Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2017-12-12T14:27:41Z No. of bitstreams: 2 Roberto Carlos Henrique Pessoa de Souza.pdf: 2310246 bytes, checksum: a036aeadb1ae0095ae4ba793998ebf0f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-12T14:27:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Roberto Carlos Henrique Pessoa de Souza.pdf: 2310246 bytes, checksum: a036aeadb1ae0095ae4ba793998ebf0f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-12-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The White-winged Parakeet (Brotogeris versicolurus) caught the attention of inhabitants of the city of Manaus, where every afternoon they gather on an avenue in the urban area to spend the night, and every morning they leave to feed in the city. The objective of this study was to investigate the temporal variation of B. versicolurus and relate it to food availability, breeding period, and roost shelters. The study was carried out in Manaus, including the urban area, and a single point on Careiro Island, on the floodplain, where counts of individuals were made. The city was searched for places occupied, whether the parakeets used the places as a roost or as a breeding site, as well as quantifying the total number of mango trees and mango trees with fruits, and the roost trees were mapped and measured. I found that there is temporal variation in the abundance of B. versicolurus and that it is related to the availability of mangoes and to the breeding period. During the breeding period, the abundance of B. versicolurus in the urban area is lower. After this period, abundance is greater, coinciding with the crop of mangoes available in the city during this time. In addition, there is no evidence of breeding in the urban area, only in the floodplain, which reinforces the idea that breeding sites are far from the seasonal roost. This roost accommodates large numbers of individuals that tend to be grouped, preferring to occupy more clustered trees and greater heights and larger canopies, besides being close to places that are a source of food, which benefits in relation to foraging. In addition to this roost, another was discovered in the urban area, but with a much smaller number of individuals. The probable cause for the temporal variation of the species is the breeding season, when abundance is lower in the urban area. The probable best explanation for the formation of a roost is the need to be grouped and closer to the food source. / O periquito-de-asa-branca (Brotogeris versicolurus) chamou a atenção dos habitantes da cidade de Manaus, onde todo final da tarde, se reúnem em uma avenida na área urbana para passar a noite e toda manhã saem para se alimentar pela cidade. Com isso, o objetivo deste trabalho foi investigar a variação população de B. versicolurus e relacionar com a disponibilidade de alimento, período reprodutivo e abrigos para dormitório. O estudo foi realizado na cidade de Manaus, representando a área urbana, e na Ilha do Careiro, o ponto da várzea, onde foram feitas as contagens dos indivíduos. Foi feita a busca pela cidade por locais ocupados, se utilizam como dormitório ou como local de reprodução, além de quantificar o total de mangueiras e as mangueiras com frutos e, por fim, as árvores do dormitório foram mapeadas e mensuradas. Foi verificada que há uma variação temporal na abundância de B. versicolurus e que está relacionada a disponibilidade de mangas e ao período reprodutivo. Durante o período reprodutivo, a abundância de B. versicolurus na cidade é menor. Depois deste período, a abundância é maior assim como a safra de mangas que é aproveitada durante esta época. Além disso, não há evidências de reprodução na cidade, apenas na várzea, o que reforça a ideia de que os locais de reprodução sejam bem distantes. O dormitório possui a capacidade de comportar grande quantidade de indivíduos que tendem a ficarem agrupados preferindo ocupar árvores mais agrupadas e altura e copas maiores, além de se situar próximo a locais que são fonte de alimento, o que beneficia em relação ao forrageamento. Além desse dormitório, foi descoberto outro na área urbana, porém com um número muito menor de indivíduos. A causa provável para a variação temporal da espécie seja a época de reprodução quando a abundância é menor na área urbana. O que pode explicar a formação de dormitório é necessidade de estarem agrupados e mais próximos a fonte de alimento.

