur IP/r + 2 INTI. Pour l’objectif 3, les patients avec une histoire d’échec virologique documenté ou d’exposition à une thérapie sous-optimale qui étaient sous traitements de fond standards (abacavir/lamivudine, ténofovir disoproxil/emtricitabine, ténofovir disoproxil/lamivudine) avec un agent autre qu’un INTI à partir du 1er janvier 2006 ont été retenus. Le modèle multivarié proportionnel de Cox a été utilisé afin de comparer l’issue virologique des patients passés à un régime de thérapie inhabituelle à base d’ABC/TDF par rapport à ceux qui sont restés sur traitement de fond standard. L’article 1 a montré une efficacité similaire du dolutégravir chez les patients stables avec ou sans histoire d’échec virologique documenté ou d’exposition à une thérapie sous-optimale (Hazard ratio ajusté (HRa)=0,84 (IC95% : 0,35 - 2,01)). Dans l’article 2, aucune preuve d'un risque accru d'échec virologique n’a été trouvée chez les patients stables ayant déjà eu un échec virologique antérieur ou une exposition à une thérapie sous-optimale qui ont eu un changement de régime vers le dolutégravir en comparaison avec ceux qui ont maintenu leur régime IP/r (HRa=0,57 (IC95% : 0,21 - 1,52)). Dans l’article 3, une réduction non significative du risque d’échec virologique avec le traitement de fond non standard à base d’ABC/TDF a été trouvée par rapport au traitement de fond standard (HRa=0,45 (IC95% : 0,06 - 3,36)). En conclusion, les résultats de cette thèse n’ont pas montré un effet de la présence d’échec virologique antérieur ou d’exposition à une thérapie sous-optimale sur l’efficacité du dolutégravir. Par ailleurs, les résultats ont permis de constater que le changement vers le dolutégravir + 2 INTI pour des patients stables sur un régime IP/r + 2 INTI peut être envisagé malgré la présence ou la suspicion de mutation de résistance aux INTI. Ces résultats sont importants puisqu’ils devraient permettre de faire changer les guides cliniques concernant le dolutégravir chez les patients stables. Par contre, nos résultats n’ont pas réussi à montrer un avantage significatif à utiliser le traitement de fond à base d’ABC/TDF en comparaison au traitement de fond standard chez des patients présentant une histoire d’échec virologique ou d’exposition à la thérapie sous-optimale. / Significant progress has been made in treatment for people living with HIV (PLHIV) with the development of increasingly effective antiretroviral (ARV) therapy, safe with good tolerability. However, clinicians can sometimes face treatment challenges related to the monitoring of PLHIV whose HIV could carry genetic mutations conferring resistance to treatments either because of a history of virologic failure or because of previous exposure to mono/bitherapy to nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTIs) (suboptimal therapy that was provided before the era of triple therapy). In these patients, clinicians can sometimes try less studied combinations in the hopes to better control viral load or reduce side effects in these patients. Therefore, this thesis by articles had three objectives aiming to evaluate less studied therapies that are used in these patients. The first objective (Paper 1) was to determine whether the efficacy of ARV regimen with dolutegravir in stable patients (whose viral load is controlled) varied in the presence of a history of virologic failure or with a previous exposure to suboptimal therapy regimen. The second objective (Paper 2) was to study virologic outcome after switching to dolutegravir compared to remaining on a boosted protease inhibitor (PI/r) regimen in stables PLHIV with prior documented virologic failure or exposure to mono/dual NRTI. Finally, the third objective (Paper 3) was to compare the risk of virologic failure for PLHIV who have previous documented virologic failure or prior exposure to suboptimal therapy taking an ARV therapy composed of abacavir/tenofovor (ABC/TDF) with a third agent of a different class, versus an ARV regimen composed of a standard backbone also with a non-NRTI third agent. We used data from the Quebec HIV cohort which brings together clinical information from 10,219 PLHIV followed in four clinical care centers in Montreal including the “Clinique de médecine urbaine du Quartier Latin (CMUQL)”, “Clinique médicale l’Actuel (CMA)”, the “Centre hospitalier de l'Université de Montréal (CHUM)” and the “McGill University Health Center (MUHC)”. A restriction to some patients in the cohort was made with regards to each objective of this thesis. Patients with an undetectable viral load who had received therapy with dolutegravir +2 NRTI from 2013 were selected for the objective 1. A Cox proportional hazard model with propensity score was used to compare the virologic outcome of patients on dolutegravir according to the exposure. For objective 2, patients with an undetectable viral load with an history of documented virologic failure or exposure to suboptimal therapy who were on PI/r + 2 NRTI from 2014 were selected. A marginal structural Cox model was used to measure the effect of switching to dolutegravir +2 NRTI compared to those who remained on PI/r + 2 NRTI therapy. For objective 3, patients with a documented virologic failure or exposure to suboptimal therapy in standard backbone (abacavir/lamivudine, tenofovir disoproxil/emtricitabine, tenofovir disoproxil/lamivudine) with another agent from January 01, 2006 were selected. A Cox proportional multivariate model was used to compare the virologic outcome of patients who switched to a non-standard regimen including ABC/TDF therapy versus those who remained on standard backbone. The article 1 suggested similar virologic efficacy of dolutegravir in stables patients with or without an history of documented virologic failure or exposure to suboptimal therapy (adjusted Hazard Ratio (aHR)=0,84 (95%CI: 0,35 - 2,01)). In article 2, no evidence of an increased risk of virologic failure was found in stables patients who had a regimen switched to dolutegravir compared to those who maintained their regimen with PI/r in patients who have had previous virologic failure or exposure to suboptimal therapy (aHR=0,57 (95%CI: 0,21 - 1,52)). In article 3, a non-significant reduction in the risk of virologic failure with the non-standard backbone including ABC/TDF was found compared to standard backbone (aHR=0,45 (95%CI: 0,06 - 3,36)). In conclusion, the results of this thesis first suggested no effect of the presence of previous virologic failure or exposure to suboptimal therapy on the efficacy of dolutegravir in stables patients. In addition, the results showed that the switch to dolutegravir +2 NRTI for patients with an undetectable viral load on PI/r +2NRTI regimen can be considered despite the presence of proved or suspected NRTI resistance mutation. These results are of great importance as they should lead to changes the clinical guidelines for the use of dolutegravir in stable patients. On the other hand, our results failed to show a significant advantage to the use of the backbone ABC/TDF instead of standard backbones in patients with prior documented virologic failure or previous exposure to suboptimal therapy.

