Cette thèse propose deux approches pour améliorer la qualité des réponses d'un système de raisonnement à partir de cas (RàPC) utilisant des connaissances produites par une communauté en ligne. La première approche concerne la mise en œuvre d'un modèle permettant de gérer la fiabilité des connaissances produites par la communauté sous la forme d'un score. Ce score de fiabilité est utilisé d'une part pour filtrer les connaissances non fiables afin qu'elles ne soient pas utilisées par le système de RàPC et d'autre part pour classer les réponses retournées par le système. La deuxième approche concerne la représentation de la typicalité entre sous-classes et classes dans une organisation hiérarchique. La typicalité est alors utilisée pour réorganiser les connaissances hiérarchiques utilisées par le système de RàPC. L'apport de ces deux approches a été évalué dans le cadre de eTaaable, un système de RàPC qui adapte des recettes de cuisine en utilisant des connaissances produites par une communauté en ligne. L'évaluation montre que la gestion de la fiabilité des connaissances produites par la communauté améliore la qualité des réponses retournées par eTaaable. De même, l'évaluation montre que l'utilisation par eTaaable des hiérarchies des connaissances réorganisées en exploitant la typicalité améliore également la qualité des réponses / This research work presents two approaches to improve the quality of the results returned by a case-based reasoning system (CBR) exploiting knowledge produced by an e-community. The first approach relies on a new model to manage the trustworthiness of the knowledge produced by the e community. In this model, the trustworthiness is represented through a score which is used to filter untrustworthy knowledge so that the CBR system will not use it anymore. Moreover, the trustworthiness score is also used to rank the CBR results. The second approach addresses the issue of representing the typicality between subclasses and classes in a hierarchy. The typicality is used to change the hierarchical organization used by the CBR system. Both approaches have been evaluated in the framework of eTaaable, a CBR system which adapts cooking recipes using knowledge coming from an e-community. The evaluations show that managing the trustworthiness of the knowledge produced by an e-community improves the quality of the results returned by eTaaable. The evaluations also shows that eTaaable returns also better results when using knowledge reorganized according to typicality.

Alors que la production de masse représentait le paradigme industriel dominant dans les années 80, le Toyota Production System, le système d'amélioration continue exemplifié chez Toyota, a suscité l'intérêt de nombreux chercheurs et industriels à la recherche de moyens d'améliorer la performance opérationnelle et financière des organisations. L'objectif de la thèse repose sur la caractérisation de la dimension humaine dans les systèmes de production intégrant une forte composante d'amélioration continue dans le but de la considérer lors du processus d'adoption. Pour cela, la thèse s’oriente autour de trois contributions majeures : la définition de la dimension humaine inhérente au Lean, l'évolution historique des éléments constituants cette dimension humaine et son opérationnalisation au travers du rôle des experts du Lean dans le processus d'adoption. / While mass production was the dominant industrial paradigm of the 1980s, the Toyota Production System, Toyota's exemplary continuous improvement system, has attracted the interest of many researchers and industry in seeking ways to improve operational and financial pe1formance of their organizations. The aim of this thesis is to characterize the human dimension in production systems including a strong component of continuous improvement in order to consider it during the adoption process. For this, the thesis focuses on three major contributions: the definition of the human dimension inherent to Lean, the historical evolution of the elements that represent this human dimension and its operationalization through the rote of Lean experts in the adoption process.

