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Complémentation fonctionnelle in vivo des phénotypes observés chez la souris grey-lethal (gl)

Pata, Monica January 2004 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Étude des énoncés capacitifs du type "The cottage sleeps four" en anglais contemporain / A study of capacitive structures such as "The cottage sleeps four" in contemporary English

Marty, Caroline 23 November 2019 (has links)
Cette thèse étudie le schéma de complémentation capacitif, présent dans les occurrence suivantes : The tent sleeps four ; The bench seats two. Il attribue au référent du sujet une capacité d’accueil quantifiée. Dans cette structure, l’alignement entre fonction syntaxique et rôle sémantique n’est pas canonique. Le sujet a un rôle de localisation et le complément post-verbal de mesure a un rôle agentif, habituellement rempli par le sujet. La modification de cet alignement prototypique permet de signifier la capacité sans avoir recours à un marqueur dédié. La thèse propose de décrire et d’analyser ce schéma de complémentation peu mentionné dans la littérature existante. La description des constituants de la structure est fondée sur l’étude d’une base de données. Un profil formel de ce type d’énoncés est proposé. Le sujet est toujours envisagé comme un contenant. Le verbe dénote un besoin naturel en lien avec le référent du sujet. Le complément de mesure code une quantité dont l’unité de mesure est un animé humain. Il n’y a pas de marqueur dédié à l’expression du capacitif dans le schéma. Cette modalité de type possible émerge via le lien, matérialisé par le verbe, entre les entités nominales sujet et complément de mesure. La capacité est rendue possible par le sujet thématisé, duquel le possible émane (aptitude interne).. Cette absence de marqueur spécifique pour coder le permissif rappelle la notion de construction linguistique. L’attribution d’un tel statut pour schéma est interrogée, en vertu des principes de la Grammaire de construction (non-compositionnalité du sens, stockage linguistique, productivité du schéma). / This thesis studies the capacitive syntactic pattern, which can be found in sentences such as The tent sleeps four or The bench seats two. It expresses the quantified capacity of the referent of the subject. In this complementation pattern, the alignement between the syntactic functions and the semantic roles is not prototypical. The subject is locative and the post-verbal measure complement has an agentive role, which is canonically associated with the subject. This unusual alignment allows the speaker to express capacity. The thesis describes and analyzes this complementation pattern, which has not been studied in the literature. The description of the constituents is based on the study of a database. Several formal syntactic features of the pattern are highlighted. The subject is always perceived as a container and the verb denotes a primary need that is closely related to the container. The measure complement denotes a numerical quantity whose unit of measurement is human animates. The capacitive meaning is not expressed by a single lexeme but through the whole pattern, which is meaningful. It is shown that the capacitive interpretation emerges through the congruent link between the container (subject) and the quantified volume (measure complement). The subject has properties that make it possible for the human animates to perform the event denoted by the verb. As the pattern itself has meaning, its status of construction (an unpredictable form–meaning pairing) is investigated by studying the main features of such grammatical sequences within the framework of construction grammar.
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Automates sur les ordres linéaires : Complémentation

Rispal, Chloé 07 December 2004 (has links) (PDF)
Cette thèse traite des ensembles rationnels de mots indexés par des ordres linéaires et en particulier du problème de la fermeture par complémentation. Dans un papier fondateur de 1956, Kleene initie la théorie des langages en montrant que les automates sur les mots finis et les expressions rationnelles ont le même pouvoir d'expression. Depuis, ce résultat a été étendu à de nombreuses structures telles que les mots infinis (Büchi, Muller), bi-infinis (Beauquier, Nivat, Perrin), les mots indexés par des ordinaux (Büchi, Bedon), les traces, les arbres... Plus récemment, Bruyère et Carton ont introduit des automates acceptant des mots indexés par des ordres linéaires et des expressions rationnelles correspondantes. Ces structures linéaires comprennent les mots infinis, les mots indexés par des ordinaux et leurs miroirs. Le théorème de Kleene a été généralisé aux mots indexés par les ordres linéaires dénombrables et dispersés, c'est-à-dire les ordres ne contenant pas de sous-ordre isomorphe à Q. Pour la plupart des structures, la classe des ensembles rationnels forme une algèbre de Boole. Cette propriété est nécessaire pour traduire une logique en automates. La fermeture par complémentation restait un problème ouvert. Dans cette thèse, on résout ce problème de façon positive: on montre que le complément d'un ensemble