La construction de technosols permet la restauration durable de sols urbains contaminés, si tant est qu’ils parviennent à devenir fertiles et riches d’une biodiversité fonctionnelle. Afin de s’en assurer, la recolonisation de technosols composés d’un mélange de limon profond et de compost de déchets verts a été suivie à l’aide de 5 bioindicateurs : collemboles, acariens, vers, carabes et cloportes. Trois expérimentations ont ainsi été menées : (i) un dispositif expérimental dans le futur écoquartier de l’Union (Roubaix) (ii) des mésocosmes de taille plus réduite avec inoculation de vers et de cloportes et iii) des microcosmes en laboratoire suivant l’évolution de populations de collemboles. Les résultats obtenus montrent que si la connectivité des technosols à un élément paysager local joue sur la facilitation des premiers stades de recolonisation (pour la mésofaune et les vers notamment), le mode de gestion des technosols a un impact plus durable sur la dynamique de colonisation et sur l’implantation des divers taxons. La mise en place d’un couvert végétal herbacé (prairie fleurie, pelouse) ou arbustif s’est révélée particulièrement bénéfique pour les communautés pédofauniques, qui y sont plus riches et abondantes, ainsi que pour la fonctionnalité des technosols (meilleure dégradation de la litière, communautés de collemboles diversifiées en termes de traits fonctionnels). Il en va de même pour l’application de BRF qui favorise vers et mésofaune via le relargage de composés organiques et le développement de communautés fongiques associées. Ces résultats pourront ainsi être mis à profit par les aménageurs dans leurs projets de réhabilitation urbaine durable. / Soil construction appears to be a tempting way to restore, lastingly, contaminated urban soils provided that they can become fertile with a functional biodiversity capable of assuring essential ecosystem services. To ensure this, the recolonisation of newly established technosols composed of a mixture of compost and deep alluvion was monitored using judiciously chosen bioindicators: springtails, mites, earthworms, carabid beetles and woodlice. Thus, three experiments were carried out: (i) an experimental plot located inside the future “Ecoquartier de l’Union” (Roubaix, France) (ii) smaller mesocosms with an introduction of earthworms and woodlice and (iii) laboratory microcosms studying the evolution of collembolan populations. The results show that, if the connection of the technosols with an element of the local landscape (in this case a railway hedgerow) plays a part chiefly in aiding the first stages of recolonisation, notably for earthworms and springtails, technosols' management has a lasting impact on the colonization dynamics and the implantation of the different taxa. Establishing an herbaceous cover (flowering meadow, lawn) or a hedge was especially profitable to the pedofaunic communities, which were richer and more abundant, as well as to the technosols functioning (better litter degradation, diversified collembolan communities with regards to functional traits). The same is true for the addition of RCW (Ramial Chipped Wood) which benefits earthworm and mesofauna through the organic components released and the associated fungal development. Therefore, urban planners could use these results in their sustainable rehabilitation projects.

