L'Erythronium americanum (Ker-Gawl.) est une plante éphémère printanière dont la croissance est limitée par la force des puits (bulbe) plutôt que par la force des sources (feuille). Même si on augmente le taux de photosynthèse par un enrichissement en CO₂ ou une irradiance élevée, la croissance du bulbe demeure inchangée. Cependant, la température de croissance influence la biomasse que les bulbes peuvent atteindre: une température chaude (18 °C) réduit la croissance du bulbe par rapport à ce qui est observé au froid (8 à 12 °C). Nous ignorons toutefois si cet effet est dû à la réduction concomitante de la durée de vie des feuilles ou à un autre mécanisme. Ainsi, ce projet vise à moduler la durée de vie des feuilles de l'E. americanum grâce à l'application de Promalin ou de thiosulfate d'argent à une température qui entraîne normalement une sénescence hâtive et une faible croissance. L'augmentation de la longévité foliaire par le Promalin permet une plus grande assimilation de carbone pendant la saison, sans toutefois se traduire par une plus grande croissance du bulbe. La croissance du bulbe diminue au fil de la saison entraînant ainsi une baisse importante des taux photosynthétiques et une augmentation de la respiration du bulbe. L'application foliaire de thiosulfate d'argent a toutefois réduit la durée de vie de la feuille et la croissance du bulbe, suggérant qu'une sénescence précoce ne permet pas d'exploiter le plein potentiel de croissance du bulbe. Néanmoins, la surface de la feuille demeure fortement corrélée avec la biomasse du nouveau bulbe. Cette relation suggère que le potentiel de croissance chez cette espèce est déterminé tôt au début de la saison de croissance, et qu'il peut difficilement être augmenté par une modulation de l'activité photosynthétique ou de la durée de vie du feuillage. / Growth of the spring ephemeral Erythronium americanum Ker-Gawl. is limited by sink strength (its bulb) rather than by source strength (its leaf). Increasing its photosynthetic rates through CO₂ enrichment or higher irradiance does not improve bulb growth. However, growth temperature influences bulb mass: warm growth temperature (18 °C) reduces bulb mass compared to what is observed at cooler temperatures (8 to 12 °C). We do not know if this reduced growth is due to the concomitant reduction in the leaf life span or to another mechanism. Therefore, this project aims at modulating the leaf longevity of E. americanum plants by applying either Promalin or silver thiosulphate at a growth temperature that normally hastens senescence and causes a reduced growth. Increasing leaf life span with Promalin enhances the total amount of carbon assimilated during the season, without, however, increasing bulb mass. Bulb growth decreases through the season inducing a strong decrease in photosynthetic rates and a concurrent increase in bulb respiration. Reducing leaf longevity with silver thiosulphate did reduce bulb growth, suggesting that an early senescence prevents the plant from being able to fully exploit its growth potential. Nevertheless, leaf area remains strongly correlated with final bulb mass. This relation suggests that plant's potential growth is determined early during the growing season in this species and cannot easily be increased by modulating photosynthetic rates or leaf life duration.

La représentation symbolique de l’orme d’Amérique dans L’Arbre-Mère -- Qu’en est-il de l’image des arbres en création et dans l’imaginaire humain? Qu’en est-il plus précisément de la valeur poétique de l’orme d’Amérique dans notre culture, notre patrimoine? Se pourrait-il qu’il eût été jadis le roi de nos forêts, l’emblème d’un Québec fort et souverain, ayant aussi peuplé les visions de nombre de gens et d’artistes québécois? Ses représentations dans la littérature, la peinture et le cinéma en ont fait une légende qui a pris encore plus d’importance depuis les ravages de la maladie hollandaise de l’orme. Il reste que cet arbre possède en lui toute une histoire tragique, cependant porteuse d’un grand message de vie et d’espoir qui a aussi inspiré le scénario L’Arbre-Mère. En passant par la ville de Québec et le village de Saint-Narcisse-de-Rimouski, l’orme fait l’objet d’une représentation symbolique riche et grandiose propre à tout le déploiement dramatique de L’Arbre-Mère et au devenir-féminin de Mélina. Cet essai est précédé du scénario : L’Arbre-Mère -- Mélina, une jeune femme sensible et mélancolique, travaille pour Sophia, une herboriste étrange et manipulatrice. Mélina se met alors à fréquenter Éric, un forestier avec qui elle partage un lien spirituel avec les arbres et qui lui redonne une joie de vivre. De mauvais souvenirs finissent toutefois par rattraper Mélina et la rendre malade; elle décide donc d’aller séjourner à la campagne, où elle découvre un grand orme dans une forêt magique. Elle restera mystérieusement prisonnière dans l’arbre pour guérir et affronter des visions de son passé. Une fois libérée, elle retrouve Éric et ils réalisent leur retour à la terre longtemps désiré. Entre-temps, Mélina, enceinte, décide d’aller affronter une dernière fois Sophia, qui n’était qu’un reflet de son propre démon intérieur. Mélina pourra enfin mettre au monde son fils, leur destin étant lié à jamais, avec Éric, à celui de l’orme.

