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Análise de materiais biológicos usando o coeficiente de atenuação linear / Biological Material Analisis using linear attenuation coefficientsLeonardo Diniz Hipolito Soares 27 October 2015 (has links)
O conhecimento do coeficiente de atenuação linear (µ) é de extrema importância para estudos de contraste em imagens de radiodiagnóstico, dose e caracterização de materiais. Parâmetros como a densidade eletrônica (?e), o número atômico médio (Z¯), entre outros, podem ser determinados a partir do coeficiente de atenuação linear em diferentes energias. A proposta deste trabalho é determinar experimentalmente coeficientes de atenuação linear de 80 amostras de tecidos mamários (classificadas previamente como tecido adiposo, tecido glandular, fibroadenoma ou carcinomas) e, posteriormente, extrair parâmetros que possibilitem a caracterização e diferenciação desses tecidos. Os coeficientes de atenuação linear foram medidos usando geometria de feixe estreito, no intervalo de energia entre 10 e 50 keV, utilizando um tubo de raios X com anodo de tungstênio (W) e um detector dispersivo em energia de Si (SDD). Dois modelos de parametrizações foram utilizadas para extrair ?e e Z¯. As metodologias de determinação de µ e de parametrização foram validadas utilizando 8 materiais equivalentes a tecido (4 soluções e 4 sólidos). Os resultados obtidos para tecidos mamários foram comparados com predições teóricas, obtidas usando a regra das misturas, e com dados experimentais previamente publicados, apresentando diferenças máximas de até 7%. Foram também estudadas as variações de µ intra- e inter-amostras de um mesmo grupo, obtendo variações máximas de 5% e 12%, respectivamente. Foi mostrado que o coeficiente de atenuação linear consegue distinguir apenas o tecido adiposo dos demais grupos de tecidos para energia menores de 24 keV. Finalmente, foi elaborado um modelo de diagnóstico, baseados nos parâmetros ?e e Z¯. As análises estatísticas mostram que 71% das amostras foram classificadas corretamente. / The knowledge of the linear attenuation coefficient (µ) is of extreme importance for radiodiagnostic image contrast studies, dose and material characterization. Parameters as electronic density (?e), average atomic number (Z¯), among others, can be determined using the linear attenuation coefficient at different energies. The purpose of this work is to experimentally determine the linear attenuation coefficient of 80 mammary tissues samples (classified as adipose tissue, glandular tissue, fibroadenoma or carcinoma) and then extract parameters that allow the characterization and differentiation of those tissues. The linear attenuation coefficients were measured using narrow bean geometry, with an energy interval between 10 and 50 keV, using a x-ray tube with a tungsten (W) anode and a Silicon energy dispersive detector (SDD). Two parameterization models were used to extract ?e and Z¯. The methodologies of determination of µ and parameterizations were validated using 8 tissue equivalent materials (4 solutions and 4 solids). The results obtained for mammary tissues were compared with theoretical predictions, using the mixture rule, and with previously published experimental data, presenting maximum differences of 7%. Intra and between samples variations of the same group were also studied, obtaining maximum variations of 5% and 12%, respectively. The linear attenuation coefficient was able to differentiate only the adipose tissue from others tissues groups, for energies below 24 keV. At last, a diagnostic model was elaborated, based on ?e and Z¯ parameters. The statistical analysis showed that 71% of the samples were correctly classified.
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Adubação potássica e lâminas de irrigação na produção de biomassa e óleo essencial do manjericão (Ocimum basilicum L.) / Potassium fertilization and water depth on biomass production and essential oil of basil (Ocimum basilicum L.)Jefferson Vieira José 02 October 2014 (has links)
O manjericão é uma das ervas mais populares e úteis na culinária, devido ao seu aroma delicado e à sua fragrância. As principais formas de utilização são o manjericão fresco, seco ou o óleo essencial, sendo esta última a forma que apresenta maior valor agregado. As necessidades hídricas e a adubação potássica são uns fatores importantes nos parâmetros de produtividade de biomassa e óleo essencial de manjericão. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de diferentes lâminas de irrigação e doses de potássio sobre a produção de biomassa e óleo essencial de manjericão variedade \"Lampião\", originária da coleção do IAC (Instituto Agronômico de Campinas), em três períodos de colheita. O experimento foi instalado sob um delineamento experimental e em esquema fatorial 4 x 4, em blocos aleatorizados com parcelas subdivididas, constando de quatro lâminas de irrigação necessária para elevar a água do solo à capacidade de campo: L1 - 100% CAD, L2 - 75% CAD, L3 - 30% CAD, L4 - sem irrigação e quatro doses de potássio; D1 - 0 kg de K2O ha-1, D2 - 50 kg de K2O ha-1, D3 - 100 kg de K2O ha-1 e D4 - 200 kg de K2O ha-1. A área experimental foi constituída de 48 parcelas, cada parcela com 2,5 m de comprimento e 2,0 m de largura. O sistema de irrigação utilizado foi o gotejamento, adotando o manejo de irrigação com estimativa da umidade do solo por meio de dados da sonda de capacitância, modelo Diviner 2000®. Foi quantificado o consumo hídrico do manjericão e estimou-se o coeficiente de cultura (Kc) relacionando-o à soma de graus dia (GD) e ao índice de cobertura vegetal (IC). A evapotranspiração da cultura (ETc), em mm d-1 foi determinada com o auxílio de três lisímetros de drenagem, fazendo-se o balanço de entradas e saídas de água. A evapotranspiração de referência (ETo), em mm d-1 foi estimada pelo método Penman-Monteith, preconizado pela FAO-56, para obter o Kc. Foram avaliadas as variáveis de produção de mudas, de crescimento, produção de biomassa e rendimento de óleo essencial. O consumo hídrico da cultura foi de 71 mm, 103 mm e 187 mm, correspondendo aos valores médios de 1,03; 1,84 e 3,07 mm d-1 nos períodos de cultivos I, II e III, respectivamente. Observou-se variações nos valores de Kc decorrentes das condições climáticas e das fases fenológicas da cultura. Os valores máximos e mínimos dos Kc foram 0,37-0,23; 0,60-0,27; 1,00-0,38 e 1,15-0,82 para as fases fenológicas I, II, III e IV, respectivamente. A estimativa do Kc em função do GD e do IC foram significativas para a cultura nos três períodos de cultivos. O modelo da área, AF=10(0,92327 Aelipse), que utilizou a área da elipse (C L (?