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On considère que les espèces résidentes d’oiseaux habitant les latitudes nord sont les espèces les plus exposées aux effets de la perte d’habitat et de la fragmentation de la forêt boréale. Nous connaissons très peu l’écologie hivernale des oiseaux boréaux résidents bien que la dynamique de leur population semble être fortement influencée par des événements qui ont lieu en-dehors de la saison de reproduction. Mon objectif était de déterminer comment l’augmentation de la densité des lisières forestières et la réduction de la proportion de forêt boréale mature influencent une espèce résidente d’oiseau. J’ai enregistré les mouvements de 85 volées hivernales de mésanges à tête brune (Poecile hudsonica) non marquées et de sept volées dont les membres étaient marqués individuellement avec des bagues de couleur. De janvier à mars (2004 et 2005), j’ai suivi des volées de mésanges en raquettes à la forêt Montmorency et j’ai enregistré leurs déplacements en temps réel en utilisant un récepteur GPS. Grâce aux volées d’individus marqués, j’ai découvert que les mésanges à tête brune comptent en moyenne 4 oiseaux par volée, occupent un territoire hivernal moyen de 14.7 ha et conservent les mêmes membres dans leur volée pendant l’hiver. À partir des déplacements de volées sur 74 km, les mésanges à tête brune préféraient fortement les peuplements forestiers matures (> 7m de hauteur), utilisaient un peu moins les peuplements d’arbres en régénération (4-7 m) et évitaient les jeunes peuplements (< 4 m) et les milieux ouverts. Les volées de mésanges ne s’intéressaient pas aux lisières forestières lorsqu’elles utilisaient des peuplements forestiers matures. Par contre, dans les peuplements en régénération, les volées étaient plus près des lisières ouvertes (41±6 m) ainsi que des lisières de peuplements forestiers matures (11±2 m) que prévu. Les volées de mésanges à tête brune n’évitaient pas les lisières exposées durant des conditions hivernales difficiles. Une augmentation de la densité des lisières, due à la coupe totale dans les forêts boréales, ne réduit pas nécessairement la qualité des parties de forêt restantes pour la saison hivernale des mésanges à tête brune et ce, même pendant des températures inclémentes. Par contre, j’arrive à la conclusion que l’exploitation forestière réduira l’habitat hivernal optimal de cette espèce. / Resident bird species inhabiting northern latitudes are considered to be the species most exposed to the effects of habitat loss and fragmentation of boreal forests. Despite the fact that their population dynamics appear to be strongly determined by events occurring during the non-breeding season, we have little knowledge of the winter ecology of boreal birds. My objective was to determine how increasing edge densities and reducing the proportion of mature boreal forest will affect a resident bird species. I recorded movements of 85 unmarked and seven colour banded winter flocks of the little-known Boreal Chickadee (Poecile hudsonica), in a 66 km2 boreal forest harvested for timber near Quebec City, Quebec, Canada. From January-March (2004 and 2005), I followed flocks on snowshoes and recorded their paths in real time using a handheld GPS receiver. Using marked individuals, I found winter Boreal Chickadee flocks included an average of 4 individuals, occupied a mean winter home range of 14.7 ha and showed stable membership. Based on 74 km of flock movements, Boreal Chickadees strongly preferred mature forest (> 7 m in height), used regenerating forest (4-7 m) to a lesser extent and avoided younger stands (< 4 m) and open areas. Chickadee flocks showed no response to forest edges when using mature forest stands. However, inside regenerating forest, flocks were significantly closer to both open edges (41 ± 6 m) and mature forest boundaries (11 ± 2 m) than would be expected from random use of the habitat. Boreal Chickadee flocks did not avoid exposed edges during harsh weather conditions. In fact, on colder days, they were found disproportionately more often along edges between mature and regenerating stands. Increasing edge densities, resulting from clearcutting in boreal forest, does not necessarily reduce the winter suitability of remaining forest patches, even under inclement weather. However, I conclude that forest harvesting will result in a reduction of optimal wintering habitat for this species.