A ferrugem da folha da aveia, causada pelo fungo Puccinia coronata Corda f. sp avenae Ericks é responsável por grandes perdas na produção. Tradicionalmente, a resistência utilizada pelos programas de melhoramento é de natureza qualitativa, e tem se mostrado efêmera. O emprego da resistência parcial, como forma de resistência genética eficiente para o controle da ferrugem da folha em aveia é uma opção promissora. Objetivando ampliar o conhecimento genético e molecular da expressão da resistência parcial, uma população de 167 linhagens recombinantes foi desenvolvida a partir dos genótipos UFRGS 19 (suscetível) e UFRGS 988012-1 (parcialmente resistente). A avaliação da resistência parcial a campo e o cálculo da área sob a curva de progresso da doença relativa (ASCPDNC), por três anos consecutivos (2013-2015), permitiram estimar o número de locos envolvidos na expressão deste caráter. Foram estimados quatro locos no ano de 2013 e três locos nos anos de 2014 e 2015, sendo dois locos de maior efeito sobre o fenótipo e um/dois de menor efeito. A resistência parcial apresentada pelos genótipos brasileiros não é conferida pela mesma região gênica que atribui esse caráter à linhagem MN841801. Os marcadores SNPs para o QTL Pc.crc-14D não se diferenciaram nos genótipos URS 21, URS 22, UFRGS 19, UFRGS 988012-1 e URS Galope, independentemente destes serem resistentes ou suscetíveis à ferrugem da folha. Plantas adultas de URS 21, URS 22, UFRGS 19 e UFRGS 988012-1 foram desafiadas com P. coronata e, amostras do tecido foliar foram coletadas nos tempos 0, 6, 12, 24, 48, 72, 96 e 120 hai. A partir de sequências do transcriptoma de plântulas de URS 21 induzidas sob essa mesma condição, iniciadores foram projetados e a expressão relativa avaliada ao longo do tempo. Sequências envolvidas no metabolismo secundário, fatores de transcrição da família WRKY, e o gene que confere resistência parcial a múltiplas doenças em trigo, Lr34, foram analisados. Para a maioria das sequências avaliadas, observou-se um perfil de expressão contrastante entre os genótipos irmãos, e parcialmente resistentes, URS 21 e UFRGS 988012-1, o que sugere a possibilidade de mecanismos ou isoformas de enzimas parcialmente distintas conferirem a resistência parcial a estes genótipos. Diferenças também foram detectadas entre plântulas e o estádio de planta adulta em URS 21, reforçando os indícios de que os mecanismos da resistência parcial em plântula e em planta adulta sejam distintos. / Crown rust caused by Puccinia coronata Corda f. sp. avenae Ericks is responsible for significant reduction in oat grain yield. Traditionally, oat breeders exploit qualitative resistance which has proved to be ephemeral. The use of partial resistance as a way to efficiently control oat crown rust is a promising option. Aiming to expand the genetic and molecular knowledge about the expression of partial resistance, a population of 167 recombinant inbred lines was developed from crossing UFRGS 19 (susceptible) and UFRGS 988012-1 (partially resistant). The evaluation of partial resistance in the field by calculating the relative area under the disease progress curve for three consecutive years (2013-2015) allowed the estimation of the number of loci involved in the expression of this character. Four loci were estimatd in 2013, and three loci in the years 2014 and 2015, two loci conferring great effect on the phenotype and one / two with small effect. Partial resistance presented by the Brazilian genotypes is not conferred by the same genic region identified in MN841801 lineage. SNPs markers for the QTL Pc.crc-14D did not differ among the genotypes URS 21, URS 22, UFRGS 19, UFRGS 988012-1 and URS Galope, regardless their resistance to crown rust. Adult plants of URS 21, URS 22, UFRGS 19 and UFRGS 988012-1 were challenged with P. coronata and leaf tissue samples were collected at 0, 6, 12, 24, 48, 72, 96 and 120 hai. From sequences of the URS 21 seedlings transcriptome induced under the same condition, primers were designed and the relative expression evaluated over time. The sequences included some involved in secondary metabolism, transcription factors from WRKY family, and the gene confering partial resistance for multiple diseases in wheat, Lr34. Most evaluated sequences showed a contrasting expression profile between the siblings and partially resistant genotypes URS 21 and UFRGS 988012-1. It suggests the possibility that distinct mechanisms or enzymes isoforms confer partial resistance to these genotypes. Differences were also detected between seedling and adult plant stage for URS 21, reinforcing the evidence of distinct mechanisms of partial resistance in these two developmental stages.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2018. / O Brasil é um dos principais países produtores de madeira tropical no mundo, com destaque ao setor madeireiro da Amazônia, cuja atividade de exploração madeireira é intensa. O Laboratório de Produtos Florestais (LPF), entre as suas linhas de atuação, busca identificar e caracterizar tecnologicamente as madeiras dos diversos biomas brasileiros, conferindo-lhes a possibilidade de novos usos. Através da área de Biodegradação e Preservação, mantém a Coleção de fungos xilófagos como fonte de recursos biológicos viáveis ao desenvolvimento de suas pesquisas, especialmente para os testes de durabilidade natural da madeira (TDN). Essa é uma propriedade inerente à cada espécie madeireira que determina, em grande parte, a sua utilização, principalmente, em condições tropicais. Entre as principais causas de sua biodeterioração estão os fungos causadores de podridão, que podem degradar a madeira da árvore viva ou pós-colheita. Esses fungos são