The objectives of this study were to 1) evaluate marker associations for genomic regions of interest and significant ontology terms, 2) evaluate and compare 4 models for their efficacy in predicting genetic merit, 3) evaluate and compare the impact of using breed-of-origin genotypes in a Bayesian prediction model, and 4) evaluate the effects of data partitioning using family structure on predictions. Nellore-Angus F2, F3 and half-sibling calves were used with records for overall temperament at weaning (OTW; a subjective scoring system; n = 769) and Warner-Bratzler shear force (WBSF; a measure of tenderness; n = 389). After filtering, 34,913 markers were available for use. Bayesian methods employed were BayesB (using ̂) and BayesC (using π = 0 and ̂) in GenSel software, where, after estimation, π ̂ = 0.995 or 0.997 for WBSF or OTW, respectively. No regions associated with either trait were found using π ̂, but when π = 0 associated regions were identified (37 and 147 regions for OTW and WBSF, respectively). Comparison of genomic estimated breeding values from these 3 Bayesian models to an animal model showed that BayesC procedures (using ̂) had the highest accuracy for both traits, but that BayesB had the lowest indication of bias in either case. Using a subset of the population (n = 440), genotypes based on the breed in which the alleles originated from (i.e., breed-of-origin genotypes) were assigned to markers mapped to autosomes (n = 34,449), and incorporated into prediction analyses using BayesB (π ̂ = 0.997) with or without nucleotide-based genotypes. In either case, there was an increase in accuracy when breed-of-origin genotypes were incorporated into prediction analyses. Data partitions based on family structure resulted in 13 distinct training and validations groups. Relationship of individuals in the training with validation individuals did have an impact in some cases, but not all. There was poor prediction of genomic estimated breeding values for individuals in the validation population using BayesB methods, but performed better in all cases than breeding values generated using an animal model. Future studies incorporating breed-of-origin genotypes are of interest to determine if accuracy is improved in these groups.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-27Bitstream added on 2014-06-13T20:54:07Z : No. of bitstreams: 1 silva_mlp_me_jabo.pdf: 588157 bytes, checksum: 88d40d78834e16d673ac291d1d45d248 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com a crescente demanda por carne de qualidade, a utilização de cruzamentos entre raças torna-se uma ferramenta importante na pecuária brasileira. O objetivo neste trabalho foi avaliar o desempenho de bovinos cruzados terminados em confinamento. Foram utilizados 136 animais, machos castrados e fêmeas, filhos de vacas Nelore, 1/2 Angus + 1/2 Nelore e 1/2 Senepol + 1/2 Nelore e de touros das raças Canchim, Hereford e Pardo Suíço tipo carne. Os animais foram confinados aos 16 meses de idade aproximadamente e abatidos quando atingiram 5 mm de espessura de gordura externa medidas por ultra-sonografia. Os dados de desempenho no confinamento foram submetidos a análises de variância, pelo método dos quadrados mínimos, considerando-se no modelo estatístico os efeitos da raça do touro, grupo genético da vaca, sexo dos animais e suas interações. Os filhos de touros Hereford foram superiores quanto ao peso final ao abate (502 kg), ao ganho médio diário (1,5 kg/dia), à eficiência alimentar (0,13 kg/kg) e à espessura de gordura (11,9 mm) em relação aos filhos dos touros Canchim (482 kg, 1,3 kg/dia, 0,11 kg/kg e 7,4 mm, respectivamente), entretanto eles não diferiram dos filhos dos touros Pardo Suiço (495 kg, 1,5 kg/dia, 0,12 kg/kg e 7,9 mm, respectivamente). Animais filhos de touros Canchim apresentam maior rendimento de carcaça quente (56,1%) e peso de gordura perirrenal (4,33 kg), e os filhos de touros Pardo-Suíço maior área de olho de lombo (66,9 cm2) e peso do coração (1,89 kg), quando as mães são Nelore, ½ Senepol + ½ Nelore e ½ Angus + ½ Nelore. Quanto ao grupo genético da vaca, os filhos de vacas ½ Angus + ½ Nelore apresentaram maior peso final ao abate (510 