/4)), mostrou-se o mais adequado para a estimativa da área foliar do manjericão. As lâminas de irrigação e doses de potássio apresentaram incremento no rendimento de óleo essencial. Houve um maior acréscimo no rendimento de óleo essencial referente às lâminas de irrigação do que as doses de potássio. / Basil is one of the most popular and useful herbs in cooking due to its delicate aroma and fragrance. The main forms of using basil are fresh, dried or essential oil, being this last one the form with higher value added. The assessment of water requirement associated with potassium fertilization is an important factor in the productivity parameters of biomass and essential oil of basil. This study aimed to evaluate the effect of irrigation depths and potassium rates on biomass and essential oil of basil variety \"Lampião\" in three periods. The experiment was conducted in an experimental randomized block design with split plots consisting of four depths of irrigation needed to raise the water from the soil to field capacity: L1 - 100% FC, L2 - 75% FC, L3 - 30% FC, L4 - without irrigation and four potassium rates; D1 - 0 K2O kg ha-1, D2 - K2O 50 kg ha-1 D3 - 100 kg ha-1 K2O and D4 - 200 kg ha-1 K2O. The experimental area consisted of 48 plots, each plot with 2.5 m in length and 2.0 m wide, totaling 5.0 m2. The irrigation system used was dripping, adopting the irrigation management by estimating the soil moisture using data from capacitance probe, Diviner 2000 ® model. The water consumption of basil was quantified and the crop coefficient (Kc) was estimated relating it to the sum of degree days (DD) and the index of vegetation cover (IVC). Through three drainage lysimeters, being the crop evapotranspiration accounting (ETc) in mm d-1, held by the inputs and outputs of water, and the reference evapotranspiration (ETo) in mm d-1 estimated by Penman-Monteith method, recommended by the FAO-56. The variables analyzed were the variables of seedling production, growth, biomass production and essential oil yield. The crop water consumption was 70.91 mm, 103 mm and 187 mm, corresponding to an average value of 1.03; D 1.84 and 3.07 mm-1 crops during periods of I, II and III, respectively. It was observed variations in the values of Kc due to climate conditions and phenological stages. The maximum and minimum values of Kc were 0.37 to 0.23; 0.60 to 0.27; 1.00 to 0.38 and 1.15 to 0.82 for the phenological stages I, II, III and IV, respectively. The estimate of Kc as a function of DD and IVC were highly significant for culture in the three periods of crops. The AF=10(0,92327 Aelipse), which was used the area of the ellipse as (CL (?/4)), proved the most suitable for the estimation of basil leaf area index. The irrigation and potassium levels showed an increase in oil yield. There was a greater increase in oil yield related to irrigation than the potassium.
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Ebulição convectiva de refrigerantes halogenados escoando no interior de tubos horizontais de cobre / Convective boiling of halocarbon refrigerants flowing in horizontal copper tubesCarlos Umberto da Silva Lima 07 April 2000 (has links)
A presente pesquisa teve por objetivo o estudo da ebulição convectiva dos novos refrigerantes halogenados no interior de tubos horizontais de cobre. Uma busca na literatura pertinente ao assunto mostrou que a determinação do coeficiente de transferência de calor pode ser determinado por correlações que, aqui, foram classificadas como: 1- Estritamente Convectivas, 2- Superposição de Efeitos e 3- Estritamente Empíricas. Essas correlações mostraram-se inadequadas a generalizações. Uma bancada experimental foi concebida e construída, o que permitiu a obtenção de dados experimentais envolvendo uma ampla faixa de condições operacionais. Efeitos de parâmetros físicos como a velocidade mássica, fluxo de calor, temperatura de saturação e título, foram investigados. Os dados experimentais obtidos foram utilizados no desenvolvimento de uma correlação para o coeficiente de transferência de calor na ebulição convectiva que satisfizesse adequadamente esses dados obtidos para condições operacionais típicas de aplicações frigoríficas. A partir da análise efetuada foi proposto um modelo no qual foram introduzidos os adimensionais que envolvem os principais efeitos relacionados à mudança de fase. O modelo proposto apresentou resultados bastante adequados não apenas na correlação dos resultados experimentais obtidos na presente pesquisa como também em dados encontrados na literatura. / Present research has aimed at the study of convective boiling of recently introduced halocarbon refrigerants inside horizontal copper tubes. A comprehensive literature survey has revealed that the correlations for the convective boiling heat transfer coefficient can be divided into three main categories: (1) strictly convective; (2) superposition of effects; (3) strictly empirical. As a general rule these correlations are not fitted for generalizations. An experimental set up has been developed and constructed in order to raise data involving a relatively wide range of operational conditions. These data have been used to investigate effects of such parameters as heat flux, mass velocity, quality and evaporating temperature. In addition gathered data have been used in the development of a correlation for the heat transfer coefficient under convective boiling conditions typical of refrigeration applications. The model has been developed in terms of the main intervening non dimensional groups. The proposed equation correlated very well not only experimental data from present investigation but data obtained else where.
