Les cervidés peuvent moduler la composition, la structure et les fonctions des écosystèmes forestiers qu'ils occupent. En broutant de manière sélective la régénération forestière, ils influencent l'abondance des espèces d'arbres du sous-bois, pouvant mener à un faible recrutement des espèces d'arbres consommées. Cependant, l'impact des cervidés est généralement étudié à fine échelle, rendant difficile la généralisation des connaissances actuelles à l'échelle de l'aire de distribution commune d'un cervidé et d'une espèce d'arbre. De plus, le comportement alimentaire des cervidés est directement influencé par la distribution spatiale des ressources, mais aussi indirectement par la distribution des prédateurs ou des types d'habitats où ils perçoivent un risque de prédation plus élevé, ces derniers étant qualifiés de paysages de la peur. L'évitement de certaines zones risquées par les cervidés pourrait mener à la création d'aires où la pression de broutement est faible, et donc créer des zones de régénération forestière à l'abri du broutement pour les espèces d'arbres sélectionnées dans l'alimentation. Les objectifs de cette étude étaient de déterminer à large échelle l'impact de la variation spatio-temporelle de l'abondance du cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) sur le recrutement du thuya occidental (Thuja occidentalis L.), une espèce d'arbre hautement sélectionnée, et d'évaluer si les routes forestières influencent le broutement du cerf de Virginie en générant un paysage de la peur. En utilisant des données écoforestières et de suivi de la grande faune à l'échelle du Québec et du Nouveau-Brunswick, nous avons détecté un effet négatif de l'abondance de cerfs et de la proximité à un ravage sur le recrutement des gaules de thuya. Nous avons constaté que la pression de broutement locale a aussi un impact négatif sur l'abondance de semis. Dans un deuxième temps, nous avons mesuré une faible pression de broutement à proximité de routes forestières, suggérant qu'elles peuvent représenter un paysage de la peur pour le cerf de Virginie. Cependant, puisque la régénération de thuya n'y était pas plus abondante, nous ne pouvons pas conclure que les routes forestières permettent la création de zones de régénération forestière à l'abri du broutement dans le contexte de notre étude. / By selectively feeding on forest regeneration, cervids influence the abundance of understory species, which can lead to recruitment failure for the consumed species. However, the impact of cervids on regeneration is generally studied at fine scales, making it difficult to generalize the current knowledge at the scale of the distribution range of co-occurring cervid and tree species. In addition, the foraging behavior of cervids is directly influenced by the spatial distribution of resources but also indirectly by the distribution of predators or of habitat types where they perceive a higher predation risk, the latter being qualified as a landscape of fear. The avoidance of risky zones by cervids could then lead to the creation of areas where browsing pressure is low, therefore providing safe spots for forest regeneration, especially for highly selected species. The objectives of this study were to determine over a broad scale the effect of the spatio-temporal variation of white-tailed deer (Odocoileus virginianus) abundance on northern white cedar (Thuja occidentalis L.) recruitment, a highly selected species, and evaluate if forest roads influence white-tailed deer browsing by creating a landscape of fear. By joining distinct forest and wildlife databases at the scale of Québec and New Brunswick, we detected a negative impact of deer abundance and proximity to deeryard on the recruitment of cedar saplings. We found that local browsing pressure also has a negative impact on the abundance of seedlings. Subsequently, we measured a low browsing pressure near forest roads, suggesting that they can represent a landscape of fear for deer. However, since cedar regeneration was not more abundant near forest roads, we cannot conclude that they allow the creation of safe spots for forest regeneration in the context of the present study.

