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Avaliação da eficiência dos algoritmos de verossimilhança e de atribuições genéticas em estudos de genética de populações e filogeografia de Lutzomyia longipalpis (Diptera: Psychodidae)

COSTA JUNIOR, César Raimundo Lima 31 January 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:01:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3080_1.pdf: 1729482 bytes, checksum: cc52c3d552954febce109b4ce2d8f6e4 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / Lutzomyia longipalpis, principal vetor da Leishmania infantum chagasi, apresenta um status taxonômico bastante controverso, sendo aventada a possibilidade que esta espécie represente, na verdade, um complexo de espécies crípticas. Diferenças genéticas entre as espécies irmãs podem implicar em diferenças nas suas respectivas capacidades vetoriais, a exemplo do que é observado no mosquito Anopheles gambie. Tornam-se então necessários, estudos que visem esclarecer o real status taxonômico desta espécie, aumentando o conhecimento acerca da capacidade vetorial deste organismo. Com a finalidade de refinar as inferências genéticas para as populações de Lutzomyia longipalpis baseados no fragmento de period, o presente estudo lançou mão de métodos probabilísticos e testes de atribuição foram utilizados (máxima verossimilhança e STRUCTURE) associados com as análises de variância molecular (AMOVA) e Fst. Este trabalho visou fornecer subsídios para ratificar a presença de espécies crípticas relacionadas às manchas dos tergitos abdominais dos machos de Lutzomyia longipalpis pertencentes à localidade de Sobral-CE, entretanto as demais populações de Lu. longipalpis não apresentou estruturação genética suficiente para que sejam atribuídas ao status de complexo de espécie
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Paisagem genética e história populacional de Tropidurus hispidus (Squamata: Tropuridae) ao longo de um mosaico adaptativo do Norte e Nordeste do Brasil

BRITO, Diego Marllus Albanus 31 January 2012 (has links)
Submitted by Danielle Karla Martins Silva (danielle.martins@ufpe.br) on 2015-03-03T14:57:17Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Diego Brito 2012.pdf: 1870968 bytes, checksum: 18380983276cf07c95d5a164f0a5ca94 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-03T14:57:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Diego Brito 2012.pdf: 1870968 bytes, checksum: 18380983276cf07c95d5a164f0a5ca94 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPq ; CAPES ; NPA; IBAMA / A genética da paisagem adaptativa é um tema transversal de estudos, que combina conhecimentos de ecologia da paisagem e dados relativos à genética populacional das espécies. Em lagartos, essa abordagem já foi utilizada para responder questões como mudanças climáticas, fragmentação de habitats e incertezas taxonômicas. Apesar de Tropidurus hispidus parecer ser uma espécie coesa, porém ecologicamente adaptável, apresenta evidências de estruturação populacional. Esse trabalho objetivou avaliar a continuidade genética de T. hispidus ao longo dos biomas Floresta Amazônica, Caatinga, Agreste, Floresta Atlântica e na vegetação de Restinga, além da zona urbana. Para tal, marcadores moleculares nucleares ISSR foram analisados por reações de PCR/eletroforese. Apesar da descontinuidade ambiental na área amostrada, os resultados indicam que T. hispidus parece apresentar forte conexão gênica entre a populações locais (demes), podendo constituir-se como um táxon evolutivamente coeso cujas populações possuem intenso fluxo gênico. A espécie provavelmente apresenta alta capacidade migratória ao longo dos diferentes ecossistemas estudados.
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Biología reproductiva de arañas migalomorfas (Araneae, Mygalomorphae) : patrones y mecanismos de selección sexual

Copperi, María Sofía 23 March 2018 (has links)
Cuando Darwin postuló la teoría de Selección Sexual pudo explicar elaboradas características presentes normalmente en los machos que no podía predecir con la teoría de Selección Natural. Bajo esta teoría predijo que en general las hembras tenderán a ser el sexo selectivo y recurso escaso por el cual compiten los machos. Los arácnidos ofrecen un interesante modelo sexual entre los artrópodos para analizar procesos de selección sexual post-cópula como elección femenina y competencia espermática. Las arañas migalomorfas poseen caracteres plesiomórficos, por lo que el estudio en este grupo constituye un punto inicial para formular hipótesis evolutivas de comportamiento. Como objetivo general de la presente tesis se propone interpretaciones evolutivas para los patrones observados en el comportamiento sexual y estructuras reproductivas, comparando los datos obtenidos en las tarántulas Grammostola vachoni Schiapelli & Gerschman, 1961, Plesiopelma longisternale (Schiapelli & Gerschman, 1942) y la neméside Acanthogonatus centralis Goloboff, 1995 con los registrados en otras especies para contribuir al conocimiento de la biología reproductiva de los arácnidos. A partir de los resultados obtenidos, se amplía el conocimiento sobre los ciclos de vida y patrones de cortejo y cópula de las tres especies modelo. Con respecto a los estudios de comunicación química se halló que entre machos y hembras de A. centralis y P. longisternale no intervienen señales químicas aéreas pero si señales quimio-táctiles en la tela de las hembras que disparan el cortejo de los machos. Además los machos de A. centralis han desarrollado la capacidad de diferenciar entre las hembras y que éstas pueden advertir sobre su estatus reproductivo y receptividad. En relación al estudio de la trasferencia de esperma en A. centralis, no se encontró relación entre la duración de la cópula con la cantidad de esperma almacenado por la hembra así como tampoco con el remanente en los bulbos de los machos. No obstante, existiría un mayor control interno del almacenado de esperma por parte de la hembra, así como también una amplia comunicación de la pareja previa a la cópula y posterior a ella. Por medio de este trabajo se pudo confirmar la existencia de dimorfismo sexual en el tamaño corporal de las tres especies, además las hembras de A. centralis poseen mayor porcentaje de grasas e índice corporal que los machos, aunque se encontraron iguales porcentajes de musculatura en patas. Pero