lignocelulolíticos, estando em sua maior parte classificados no filo Basidiomycota, onde são encontradas as espécies mais eficientes na degradação da biomassa lenhosa, que são essenciais ao ciclo global do carbono. Este trabalho apresentou o objetivo geral de identificar e caracterizar os isolados pertencentes à Coleção de fungos xilófagos do LPF associados às podridões branca e parda, e como objetivos específicos: confirmar a identidade dos isolados por meio de caracterização molecular; realizar triagem dos isolados com maior atividade enzimática; realizar ensaios enzimáticos para produção e caracterização de enzimas; realizar ensaios colorimétricos para obtenção de suas curvas de crescimento; e avaliar o potencial biodegradativo dos isolados por meio de ensaio de apodrecimento acelerado. Os isolados foram submetidos à técnica de purificação monohifal para, em seguida, serem utilizados nos testes. A identificação molecular final foi obtida por análises filogenéticas através do método de máxima verossimilhança. A caracterização enzimática foi realizada por meio de testes para CMCases, xilanases, FPases e lacases com os sobrenadantes de cada isolado, em dez dias de cultivo, sob agitação a 120 rpm e 28 ºC, em meio mínimo com serragem de Swartzia psilonema como fonte lignocelulósica. As curvas de crescimento foram determinadas por método indireto de quantificação de proteína intracelular. As análises moleculares permitiram gerar uma árvore filogenética para a classe Agaricomycetes, posicionando os isolados em clados segundo as suas respectivas ordens. A caracterização enzimática resultou na obtenção de curvas de atividades específicas, para as quais o isolado Trametes versicolor apresentou os maiores valores de atividade. O isolado da ordem Auriculariales indeterminado apresentou a maior taxa de crescimento, em detrimento dos menores valores de atividade enzimática observados. O ensaio de apodrecimento acelerado contribuiu para atestar o potencial biodegradativo de seis isolados, sendo que as maiores perdas de massa em S. psilonema foram registradas nos ensaios com Gloeophyllum trabeum e o isolado da ordem Polyporales indeterminado. Os resultados obtidos permitiram a autenticação parcial da coleção e a sugestão de novos mecanismos para o seu gerenciamento, com mudanças nos atuais métodos de preservação empregados. Os resultados ainda corroboraram a caracterização tecnológica pioneira quanto à durabilidade natural da madeira de S. psilonema. / Brazil is one of the main tropical timber producing countries in the world, with emphasis on the timber industry in the Amazon, whose logging activity is intense. The Forest Products Laboratory (LPF), among its lines of action, seeks to identify and technologically characterize the wood of the various Brazilian biomes, granting them the possibility of new uses. Through the area of Biodegradation and Preservation, it maintains the Collection of xylophagous fungi as a source of viable biological resources for the development of their researches, especially for the tests of natural durability of wood (TDN). This is an inherent property of each species of wood which largely determines its use, mainly in tropical conditions. Among the main causes of its biodeterioration are rotting fungi, which can degrade living or post-harvest tree wood. These fungi are lignocellulolytic, being mostly classified in the phylum Basidiomycota, where the most efficient species are found in the degradation of the woody biomass, which are essential to the global carbon cycle. This work presented the general objective of identifying and characterizing the isolates belonging to the LPF xylophagous fungi associated to white and brown rot, and specific objectives: to confirm the identity of the isolates by means of molecular characterization; screening of isolates with higher enzymatic activity; performing enzymatic assays for the production and characterization of enzymes; to perform colorimetric assays to obtain their growth curves; and to evaluate the biodegradable potential of the isolates by means of the accelerated rotting test. The isolates were submitted to the monohifal purification technique and then used in the tests. The final molecular identification was obtained by phylogenetic analysis using the maximum likelihood method. The enzymatic characterization was performed by means of tests for CMCases, xylanases, FPases and laccases with the supernatants of each isolate, in ten days of cultivation, under agitation at 120 rpm and 28 ºC, in a medium with Swartzia psilonema sawdust as a lignocellulosic source. Growth curves were determined by indirect method of intracellular protein quantification. The molecular analyzes allowed to generate a phylogenetic tree for the class Agaricomycetes, positioning the isolates in clades according to their respective orders. The enzymatic characterization resulted in the obtaining of curves of specific activities, for which the isolate Trametes versicolor presented the highest values of activity. The isolate of the order Auriculariales undetermined showed the highest growth rate, in detriment of the lowest values of enzymatic activity observed. The accelerated rotting assay contributed to the biodegradation potential of six isolates, and the highest mass losses in S. psilonema were recorded in the Gloeophyllum trabeum assays and the indeterminate Polyporales isolate. The results obtained allowed the partial authentication of the collection and the suggestion of new mechanisms for its management, with changes in the current preservation methods employed. The results also corroborated the pioneering technological characterization of the natural durability of S. psilonema wood.