This study analysed data obtained from respondents and their medical records to determine the barriers and motivators for good adherence to ART. Respondents' records were also reviewed together with their pharmacy refill records to identify any correlation between .CD4 cell counts, viral load, VL and adherence to antiretroviral drugs at extension 15 ARV clinic in Gaborone, Botswana. The study investigated whether the combination of pharmacy refills and pill counts adherence measurement methodologies could predict immunological recovery and virologic response through increased CD4 cell counts and suppressed VL. . There was a positive relationship between adherence, CD4 cell counts and VL. Pharmacy refills and pill counts adherence measurement methodologies scored high on sensitivity, specificity, and positive predictive values but low on negative predictive values. / Health Studies / M.A. (Public Health)

The study analysed and compared data from patients' medical and pharmacy refill records to identify correlations between CD4 cell counts and adherence to antiretroviral drugs at Katutura Intermediate Hospital (KIH) in Windhoek, Namibia. The study investigated whether the pharmacy refill adherence measurement methodology could predict immunological recovery through increased CD4 cell counts. There was a positive but weak relationship between adherence and CD4 cell counts. Although the pharmacy refill records could predict immunological response it was not sensitive enough and should be used in combination with other adherence measurement tools. / Public Health / M.A. (Public Health)

This non-experimental, retrospective, descriptive and correlational study investigated adherence to antiretroviral drugs among HIV positive patients at Mpilo Central Hospital in Bulawayo Zimbabwe. Data among 118 patients was extracted from clinic registers and patient facility held medical records to determine level of adherence to ART using pharmacy refills (a non-immunological adherence parameter) and compared to CD4 cell count ( an immunological adherence parameter). Adherence levels obtained in this study using pharmacy refills was low (62.7%) and a relatively high non-adherence level of 37.3%. The pharmacy refill adherence level obtained was comparable to CD4 cell count adherence level of 64.6% (as indicated by a 50% CD4 cell count gain). These findings would seem to indicate the need for more education on the importance of adherence and further the need for better adherence monitoring systems / Health Studies / M.A. (Public Health)

Depuis un peu plus de vingt cinq ans, les sciences humaines et sociales essaient de comprendre et d'interpréter les dynamiques de l'épidémie de VIH/Sida. La science politique africaniste est cependant en marge de ce mouvement cognitif malgré le développement de nombreux paradigmes sur les politiques publiques. Cette méfiance de l'africanisme à l'égard du VIH/Sida manifeste vraisemblablement une sorte de souffrance épistémologique fortement liée à ce trop plein d'institutionnalisme des politiques publiques, adoubé par le fort étatisme qui caractérise encore les études africaines en science politique. A tel point qu'elles ne s'intéressent pas aux autres acteurs sociaux désormais présents dans la fabrication des objets politiques, au-delà de la rigidité de l'Etat classique par ailleurs introuvable dans les mécanismes de gouvernance du VIH/Sida en Afrique. Pourtant, à bien y réfléchir, l'épidémie de VIH/Sida produit des effets incontestablement politiques : elle génère et entretient des enjeux de pouvoir ; elle interroge les mécanismes de gouvernance des problématiques sociales ; elle révèle la désétatisation de l'espace public par des formes d'entrées non électives mais participatives, etc. A cet effet, elle renouvelle les paradigmes de l'Etat en Afrique en les transposant sur les acteurs qui émergent à côté de l'Etat dans la production de l'action antisida. Cette thèse analyse les dynamiques de l'épidémie de VIH/Sida à partir des théories et des concepts produits par la science politique, en ciblant dans une sorte de comparaison, le rôle et la place des acteurs politiques et associatifs, des controverses et des dynamiques de l'épidémie, dans la construction politique du VIH/Sida en Afrique du Sud, au Burkina Faso et au Cameroun.