las hembras de A. centralis y G. vachoni, no mostraron superior inmunidad que los machos frente a un agente extraño. Por último con respecto a las variaciones entre las poblaciones de las arañas estudiadas, en las tarántulas P. longisternale y G. vachoni no se observaron diferencias en su repertorio de cortejo. En cambio A. centralis mostró un inicio de aislamiento reproductivo, que estaría en diferentes fases según la población. Los estudios realizados en estas arañas muestran que, pese a las dificultades que el grupo posee, interesantes patrones y mecanismos están presentes y son posibles de estudiar, brindando características de un grupo basal que ayudaría a entender la evolución de un clado más grande. / When Darwin proposed the theory of Sexual Selection has been able to explain the elaborated traits present in males who cannot be explained with the Natural Selection theory. Under this theory, he predicted that in general females will tend to be the selective sex and a limited resource for which males compete. Arachnids are an interesting sexual model among arthropods to analyze post-copula process of sexual selection such as female choice and sperm competition. Mygalomorph spiders have plesiomorphic traits, so, the study of this group of spiders constitutes the starting point to formulate evolutionary hypothesis of behavior. As a general objective of the present thesis, evolutionary interpretations for the observed patterns in sexual behavior and reproductive structures were proposed, comparing the data obtained in the tarantulas Grammostola vachoni Schiapelli & Gerschman, 1961, Plesiopelma longisternale (Schiapelli & Gerschman, 1942) and the nemesid Acanthogonatus centralis Goloboff, 1995 with the registered in other species to contribute to the knowledge of the reproductive biology of arachnids. Based on the results obtained, the knowledge of the life cycles and courtship and copula patterns of the three model species were broadened. Regarding to chemical communication studies, the results showed that there were no aerial chemical signals between males and females, but there were chemotactic signals that triggered the courtship in males. In addition, males of A. centralis have developed the ability to differentiate between females and this ability could use to inform them about the reproductive status and receptivity of the females. In relation to the sperm transfer study in A. centralis, no relationship was found between copula duration and the amount of sperm stored, or with the remained in the male’s bulbs. However, there would be a higher internal control of the sperm storage by the female, as well as broad communication of the couple before and after the copula. Through this thesis it was possible to confirm the existence of sexual dimorphism in the body size of the three species. In addition, females of A. centralis have a higher percentage of fats and body index than males, although similar percentages of musculature in legs were found. Females of A. centralis and G. vachoni did not show higher immunity than males against a foreign agent. Finally, regarding the variations between populations of the spiders studied, in the tarantulas P. longisternale and G. vachoni no differences were observed in their courtship repertoire. Contrarily, A. centralis showed a beginning of reproductive isolation, which would be in different phases according to the population. The studies carried out in these spiders showed that, despite the difficulties that this particular group of spiders has, interesting patterns and mechanisms are present and are possible to study, providing characteristics of a basal group that would be help to understand the evolution of a large clade.
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Estudo filogeográfico de Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cnidaria: Cubozoa) na Costa Brasileira / Phylogeographic study of Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cnidaria: Cubozoa) in the Brazilian Coast

Sánchez, Nathalia Mejía 27 June 2011 (has links)
Os Cubozoa são animais de águas tropicais e subtropicais ao redor do mundo. A cubomedusa Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cubozoa: Chiropsalmidae) habita na costa Atlântica americana entre os 35°N e 27°S, uma área com barreiras putativas que poderiam impedir a distribuição contínua de C. cf. quadrumanus, tornando-se um modelo interessante para estudos de estrutura populacional e filogeografia. O objetivo deste trabalho foi analisar a estrutura haplotípica de quatro populações da C. cf. quadrumanus da costa brasileira. Nossas análises foram baseadas nos marcadores mitocondriais COI e 16S e a região nuclear ITS de 40 indivíduos provenientes de Ceará (03°43S 038°29W); Rio de Janeiro (22°37S 041°54W); São Paulo (23°26S 45°04 W) e Paraná (25°41\'S 048°25\'W), assim como por estudos morfométricos de 5 indivíduos de cada população. Análises filogenéticas e de redes de haplótipos de cada marcador revelaram uma profunda divergência gênica entre duas linhagens, Ceará - São Paulo e Rio de Janeiro - Paraná, dados estes corroborados por alguns caracteres das analises morfométricas. Nossos resultados sugerem que a espécie Chiropsalmus cf. quadrumanus é um complexo de espécies resultado da combinação entre taxonomia conservadora e especiação críptica. Estudos mais abrangentes que contenham espécimes de outros pontos da costa brasileira, incluída a localidade tipo (Santa Catarina, Müller, 1859), poderão verificar a existência de outras possíveis espécies crípticas e ampliar o conhecimento sobre a distribuição das duas linhagens encontradas neste estudo. As conseqüências taxonômicas do presente trabalho são importantes e ainda deverão ser trabalhadas. A falta de informação sobre a espécie, em conjunto com atitudes taxonômicas conservadoras e eventos de especiação críptica, não nos permitem delimitar as novas espécies com clareza. De qualquer maneira, nossos resultados revelam que há um complexo de espécies com o nome Chiropsalmus quadrumanus no Atlântico Americano. O presente trabalho constitui o primeiro estudo filogeográfico para qualquer espécie de cubozoário. / Cubozoans live in tropical and subtropical waters around the world. Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cubozoa: Chiropsalmidae) inhabits the Atlantic coast of America between 35°N and 27°S, an area with putative barriers that could prevent the continuous distribution of C. cf. quadrumanus, turning the species an interesting model to study population structure and phylogeography. The aim of this work was to analyze the haplotype structure of four populations of C. cf. quadrumanus from the Brazilian coast. We carried out our analyses based on the COI and 16S mitochondrial markers and the nuclear ITS region of 40 individuals from Ceará (03°43S 038°29W); Rio de Janeiro (22°37S 041°54W); São Paulo (23°26S 45°04 W) and Paraná (25°41\'S 048°25\'W), as well by morphometric surveys of 5 individuals from each population. Phylogenetic and haplotype network analyses of each marker reveled a deep genetic divergence between two lineages, Ceará - São Paulo and Rio de Janeiro - Paraná, this data were corroborated by some characters of the morphometrical analyses. Our results suggest that the species Chiropsalmus cf. quadrumanus is a complex of species resulting of the mixture of over-conservative taxonomy and cryptic speciation. More inclusive studies containing specimens from other points of the Brazilian coast, including the type locality (Santa Catarina, Müller, 1859),could verify the existence of other possible cryptic species and increase the knowledge about the distribution of the two lineages found in this study. The taxonomic consequences of this survey are important and should be overwrought. Lack of information about the species, conservative taxonomic attitudes and cryptic speciation events prevent us to delimit new species clearly. However, our results revealed a species complex named Chiropsalmus quadrumanus in the Atlantic coast of America. The present work represents the first phylogeographic approach of any cubozoan species.
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Variação morfológica e molecular de Typhlops reticulatus (Linnaeus, 1758) (Serpentes: Typhlopidae)

SILVA, Ariane Auxiliadora Araújo January 2010 (has links)
Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-11-01T22:05:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaMolecular.pdf: 3373827 bytes, checksum: c0fd0e40ecd6a93614a183109f3be104 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-11-14T16:49:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaMolecular.pdf: 3373827 bytes, checksum: c0fd0e40ecd6a93614a183109f3be104 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-14T16:49:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaMolecular.pdf: 3373827 bytes, checksum: c0fd0e40ecd6a93614a183109f3be104 (MD5) Previous issue date: 2010 / As serpentes atuais são tradicionalmente divididas em dois grupos: Alethinophidia, taxonômica e ecologicamente mais diverso e Scolecophidia, grupo de serpentes fossoriais popularmente conhecidas como cobras-cegas, sendo Typhlopidae a família que possui maior número de espécies. Em função do hábito fossorial, os Typhlopidae são pouco representados em coleções cientificas e a escassez de amostras de tecido tem sido um fator limitante para realização de estudos moleculares dessa família. Por isso aspectos da biologia evolutiva como modos de especiação, padrão de diversificação e estruturação geográfica que devido o hábito fossorial e a pouca diferenciação morfológica intra e interespecífica são ainda pouco entendidos. Esse trabalho teve como objetivo analisar a variação morfológica e molecular de Typhlops reticulatus. Para isso foram analisados 314 exemplares de Typhlops, sendo 192 de T. reticulatus. Para análise morfológica foram utilizados caracteres morfométricos, morfológicos (folidose, hemipênis e osteologia craniana). Nas análises moleculares foram sequenciados 21 amostras de T. reticulatus dos genes mitocondriais Coi e Cyt b de diferentes localidades. As árvores filogenéticas foram feitas usando os métodos de Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança e as relações entre os grupos foram inferidos através de rede de haplótipos. Através da combinação de caracteres moleculares e morfológicos foi possível observar a presença de duas linhagens evolutivas distintas de T. reticulatus: uma ao norte do Rio Amazonas e outra ao sul, esta última descrita como nova espécie nesse trabalho. Durante a análise dos exemplares de Typhlops para esse trabalho foi possível identificar duas novas espécies: Typhlops sp nov. 1 presente no Estado do Maranhão e Typhlops sp nov. 2 proveniente de Manaus, Amazonas. Os resultados desse estudo corroboram a afirmação que espécies com ampla distribuição geográfica podem apresentar diversidade críptica considerável e uma história evolutiva mais complexa do que se imagina. / Snakes are traditionally divided in two infraorders: Alethinophidia, taxonomic and ecologically more diverse and Scolecophidia, a group of fossorial snakes known as blindsnakes. Among Scolecophidia, Typhlopidae is the most specious family with 260 species. Due to the fossorial habitat, the Typhlopidae are poorly represented in scientific collections and the paucity of sample tissues has been an impediment to molecular studies. Therefore, many aspects of evolutionary biology including prevalent modes of speciation, patterns of diversification, and geographical structuring of population genetic diversity, are still poorly understood. The goals of this study are to analyze the morphological and molecular variation of Typhlops reticulatus, a fossorial snake. For the morphological analysis, 314 specimens of Typhlops (196 of Typhlops reticulatus). were used, morphometric, scalation, hemipenis and cranial osteology characters were analysed. We sequenced the mitochondrial genes Coi and Cyt b for 21 tissue samples of T. reticulatus from different localities. We used Maximum Parsimony and Maximum Likelihood to construct the phylogenetic trees and the relationships among the groups were infered through haplotype network. Through molecular and morphological characters, we detected two different evolutionary lineages of T. reticulatusAmazon River; the last described as a new species in this study. Our analysis also identified two new species: Typhlops sp nov. 1 collected in Urbano Santos, Maranhão and Typhlops sp nov. 2 from Manaus, Amazonas. The results of this study support the previous idea that species with wide geographic distributions conceal cryptic diversity and have evolutionary histories more complex than previewed.