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Evolução da mortalidade infantil, segundo óbitos evitáveis: macrorregiões de saúde do Estado de Santa Catarina, 1997-2008 / Describing infant mortality rate according to death avoidance: Santa Catarina, 1997 2008Clarice Pires Pacheco 31 January 2011 (has links)
INTRODUÇÃO: A busca do entendimento das causas da mortalidade humana está relacionada diretamente ao conhecimento das condições de vida de uma população. Reduzir a mortalidade de crianças é uma das principais metas das políticas de saúde para a infância em todos os países. No Brasil, apesar da redução da mortalidade infantil (MI) observada nos últimos anos, existem, porém, grandes diferenciais do CMI entre algumas populações. OBJETIVO: Estudar a evolução da mortalidade infantil no Estado de Santa Catarina e a tendência de queda dos óbitos infantis evitáveis nas nove Macrorregiões Estaduais de Saúde do Estado, no período de 1997- 2008. METODOLOGIA: Estudo ecológico de séries temporais com cálculo e análise do CMI, segundo componentes e critérios de evitabilidade para óbitos ocorridos nas nove Macrorregiões catarinenses, no período entre 1997-2008. Foram analisadas, por regressão linear simples, as médias trianuais dos óbitos evitáveis, segundo Macrorregiões, no mesmo período. RESULTADOS: analisados 15.146 óbitos ocorridos no primeiro ano de vida, observou-se que 51por cento , aconteceu entre 0 e 6 dias,13,8por cento entre 7 e 27 dias e 35,8por cento , de 28 a 364 dias de vida. O Estado de Santa Catarina registra um dos menores CMIs do país e apresentou queda de 27,2por cento , principalmente às custas do componente pós-neonatal, mostrando, no entanto, preocupantes taxas de mortalidade infantil por óbitos evitáveis (58,6por cento ) e importantes diferenças no CMI entre as Macrorregiões catarinenses. O CMI por óbitos evitáveis do Planalto Serrano (11,90/00NV) foi o dobro da Macrorregião Nordeste (5,70/00NV). CONCLUSÕES: apesar do declínio do CMI, o Estado de Santa Catarina apresentou estabilização das taxas da MI para o componente neonatal e elevado índice de óbitos evitáveis, com diferenças substanciais das suas taxas entre as Macrorregiões, no período estudado. Essa realidade aponta para a necessidade urgente de estudos sequenciais que elucidem esses fatos, a fim de que intervenções ajustadas ás populações estudadas possam vir a acontecer, diminuindo as mortes infantis no território catarinense / INTRODUCTION: The pursuit for understanding the causes of human mortality is related straight to the knowledge of a living society conditions. The reduction of child mortality is the major goal of children health policies in all countries. In Brazil, despite of the infant mortality reduction observed in recent years, there are, however, huge differences of Infant mortality rate between populations. OBJECTIVE:In order to study the infant mortality evolution in the Santa Catarina State and the downward trend of avoidable child deaths in nine Health Macro-regions in the State, in each triennium from 1997 to 2008. METHODS: An ecological time series studies with calculation and analysis of Infant mortality rate second components of the infant mortality, in the nine Santa Catarina Macro-regions (Brazil) for avoidability deaths in a period between 1997 and 2008, the triennial averages of avoidable deaths, by regions in the same period, were analyzed by simple linear regression. RESULTS: Was analyzed 15,146 deaths in the first year of life between1997- 2008, the data showed that 51per cent of the total occurred from 0 to 6 of life days, 13.8per cent between 7 and 27 days and 35.8per cent of 28 to 364 days of life, the state of Santa Catarina showed a decline of CMI (27.2per cent), mainly due to a postneonatal fees period, showing, however alarming rates of infant mortality from preventable deaths (58.6per cent) and important differences among SC regions of the CMI. CONCLUSIONS: Despite the decline of CMI, the state of Santa Catarina showed stabilization of the neonatal ID and high rate of avoidable deaths, with significant differences in their rates among regions, in the study period. This reality leads to the urgent need for sequential studies that will elucidate these facts, so that interventions set to a studied of a specific populations may happen, reducing child deaths in the territory of Santa Catarina
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Modelagem do coeficiente de sorção do solo de poluentes orgânicos persistentes no meio ambiente / Modeling of soil sorption coefficient from persistent organic pollutants in the environmentOlguín, Carlos José Maria 17 February 2017 (has links)
Submitted by Edineia Teixeira (edineia.teixeira@unioeste.br) on 2017-09-04T17:30:26Z
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Previous issue date: 2017-02-17 / The soil sorption coefficient normalized for organic carbon content (Koc) is a physicochemical parameter used in environmental risk assessments to determine the final destination of chemicals released in the environment. So, in oreder to predict this parameter, several models were proposed based on the relationship between LogKoc and LogP. The difficulty and cost to obtain experimental values of LogP have drawn to the algorithms development to calculate those values. Thus, in the first paper of this thesis, several free algorithms were considered to calculate LogP, and it was concluded that the best QSPR models to predict soil sorption coefficient of organic nonionic compounds were obtained using ALOGPs, KOWWIN and XLOGP3 algorithms. This study demonstrated the importance and usefulness of the statistical equivalence test used, since it allowed us to state that the models obtained from the considered algorithms are statistically equivalent. In this study, the both importance and usefulness of the statistical equivalence test were proved. These data allowed us to state that the models that have been obtained from the algorithms are statistically equivalent. Thus, in the impossibility of obtaining LogP values based on one of the algorithms, values obtained by another one of them can be used. It was also observed that the models presented in this study presented statistical quality and predictive capacity compatible with more complex models recently published in the area. In addition, it is a well accepted practice in the area the requirement to validate the prediction of a QSPR model from a data set that was not used in the model generation. In this context, some studies have explored the impact that several sizes of training sets would have on the predictive capacity of the generated QSPR models, consequently not reaching conclusive results. Thus, the second paper has been shown