rationnel de mots indexés par des ordres linéaires dispersés est rationnel. La méthode classique pour obtenir un automate acceptant le complémentaire d'un ensemble rationnel se fait par déterminisation. Nous montrons que cette méthode ne peut-être appliquée dans notre cas: tout automate n'est pas nécessairement équivalent à un automate déterministe. Nous avons utilisé d'autres approches. Dans un premier temps, nous généralisons la preuve de Büchi, basée sur une congruence de mots, et obtenons ainsi la fermeture par complémentation dans le cas des ordres linéaires de rang fini. Pour obtenir le résultat dans le cas général, nous utilisons l'approche algébrique. Nous développons une structure algébrique qui étend la reconnaissance classique par semigroupes finis : les semigroupes sont remplacés par les diamant-semigroupes qui possèdent un produit généralisé. Nous prouvons qu'un ensemble est rationnel si et seulement s'il est reconnu par un diamant-semigroupe fini. Nous montrons aussi qu'un diamant-semigroupe canonique, appelé diamant-semigroupe syntaxique, peut être associé à chaque ensemble rationnel. Notre preuve de la complémentation est effective. Le théorème de Schützenberger établit qu'un ensemble de mots finis est sans étoile si et seulement si son semigroupe syntaxique est fini et apériodique. Pour finir, nous étendons partiellement ce résultat au cas des ordres de rang fini.
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Développement d'un essai de complémentation protéique avec la Renilla luciférase et étude de la voie de biosynthèse des acides aminés aromatiques chez Saccharomyces cerevisiae

Berger, Nathalie January 2005 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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L'évidentialité en anglais - approche contrastive à partir d'un corpus anglais-tibétain / Evidentiality in English - a contrastive study on a Tibetan- English corpus

Mélac, Éric 12 December 2014 (has links)
Cette étude vise à fournir une description détaillée de l’évidentialité en anglais dans une approche contrastive avec le tibétain. Elle repose sur un corpus spécialement recueilli au Tibet et en Angleterre (TSC et CSC/LAC, 2010-2012, 10 h.). Le tibétain possède un système évidentiel complexe et grammaticalisé dont la description peut fournir une grille d’analyse préliminaire pour notre étude de l’évidentialité en anglais. Des exemples authentiques et des données quantitatives issus du corpus nous permettent d’illustrer et de compléter les descriptions du groupe verbal tibétain dans plusieurs travaux pionniers antérieurs à la présente recherche (Tournadre & Sangda Dorje 1998) afin de poser les bases de la sémantique évidentielle. Les marqueurs évidentiels qui émergent dans les parties tibétaine et anglaise du corpus sont examinés afin de déterminer les paramètres qui motivent leur utilisation. Les marqueurs tibétains sont principalement grammaticaux et intégrés à des paradigmes syntaxiques : copules, suffixes verbaux et enclitiques. Les marqueurs évidentiels anglais sont lexicaux ou semi-grammaticaux : verbes de perception, verbes de cognition, verbes de discours, modaux, adverbes, conjoints, parenthétiques et marqueurs de discours (Nuyts 2001a, Cappelli 2007, Sanders & Sweetser 2009, Mortensen 2010, Whitt 2010, Gisborne 2010, Miller 2008, Boulonnais 2010, Gurajek 2010, Kaltenböck et coll. 2011, Heine 2013). Cette description de l’évidentialité en tibétain et en anglais nous permet d’analyser les conséquences d’un rendu grammatical ou lexical de cette notion (Talmy 2000, Bybee et coll. 1994, Nuyts 2001a, Boye & Harder 2009). Des analyses quantitatives et qualitatives du corpus contrastif et sur large corpus illustrent les différences de complexité, d'optionalité, de fréquence, de restriction sémantique, de prise en charge, de statut informatif, et de stratégie de discours dans les deux systèmes.Enfin, nous réévaluons la dichotomie, souvent considérée comme acquise, entre évidentialité grammaticale et lexicale (Aikhenvald 2004). Nous avançons que les marqueurs évidentiels des deux langues se positionnent à différents endroits sur un continuum multidimensionnel lexique-grammaire. Cette étude ne remet pas en question que le système évidentiel tibétain est plus grammaticalisé que le système anglais, mais démontre que ce dernier présente tous les signes d’une grammaticalisation partielle. Nous concluons ainsi que l’évidentialité est une notion pertinente et nécessaire pour une description linguistique complète de l’anglais. / This study aims to give a detailed description of evidentiality in English in contrast with Tibetan. It is based on a specialised corpus collected in Tibet and in England (TSC and CSC/LAC, 2010-2012, 10 h.).Tibetan has a complex and grammaticalised evidential system, and its description can provide a preliminary analytical grid for a semantic assessment of English evidentiality. Athentic examples and quantitative data from the corpus illustrate and supplement the analyses of the Tibetan verb phrase from previous research (Tournadre & Sangda Dorje 1998), in order to lay the foundation of the semantics of evidentiality. The evidential markers that emerge in the