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Estudo filogeográfico de Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cnidaria: Cubozoa) na Costa Brasileira / Phylogeographic study of Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cnidaria: Cubozoa) in the Brazilian Coast

Nathalia Mejía Sánchez 27 June 2011 (has links)
Os Cubozoa são animais de águas tropicais e subtropicais ao redor do mundo. A cubomedusa Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cubozoa: Chiropsalmidae) habita na costa Atlântica americana entre os 35°N e 27°S, uma área com barreiras putativas que poderiam impedir a distribuição contínua de C. cf. quadrumanus, tornando-se um modelo interessante para estudos de estrutura populacional e filogeografia. O objetivo deste trabalho foi analisar a estrutura haplotípica de quatro populações da C. cf. quadrumanus da costa brasileira. Nossas análises foram baseadas nos marcadores mitocondriais COI e 16S e a região nuclear ITS de 40 indivíduos provenientes de Ceará (03°43S 038°29W); Rio de Janeiro (22°37S 041°54W); São Paulo (23°26S 45°04 W) e Paraná (25°41\'S 048°25\'W), assim como por estudos morfométricos de 5 indivíduos de cada população. Análises filogenéticas e de redes de haplótipos de cada marcador revelaram uma profunda divergência gênica entre duas linhagens, Ceará - São Paulo e Rio de Janeiro - Paraná, dados estes corroborados por alguns caracteres das analises morfométricas. Nossos resultados sugerem que a espécie Chiropsalmus cf. quadrumanus é um complexo de espécies resultado da combinação entre taxonomia conservadora e especiação críptica. Estudos mais abrangentes que contenham espécimes de outros pontos da costa brasileira, incluída a localidade tipo (Santa Catarina, Müller, 1859), poderão verificar a existência de outras possíveis espécies crípticas e ampliar o conhecimento sobre a distribuição das duas linhagens encontradas neste estudo. As conseqüências taxonômicas do presente trabalho são importantes e ainda deverão ser trabalhadas. A falta de informação sobre a espécie, em conjunto com atitudes taxonômicas conservadoras e eventos de especiação críptica, não nos permitem delimitar as novas espécies com clareza. De qualquer maneira, nossos resultados revelam que há um complexo de espécies com o nome Chiropsalmus quadrumanus no Atlântico Americano. O presente trabalho constitui o primeiro estudo filogeográfico para qualquer espécie de cubozoário. / Cubozoans live in tropical and subtropical waters around the world. Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cubozoa: Chiropsalmidae) inhabits the Atlantic coast of America between 35°N and 27°S, an area with putative barriers that could prevent the continuous distribution of C. cf. quadrumanus, turning the species an interesting model to study population structure and phylogeography. The aim of this work was to analyze the haplotype structure of four populations of C. cf. quadrumanus from the Brazilian coast. We carried out our analyses based on the COI and 16S mitochondrial markers and the nuclear ITS region of 40 individuals from Ceará (03°43S 038°29W); Rio de Janeiro (22°37S 041°54W); São Paulo (23°26S 45°04 W) and Paraná (25°41\'S 048°25\'W), as well by morphometric surveys of 5 individuals from each population. Phylogenetic and haplotype network analyses of each marker reveled a deep genetic divergence between two lineages, Ceará - São Paulo and Rio de Janeiro - Paraná, this data were corroborated by some characters of the morphometrical analyses. Our results suggest that the species Chiropsalmus cf. quadrumanus is a complex of species resulting of the mixture of over-conservative taxonomy and cryptic speciation. More inclusive studies containing specimens from other points of the Brazilian coast, including the type locality (Santa Catarina, Müller, 1859),could verify the existence of other possible cryptic species and increase the knowledge about the distribution of the two lineages found in this study. The taxonomic consequences of this survey are important and should be overwrought. Lack of information about the species, conservative taxonomic attitudes and cryptic speciation events prevent us to delimit new species clearly. However, our results revealed a species complex named Chiropsalmus quadrumanus in the Atlantic coast of America. The present work represents the first phylogeographic approach of any cubozoan species.
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Caracterização acústica e padrão de evolução do canto de anúncio em pererecas neotropicais do clado Scinax (Hylidae): Implicações taxonômicas, sistemáticas e macro-evolutivas / Acoustic characterization and pattern of evolution of the advertisement call of Neotropical tree frogs of Scinax clade (Hylidae): taxonomic, systematic and macro-evolutionary implications.

