No description available.

Understanding mechanisms regulating the assembly of ecological communities is a major goal of community ecology. I combined experimental and theoretical approaches to investigate the influences of various ecological factors on the assembly of protist communities. My research included three experimental studies and one theoretical study. Two experimental studies used freshwater heterotrophic ciliated protists as model organisms to examine how species dispersal across local communities and functional and phylogenetic diversity of the species pool influence historical contingency of the assembled communities, respectively. The results of the first experiment showed that the differences in species colonization history led to alternative community states that substantially differed in species composition and abundances, regardless of the level of species dispersal. The results of the second experiment showed that historical contingency, measured by beta diversity and the strength of inhibitive priority effects decreased as phylogenetic and functional diversity of the species pool increased. In the third experimental study, I used the same model system and observed positive relationships between phylogenetic diversity and temporal stability of community biomass. These positive relationships are likely due to the reduced competition among species and increased asynchronous species responses to environmental changes under higher phylogenetic diversity. The theoretical study explored how phytoplankton and zooplankton coevolution drives species diversity patterns along productivity gradients in a mathematical model system. I explored the conditions for evolutionary divergence in phytoplankton and zooplankton and the consequent productivity-diversity relationships (PDR) using the theory of adaptive dynamics and numerical simulations. The results of numerical simulations showed that the coevolutionary dynamics of phytoplankton and zooplankton can generate transient unimodal or positive PDRs, and positive PDRs when the systems reach steady states. The findings of my research suggest an important role of traits and species ecological difference in understanding causes and consequences of biodiversity in community ecology.

No description available.

No description available.

De plus en plus d’études impliquent la signalisation Wnt/Frizzled (Wnt/Fzd) dans la formation des vaisseaux. La première partie de ce manuscrit démontre d’ailleurs que la signalisation Wnt, via son régulateur sFRP1 et un de ses ligands, Wnt4, potentialise les effets angiogéniques des cellules souches mésenchymateuses lors de l’angiogénèse. Le récepteur Frizzled4 (Fzd4), lui, est impliqué dans le développement vasculaire de la rétine puisque la délétion du gène fzd4 révèle une malformation du réseau vasculaire rétinien secondaire et tertiaire. Le but de ce travail a été d’étudier l’implication de Fzd4 dans la régulation de la morphogenèse vasculaire chez l’adulte. Il s’avère que Fzd4 présente un profil d’expression plutôt artériel, et que la délétion de ce gène empêche la formation d’un réseau artériel normal des organes périphériques. Des études in vitro réalisées sur des cellules vasculaires primaires ont mis en évidence plusieurs altérations de leurs propriétés angiogéniques. Cette étude a donc démontré un rôle central de Fzd4 dans la croissance vasculaire. Fzd4 régule les propriétés des cellules vasculaires mises en jeu dans l’angiogenèse, et régule la morphogenèse des ramifications vasculaires in vivo. Pour identifier et comprendre les mécanismes moléculaires induits par le récepteur Fzd4, une étude sur la protéine centrale du système Wnt/Fzd, l’isoforme Dishevelled (Dvl), et sur ses partenaires intracellulaires, a été initiée. Les premiers résultats suggèrent que les isoformes 1 et 3 de Dvl participent via Fzd4 à l’activation de la voie canonique nécessaire à la prolifération cellulaire. De plus, certains partenaires intracellulaires de Dvl3 ont pu être sélectionnés par une méthode de double hybride réalisée chez la levure. / Growing evidences link Wnt/Frizzled (Wnt/Fzd) pathway to proper vascular formation. The first part of this manuscript shows besides that Wnt pathway, via its regulator sFRP1 and one of its ligands, Wnt4, potentiates mesenchymal stem cells angiogenic properties during angiogenesis. An other Frizzled receptor (Fzd), Fzd4, has been shown to be implicated in retinal vascular formation because inactivation of the fzd4 gene revealed a malformation of the secondary and tertiary retinal vascular network. Here, we investigated the involvement of Fzd4 in adult vascular morphogenesis regulation. Fzd4 present an arterial vascular pattern, and the deletion of fzd4 impairs a normal arterial network formation in peripheral organs. In vitro studies on primary vascular cells show several alterations on their angiogenic properties. This study reveals a central role of Fzd4 in vascular growth. Fzd4 regulate angiogenic vascular cell properties and vascular branching morphogenesis in vivo. To further understand molecular mechanisms induced by Fzd4, we started to study the Wnt/Fzd central protein, Dishevelled (Dvl), and its intracellular partners. First results suggest that Dvl 1 and 3 isoforms would participate with Fzd4 to activate Wnt canonical pathway implicated in cell proliferation. Moreover, some Dvl3 partners could be selected by a yeast two-hybrid method.