Les phlorotannins, polymères du phloroglucinol, sont des composés phénoliques (CP) uniquement retrouvés chez les algues brunes (Phéophycées). Ces métabolites présentant des activités anti-oxydantes, interviendraient dans la formation de la paroi, mais à ce jour leur voie de biosynthèse reste non élucidée. L'annotation du génome de l'algue brune Ectocarpus, a permis d'identifier des gènes homologues codant pour des enzymes de la biosynthèse des CP chez les plantes terrestres. Une polyketide synthase de type III (PKSIII), a été caractérisée: elle synthétise le phloroglucinol. La recherche d'autres cibles a été poursuivie sur des gènes codant pour des chalcone-isomérases-like (CHIL), ainsi que pour des phénol-sulfotransférases homologues d'enzymes de sulfatation des flavonoïdes. Les CHIL se sont révélées être des fatty acid binding protein (FAP) impliquées dans le métabolisme des acides gras. L'intérêt pour cette nouvelle famille a justifié leur caractérisation biochimique puis fonctionnelle par complémentation de mutants FAP d'Arabidopsis thaliana. L'élucidation progressive des voies de biosynthèse des phlorotannins a servi de base pour étudier les mécanismes de régulation de ce métabolisme chez les Phaeophycées. En combinant des approches intégrées d'expression de gènes cibles, de dosages et de profilages de phlorotannins solubles, nous avons pu montrer que ces composés assurent une protection constitutive chez Fucus vesiculosus en réponse aux UV-B, et que leur métabolisme serait induit très précocement au cours de l'herbivorie. Le développement d'outils moléculaires spécifiques de ces voies métaboliques, ouvre de nouvelles perspectives en écophysiologie et en écologie. / Phlorotannins are polymers of phloroglucinol that are specific phenolic compounds of brown algae (Phaeophyceae). These metabolites present antioxidant activities and are potentially involved in the formation of cell-walls but their biosynthetic pathway is currently uncharacterized. The genome annotation of the brown algae Ectocarpus provided some information about conserved genes which are implicated in the synthesis of phenolics in terrestrial plants. One polyketide synthase of type III (PKSIII) has been successfully characterized: it produces phloroglucinol. The search for other targets has been pursued in brown algae focusing mainly on chalcone isomerase-like (CHI-like) genes, as well as on phenol-sulfotransferases, which are implicated in the sulfation of flavonoids. The characterization of CHIL has revealed their implication in fatty acid binding (FAP). However, the level of interest for this new family has led to their biochemical characterization and to functional studies by complementation of gene in the Arabidopsis thaliana FAP mutant. The progressive elucidation of the phlorotannin biosynthesis pathway has been used in order to discover mechanisms which regulate this metabolism in brown algae. By combining integrated approaches of gene expression profiling with the quantification and profiling of soluble phlorotannins, we have shown that these metabolites ensure the constitutive protection in Fucus vesiculosus against UV-B radiation and could also be induced as a very early response to grazing. The development of specific molecular tools for this metabolic pathway opens some news perspectives in ecophysiological and ecological studies.

Nous nous sommes intéressés dans cette étude à l'estimation de la loi de la durée de séjour en prenant en compte les individus sur lesquels l'évènement d'intérêt et la censure peuvent se produire dans un même intervalle et être observés. Pour cela, nous avons proposé deux approches d'estimation non paramétrique basées sur une approximation asymptotique quand la longueur de l'intervalle entre deux dates consécutives d'observation tend vers 0. La première est basée sur une relation intégrale et la deuxième est basée sur une restauration des durées de séjour. Nous nous sommes servis de ces approches pour monter un modèle de croissance des fruits du cacaoyer en fonction du climat. Nous avons également estimé la sensibilité (probabilité de pénétration et de réussite d'infection) des fruits en fonction de leur stade et le potentiel infectieux (nombre moyen de spores sur un fruit) par date. Ce potentiel infectieux nous permettrait de monter un modèle du potentiel infectieux en fonction des fruits attaqués. La connaissance du potentiel infectieux en fonction des fruits attaqués, de l'estimation de la sensibilité suivant les stades, de l'estimation du modèle de croissance permettra alors de monter un modèle dynamique du potentiel infectieux pour prédire le risque d'évolution de la pourriture brune des fruits du cacaoyer / We are interested in this study in estimating the lifetime distribution by taking into consideration individuals on which the interest event and the censorship can occur in the same intervaland both events were then observed. We proposed two nonparametric approaches based on an asymptotic approximation when the lengthbetween two consecutive observation days tends to 0. The first one was based on an integral relationship and the second one on a lifetime restoration. We used theses approaches to build a fruitgrowth model depending on climatic variables. We also estimated the susceptibility (success probability of attack by a spore on a fruit) of the fruit depending of its developmental stage and theinfectious potential of the disease over time.This infectious potential could help to build a model of infectious potential depending on infected fruits. The knowledge of the infectious potential depending on infected fruits, the estimation of the susceptibility of the fruit and the model of growth will allow to built a dynamic model of infectious potential to predict the evolution risk of disease progression