Magrini, Leandro 01 November 2013 (has links)
O canto de anúncio dos anuros apresenta importância fundamental como mecanismo primário de isolamento reprodutivo. Em decorrência disto, estes cantos têm se mostrado altamente valiosos para a determinação da identidade das espécies, para assegurar uma diagnose confiável, e adicionalmente, têm contribuído para revelar espécies crípticas nos mais variados complexos de espécies. Apesar de alguns estudos na literatura terem investigado o padrão de evolução do canto com uma abordagem comparada incorporando a estrutura filogenética do grupo estudado, apenas na última década têm emergido os primeiros estudos utilizando uma abordagem filogenética para a investigação da evolução do canto em anuros. Pererecas do gênero Scinax Wagler, 1830 são um dos mais abundantes e conspícuos grupos de anuros dos Neotrópicos, sendo reconhecido atualmente como o segundo gênero mais especioso dentre os hilídeos (Hylidae), i.e. 111 spp. descritas. O monofiletismo, a ampla distribuição geográfica, riqueza de espécies, heterogeneidade de ambientes ocupados e a variação morfológica e acústica das espécies de Scinax faz deste um clado interessante para o estudo da evolução da comunicação acústica. No presente estudo os principais objetivos foram contribuir com a taxonomia e zoogeografia do gênero Scinax através da descrição detalhada dos caracteres do canto de anúncio de espécies dos clados S. ruber e S. catharinae, melhorando assim a caracterização biológica (diagnose) destas espécies, e identificar e caracterizar a variação acústica intra-específica para parte das espécies estudadas. Como consequência desta primeira etapa do trabalho, era esperada a produção de uma base de dados acústicos de alta qualidade, de maneira padronizada e detalhada para seu uso subsequente em estudos comparados utilizando uma abordagem comparada filogenética (i.e. segunda etapa do trabalho). Espécies/populações de Scinax foram acusticamente amostradas em 60 localidades (dados inéditos), concentrando-se principalmente nas regiões sudeste, central e sul do Brasil, dentro dos biomas Mata Atlântica e Cerrado. No total, foram analisados cerca de 3.500 cantos de anúncio, pertencentes a 387 indivíduos - 332 indivíduos do clado Scinax ruber e 55 indivíduos do clado S. catharinae (grupo S. catharinae), a maior parte consistindo de dados inéditos (aprox. 75% dos dados). A análise destes dados permitiu a caracterização acústica detalhada de 40 espécies nominais do clado Scinax (i.e. 32 spp. clado S. ruber; 8 spp. clado S. catharinae) - o que corresponde a 36% das espécies atualmente conhecidas do gênero. Diferenças inter-específicas reportadas nas características do canto de anúncio destas espécies forneceram suporte robusto para a diagnose acústica de quase todas as espécies estudadas. Adicionalmente, esta amostragem acústica intensiva para o gênero revelou elevados níveis de diversidade críptica em Scinax, i.e. 33 espécies não descritas. A maior parte dessa diversidade críptica encontrada está oculta sob os nomes S. squalirostris (7 espécies crípticas) e S. fuscomarginatus (4 espécies crípticas). Desta forma, a análise acurada e detalhada dos dados acústicos do canto de anúncio revelaram um profundo impacto sobre a taxonomia do grupo. A base de dados interespecíficos de alta qualidade produzidos e a disponibilidade de hipóteses filogenéticas para Scinax na literatura permitiram a investigação da evolução dos sinais acústicos no grupo, e.g. reconhecer e diferenciar a magnitude de fatores filogenéticos sobre a diversificação inter-específica do canto de anúncio, avaliar se caracteres acústicos associados a morfologia ou comportamento-fisiologia apresentam diferentes níveis de sinal filogenético e investigar o padrão evolutivo dos caracteres acústicos (canto de anúncio) e do CRC em Scinax através do procedimentos de otimização/mapeamento. Estas análises conduzidas revelaram altos níveis de sinal filogenético para a maioria dos caracteres do canto de anúncio investigados (i.e. 16 de 21 caracteres, com ? não diferindo de 1 nesses caracteres), sobre uma topologia de 31 spp. do gênero. A intensidade elevada de sinal filogenético encontrado foi similar aos níveis observados em caracteres morfológicos na literatura, não confirmando a hipótese de que caracteres comportamentais seriam mais lábeis em relação a caracteres morfológicos. As análises de mapeamento de caráter evidenciaram dois padrões principais de canto de anúncio em Scinax, cada padrão associado a um dos grandes clados do grupo, além fornecerem evidência robusta para o suporte de sinapomorfias acústicas para cada clado. / The advertisement call of frogs presents fundamental importance as a primary mechanism of reproductive isolation. As a result, these calls have proven to be highly valuable in determining the species identity, to ensure reliable diagnosis, and additionally, the advertisement calls has helped to reveal cryptic species in various species groups. Although some studies in the literature have investigated the pattern of evolution of the calls with a comparative approach incorporating information about the group phylogeny under study, only in the last decade studies using a phylogenetic approach to investigate the evolution of anurans calls have emerged. Treefrogs of the genus Scinax Wagler, 1830 is one of the most abundant and conspicuous groups of frogs in the Neotropics, actually being recognized as the second most specious genus among the hylids (Hylidae), i.e .111 spp described. The monophyletism, wide geographic distribution, richness of species, heterogeneity of environments occupied and the morphological and acoustic variation makes Scinax an interesting group to the investigation of the evolution of acoustic communication. The main aims of the present study were to contribute to the taxonomy and zoogeography knowledge of the genus Scinax through a detailed description of the characters of the advertisement calls of the species from the clades S. ruber and S. catharinae. Thus, it was possible make better the biological characterization (diagnosis) of these species and allowed to identify and characterize the intra-specific acoustic variation to part of the genus. As a consequence, the first part of this study permitted to produce a high-quality acoustic database, in a detailed and standardized manner to being used in a subsequent comparative phylogenetic approach (second part of the study). Species/populations of Scinax were acoustically sampled at 60 locatilies (original data), mainly concentrated in the southeastern, central, and southern of Brazil, in Atlantic Rain forest and Cerrado biomes. In total, about 3,500 advertisement calls were analyzed from 387 individuals (332 of Scinax ruber clade; and 55 of S. catharinae clade) - the most part consisting of new data (ca. 75%). Data analysis allowed the detailed acoustic characterization of 40 nominal species of the clade Scinax (i.e. 32 spp. of S. ruber clade; 8 spp. of S. catharinae clade), what correponds to 36% of currently known diversity of the genus. Inter-specific differences in the reported characteristics of the advertisement calls provided robust support to acoustic diagnosis for almost all species. Additionally, this intensive acoustic sampling to the genus revealed high levels of cryptic diversity in Scinax, i.e. 33 undescribed species. Most part of these cryptic diversity were under the nominal species S. squalirostris (7 cryptic species) and S. fuscomarginatus (4 cryptic species). Thus, accurate and detailed analysis of acoustic data of the advertisement call revealed a profound impact on the group taxonomy. The interspecific high-quality database here generated, and the availability of phylogenetic hypotheses for Scinax in the literature allowed the investigation of the evolution of acoustic signals in the genus, e.g. to recognize and differentiate the magnitude of phylogenetic factors on the inter-specific diversification of advertisement calls; to assess if acoustic characters related to morphology or behavior-physiology present different levels of phylogenetic signal; and to investigate the pattern of evolution of acoustic characters (advertisement call) and SVL in Scinax through optimization/mapping procedures. These analyses revealed high levels of phylogenetic signal for most of the characters of the advertisement call investigated (i.e. 16 of 21 characters with ?=1), based on a topology of 31 terminals species. The high intensity of phylogenetic signal found was similar to the levels observed for morphological characters in the literature, what is in disagree with the hypothesis that behavioral characters would be more labile than morphological characters. The character mapping analysis revealed two main patterns in Scinax, each one associated with one of the main clades of the genus, besides provide strong evidence to support acoustic synapomorphies for each clade.