Tibetan and English sections of the corpus are examined so as to determine the parameters that motivate their usage. Tibetan evidentials are mainly grammatical and paradigmatised: copulas, verb suffixes and enclitics. English evidentials are either lexical or semi-grammatical: perception verbs, cognition verbs, speech verbs, modals, adverbs, conjuncts, parentheticals and discourse markers (Nuyts 2001a, Cappelli 2007, Sanders & Sweetser 2009, Mortensen 2010, Whitt 2010, Gisborne 2010, Miller 2008, Boulonnais 2010, Gurajek 2010, Kaltenböck et al. 2011, Heine 2013).This survey of Tibetan and English evidentiality provides precise data for the analysis of the consequences of a grammatical or a lexical rendering of this notion (Talmy 2000, Bybee et al. 1994, Nuyts 2001a, Boye & Harder 2009). Qualitative and quantitative evidence illustrates the differences in complexity, optionality, frequency, semantic restriction, speaker commitment, informative status and discourse strategy in the two systems. Finally, this study reassesses the assumed dichotomy between grammatical and lexical evidentiality (Aikhenvald 2004), arguing that evidentials in both Tibetan and English inhabit a lexicon-grammar multidimensional continuum, merely in different positions. This study does not question that the Tibetan evidential system is more grammaticalised than the English one, but it shows that the latter presents all the signs of partial grammaticalisation. This reassessment leads to the conclusion that evidentiality is a relevant and necessary notion for a thorough linguistic description of English.
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Evaluation et comparaison de deux modes de production contrastés pratiqués en zone tropicale : la conduite à l’auge vs la conduite au pâturage

Agastin, Aurélie 11 December 2013 (has links)
Le pâturage, principal mode d’alimentation en zone tropicale, est souvent dévalorisé car il est associé à des performances animales jugées insuffisantes, et peut avoir des effets néfastes sur l’environnement. Même si l’alimentation à l’auge permet de meilleures productions, ce mode de conduite présente également des inconvénients, en termes d’investissements, de rentabilité économique, d’impact des rejets sur l’environnement et de qualité des produits. Une intensification de la conduite au pâturage semble donc une voie d’avenir, mais nécessite une meilleure connaissance de ce mode de conduite et de ses conséquences sur l’alimentation et les performances des animaux. Il apparait également nécessaire de comparer l’élevage au pâturage et à l’auge sur des critères homogènes, en dissociant les composantes de ces modes de conduite.L’objectif de la thèse est d’évaluer et de comparer la conduite au pâturage et la conduite hors sol, en tenant compte également de la distribution ou non de concentré, sur l’alimentation, la croissance, les caractéristiques d’abattage et la consommation d’eau. Dans un premier temps, nous avons étudié au cours d’une expérimentation, les effets de ces deux modes de conduite sur la croissance, les caractéristiques d’abattage et de carcasse de taurillons Créoles abattus à deux âges (précoce vs tardif). Les taurillons à l’auge avaient une croissance plus rapide, des poids de carcasse plus élevés, ainsi que des carcasses plus grasses. Nous avons observé qu’abattre plus tardivement au pâturage (17 et 21 mois vs 14 et 17 mois à l’auge), permettait d’atteindre des poids finaux similaires à ceux obtenus à l’auge et des carcasses de meilleure qualité, plus riche en muscle. Nous avons expliqué la majorité de nos résultats par les effets combinés des modes de conduite et de l’alimentation et avons voulu étudier leurs effets respectifs. Dans un second temps, l’étude des effets du mode de conduite a été faite dans un premier temps, par le biais d’une méta-analyse. Les performances des animaux à l’auge étaient meilleures qu’au pâturage, mais ces effets dépendaient de la stratégie de complémentation. De cette méta-analyse est également apparu le manque d’études auge vs pâturage sur l’alimentation et à ration égale. Afin d’étudier les effets respectifs du mode de conduite et de la stratégie de complémentation, un dispositif analytique avec des taurillons élevés à l’auge et au pâturage complémentés ou non avec du concentré a été mis en place. Dans un premier temps, une étude méthodologique menée grâce à ce dispositif nous a permis d’identifier que la SPIR permettait la meilleure estimation de la dMO, l’OMI et la MODI au pâturage. Les résultats de l’étude analytique ont montré que les animaux au pâturage utilisaient mieux leur alimentation pour leur croît que ceux à l’auge et la stratégie de complémentation influençait davantage ces variables que le mode de conduite. Avec une stratégie de complémentation appropriée, les animaux au pâturage peuvent atteindre des performances similaires à celles obtenues à l’auge. / Grazing, main way of feeding ruminants in the tropics, is often undervalued because it is associated with animal performance deemed insufficient, and may have adverse effects on the environment. Even if stall feeding allows better production, this way of feeding has drawbacks in terms of