Orientador: Regiane Cristina Oliveira de Freitas Bueno / Coorientador: Cristiane Müller / Banca: Fernando Javier Sanhueza Salas / Banca: Simone Silva Vieira / Resumo: Bemisia tabaci Gennadius (Hemiptera: Aleyrodidae) faz parte de um grupo de espécies crípticas que são conhecidas globalmente por sua capacidade de adaptação em diferentes plantas hospedeiras e causarem severos danos aos mais diversos cultivos, sendo responsáveis pela transmissão de diversos tipos de vírus de plantas. Dentro desse grupo de espécies crípticas encontra-se o biótipo Q ou Mediterranean (MED), cuja principal característica é a menor suscetibilidade a alguns ingredientes ativos, e essas características podem estar ligadas a diversos fatores, como aspectos genéticos bem como, composição de endossimbiontes secundários. Diante do recente relato de invasão dessa espécie exótica no Brasil, e como a principal forma de manejo utilizada para essa espécie é o controle químico, ainda não se tem informações suficientes a respeito das concentrações letais de inseticidas no país. O estudo buscou traçar curvas de suscetibilidade para os principais ingredientes ativos utilizados para o controle de B. tabaci. O trabalho em questão foi dividido em dois capítulos, em que no primeiro foram realizados testes em adultos, e no segundo os testes foram realizados para a ninfa do inseto. No primeiro capítulo, foram testados em três populações diferentes os ingredientes ativos, acetamiprido, ciantraniliprole, imidacloprido, tiametoxam e sulfoxaflor. Além disso, também foi realizado a identificação dos endossimbiontes secundários para cada população. Foi observado que para alguns ingredientes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bemisia tabaci Gennadius (Hemiptera: Aleyrodidae), is part of a group of cryptic species worldwide known for its adaptation to different hosts and cause severe damages in many crops, responsible for transmitting many plant virus. As a part of these cryptic species group, is the biotype Q or Mediterranean (MED), which the main characteristic of it is the lower susceptibility to some active ingredients, and these characteristics can be related to many factors, like genetic aspects as well as its secondary endosymbionts composition. Since the recent report of this exotic species invasion in Brazil, and the main strategy used to manage this species is the chemical control, still there is no further information about lethal concentrations in this country. This research looked for stablish dose-response curves for the main active ingredients used to manage B. tabaci. The study was divided in two chapters, in which the first one the tests were made in adults and, in the second one, the tests were made in the immature stage of the insect. In the first chapter, three populations were tested, and the active ingredients used were, acetamiprid, cyantraniliprole, imidacloprid, thiametoxam and sulfoxaflor. Besides that, the identification of secondary endosymbionts for each population was done. It was observed that for some active ingredients the susceptibility of the populations varied, as well as its endosymbionts. In the second chapter, the same tests were made for the immature stage of the insect, and the active ingredients tested were, acephate, acetamiprid, bifenthrin, cyantraniliprole, diafenthiuron, spiromesifen, imidacloprid, pymetrozine, pyriproxyfen, sulfoxaflor and thiametoxam. The secondary endosymbionts were also identified. For the tested populations, its susceptibility and endosymbionts also varied. / Mestre

Orientador: Edson Luiz Lopes Baldin / Banca: João Roberto Spotti Lopes / Banca: André Luiz Lourenção / Resumo: A soja, [Glycine max (L.) Merrill], é um dos cultivos mais importantes para o Brasil, com alta produtividade e intensa participação no mercado externo. Seus grãos representam importante fonte nutricional para o homem e seus derivados são usados para alimentação animal ou mesmo na fabricação de energia renovável, na forma de biodiesel. No entanto, a produção desta leguminosa pode ser comprometida pelo ataque de insetos-praga, como a mosca-branca, Bemisia tabaci (Gennadius) biótipo B (Hemiptera: Aleyrodidae). Atualmente, este inseto é apontado como importante praga para a cultura da soja, devido às crescentes infestações e dificuldade no controle. Seu manejo é feito principalmente através de aplicações sucessivas de inseticidas sintéticos, as quais favorecem à rápida seleção de indivíduos resistentes. Desta forma, torna-se importante avaliar alternativas menos agressivas, alinhadas ao manejo integrado de pragas (MIP), com destaque para o uso de cultivares resistentes e indutores de resistência, como o silício. O monitoramento da alimentação de insetos sugadores por meio da técnica de EPG (Electrical Penetration Graph) tem auxiliado na caracterização de categorias e fatores de resistência de plantas frente ao ataque de insetos. Assim, neste trabalho, avaliou-se o comportamento alimentar de B. tabaci biótipo B em genótipos resistentes e suscetíveis de