Objectifs : Les cancers de la thyroïde représentent environ 2% de l‘ensemble des cancers dans les pays développés mais sont les cancers les plus fréquents des glandes endocrines. L’incidence des cancers de la thyroïde se caractérise par de fortes variations géographiques dans le monde, les taux les plus élevés étant observés en Nouvelle-Calédonie, et par une augmentation régulière au cours des dernières décennies dans les pays occidentaux. Cette augmentation d’incidence est en grande partie attribuée à l’évolution des pratiques médicales mais pourrait aussi être en partie liée à une évolution des modes de vie et/ou à des expositions environnementales. En dehors de l’exposition aux radiations ionisantes dans l’enfance, les facteurs de risque de cancer de la thyroïde restent très mal connus. L’objectif de ce travail était d’étudier le rôle des antécédents familiaux de pathologie de la thyroïde, des caractéristiques de la vie hormonale et reproductive, des caractéristiques anthropométriques et des expositions environnementales et professionnelles dans l’étiologie des cancers de la thyroïde. Méthode : Les analyses reposent principalement sur une étude cas-témoins en population menée en France métropolitaine (étude CATHY). Nous avons également utilisé les données d’une étude cas-témoins menée en Nouvelle-Calédonie pour étudier le rôle des antécédents familiaux dans cette zone géographique de forte incidence. L’étude CATHY repose sur 621 cas diagnostiqués dans trois départements français (Calvados, Marne, Ardennes) entre 2002 et 2007 et sur 706 témoins, appariés par fréquence aux cas sur l’âge, le sexe et le département de résidence. L’étude cas-témoins en Nouvelle-Calédonie repose sur 332 cas diagnostiqués entre 1985 et 1999, et sur 412 témoins appariés par fréquence aux cas sur l’âge et le sexe. Résultats : Les résultats montrent une augmentation du risque de cancer de la thyroïde chez les individus ayant des apparentés de premier degré atteints de cancer de la thyroïde ou de goitre multinodulaire, en France métropolitaine comme en Nouvelle-Calédonie. Parmi les facteurs hormonaux et reproductifs, un âge tardif aux premières règles, une ménopause précoce et une parité élevée étaient associés à une augmentation du risque de cancer de la thyroïde. Une relation dose-effet inverse était observée entre la durée cumulée des cycles menstruels au cours de la vie et le risque de cancer de la thyroïde. La prise d’une contraception orale était associée à une diminution du risque de cancer de la thyroïde, avec une relation dose-effet inverse entre la durée de la contraception orale et le risque de cancer de la thyroïde. La taille, l’indice de masse corporelle et la surface corporelle étaient positivement associés au risque de cancer de la thyroïde. Une augmentation du risque de cancer de la thyroïde était observée dans certains secteurs d’activité professionnelle comme l’industrie du papier, l’industrie du caoutchouc et des plastiques, le travail du bois, la réparation automobile et la métallurgie. / Objectives: Thyroid cancer accounts for 2% of all cancers in industrialized countries but is the most common endocrine cancer. There is a marked worldwide geographic variation in thyroid cancer incidence, the highest incidence rates being observed in New Caledonia, and a constant increase of thyroid cancer incidence has been observed during the past several decades. Although the evolution in medical practice probably accounts for some of the increase, other factors such as environmental and/or lifestyle factors may also play a role. However, there are few established risk factors of thyroid cancer apart from ionizing radiation exposure in childhood. We aimed to investigate the etiologic role of a family history of thyroid cancer, of hormonal and reproductive factors, anthropometric factors and environmental and occupational exposures in thyroid cancer. Methods: Analyses mainly rely on a population-based case-control study conducted in metropolitan France (“CATHY study”). Data of a case-control study conducted in New-Caledonia were also used to investigate the role of a family history of thyroid cancer as a risk factor for thyroid cancer in this area where thyroid cancer incidence is very high. The CATHY study is based on 621 cases diagnosed from 2002 to 2007 in three administrative areas: the Calvados, the Marne and the Ardennes, and 705 controls matched to cases by age, sex and residence area. The New Caledonian case-control study is based on 332 cases diagnosed form 1985 to 1999 and 412 controls matched to cases by age and sex. Results: A family history of thyroid cancer or multinodular goiter in first degree relatives was associated with an increased risk of thyroid cancer in France as well as in New Caledonia. Among hormonal and reproductive factors, a later age at menarche, a younger age at menopause and a elevated number of full-term pregnancies were associated with an increased risk of thyroid cancer. An inverse relationship was observed between the cumulative number of menstrual cycles and risk of thyroid cancer. Oral contraceptive use was associated with a lower risk of thyroid cancer, and an inverse relationship was observed between oral contraceptive use duration and risk of thyroid cancer. Height, body mass index and body surface area were positively associated with thyroid cancer risk. Analyses by occupation showed a higher risk of thyroid cancer for workers in leather industry, in plastics and rubber industry, in papermaking, in wood manufacturing, in automotive repair and in metallurgy.