that, from not so large training sets, statistically equivalent QSPR models can be developed and that these models have similar predictive capacity to those ones created from a larger training set. Therefore, models were generated considering LogP values of the total training set, calculated with the ALOGPs algorithm and also with subsets of itself (i.e., halves, quarters and eighths). This study, just like the previous one, has confirmed the importance of using the statistical equivalence test since it was ascertained that, following the adopted procedures, the models obtained with subsets of the training set are statistically equivalent / O coeficiente de sorção do solo normalizado para o conteúdo de carbono orgânico (Koc) é um parâmetro físico-químico utilizado em avaliações de risco ambiental e na determinação do destino final das substâncias químicas lançadas na natureza. Vários modelos para prever este parâmetro foram propostos com base na relação entre LogKoc e LogP. A dificuldade e o custo para a obtenção de valores experimentais de LogP levaram ao desenvolvimento de algoritmos para calculá-los. Assim, no primeiro artigo desta tese foram considerados diversos algoritmos gratuitos para cálculo de LogP, e concluiu-se que os melhores modelos QSPR para predizer o coeficiente de sorção do solo de compostos orgânicos não iónicos foram obtidos usando os algoritmos ALOGPs, KOWWIN e XLOGP3. Neste estudo, foram demonstradas a importância e a utilidade do teste de equivalência estatística utilizado, dados que nos permitiram afirmar que os modelos obtidos dos algoritmos considerados são estatisticamente equivalentes. Assim, na impossibilidade de obterem-se valores de LogP a partir de um dos algoritmos, valores obtidos por outro podem ser usados. Verificou-se ainda que os modelos apresentados neste estudo possuem qualidade estatística e capacidade de predição compatíveis à de modelos mais complexos, publicados recentemente na área. Adicionalmente, a necessidade de se realizar a validação da predição de um modelo QSPR a partir de um conjunto de dados que não foi utilizado na geração do modelo é uma prática bem aceita na área. Nesse contexto, alguns trabalhos exploraram o impacto que diversos tamanhos de conjuntos de treinamento teriam na capacidade de predição dos modelos QSPR gerados, não chegando a resultados conclusivos. Assim, no segundo artigo desta tese, foi mostrado que, a partir de conjuntos de treinamento não tão grandes, modelos QSPR estatisticamente equivalentes podem ser desenvolvidos e que tais modelos têm capacidade de predição similar daqueles criados a partir de um conjunto de treinamento maior. Para isto, modelos foram gerados considerando valores de LogP do conjunto de treinamento total, calculados com o algoritmo ALOGPs e também com subconjuntos do mesmo (i.e., metades, quartos e oitavos). Este estudo, assim como o anterior, confirmou a importância do uso do teste de equivalência estatística utilizado nesta tese já que foi verificado que, seguindo os procedimentos adotados, os modelos obtidos com subconjuntos do conjunto de treinamento são estatisticamente equivalentes.
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Equil?brio l?quido-vapor do sistema tern?rio etanol + ?gua + 1-etil-3-metil imidaz?lio cloreto: experimental e modelagem termodin?mica / Liquid-vapor equilibrium of the ternary system Ethanol +Water + 1 ? ethyl ? 3-methylimidazolium chloride: experimental and thermodynamic modelingSilva, Camila de Souza 02 August 2016 (has links)
Submitted by Celso Magalhaes (celsomagalhaes@ufrrj.br) on 2017-06-14T14:33:49Z
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Previous issue date: 2016-08-02 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Equilibrium data at low and high pressures are important to correct establish conditions of temperature and pressure for separation processes, and to supply the capacity of the solvent, the compositions of the phases and the selectivity of the solvent. The separation of ethanol-water system is of great importance for the industry due to numerous applications of anhydrous ethanol. In all of these applications, ethanol must be free of water and it is necessary to add a third component in the distillation to break the azeotrope. It can be add different solvents, as benzene, hexane, ethyleneglycol, salts, and, in the last years, many studies have been done with ionic liquids. So, the purpose of this work is to use an ionic liquid (1-ethyl-3-methylimidazolium chloride) as the third component, looking for the ethanol dehydration. Because of that, it was done a study to evaluate the effect of this ionic liquid in the liquid-vapor equilibrium behavior between water and ethanol. Experimental data were measured, in triplicate, under normal pressure, in an Othmer-type ebulliometer (300 mL of volume), with two condensers, and made of borosilicate glass. The sample analysis was done in a digital densimeter. The ionic liquid used was recovered from one solution to another, just by adding the required amount to complete each mass fraction. Experimental data was measured with ethanol-water solutions varying the molar concentrations from 0.2 to 0.99, and ionic liquid weight fraction masses from 5 to 60%, to evaluate the behavior of the equilibrium data of the ethanol+water+[emim][Cl] system. The experiments showed that [emim][Cl] with a minimum mass fraction of 20% is a promising solvent because it could ?break? the azeotrope between water and ethanol, and higher mass fraction of ionic liquid were better to enrich the vapor phase in ethanol. NRTL model was used to correlate experimental vapor-liquid equilibrium of the ternary system, estimating the binary parameters, applying the bubble point methodology. The deviations of temperature and vapor phase composition were 0.147 ?C and 0.049, respectively. The relative volatility was greater than 1 for the mass fractions from 20%. The activity coefficients decrease with the increase in the molar concentration of ethanol. Values of the excess Gibbs free energy show a positive deviation for all mass fractions worked, and the experimental data were consistent thermodynamically / Os dados de equil?brio a press?es baixas e elevadas s?o importantes para estabelecer as condi??es corretas de press?o e temperatura para os processos de separa??o e para fornecer a capacidade do solvente, as composi??es das fases e a seletividade do solvente. A separa??o do sistema etanol-?gua ? de grande import?ncia para a ind?stria devido a numerosas aplica??es do etanol anidro. Em todas essas aplica??es, o etanol deve ser livre de ?gua e, para isso, ? necess?rio adicionar um terceiro componente na destila??o para quebrar o aze?tropo. Podem ser adicionados