soja na presença e ausência de silício, utilizando-se EPG. Na primeira etapa, foram avaliados quatro genótipos de soja portadores ... / Abstract: Soybean, [Glycine max (L.) Merrill], is one of the most important crops for Brazil, with high productivity and strong participation in the foreign market. Soybeans represent important nutritional source for humans and their derivatives are used in animal nutrition or even renewable energy production, as biofuel. However, production of this crop may be affected negatively by the attack of insect pests, such as the whitefly, Bemisia tabaci (Gennadius) biotype B (Hemiptera: Aleyrodidae). This insect is currently indicated as an important pest for the soybean crop, due to the increasing infestations and difficulty in control. Its management is mostly done with successive spraying of synthetic insecticides that promote rapid selection of resistant individuals. Thus, it is important to evaluate less aggressive alternatives, aligned with the integrated pest management (IPM), with emphasis on the use of resistant cultivars and resistance inducers, as silicon. Monitoring sucking insects feeding using the EPG technique (Electrical Penetration Graph) has been helping in the characterization of categories and resistance factors of plants against insect attacks. In this study, the feeding behavior of B. tabaci biotype B was assessed in resistant and susceptible genotypes of soybean in the presence and absence of silicon using EPG. In the first stage, four genotypes of soybean bearers of different categories of resistance against the whitefly were assessed (KS-4202, tolerance; IAC-19, antixenosis; UX-2569-159, antibiosis e PI-227687, susceptible). At the same time, the types of trichomes present on the abaxial surface of the leaflets were characterized, in order to establish possible correlations with the feeding behavior of the whitefly. The results confirm the presence of antixenotic factors in the genotype IAC-19 (low duration of feeding in the phloem phase). ... / Mestre

Orientador: Antonio Carlos Busoli / Banca: Valmir Antonio Costa / Banca: Júlio César Guerreiro / Banca: Arlindo Leal Boiça Junior / Banca: Raphael de Campos Castilho / Resumo: O Gênero Encarsia é um dos mais diversos da Família Aphelinidae, e possui grande importância econômica no Controle Biológico de insetos, principalmente de aleirodídeos. Estudos de faunas nativas de espécies de Encarsia são de grande interesse para o Controle Biológico Natural e Aplicado dentro da filosofia do Manejo Integrado de Pragas. Apesar de sua grande importância, no controle biológico de moscas-branca, a diversidade de espécies, a taxonomia, morfologia e a biologia de Encarsia spp. é pouco conhecida e estudada no Brasil. A mosca-branca Bemisia tabaci biótipo B, por ser uma espécie polífaga de fácil adaptação a novos hospedeiros vem ocasionando danos econômicos em lavouras de algodoeiro transgênico que vem ganhando espaço na agricultura moderna. Apesar da sua eficácia no controle de lagartas, ainda há muitas controvérsias quanto o seu impacto ao meio ambiente e aos organismos não alvo desta tecnologia. Os objetivos a serem alcançados foram propor Chave de Identificação para espécies de Encarsia que ocorrem no Brasil e Catálogo descritivo de espécies, estudar a diversidade de espécies de Encarsia e de seus hospedeiros em diferentes espécies de plantas; estudar a biologia e possíveis efeitos tritróficos de algodoeiro Bt em organismos não alvo. Foram coletadas 16 espécies de Encarsia, com seis novas ocorrências no Brasil, E. trialeurodes Myartseva, 2007, E. elongata (Dozier,1937), E. woolleyi Myartseva & Evans, 2008; Encarsia albiscutellum (Girault, 1913), E. variegata Howard, 1908 e E. mineoi Viggiani, 1982, das quais três ainda não relatadas na Região Neotropical totalizando 34 espécies. A reunião das16 espécies coletadas com as 28 espécies de já relatadas resultou em uma Chave de Identificação para espécies de Encarsia associadas à Diapididae e Aleyrodidae no Brasil. Considerando a mega diversidade de fauna e flora tropicais, estudos de levantamentos da diversidade de espécies se... / Abstract: The Encarsia genus is one of the most diverse of Aphelinidae family and has great economic importance in the biological control of insects, especially whiteflies. Native fauna studies of species of Encarsia are of great interest for Biological Control Natural and applied within the philosophy of Integrated Pest Management. Despite its importance, the biological control of whiteflies, species diversity, taxonomy, morphology and biology of Encarsia spp. It is little known and studied in Brazil. The whitefly Bemisia tabaci biotype B, being a polyphagous kind of easy adaptation to new hosts has caused economic damage in transgenic cotton crops that has been gaining ground in modern agriculture. Despite its effectiveness in controlling caterpillars, there are still many controversies about its impact on the environment and non-target organisms this technology. The objectives to be achieved