Les entreprises affrontent des conditions difficiles liées au rythme des changements observés en ce début de XXIème siècle et ont du mal à susciter l’engagement des salariés. L’objet de cette recherche a été d’investir de nouvelles réflexions managériales en s’interrogeant sur la contribution de la spiritualité au travail à l’engagement affectif des salariés. Pour vérifier l’existence de ce lien, une étude du cas « Sodexo Tunisie » a été réalisée à travers des entretiens semi-directifs. Ces entretiens ont fait l’objet d’un double traitement, statistique, à l’aide du logiciel Alceste, puis qualitatif par le biais d’une analyse de contenu thématique. Il a été conclu, d’un côté, que les formes de base de l’engagement affectif des salariés, à savoir leur attachement émotionnel, leur désir de rester et de réaliser des efforts particuliers, sont favorisées par la dimension spirituelle « esprit de survie » reliée à la présence et le « partage de valeurs communes » de l’entreprise. De l’autre côté, les formes corrélées d’engagement affectif interprétées par «l’identification psychologique au travail » et «l’identification psychologique au groupe » sont associées aux dimensions spirituelles « gouvernement de soi » et « vie intérieure » pour la première, et « esprit de corps » pour la deuxième. Exploitées dans une optique managériale, ces dimensions spirituelles favorisent la reconnaissance des individualités (révélateur de potentiel et de capital intellectuel), le développement de l’esprit de corps (ciment de l’engagement durable) et permettent d’entretenir l’esprit de survie de l’entreprise (fondement de l’attachement émotionnel des salariés). Cet « état d’esprit » constitue un modèle d’entreprise ayant la capacité de résilience et ce, grâce à la cohérence entre les parties et le tout. / Enterprises face difficult conditions related to the pace of the observed changes at the beginning of XXIst century and are struggling to raise employee commitment. The purpose of this research was to invest new managerial thoughts by questioning the contribution of spirituality at work to the affective commitment of employees. To verify the existence of this link, a case study “Sodexo Tunisia” was conducted through semi-structured interviews. These interviews have been twice analyzed, statistically using the Alceste software and qualitatively through a thematic content analysis. It was concluded, on one side, that basic forms of the affective commitment of employees, namely their emotional attachment, their desire to stay and make special efforts, are favored by the spiritual dimension “spirit of survival” related to the presence and the “shared values” of the enterprise. On the other side, correlated forms of affective commitment interpreted as “psychological identification to the job” and "psychological identification to the group” are associated with the spiritual dimensions “self-government” and “inner life” for the former, and “esprit de corps” for the latter. In a managerial perspective, these spiritual dimensions favor the recognition of individuals (stimulus to potential and intellectual capital), the development of “esprit de corps” (glue of lasting commitment) and help maintain the “spirit of survival” of the enterprise (basis of the emotional attachment of employees). This “mind-state” provides an enterprise model with a resilience capacity, due to the consistency between the parts and the whole.

