Background A large proportion of an organism's genome encodes for membrane proteins. Membrane proteins are important for many cellular processes, and several diseases can be linked to mutations in them. With the tremendous growth of sequence data, there is an increasing need to reliably identify membrane proteins from sequence, to functionally annotate them, and to correctly predict their topology. Results We introduce a technique called structural fragment clustering, which learns sequential motifs from 3D structural fragments. From over 500,000 fragments, we obtain 213 statistically significant, non-redundant, and novel motifs that are highly specific to α-helical transmembrane proteins. From these 213 motifs, 58 of them were assigned to function and checked in the scientific literature for a biological assessment. Seventy percent of the motifs are found in co-factor, ligand, and ion binding sites, 30% at protein interaction interfaces, and 12% bind specific lipids such as glycerol or cardiolipins. The vast majority of motifs (94%) appear across evolutionarily unrelated families, highlighting the modularity of functional design in membrane proteins. We describe three novel motifs in detail: (1) a dimer interface motif found in voltage-gated chloride channels, (2) a proton transfer motif found in heme-copper oxidases, and (3) a convergently evolved interface helix motif found in an aspartate symporter, a serine protease, and cytochrome b. Conclusions Our findings suggest that functional modules exist in membrane proteins, and that they occur in completely different evolutionary contexts and cover different binding sites. Structural fragment clustering allows us to link sequence motifs to function through clusters of structural fragments. The sequence motifs can be applied to identify and characterize membrane proteins in novel genomes.

Here we review viral and cellular requirements for entry and intracellular trafficking of foamy viruses (FVs) resulting in integration of viral sequences into the host cell genome. The virus encoded glycoprotein harbors all essential viral determinants, which are involved in absorption to the host membrane and triggering the uptake of virus particles. However, only recently light was shed on some details of FV’s interaction with its host cell receptor(s). Latest studies indicate glycosaminoglycans of cellular proteoglycans, particularly heparan sulfate, to be of utmost importance. In a species-specific manner FVs encounter endogenous machineries of the target cell, which are in some cases exploited for fusion and further egress into the cytosol. Mostly triggered by pH-dependent endocytosis, viral and cellular membranes fuse and release naked FV capsids into the cytoplasm. Intact FV capsids are then shuttled along microtubules and are found to accumulate nearby the centrosome where they can remain in a latent state for extended time periods. Depending on the host cell cycle status, FV capsids finally disassemble and, by still poorly characterized mechanisms, the preintegration complex gets access to the host cell chromatin. Host cell mitosis finally allows for viral genome integration, ultimately starting a new round of viral replication.

α-Hydroxy alkanones were synthesised with high enantiomeric purity by stereoselective enzyme-catalysed diketone reduction. Both diketone reduction and cofactor regeneration were accomplished with purified carbonyl reductase from Candida parapsilosis (CPCR2). The reaction products were isolated by column chromatography and analysed by chiral GC measurements, 1H-NMR spectroscopy and determination of optical rotations. Preparative-scale biotransformations yielded 350–600 mg of pure aliphatic α-hydroxy ketones including the difficult to obtain (S)-2-hydroxypentane-3-one. For all the products good enantiomeric excesses in the range of 89–93% were achieved.

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The principal aim of this thesis is to describe methods of fundamental analysis of three major companies from sectors of Biotechnology and Pharmaceuticals, namely Johnson & Johnson, Pfizer and Amgen. Among used methods we are able to find 2 -- stage discounted cashlow models Free-cashflow-to-equity FCFE and Free-cashflow-to-firm FCFF, Gordon's dividend discount model a relative valuation methods using P/E, P/BV and P/S. Descriptive part of this thesis describes legal and regulatory environment, which has significant impact on the development process of new innovative drugs and therapies. Further it sets investment recommendations and looks closer at investment opportunities in biotechnological companies.