were: to propose identification key to species of Encarsia occurring in Brazil and descriptive catalog of species, study the diversity of species of Encarsia and their hosts in different plant species; study the biology and possible effects of Bt cotton tritróficos on non-target organisms. Sixteen species of Encarsia it was collected, with six new occurrences in Brazil, E. Trialeurodes Myartseva, 2007 E. elongata (Dozier, 1937), E. woolleyi Myartseva & Evans, 2008; E. albiscutellum (Girault, 1913), Howard E. variegata, 1908 and E. mineoi Viggiani, 1982, three of which have not yet reported in the Neotropical Region totaling 34 species. Considering the mega diversity of tropical fauna and flora surveys studies of species diversity are needed, as well as their hosts and their biologies. In transgenic cotton cultivars was reduced by approximately 20% adult emergence of B. tabaci biotype B, compared to their non-transgenic cultivars.In contrast, we observed a significant increase of approximately 10% emergence E. desantisi for parasitoids of host fed ... / Doutor

A ferrugem da folha da aveia, causada pelo fungo Puccinia coronata Corda f. sp avenae Ericks é responsável por grandes perdas na produção. Tradicionalmente, a resistência utilizada pelos programas de melhoramento é de natureza qualitativa, e tem se mostrado efêmera. O emprego da resistência parcial, como forma de resistência genética eficiente para o controle da ferrugem da folha em aveia é uma opção promissora. Objetivando ampliar o conhecimento genético e molecular da expressão da resistência parcial, uma população de 167 linhagens recombinantes foi desenvolvida a partir dos genótipos UFRGS 19 (suscetível) e UFRGS 988012-1 (parcialmente resistente). A avaliação da resistência parcial a campo e o cálculo da área sob a curva de progresso da doença relativa (ASCPDNC), por três anos consecutivos (2013-2015), permitiram estimar o número de locos envolvidos na expressão deste caráter. Foram estimados quatro locos no ano de 2013 e três locos nos anos de 2014 e 2015, sendo dois locos de maior efeito sobre o fenótipo e um/dois de menor efeito. A resistência parcial apresentada pelos genótipos brasileiros não é conferida pela mesma região gênica que atribui esse caráter à linhagem MN841801. Os marcadores SNPs para o QTL Pc.crc-14D não se diferenciaram nos genótipos URS 21, URS 22, UFRGS 19, UFRGS 988012-1 e URS Galope, independentemente destes serem resistentes ou suscetíveis à ferrugem da folha. Plantas adultas de URS 21, URS 22, UFRGS 19 e UFRGS 988012-1 foram desafiadas com P. coronata e, amostras do tecido foliar foram coletadas nos tempos 0, 6, 12, 24, 48, 72, 96 e 120 hai. A partir de sequências do transcriptoma de plântulas de URS 21 induzidas sob essa mesma condição, iniciadores foram projetados e a expressão relativa avaliada ao longo do tempo. Sequências envolvidas no metabolismo secundário, fatores de transcrição da família WRKY, e o gene que confere resistência parcial a múltiplas doenças em trigo, Lr34, foram analisados. Para a maioria das sequências avaliadas, observou-se um perfil de expressão contrastante entre os genótipos irmãos, e parcialmente resistentes, URS 21 e UFRGS 988012-1, o que sugere a possibilidade de mecanismos ou isoformas de enzimas parcialmente distintas conferirem a resistência parcial a estes genótipos. Diferenças também foram detectadas entre plântulas e o estádio de planta adulta em URS 21, reforçando os indícios de que os mecanismos da resistência parcial em plântula e em planta adulta sejam distintos. / Crown rust caused by Puccinia coronata Corda f. sp. avenae Ericks is responsible for significant reduction in oat grain yield. Traditionally, oat breeders exploit qualitative resistance which has proved to be ephemeral. The use of partial resistance as a way to efficiently control oat crown rust is a promising option. Aiming to expand the genetic and molecular knowledge about the expression of partial resistance, a population of 167 recombinant inbred lines was developed from crossing UFRGS 19 (susceptible) and UFRGS 988012-1 (partially resistant). The evaluation of partial resistance in the field by calculating the relative area under the disease progress curve for three consecutive years (2013-2015) allowed the estimation of the number of loci involved in the expression of this character. Four loci were estimatd in 2013, and three loci in the years 2014 and 2015, two loci conferring great effect on the phenotype and one / two with small effect. Partial resistance presented by the Brazilian genotypes is not conferred by the same genic region identified in MN841801 lineage. SNPs markers for the QTL Pc.crc-14D did not differ among the genotypes URS 21, URS 22, UFRGS 19, UFRGS 988012-1 and URS Galope, regardless their resistance to crown rust. Adult plants of URS 21, URS 22, UFRGS 19 and UFRGS 988012-1 were challenged with P. coronata and leaf tissue samples were collected at 0, 6, 12, 24, 48, 72, 96 and 120 hai. From sequences of the URS 21 seedlings transcriptome induced under the same condition, primers were designed and the relative expression evaluated over time. The sequences included some involved in secondary metabolism, transcription factors from WRKY family, and the gene confering partial resistance for multiple diseases in wheat, Lr34. Most evaluated sequences showed a contrasting expression profile between the siblings and partially resistant genotypes URS 21 and UFRGS 988012-1. It suggests the possibility that distinct mechanisms or enzymes isoforms confer partial resistance to these genotypes. Differences were also detected between seedling and adult plant stage for URS 21, reinforcing the evidence of distinct mechanisms of partial resistance in these two developmental stages.