Introduction : les effets indésirables associés à un traitement médicamenteux ou à la pose d'un dispositif médical implantable doivent être recherchés systématiquement après le début de leur commercialisation. Les études réalisées pendant cette phase sont des études observationnelles qui peuvent s'envisager à partir des bases de données hospitalières. L'objectif de ce travail est d'étudier l'intérêt de la ré-utilisation de données hospitalières pour la mise en évidence de tels effets indésirables.Matériel et méthodes : deux bases de données hospitalières sont ré-utilisées pour les années 2007 à 2013 : une première contenant 171 000 000 de séjours hospitaliers incluant les codes diagnostiques, les codes d'actes et des données démographiques, ces données étant chaînées selon un identifiant unique de patient ; une seconde issue d'un centre hospitalier contenant les mêmes types d'informations pour 80 000 séjours ainsi que les résultats de biologie médicale, les administrations médicamenteuses et les courriers hospitaliers pour chacun des séjours. Quatre études sont conduites sur ces données afin d'identifier d'une part des évènements indésirables médicamenteux et d'autre part des évènements indésirables faisant suite à la pose d'un dispositif médical implantable.Résultats : la première étude démontre l'aptitude d'un jeu de règles de détection à identifier automatiquement les effets indésirables à type d'hyperkaliémie. Une deuxième étude décrit la variation d'un paramètre de biologie médicale associée à la présence d'un motif séquentiel fréquent composé d'administrations de médicaments et de résultats de biologie médicale. Un troisième travail a permis la construction d'un outil web permettant d'explorer à la volée les motifs de réhospitalisation des patients ayant eu une pose de dispositif médical implantable. Une quatrième et dernière étude a permis l'estimation du risque thrombotique et hémorragique faisant suite à la pose d'une prothèse totale de hanche.Conclusion : la ré-utilisation de données hospitalières dans une perspective pharmacoépidémiologique permet l'identification d'effets indésirables associés à une administration de médicament ou à la pose d'un dispositif médical implantable. L'intérêt de ces données réside dans la puissance statistique qu'elles apportent ainsi que dans la multiplicité des types de recherches d'association qu'elles permettent. / Introduction:The adverse events associated with drug administration or placement of an implantable medical device should be sought systematically after the beginning of the commercialisation. Studies conducted in this phase are observational studies that can be performed from hospital databases. The objective of this work is to study the interest of the re-use of hospital data for the identification of such an adverse event.Materials and methods:Two hospital databases have been re-used between the years 2007 to 2013: the first contains 171 million inpatient stays including diagnostic codes, procedures and demographic data. This data is linked with a single patient identifier; the second database contains the same kinds of information for 80,000 stays and also the laboratory results and drug administrations for each inpatient stay. Four studies were conducted on these pieces of data to identify adverse drug events and adverse events following the placement of an implantable medical device.Results:The first study demonstrates the ability of a set of detection of rules to automatically identify adverse drug events with hyperkalaemia. The second study describes the variation of a laboratory results associated with the presence of a frequent sequential pattern composed of drug administrations and laboratory results. The third piece of work enables the user to build a web tool exploring on the fly the reasons for rehospitalisation of patients with an implantable medical device. The fourth and final study estimates the thrombotic and bleeding risks following a total hip replacement.Conclusion:The re-use of hospital data in a pharmacoepidemiological perspective allows the identification of adverse events associated with drug administration or placement of an implantable medical device. The value of this data is the amount statistical power they bring as well as the types of associations they allow to analyse.

Las agrupaciones de repeticiones CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) junto con las proteínas Cas (CRISPR associated) forman los sistemas CRISPR-Cas que constituyen una barrera adaptativa a la entrada de material genético en Bacteria y Archaea. Esta tesis se centra en los sistemas CRISPR-Cas de Escherichia coli, y en especial en el perteneciente al subtipo I-F. En el presente trabajo se ha analizado la secuencia de la región CRISPR I-F de una variedad de cepas de E. coli, lo cual ha permitido una descripción pormenorizada de los componentes del sistema y de su diversidad. La ausencia de genes cas I-F (codificantes de las proteínas Cas I-F) en la mayor parte de las cepas analizadas, cuestiona la relevancia de estos sistemas a nivel de la especie, aun cuando la invariable conservación de repeticiones sugiere que incluso los sistemas aparentemente vestigiales deben desempeñar un papel importante. Por otro lado, análisis in silico de los loci CRISPR-Cas I-E y I-F han permitido reconstruir la historia evolutiva de ambos sistemas y poner de manifiesto la existencia de dos variantes de genes cas asociados al subtipo I-E que podrían diferir en aspectos particulares de su mecanismo de acción. Finalmente, estudios de expresión y análisis de interferencia del sistema I-F de la cepa E. coli LF82 han revelado que dicho sistema es activo en condiciones de crecimiento óptimas en el laboratorio, siendo responsables de una reducción significativa en la eficiencia de transformación del plásmido portador de la secuencia diana (denominada protoespaciador). Dicha actividad de interferencia está muy influenciada por la identidad de motivos de secuencia adyacentes a la región protoespaciadora. Sorprendentemente, la mayor interferencia se observó para los motivos que difieren de aquellos normalmente asociados a los protoespaciadores nativos de este sistema. Esta discrepancia entre motivos implica que el sistema I-F analizado supone una barrera parcialmente tolerante con la entrada de DNA foráneo. Probablemente, esta restricción en la eficacia del sistema es consecuencia de un compromiso entre la prevención de infección por virus líticos y la adquisición de material genético potencialmente beneficioso.

