La Maladie de la Feuille Cassante du Palmier dattier (Phoenix dactylifera L.) constitue un cas d'émergence d'une maladie à fort impact économique causée par un agent étiologique inconnu. Notre stratégie a visé à élaborer une approche sans à priori de l'émergence pouvant être transposée à n'importe quelle situation de ce type. En nous appuyant sur des caractérisations successives des compartiments viraux, bactériens et fongiques de tissus sains et malades, nous avons cherché à mettre en évidence des différences de composition spécifiques et de distribution de ces flores sur 2 campagnes de prélèvements réalisées en 2010 et 2012. Alors que la microscopie électronique à transmission nous a permis de visualiser des structures d'origine virale probable au niveau des chloroplastes du parenchyme chlorophyllien, une étude moléculaire de séquençage de gènes ribosomaux nous a permis de corréler l'apparition de ces structures a de profondes modifications qualitative et quantitative de la microflore endophyte. Ainsi il nous est apparu que la symptomologie de la maladie était corrélée à une modification profonde de la distribution spécifique de la microflore endophyte, visible à la fois au niveau du compartiment fongique et bactérien, suggérant la complète disparition de la pression de sélection exercée par le palmier sain sur sa flore et mise en évidence dans les 2 cas, par un shift d'une répartition de type Poisson vers une répartition normale. Dans le compartiment fongique, une claire déplétion des Pleosporaceae, associées à la plante saine pouvait ainsi être liée à une apparition de nouvelles familles (Trichocomaceae et Mycosphaerellaceae). De même, parmi les bactéries, une disparition des Rhizobium et Ensifer sp associés au compartiment racinaire de la plante saine a ainsi pu être mise en évidence, ces espèces pouvant servir ultérieurement d'indicatrices de bonne santé des palmiers. Dans une deuxième partie de notre travail nous avons cherché à utiliser des éléments de la flore endophyte mais également de substances naturelles dans la lutte biologique contre d'autres pathogènes du palmier. Ainsi, un antagonisme a été mis en évidence entre une souche endophyte d'Arthrobacter agilis et un pathogène majeur, Fusarium oxysporum sp Albedinis / The Brittle Leaf Disease of the Date Palm Tree (Phoenix dactylifera L.) constitutes a case study of an emerging disease of economic impact caused by a yet uncharacterized etiologic agent. Our strategy was to develop an approach that could be indistinctly transposed to any situation of this type. While basing our investigations on the successive characterization of the diversity of viral, bacterial and fungal endophytic compartments of healthy and diseased Palm trees, we aimed at enlightening differences in species composition but also distribution over two sampling campaigns performed in 2010 and 2012. While transmission electronic microscopy allowed us to visualize structures of probable viral origin affecting chloroplasts of the chlorophyllic cell layer, a molecular approach based on ribosomal gene sequencing allowed us to evidence correlations between the occurrence of such structures and deep modifications of the structure of the palm date tree associated endophytic flora suggesting a strong depletion of the ability of the palm to control its associated endophytes. This was evidenced in both fungal and bacterial compartments by a shift from a Poisson like diversity distribution towards a Gaussian distribution in the flora associated to MFC affected palms. In the fungal compartment, Pleosporaceae, that dominated in healthy palms were replaced by an opportunistic flora of Trichocomaceae and Mycosphaerellaceae. Among bacteria, the disappearance of Rhizobium and Ensifer species, typically associated to the root compartment of healthy palms was enlighten, suggesting that these species could indeed be used as biomarkers of healthy plant status. In a second part of this study, we investigated the potential use of cultivable palm endophytes, but also natural compounds for biocontrol applications. In particular, we evidence the antagonistic potential of Arthrobacter agilis, a palm endophyte, against a major palm date disease agent, Fusarium oxysporum sp. Albedinis.