Les levures non conventionnelles, dont Yarrowia lipolytica, sont devenues desusines cellulaires attractives pour la production de protéines recombinantes. Lasélection de promoteurs régulés impliqués dans le métabolisme de substratshydrophobes est d'un grand intérêt pour une telle application. Dans ce cadre,l’objectif de ce projet est de mieux comprendre la régulation des promoteurs desgènes POX2 et LIP2 dans le but d’améliorer la production de protéinesrecombinantes chez Y. lipolytica.D’un point de vue biotechnologique, l'analyse à l’échelle cellulaire est devenueune approche répandue pour l’analyse et l’optimisation des bioprocédés. Ainsi,l'objectif de la première partie de ce projet vise le développement d’une méthoded’analyse en ligne des paramètres de culture Y. lipolytica dans un milieu contenantde l’acide oléique. Cette technique consiste au couplage d’un bioréacteur à uncytomètre en flux via une interface d’échantillonnage automatique. Cetteméthodologie a conduit principalement à une analyse rapide de la croissancecellulaire, de l'accumulation des lipides, du dimorphisme ainsi qu’à l'analyse duniveau d’induction des promoteurs chez Y. lipolytica.Les systèmes d’expression basés sur les promoteurs LIP2 et POX2 sont difficilesà manipuler, principalement en raison de l’utilisation de substrats insolubles dansl’eau (acide oléique) comme inducteur. Dans ce travail, il a été clairement démontréque pLIP2 est le promoteur de choix à utiliser pour développer un procédé deproduction de protéines recombinantes par culture de Y. lipolytica dans un milieucomplexe. De plus, l’utilisation d’un mélange acide oléique-glucose 60/40 (w/w) aconduit à une amélioration du niveau d’induction du promoteur LIP2 par un facteurde 10 par rapport à utilisation l'acide oléique. De plus, l’analyse à l’échelle cellulairemontre que ces deux substrats sont co-consommés par les cellules.Enfin, la dernière partie de cette thèse a eu pour but d'étudier la régulation dupromoteur LIP2 par rapport à la transition dimorphique. Nos résultats ont clairement montré que le changement morphologique chez Y. lipolytica n'a pas d'impact sur larégulation de pLIP2.L’ensemble de ces études a conduit à une meilleure compréhension de laphysiologie de Y. lipolytica, soulignant son potentiel avéré de production desprotéines recombinantes. / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La rose présente un intérêt économique très important tant pour son utilisation pour la parfumerie et les cosmétiques que pour son utilisation en horticulture. La rose moderne résulte d'un long processus de sélection au cours duquel les variétés cultivées pour la fleur coupée, notamment, ont perdu leur parfum. Le parfum des roses est un mélange complexe de composés volatils, parmi lesquels les monoterpènes représentent une proportion importante. Aujourd'hui, le parfum est devenu un caractère de choix pour les créateurs de nouvelles variétés. Dans un premier temps, nous nous sommes attaché à caractériser le pétale de rose en tant qu'organe producteur et sécréteur de composés volatils. Nous avons pu montrer que les deux épidermes du pétale produisent et émettent des composés et renferment une enzyme responsable de leur synthèse. Des structures caractéristiques de la synthèse des monoterpènes ont été mises en évidence. Une étude comparative des pétales de roses parfumées et inodores a été réalisée parallèlement. Dans un deuxième temps, deux gènes impliqués dans la biosynthèse des monoterpènes ont été isolés : RhDXR et RhGPPS. L'activité enzymatique de la protéine RhGPPS n'a pas pu être mise en évidence in vitro. L'expression de ce gène est constitutive et non spécifique des roses produisant des monoterpènes. Le gène RhDXR code pour une protéine fonctionnelle. Son expression a été étudiée par RT-PCR semi-quantitative et sa localisation subcellulaire a été précisée par des fusions avec la GFP. Des tabacs transgéniques surexprimant RhDXR sont en cours d'analyse, dans le but d'évaluer la capacité des plantes à augmenter leur production en composés volatils.

Le mémoire examine le potentiel de deux méthodes d'évaluations de la valeur d'une entreprise sur la base d'un échantillon de firmes oeuvrant dans le domaine des biotechnologies. Selon la première méthode, nommée Binotech, l'action d'une firme de biotechnologies est traitée comme étant une option financière. Avec la deuxième méthode, dite numérique, le rendement des firmes est considéré comme un mouvement brownien dont la moyenne est définie selon la méthodologie proposée par Bergeron, Savor et Kryzanowski. (2004). Les évaluations obtenues à l'aide de chacune des deux méthodes, sont ensuite comparées aux valeurs marchandes des firmes c'est à dire leurs valeurs boursières. Les résultats obtenus indiquent que la performance respective des deux méthodes est étroitement liée à la volatilité du rendement boursier des firmes de l'échantillon. Or, la volatilité des firmes, tend à être reliée à leur taille, tout comme, souvent, le degré de diversification de leur portefeuille de molécule. En conséquence, la performance de l'une ou l'autre des deux méthodes examinées est meilleure pour les entreprises de grande taille et l'évaluation des petites firmes ayant un portefeuille non diversifié demeure un défi difficile à relever. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Biotechnologie, Options réelles, Étude empirique.