La théorie des processus de branchement multi-type en environnement i.i.d. est considérablement moins développée que dans le cas univarié, et les questions fondamentales ne sont pas résolues en totalité à ce jour. Les réponses exigent une compréhension profonde du comportement des produits des matrices i.i.d. à coefficients positifs. Sous des hypothèses assez générales et lorsque les fonctions génératrices de probabilité des lois de reproduction sont “linéaire fractionnaires”, nous montrons que la probabilité de survie à l’instant n du processus de branchement multi-type en environnement aléatoire est proportionnelle à 1/√n lorsque n → ∞. La démonstration de ce résultat suit l’approche développée pour étudier les processus de branchement uni-variés en environnement aléatoire i. i. d. Il utilise de façon cruciale des résultats récents portant sur les fluctuations des normes de produits de matrices aléatoires i.i.d. / The theory of multi-type branching process in i.i.d. environment is considerably less developed than for the univariate case, and fundamental questions are up to date unsolved. Answers demand a solid understanding of the behavior of products of i.i.d. matrices with non-negative entries. Under mild assumptions, when the probability generating functions of the reproduction laws are fractional-linear, the survival probability of the multi-type branching process in random environment up to moment n is proportional to 1/√n as n → ∞. Techniques for univariate branching process in random environment and methods from the theory of products of i.i.d. random matrices are required.

Det finns ett antal berättarmetoder inom datorspel. De vanligaste formerna som används är linjärt och förgrenat berättande, men det finns en metod som inte används i samma utsträckning, kallad emergent berättande. Detta är en typ av berättande där spelaren själv baserat på samspelet mellan spelets system kan forma sitt egna narrativ. Det är dock inte helt definierat vad emergent berättande innebär. Denna studie använder sig av en artefakt för att utforska emergent berättande med hjälp av system kallade Drama Managers som syftar till att kontrollera händelseförloppet i ett spel så det bildar ett narrativ. Syftet med studien var att utforska om en förenklad Drama Manager kunde åstadkomma ett emergent narrativ eller om den enbart skulle producera ett förgrenat narrativ. Artefakten prövades på personer insatta inom ämnena spel och narrativ och de intervjuades om deras uppfattningar av artefakten. Slutsatsen är att element av emergens kunde identifieras, men inte till den grad att artefakten upplevdes innehålla ett emergent narrativ. Kunskapen ifrån studien skulle kunna hjälpa till att definiera skillnaden mellan emergenta narrativ och förgrenade narrativ. / There are a few storytelling methods for video games. The most common forms are linear and branching narratives, but there is one method not used to the same extent, known as emergent narrative. This study uses and artifact to explore emergent narrative using systems known as Drama Managers that aim to control the sequence of events in a game to create a narrative. The purpose of the study was to explore if a simplified drama manager could produce emergent narratives. The conclusion is that elements of emergence could be identified, but the artifact could not be considered to contain an emergent narrative. This knowledge could be used to help define the difference between emergent and branching narratives.