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura, Florianópolis, 2009. / Made available in DSpace on 2012-10-24T13:38:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 271254.pdf: 980179 bytes, checksum: b39c20bd2905add945e031ef2820062f (MD5) / O efeito dos polissacarídeos sulfatados (PS), extraídos da macroalga Gracilaria birdiae, foi testado sobre a imunocompetência do camarão Litopenaeus vannamei através da alimentação dos animais com ração contendo 0,3% de PS, seguido por desafio experimental com o vírus da síndrome da mancha branca (WSSV) (0,35 DL50). A hemolinfa foi coletada nos dias 0, 3 e 14 pós-infecção com WSSV e utilizada para avaliar alguns parâmetros hemato-imunológicos. Os resultados sugerem uma aparente estimulação da atividade da fenoloxidase e da capacidade aglutinante no dia 14 pós-infecção. O número total de hemócitos (CTH) diminuiu (40%) nos camarões alimentados com a dieta controle (sem PS), mas manteve-se estável nos animais tratados com PS. A porcentagem de hemócitos granulares diminuiu (30%) em todos os grupos desafiados, independentemente da presença de PS. Esses resultados sugerem uma estimulação na produção de hemócitos hialinos associada ao tratamento com PS, uma vez que a CTH não foi alterada. Além disso, verificou-se um aumento na atividade da a2-macroglobulina e na produção de ânion superóxido em todos os camarões infectados (dias 3 e 14) independente do tratamento com PS. Embora a dieta contendo PS não tenha resultado em imunoestimulação importante nos camarões, os animais desafiados com WSSV apresentaram uma diminuição (11%) na mortalidade quando tratados com PS, em comparação aos da dieta controle. Curiosamente, o vírus não foi detectado nos animais desafiados com WSSV a partir do dia 3. Acredita-se que esse achado esteja relacionado ao fenômeno de interferência viral, já que os animais apresentaram-se infectados de forma latente pelo vírus da necrose hipodérmica e hematopoiética (IHHNV). Estudos futuros devem ser realizados para esclarecer tal fenômeno, bem como a atuação dos PS de G. birdiae na sobrevivência dos animais.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2009. / Made available in DSpace on 2012-10-24T16:33:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 273860.pdf: 2877096 bytes, checksum: 3f6283aa90114783b89e2a4000ab45e8 (MD5) / O vírus da Síndrome da Mancha Branca (WSSV) é uma doença que afeta várias espécies de crustáceos, causando grandes mortalidades e perdas econômicas em regiões produtoras de camarão. Este trabalho teve como objetivo padronizar a metodologia de PCR em Tempo Real para a detecção do WSSV, genotipar isolados geográficos do vírus e isolar genes diferencialmente expressos em camarões de cultivo infectados com WSSV. Amostras positivas e negativas por PCR nested foram analisadas através de PCR em Tempo Real. A carga viral das amostras foi determinada e algumas amostras negativas por PCR nested foram positivas por PCR em Tempo Real, com baixa carga viral. Vírus isolados de camarões coletados em Santa Catarina e na Bahia foram comparados quanto ao padrão de três minissatélites, à presença de uma grande deleção e uma transposase. Todas as amostras de Santa Catarina tiveram o mesmo padrão para os minissatélites analisados.As amostras da Bahia apresentaram um padrão diferente para os loci analisados, indicando que existem dois genótipos de WSSV diferentes no Brasil. Os isolados brasileiros tem uma deleção de 10,780 bp na ORF 23/24 e não possuem a seqüência da transposase. O padrão de repetições para os três minissatélites analisados foi diferente entre os isolados brasileiros e de outros países da América. Entretanto, ao analisar apenas a ORF 94, Santa Catarina, México, Nicarágua, Honduras e Panamá têm mais de nove repetições, enquanto a Bahia e os EUA têm menos de nove repetições. Esta similaridade pode estar relacionada a uma similaridade em virulência. Aparentemente, os WSSVs encontrados na Bahia e em Santa Catarina originaram-se de diferentes fontes de contaminação ou o vírus sofreu mutações ao longo do tempo. mRNA foi extraído das brânquias de camarões infectados e não-infectados com o WSSV, reversamente transcrito e uma hibridização subtrativa (SSH) foi realizada. A Biblioteca 1 (genes induzidos) tem 300 clones dos quais foram formados 36 