investment, profitability, impact of emissions on the environment and product quality. Intensification of grazing seems a way forward, but requires a better understanding of this way of feeding and its impact on feeding and animal performance. It also appears necessary to compare grazing and stalls feeding on homogeneous criteria, separating the components of these modes of management.The aim of the thesis is to evaluate and compare stalls and pasture feeding environment, taking into account also the distribution or not of concentrate on feeding, growth, slaughter characteristics and water consumption. At first , we studied in an experiment , the effects of these two feeding systems on growth, slaughter and carcass characteristics of Creoles bulls slaughtered at two ages (early vs. late ). Bulls fed in trough grew faster, had greater carcass weight and fatter carcasses. We observed that a later slaughter of grazing animals (17 and 21 months vs. 14 and 17 months in stalls), allowed to reach final weights similar to those obtained in stalls and carcasses richer in muscle. We explained most of our results by the combined effects of feeding environment and complementation strategy and wanted to study their effects. In a second step, the study of the effects of feeding environment was made in first instance, through a meta-analysis. Stalls fed animals had greater performances than pasture fed ones, but these effects depended on complementation strategy. This meta-analysis also highlighted the lack of knowledge on intake and digestibility at pasture, which is a limitation on attempts to compare with measurements carried out in trough-fed animals. To investigate the relative effects of feeding environment and complementation strategy, we conceived an analytical trial with Creole bulls reared in stalls and at pasture, supplemented or not with concentrate. First of all, this analytical trial was the support of a methodological study, which identified that the NIRS method allows the best estimate of the OMD, OMI and DOMI at pasture. The analytical trial showed that grazing animals had better feed efficiency feed for their growth than stall fed ones and complementation strategy influenced more these variables than feeding environment. With an appropriate strategy for complementation, grazing animals can achieve similar performance to those obtained at the trough.
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Effects of a combined essential amino acid-carbohydrate supplementation following heavy-load resistance exercise and training

Vieillevoye, Stéphanie 08 July 2021 (has links) (PDF)
An increase in myofibrillar protein accretion can occur in the very early post-exercise period and can be potentiated by dietary protein intakes. The positive effect of nutrition on net muscle protein balance is credited to essential amino acids (EAAs), and particularly to the branched-chain amino acid leucine. Thus, leucine plays a key role in feeding-induced muscle protein synthesis by its unique ability to activate signalling pathways modulating translational initiation (Dreyer et al. 2008). Furthermore, strength exercise induces important disturbances in protein turnover, especially in novice athletes, and unaccustomed physical exercise, particularly repeated eccentric muscle contractions, induces muscle soreness and alterations in muscle cellular structure. Still, muscle strength gains induced by resistance training are mainly attributed to neural adaptations in the initial part of training, and subsequently to changes in the force capacity of muscle fibres due to hypertrophy (Duchateau et al. 2006; Sale, 1988). Since acute post-exercise muscle protein accretion does not inform on chronic muscle adaptations, the main purpose of this work is to test the effectiveness of an EAA supplementation on muscle hypertrophy and strength gains in response to resistance training, and on repair-oriented remodelling of disrupted muscle fibres in the early recovery period of an unaccustomed exercise. The first investigations aim at evaluating the effects of an EAA supplementation on muscle mass, architecture, and strength in the early stages of a heavy-load training programme, and at establishing if the enrichment of the supplement with leucine induces greater improvements in these muscle functional adaptations. In a second part, central and peripheral adaptations are examined following training to compare whether EAA supplementation modifies the relative contribution of neural and muscular factors to the increase in muscle torque, and promotes adaptations in muscle mechanical and contractile properties. The purpose of the third investigation is to study the potential effects of an EAA supplementation on the reduction in the efflux of indirect markers of muscle damage and the delayed onset muscle soreness in the week following a heavy-load eccentric training session.In the first and in the second investigation, young males trained for 12 weeks. They were divided into a placebo (PLA) group (n = 14), an EAA group (n = 15) and a leucine (LEU) group (n = 14). At baseline, daily food intakes and nitrogenous balance were assessed with a food