Dans cette thèse nous considérons une population branchante générale où les individus vivent et se reproduisent de manière i.i.d. La durée de vie de chaque individu est distribuée suivant une mesure de probabilité arbitraire et chacun d'eux donne naissance à taux exponentiel. L'arbre décrivant la dynamique de cette population est connu sous le nom de splitting tree. Le processus comptant le nombre d’individus vivant au temps t est connu sous le nom de processus de Crump-Mode-Jagers binaire homogène, et il est connu que ce processus, quand correctement renormalisé, converge presque sûrement en temps long vers une variable aléatoire. Grâce à l'étude du splitting tree sous-jacent à la population via les outils introduit par A. Lambert en 2010, nous montrons un théorème central limite pour cette convergence p.s. dans le cas surcritique. Nous supposons, de plus, que les individus subissent des mutations à taux exponentiel sous l'hypothèse d'infinité d'allèles. Nous nous intéressons alors au spectre de fréquence allélique de la population qui compte la fréquence des tailles de familles dans la population à un instant donnée. Grâce aux méthodes développées dans cette thèse, nous obtenons des résultats d’approximations du spectre de Fréquence. Enfin nous nous intéressons à des questions statistiques sur des arbres de Galton-Watson conditionnés par leurs tailles. Le but est d'estimer la variance de la loi de naissance rendue inaccessible par le conditionnement. On utilise le fait que le processus de contour d'un tel arbre converge vers une excursion Brownienne quand la taille de l'arbre grandit afin de construire des estimateurs de la variance à partir de forêts / In this thesis we consider a general branching population. The lifetimes of the individuals are supposed to be i.i.d. random variables distributed according to an arbitrary distribution. Moreover, each individual gives birth to new individuals at Poisson rate independently from the other individuals. The tree underlying the dynamics of this population is called a splitting tree. The process which count the number of alive individuals at given times is known as binary homogeneous Crump-Mode-Jagers processes. Such processes are known, when properly renormalized, to converge almost surely to some random variable. Thanks to the study of the underlying splitting tree through the tools introduced by A. Lambert in 2010, we show a central limit theorem associated to this a.s. convergence. Moreover, we suppose that individuals undergo mutation at Poisson rate under the infinitely many alleles assumption. We are mainly interested in the so called allelic frequency spectrum which describes the frequency of sizes of families (i.e. sets of individuals carrying the same type) at fixed times. Thanks to the methods developedin this thesis, we are able to get approximation results for the frequency spectrum. In a last part, we study some statistical problems for size constrained Galton-Watson trees. Our goal is to estimate the variance of the birth distribution. Using that the contour process of such tree converges to a Brownian excursion as the size of the tree growth, we construct estimators of the variance of the birth distribution

This thesis focusses on the properties of, and relationships between, several fundamental objects arising from critical physical models. In particular, we consider Schramm--Loewner evolutions, the Gaussian free field, Liouville quantum gravity and the Brownian continuum random tree. We begin by considering branching diffusions in a bounded domain $D\subset$ $R^{d}$, in which particles are killed upon hitting the boundary $\partial D$. It is known that such a system displays a phase transition in the branching rate: if it exceeds a critical value, the population will no longer become extinct almost surely. We prove that at criticality, under mild assumptions on the branching mechanism and diffusion, the genealogical tree associated with the process will converge to the Brownian CRT. Next, we move on to study Gaussian multiplicative chaos. This is the rigorous framework that allows one to make sense of random measures built from rough Gaussian fields, and again there is a parameter associated with the model in which a phase transition occurs. We prove a uniqueness and convergence result for approximations to these measures at criticality. From this point onwards we restrict our attention to two-dimensional models. First, we give an alternative, ``non-Gaussian" construction of Liouville quantum gravity (a special case of Gaussian multiplicative chaos associated with the 2-dimensional Gaussian free field), that is motivated by the theory of multiplicative cascades. We prove that the Liouville (GMC) measures associated with the Gaussian free field can be approximated using certain sequences of ``local sets" of the field. This is a particularly natural construction as it is both local and conformally invariant. It includes the case of nested CLE$_{4}$, when it is coupled with the GFF as its set of ``level lines". Finally, we consider this level line coupling more closely, now when it is between SLE$_{4}$ and the GFF. We prove that level lines can be defined for the GFF with a wide range of boundary conditions, and are given by SLE$_{4}$-type curves. As a consequence, we extend the definition of SLE$_{4}(\rho)$ to the case of a continuum of force points.