La tectonique récente et actuelle de l'arc des Alpes occidentales internes est étudiée ici d'un point de vue structural et sismologique. L'approche pluridisciplinaire de ce sujet a permis de caractériser un régime tectonique tardi-alpin extensif à grande échelle dans les zones internes. L'analyse structurale et morphotectonique d'une zone cible, au sud-est du massif du Pelvoux, montre qu'une fracturation tardi-alpine extensive s'y exprime suivant un réseau de failles longitudinales et transverses à l'arc alpin. Cette déformation cassante est postérieure à la mise en place des nappes de charriage, à leurs plissements et aux schistosités associées, la dernière se développant au cours du Miocène. Elle se poursuit au Plio-Quaternaire, comme le montre un faisceau d'indices néotectoniques. Un jeu décrochant est postérieur au jeu normal ; il s'exprime par des mouvements dextres suivant les failles longitudinales et sénestres suivant les failles transverses. Le calcul des champs de contraintes associés (inversion des données microtectoniques) montre que les jeux normaux et décrochants correspondent à une seule « phase » tectonique globalement transtensive au cours de laquelle il y a permutation des axes de contraintes principaux. La zone cible fait partie de l'arc sismique briançonnais. Le calcul des mécanismes au foyer dans ce secteur établit que l'extension cassante tardi-alpine se poursuit actuellement. L'amélioration des localisations par l'utilisation de modèles de vitesses élaborés (1D/3D) a permis de montrer que plusieurs failles reconnues par l'analyse structurale sont sismiques. L'étude de la fracturation et les coupes sismotectoniques en arrière du front pennique crustal montrent que les failles normales se branchent sur cette discontinuité majeure de l'arc alpin, et suggère sa réactivation en détachement extensif. Les résultats d'une campagne de mesures GPS de 1996 dans la zone cible, comparés à des données IGN de 1972, sont compatibles avec les analyses sismotectonique et structurale. Ils mettent en relief une déformation plutôt décrochante, avec des vitesses de l'ordre de 3 à 4 mm/an. La déformation asismique dépasse 90% de la déformation totale déduite de ces mesures, durant le laps de temps considéré. L'élargissement de l'approche sismotectonique à l'ensemble des zones internes de l'arc alpin occidental montre que l'extension se développe au nord jusqu'au massif de l'Aar, et à l'est dans l'arc sismique piémontais. L'activité de ce dernier se localise à la bordure occidentale du corps d'Ivrée, laquelle fonctionne actuellement en faille normale. Le calcul du champ de contraintes actuel (inversion des solutions focales) permet de caractériser une extension radiale à l'arc alpin occidental dans une grande partie de ses zones internes. Elle entraîne la réactivation en extension des structures crustales majeures (front pennique crustal et bordure ouest du corps d'Ivrée). De part et d'autre de la zone en extension, le champ de contraintes est compressif (à l'est sous la plaine du Pô ; à l'ouest au front des massifs cristallins externes). L'extension affecte donc une zone de 400 km de long et de 50 km de large au coeur d'une chaîne en convergence. Une compétition entre des forces de volume dans la racine lithosphérique alpine et les forces aux limites de la chaîne (translation et rotation du poinçon apulo-adriatique) pourrait être à l'origine du contraste de régimes tectoniques mis en évidence dans l'arc alpin occidental. Nous proposons deux modèles dynamiques dans lesquels l'extension s'explique par le détachement ou le retrait d'un panneau lithosphérique plongeant sous la racine alpine.