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Caracterização acústica e padrão de evolução do canto de anúncio em pererecas neotropicais do clado Scinax (Hylidae): Implicações taxonômicas, sistemáticas e macro-evolutivas / Acoustic characterization and pattern of evolution of the advertisement call of Neotropical tree frogs of Scinax clade (Hylidae): taxonomic, systematic and macro-evolutionary implications.

Leandro Magrini 01 November 2013 (has links)
O canto de anúncio dos anuros apresenta importância fundamental como mecanismo primário de isolamento reprodutivo. Em decorrência disto, estes cantos têm se mostrado altamente valiosos para a determinação da identidade das espécies, para assegurar uma diagnose confiável, e adicionalmente, têm contribuído para revelar espécies crípticas nos mais variados complexos de espécies. Apesar de alguns estudos na literatura terem investigado o padrão de evolução do canto com uma abordagem comparada incorporando a estrutura filogenética do grupo estudado, apenas na última década têm emergido os primeiros estudos utilizando uma abordagem filogenética para a investigação da evolução do canto em anuros. Pererecas do gênero Scinax Wagler, 1830 são um dos mais abundantes e conspícuos grupos de anuros dos Neotrópicos, sendo reconhecido atualmente como o segundo gênero mais especioso dentre os hilídeos (Hylidae), i.e. 111 spp. descritas. O monofiletismo, a ampla distribuição geográfica, riqueza de espécies, heterogeneidade de ambientes ocupados e a variação morfológica e acústica das espécies de Scinax faz deste um clado interessante para o estudo da evolução da comunicação acústica. No presente estudo os principais objetivos foram contribuir com a taxonomia e zoogeografia do gênero Scinax através da descrição detalhada dos caracteres do canto de anúncio de espécies dos clados S. ruber e S. catharinae, melhorando assim a caracterização biológica (diagnose) destas espécies, e identificar e caracterizar a variação acústica intra-específica para parte das espécies estudadas. Como consequência desta primeira etapa do trabalho, era esperada a produção de uma base de dados acústicos de alta qualidade, de maneira padronizada e detalhada para seu uso subsequente em estudos comparados utilizando uma abordagem comparada filogenética (i.e. segunda etapa do trabalho). Espécies/populações de Scinax foram acusticamente amostradas em 60 localidades (dados inéditos), concentrando-se principalmente nas regiões sudeste, central e sul do Brasil, dentro dos biomas Mata Atlântica e Cerrado. No total, foram analisados cerca de 3.500 cantos de anúncio, pertencentes a 387 indivíduos - 332 indivíduos do clado Scinax ruber e 55 indivíduos do clado S. catharinae (grupo S. catharinae), a maior parte consistindo de dados inéditos (aprox. 75% dos dados). A análise destes dados permitiu a caracterização acústica detalhada de 40 espécies nominais do clado Scinax (i.e. 32 spp. clado S. ruber; 8 spp. clado S. catharinae) - o que corresponde a 36% das espécies atualmente conhecidas do gênero. Diferenças inter-específicas reportadas nas características do canto de anúncio destas espécies forneceram suporte robusto para a diagnose acústica de quase todas as espécies estudadas. Adicionalmente, esta amostragem acústica intensiva para o gênero revelou elevados níveis de diversidade críptica em Scinax, i.e. 33 espécies não descritas. A maior parte dessa diversidade críptica encontrada está oculta sob os nomes S. squalirostris (7 espécies crípticas) e S. fuscomarginatus (4 espécies crípticas). Desta forma, a análise acurada e detalhada dos dados acústicos do canto de anúncio revelaram um profundo impacto sobre a taxonomia do grupo. A base de dados interespecíficos de alta qualidade produzidos e a disponibilidade de hipóteses filogenéticas para Scinax na literatura permitiram a investigação da evolução dos sinais acústicos no grupo, e.g. reconhecer e diferenciar a magnitude de fatores filogenéticos sobre a diversificação inter-específica do canto de anúncio, avaliar se caracteres acústicos associados a morfologia ou comportamento-fisiologia apresentam diferentes níveis de sinal filogenético e investigar o padrão evolutivo dos caracteres acústicos (canto de anúncio) e do CRC em Scinax através do procedimentos de otimização/mapeamento. Estas análises conduzidas revelaram altos níveis de sinal filogenético para a maioria dos caracteres do canto de anúncio investigados (i.e. 16 de 21 caracteres, com ? não diferindo de 1 nesses caracteres), sobre uma topologia de 31 spp. do gênero. A intensidade elevada de sinal filogenético encontrado foi similar aos níveis observados em caracteres morfológicos na literatura, não confirmando a hipótese de que caracteres comportamentais seriam mais lábeis em relação a caracteres morfológicos. As análises de mapeamento de caráter evidenciaram