Cette thèse propose de rapprocher l'histoire naturelle du cerf, appréhendée à travers les écrits des naturalistes et des veneurs, de l'ethnohistoire de l'Europe occidentale. Il s'agit donc de confronter des récits censés être vrais parce que fondés sur des faits observables, à des récits explicitement imaginaires. Nous avons modifié la définition du mythème développée par Claude Lévi-Strauss, à partir des termes narratifs (T) et leur inverse (T-1), et des fonctions narratives (F) et leur inverse (F-1). Nous définissons le mythème comme la combinaison des quatre versions possibles d'un récit, la version TF et la version contraposée T-1F-1, mais aussi les variantes TF-1 ou T-1F ; à la suite de Lévi-Strauss, nous considérons un mythe comme l'ensemble de ses variantes. Comme les objets réels existent indépendamment des usages et des représentations que peuvent en avoir les communautés humaines, des mythèmes ont été formulés relativement au cerf, à sa place dans l'environnement, aux bonnes façons d'employer son cœur, son cuir ou son bois pour signifier le cours du temps ou le destin des hommes. Nous avons isolé une vingtaine de ces mythèmes et les avons classés par ordre croissant d'abstraction, en considérant que chacun d'eux permettait de figer une relation entre termes et fonctions narratives, ou de résoudre une dissonance cognitive. Pour autant, aucun récit ne prétend relier entre eux tous ces mythèmes. La plupart ne sont reliés entre eux que de façon elliptique, la narration ne donnant pas les détails nécessaires à la vraisemblance ou à la véracité des récits. Pour y remédier, nous montrons l'existence, dans les rites religieux contemporains de Bretagne, d'un repérage cohérent des directions cardinales et intermédiaires, fondé sur les levers et couchers solaires aux solstices. A partir des indications horaires et directionnelles, puis des indications horaires et calendaires, nous restituons les dates dédiées aux saints hommes au cerf, l'agencement des sites de culte entre eux et la forme des trajets de procession, au solstice d'été. Par extrapolation à des niveaux supérieurs de l'échelle des grandeurs spatiales, nous restituons trois types de parcours rituels ; en l'état actuel du dossier, la relation entre le rite et son ampleur territoriale ne permet pas de présumer de la fonction sociale des trajets à l'échelle nationale ou européenne. En extrapolant aux niveaux inférieurs de l'échelle temporelle nous restituons les « unités » de calcul calendaire inférieures à la journée, en particulier la fréquence cardiaque de repos (60 battements par minute chez l'Homme). Le rapprochement est fait entre la métrique temporelle, écartelé entre ses cadences rapide (le pouls cardiaque) et lente (la précession des équinoxes), et la métrique spatiale, opposant le microcosme domestique au macrocosme borné par la « sphère des fixes ». S'en déduit intuitivement la fonction sociale des thèmes relatifs aux niveaux inférieurs des échelles de grandeur: le cœur, la maisonnée, etc... Une interprétation distincte des rites estivaux et hivernaux est alors proposée, à partir des récits mythiques des Celtes insulaires. / This thesis proposes a link between the natural history of the red deer, as seen in the writings of naturalists and huntsmen, with the folklore of Western Europe. It is a confrontation of tales that are supposed to be true, since based on observable facts, with purely fictional tales. We have altered the definition of the mytheme developed by Claude Lévi-Strauss, on the basis of narrative terms (T) and their opposite (T-1), and narrative functions (F) and their opposite (F-1). We define the mytheme as being the combination of four possible versions of a tale, the TF version and the contrapositive T-1F-1 version, as well as TF-1 or T-1F variations; like Lévi-Strauss, we consider the myth along with all of its variations. Since actual objects exist independently of the uses and representations that human populations may have of them, mythemes have been formulated concerning the red deer, its place in the environment and the right ways to use its heart, its hide or its antlers to represent the passage of time or man's destiny. We have isolated some twenty mythemes and classified them in increasing order of abstraction, considering that each of them enables a relationship to be forged between narrative terms and functions, or resolves a cognitive dissonance. However, no tale may claim to connect all these mythemes together. Most are only connected in an elliptical manner, since the narration does not provide all the details necessary to establish the plausibility or veracity of the tales. To resolve this issue, we prove the existence, in Breton contemporary religious rites, of a coherent system of cardinal and intermediary directions, based on sunrise and sunset during the solstices. Based on time and direction indications, then time and calendar indications, we restore the dates dedicated to human saints to the red deer, and the positioning of worship sites in relation to one another and the shape of procession routes to the summer solstice. By extrapolation to the upper levels of the scale of space measurements, we recreate three types of ritual itineraries; at the present time, the relationship between the rite and its territorial extent does not enable any presumption regarding the social function of routes on a national or European scale. By extrapolation to the lower levels of the time scale, we recreate the “units” of calendar calculation of less than one day, and in particular the idle heart rate (60 beats / minute in man). A link is established between the time metric, between its rapid rate (heart rate) and slow rate (axial precession), and the space metric, opposing the domestic microcosm and the macrocosm limited by the “sphere of fixed stars”. The social function of the themes related to the lower levels of the measurement scales can then be deduced intuitively: heart, household, etc. A separate interpretation of summer and winter rites is then proposed, based on the mythical tales of insular Celts.