Le massif de marbres de Saint-Béat se situe dans la Zone Interne Métamorphique des Pyrénées centrales françaises. Il est formé de sédiments mésozoïques métamorphisés lors de l'événement métamorphique extensif Haute température - Basse pression classiquement décrit dans les Pyrénées. L'objet de cette thèse est de caractériser la déformation ductile et la fracturation qui affectent ce massif, et de déterminer dans quelle mesure les processus responsables de la fracturation peuvent être influencés par l'état de déformation. Les caractéristiques de la déformation des marbres et de ses roches encaissantes seront déterminées essentiellement grâce aux orientations préférentielles des axes de la calcite (marbre) et du quartz (socle paléozoïque), déterminées à l'aide de mesures à l'EBSD. L'observation en lame mince des textures de la calcite permet de quantifier les taux de déformation et d'estimer la température de cette déformation. Combinés aux observations de terrain, ces résultats permettent de proposer un modèle structural retraçant l'évolution du bassin depuis l'extension aptio-albienne jusqu'à son état actuel. La fracturation du massif est ensuite regardée à différentes échelles, depuis la photo aérienne jusqu'à l'affleurement. Quatre zones seront étudiées en détail afin de classifier les fractures par familles de mêmes caractéristiques et de reconstituer localement les paléo-régimes de contraintes. On comparera les tenseurs obtenus avec les régimes tectoniques décrits dans la littérature. Trois faciès légèrement différents de marbre servent de base à une étude visant à discuter de l'état d'anisotropie de la roche. Ainsi, des essais en compression simple, en traction indirecte et des mesures de vitesses acoustiques sont pratiqués sur des carottes orientées réalisées dans ces trois faciès ; leurs résultats donnent accès aux caractéristiques internes de la roche. On comparera et discutera les résultats d'un faciès à l'autre, et au sein du même faciès, d'une orientation à l'autre. Les résultats obtenus sur la fracturation servent de guide à la classification des fractures observées sur les fronts de tirs, lors du creusement du tunnel routier de Saint-Béat, recoupant le massif sur plus d'un kilomètre du Nord au Sud. / The Saint-Béat massif, composed of different marble facies, is part of the Internal Metamorphic Zone of the French Central Pyrenees. It is formed by Mesozoic sediments metamorphosed by the High Temperature – Low Pressure extensional event, classically described in the Pyrenees. The aim of this work is to characterize the deformation and fractured state of the massif, and to understand how the former can constrain the latter. The ductile deformation state is recorded in calcite grains for Mesozoic rocks, or in quartz grains for Paleozoic rocks. Their preferential lattice orientations have been measured with the EBSD method. Calcite texture observations give indications about deformation rates and temperatures. These results, in addition with field observations, allow us to rebuild the structural evolution of the massif, from the Albian extension. Fracturing along the massif is described at different scales. Four outcrops are selected in order to characterize and to classify fractures, and locally reconstruct the paleo stress tensor. The obtained tensors are presented and compared to those already published. Three slightly different marble facies are used to discuss the degree of anisotropy of the rock. Mechanical experiments such as compression tests, tensile tests and velocity measurements of elastic waves are carried out on oriented cores within these three facies. These results provide internal rock characteristics which are discussed and compared for the three facies, and for different orientations of the cores.

La fracturation des zones internes des Alpes occidentales montre principalement une déformation extensive: 75% des failles mesurées sont normales, 25% sont décrochantes. Cette fracturation néogène est synchrone d'un régime compressif en externe. Des indices néotectoniques montrent qu'une partie de cette fracturation est récente.<br />200 tenseurs de paléocontraintes ont été obtenus par Inversion Directe et ont été synthétisées avec des données existantes (Simplon et Briançon). L'extension est principalement parallèle à la direction des structures alpines et s'exprime sur des failles orientées radialement par rapport à l'arc alpin. Une partie de l'extension est perpendiculaire à la direction de la chaîne; elle augmente du Nord au Sud, et s'exprime bien dans la région de Briançon. Des décrochements s'observent dans tout l'arc; ils sont plus récents que l'extension dans la partie sud de l'arc, alors qu'il sont plus anciens dans le Sud Valais. Les axes de tension associés sont compatibles avec les directions générales de l'extension.<br />Deux régimes tectoniques différents dans les Alpes occidentales sont donc mis en évidence et différents moteurs géodynamiques sont proposés pour expliquer ces observations:<br /> - Une extrusion vers une bordure libre pendant les derniers épisodes compressifs, en relation avec la rotation l'Apulie et l'ouverture de la Mer Ligure. <br /> - Un étalement gravitaire lié à l'absence actuelle de convergence provoquant une extension radiale à l'arc.<br /> Le passage d'un régime à l'autre a peut-être eu lieu durant le Pliocène, en relation avec le ralentissement de la convergence au niveau des Alpes occidentales et l'augmentation des taux d'érosion dans la chaîne.