Jusqu’à présent, l’écologie des chauves-souris en forêt boréale n’était pas étudiée au Québec. La petite chauve-souris brune (Myotis lucifugus) et la chauve-souris nordique (Myotis septentrionalis) nichent dans des arbres en été et pourraient être affectées par les aménagements sylvicoles en forêt boréale. Mon premier objectif était de trouver dans la littérature les principales variables impliquées dans la sélection des arbres gîtes des chauves-souris cavicoles. Mon second objectif était de trouver les variables impliquées dans la sélection des arbres gîtes des espèces du genre Myotis en forêt boréale aménagée. Mon troisième objectif était de déterminer la proportion et la répartition spatiale des habitats diurnes potentiels à travers la partie méridionale du massif des Laurentides. Ma synthèse quantitative se base sur 34 études réalisées en Amérique du Nord. Le diamètre des arbres apparaissait comme étant un élément clé à considérer dans la sélection des arbres gîtes des chauves-souris cavicoles, particulièrement à des latitudes nordiques. J’ai suivi par télémétrie 22 chauves-souris mâles capturées dans différents secteurs de la forêt Montmorency (Québec, Canada). J’ai comparé les arbres et les peuplements sélectionnés par les chauves-souris à des points aléatoires pour évaluer la sélection des arbres gîtes. Les chicots avec un stade intermédiaire de détérioration étaient principalement sélectionnés. Le diamètre et la hauteur des arbres, l’ouverture de la canopée et la densité de chicots étaient les variables les plus importantes à considérer dans la sapinière (Abies balsamea) à bouleau blanc (Betula papyrifera) de l’Est-du-Québec. J’ai utilisé ces résultats pour générer des cartes d’habitat diurne potentiel des espèces du genre Myotis à travers la partie méridionale du massif des Laurentides. Les sommets avaient un moindre potentiel pour les chauves-souris du genre Myotis. La sapinière à bouleau blanc apparaissait plus propice pour la chauve-souris nordique, comparée à la petite chauve-souris brune. Favoriser ou maintenir des arbres de gros diamètre et des îlots de végétation de 0,1 hectare comprenant un minimum de 10 chicots devrait préserver les arbres gîtes des espèces du genre Myotis en forêt boréale aménagée du Québec. Augmenter la proportion de parcelles résiduelles surannées permettrait de préserver les habitats diurnes potentiels des chauves-souris du genre Myotis à travers la partie méridionale du massif des Laurentides. / Until now, the ecology of bats in boreal forest was not studied in Quebec. Little brown bats (Myotis lucifugus) and northern long-eared bats (Myotis septentrionalis) roost in trees during summer and might be affected by logging in boreal forest. My first objective was to find in the literature the main variables implicated in roost selection by cavity-roosting bats in North America. My second objective was to find the variables implicated in roost selection by Myotis species in a managed boreal forest. My third objective was to determine the spatial distribution and proportion of potential roosting habitats over the southern part of the Laurentian Highlands. My quantitative synthesis was based on 34 studies performed in North America. Tree diameter appeared to be a key element to consider in roost selection by cavity-roosting bats in North America, especially in Nordic latitudes. I monitored by telemetry 22 male bats captured in various sectors of the Montmorency forest (Quebec, Canada). I compared trees and stands selected by bats to random points to evaluate roost selection. Snags with an intermediate decay stage were mainly selected. Tree diameter and tree height, canopy opening and snag density were the most important variables to consider in the eastern balsam fir (Abies balsamea)-paper birch (Betula papyrifera) forest of Quebec. I used these results to generate roosting habitat suitability maps of Myotis species over the southern part of the Laurentian Highlands. Summits seemed to have a low potential for Myotis species. The balsam fir-white birch forest appeared more suitable for the northern long-eared bat, compared to the little brown bat. Promoting or maintaining large diameter trees and vegetation clusters of 0.1 hectares containing a minimum of 10 snags should preserve roosts of Myotis species in the managed boreal forest of Quebec. Increase the proportion of residual patches of old-growth forest should preserve suitable roosting habitats for Myotis species over the southern part of the Laurentian Highlands.