This thesis discusses the global regime complex concerning the management of plant genetic resources for food and agriculture, and how different regimes concerning these resources cooperate or stand in opposition to each other. Because of changes in US patent law and the establishment of TRIPS, patent claims over plant genetic resources has increased dramatically globally. This, amongst other things, in turn has lead to the development of CBD which in turn lead to the creation of access and benefit laws in many countries. To create a free flow of genetic resources for food and agriculture the ITPGRFA, with its multilateral system, were negotiated. The aim of this thesis is to investigate which consequences the regime complex concerning plant genetic resources for food and agriculture can have on the rights of small farmers, agricultural research and food security in the global South. The thesis shows how patents and strict access laws creates a situation where more and more actors has exclusive rights which excludes others from using these, for the global food security, essential resources. Further it is shown that there also are processes going on within the UPOV that risk to take away farmers right to save seeds, and thereby make them dependent on the more and more monopolistic global seed markets dominated by a few multinational corporations. It is established that ITPGRFAs multilateral system is an opening in this hyperownership of plant genetic resources for food and agriculture; but that the international community at the same time has to see to that the patent claims on plant genetic resources not violate farmers’ rights to their resources. / Denna uppsats behandlar det globala regimkomplexet för förvaltningen av växtgenetiska resurser för livsmedel och jordbruk, samt hur avtalen rörande dessa resurser samverkar eller står i motsättning till varandra. I och med förändringar i amerikansk patentlagstiftning och upprättandet av TRIPS har patentanspråk på växtgenetiska resurser ökat dramatiskt, vilket i sin tur påverkade tillkomsten av CBD vilken innefattar upprättandet av lagstiftning rörande tillträde till och den rättvisa fördelningen av nyttor härstammande från, genetiska resurser. För att möjliggöra ett relativt fritt flöde av växtgenetiska resurser har ITPGRFA med dess multilaterala system fram förhandlats. Syftet med denna uppsats är att undersöka vilka konsekvenser den nuvarande globala förvaltningen av växtgenetiska resurser för livsmedel och jordbruk kan få för jordbruksforskning, småbönders rättigheter och matsäkerhet i Syd. Uppsatsen visar på hur patent och tillträdeslagstiftningar skapar en situation där fler och fler parter innehar rättigheter att utestänga andra från att nyttja dessa, för den globala matsäkerheten, essentiella resurser. Vidare visas på hur det samtidigt pågår processer inom UPOV som riskerar att undanta bönder rätten att spara utsäde och därmed göra dem beroende av de i allt högre grad monopolartade frömarknaderna, vilka domineras av att fåtal multinationella företag. Här konstateras även att ITPGRFAs multilaterala system är en öppning i detta hyperägande, men att det internationella samfundet samtidigt måste försäkra att patentanspråk inte kränker bönders rättigheter till sina resurser.

This study analysed data obtained from respondents and their medical records to determine the barriers and motivators for good adherence to ART. Respondents' records were also reviewed together with their pharmacy refill records to identify any correlation between .CD4 cell counts, viral load, VL and adherence to antiretroviral drugs at extension 15 ARV clinic in Gaborone, Botswana. The study investigated whether the combination of pharmacy refills and pill counts adherence measurement methodologies could predict immunological recovery and virologic response through increased CD4 cell counts and suppressed VL. . There was a positive relationship between adherence, CD4 cell counts and VL. Pharmacy refills and pill counts adherence measurement methodologies scored high on sensitivity, specificity, and positive predictive values but low on negative predictive values. / Health Studies / M.A. (Public Health)

The study analysed and compared data from patients' medical and pharmacy refill records to identify correlations between CD4 cell counts and adherence to antiretroviral drugs at Katutura Intermediate Hospital (KIH) in Windhoek, Namibia. The study investigated whether the pharmacy refill adherence measurement methodology could predict immunological recovery through increased CD4 cell counts. There was a positive but weak relationship between adherence and CD4 cell counts. Although the pharmacy refill records could predict immunological response it was not sensitive enough and should be used in combination with other adherence measurement tools. / Public Health / M.A. (Public Health)

This non-experimental, retrospective, descriptive and correlational study investigated adherence to antiretroviral drugs among HIV positive patients at Mpilo Central Hospital in Bulawayo Zimbabwe. Data among 118 patients was extracted from clinic registers and patient facility held medical records to determine level of adherence to ART using pharmacy refills (a non-immunological adherence parameter) and compared to CD4 cell count ( an immunological adherence parameter). Adherence levels obtained in this study using pharmacy refills was low (62.7%) and a relatively high non-adherence level of 37.3%. The pharmacy refill adherence level obtained was comparable to CD4 cell count adherence level of 64.6% (as indicated by a 50% CD4 cell count gain). These findings would seem to indicate the need for more education on the importance of adherence and further the need for better adherence monitoring systems / Health Studies / M.A. (Public Health)