Une analyse de la déformation cassante cénozoïque dans la plateforme européenne a été effectuée entre le massif de Bohême à l'est et la Méditerranée occidentale à l'ouest. Une succession de quatre paléo-champs de contraintes principaux a été caractérisée : (1)une compression NS d'âge éocène. Cet événement induit la formation du « triangle Allemand-Tchèque » bordé à l'est par les décrochements dextres NW-SE de Pfahl et de Franconie et à l'ouest par des décrochements sénestres NNE-SSW, le long de l'axe du futur rift ouest-européen, (2) une extension E-W oligocène qui a ouvert le rift ouest-eurpéen, (3) une compression NE-SW, du début Miocène, qui a réactivé en faille inverse la ligne de Pfahl et comme décrochements dextres les principales failles du fossé rhénan, (4) et finalement depuis la fin du miocène, une distribution en éventail des directions de compression qui s'est développée à la périphérie de l'arc alpin. Cependant, à une certaine distance du front de la chaîne, une direction de compression NW-SE, puis NNW-SSE, a prévalu. Une comparaison avec des données cinématiques des plaques démontre que cette succession d'événements tectoniques cassants est compatible avec la reconstruction des mouvements relatifs entre l'Afrique et l'Eurasie pendant la collision cénozoïque, quelques états de contrainte locaux locaux près des Alpes, sont cependant clairement liés à l'évolution locale de l'arc alpin.

La zone d'étude correspond à la Péninsule de Mejillones (23ºS) et la zone de Caldera (27°S), au nord du Chili. L'objectif est de comprendre les relations entre la déformation cassante et le soulèvement de la côte depuis le Miocène, et de replacer ces déformations dans le contexte de la convergence entre la plaque de Nazca et la plaque d'Amérique du sud. Les analyses stratigraphiques et morphostratigraphiques permettent de déterminer les mouvements verticaux de la côte. Les datations des surfaces des cônes alluviaux par la méthode des cosmonucléides produit in-situ sont utilisées pour caractériser les processus climatiques et tectoniques du Pléistocène supérieur. Enfin, l'analyse des failles permet de calculer les directions d'extension et de compression. En conclusion on discute leur chronologie et le comportement sismique de la région.

Dans cette thèse, sont présentées la façon dont est accommodé le mouvement relatif entre les blocs Inde et Sonde à l'actuel ainsi que l'évolution de la déformation de la Zone de Cisaillement Est Indienne depuis le cénozoïque.<br />J'ai utilisé une approche pluridisciplinaire, basée sur la combinaison de la géodésie spatiale et de la géologie structurale, pour répondre à ces questions. Le GPS (Global Positioning System) permet de quantifier les déplacements relatifs des plaques ainsi que les mouvements intra-continentaux instantanés. La cartographie de failles à partir d'images satellitaires et les données structurales de terrain permettent d'identifier les structures tectoniques sur lesquelles ces déplacements ont été accommodés au cours du temps, ainsi que le type de déformation qui leur est associé.<br />J'ai pu contraindre le pôle de rotation entre les plaques Inde et Sonde. Leur mouvement relatif à la frontière n'est pas accommodé sur une seule faille isolée, mais sur plusieurs structures discrètes affectant une bande large d'environ 500 km, correspondant géographiquement à la Birmanie. La faille de Sagaing, intersismiquement bloquée, n'accommode que 18 mm/an en décrochement dextre. La partie restante de la déformation est sans doute prise dans le prisme indo-birman, aussi bien en décrochement qu'en chevauchement.<br />Au nord, le système partitionné birman se connecte à la Syntaxe Est Himalayenne. La transition entre ces deux systèmes est assurée, au Yunnan Occidental (Chine), par la rotation de microblocs le long de failles sénestres NE-SW, depuis le pliocène.<br />Auparavant, entre l'éocène et le miocène, la zone de cisaillement Shan Scarp - Gaoligong Shan constituait la limite majeure dextre entre l'Inde et l'Indochine tandis que les massifs de l'Ailao / Diangcan Shan et de la Chong Shan étaient cisaillés en sénestre, autorisant un déplacement du bloc Indochinois vers le SE.