contigs e 36 singlets. Destas seqüências, 69 (88,4%) são similares a seqüências no GeneBank. Na Biblioteca 2 (genes reprimidos), de 403 clones, foram formados 23 contigs e 36 singlets e 40 (75,5%) são similares a seqüências conhecidas. Estes genes foram organizados em grupos, de acordo com a sua função. Dentre os genes induzidos há genes envolvidos na síntese de ATP, citoesqueleto, adesão celular, metabolismo e transporte de moléculas. Dentre os genes reprimidos, há genes envolvidos na defesa contra bactérias, transdução de sinal e biossíntese de ácidos nucléicos. A infecção pelo WSSV parece alterar várias rotas metabólicas diferentes. / White Spot Syndrome Virus (WSSV) is a disease that affects several species of crustaceans, causing high mortality rates, which has been causing great economical losses in shrimp farming regions. The aims of this study were to standardize the Real Time PCR methodology for WSSV detection, to genotype geographical isolates of the virus and to isolate differentially expressed genes in farmed shrimps infected with WSSV. Samples positives and negatives by nested PCR were analyzed by Real Time PCR. The viral load of the samples was determined and some samples negative by nested PCR were positive by Real Time PCR, with low viral load. The pattern of three minisatellite regions, the presence of a deletion and a transposase were compared in virus isolated from shrimp collected in Santa Catarina and Bahia. All Santa Catarina samples had the same pattern for the minisatellites analyzed. Bahia samples showed a different pattern for the loci, indicating that there are two different ORF 23/24 and do not have a transposase sequence. The repeat number pattern for the three minisatellite analyzed was different between the Brazilian isolates and isolates from America#s countries. However, when analyzing only ORF 94, South Brazil, Mexico, Nicaragua, Honduras and Panama have all more than nine repeats, while Northeast Brazil and USA samples have less than nine repeats. This similarity of repeats could be related to a similarity in virulence. Our results show that WSSV found in Bahia and Santa Catarina States have originated from different sources of contamination or the virus have undergone mutations during time. mRNA was extracted from gills of shrimps infected and non-infected with WSSV, reverse transcribed and a suppression subtractive hybridization (SSH) was performed. Library 1 (induced genes) has 300 clones, which formed 36 contigs and 36 singlets. Of these sequences, 69 (88,4%) are similar to sequences in GeneBank. Library 2 (repressed genes), has 403 clones, which formed 23 contigs and 36 singlets, and 40 sequences (75,5%) are similar to known sequences. These genes were organized in groups, according to their functions. Among the induced genes there are genes involved in ATP synthesis, cytoskeleton, cell adhesion, metabolism and molecule transport. Among the repressed genes, there are genes involved in antibacterial defence, signal transduction and nucleic acids biosynthesis. WSSV infection seems to alter several metabolic routes.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aquicultura, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T00:48:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 279589.pdf: 892949 bytes, checksum: cbd88e9c44bb9ea284c521be963e43dc (MD5) / Este estudo teve como objetivo principal selecionar individualmente por Nested-PCR reprodutores de L. vannamei livres de WSSV e de IHHNV e a partir destes produzir pós-larvas livres destes patógenos virais por meio da prevenção da sua transmissão vertical. A partir de 2.650 camarões, foram selecionados fenotipicamente 1.600, destes 800 machos e 800 fêmeas. Os camarões foram marcados individualmente com anel numerado (487 fêmeas e 231 machos). As análises por Nested-PCR mostraram que 307 fêmeas (63%) e 127 machos (55%) estavam infectados com IHHNV. Os animais livres de IHHNV foram analisados para WSSV, os animais livres dos dois vírus, foram destinados a reprodução. As pós-larvas produzidas foram estocadas em 9 tanques berçário,para análise. Das 45 replicas analisadas apenas 2 estavam positivas para IHHNV e nenhuma positiva para WSSV, e os animais foram encaminhados posteriormente para fazendas. Ainda foi realizada uma análise comparativa em viveiros de engorda entre pós-larvas livres, produzidas localmente e pós-larvas do Nordeste provenientes da região de Canguaretama (RN) Os juvenis analisados, de pós-larvas locais, em fazenda apresentaram 1,25% de WSSV e IHHNV em 80 animais examinados. Por outro lado, as análises de juvenis do Nordeste revelaram que 10% dos examinados estavam infectados com WSSV e IHHNV. Além de juvenis de L. vannamei, foram examinados caranguejos (Chasmagnathus granulata), aplísias (Aplysia brasiliana) e siris (Callinectes sapidus) sendo 50% das aplísias e 67% dos siris infectados por WSSV. A comparação de sobrevivências em 3 fazendas mostrou sobrevivência média de 55% para pós-larvas locais contra 23,4% e para pós-larvas do Nordeste.