Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Tecnologia Química e Biológica, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-09T16:42:04Z No. of bitstreams: 1 2016_LourençodiGiorgioSilvaPinheiro.pdf: 1358860 bytes, checksum: 6fd8ff30d24106e9a9214dbe6814059c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-03T16:19:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_LourençodiGiorgioSilvaPinheiro.pdf: 1358860 bytes, checksum: 6fd8ff30d24106e9a9214dbe6814059c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-03T16:19:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_LourençodiGiorgioSilvaPinheiro.pdf: 1358860 bytes, checksum: 6fd8ff30d24106e9a9214dbe6814059c (MD5) / O Brasil é consolidado um dos maiores produtores de cerveja do mundo, apresentando a terceira maior produção mundial. Um movimento internacional colocou as microcervejarias em evidência aumentando ainda mais a demanda por malte, um dos principais insumos utilizado na indústria cervejeira. Não apenas se tratando de quantidade, mas também de qualidade, as cervejarias especiais adicionam a produção de cerveja a necessidade de matérias-primas diferenciadas, uma vez que exigem produtos de qualidade superior para ingressar no mercado. A fim de expandir o cultivo de cevada pelo território nacional, auxiliar nas questões de logística de abastecimento de insumos para a indústria cervejeira e produzir maltes de qualidades diferenciadas, uma opção viável é o cultivo desse cereal na região Centro-Oeste. Sua agricultura mecanizada permite o cultivo sob regime de irrigação artificial. O objetivo desse trabalho foi avaliar os parâmetros de malteação para desenvolver uma metodologia adequada do processo utilizando a cevada cultivada no Cerrado brasileiro. Dessa forma, foi realizado de maneira pioneira ensaios de malteação com o cereal em questão. Para isso, foram realizadas análises da cevada e do malte produzido em termos bioquímicos, químicos e físicos a fim de comparação com dados da literatura. A primeira variedade estudada em um cultivo sem irrigação apresentou contaminação fúngica excessiva, não sendo possível seu processamento para a indústria alimentícia. A cevada cultivada irrigada artificialmente foi malteada de maneira exclusiva afim de permitir o desenvolvimento de um malte adequado para a produção de cerveja. Ao final do processamento, foram obtidos dois maltes, M1 e M2, que apresentaram, respectivamente, 50% e 48% de extrato (43% malte comercial) e coloração de 12 e 15 EBC (7 EBC malte comercial). Em termos de atividade enzimática, a enzima β amilase foi observado 20,3 UI (M1), 21,4 UI (M2) e 21 UI (malte comercial), em relação a enzima α amilase foi observado 3,25 UI (M1), 2,5 UI (M2), 16,3 UI (malte comercial). Como os maltes especiais, que apresentam coloração superior a 20 EBC, não apresentam taxas significantes de sacarificação, a cevada e os maltes produzidos podem ser utilizados pela indústria cervejeira para essa finalidade, agregando a região Centro-Oeste o cultivo de novas variedades de cereais que apresentam alto valor agregado após malteação, segmento pouco desenvolvido no Brasil. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Brazil is amongst the larger beer producers in the world with the third largest production. International interest placed micro beer producers on center stage further increasing the demand for malt, one of the main inputs of the industry. As an issue not only of quantity but also of quality, cottage beer industries require special, above average ingredients to enter the market. In order to expand barley plantations in the country, provide support to improvement of the logistic issues involved in supplying inputs to the industry and produce malts of differing qualities, a feasible option is the growing the cereal in the Centre-West. It’s mechanical agriculture allows for artificial irrigation. The objective of this work was to evaluate malting parameters for the development of and adequate process methodology applied to barley grown in the Brazilian Cerrado. To this end, biochemical, chemical and physical analyses were made on both barley and malt and then data was compared with existing literature. The first variety studied in a non-irrigated setting revealed an excessive fungi contamination and could not be used by the food industry. The artificially irrigated barley was malted in an exclusive manner so as to provide a malt for the beer production. At the end of processing, two malts were obtained, M1 e M2, presenting 50% and 48% de extract each (43% commercial malt) and coloring of 12 and 15 EBC (7 EBC commercial malt). In terms of enzymatic activity, the enzyme β amylase was observed 20,3 UI (M1), 21,4 UI (M2) and 21 UI (commercial malt), and in relation to enzyme α amylase observed was 3,25 UI (M1), 2,5 UI (M2), 16,3 UI (commercial malt). As the special malts, that present coloring above 20 EBC, do not have significant sugar leves, the barley and malts produced may be used by the beer industry, enriching Centre-West agriculture with new grain varieties that may have value added after malting, also contributing to an underdeveloped commercial segment in Brazil.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Centro de Desenvolvimento Sustentável, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-11-08T14:14:47Z No. of bitstreams: 1 2016_BarbaraFellowsDourado.pdf: 3919571 bytes, checksum: 040eb1a2712fcb3dbeadf73c4150554d (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-08T15:53:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_BarbaraFellowsDourado.pdf: 3919571 bytes, checksum: 040eb1a2712fcb3dbeadf73c4150554d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-08T15:53:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_BarbaraFellowsDourado.pdf: 3919571 bytes, checksum: 040eb1a2712fcb3dbeadf73c4150554d (MD5) / O Cerrado é um bioma que possui grande biodiversidade e é berço de grandes bacias hidrográficas. Mesmo com toda essa importância, o bioma perdeu uma grande parte das suas áreas de vegetação nativa. Com o intuito de aumentar as áreas com presença de árvores nas propriedades familiares rurais são realizados projetos para promover o plantio de árvores e incentivar a utilização da biodiversidade nativa; porém, alguns desses projetos não alcançam os objetivos desejados. Para verificar como ocorrem os cultivos pelos agricultores que participaram de projetos, e também pelos que não participaram, foram selecionados três assentamentos que participaram de projetos de incentivo ao cultivo de árvores. Para conhecer os cultivos de árvores foram realizadas entrevistas, um mapeamento participativo em imagem de satélite e um questionário com 20 agricultores. Essas metodologias foram utilizadas para identificar as características dos cultivos de árvores pelos agricultores familiares, como a riqueza de árvores cultivadas por eles em seus lotes, as unidades de cultivo de árvores e as características dos agricultores separados por grupos de riqueza de espécies e área ocupada com os cultivos arbóreos. Foi verificado que os agricultores cultivam as árvores em 5 diferentes unidades de cultivo, que são espaços com função e estruturas próprias. Foram identificadas 78 espécies cultivadas pelos agricultores, sendo 38 espécies nativas do Cerrado. As principais árvores cultivadas nos lotes foram a mangueira, o pequizeiro, a laranjeira, o abacateiro e o cajueiro, demonstrando uma preferência por árvores frutíferas. Algumas características dos agricultores pareceram influenciar nos cultivos de árvores, como o tempo no lote, a idade, o trabalho assalariado e o gênero. A principal diferença entre os agricultores que participaram dos projetos e os que não participaram foi na riqueza de espécies; porém, dentre os cinco agricultores que tiveram a maior área e maior riqueza cultivada, apenas um fez parte do projeto. A não adoção das técnicas ensinadas nos projetos pode estar associada a ausência de análise prévia dos cultivos e árvores adotados pelos agricultores. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Cerrado is a biome that has great biodiversity and which hosts the sources of major watersheds. Notwithstanding all this importance, the biome has lost a great part of its natural coverage. With the objective of increasing wooded areas in family farming properties, projects are developed seeking to promote tree planting and to incentive the use of native biodiversity, although some of these projects seldom achieve the desired results. In order to investigate how the land is cultivated both by farmers who have undergone such projects, and also by those who have not, three settlements that participated in tree planting incentive projects have been selected. In order to understand the tree planting initiatives, interviews were carried out, as well as a participative mapping by satellite image and a survey that was conducted with 20 farmers. These methodologies were used to identify the characteristics of the tree planting adopted by the family farmers, such as the richness of species cultivated in their lands, the tree planting units and the characteristics of the farmers, grouped according to the richness of species and the area occupied by the tree planting. It was verified that the trees are cultivated by the farmers in 5 different cultivations units, which are spaces with their own function and structures. The plantations had 78 different species being cultivated, 38 of which were native of the Cerrado biome. The main trees cultivated in the lots were mango-trees, pequi-trees, orange-trees, avocado-trees and cashew-trees; showing a clear preference for fruit trees. Some characteristics of the farmers seem to have influenced the tree planting, such as their time in the land, their age, their gender and if they are paid for their work. The main difference between the farmers who have participated in the project and those who have not was in the richness of species, but of the five farmers that had the biggest areas and the largest cultivated richness, only one had participated in the project. The non-adoption of the techniques taught in the projects may be associated to the absence of a prior analysis of the plantations and the trees adopted by the farmers.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2016-10-13T17:12:16Z No. of bitstreams: 1 2016_CatharineAbreuBomfim.pdf: 2402409 bytes, checksum: 2442152baa70a7dcd2cd3f8cf861c7a0 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-24T12:30:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_CatharineAbreuBomfim.pdf: 2402409 bytes, checksum: 2442152baa70a7dcd2cd3f8cf861c7a0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-24T12:30:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_CatharineAbreuBomfim.pdf: 2402409 bytes, checksum: 2442152baa70a7dcd2cd3f8cf861c7a0 (MD5) / Os biofertilizantes são alternativas sustentáveis ao produtor, a fim de reduzir ou substituir o uso de fertilizantes químicos. Atuam direta ou indiretamente sobre o todo ou partes das plantas cultivadas fornecendo nutrientes e elevando sua produtividade. Essas formulações são compostas por materiais de fácil acesso ao produtor, como restos de colheita e utilizam microorganismos que atuam de forma benéfica aumentando a disponibilidade de nutrientes às plantas, por meio de processos biológicos. O Hortbio® é um biofertilizante aeróbico enriquecido, desenvolvido pela Embrapa Hortaliças – DF. O objetivo desse trabalho foi caracterizar o Hortbio® no que tange a respeito à sua microbiota cultivável, concentração de ácido indolacético (AIA) e contaminantes biológicos, assim como avaliar o efeito de doses do biofertilizante em diferentes variedades de alface. Foi utilizado, para avaliação da microbiota, o biofertilizante em diferentes tempos de produção, sendo esses 0, 5, 10, 15, 20, 25 e 30 dias de dois preparados, sendo eles o Hortbio® 0 e o Hortbio® 40 e o inóculo EM (micro-organismos eficazes). Foi utilizado diferentes meios de cultura para o isolamento dos micro-organismos, sendo eles o meio R2A, Martin, AC, THSM e MYGP para o isolamento de bactérias totais, fungos totais, actinomicetos, Trichoderma spp. e leveduras, respectivamente. Os microorganismos foram identificados por meio do sequenciamento do DNA. Para a determinação da concentração de AIA foi utilizado o Hortbio® 0 nos tempos de produção 10, 20 e 30 utilizando a técnica de HPLC. Para a avaliação de contaminantes biológicos, foi avaliada a presença de Salmonella spp. e coliformes fecais no produto, assim como de helmintos e nematodas em cinco diferentes preparados do biofertilizante, todos esses com 10 dias de preparo. Foi avaliado o efeito de diferentes doses do biofertilizante (0, 50, 100, 150, 200, 250 kg.ha-1 de N) em três tipos da alface (Crespa, Romana e Americana) em um experimento randomizado conduzido em vasos. Foram avaliados diferentes atributos agronômicos da alface, sendo eles: a altura (AP) e largura da planta (LP) das plantas, a massa fresca (MF), o número médio de folhas (NMF), bem como o comprimento (CC) e diâmetro do caule (DC). A fertilidade do solo foi avaliada pela determinação do Ca2+, Mg2+, K+, Na+, P, H+Al, capacidade de troca de cátions (CTC), pH e matéria orgânica do solo (MOS). Foram recuperados 217 isolados microbianos, sendo 120 bactérias, 61 leveduras e 36 fungos. Entre os gêneros encontrados, Klebsiella, Pseudomonas, Bacillus, Streptomyces, Arthrobacter, Lactococcus, Kurthia, Sporosarcina, Alcaligenes, Acinetobacter, Enterobacter, Gluconobacter, Stenotrophomonas, Corynebacterium, Pichia, Aspergillus, Penicillium e Trichoderma já foram relatados na literatura como importantes promotores do crescimento vegetal e agentes de biocontrole. Quanto a avaliação de AIA, houve a redução da concentração do hormônio ao longo do tempo de produção do biofertilizante, contudo, a concentração dosada nos tempos 10, 20 e 30 atua estimulando o crescimento de pêlos radiculares e raízes secundárias. Quanto a avaliação dos contaminantes biológicos, não foi detectada a presença de Salmonella spp. e Escherichia coli, contudo, em dois preparados do biofertilizante foi identificado formas evolutivas de protozoários Entamoeba coli e Endolimax nana e ovos de Nematodas. Quanto a avaliação do efeito das doses na alface, as doses 50 e 100 kg.ha-1 de N apresentaram melhor rendimento quando observado os atributos agronômicos, e as doses mais elevadas (200 e 250 kg.ha-1 de N) foram deletérias ao desenvolvimento da alface. A análise da fertilidade do solo mostrou que o Hortbio® aportou uma elevada concentração de K, Ca e Na, especialmente nas doses 200 e 250 kg.ha-1 de N. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Biofertilizers are sustainable alternatives to producers in order to reduce or replace the use of chemical fertilizers. Act directly or indirectly on all or parts of plants grown by providing nutrients and increasing its productivity. These formulations are comprised of easily accessible to the producer materials such as crop residues and use micro-organisms that act beneficially increasing the availability of nutrients to plants through biological processes. The Hortbio® is enriched aerobic bio-fertilizer developed by Embrapa Vegetables - DF. The aim of this study was to characterize the Hortbio® with regard to respect for their cultivable microbiota, indole acetic acid (IAA) concentration and biological contaminants, and to evaluate the effect of biofertilizer doses in different varieties of lettuce. Was used, for evaluation of microbiota, different biofertilizer production times, these being 0, 5, 10, 15, 20, 25 and 30 days of either preparation, they being Hortbio® 0 and 40 Hortbio® and inoculum EM (effective microorganisms). Was used culture media for the isolation of micro-organisms, these being R2A, Martin AC, and THSM MYGP for the isolation of total bacteria, total fungi, actinomycetes, Trichoderma spp. and yeast, respectively. The microorganisms were identified by DNA sequencing. For the determination of IAA concentration was used Hortbio® 0 in production times 10, 20 and 30 using the HPLC technique. For the valuation of biological contaminants, we evaluated the presence of Salmonella spp. and fecal coliforms in the product, as well as helminths and nematodes in five different biofertilizer. All those with 10 days of preparation. The effect of different doses of biofertilizer (0, 50, 100, 150, 200, 250 kg ha-1 N) of three types of lettuce (leaf, crisp head and cos lettuce) in a randomized trial conducted in pots. They evaluated different agronomic traits of lettuce, which are: the height (HP) and width of the plant (WP) of plants, fresh mass (FM), the average number of leaves (ANL) and the length (SL) and stem diameter (SD). Soil fertility was assessed by determining the Ca2+, Mg2+, K+, Na+, P, H+Al, cation exchange capacity (CEC), pH and soil organic matter (SOM). 217 microbial isolates were recovered, with 120 bacteria, 61 yeasts and 36 fungi. Among the found genera, Klebsiella, Pseudomonas, Bacillus, Streptomyces, Arthrobacter, Lactococcus, Kurthia, Sporosarcina, Alcaligenes, Acinetobacter, Enterobacter, Gluconobacter, Stenotrophomonas, Corynebacterium, Pichia, Aspergillus, Penicillium and Trichoderma have been reported in the literature as important growth promoters and biocontrol agents. There was a reduction of the concentration of IAA over time of the biofertilizer production, however, the concentration measured at the times 10, 20 and 30 acts stimulating the growth of secondary roots and root hairs. It was not detected the presence of Salmonella spp. and Escherichia coli, however, in two preparations of the biofertilizer was identified developmental forms protozoan Entamoeba coli and Endolimax nana and nematode eggs. The evaluation of the effect of doses in lettuce showed that the doses 50 and 100 kg ha-1 N presented better performance when observing the agronomic traits and the higher doses (200 and 250 kg ha-1 N) were deleterious the development of lettuce. The soil fertility analysis showed that Hortbio® contributed a high concentration of K, Na and Ca, especially at doses 200 and 250 kg ha-1 of N.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-02-03T14:00:48Z No. of bitstreams: 1 2016_ThaisPereiraMartins.pdf: 1887975 bytes, checksum: 70c34a740639c7a34264c3c76f0c3839 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-14T19:07:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_ThaisPereiraMartins.pdf: 1887975 bytes, checksum: 70c34a740639c7a34264c3c76f0c3839 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-14T19:07:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_ThaisPereiraMartins.pdf: 1887975 bytes, checksum: 70c34a740639c7a34264c3c76f0c3839 (MD5) / O tomateiro é uma solanácea cultivada em várias partes do mundo, com fruto rico em compostos com propriedades antioxidantes e anticancerígenas. A tomaticultura está sujeita a várias doenças que podem limitar sua produção, diversos vírus têm sido descritos e estão amplamente disseminados nos campos de produção. As viroses estão dentre as doenças de maior importância, pois são de difícil controle e não existem produtos anti-virais disponíveis no mercado. A diagnose das espécies virais é realizada comumente por técnicas tradicionais e modernas, testes sorológicos como o ELISA e testes moleculares como a RT-PCR e a PCR são utilizados para detecção de patógenos previamente caracterizados. As limitações dessas técnicas aparecem quando se trata da detecção e identificação de um novo vírus. Identificar o agente causador de uma nova doença, onde não se tem informações sobre a morfologia, composição ou características químicas e físicas do patógeno, utilizando tais técnicas juntamente com microscopia eletrônica constitui uma tarefa difícil que pode demorar meses ou anos. Devido a essas dificuldades, novas abordagens para melhorar a identificação dos agentes causadores de novas doenças foram desenvolvidas. A abordagem metagenômica utilizando o método de Sanger gerou uma série de realizações importantes, porém, ao final do século XX, o sequencimento de alto desempenho (Next generation sequencing – NGS) foi lançado para suprir as limitações desse método. O sequenciamento de alto desempenho sequencia massalmente a população de ácidos nucleícos presentes em uma amostra, gerando sequências curtas de uma ou de ambas as extremidades, conhecidas como reads. O advento dessa forma de sequenciar transformou os estudos metagenômicos de grande escala em procedimentos práticos e de baixo custo. Com o objetivo de conhecer a população viral (viroma) e de obter genomas virais completos ou parciais, o sequenciamento de alto desempenho foi implementado para detectar patógenos virais em tomateiros de Brazlândia (DF), Campinas (SP) e Araguari (MG). Amostras de tomateiros que apresentavam sintomas típicos de infecções virais foram coletadas e agrupadas em cinco amostras compostas: BRAZ, com plantas de Brazlândia e AHOL, TOCA1, TOCA2, com plantas de Campinas e CAM-RNY2, com plantas de Araguari. As amostras compostas foram submetidas ao processo de semi-purificação de partículas virais, à extração de RNA e posteriormente foram enviadas para sequenciamento na plataforma Illumina HiSeq2000, na Macrogen (Coréia do Sul). Diversos vírus de ocorrência habitual nos campos de produção brasileiros foram detectados: os tospovírus Groundnut ringspot virus, o Tomato spotted wilt virus; o tobravírus Pepper ringspot virus; o crinivírus Tomato chlorosis virus; os begomovírus Sida micrantha mosaic virus e o Tomato severe rugose virus; o tymovírus Tomato blistering mosaic virus; e os potyvírus Pepper yellow mosaic virus e Potato virus Y. O Pepper mild mottle virus foi detectado como um resultado inesperado, devido à predominância de tobamoviroses causadas por Tomato mosaic virus em tomateiro. Dois contigs da amostra BRAZ geraram suspeitas de existência de uma nova espécie de ilarvírus, devido a sua baixa identidade com Ageratum latent virus e Parietaria mottle virus. O amalgavírus Southern tomato virus foi detectado em todas as bibliotecas e dois genomas semi-completos foram montados (STV-DF e STV-MG). Esses genomas mostraram alta identidade de nucleotídeos entre si e com os demais isolados de STV depositados no banco de dados. O STV é um vírus de RNA fita-dupla de aproximadamente 3,5 Kbp, pertencente ao gênero Amalgavirus, que foi descrito na América do Norte (Estados Unidos e México). Não há evidências de transmissão mecânica ou por enxertia desse vírus, porém, estudos anteriores confirmaram elevadas taxas de transmissão vertical (70% – 90%). Os relatos desse vírus têm crescido nos últimos anos, foi relatado também na França, na Espanha, na China, na Itália e em Bangladesh. A detecção sempre em co-infecção com outros vírus e a ausência de sintomas em plantas positivas para o vírus gerou dúvidas a respeito de sua patogenicidade, porém sua alta taxa de transmissão vertical e a expansão de sua distribuição gerou preocupações para a indústria do tomate. Maiores estudos são necessários para definir o efeito de sua presença em lotes de sementes comerciais e o seu potencial de patogenicidade. Com o objetivo de caracterizar o isolado de STV encontrado no Brasil, a presença desse vírus foi confirmada e foi realizado um estudo filogenético, além da detecção por RT-PCR em plantas coletadas no campo e em sementes comerciais de tomateiro utilizando dois pares de primers. Todas as amostras compostas originais testadas apresentaram