Le déterminisme génétique du sexe nécessite souvent l’évolution d’une région non-recombinante (NR) formant ainsi paire de chromosomes sexuels. Bien que la reproduction sexuée ait une origine commune à tous les eucaryotes, l’évolution des chromosomes sexuels s’est quant à elle effectuée de manière répétée et indépendante. Les chromosomes du sexe ont été particulièrement étudiés dans les systèmes diploïdes (chromosomes sexuels XY et ZW) des plantes et animaux. Le récent séquençage du génome d’Ectocarpus, modèle d’étude des algues brunes, donne non seulement une chance unique d’analyser les chromosomes sexuels dans un groupe phylogénétiquement distant des opisthocontes et de la lignée verte ; mais il donne aussi l’opportunité d’examiner un système haploïde de chromosomes sexuels (système UV). Chez Ectocarpus l’expression du sexe a lieu pendant la phase haploïde du cycle de vie, avec les chromosomes U et V, respectivement spécifiques aux femelles et aux mâles. L’analyse des chromosomes sexuels chez Ectocarpus a montré que la taille de la région NR est restée modeste pour un système vieux de plus de 70 millions d’années. Une analyse des dimorphismes sexuels a été effectuée ainsi que l’étude comparative des transcriptomes mâle et femelle d’Ectocarpus. Le développement parthénogénétique est, dans certaines populations d’Ectocarpus, un dimorphisme sexuel. Le lien génétique entre parthénogenèse et sexe a été analysé et suggère qu’un locus contrôlant la parthénogenèse est localisé au niveau de la partie recombinante du chromosome sexuel d’Ectocarpus. De plus, une analyse de fitness indique que le locus de la parthénogenèse est soumis à une sélection antagoniste entre les deux sexes. / Genetic sex determination is usually controlled by sex chromosomes carrying a non-recombining sex-determining region (SDR). Despite the common origin of sex (meiosis) in Eukaryotes, the evolution of sex chromosomes has evolved repeatedly and independently. Our knowledge in sex chromosomes comes mainly from the analysis of diploid systems (XY and ZW sex chromosomes) in animals and land plants. However the recent genome sequencing of the brown alga Ectocarpus, not only opens up the possibility of studying sex chromosomes in a phylogenetic distant group but also of analysing a haploid sex chromosome system (UV sex chromosomes). Indeed in Ectocarpus sex is expressed during the haploid phase of the life cycle, where U and V sex chromosomes are restricted to female and male, respectively. The Ectocarpus sex chromosomes have some unusual evolutionary features such as the size of the non-recombining region, which is surprisingly small for a 70 million year old system. Also the evolutionary aspect of sexual dimorphism was studied by analyzing male and female transcriptomes and by identifying several subtle sexual dimorphic traits. Parthenogenetic capacity is a sexual dimorphic trait in some populations of Ectocarpus. The genetic link between parthenogenesis and sex was analysed and a locus that controls parthenogenetic was located to the Ectocarpus sex chromosome, in the recombining pseudoautosomal region. Fitness analysis strongly suggested that the parthenogenetic locus is a sexual antagonistic locus

Dans le cadre de la recherche de planètes extrasolaires et de naines brunes, cette thèse innove en se focalisant sur le cas d'étoiles naines de type spectral A et F, plus chaudes que le Soleil. J'ai développé une nouvelle méthode de mesure de vitesses radiales, que j'ai testée puis appliquée lors de recherches systématiques avec les spectrographes ELODIE et HARPS, qui a abouti pour le moment à la découverte de deux planètes et d'une naine brune, et de nombreux candidats. J'ai aussi développé des diagnostics de la présence de pulsations ou d'activité affectant la surface stellaire et les vitesses radiales mesurées. J'ai aussi conduit cette recherche en imagerie directe à haute résolution angulaire, en utilisant les instruments PUEO et NACO. Les compagnons candidats détectés doivent être confirmés. Cette recherche permettra d'établir les caractéristiques des planètes et naines brunes autour d'étoiles A et F, et l'influence de la masse de l'étoile-hôte sur les processus de formation.