dois padrões principais de canto de anúncio em Scinax, cada padrão associado a um dos grandes clados do grupo, além fornecerem evidência robusta para o suporte de sinapomorfias acústicas para cada clado. / The advertisement call of frogs presents fundamental importance as a primary mechanism of reproductive isolation. As a result, these calls have proven to be highly valuable in determining the species identity, to ensure reliable diagnosis, and additionally, the advertisement calls has helped to reveal cryptic species in various species groups. Although some studies in the literature have investigated the pattern of evolution of the calls with a comparative approach incorporating information about the group phylogeny under study, only in the last decade studies using a phylogenetic approach to investigate the evolution of anurans calls have emerged. Treefrogs of the genus Scinax Wagler, 1830 is one of the most abundant and conspicuous groups of frogs in the Neotropics, actually being recognized as the second most specious genus among the hylids (Hylidae), i.e .111 spp described. The monophyletism, wide geographic distribution, richness of species, heterogeneity of environments occupied and the morphological and acoustic variation makes Scinax an interesting group to the investigation of the evolution of acoustic communication. The main aims of the present study were to contribute to the taxonomy and zoogeography knowledge of the genus Scinax through a detailed description of the characters of the advertisement calls of the species from the clades S. ruber and S. catharinae. Thus, it was possible make better the biological characterization (diagnosis) of these species and allowed to identify and characterize the intra-specific acoustic variation to part of the genus. As a consequence, the first part of this study permitted to produce a high-quality acoustic database, in a detailed and standardized manner to being used in a subsequent comparative phylogenetic approach (second part of the study). Species/populations of Scinax were acoustically sampled at 60 locatilies (original data), mainly concentrated in the southeastern, central, and southern of Brazil, in Atlantic Rain forest and Cerrado biomes. In total, about 3,500 advertisement calls were analyzed from 387 individuals (332 of Scinax ruber clade; and 55 of S. catharinae clade) - the most part consisting of new data (ca. 75%). Data analysis allowed the detailed acoustic characterization of 40 nominal species of the clade Scinax (i.e. 32 spp. of S. ruber clade; 8 spp. of S. catharinae clade), what correponds to 36% of currently known diversity of the genus. Inter-specific differences in the reported characteristics of the advertisement calls provided robust support to acoustic diagnosis for almost all species. Additionally, this intensive acoustic sampling to the genus revealed high levels of cryptic diversity in Scinax, i.e. 33 undescribed species. Most part of these cryptic diversity were under the nominal species S. squalirostris (7 cryptic species) and S. fuscomarginatus (4 cryptic species). Thus, accurate and detailed analysis of acoustic data of the advertisement call revealed a profound impact on the group taxonomy. The interspecific high-quality database here generated, and the availability of phylogenetic hypotheses for Scinax in the literature allowed the investigation of the evolution of acoustic signals in the genus, e.g. to recognize and differentiate the magnitude of phylogenetic factors on the inter-specific diversification of advertisement calls; to assess if acoustic characters related to morphology or behavior-physiology present different levels of phylogenetic signal; and to investigate the pattern of evolution of acoustic characters (advertisement call) and SVL in Scinax through optimization/mapping procedures. These analyses revealed high levels of phylogenetic signal for most of the characters of the advertisement call investigated (i.e. 16 of 21 characters with ?=1), based on a topology of 31 terminals species. The high intensity of phylogenetic signal found was similar to the levels observed for morphological characters in the literature, what is in disagree with the hypothesis that behavioral characters would be more labile than morphological characters. The character mapping analysis revealed two main patterns in Scinax, each one associated with one of the main clades of the genus, besides provide strong evidence to support acoustic synapomorphies for each clade.
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Culturas como alternativa para elucidação de biodiversidade críptica do fitoplâncton: o caso das águas costeiras do estado de São Paulo / Cultures as an alternative to the elucidation of phytoplankton cryptic biodiversity: the case of coastal waters of São Paulo state.