La schizophrénie étant un problème de santé mentale chronique, elle requiert, de la part des personnes qui en sont atteintes, une assiduité perpétuelle au traitement ainsi qu’au suivi clinique. Bien que la recherche fuse en la matière, peu de littérature s’attarde à l’expérience clinique vécue par les patients. Il devient donc difficile d’humaniser cette maladie, qui, plus souvent qu’autrement, est décrite de manière quantitative ou encore sous une perspective biomédicale. Pourtant, une bonne mise en place d’un système de soins et de services dépend non seulement de ce type de connaissances, mais également des réalités uniques qui sont façonnées par les infrastructures et les services offerts. L’étude en question se penche donc sur cette perspective humaine et personnelle, puisqu’elle est basée sur les données recueillies par les infirmières et les autres professionnels de la santé qui ont été classées dans le dossier médical d’un patient schizophrène. Ce dossier, datant de 1983 à 2007 et provenant des archives du Département de psychiatrie de l’Hôpital Montfort d’Ottawa, relève les différentes hospitalisations ainsi que les suivis en clinique externe. L’étude vise à décrire ce parcours en faisant état du nombre de suivis et de leur contenu, en plus de décrire les trajectoires multiples du patient. L’emploi de l’approche socio-historique permet de retracer le parcours d’un patient dans le temps. Ainsi, le travail des infirmières se trouve au cœur des soins administrés au patient, puisque c’est, en grande partie, à travers leur plume que la progression clinique du patient est racontée. Cette approche est agrémentée par une analyse statistique des caractéristiques démographiques de la population psychiatrique de ce même Département, de par l’analyse des registres d’admission. Cela permet de contextualiser la situation du patient choisi au sein de son environnement clinico-social. En analysant le dossier médical et les données recueillies, il est possible de constater que plusieurs obstacles sont rencontrés par le patient : la récurrence des hospitalisations, la mauvaise coordination des ordonnances de la cour, les dynamiques familiales complexes, la violence conjugale, la toxicomanie, les problèmes avec la justice, l’arrêt brusque et intermittent du suivi clinique, les péripéties d’emploi, etc. Ces observations permettent d’imager les réalités vécues parallèlement à celles du système en place. Elles contribuent ainsi, bien qu’un tout petit peu, à une critique du mouvement de désinstitutionnalisation et à une édification des retombées de cette intégration communautaire des patients psychiatriques; retombées qui, malgré leur bienveillance initiale, ne sont pas aussi inclusives ou flexibles qu’elles n’y paraissent.