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Les exoplanètes peuvent être détectées par plusieurs méthodes. De celles-ci, la méthode des Vitesses Radiales (RV) est dite indirecte, car l'on observe le spectre lumineux de l'étoile hôte et non la planète directement. Or, plusieurs facteurs influencent les variations lumineuses d'une étoile hormis la présence d'un compagnon. La photosphère des étoiles comprend des régions plus sombres appelées taches stellaires causées par de forts champs magnétiques qui restreignent le déplacement de l'énergie vers la surface. Lorsque l'étoile tourne, elles se déplacent produisant ainsi des variations dans le spectre de l'étoile similaires à celles induites par les corps l'orbitant. C'est pourquoi la modélisation de l'activité stellaire est essentielle pour la recherche d'exoplanètes. Il existe maints indicateurs d'activité dont la photométrie et les bissectrices et le Full Width at Half Maximum (FWHM) obtenus du profil moyen des raies spectrales. Ils peuvent être modélisés à l'aide d'outils mathématiques comme les Processus Gaussiens (GP). L'étoile GL229 A est une naine rouge située à 5.75 parsecs autour de laquelle orbite la première naine brune, GL229 B, découverte par imagerie directe en 1995. À mi-chemin entre planètes géantes et étoiles naines, ces objets sous-stellaires n'ont pas acquis la masse nécessaire pour déclencher la fusion nucléaire de l'hydrogène lors de leur formation. Le système GL229 fut aussi observé par différents télescopes dotés d'instruments permettant d'obtenir des mesures de RV. Ceci mena, en 2014 et 2020, à la détection de deux exoplanètes, GL229 A b et A c aux masses minimales de 32 et 7 masses terrestres. Ce mémoire présente une réanalyse des RV obtenues avec HARPS, un spectrographe échelle. En modélisant le FWHM avec un GP, il peut être démontré que les signaux précédemment identifiés comme d'origine planétaire correspondent en fait à des signaux d'activité stellaire. / Several methods can detect exoplanets. Of these, the Radial Velocity (RV) method is said to be indirect because the light spectrum of the host star is observed and not the planet directly. However, several factors influence a star's luminous variations apart from a companion's presence. The photosphere of stars contains darker regions called star spots caused by strong magnetic fields that restrict the movement of energy to the surface. When the star rotates, these spots move, producing variations in the star's spectrum similar to those induced by the bodies orbiting it. Hence, stellar modelling activity is essential when searching for exoplanets. Many activity indicators, including photometry and bisectors and Full Width at Half Maximum (FWHM) obtained from the average spectral line profiles, can be modelled using tools such as Gaussian Processes (GP). GL229 A is a red dwarf located at 5.75 parsecs around which orbits a brown dwarf, GL229 B, firstly discovered through direct imaging in 1995. Halfway between giant planets and dwarf stars, these substellar objects did not acquire the mass necessary to trigger nuclear hydrogen fusion during their formation. The GL229 system was also observed by various telescopes equipped with instruments making it possible to obtain RV measurements. This led, in 2014 and 2020, to the detection of two exoplanets, GL229 A b and A c, with minimum masses of 32 and 7 Earth masses. This thesis presents a re-analysis of the RVs obtained from HARPS spectra, an échelle spectrograph, for the Gliese 229 system. By modelling the FWHM with a GP, we show that previously identified planetary signals are not real and result from stellar activity.