diferentes solventes como o benzeno, hexano, etilenoglicol, sais e, nos ?ltimos anos, tem-se visto muitos estudos com l?quidos i?nicos. Com isso, o objetivo deste trabalho ? a utiliza??o de um l?quido i?nico (1-etil-3-metil imidaz?lio cloreto) como terceiro componente, visando a desidrata??o do etanol, al?m da avalia??o do efeito deste l?quido i?nico no comportamento do equil?brio l?quido-vapor entre a ?gua e o etanol. Os dados experimentais foram medidos, em triplicata, sob press?o normal, em um ebuli?metro tipo Othmer (300 mL de volume), com dois condensadores, feitos de vidro de borosilicato. As determina??es das amostras foram feitas em um dens?metro digital. Os dados foram medidos com solu??es de etanol-?gua em diferentes concentra??es molares (0,2 a 0,95), variando a fra??o m?ssica de l?quido i?nico de 0,05 a 0,60, para avaliar o comportamento dos dados de equil?brio do sistema etanol-?gua-[emim][Cl].Os resultados mostraram que o [emim][Cl] ? um solvente promissor, pois "quebra" o aze?tropo entre a ?gua e etanol a partir de 20% de l?quido i?nico, e a concentra??o de etanol na fase vapor foi maior com o aumento da fra??o m?ssica de LI.O modelo NRTL foi utilizado para correlacionar os dados experimentais de equil?brio, estimando-se os par?metros bin?rios, aplicando-se a metodologia do ponto de bolha. Os desvios em rela??o ? temperatura e a composi??o molar da fase vapor foram 0,147 ?C e 0,049, respectivamente. O l?quido i?nico, recuperado de uma solu??o para outra, passou por uma an?lise de RMN para avaliar se n?o houve altera??o na sua estrutura e, constatou-se que, ap?s ser recuperado, e novamente reutilizado, o solvente n?o perdeu as caracter?sticas originais. As volatilidades relativas foram superiores a 1 para as fra??es m?ssicas a partir de 20%, confirmando a quebra do aze?tropo. A energia livre de Gibbs em excesso apresentou valores que mostram um desvio positivo para todas as fra??es m?ssicas trabalhadas e os dados experimentais foram consistentes termodinamicamente
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Seleção e análise de associação genômica em dados simulados e da qualidade da carne de ovinos da raça Santa Inês / Genomic selection and association analysis in simulated data and meat quality of Santa Inês sheep breedSimone Fernanda Nedel Pértile 19 August 2015 (has links)
Informações de milhares de marcadores genéticos têm sido incluídas nos programas de melhoramento genético, permitindo a seleção dos animais considerando estas informações e a identificações de regiões genômicas associadas às características de interesse econômico. Devido ao alto custo associado a esta tecnologia e às coletas de dados, os dados simulados apresentam grande importância para que novas metodologias sejam estudadas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método ssGBLUP utilizando pesos para os marcadores genéticos, informações de genótipo e fenótipos, com ou sem as informações de pedigree, para seleção e associação genômica ampla, considerando diferentes coeficientes de herdabilidade, presença de efeito poligênico, diferentes números de QTL (quantitative trait loci) e pressões de seleção. Adicionalmente, dados de qualidade da carne de ovinos da raça Santa Inês foram comparados com a os padrões descritos para esta raça. A população estudada foi obtida por simulação de dados, e foi composta por 8.150 animais, sendo 5.850 animais genotipados. Os dados simulados foram analisados utilizando o método ssGBLUP com matrizes de relacionamento com ou sem informações de pedigree, utilizando pesos para os marcadores genéticos obtidos em cada iteração. As características de qualidade da carne estudadas foram: área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, cor, pH ao abate e após 24 horas de resfriamento das carcaças, perdas por cocção e força de cisalhamento. Quanto maior o coeficiente de herdabilidade, melhores foram os resultados de seleção e associação genômica. Para a identificação de regiões associadas a características de interesse, não houve influência do tipo de matriz de relacionamento utilizada. Para as características com e sem efeito poligênico, quando considerado o mesmo coeficiente de herdabilidade, não houve diferenças para seleção genômica, mas a identificação de QTL foi melhor nas características sem efeito poligênico. Quanto maior a pressão de seleção, mais acuradas foram as predições dos valores genéticos genômicos. Os dados de qualidade da carne obtidos de ovinos da raça Santa Inês estão dentro dos padrões descritos para esta raça e foram identificas diversas regiões genômicas associadas às características estudadas. / Thousands of genetic markers data have been included in animal breeding programs to allow the selection of animals considering this information and to identify genomic regions associated to traits of economic interest. Simulated data have great importance to the study of new methodologies due to the high cost associated with this technology and data collection. The objectives of this study were to evaluate the efficiency of the ssGBLUP method using genotype and phenotype information, with or without pedigree information, and attributing weights for genetic markers, for selection and genome-wide association considering different coefficients of heritability, the presence of polygenic effect, different numbers of quantitative trait loci and selection pressures. Additionally, meat quality data of Santa Ines sheep breed were compared with the standards for the breed. The population of simulated data was composed by 8.150 individuals and 5.850 genotyped animals. The simulated data was analysed by the ssGBLUP method and by two relationship matrix, with or without pedigree information, and weights for genetic markers were obtained in every iteration. The traits of meat quality evaluated were: rib eye area, fat thickness, color, pH at slaughter and 24 hours after the carcass cooling, cooking losses and shear force. The results of selection and genomic association were better for the traits with the highest heritability coefficients. For traits with the greater selection pressure, more accurate predictions of the genomic breeding values were obtained. There was no difference between the relationship matrix studied to identify the regions associated with traits of interest. For the traits with and without polygenic effect, considering the same heritability coefficient, they did not show differences in genomic selection, but the identification of the QTL was better for traits without polygenic effect. The meat quality data obtained from Santa Ines sheep breed are in accordance with the standards for this breed and different genomic regions associated to the studied characteristics were identified.