The dissertation contends that an instrument developed through using a model of complex adaptive systems as a generative metaphor will assist members of an organisation to better understand their organisation. Using an action research methodology, six Air Force Management Services Teams were exposed to six overlapping attributes of complex adaptive systems through focus group workshops with an aim to determine whether they, as experienced management consulting practitioners, saw value to themselves and their Air Force clients of using aspects of complex adaptive systems for organisational understanding. The overlapping attributes of complex adaptive systems were distilled from the literature reviewed. Whereas the focus group workshop participants found the attributes valuable in understanding the dynamics of organisational behaviour, they found the new way of thinking challenging on a number of different perspectives. Some aspects of the Air Force organisation, like its high levels of organisational experience, will make the introduction to and use of complex adaptive systems thinking simpler, while other aspects of the Air Force organisation, like its sensitivity to complex adaptive systems terminology, will make the introduction and use of complex adaptive systems more challenging. Notwithstanding the challenges, both the complex adaptive systems model, and the use of action research were found to be useful ways of introducing organisations to complex adaptive systems thinking.

Cette thèse étudie les interactions entre les pratiques de socialisation organisationnelle et leur contexte. Le cadre théorique contextualiste de Pettigrew est mobilisé et le champ des petites entreprises (PE) choisi pour de multiples raisons : absence d'étude de ce terrain dans le domaine de la socialisation organisationnelle, difficultés de maintien des salariés des PE, possibilité d'observer des pratiques peu formalisées et informelles qui ont jusqu'ici été peu étudiées. Dans ce champ, la théorie des configurations de petites entreprises (Bentabet et al., 1999) permet d'observer les pratiques de socialisation dans des contextes organisationnels très contrastés. Une étude de cas a été menée dans sept petites entreprises, suivant une méthodologie qualitative (entretiens avec les dirigeants, les agents socialisants et les recrues) et longitudinale. Plusieurs résultats apparaissent : la construction d'un modèle contextualisé des pratiques de socialisation organisationnelle qui approfondit la connaissance de ce concept en offrant un cadre global d'analyse intégrant les perspectives contextuelle, politique et dynamique ; l'effet de différentes variables de contexte sur le contenu des pratiques de socialisation a été identifié ; les connaissances des éléments sur lesquels agissent les pratiques de socialisation ont été enrichies (nous appelons ces éléments « leviers de socialisation organisationnelle ») ; les connaissances du contenu des pratiques de socialisation ont été approfondies (de nouvelles pratiques mises en évidence, discussion des pratiques de Van Maanen et Schein (1979) dans le champ des PE, schématisation des pratiques par « arbre ») ; enfin, l'influence de certaines variables de contexte sur l'effet de quelques pratiques de socialisation a été mise en évidence. Parmi les apports managériaux, on note que les pratiques de socialisation doivent être pensées au regard du contexte, que certaines pratiques posent des questions éthiques aux managers, qu'il est utile de distinguer le rôle de manager - « chef d'orchestre » des pratiques - et le rôle d'agent socialisant - acteur des pratiques. Enfin, il semble que la maîtrise ou la formalisation de l'ensemble des pratiques de socialisation par le manager soit difficilement concevable.

Les CRISPRs constituent une famille particulière d'éléments génétiques, retrouvés dans de nombreux génomes de procaryotes (la moitié des bactéries et presque toutes les archées). Des études récentes suggèrent que cette structure représente un système de défense contre les ADNs étrangers fonctionnant grâce à un mécanisme d'interférence ARN. Les CRISPRs consistent en la succession de régions très bien conservées (DR) dont la taille varie de 23 à 47 pb, séparées par des séquences uniques d'une taille similaire et ayant en général une origine virale. Le polymorphisme observé entre différentes souches de la même espèce fait du CRISPR un marqueur génétique intéressant pour des analyses comparatives de souches bactériennes très proches et pour des études phylogénétiques. Cette thèse décrira trois outils bioinformatiques accessibles à l'adresse (http://crispr.u-psud.fr) et leurs applications dans l'investigation et le typage des CRISPRs. Le premier outil est CRISPRFinder qui est un programme d'identification des CRISPRs à partir des séquences génomiques. Le deuxième est la base de données CRISPRdb et ses utilitaires qui fournissent un accès aux CRISPRs de tous les génomes procaryotes séquencés. le troisième outil est CRISPRcompar qui sert à identifier et comparer les CRISPRs dans des génomes proches pour faciliter la procédure de typage.