L'objectif de cette recherche est de comprendre dans quelle mesure les pratiques de ressources humaines influencent l’importance accordée au secret en tant que mécanisme de protection des actifs intellectuels dans les organisations. L'efficacité des accords de secret reste limitée et leur mise en application est difficile en raison des différences selon les juridictions et les tribunaux, l'absence de protection en cas de divulgation accidentelle ou ingénierie inverse et la difficulté pour les entreprises de démontrer l'existence du secret. Face à ces limites, plusieurs auteurs suggèrent qu'une ligne de défense s'appuyant sur des pratiques de ressources humaines permettrait de renforcer l'efficacité des accords de secret. Dans la présente recherche les pratiques de ressources humaines qui ont été analysées sont les pratiques de recrutement, les pratiques de formation, les pratiques de compensation, les pratiques d'évaluation, les pratiques de transfert et les pratiques de maintien des employés. La recherche repose sur une démarche déductive. Les données ont été collectées auprès de dirigeants et managers de 71 entreprises de la biotechnologie à partir d'un questionnaire. Les résultats de la recherche montrent principalement que la formation des salariés est une des pratiques qui expliquerait l'importance du secret dans les entreprises en tant que mécanisme de protection des actifs. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Secret, mécanisme de protection, accords de secret, informations confidentielles, connaissances, actifs intellectuels, pratiques de ressources humaines, biotechnologie.

Cette recherche s'intéresse aux personnes appelées « entrepreneurs technologiques ». Elle cherche à comprendre comment ces « entrepreneurs » construisent le réseau de contacts qui les mène au succès dans la mise en marché du produit qu'ils ont développé : nouveau médicament, traitement ou appareil ayant des applications en santé humaine. Ce projet s'inscrit dans le cadre d'un questionnement plus vaste, visant à comprendre le processus entrepreneurial dans le secteur de la biotechnologie au Québec. Il cherche à expliquer (théoriser) comment se construit et évolue le projet entrepreneurial et le capital social qui le facilite (connaissances, moyens physiques et réseaux) pour atteindre le succès lorsque les entrepreneurs conçoivent, produisent et approuvent (préalable à sa commercialisation) un nouveau médicament ou traitement. Ce travail se place dans un paradigme interprétatif selon lequel la réalité est construite par ces entrepreneurs technologiques qui fournissent leur point de vue. La méthode qui permet de comprendre étant qualitative, l'exploration se fait tout au long de 16 entretiens analysés à l'aide d'un processus de théorisation ancrée tel qu'il a été proposé par Strauss et Corbin (1990) et modernisé par Clarke (2005) et Charmaz (2006). La question centrale de recherche est « Comment les entrepreneurs construisent-ils leur capital social entrepreneurial? » Afin d'élaborer la réponse, trois niveaux d'analyse sont étudiés à partir de trois sous-questions : a) « Que font les entrepreneurs technologiques pour amener une recherche scientifique sur le marché? » ; b) « Quel est le rôle de l'artéfact qui circule entre le laboratoire et le marché? » ; et c) « Comment évolue le processus de formation du contexte entrepreneurial lors du passage du stade d'artéfact scientifique à celui de produit commercial? ». Ce travail apporte des contributions diverses à la recherche en entrepreneuriat. Le propos central étant de comprendre le processus entrepreneurial intégralement, une approche à trois niveaux sera dégagée graduellement et par niveaux d'analyse. Premièrement, cette recherche dégage la compréhension d'une dimension des compétences des entrepreneurs technologiques c'est-à-dire, la notion de traduction du marché comme compétence nécessaire à l'avancement du processus. Deuxièmement, l'artéfact ou objet limite entre deux mondes sociaux, la biotechnologie et la pharmacie, sert de dispositif médiateur du conflit potentiel entre ces entrepreneurs. L'étude de quatre médicaments ou traitements propose trois rôles de fabrication de sens impliqués dans cette médiation soit, un rôle fonctionnel, un relationnel et un interactif. Les connaissances qui émergent de l'interaction (cycle d'assimilation, articulation et dissémination des connaissances) assurent sa mise en marché et l'engagement des divers acteurs impliqués. Troisièmement, cette recherche contribue à une meilleure compréhension du comportement entrepreneurial dans la construction du contexte nécessaire à la mise en marché d'une découverte, ayant pour base normée, la réciprocité convergente. Ce travail étudie et décompose la réciprocité convergente à partir de l'observation du processus de socialisation ou mimétisme et du processus de capitalisation ou mutation dans l'identification de l'opportunité et comme levier de ressources. Par l'étude des actions et des cognitions des entrepreneurs lors d'une trajectoire couverte par 16 entretiens dans la filière de la biopharmacie au Québec, cette thèse cherche à comprendre comment les entrepreneurs technologiques construisent leur réseau de contacts qui les mène au succès dans la mise en marché du produit qu'ils ont développé : nouveau médicament ou traitement ayant des applications en santé humaine. Les trois niveaux d'analyse qui répondent à cette question sont l'individu, l'artéfact et le contexte facilitateur, lesquels font émerger un cadre conceptuel de la recherche et aident à théoriser le processus entrepreneurial lors des étapes qui précèdent la mise en marché. ______________________________________________________________________________