La thèse porte sur l'étude de générateurs utilisant un cerf-volant pour capter l'énergie éolienne. Ces systèmes permettent de générer de l'énergie éolienne sans avoir besoin de construire les pylônes et les fondations étant nécessaires pour construire une éoliennes classiques.Ces systèmes on commencé à être étudiés il y a une dizaine d'années, une vingtaine d'entreprises et à peu près autant d'universités étudient le problème. Il existe plusieurs types de générateurs étudiés mais jusqu'ici, aucun système n'a démontré que son concept est économiquement viable.La grande variété de systèmes étant étudiés fait penser aux débuts de l'aviation, ou toutes sortes de concepts ont été testés. Il a fallu environ 50 ans de développements de prototypes entre 1870 et 1910 pour que le principe de fonctionnement des avions se standardise autour de celui qui est est encore utilisé aujourd'hui. Pendant cette période, un grand nombre de concepts ont été testés et beaucoup d'erreurs ont étés faites au niveau de la conception du modèle, des techniques expérimentales utilisées et du management des projet.Les systèmes étudiés de génération d'énergie utilisant des cerf-volants tentent répondre à un même cahier des charges d'une vingtaine de façons différentes. Ceci fait penser que le concept de génération d'énergie n'a pas trouvé un principe de fonctionnement optimal et qu'il n'en est qu'à une phase de prospection de concepts.En cela, le récent essor des générateurs cerf-volants ressemble beaucoup au débuts de l'aviation. Nous avons donc cherché à comprendre les erreurs ayant été faites lors des débuts de l'aviation pour essayer de mieux comprendre les erreurs qui pourraient être faites avec les systèmes de générateurs cerf-volants.Cette étude a permis de fixer quelques règles de travail qui ont servi pour développer les prototypes mis au point pendant de thèse.Une soufflerie à été construite pour tester dans des environnements restreints plusieurs modèles de cerf-volants. Plusieurs objectifs ont été atteints pendant la thèse, entre autres le contrôle de la puissance générée par un cerf-volant volant en présence de rafales de vent et l'étude d'un plan de vol permettant au cerf-volant de rester en vol sans vent et sans utiliser d'énergie embarquée.Au total, 13 prototypes ont été mis au point pendant cette thèse, un brevet est en cours de dépôt et une entreprise utilisant les résultats de la thèse est en train d'être créée. / The PhD focuses on the study of electric generators using a kite to capture wind energy. These systems generate wind energy without having to build the towers and foundations are needed to build conventional wind turbines.These systems started being studied around ten years ago, twenty companies and nearly as many universities are studying the problem. There are several types of generators studied, but so far, none has demonstrated that the concept is economically viable.The variety of systems being studied is reminiscent of early aviation, because many kinds of different concepts were tested. It took about 50 years of development of prototypes between 1870 and 1910 for the principle of operation of aircraft got standardized around one that is still used today. During this period, a large number of concepts have been tested and many mistakes have made ​​on the model design, the experimental techniques and on the management of the project.The nowadays studied kite power systems tries to answer to the same specifications by around twenty different ways. This suggests that the concept of power generation has not yet found an optimal principle of functioning and that it is only at a phase of concepts exploration.The recent surge of kite power systems reminds of the early days of aviation. We sought to understand the mistakes that were made ​​during the early days of aviation to try to understand the mistakes that could be made with modern kite power systems.This study has set some guidelines that were used for developing the prototypes built during thesis .A wind tunnel was built for testing in simplified environments several models of kites. Several objectives were achieved during the thesis, including the control of the power generated by a kite flying in the presence of wind gusts and the study of a flight plan allowing the kite to stay in flight without wind and without the use of embedded energy.A total of 13 prototypes were developed during this thesis, a patent is being filed and a company using the results of the thesis is being created.