resultados positivos para RT-PCR, com ambos os primers. A clonagem e sequenciamento de fragmento gerado a partir da amostra BRAZ possibilitou a obtenção dos nucleotídeos faltantes na sequência STV-DF. A análise filogenética da RNA polimerase pelo método da máxima verossimilhança, mostrou agrupamento dos isolados de STV-DF e STV-MG com as demais sequências de STV. Os isolados de STV permaneceram próximos a outros vírus pertencentes à família Amalgaviridae, que se mostraram mais próximos dos vírus da família Partitiviridae que do vírus pertencente à família Totiviridae. O vírus foi detectado em amostras coletadas em Brazlândia e Taquara (DF), em São José do Rio Preto (SP), em Corúmba de Goiás, Morrinhos e Goianápolis (GO) e em Reserva (PR) As plântulas testadas das cultivares Predador, Santa Clara, H-9992 e H-9553 também apresentaram resultados positivos para infecção por STV. A alta similaridade entre os isolados de STV encontrados e os existentes e a detecção desse vírus em plântulas de sementes comerciais indicam uma provável introdução do vírus através de materiais vegetais importados. Aproximadamente um sétimo dos vírus de plantas conhecidos são transmitidos por sementes de pelo menos uma espécie vegetal por ele infectada. A detecção desse vírus em plântulas oriundas de sementes comerciais demonstra a fragilidade do controle do material vegetal que entra no país. Quatorze países exportam sementes de tomate para o Brasil sem a análise de risco de pragas por estarem autorizados pelo MAPA. Embora a importação seja importante para a economia do país, a ineficiência das medidas fitossanitárias para autorizar a entrada das sementes pode trazer consequências desastrosas para agricultura brasileira. / The tomato is a solanaceous plant, rich in substances with antioxidant properties, and which is cultivated in several regions of the world. Susceptible to infection by different viruses, the tomato production has serious risks that limit its production. Viruses are among the most important diseases because of the difficulty in their control. The diagnosis of viral species is commonly carried out by traditional and modern techniques, such as serological and molecular tests such as PCR or RT-PCR, which are used to detect previously characterized pathogens. These tools have limitation in cases when there is a need for detection and identification of unknown viruses. The identification of the etiological agent of a new disease, i.e. without information on particle morphology, genome composition and chemical and physical properties, starting from electron microscopy, is a difficult task that can take months or years to accomplish. To circumvent these difficulties, new techniques were developed. The metagenomics approach, using the Sanger method, has generated a number of important achievements, but at the end of the 21st century, high-performance sequence was launched to overcome the limitations of this method. The Next generation sequencing (NGS) strategy enables the determination of sequences of the whole population of nucleic acids present in a sample, by generating sequences of one or both ends (named reads). The advent of this sequencing technique has transformed metagenomic studies of large-scale practical and with a low cost. In order to determine the viral population (virome) and assemble the complete or partial viral genomes present in tomato plants, high-performance sequencing has been implemented in plants collected in the regions Brazlândia (DF), Campinas (SP) and Araguari (MG). Tomato samples with typical symptoms of viral infections were collected and grouped into five composite samples: BRAZ, containing plants collected in Brazlândia; AHOL, TOCA1, TOCA2 from Campinas; and CAM-RNY2 from Araguari. The composite samples were subjected to the process of semi-purification of viral particles, extraction of RNA and sequencing on Illumina platform HiSeq2000 at Macrogen, Inc. (South Korea). Several viruses commonly found in Brazilian production fields were detected, such as tospovírus Groundnut ringspot virus and Tomato spotted wilt virus; the tobravírus Pepper ringspot virus; the crinivírus Tomato chlorosis virus; the begomovírus Sida micrantha mosaic virus and Tomato severe rugose virus; the tymovírus Tomato blistering mosaic virus; and the potyvírus Pepper yellow mosaic virus and Potato virus Y. The tobamovirus Pepper mild mottle virus was also detected, though this result was not expected due to the predominance of Tomato mosaic virus in tomato. Two contigs generated from BRAZ sample showed a proximity to the ilarvirus Ageratum latent virus and Parietaria mottle virus suggesting the presence of a new ilarvirus in the plants. The amalgavirus Southern tomato virus (STV) was detected in all libraries and two semi-complete genomes (STV-DF and STV-MG) were assembled. These genomes showed high nucleotide identity each other and among other STV sequences deposited in nucleotide databases. STV is a double-stranded RNA virus of approximately 3.5 kbp, belonging to the genus Amalgavirus, which was described in North America (United States and Mexico). There is no evidence for mechanical transmission or by grafting of this virus, however, previous studies have confirmed high vertical transmission rates (70% - 90%). The reports of this virus have increased in the last years, being reported in France, Spain, China, Italy and Bangladesh. Questions regarding its pathogenicity properties are unanswered since they are usually detected in co-infection with other viruses and because of the absence of symptoms in positively infected plants. Its high rate of vertical transmission and the expansion of its worldwide spread are of big concerns for the tomato industry. Further studies are needed to define the effect of their presence in batches of commercial seeds and its potential for pathogenicity. In order to characterize the STV isolates found in Brazil, the presence of this virus has been confirmed and we performed a phylogenetic study, in addition to the RT-PCR using two primer sets, detection in plants collected in the field and in commercial tomato seeds. The original composite test samples were all positive for RT-PCR with both primer sets. The gap on the STV NGS-sequence from Brazlândia was filled by cloning and sequencing of an RT-PCR amplified fragment. The phylogenetic analysis of the RNA-dependent RNA polymerase gene by the maximum likelihood method showed grouping of STV-DF and STV-MG sequences with other STV sequences reported throughout the world. The STV sequences were closely related to viruses of other genus within the family Amalgaviridae, and to those of Partitiviridae than to those of Totiviridae. The virus was detected in new samples from Brazlândia and Taquara (DF), in São José do Rio Preto (SP), in Corumba de Goiás, Morrinhos and Goianápolis (GO), and Paraná (PR). Seedlings tested for the detection of STV of the cultivars Predator, Santa Clara, H-9992 and H-9553 were positive. The high identity among the isolates and the high incidence rate of STV in seeds indicate a possible introduction of the virus from the tomato seeds. Approximately one in seven known plant viruses is transmitted by seeds of at least one plant species. The detection of this virus in commercial seed seedling demonstrates the fragility in the control system of importation of plant materials. Fourteen countries export tomato seeds to Brazil without the need of risk analysis of pests because they are authorized by MAPA. Although this importation is important for the tomato production chain, the inefficiency of phytosanitary regulation system by authorizing the entry of contaminated seeds can have disastrous consequences for the Brazilian agriculture.