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Diferenciação da cobrança pelo uso de recursos hídricos no setor rural em função do custo de produção de uma cultura e a vazão captada / Differentiation of charging for the use of water resources in rural areas due to the cost of crop production and water drawn flowJussálvia da Silva Pimentel 01 October 2012 (has links)
A Lei nº 9.433/1997 institui a Política Nacional de Recursos Hídricos e cria o Sistema Nacional de Gerenciamento de Recursos Hídricos. Essa estabelece instrumentos que possibilitam a sua implementação e tem como fundamentos estimular a racionalização do uso dos recursos hídricos, o entendimento da água como bem dotado de valor econômico, o uso múltiplo das águas, adoção da bacia hidrográfica como unidade de gestão, entre outros. A cobrança, como instrumento de gestão, tem o objetivo de reconhecer a água como bem econômico, estimular o uso racional e obter recursos para financiamento de obras prioritárias definidas nos planos de bacia de cada comitê. A agricultura apresenta-se como o maior usuário, com cerca de 70% da demanda de água captada no Brasil, isso ocorre devido ao uso da irrigação. O setor rural é responsável pela produção de alimentos e sabe-se da baixa rentabilidade e das variações de custo de produção e preço dos produtos, em função de características climáticas e mercadológicas inerentes ao setor. Com isso, o trabalho propõe um coeficiente para a cobrança pelo uso dos recursos hídricos no setor rural que incorpora o custo de produção de culturas agrícolas e relaciona a vazão captada de água, limitando o valor a ser pago em 2% do custo de produção. Para a determinação do coeficiente foram utilizados os dados de vazão captada obtidos das outorgas emitidas pela ANA entre os anos de 2003 e 2011, expressos em m3 (ha ano)-1 e os dados dos custos de produção obtidos do Agrianual 2011, expressos em R$ (ha ano)-1. Nos dados foram aplicados na equação do cálculo da cobrança pelo uso dos recursos hídricos nas Bacias PCJ de acordo com Resolução CNRH nº 52/2005. Os coeficientes foram determinados para 5 intervalos de classes de vazão captada e custos de produção. Foi obtida uma equação que estima o coeficiente a partir das variáveis de vazão e custo. Esses coeficientes foram avaliados através de aplicação para os diferentes sistemas de irrigação considerando a eficiência de aplicação de água de acordo com Resolução ANA nº 707/2004. Os valores a serem pagos são maiores para os sistemas menos eficientes, para o gotejamento foi de 30 R$ (ha ano)-1 considerando uma vazão captada de 9.000 m3 (ha ano)-1 e custo de produção de 9.000 R$ (ha ano)-1 e para inundação pode chegar a 500 R$ (ha ano)-1, sendo que na metodologia atual o valor pago é de 12,60 R$ ano-1 e 85,50 R$ ano-1, respectivamente para os sistemas citados. A metodologia proposta é simples para facilitar compreensão e aplicação do coeficiente, mas deve permitir que se alcance o objetivo da cobrança que é racionalização uso da água, principalmente no setor rural por ser um dos maiores usuários. / The 9.433/1997 Law has established the National Water Resources Policy and creates the National Water Resources Management System. This provides tools that enable its implementation and it is based on to encourage the rational use of water resources, the understanding of water as a good with economic value, the multiple use of water, adoption of the watershed as a management unit, among others. The collection, as a management tool, aims to recognize water as an economic good, stimulating its rational use and obtain resources to finance priority projects defined in the watershed plans of each committee. Agriculture presents itself as the largest water user, with about 70% of drawn water demand in Brazil, due to the use of irrigation. The rural sector is responsible for food production and it is known from its low profitability and changes in production costs and product prices, depending on weather and market characteristics inherent to the sector. This paper proposes a coefficient for charging the use of water resources in the rural sector that incorporates the cost of crop production and relates the flow of drawn water, limiting the amount to be paid to 2% of the production cost. To determine the coefficient it was used data obtained from the drawn flow by ANA water rights issued between the years 2003 and 2011, expressed in m3 (ha year)-1 and production costs data obtained from Agrianual 2011, expressed in R$ (ha year)-1. The data was applied in the equation to calculate the charge for the use of water resources in the Piracicaba, Capivari e Jundiaí rivers watershed according to the National Water Resources Resolution nº 52/2005. The coefficients were determined for five classes of drawn water flow intervals and production costs. It was obtained an equation that estimates the coefficient from the drawn flow and cost variables. This coefficient was evaluated through application to different systems considering their efficiency of water application according to ANA Resolution nº 707/2004. The amount to be paid is higher for less efficient systems, for the drip irrigation it was 30 R$ (ha year)-1 considering a drawn flow of 9,000 m3 (ha year)-1 and production cost of 9,000 R$ (ha year)-1 and for flood system could reach 500 R$ (ha year)-1, while the current methodology the amount paid is 12.60 R$ year-1 and 85.50 R$ year-1, respectively for the systems mentioned. The proposed methodology is simple to facilitate the understanding and application of the coefficient, but should allow us to reach the goal of charging which is rationalization of water use, especially in the rural sector as one of the biggest users.