L’introduction d’une espèce en milieu isolé est souvent associée à une perte de la variation génétique, c’est l’effet fondateur. Les pressions de sélection peuvent également différer du milieu d’origine, accélérant la divergence de la population introduite. En 1896, environ 220 cerfs de Virginie (Odocoileus virginianus) provenant de la rive sud du fleuve Saint-Laurent ont été introduits sur l’île d’Anticosti (Québec, Canada) pour développer la chasse sportive. Cette population a rapidement atteint de fortes densités (>20 cerfs/km2) et présente une taille corporelle inférieure à celle de la population source. Ce projet avait comme objectifs d’évaluer le rôle de l’effet fondateur et de la sélection sur la diversité et la structure génétique de la population de cerfs de l’île d’Anticosti. Pour ce faire, la variabilité génétique de cette population a été comparée à la population souche avec des techniques de séquençage à haut débit (GBS). Les résultats montrent une faible différenciation génétique entre la population source et celle de l’île d’Anticosti par rapport à l’ampleur de la différenciation génétique entre les rives nord et sud du Saint-Laurent. L’absence de structuration à l’intérieur de l’île d’Anticosti signifie que la dérive génétique n’a pas eu d’effet significatif lors de la colonisation de l’ensemble de l’île. Ainsi, la grande diversité génétique de la population de cerfs d’Anticosti et sa faible différenciation par rapport à celle du continent suggèrent un faible effet fondateur. Le grand nombre d’individus introduits et la rapide croissance démographique de la population ont sans aucun doute contribué à diminuer la dérive génétique et expliquent le maintien d’une grande diversité génétique. De plus, des loci potentiellement sous sélection ont été associés aux traits phénotypiques précédemment identifiés comme différents entre les deux populations. Ces loci appuient une divergence adaptative de la population insulaire en réponse aux conditions particulières de l’île d’Anticosti. / The introduction of a species is often associated with a loss of genetic variability, referred as the founder effect. Different selection pressures in the colonized environment may also accelerate the genetic divergence of two populations. In 1896, ca. 220 white-tailed deer (Odocoileus virginianus) captured on the southern shore of the St. Lawrence River were introduced on Anticosti Island (Québec, Canada) to develop sport hunting. The absence of predator allowed the population to quickly reached high densities (>20 deer/km2) that affected forest composition because of browsing intensity. Deer body size decreased by half compared to the source population because of their poor-quality diet. Our objectives were to characterize the impacts of the founder effect and selection on the diversity and genetic structure of the deer population on Anticosti Island. We compared the genetic variability of this population to one of the strain populations (Montmagny-L’Islet region) with high throughput sequencing techniques (GBS). The results show a small, albeit significant genetic differentiation, between the source population and Anticosti Island relative to the extent of genetic differentiation between the north and south shores of the St. Lawrence. We found a lack of structuration within the island meaning that the genetic drift did not have a significant magnitude during the colonization of the whole island. The high genetic diversity of the Anticosti deer population and its low differentiation from the mainland suggests a weak founder effect. The large number of introduced individuals and the rapid population growth of the population have undoubtedly helped to reduce genetic drift and explain the maintenance of a great genetic diversity. Loci under putative selection were assigned to the differentiated phenotypic traits supporting an adaptive divergence of the island population.