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-02-15T18:02:02Z No. of bitstreams: 1 2016_EugenioMirandaSperandio_Parcial.pdf: 648352 bytes, checksum: 65ae01f0abe1e0c200a6f01cc505337d (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-03-24T23:16:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_EugenioMirandaSperandio_Parcial.pdf: 648352 bytes, checksum: 65ae01f0abe1e0c200a6f01cc505337d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T23:16:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_EugenioMirandaSperandio_Parcial.pdf: 648352 bytes, checksum: 65ae01f0abe1e0c200a6f01cc505337d (MD5) / O arroz (Oryza sativa L.) é uma das culturas mais importantes do mundo, sendo base para alimentação de metade da população global. O vigor inicial de cultivares de terras altas e a brusone (Magnaporthe oryzae) são os principais desafios enfrentados por essa cultura. O controle dessa doença é feito principalmente pelo uso de fungicidas e de cultivares resistentes. A alta variabilidade adaptativa do patógeno permite o aparecimento de indivíduos resistentes aos princípios ativos e o surgimento de novas raças capazes de suplantar os genes de resistência das cultivares de arroz. Isso torna necessário a constante busca por meios para contornar esses problemas visando conciliar o controle com preservação ambiental e saúde humana. Plantas possuem mecanismos de defesa que permanecem latentes e podem ser ativados. A ndução de resistência (IR) possui potencial para ser aplicada no controle de doença de plantas. Os agentes indutores podem ser rizobactérias promotoras de crescimento e patógenos avirulentos, bem como hormônios vegetais.. O objetivo deste trabalho foi verificar o efeito de Serratia sp. na promoção de crescimento e determinar e comparar a expressão gênica, aspectos bioquímicos e fenotípicos durante a ativação e interação de respostas de defesa em plantas de arroz desencadeadas por rizobactéria (Serratia sp.), M. oryzae avirulento (AVR) e Acibenzolar-S-metil (ASM) em resposta ao desafio com M. oryzae. Serratia sp BRM32114 promoveu o crescimento, reduziu o progresso da doença e induziu resistência, ativou respostas de defesa inicialmente regulados pelo ácido salicílico. A infecção não se estabeleceu em plantas tratadas com M. oryzae avirulento onde houve uma rápida ativação de β-1,3-glucanase (GLU) e peroxidase (POX), reação de hipersensibilidade (RH) e modificações histológicas nas plantas de arroz. Acibenzolar-S-metil (ASM), análogo do SA, induziu resistência sistêmica nas plantas com aparição de sintomas de RH e a aplicação de JA seguida do desafio com M. oryzae aumentou a suscetibilidade de arroz à brusone; o antagonismo entre JA e ASM foi confirmado pela inoculação do patógeno após a indução da planta com a aplicação em conjunto de ambos agentes indutores. A análise do transcritoma de plantas induzidas indicou que há semelhanças e algumas diferenças entre as respostas de defesa ativadas ISR e SAR, desencadeadas por Serratia sp. e M. oryzae AVR, respectivamente. Serratia sp. modula diferencialmente genes relacionados com biossíntese de SA e também alguns envolvidos no cross-talk entre os hormônios de defesa. M. oryzae avirulento superexpressa enzimas que degradam parede celular fúngica como GLU e quitinases, bem como enzimas envolvidas no estresse oxidativo. Já o isolado de M. oryzae virulento modula a seu favor genes que antagonisam respostas governadas por SA, superexpressando genes envolvidos na síntese de JA e aqueles envolvidos na degradação de espécies reativas de oxigênio. / Rice (Oryza sativa L.) is one of the most important crops in the world wide, being the basis for feeding half the global population. The initial vigor of upland cultivars and blast (Magnaporthe oryzae) are the main challenges faced by this crop. Today control of this disease is mainly achieved by the use of fungicides and resistant cultivars. The high adaptive variability of the pathogen allows the appearance of individuals resistant to the active principles and the emergence of new breeds capable of supplanting the resistance genes of the rice cultivars. This makes it necessary to constantly search for means to overcome these problems in order to reconcile control with environmental preservation and human health. Plants have defense mechanisms that remain latent and can be activated. Induced resistance (IR) has potential to be applied to plant disease control. The inducing agents may be plant growth-promoting rhizobacteria and avirulent pathogens, as well as plant hormones. The objective of this work was to verify the effect of Serratia sp. In the promotion of growth and to determine and compare gene expression, biochemical and phenotypic aspects during the activation and interaction of defense responses in rice plants triggered by rhizobacteria (Serratia sp.), M. oryzae avirulent (AVR) and Acibenzolar-S- Methyl (ASM) in response to challenge with M. oryzae. Serratia sp. BRM32114 promoted growth, reduced disease progression and induced resistance, activated defense responses initially regulated by salicylic acid. The infection was not established in plants treated with avirulent M. oryzae where there was a rapid activation of β-1,3-glucanase (GLU) and peroxidase (POX), hypersensitivity reaction (RH) and histological modifications in rice plants. Acibenzolar-S-methyl (ASM), an analogue of SA, induced systemic resistance in plants with the appearance of HR symptoms and the application of JA followed by challenge with M. oryzae increased rice susceptibility to blast; The antagonism between JA and ASM was confirmed by inoculation of the pathogen after induction of the plant with the application together of both inducing agents. Induced plant transcriptase analysis indicated that there are similarities and some differences between the ISR and SAR activated defense responses, triggered by Serratia sp. and M. oryzae AVR, respectively. Serratia sp. Differentially modulates genes related to SA biosynthesis and also some involved in the cross-talk between defense hormones. M. oryzae avirulent overexpresses enzymes that degrade fungal cell wall like GLU and chitinases, as well as enzymes involved in oxidative stress. In contrast, the virulent M. oryzae isolate modulates genes that antagonize SA-governed responses, overexpressing genes involved in the synthesis of JA, and those involved in the degradation of reactive oxygen species.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2015. / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2015-10-28T11:37:29Z No. of bitstreams: 1 2015_EdrianaAraújodeLima.pdf: 12394907 bytes, checksum: 08e13d707036eafb1975e0d5e9aca956 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2015-11-12T14:19:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_EdrianaAraújodeLima.pdf: 12394907 bytes, checksum: 08e13d707036eafb1975e0d5e9aca956 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-12T14:19:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_EdrianaAraújodeLima.pdf: 12394907 bytes, checksum: 08e13d707036eafb1975e0d5e9aca956 (MD5) / O cafeeiro é uma das culturas mais importantes para o Brasil, sendo fonte de divisas para os países tropicais produtores. Das mais de 90 espécies do gênero Coffea, C. arabica e C. canephora são as espécies cultivadas comercialmente. Os grãos de C. arabica são mais consumidos e apreciados no mundo, mas C. canephora possui uma parte importante do mercado no que se refere à produção de café solúvel e blends com C. arabica, além de ser fonte de resistência a patógenos como os nematoides das galhas. Espécies do gênero Meloidogyne constituem um dos mais importantes fitopatógenos por sua polifagia, causando danos e perdas consideráveis em culturas importantes, como o cafeeiro. Cultivares de C. canephora têm sido usadas como porta enxertos para C. arabica e, programas de melhoramento vem produzindo plantas que podem ser promissoras