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Desenvolvimento e aplicação de um sistema de raios X dispersivo em energia para determinação do coeficiente de atenuação linear e do perfil de espalhamento de neoplasias mamárias / Development and Application of an Energy Dispersive X-ray System for Determining the Linear Attenuation Coefficient and Scattering Profile of Breast DiseasesWender Geraldelli 13 March 2013 (has links)
As propriedades de espalhamento de raios X e atenuação de tecidos mamários normais (adiposo e fibroglandular), neoplásicos (benigno e maligno) e vários materiais tecido-equivalente (nylon, poliacetato, polimetilmetacrilato (PMMA), água, músculo-equivalente, osso-equivalente e adiposo-equivalente) foram determinados usando um sistema de raios X dispersivo em energia (SRXDE). O SRXDE consistiu de um tubo de raios X com anodo de tungstênio operando a 60kVp, um goniômetro e dois detectores: um detector de telureto de cádmio (CdTe), posicionado a 7 graus com relação ao feixe incidente usado para detectar a distribuição em energia dos fótons espalhados (numa faixa de momento transferido de 0,5nm-1 - 3,5nm-1) e um detector de silício (Silicon Drift Detector, SDD), posicionado a zero graus e usado para detectar a distribuição em energia do feixe transmitido (com amostra) ou do feixe incidente (sem amostra). A distribuição espectral foi processada para se obter o perfil de espalhamento e o coeficiente de atenuação linear de 100 amostras de tecidos mamários (59 normal, 30 maligno e 11 benigno). Este sistema foi, também, aplicado ao estudo de regiões de transição entre tecidos com diferentes composições. Os resultados encontrados neste trabalho mostram que os tecidos mamários podem ser caracterizados através de suas propriedades de atenuação e espalhamento. Perfis de espalhamento neoplásico apresentam formato do pico principal significativamente diferente na faixa de momento transferido de 0,8nm-1 - 2,0nm-1, aos tecidos normais. Especificamente, o tecido adiposo apresentou um perfil de espalhamento muito diferente (pico principal em 1,12nm-1 e LMA de 0,33nm-1) quando comparado com tecidos neoplásico maligno e benigno e normal fibroglandular (pico principal em torno de 1,54nm-1 e LMA em torno de 0,73nm-1). O coeficiente de atenuação linear observado para os tecidos maligno, benigno e fibroglandular são muito similares e mostraram diferenças menores que 8% para energias entre 10 e 35keV. Entretanto, o tecido adiposo apresentou diferenças significativas com relação aos outros tecidos em toda faixa de energia (diferenças de até 40% foram observadas). Os resultados obtidos da varredura espacial das amostras heterogêneas mostram que o sistema desenvolvido permite o estudo de regiões de transição entre tecidos com diferentes composições. Finalmente, nossos resultados foram comparados com dados experimentais previamente publicados na literatura, mostrando boa concordância dentro das incertezas estatísticas. / The X-ray scattering and attenuation properties for normal (adipose and glandular) and neoplastic (benign and malignant) breast tissues and several tissue-equivalent materials (nylon, polyacetate, polymethylmethacrylate (PMMA), water, muscle-equivalent, bone-equivalent and adipose-equivalent) were determined using an energy dispersive X-ray system (EDXS). The EDXS consisted of a tungsten anode X-ray tube operating at 60kVp, a goniometer, and two detectors: a Cadmium Telluride (CdTe) detector, positioned at 7 degrees with relation to the incident beam used for detecting the energy distribution of scattered photons (over the momentum transfer range of 0,5nm-1- 3,5nm-1) and a Silicon Drift Detector (SSD), positioned at zero degree used for detecting the energy distribution of the transmitted beam (with the sample) or the incident beam (without the sample). The spectra distributions were processed to obtaine the scattering profile and the linear attenuation coefficient of 100 samples of breast tissues (59 normal, 30 malignant and 11 benign). This system was also applied to the study of the transition regions between tissues with different composition. The results found in this work show that breast tissues may be characterized through their attenuation and scattering properties. Neoplastic scattering profiles presented format and the main peak position significantly different in the range of momentum transfer from 0,8nm-1- 2,0nm-1, to normal tissues. Specifically, adipose tissue presented a very different scattering profile (main peak at 1,12nm-1and FWHM of 0,33nm-1) when compared with malignant, benign and also normal glandular tissues (main peak around 1,54nm-1and FWHM about of 0,73nm-1). The linear attenuation coefficient observed for malignant, benign and normal glandular tissues were quite similar and showed differences smaller than 8% for energies between 10 and 35keV. However, adipose tissue presented significant differences from the others tissues type in all energy range (differences up to 40% were observed). The results of the spatial scan of heterogeneous samples show that the developed system allows the study of transition regions between tissues with different composition. Finally, our results were compared with previous experimental data showing a good agreement within the experimental uncertainties
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Efeito da densidade de marcadores e do tipo de matriz de parentesco genômico na acurácia da seleção genômica em milho tropical / Effect of markers density and type of genomic relationship matrix in the accuracy of genomic selection in tropical maizeAnna Rita Marcondes dos Santos 21 July 2016 (has links)