Les champignons représentent une ressource alimentaire peu connue, mais de bonne qualité nutritive pour les herbivores en raison de leur teneur élevée en protéines. L'objectif principal de notre étude était de déterminer quelles espèces de champignons sont consommées par les cerfs de Virginie à l'île d'Anticosti, Québec, Canada. Pour ce faire, nous avons échantillonné les fèces de 114 cerfs récoltés en 2014 et 2015 sur l'île d'Anticosti. Nous avons extrait l'ADN fongique des fèces et l'avons amplifié à l'aide d'une réaction en chaîne par polymérase (PCR). L'ADN fongique amplifié a été séquencé par la méthode Illumina pour identifier les espèces de champignons consommées. Nos résultats démontrent que les cerfs échantillonnés semblent avoir consommé de manière directe plus de 580 espèces de champignons présentes sur l’île. Les adultes consomment une plus grande diversité de champignons que les juvéniles et la diversité de champignons consommée par les cerfs varie beaucoup d'une année à l'autre. Les résultats de cette étude permettent de mieux comprendre les besoins alimentaires du cerf de Virginie et le rôle des champignons dans leur alimentation. / Mushrooms represent a little known source of food for herbivores despite their high quality provided by their high protein content. The main objective of this study was to determine which mushroom species were consumed by white-tailed deer on Anticosti Island (Québec, Canada). To do this, we collected 114 fecal samples from deer harvested in 2014 and 2015 on Anticosti Island. Fungi DNA was extracted from feces and amplified via polymerase chain reaction (PCR). Amplified fungi DNA was then sequenced with the method Illumina to identify mushroom species consumed by deer. Deer harvested appear to have consumed more than 580 mushroom species directly. We showed that adults consumed a higher mushroom diversity than juveniles and mushroom diversity consumed by deer varied greatly annually. Our results help understanding white-tailed deer food requirements and the role of mushrooms in their diet.

La plasticité digestive est reconnue comme un trait adaptatif permettant aux individus de faire face à des variations de la qualité nutritive des ressources alimentaires. Nous avons comparé la morphologie digestive et la digestibilité du brout ligneux des cerfs de Virginie introduits à l’île d’Anticosti avec celle des cerfs de la population continentale source. Plusieurs traits de la morphologie digestive se sont avérés être plus grands chez le cerf à l’île d’Anticosti que chez le cerf continental. Toutefois, peu de différences ont été détectées au niveau de la digestibilité entre les deux populations. La plasticité digestive, particulièrement au niveau du rumen-réticulum, semble impliquée dans la réponse digestive du cerf face aux conditions alimentaires sous-optimales de l’île d’Anticosti et contribue probablement à améliorer son efficacité digestive. / Digestive plasticity is recognized as an adaptive trait that enables individuals to cope with variations in the quality of food resources. We compared the digestive morphology and the digestibility of woody browse of introduced deer from Anticosti Island and deer from the mainland source population. Several measurements of the digestive organs of deer from Anticosti Island were larger compared to the continental deer. However, no clear differences were detected in plant digestibility between the two populations. Digestive plasticity, especially at the rumen-reticulum scale, appears to play a central role in the digestive response to low-quality food conditions faced by deer on Anticosti Island and probably contributes to improve digestive efficiency.