Lubiana, Karoline Magalhães Ferreira 02 August 2013 (has links)
O fitoplâncton é composto por uma gama de organismos fotossintetizantes de diversas origens evolutivas. São os principais produtores primários dos oceanos embora sua biodiversidade seja muito pouco estudada, principalmente as frações do nano e picoplâncton. A composição florística dessas duas frações do fitoplâncton marinho é praticamente desconhecida nas águas brasileiras, entretanto diversos trabalhos ecológicos e oceanográficos relatam sua importância, pois são os mais abundantes nas regiões marinhas. O presente estudo teve como objetivo isolar espécies de microalgas, com ênfase nos fitoflagelados, a partir de amostras coletadas de Cananéia, Ubatuba e Santos, a fim de aumentar o conhecimento acerca da composição taxonômica desses organismos e permitir estudos futuros, envolvendo análises moleculares, ultraestruturais e fisiológicas. Para isso, foram usadas várias técnicas tradicionais de isolamento, como cultura mista, micropipetagem e diluições sucessivas, plaqueamento em ágar e diluição seriada. Foram isolados 49 cepas das classes Cyanophyceae, Trebouxiophyceae, Cryptophyceae, Bacillariophyceae, Prasinophyceae, Nephroselmidophyceae, Chrysophyceae e outros não identificados. Análises pigmentares foram realizadas em especial para o grupo das Cryptophyceae para confirmar a identificação em nível genérico. Vários dos táxons isolados representam novos registros para o estado de São Paulo e para a costa do Brasil. Os resultados do presente estudo são uma boa partida para a inclusão filogenética dos organismos isolados na costa do Brasil no contexto mundial, auxiliando a desvendar a biodiversidade críptica de espécies até o momento desconhecidas para as regiões estudadas / Phytoplankton comprises a range of photosynthetic organisms with different evolutionary origins. They are the main primary producers in the oceans but its biodiversity is poorly studied, especially on the nano and picoplankton fractions. Although the floristic composition of these two fractions of the marine phytoplankton is virtually unknown in Brazilian waters, several studies have reported the oceanographic and ecological importance of these groups, which are the most abundant in marine environment. This study aimed to isolate microalgae species with emphasis on \"phytoflagellates\" from samples collected in Cananéia, Ubatuba and Santos in order to increase the knowledge about their taxonomic composition and allow future studies involving molecular, ultrastructural and physiological analysis. For this, several traditional single-cell isolation techniques were used such as enrichment culture, micropipette, agar plating and serial dilutions. There were isolated 49 strains of Cyanophyceae, Trebouxiophyceae, Cryptophyceae, Bacillariophyceae, Prasinophyceae, Nephroselmidophyceae, Chrysophyceae classes and others unidentified. Pigment analyzes were performed specially on Cryptophyceae group in order to confirm their identification at generic level. Several of the isolated taxa are new records for the state of São Paulo and the coast of Brazil. The findings of this study enable the phylogenetic inclusion of organisms isolated from the Brazilian coast in a world context, helping to unravel the cryptic biodiversity of organisms hitherto unknown for the studied regions
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Culturas como alternativa para elucidação de biodiversidade críptica do fitoplâncton: o caso das águas costeiras do estado de São Paulo / Cultures as an alternative to the elucidation of phytoplankton cryptic biodiversity: the case of coastal waters of São Paulo state.

Karoline Magalhães Ferreira Lubiana 02 August 2013 (has links)
O fitoplâncton é composto por uma gama de organismos fotossintetizantes de diversas origens evolutivas. São os principais produtores primários dos oceanos embora sua biodiversidade seja muito pouco estudada, principalmente as frações do nano e picoplâncton. A composição florística dessas duas frações do fitoplâncton marinho é praticamente desconhecida nas águas brasileiras, entretanto diversos trabalhos ecológicos e oceanográficos relatam sua importância, pois são os mais abundantes nas regiões marinhas. O presente estudo teve como objetivo isolar espécies de microalgas, com ênfase nos fitoflagelados, a partir de amostras coletadas de Cananéia, Ubatuba e Santos, a fim de aumentar o conhecimento acerca da composição taxonômica desses organismos e permitir estudos futuros, envolvendo análises moleculares, ultraestruturais e fisiológicas. Para isso, foram usadas várias técnicas tradicionais de isolamento, como cultura mista, micropipetagem e diluições sucessivas, plaqueamento em ágar e diluição seriada. Foram isolados 49 cepas das classes Cyanophyceae, Trebouxiophyceae, Cryptophyceae, Bacillariophyceae, Prasinophyceae, Nephroselmidophyceae, Chrysophyceae e outros não identificados. Análises pigmentares foram realizadas em especial para o grupo das Cryptophyceae para confirmar a identificação em nível genérico. Vários dos táxons isolados representam novos registros para o estado de São Paulo e para a costa do Brasil. Os resultados do presente estudo são uma boa partida para a inclusão filogenética dos organismos isolados na costa do Brasil no contexto mundial, auxiliando a desvendar a biodiversidade críptica de espécies até o momento desconhecidas para as regiões estudadas / Phytoplankton comprises a range of photosynthetic organisms with different evolutionary origins. They are the main primary producers in the oceans but its biodiversity is poorly studied, especially on the nano and picoplankton fractions. Although the floristic composition of these two fractions of the marine phytoplankton is virtually unknown in Brazilian waters, several studies have reported the oceanographic and ecological importance of these groups, which are the most abundant in marine environment. This study aimed to isolate microalgae species with emphasis on \"phytoflagellates\" from samples collected in Cananéia, Ubatuba and Santos in order to increase the knowledge about their taxonomic composition and allow future studies involving molecular, ultrastructural and physiological analysis. For this, several traditional single-cell isolation techniques were used such as enrichment culture, micropipette, agar plating and serial dilutions. There were isolated 49 strains of Cyanophyceae, Trebouxiophyceae, Cryptophyceae, Bacillariophyceae, Prasinophyceae, Nephroselmidophyceae, Chrysophyceae classes and others unidentified. Pigment analyzes were performed specially on Cryptophyceae group in order to confirm their identification at generic level. Several of the isolated taxa are new records for the state of São Paulo and the coast of Brazil. The findings of this study enable the phylogenetic inclusion of organisms isolated from the Brazilian coast in a world context, helping to unravel the cryptic biodiversity of organisms hitherto unknown for the studied regions

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