questionnaire over 7 days and two 24h urine collections. The effect of training on muscle mass was assessed by anthropometric techniques. Muscle thickness and pennation angle were recorded by ultrasonography of the medial gastrocnemius (MG). Maximal strength during squat and bench press exercises was tested on an isokinetic ergometer. The torque produced by the plantar flexors and the surface electromyogram (EMG) from the soleus (Sol) and MG were recorded during maximal voluntary isometric contractions (MVC). Central activation was tested by the superimposed electrical stimulation method during MVC and by computing the ratio between voluntary average EMG and compound muscle action potential (M wave) induced by electrical stimulation (average EMG/M-wave). Contractile properties of the plantar flexor muscles were investigated by recording the mechanical responses to single and paired maximal stimuli. In the third investigation, young males performed a bench press exercise in eccentric condition. They were subdivided into a PLA group (n=11) and an EAA group (n=12). The effect of the training session was assessed by analysing two indirect markers of muscle damage, namely creatine kinase (CK) and myoglobin (Mb). Plasma concentrations were measured before, immediately after, and on post-workout days 1, 2, 3, 4 and 7. Muscle soreness was evaluated by a visual analogic scale (VAS) at the same time points as the markers of muscle damage.Resistance training resulted in significant increases in muscle mass and strength in all PLA, EAA and LEU groups with no statistical differences between groups. A positive linear regression was found between nitrogen balance and the increase in muscle mass in the PLA group only. When strength was normalised to skeletal muscle mass, negative linear regressions were observed between the normalised initial strength and the increase in muscle strength in both EAA and LEU groups. EAA and LEU ingestion induced changes in MG muscle architecture in response to training. After training, plantar flexor torque recorded during MVC was increased in PLA, EAA and LEU groups. Central activation level was enhanced with no effect of EAA supplementation. Twitch torque evoked by single and paired supramaximal stimuli, maximal rate of torque development to single stimulus and rate of torque relaxation to single and paired stimulus were significantly improved in the LEU group in response to training. The eccentric training session induced a significant increase in muscle soreness in both PLA and EAA groups. Plasma CK release increased significantly at D+3 and D+4 and Mb efflux rose at D+3 in PLA group only. No statistical differences were observed between groups for the two indirect markers of muscle damage. Gaussian distribution was found to be the best fit model for plasma Mb and CK concentration curves. F-test showed that individual curves were statistically distinguishable when comparing the best-fit values of the three parameters (area, SD and mean) between PLA and EAA group data sets (P < 0.01).In summary, the data indicates that EAA supplementation results in similar muscle mass and strength adaptations in response to resistance training with no additional effect by the enrichment of the supplement with LEU. However, the nutritional interventions appear to be more effective in subject having a lower initial nitrogen balance and/or a lower initial strength, potentially by promoting changes in muscle architecture. EAA ingestion does not potentiate neural adaptations, but leucine-enriched EAA supplementation may induce earlier peripheral adaptations, resulting in enhanced torque production and transmission. Finally, EAA supplementation could have minor effects on the overall plasmatic release of indirect markers of muscle damage during the recovery period without any impact on delayed onset muscle soreness. / Doctorat en Sciences de la motricité / info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Les séquences Pierre de Rosette et les interactions protéine-protéine à l'échelle d'un organisme : confrontation avec une approche expérimentale fondée sur la complémentation de fragments protéiques (PCA)

Sans, Dimitri January 2002 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Delineating the interplay between the PB2 protein of influenza A viruses and the host Ubiquitin Proteasome System / Analyse comparative des interactions entre l'ARN polymérase des virus influenza A et le système ubiquitine-protéasome de la cellule hôte

Biquand, Elise 31 October 2017 (has links)