Les populations d'herbivores, particulièrement celles soustraites à l'influence de prédateurs, peuvent atteindre des densités élevées et subir des variations fortes et souvent imprévisibles de leurs effectifs, compromettant l'intégrité de leurs habitats et rendant leur gestion difficile. Les problématiques de surabondance d'ongulés sont répandues dans plusieurs régions du monde, notamment à l'île d'Anticosti (Québec, Canada), où le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) a été introduit. En utilisant des données transversales sur la structure d'âge, la reproduction et la condition corporelle, ma thèse tente de comprendre comment les facteurs environnementaux induisent des variations intergénérationnelles, annuelles et spatiales dans la démographie de la population de cerfs à l'île d'Anticosti. Je teste également si une intensification expérimentale de la chasse aux cerfs sans bois permet de réduire les densités de cerfs et favorise la croissance de la végétation. Mes résultats révèlent que 25 ans de broutement chronique ont entraîné une diminution de la masse corporelle des cerfs et de la production de jumeaux, alors que le taux de fertilité des femelles est demeuré constant. Des analyses de séries temporelles avec des indices de densité n'ont pas identifié d'effets dépendant de la densité. Pourtant, les taux de survie et de reproduction lors des 20 dernières années étaient faibles les années à haute densité, lors des printemps secs où la productivité végétale était faible, ainsi que lors d'automnes neigeux. L'automne s'est révélé crucial pour l'accumulation de réserves corporelles, mais la condition corporelle était par contre compromise par la densité, les habitats faibles en herbacées et l'effort reproducteur. La conception des femelles était pour sa part affectée par les automnes neigeux et par la densité pour les jeunes primipares, mais ce sont les habitats ouverts et les hivers doux qui favorisaient le succès au sevrage. La chasse aux cerfs sans bois n'a pas permis de diminuer les densités de cerfs. Ma thèse illustre comment la gestion de la surabondance des populations d'herbivores est complexe étant donné la prédominance de mécanismes dépendants de la densité, mais également du rôle des facteurs stochastiques durant chaque saison. Cette étude, effectuée chez une population à haute densité et au Nord de son aire de répartition, démontre comment la plasticité phénotypique individuelle permet à la population de se maintenir en dépit de conditions environnementales rigoureuses.

Cette thèse propose de rapprocher l'histoire naturelle du cerf, appréhendée à travers les écrits des naturalistes et des veneurs, de l'ethnohistoire de l'Europe occidentale. Il s'agit donc de confronter des récits censés être vrais parce que fondés sur des faits observables, à des récits explicitement imaginaires. Nous avons modifié la définition du mythème développée par Claude Lévi-Strauss, à partir des termes narratifs (T) et leur inverse (T-1), et des fonctions narratives (F) et leur inverse (F-1). Nous définissons le mythème comme la combinaison des quatre versions possibles d'un récit, la version TF et la version contraposée T-1F-1, mais aussi les variantes TF-1 ou T-1F ; à la suite de Lévi-Strauss, nous considérons un mythe comme l'ensemble de ses variantes. Comme les objets réels existent indépendamment des usages et des représentations que peuvent en avoir les communautés humaines, des mythèmes ont été formulés relativement au cerf, à sa place dans l'environnement, aux bonnes façons d'employer son cœur, son cuir ou son bois pour signifier le cours du temps ou le destin des hommes. Nous avons isolé une vingtaine de ces mythèmes et les avons classés par ordre croissant d'abstraction, en considérant que chacun d'eux permettait de figer une relation entre termes et fonctions narratives, ou de résoudre une dissonance cognitive. Pour autant, aucun récit ne prétend relier entre eux tous ces mythèmes. La plupart ne sont reliés entre eux que de façon elliptique, la narration ne donnant pas les détails nécessaires à la vraisemblance ou à la véracité des récits. Pour y remédier, nous montrons l'existence, dans les rites religieux contemporains de Bretagne, d'un repérage cohérent des directions cardinales et intermédiaires, fondé sur les levers et couchers solaires aux solstices. A partir des indications horaires et directionnelles, puis des indications horaires et calendaires, nous restituons les dates dédiées aux saints hommes au cerf, l'agencement des sites de culte entre eux et la forme des trajets de procession, au solstice d'été. Par extrapolation à des niveaux supérieurs de l'échelle des grandeurs spatiales, nous restituons trois types de parcours rituels ; en l'état actuel du dossier, la relation entre le rite et son ampleur territoriale ne permet pas de présumer de la fonction sociale des trajets à l'échelle nationale ou européenne. En extrapolant aux niveaux inférieurs de l'échelle temporelle nous restituons les " unités " de calcul calendaire inférieures à la journée, en particulier la fréquence cardiaque de repos (60 battements par minute chez l'Homme). Le rapprochement est fait entre la métrique temporelle, écartelé entre ses cadences rapide (le pouls cardiaque) et lente (la précession des équinoxes), et la métrique spatiale, opposant le microcosme domestique au macrocosme borné par la " sphère des fixes ". S'en déduit intuitivement la fonction sociale des thèmes relatifs aux niveaux inférieurs des échelles de grandeur: le cœur, la maisonnée, etc... Une interprétation distincte des rites estivaux et hivernaux est alors proposée, à partir des récits mythiques des Celtes insulaires.