La première partie de ce mémoire est une mise au point sur la notion de contraintes en tectonique cassante. Nous présentons une classification schématique des différents types d'états de contraintes que l'on trouve dans la croûte supérieure, et des déformations qui leur sont associées. Pour chaque état de contraintes, on analyse la cinématique des plans néoformés et des plans réactivés. Nous discutons ensuite à l'aide d'exemples, les limites d'application des méthodes inverses pour la détermination des états de contraintes (exemple de la méthode Etchecopar et coll.). On montre également que la prise en compte de la typologie des stries (stries pénétratives avec dissolution ou stries avec recristallisation), permet de mieux contraindre la détermination du tenseur. Dans la deuxième partie, la tectonique récente des Alpes du Sud est abordée par l'étude des paléocontraintes. 150 stations microtectoniques réparties dans les nappes de Digne, de Castellane et de Nice sont analysées. Les résultats permettent de reconstituer l'évolution du champ de contraintes depuis l'Oligocène. Celle-ci dépend des conditions aux limites propres à chaque domaine. Ainsi, la variation rapide des directions de contraintes dans les Arcs de Digne et de Nice est liée à la présence de bordures libres situées au front de ces deux nappes (respectivement les bassins de Valensole et du Var). Ces bassins ont permis l'expression de phénomènes gravitaires dans les parties internes des nappes, soumises à un uplift. La nappe de Castellane bloquée à son front par le massif des Maures montre une plus grande stabilité des directions de contraintes. La reconstruction du champ de contraintes pour la période quaternaire nous permet de déterminer la cinématique et les mécanismes aux foyers possibles des accidents qui affectent les différents domaines. Ces résultats sont comparés aux données de la sismicité historique et instrumentale.

Le sujet de la thèse est l'étude de la dégradation des caractéristiques élastiques d'une roche fragile induite par le chargement. En particulier on s'intéresse à l'anisotropie induite et à son influence sur le caractère fragile de la rupture. L'étude présente le développement d'un modèle de comportement approprié à ce phénomène, une étude expérimentale pour l'étalonnage et la validation du modèle et enfin une application à un problème aux limites particulier représentant l'étude de la rupture d'un cylindre creux et d'une excavation souterraine profonde. Le cadre théorique utilisé est celui de la mécanique de l'endommagement continu. Le modèle développé est caractérisé par un tenseur de vitesse d'endommagement anisotrope d'ordre deux. Les lois d'évolution des trois composantes du tenseur d'endommagement sont obtenues expérimentalement à partir d'essais de compression triaxiale. Les essais ont été réalisés sur deux roches d'origine sédimentaire : une calcarénite italienne, la pietra leccese, et un grès français, le grès de Rothbach. L'influence des conditions de réalisation des essais (élancement des échantillons, frettage ou lubrification des bases des échantillons) a été étudiée. Nous avons simulé le comportement d'un cylindre creux et d'une cavité cylindrique soumise à un état de contraintes isotrope à l'infini. Les résultats de cette simulation numérique ont montré que plus l'anisotropie induite est forte, plus le comportement de la roche est fragile et plus élevé est le nombre de stabilité.