On estime que 10%-20% de la population mondiale est infectée chaque année par des virus influenza A (IAV) saisonniers, causant 250 à 500 000 morts. De plus ces virus présentent des risques de pandémie, et sont à ce titre un problème de santé publique majeur. Le cycle viral est dépendant de la capacité du virus à manipuler le protéome cellulaire. Par ailleurs, le système ubiquitine-protéasome (SUP) cellulaire est impliqué dans de nombreux processus de régulation cellulaires par l'induction de la dégradation de protéines, ou par la modification de leur activation ou de leur localisation sub-cellulaire. Le SUP est une cible privilégiée des virus lors de l'infection. Des études récentes indiquent qu'un réseau d'interactions entre les protéines virales des IAV et les protéines du SUP pourrait contribuer à la réplication virale et l’échappement du virus face au système immunitaire. Cependant ces interactions restent encore mal connues. Nous avons construit une banque contenant 570 facteurs du SUP, ce qui représente environ 60% des facteurs SUP humains connus. Puis nous avons mis au point une méthodologie permettant de réaliser un crible comparatif des interactions entre cette banque SUP et cinq PB2 provenant de souches de virus influenza A de virulence différentes chez l’homme : deux souches saisonnières circulant actuellement dans la population humaine (H1N1pdm09 et H3N2), deux souches hautement pathogènes chez l’homme (H7N9 et H1N1-1918) et une souche de laboratoire (H1N1-WSN). Cette première phase de cartographie a permis de sélectionner 42 facteurs du SUP interagissant avec au moins une des protéines PB2 étudiées. Par ailleurs, l’analyse des similarités de profils d’interaction PB2/UPS des souches étudiées a permis de mettre en évidence une corrélation avec le temps de circulation de chaque souche dans la population humaine. Nous avons ensuite caractérisé le rôle fonctionnel des partenaires de PB2 dans le cycle viral par des expériences de déplétion transitoire de l’expression des facteurs cellulaires par siARN, et validé 36 des 42 facteurs testés. La très grande quantité de facteurs identifiés impliqués dans le cycle viral démontre la qualité de la méthodologie développée pour l’identification de ces interacteurs. Parmi ces facteurs, nous avons étudié plus en détail le rôle de trois deubiquitinases (DUBs) dans l’infection. Nous avons montré que les DUBs sont impliquées dans les phases précoces et tardives du cycle viral. De plus, avec des collègues de Hong Kong nous avons mis en évidence que la DUB OTUB1 est impliquée dans la réponse cellulaire à l’infection produisant des cytokines, et probablement dans l’assemblage des nouveaux virions. Nous avons identifié que la DUB OTUD6A est également impliquée dans les phases tardives du cycle viral. A l’inverse PAN2 qui fait partie des complexes de poly-d’adénylation est impliqué dans les phases précoces. Nous poursuivons nos études afin d’élucider le rôle de ces DUBs dans l’infection par IAV. / An estimated 10%-20% of the world's population is affected each year by seasonal epidemic influenza, causing about 250,000 to 500,000 fatal cases. The pandemic risk reinforces the trait of influenza A virus (IAV) infection as a public health issue. The virus life cycle critically relies on its ability to manipulate the host proteome. Besides, the ubiquitin-proteasome system (UPS) is involved in many regulatory processes in mammalian cells by inducing protein degradation, mediating protein activation or shaping their sub-cellular localisation. Therefore, UPS is a prime target hijacked by viruses. Recent evidence indicates that an intricate regulatory network involving viral proteins and the cellular UPS is likely to contribute to viral replication and immune evasion of influenza A viruses. However, usurpation of the host UPS by IAV is far from being comprehensively deciphered. To gain better understanding, we assessed the interplay between the human UPS and the PB2 subunit of the influenza A virus polymerase through a global proteomic profiling approach. For that purpose, an UPS-dedicated library of 590 human cDNAs, comprising 63% of the whole human UPS, was constituted and characterised. In an initial screen, UPS factors were challenged using a high-throughput split luciferase assay for interaction with the PB2 protein from 5 influenza A strains of different pathogenicity in human. A total of 80 UPS factors emerged as potential PB2 partners, of which 42 were validated as high-confidence PB2 partners for at least one of the strains. Further comparison of interaction profiles of the 5 PB2 with the UPS by hierarchical clustering revealed an interaction dendrogram fitting with the circulation time in the human population.Functional importance of interactors was tested by siRNA-mediated knock down experiments using luciferase tagged recombinant IAV viruses. Depletion of 36 out of the 42 tested UPS factors showed an effect on the infection with all or a subset of IAV strains, underlying the strong functional output of the developed methodology. Among these factors three deubiquitinases (DUBs) were further studied to decipher their involvement in IAV viral cycle. We have shown that they are involved in early and late stage of the infection and began to draw their function in viral cycle. We demonstrated with our colleagues in Hong-Kong that OTUB1 is involved in the host cytokine response and most probably in virus assembly. OTUD6A was also shown to be implicated in late stages of the infection but we still don't know its exact role. Contrariwise, the inactive DUB PAN2, which is part of poly-deadenylation complexes, is implicated in early phase of IAV infection, but surprisingly apparently not through viral mRNA regulation. More work is on-going to precise by which mechanisms these DUBs are implicated in IAV infection.