no controle desse patógeno. No entanto, até o presente momento, esses genótipos foram resistentes a uma ou duas espécies de Meloidogyne. Os objetivos desse trabalho foram: buscar fontes de resistência às populações de Meloidogyne em clones de C. canephora desenvolvidos pelo Instituto Capixaba de Pesquisa e Extensão Rural (INCAPER); observar os possíveis mecanismos de resistência envolvidos e também quais genes poderiam ser candidatos à resistência. No primeiro instante, clones de C. canephora população Conilon foram avaliados quanto à resistência a seis populações de Meloidogyne. Nesse primeiro ensaio, descobriu-se que o clone 14, já previamente avaliado como tolerante a seca, foi resistente a todas as populações testadas do patógeno. Por meio de histopatologia, observou-se no clone 14 inoculado com M. paranaensis e M. incognita, através da histopatologia, morte celular e reação de hipersensibilidade tanto no período inicial de infecção do patógeno, quanto nos dias finais da observação, nas células ao redor dos poucos nematoides que conseguiram iniciar o sítio de alimentação. Não houve desenvolvimento do nematoide nem produção de ovos observados através da microscopia e a penetração dos juvenis também foi sensivelmente menor no clone 14 resistente quando comparado aos cafeeiros suscetíveis. Não houve diferença na reação de resistência da planta entre as duas espécies/populações de nematoides das galhas usadas no estudo da histopatologia. Raízes do clone 14 e do padrão de suscetibilidade clone 22, foram inoculadas com M. paranaensis e retiradas nos mesmos moldes do ensaio de histopatologia, para a extração de RNA e produção de cDNA para serem utilizados no sequenciamento e qPCR, respectivamente. Foi observada diferença na expressão de genes de resistência, genes relacionados à produção de lignina, cisteína protease e inibidor de cisteína protease e no hits, dentre outros, entre os clones resistente e suscetível. No caso da cisteína protease e lignina-forming, a expressão foi 3.000 e 6.000 vezes maior no clone resistente que no clone suscetível a M. paranaensis nos dias finais do ciclo do nematoide, coincidindo com o período de intensa morte celular e reação de hipersensibilidade na raiz do clone 14. Os resultados demonstraram que o clone 14 pode ser importante fonte de genes relacionados com a resistência à Meloidogyne spp. e que esses genes devem ser estudados mais profundamente no futuro a fim de obter maior conhecimento sobre os mecanismos moleculares envolvidos no processo de resistência aos nematoides das galhas e os possíveis pontos de intersecção entre os estresses bióticos e abióticos. __________________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Coffee is one of the most important crops in Brazil and worldwide, a source of income for tropical countries that produce it. Among more than 90 species of the genus Coffea, C. arabica and C. canephora are the only commercially cultivated ones. Coffea arabica grains are more appreciated and consumed worldwide, but C. canephora has an important share of the market regarding soluble coffee and C. arabica blends production. It is also a source of resistance to coffee pathogens, such as root-knot nematodes. Meloidogyne species are some of the most important phytopathogens, due to their polyphagic habits, and cause considerable damage and loss in several major crops alongside coffee. Coffea canephora cultivars have been used as rootstocks for C. arabica and breeding programs have produced promising plants to control these pathogens. However, to date, these genotypes were resistant to only one or two species of Meloidogyne. The goals of the present study were to search for sources of resistance to Meloidogyne populations in C. canephora clones developed by the “Instituto Capixaba de Pesquisa e Extensão Rural” (INCAPER) and observe possible resistance mechanisms involved in and which genes could be candidates to resistance. Initially, clones of C. canephora, Conilon population, were evaluated for resistance and susceptibility to six Meloidogyne populations. In this first experiment, it was found that clone 14, previously reported as drought tolerant, was resistant to all six tested pathogen populations. Histopathology studies in roots of clone 14 plants, inoculated with M. incognita and M. paranaensis, evidenced cell death and hypersensibility reactions, both during initial and final days of infection, in cells around the few nematodes that induced feeding sites. Microscopy showed no nematode development or production of eggs, and penetration of juveniles was also significantly lower in the resistant clone 14 when compared to susceptible trees. There was no significant difference in the plant resistance reaction observed between the two Meloidogyne species used in histopathology studies. Roots of clone 14 and of the pattern of susceptibility, clone 22, were inoculated with M. paranaensis and collected, as in the histopathology assay, for RNA extraction (sequencing) and production of cDNA (qPCR). Differences were observed between both clones in the expression of genes related to resistance and lignin production, cysteine proteases, cysteine protease inhibitors and no hits, among others. Gene overexpression went 3.000 and 6.000 times higher for cysteine proteases and lignin formation, respectively, in resistant clones when compared to the susceptible ones when inoculated with M. paranaensis, in the final days of the nematode life cycle. It was coincident with intense cell death and hypersensibility reaction periods observed in roots of clone 14 plants. Results show that clone 14 may be an important source of genes related to resistance to Meloidogyne spp. and those should be further studied to understand more accurately the molecular mechanisms involved in resistance to root-knot nematodes and possible points of intersection between biotic and abiotic stresses.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2015. / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2016-04-04T18:11:36Z No. of bitstreams: 1 2015_AbdulrazakBabaIbrahim_Parcial.pdf: 138489 bytes, checksum: 26cc0275768c96350d0f878cb4affd71 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-04-05T12:09:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_AbdulrazakBabaIbrahim_Parcial.pdf: 138489 bytes, checksum: 26cc0275768c96350d0f878cb4affd71 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-05T12:09:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_AbdulrazakBabaIbrahim_Parcial.pdf: 138489 bytes, checksum: 26cc0275768c96350d0f878cb4affd71 (MD5) / RNA de interferência (RNAi) é um processo bioquímico potente e específico de silenciamento de genes, que ocorre em uma variedade de organismos como mamíferos, fungos e plantas. O mecanismo atua a nível pós-transcricional, e pode resultar na degradação ou não tradução de RNAs mensageiros (mRNA). Esse mecanismo foi utilizado com o objetivo de silenciar o gene v-ATPase da mosca branca (Bemisia tabaci), que é considerada uma importante peste da agricultura em regiões tropicais e sub-tropicais em todo o mundo. Nesse estudo, um plasmídeo contendo um cassete de interferência para um fragmento de v-ATPase foi desenvolvido e utilizado para transformar cotilédones de alface (Lactuca sativa). Um total de 25 linhagens transgênicas foram geradas, das quais sete foram avaliadas para estudos moleculares. Análise de progênie confirmou a preseça do inserto na geração T1 das sete linhagens assim como a análise de Northern, que permitiu a detecção de siRNAs correspondentes ao gene de v-ATPase. Um estudo de silenciamento da v-ATPase foi feito por meio de um bioensaio no qual plantas das diferentes linhagens foram submetidas à presença de 20 moscas brancas, e a taxa de mortalidade, bem como a alteração de desenvolvimento em diferentes estágios do ciclo de vida da mosca foram avaliados, durante um período de 32 dias. A análise da mortalidade de insetos que se alimentaram em plantas transgênicas demonstrou que, em três dias de alimentação, uma queda de aproximadamente 75% nessa população pôde ser observada quando comparado ao controle (p<0,05). Alterações significativas no ciclo de desenvolvimento de insetos se alimentando em plantas transgênicas também foram observadas (p<0,05). Dessa forma, dados apresentados nesse trabalho funcionam como prova de conceito no desenvolvimento de tolerância à mosca branca mediado por RNAi. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / RNA interference (RNAi) is a potent biochemical phenomenon that targets and silences specific genes in different life forms like mammals, fungi and plants. The process of silencing takes place at post-transcriptional level leading to the degradation of messenger RNAs (mRNAs) or inhibition of their translation. RNAi has been demonstrated to be useful in silencing v-ATPase gene of whitefly (Bemisia tabaci), an important agricultural pest in the tropics and sub-tropic regions of the world. Here, a plasmid containing an interferent cassette designed to generate siRNA molecules that target v-ATPase gene transcript was cloned in a binary vector, which was used to transform cut-pieces of cotyledons from germinating lettuce (Lactuca sativa). A total of 25 transgenic lines were generated, of which seven were selected for further molecular analysis. Progeny analysis confirmed that these lines have passed the inserted character to the next generation (T1). Northern blot analysis detected siRNAs corresponding to the v-ATPase insert. The lines were used to perform a bioassay in order to evaluate the silencing effect of v-ATPase. Plants from these lines were infested with 20 whiteflies and the mortality as well as alterations in growth and development of different stages of the whitefly life cycle was monitored over a period of 32 days. Analysis of mortality showed that within three days of feeding, insects on transgenic plants showed a mortality rate of about 75% higher than those on control plants (p<0.05). Significant alterations in the development of the insects on transgenic plants were also observed (p<0.05). Data presented in this work may function as a proof of concept in the development of plants with tolerance to whitefly via RNAi.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-04-08T13:41:14Z No. of bitstreams: 1 2016_AntonioMacedoDias.pdf: 1028081 bytes, checksum: 42600d36abd0edba95c5755af6e5ba5f (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2016-04-11T14:25:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AntonioMacedoDias.pdf: 1028081 bytes, checksum: 42600d36abd0edba95c5755af6e5ba5f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-11T14:25:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AntonioMacedoDias.pdf: 1028081 bytes, checksum: 42600d36abd0edba95c5755af6e5ba5f (MD5) / O bicudo-do-algodoeiro é uma das pragas de maior relevância da agricultura no Brasil. Apesar da sua importância, medidas de manejo efetivas em sistemas de cultivo restritivos ao uso de insumos sintéticos continuam escassas. O objetivo desse trabalho foi avaliar o efeito do espaçamento entre linhas e da época de semeadura sobre o ataque do bicudo-do-algodoeiro e características condicionantes da produção das plantas. Foram testados os espaçamentos de 0,50, 0,75 e 1,00 m entre linhas e as épocas de semeadura 20/11/14, 16/12/14 e 20/01/15, sendo os tratamentos arranjados no delineamento em blocos ao acaso com quatro repetições. Ao surgimento das primeiras estruturas reprodutivas, avaliou-se, semanalmente, o número total e o número de estruturas reprodutivas contendo sinais de alimentação e oviposição do bicudo-do-algodoeiro. Adicionalmente, as estruturas atacadas e caídas no solo foram coletadas, que também é uma medida de controle cultural por catação evitando um aumento na infestação da lavoura pelos indivíduos emergidos e destinadas ao laboratório e submetidas à mesma avaliação feita a campo sendo, em seguida, acondicionadas em recipientes plásticos de 5L de capacidade e submetidas à avaliação semanal quanto à emergência de adultos até 21 dias após a coleta. Na última avaliação, foi realizada análise destrutiva para contabilização das fases da praga presentes no interior das estruturas coletadas e que não emergiram. A partir da abertura de 80% dos capulhos, as avaliações a campo foram encerradas, quando foi realizada a colheita de 10 plantas ao acaso por parcela contabilizando-se o número total de capulhos e maçãs, o número de capulhos normais e defeituosos (carimã), o número total de ramos das plantas colhidas e o número de maçãs normais e com sinais de ataque do bicudo-do-algodoeiro. Após essa avaliação, os capulhos foram pesados com e sem caroço para estimativa da produção, rendimento e qualidade tecnológica da fibra. Os dados foram analisados por ANOVA por medidas repetidas e ANOVA seguida de teste de médias, para a verificação do efeito significativo de tratamentos. Observou-se que o espaçamento de 0,75 m entre linhas e a segunda época de cultivo (16/12/2014) adiaram a tomada de decisão de controle de A. grandis em uma e três semanas, respectivamente, além de terem produzido menor número de adultos e, em geral, menor número de estruturas reprodutivas danificadas. O espaçamento de 0,75 m e a primeira época de cultivo (20/11/2014) proporcionaram as maiores produções e permitiram a obtenção de melhores classificações em termos de qualidade da fibra. ___________________________________________________________________________ ABSTRACT / The boll weevil is one of the most important pest of cotton in Brazil. In spite of its relevance, management practices that are effective in controlling this pest in systems restrictive concerning pesticides use are scarce. Hence, this work evaluated the effect of row spacing and planting date over attack boll weevil, and over the production characteristics of cotton plants. Row spacing of 0.50, 0.75 and 1.00 m and planting dates of 11/20/14, 12/16/14 and 01/20/15 were tested, with the treatments being arranged in a completely randomized design with four replicates. The evaluations started at the appearance of the first reproductive structures. Weekly, from this point on, the total number of reproductive structures and those showing punctures of feeding and/or oviposition boll weevil were recorded. In addition, the falling attacked structures were collected, taken to the Lab and evaluated concerning the boll weevil adult emergence. Right after, these structures were placed in plastic containers of 5 L capacity where they were kept for 21 days. The number of emerging adults of boll weevil was weekly accounted. The last evaluation, a destructive observation, was performed in order to record the number of non-emerged insects. When the bolls opened, data recording stopped and 10 plants per plot were randomly harvested. The number of normal and attacked open and closed bolls and the number of branches per plant were recorded. The lint were manually separated from the seeds and weighted in order to obtain the fiber yield. The material was sent to Embrapa Cotton Campina Grande, PB, for fiber analysis. The data were subjected to repeated measures ANOVA and ANOVA followed by multiple comparison tests every time that a significant effect of treatments was verified. Row spacing of 0.75 m and the second planting date (12/16/2014) postponed the controlling decision of A. grandis in one and three weeks, respectively. Besides, those were the treatments where the lowest number of the boll weevil and damaged reproductive structures were obtained. Also, the highest yields were obtained at the row spacing of 0.75 and on the first planting date (11/20/2014). Finally, the quality of fiber in these treatments reached the best qualification.