Deux enquêtes épidémiologiques mises en place dans les forêts de Brotonne et de Mauny, en Normandie, ont montré que la tuberculose à Mycobacterium bovis était présente à des pourcentages de prévalence importants chez les cerfs élaphes (Cervus elaphus) et les sangliers (Sus scrofa). La souche de M. bovis isolée est la même que celle qui circule dans les élevages bovins voisins depuis au moins 1995. Les sensibilité, spécificité et valeurs prédictives de l'examen nécropsique en tant qu'outil diagnostique indiquent qu'il peut être utilisé pour suivre la maladie dans les populations de cerfs élaphes où la tuberculose bovine est bien installée. La différence du cadre lésionnel entre les cerfs et les sangliers suggère que le cerf joue un rôle plus important dans la dissémination de l'infection. Un modèle déterministe montre qu'une stratégie de lutte fondée sur l'éradication des cerfs élaphes et sur un ramassage exhaustif de viscères permettrait d'obtenir une disparition de l'infection.

Au cours des 60 dernières années le développement des infrastructures de transports (Autoroutes, Lignes Grandes Vitesse, Nationales doubles voies) a fragmenté l'habitat des cerfs élaphe (Cervus elaphus). D'après les observations naturalistes, cette anthropisation a causé la fragmentation de deux populations géographiques existantes en sept dans la partie Sud et d'une en trois dans la partie Nord. Afin d'évaluer l'impact de ces infrastructures sur la structuration génétique de ces populations de cerfs, nous avons échantillonné chacune de ces populations grâce à la coopération de trois fédérations de chasse. Le cours laps de temps écoulé depuis la construction de ces infrastructures nous a conduits à choisir comme marqueurs moléculaires les microsatellites, efficaces dans l'inférence d'évènements récents. Les nouvelles techniques de séquençages (NGS) permettent d'obtenir d'importants jeux de données rapidement, nous avons choisi d'utiliser ces méthodes de séquençage pour obtenir nos données. Aucun logiciel ne permettant de traiter les données de séquençage haut débit des microsatellites pour des espèces dont le génome n'est pas complètement séquencé, nous avons alors réalisé un programme, MicNeSs qui permet de génotyper rapidement et objectivement (sans intervention humaine) un grand nombre d'individus et de locus. Nous avons utilisé MicNeSs pour génotyper 345 individus pour 17 locus microsatellites. A partir de ce jeu de données, nous avons montré l'existence d'une structuration génétique des populations de cerfs élaphe en Île-de-France en liaison avec les infrastructures routières et ferroviaires. Nous avons mis en évidence un effet fort des jumelages autoroutes/LGV et une efficacité différentielle des passages grande faune de 2ème et 3ème génération sur les populations de cerfs élaphe en Île-de-France. / During the last 60 years, the development of urban areas, main roads, highways and railways in Île de France, has fragmented the habitat of the red deer (Cervus elaphus). According to naturalistic observations, it caused the fragmentation of the two existing putative populations in the South in to seven putative populations and one in three in the North.In order to estimate the impact of the infrastructure on the genetic structure of these populations we sampled each of the putative population with the help of three hunting societies. Due to the short time passed since the first highway construction we chose microsatellite loci as molecular markers, efficient in the inference of recent events. The next generation sequencing (NGS) enable to have quickly important data set, we chose to use this technic to obtain our data. No software permits to treat microsatellites data from NGS for the species without complete genome, we made one program, MicNeSs which genotypes quickly and objectively a lot of individuals and loci. We used MicNeSs to genotype 345 individuals for 17 microsatellite loci. With this data set we showed the presence of a genetic structure of the red deer populations in association with the road and rail infrastructure. We highlighted a strong impact of the paired of highway/railway and a differential efficiency of the wildlife passages of the second and third generation on the red deer populations in Île-de-France.