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Affinités syntaxiques et sémantiques entre mots : apports mutuels de la linguistique et du TAL

Fabre, Cécile 29 November 2010 (has links) (PDF)
Je présente un bilan des travaux que j'ai menés depuis mon recrutement à l'Université de Toulouse 2 - Le Mirail (1997) dans le domaine de la linguistique et du Traitement Automatique des Langues (TAL). J'ai exploré le lien entre ces deux disciplines de deux façons que j'estime complémentaires : tout d'abord, je considère le champ applicatif du TAL comme un terrain d'investigation important pour la linguistique. Le TAL, et de façon générale, les applications relevant du domaine de l'ingénierie des langues, sollicitent un renouvellement des objets d'étude de la linguistique et élargissent le champ de ses questionnements. En retour, la linguistique gagne à s'appuyer sur des procédures de découverte issues du TAL, basées sur le traitement de corpus numérisés et annotés et sur le recours à des techniques de quantification adaptées aux besoins de la description linguistique. Au sein de ce cadre général, les travaux que j'ai menés ont porté principalement sur deux thématiques de recherche que j'ai résumées sous les termes d'affinités sémantiques et syntaxiques. Le premier concerne la question du repérage des rapports de proximité sémantique entre différents types d'unités (mots, termes, structures prédicatives). Identifier sous la diversité des formulations des éléments de contenu similaire est un objectif crucial pour de nombreuses applications qui visent l'accès à l'information dans les textes. Dans cette perspective, j'ai cherché à considérer sur le plan linguistique cette question de la proximité sémantique, en faisant en particulier appel à des techniques d'analyse distributionnelle automatique qui visent à calculer les rapprochements sémantiques entre mots sur la base de la similarité de leur comportement syntaxique dans les corpus. Cette approche inductive des relations de sens déborde largement les limites des relations classiquement décrites en linguistique et sollicite des procédures nouvelles de description et de validation. Le second volet concerne la question des affinités syntaxiques entre mots : impliquée dans le projet de développement et d'exploitation d'un analyseur syntaxique automatique, syntex, je me suis intéressée à une question qui est au coeur des problèmes d'ambiguïté syntaxique, à savoir le rattachement des groupes prépositionnels. J'ai travaillé en particulier à la mise au point d'une méthode permettant de distinguer des types différents de rattachement prépositionnel, de nature argumentale ou adjonctive. Dans ce cas également, mon travail est guidé par un objectif qui relève du TAL (améliorer les performances d'un analyseur), et ce projet m'a amenée en retour à retravailler une question linguistique centrale en syntaxe, la distinction entre arguments et circonstants, et à développer des méthodes d'analyse de corpus qui permettent de substituer à une conception binaire de ces notions une appréciation plus graduelle de l'autonomie du groupe prépositionnel par rapport au verbe. Je propose donc de montrer comment les outils de TAL appliqués aux corpus offrent à la linguistique des instruments d'observation et d'expérimentation qui permettent d'aborder les faits langagiers par le biais de l'observation des usages et sous l'angle de la quantification. Ma conviction est que la linguistique ainsi outillée peut jouer un rôle plus important sur les nombreux terrains applicatifs qui nécessitent l'analyse de données langagières.

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