Orientador: Reinaldo José Fazzio Feres / Banca: Antonio Carlos Lofego / Banca: Marineide Rosa Vieira / Resumo: A presença de outras plantas em cultivos é muito estudada na entomologia, principalmente em cultivos consorciados. Porém, na acarologia estudos nesse sentido são recentes. A presença de outra planta no cultivo pode gerar um aumento da umidade, dificultar o deslocamento de pragas entre as plantas, interferir na localização do hospedeiro e também na detecção de ferômonios, servir de reservatório para predadores ou hospedeiro alternativo para algumas pragas agrícolas. Cecropia pachystachya abriga grande abundância de ácaros fitoseídeos, porém não tinha sido feito nenhum trabalho relacionando esta planta como reservatório de ácaros predadores e também a ocorrência de ácaros com outros hábitos alimentares. Além disso, alguns produtores de látex observaram a presença de Leptopharsa heveae sobre folhas de C. pachystachya em cultivos de seringueiras no Mato Grosso. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi verificar se C. pachystachya serviria como reservatório de ácaros predadores e/ou hospedeiro alternativo para L. heveae no interior de seringal. Foram realizadas coletas mensais entre fevereiro de 2006 e janeiro de 2007 em dois seringais, um com C. pachystachya em seu interior e outro sem essa planta. Os ácaros foram coletados e montados em lâminas com meio de Hoyer e indivíduos de L. heveae contados diretamente sobre as folhas de C. pachystachya e folíolos das seringueiras. Em C. pachysachya foram coletados 2.787 ácaros pertencentes a 32 espécies incluídas em 27 gêneros de 16 famílias. Os ácaros foram classificados de acordo com seus hábitos alimentares, sendo o grupo (P), dos predadores, o grupo (F) dos fitófagos, o grupo (M) dos micófagos e o grupo (D) de hábito alimentar desconhecido, sendo que o grupo (D) foi desconsiderado das análises. Das espécies identificadas, 27 tem hábitos alimentares conhecidos, sendo 14 do grupo (P),10 do grupo (F) ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The presence of other plants in crops is much studied in entomology, mainly in intercropping systems. However, in acarology is recent this study. The presence of other plant cultivation may generate an increase in humidity, hinder the pests displacement to plants, interfere in the location of the host and also in the detection of pheromone, serve as reservoir for predators or alternative host for some agricultural pests. Cecropia pachystachya shelter great abundance of Phytoseiidae mite, but there is not work relating this plant as reservoir of mites predators and also the occurrence of mites with other dietary habits. In addition, some latex producers, observed the presence of Leptopharsa heveae on leaves of C. pachystachya. Thus, the objective of this work was to verify whether C. pachystachya served as mites predators reservoir and/or alternative host for L. heveae. Collections were made monthly between February 2006 and January 2007 in two rubber plantations. A plantation had C. pachystachya in its interior and other not. Mites were collected and mounted on slides with Hoyer medium and L. heveae counted directly on the leaves of C. pachystachya and folioles of rubber trees. In C. pachysachya were collected 2,787 mites belonging to 32 species included in 27 genera in 16 families. Mites were classified according to their eating habits, and the group (P), of the predators, the group (F) the fitófagos and the group (M) of micófagos and the group (D) feeding habit unknown. It was 27 have known eating habits, being 14 group (P),10 group (F) and 3 of the group (M). It was recorded higher abundances and riches for mites of the group (P). Mites of the group (F) showed the highest diversity, because of its greatest evenness. Mites of the group (M) registered less abundance, richness and diversity, presenting higher dominance of species. In plantation with C. pachystachya... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Doctora en Ciencias de la Ingeniería, Mención Ingeniería Química y Biotecnología / Las células animales son uno de los principales sistemas para la producción de biofármacos, sin embargo la mayoría de las estrategias para mejorar su productividad no están respaldadas por conocimiento específico para las líneas celulares usadas en la industria. En este trabajo se reconstruye un modelo a escala genómica para células CHO para ampliar el conocimiento de procesos celulares asociados con productividad en la síntesis de biofármacos. Para lograr este objetivo analizamos el modelo a escala genómica de ratón iMM1415 usando herramientas desarrolladas para explorar el efecto de knockout de genes y determinación de flujos en crecimiento celular. Nuestros resultados muestran que esta red metabólica está dominada por metabolismo de lípidos. Adicionalmente, confirmamos que un enfoque de sampleo, donde se explora el espacio de soluciones en vez de imponer un objetivo de optimización, es más apropiado para el estudio del metabolismo en sistemas complejos como células animales. Posteriormente, se desarrolla en estudio comparativo de las herramientas desarrolladas para la generación automática de modelos preliminares, donde los resultados obtenidos utilizando tres algoritmos (modelSEED, Pantograph y Pathway tools) muestran que Pantograph es la herramienta más apropiada para la generación de un modelo a escala genómica de células CHO. Este algoritmo produce un modelo basándose en un modelo previo y ortología entre ambos organismos, produciendo un modelo preliminar que hereda características como asociaciones de genes distintas para distintos organelos celulares lo que es crucial para potenciales aplicaciones de modelos para eucariontes. El modelo iNJ1301 para células CHO es reconstruido de acuerdo a la metodología propuesta basándose en iMM1415 y el modelo humano Recon 1. iNJ1301 tiene 3,709 reacciones asociadas a 1,301 genes y fue validado con información experimental para esta línea celular prediciendo correctamente el crecimiento celular en un 88% de los casos simulados. Adicionalmente, este modelo es reducido imponiendo cambios en expresión de genes reportados para representar un metabolismo ineficiente del carbono caracterizado por síntesis de lactato y el shift metabólico observado en esta línea celular, mostrando el potencial de este enfoque para ser usado en la integración de datos transcriptómicos. Al utilizar un nuevo enfoque basado en ortología se pudieron encontrar nuevas asociaciones de genes no incluídas en reconstrucciones creadas utilizando metodologías clásicas para la generación de modelos, por lo que los resultados de este trabajo fueron incorporadas en el modelo consenso iCHO1766. La identificación de marcadores asociados a productividad mejorada en células CHO ha sido abordada desde la perspectiva genómica, transcriptómica y proteómica. En este trabajo integramos datos transcriptómicos para dos clones de células CHO que muestran distintos perfiles de productividad en el modelo iNJ1301. Datos de un alto (HP) y bajo (LP) productor de IgG son integrados al modelo usando iMAT (integrative metabolic analysis tool) obteniéndose modelos reducidos que presentan una alta conservación de vías metabólicas de glutatión y azúcares nucleotídicos. Este enfoque es luego acoplado con sampleo de las redes metabólicas encontrándose que ambos modelos presentan comportamientos distintos, donde el clon HP está enfocado en el uso del ciclo del TCA y la vía pentosas fosfato. Finalmente, concluimos que este enfoque que combina distintas herramientas utilizadas en biología de sistemas es una nueva herramienta que permite el estudio exhaustivo de sistemas biológicos complejos tales como líneas celulares animales.