kg), maior ganho de peso total durante... / With the growing demand for high quality beef, crossbreeding becomes an important tool to the Brazilian beef production system. The objective of this work was to evaluate the performance of crossbred cattle in feedlot. One hundred and thirty six animals, the offspring of Nellore (NE), 1/2 Angus + 1/2 Nellore (AN) and 1/2 Senepol + 1/2 Nellore (SN) cows and Canchim (CA), Hereford (HF) and Brownvieh (BR) bulls were confined at 18 months of age and slaughtered at 5 mm back fat thickness measured by ultrasound. The data were analyzed by the least squares method with a model that included the effects of breed of sire, genetic group of dam, sex of animal and their interactions. The offspring of the Hereford bulls were superior for slaughter weight(502 kg), average daily gain (1.5 kg/day), feed efficiency (0.13 kg/kg), and back fat thickness (11.9 mm) compared to the Canchim offspring (482 kg, 1.3 kg/day, 0.11 kg/kg and 7.4 mm, respectively), but did not differ with the Brownvieh offspring (495 kg, 1.5 kg/day, 0.12 kg/kg and 7.9 mm, respectively). The offspring of the Canchim bulls showed greater carcass cutability (56.1%) and kidney fat (4.33 kg), and the offspring of the Brownvieh bulls showed greater rid eye area (66.9 cm2) and heart weight (1.89 kg), when the dams are Nellore, 1/2 Angus + 1/2 Nellore and 1/2 Senepol + 1/2 Nellore. The offspring of the 1/2 Angus + 1/2 Nellore cows showed higher slaughter weight (510 kg), total weight gain (142 kg), average daily gain (1.6 kg/day), feed efficiency (0.13 kg/kg), and carcass cutability (55.8%). The females showed higher rib eye area (10.3 mm vs. 7.8 mm) kidney fat (4.07 kg vs. 3.25 kg), marbling (5.7 vs. 4.5) and water retention capacity (83.0% vs. 81.6%) than the males, while the males were superior for slaughter weight (511 kg vs. 472 kg), total... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador:Maurício Mello de Alencar / Coorientador: Rymer Ramiz Tullio / Banca: Hirasilva Borba / Banca: Alexandre Berndt / Resumo: Com a crescente demanda por carne de qualidade, a utilização de cruzamentos entre raças torna-se uma ferramenta importante na pecuária brasileira. O objetivo neste trabalho foi avaliar o desempenho de bovinos cruzados terminados em confinamento. Foram utilizados 136 animais, machos castrados e fêmeas, filhos de vacas Nelore, 1/2 Angus + 1/2 Nelore e 1/2 Senepol + 1/2 Nelore e de touros das raças Canchim, Hereford e Pardo Suíço tipo carne. Os animais foram confinados aos 16 meses de idade aproximadamente e abatidos quando atingiram 5 mm de espessura de gordura externa medidas por ultra-sonografia. Os dados de desempenho no confinamento foram submetidos a análises de variância, pelo método dos quadrados mínimos, considerando-se no modelo estatístico os efeitos da raça do touro, grupo genético da vaca, sexo dos animais e suas interações. Os filhos de touros Hereford foram superiores quanto ao peso final ao abate (502 kg), ao ganho médio diário (1,5 kg/dia), à eficiência alimentar (0,13 kg/kg) e à espessura de gordura (11,9 mm) em relação aos filhos dos touros Canchim (482 kg, 1,3 kg/dia, 0,11 kg/kg e 7,4 mm, respectivamente), entretanto eles não diferiram dos filhos dos touros Pardo Suiço (495 kg, 1,5 kg/dia, 0,12 kg/kg e 7,9 mm, respectivamente). Animais filhos de touros Canchim apresentam maior rendimento de carcaça quente (56,1%) e peso de gordura perirrenal (4,33 kg), e os filhos de touros Pardo-Suíço maior área de olho de lombo (66,9 cm2) e peso do coração (1,89 kg), quando as mães são Nelore, ½ Senepol + ½ Nelore e ½ Angus + ½ Nelore. Quanto ao grupo genético da vaca, os filhos de vacas ½ Angus + ½ Nelore apresentaram maior peso final ao abate (510 kg), maior ganho de peso total durante... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: With the growing demand for high quality beef, crossbreeding becomes an important tool to the Brazilian beef production system. The objective of this work was to evaluate the performance of crossbred cattle in feedlot. One hundred and thirty six animals, the offspring of Nellore (NE), 1/2 Angus + 1/2 Nellore (AN) and 1/2 Senepol + 1/2 Nellore (SN) cows and Canchim (CA), Hereford (HF) and Brownvieh (BR) bulls were confined at 18 months of age and slaughtered at 5 mm back fat thickness measured by ultrasound. The data were analyzed by the least squares method with a model that included the effects of breed of sire, genetic group of dam, sex of animal and their interactions. The offspring of the Hereford bulls were superior for slaughter weight(502 kg), average daily gain (1.5 kg/day), feed efficiency (0.13 kg/kg), and back fat thickness (11.9 mm) compared to the Canchim offspring (482 kg, 1.3 kg/day, 0.11 kg/kg and 7.4 mm, respectively), but did not differ with the Brownvieh offspring (495 kg, 1.5 kg/day, 0.12 kg/kg and 7.9 mm, respectively). The offspring of the Canchim bulls showed greater carcass cutability (56.1%) and kidney fat (4.33 kg), and the offspring of the Brownvieh bulls showed greater rid eye area (66.9 cm2) and heart weight (1.89 kg), when the dams are Nellore, 1/2 Angus + 1/2 Nellore and 1/2 Senepol + 1/2 Nellore. The offspring of the 1/2 Angus + 1/2 Nellore cows showed higher slaughter weight (510 kg), total weight gain (142 kg), average daily gain (1.6 kg/day), feed efficiency (0.13 kg/kg), and carcass cutability (55.8%). The females showed higher rib eye area (10.3 mm vs. 7.8 mm) kidney fat (4.07 kg vs. 3.25 kg), marbling (5.7 vs. 4.5) and water retention capacity (83.0% vs. 81.6%) than the males, while the males were superior for slaughter weight (511 kg vs. 472 kg), total... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseAMS.pdf: 994307 bytes, checksum: d8c2ab79475a5b62e331e8571bf3054f (MD5) Previous issue date: 2006-10-31 / In tropical regions, resistance of cattle to external parasites is an important factor determining efficiency of the production systems. The objectives in this study were to evaluate the degree of resistance of Nelore (NE), Canchim x Nelore (CN), Aberdeen Angus x Nelore (AN) and Simmental x Nelore (SN) females of several ages to cattle tick (Rhipicephalus (Boophilus) microplus), horn fly (Haematobia irritans) and beef-worm (Dermatobia hominis), and the possibility of selection to increase resistance of beef cattle to these parasites, through the estimation of genetic parameters of the degree of natural infestation, in order to furnish information to beef cattle breeding programs in Brazil. Two experiments were carried out. In experiment 1, 16 NE, 18 CN, 16 AN and 16 SN 16.5 months old females, were artificially infested with 20,000 larvae of cattle tick, four times 14 days apart each, were done, and from day 18 to day 22 of each infestation the number of engorged female ticks (≥ 4.5 mm) was counted on the left side of each animal. In this experiment, data were analyzed as the percentage of return (PR = percentage of ticks counted relative to the number infested), transformed to (PR)1/4, using the least squares method with a model that included effects of genetic group (GG), animal within GG (error a), infestation number (I), GG x I, and the residual (error b). In experiment 2, from six to ten cattle tick, horn fly and beef-worm countings on NE (184), CN (153), AN (123) and SN (120) naturally infested females of several physiological states (calves, pregnant and open heifers, primiparous cows with and without a calf and pluriparous cows with and without a calf), from July 2003 to December 2004, were done. In this experiment, data, transformed to log10 (n + 1), were analyzed by the least squares method with a model that included effects of genetic group (GG) of female, animal within GG (error a), year-season of counting (YS), physiological state, and GG x YS interaction. Besides that, genetic parameters of the degree of infestation by the parasites were obtained by the restricted maximum likelihood method, using models that included fixed effects of contemporary group (genetic group, year-season of counting) and physiological state, and additive direct, animal s permanent environmental, and residual random effects. In artificial infestation, despite the GG x I interaction, in general, NE animals were more resistant, followed by CN, and, at last, by SN and AN ones, which showed, respectively, the following percentage of return: 0.35 ± 0.06, 0.54 ± 0.05, 0.89 ± 0.06 and 0.85 ± 0.06. In natural infestation, the difference among genetic groups depended on year-season of counting, however, in general, NE females were less infested by ticks than females of the other genetic groups, while AN females showed higher infestation by horn flies and beef-worm than females of the other genetic groups. Heritability and repeatability estimates based on one-trait analyses were 0.12 and 0.12, 0.30 and 0.30, and 0.04 and 0.12, for infestation by cattle ticks, horn flies and beef-worms, respectively, indicating that it is feasible to obtain genetic progress for infestation by horn flies. The genetic correlations among these traits were low, except that between infestations by horn flies and beef-worms (0.60). / Em regiões de clima tropical, a resistência dos bovinos a ectoparasitas é fator importante na determinação da eficiência dos sistemas de produção. Os objetivos neste trabalho foram avaliar o grau de resistência de fêmeas Nelore (NE) e cruzadas Canchim x Nelore (CN), Aberdeen Angus x Nelore (AN) e Simental x Nelore (SN) de diversas idades ao carrapato (Rhipicephalus (Boophilus) microplus), à mosca-dos-chifres (Haematobia irritans) e ao berne (Dermatobia hominis) e a possibilidade de seleção para aumentar a resistência de bovinos a esses parasitas, por meio da avaliação da existência de variação genética aditiva no grau de infestação natural, para fornecer subsídios aos programas de melhoramento genético de bovinos de corte do Brasil. Dois experimentos foram realizados. No experimento 1, 16 fêmeas NE, 18 CN, 16 AN e 16 SN, com média de idade de 16,5 meses, foram infestadas artificialmente com aproximadamente 20.000 larvas de carrapato, com intervalos de catorze dias, e do 18o ao 22o dia depois de cada infestação foram realizadas contagens de teleóginas semi-ingurgitadas (≥ 4,5 mm) do lado esquerdo do animal. Neste experimento, a percentagem de retorno (PR), ou seja, percentagem de carrapatos contados em relação ao total infestado, após transformação para (PR)1/4, foi analisada utilizando-se o método dos quadrados mínimos com um modelo que incluiu os efeitos de grupo genético (GG), animal dentro de GG (erro a), infestação (I) e GG x I, além do resíduo. No experimento 2, foram realizadas de seis a dez contagens de carrapatos, moscas-dos-chifres e bernes em fêmeas NE (184), CN (153), AN (123) e SN (120) de sete estádios fisiológicos, infestadas naturalmente, de julho de 2003 a dezembro de 2004. Neste experimento, os dados, transformados para log10 (n + 1), foram analisados pelo método dos quadrados mínimos com um modelo estatístico que incluiu os efeitos de grupo genético (GG) da fêmea, animal dentro de GG (erro a), ano-época da contagem (AE), estádio fisiológico e a interação GG x AE. Além disso, foram estimados parâmetros genéticos do grau de infestação por esses parasitas, pelo método da máxima verossimilhança restrita, com modelo que incluiu os efeitos fixos de grupo de contemporâneas (grupo genético, ano-época da contagem) e estádio fisiológico, além dos efeitos aleatórios aditivo direto, de ambiente permanente do animal e residual. Na infestação artificial, apesar da interação significativa entre grupo genético x infestação, em geral, os animais NE foram mais resistentes, seguidos do CN e, por último, dos SN e AN, apresentando, respectivamente, as seguintes médias de taxa de retorno: 0,35 ± 0,06; 0,54 ± 0,05; 0,89 ± 0,06 e 0,85 ± 0,06. Na infestação natural, a diferença entre os grupos genéticos dependeu do anoépoca da contagem, contudo, em geral, as fêmeas NE foram menos infestadas pelo carrapato do que as fêmeas dos outros grupos genéticos, enquanto as fêmeas AN foram mais infestadas pela mosca-dos-chifres e pelo berne do que as fêmeas dos outros grupos genéticos. As estimativas de herdabilidade e de repetibilidade foram 0,12 e 0,12; 0,30 e 0,30; e 0,04 e 0,12 para a infestação por carrapatos, moscasdos- chifres e bernes, respectivamente, indicando que há campo para seleção, principalmente para a infestação por moscas-dos-chifres. As correlações genéticas entre essas características foram baixas, exceto aquela entre as infestações por moscas-dos-chifres e por bernes (0,60).