A seleção genômica (Genomic Selection - GS) permite identificar indivíduos superiores com base no seu método genômico e apresenta a possibilidade de incorporação do melhoramento quantitativo à genética molecular. O melhor preditor linear não viesado (Best Linear Unbiased Prediction - BLUP) é um método de predição dos efeitos aleatórios do modelo com base nos componentes de variância obtidos por meio do método máxima verossimilhança restrita (Restricted maximum likelihood - REML). A eficiência do REML\\BLUP pode ser incrementada por meio da incorporação de matrizes de parentesco genômico nos modelos de seleção genômica, uma vez que os efeitos genéticos genômicos aditivos dos indivíduos avaliados constituem os componentes aleatórios dos modelos mistos abordados. Dentre os algoritmos disponíveis para estimá-las, a partir de dados de polimorfismo de nucleotídeo único (Single-nucleotide polymorphism - SNP\'s) há as matrizes de Vanraden (2008) Astle e Balding (2009) e as de Yang et al. (2010) (matriz de parentesco unificado e matriz de parentesco unificado ajustado). Adicionalmente ao método de estimação da matriz de parentesco, a acurácia da GS depende da densidade de marcadores e da extensão e padrão de desequilíbrio de ligação (Linkage desequilibrium - LD) que existe no painel. Com isto, os objetivos foram: i) investigar o efeito da redução nas densidades de marcadores SNP\'s, por meio do LD, na estimativa do parentesco genético dos indivíduos e, consequentemente, na acurácia preditiva da GS; ii) estudar o efeito do uso de diferentes tipos de matrizes de parentesco genômico na acurácia da seleção genômica para linhagens e híbridos de milho tropical. Para isso, foram considerados dois painéis distintos de milho tropical: uma composta por 64 linhagens endogâmicas e a outra, por 452 híbridos. Estas foram avaliadas para o caráter produtividade de grãos, em oito e cinco ambientes, respectivamente. As linhagens e os híbridos foram genotipados com a plataforma Affymetrix® Axiom® Maize Genotyping Array, com cerca de 600 mil marcadores. Foram construídos diferentes cenários de GS quanto ao tipo de painel (linhagens e híbridos), densidade de marcadores (400k, 60k, 9586 e 1304 para linhagens e 50k, 4458 e 495, para híbridos) e tipos de matrizes de parentesco (citadas acima). Em cada um destes cenários foi estimada a herdabilidade, acurácia, capacidade preditiva e a coincidência de seleção. A partir dos resultados conclui-se que: tanto para híbridos como para linhagens, a densidade de marcas pode ser reduzida significativamente por meio do LD existente entre os SNP\'s, sem gerar prejuízos quanto à acurácia da GS, mas reduzindo os custos com genotipagem e a demanda computacional. Para predição genômica das linhagens, a matriz de Vanraden (2008) apresenta o melhor custo benefício, pois tem menor demanda computacional e proporciona resultados satisfatórios quanto à acurácia e coincidência de seleção. Para a predição genômica de híbridos, as matrizes de Yang et al. (2010) são superiores em relação às demais testadas, quanto à acurácia preditiva e coincidência de seleção. / The efficiency of the Best Linear Unbiased Prediction (BLUP), along with the Restricted maximum likelihood (REML) methods, can be increased by incorporating genomic kinship matrices to Genomic Selection models (GS). Among the available algorithms to estimate these matrices from single-nucleotide polymorphism (SNP) data there are Vanraden (2008), Astle e Balding (2009) and Yang et al. (2010) (unified relationship matrix and adjusted unified relationship matrix). In addition to the estimation method of the relationship matrix, the accuracy of GS depends on the density of markers and the extent and pattern of linkage disequilibrium (LD) that there is in the panel. Thus, the aims were: i) assess the effect of marker density reduction, based on LD, on the estimative of the genetic relationship of individuals and, consequently, on the predictive accuracy of GS; ii) study the effects of types of genomic relationship matrices on the accuracy of genomic selection for tropical maize lines and hybrids. In order to achieve there, two distinct panel of tropical maize were used: the first consisting of 64 inbred lines and latter of 452 hybrids. These panels were evaluated in field trials for grain yield in eight and five environments, respectively. The lines and hybrids were genotyped by the Affymetrix® Axiom® Maize Genotyping Array platform with 612 thousand markers. Distinct scenarios of GS were comprised considering panel type (lines and hybrids), marker density (400k, 60k, 9586 and 1304 for lines and, 50k, 4458 and 495 for hybrids) and, types of kinship matrices cited aboved. In each of these scenarios heritability, accuracy, predictive capacity and the selection coincidence were estimated. From the results it was concluded that: for both, hybrids and lines, marker density can be significantly reduced based on LD between SNP\'s without affecting the accuracy. Furthermore, this reduction also decreases genotyping costs and computational requirements. For genomic prediction of lines, Vanraden (2008) matrix shows the best cost-benefit, because it demands less computer resources and provides satisfactory results in terms of accuracy and selection coincidence. On the other hand, for genomic prediction of hybrids, the matrices of Yang et al. (2010) yielded higher predictive accuracies and selection coincidences.
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