Cette thèse porte sur l'étude probabiliste des réponses démographique et génétique de populations à certains événements ponctuels. Dans une première partie, nous étudions l'impact de catastrophes tuant une fraction de la population et survenant de manière répétée, sur le comportement en temps long d'une population modélisée par un processus de branchement. Dans un premier temps nous construisons une nouvelle classe de processus, les processus de branchement à états continus avec catastrophes, en les réalisant comme l'unique solution forte d'une équation différentielle stochastique. Nous déterminons ensuite les conditions d'extinction de la population. Enfin, dans les cas d'absorption presque sûre nous calculons la vitesse d'absorption asymptotique du processus. Ce dernier résultat a une application directe à la détermination du nombre de cellules infectées dans un modèle d'infection de cellules par des parasites. En effet, la quantité de parasites dans une lignée cellulaire suit dans ce modèle un processus de branchement, et les "catastrophes" surviennent lorsque la quantité de parasites est partagée entre les deux cellules filles lors des divisions cellulaires. Dans une seconde partie, nous nous intéressons à la signature génétique laissée par un balayage sélectif. Le matériel génétique d'un individu détermine (pour une grande partie) son phénotype et en particulier certains traits quantitatifs comme les taux de naissance et de mort intrinsèque, ou sa capacité d'interaction avec les autres individus. Mais son génotype seul ne détermine pas son ``adaptation'' dans le milieu dans lequel il vit : l'espérance de vie d'un humain par exemple est très dépendante de l'environnement dans lequel il vit (accès à l'eau potable, à des infrastructures médicales,...). L'approche éco-évolutive cherche à prendre en compte l'environnement en modélisant les interactions entre les individus. Lorsqu'une mutation ou une modification de l'environnement survient, des allèles peuvent envahir la population au détriment des autres allèles : c'est le phénomène de balayage sélectif. Ces événements évolutifs laissent des traces dans la diversité neutre au voisinage du locus auquel l'allèle s'est fixé. En effet ce dernier ``emmène'' avec lui des allèles qui se trouvent sur les loci physiquement liés au locus sous sélection. La seule possibilité pour un locus de ne pas être ``emmené'' est l'occurence d'une recombination génétique, qui l'associe à un autre haplotype dans la population. Nous quantifions la signature laissée par un tel balayage sélectif sur la diversité neutre. Nous nous concentrons dans un premier temps sur la variation des proportions neutres dans les loci voisins du locus sous sélection sous différents scénarios de balayages. Nous montrons que ces différents scenari évolutifs laissent des traces bien distinctes sur la diversité neutre, qui peuvent permettre de les discriminer. Dans un deuxième temps, nous nous intéressons aux généalogies jointes de deux loci neutres au voisinage du locus sous sélection. Cela nous permet en particulier de quantifier des statistiques attendues sous certains scenari de sélection, qui sont utilisées à l'heure actuelle pour détecter des événements de sélection dans l'histoire évolutive de populations à partir de données génétiques actuelles. Dans ces travaux, la population évolue suivant un processus de naissance et mort multitype avec compétition. Si un tel modèle est plus réaliste que les processus de branchement, la non-linéarité introduite par les compétitions entre individus en rend l'étude plus complexe / This thesis is devoted to the probabilistic study of demographic and genetical responses of a population to some point wise events. In a first part, we are interested in the effect of random catastrophes, which kill a fraction of the population and occur repeatedly, in populations modeled by branching processes. First we construct a new class of processes, the continuous state branching processes with catastrophes, as the unique strong solution of a stochastic differential equation. Then we describe the conditions for the population extinction. Finally, in the case of almost sure absorption, we state the asymptotical rate of absorption. This last result has a direct application to the determination of the number of infected cells in a model of cell infection by parasites. Indeed, the parasite population size in a lineage follows in this model a branching process, and catastrophes correspond to the sharing of the parasites between the two daughter cells when a division occurs. In a second part, we focus on the genetic signature of selective sweeps. The genetic material of an individual (mostly) determines its phenotype and in particular some quantitative traits, as birth and intrinsic death rates, and interactions with others individuals. But genotype is not sufficient to determine "adaptation" in a given environment: for example the life expectancy of a human being is very dependent on his environment (access to drinking water, to medical infrastructures,...). The eco-evolutive approach aims at taking into account the environment by modeling interactions between individuals. When a mutation or an environmental modification occurs, some alleles can invade the population to the detriment of other alleles: this phenomenon is called a selective sweep and leaves signatures in the neutral diversity in the vicinity of the locus where the allele fixates. Indeed, this latter "hitchhiking” alleles situated on loci linked to the selected locus. The only possibility for an allele to escape this "hitchhiking" is the occurrence of a genetical recombination, which associates it to another haplotype in the population. We quantify the signature left by such a selective sweep on the neutral diversity. We first focus on neutral proportion variation in loci partially linked with the selected locus, under different scenari of selective sweeps. We prove that these different scenari leave distinct signatures on neutral diversity, which can allow to discriminate them. Then we focus on the linked genealogies of two neutral alleles situated in the vicinity of the selected locus. In particular, we quantify some statistics under different scenari of selective sweeps, which are currently used to detect recent selective events in current population genetic data. In these works the population evolves as a multitype birth and death process with competition. If such a model is more realistic than branching processes, the non-linearity caused by competitions makes its study more complex