Le lièvre d'Amérique (Lepus americanus) est une espèce clef de la forêt québécoise, particulièrement à cause de son rôle écologique. Actuellement, sa gestion est limitée par les moyens de qualifier son habitat. En effet, les outils dont nous disposons ne sont pas assez précis et leur résolution est grande par rapport au domaine vital de l'espèce. Mon étude visait donc à élaborer un nouvel outil de gestion en cherchant l'échelle ou la combinaison d'échelles caractérisant le plus fidèlement la qualité de l'habitat du lièvre d'Amérique. J'ai réalisé cette étude dans une sapinière à bouleau jaune située au nord-ouest de Québec. J'ai mis en relation trois années de relevés de fèces avec des données d'habitat prises à six échelles spatiales (10 m, 25 m, 50 m, 100 m, 250 m et 500 m). Ces données d'habitat, i.e. obstruction visuelle latérale de la végétation, fermeture de la canopée et composition en feuillus, conifères provenaient de données de terrain pour les trois premières échelles et de cartes forestières pour les trois autres. J'ai pu déterminer que l'environnement qui influençait le plus la répartition du lièvre allait jusqu'à 50 m de rayon autour d'un point et que les variables les plus significatives étaient la densité latérale de la végétation ainsi que la présence de conifères en régénération.

Ma thèse visait à identifier des mécanismes comportementaux permettant d’expliquer les décisions durant l’approvisionnement des animaux, de même que leur répartition spatiale. J’ai construit des modèles de sélection de parcelles d’alimentation testant l’influence de la mémoire de l’expérience passée, de la dynamique de groupe et de la densité de la population sur la décision d’un animal de revenir dans des sites d’alimentation déjà visités ou d’explorer de nouveaux sites. Mes analyses sont basées sur des données de déplacements de bisons (Bison bison) sauvages et sur leur taux de prise d’énergie dans des prairies naturelles. Les bisons choisissaient les prairies sur la base de leur connectivité, leur distance, leur taille et la profitabilité (c.-à-d., taux instantané potentiel d’acquisition d’énergie digestible) de la végétation qu’elles offrent. La probabilité de choisir une prairie déjà visitée augmentait : 1) après avoir visité une prairie ayant une profitabilité plus faible que les autres récemment visitées, 2) lorsque les autres membres du groupe l’avaient déjà visitée, et 3) lorsque la densité de population était relativement faible. Les décisions prises par les bisons avaient une valeur adaptative puisqu’elles aboutissent à l’utilisation de prairies plus profitables. J’ai également identifié les patrons d’utilisation de l’espace qui émergent de ces comportements en examinant la dynamique temporelle de l’utilisation de l’espace par des individus simulés et des vrais bisons. L’utilisation de l’expérience passée lors du choix de parcelles par des individus simulés entraînait une restriction de la répartition de la population dans les environnements virtuels. De la même façon, l’aire utilisée par chaque bison en milieu naturel et par l’ensemble des membres de la population était plus petite lorsque les animaux choisissaient plus fortement des prairies déjà visitées. Mes résultats démontrent que l’influence de la fidélité au site sur la répartition des animaux peut être aussi importante, voire plus importante, que la simple recherche des parcelles les plus profitables de l’environnement. En conséquence, les efforts visant à prévoir la répartition animale doivent prendre en compte le comportement de fidélité au site basé sur l’expérience passée des animaux, leur comportement social et l’influence de la densité des individus sur ces comportements. / In this thesis, I develop a mechanistic understanding of patch-scale foraging behavior and its effects on animal distribution. I build patch selection models to test how past experience, group dynamics, and population density influence an animal’s decision to return to previously visited sites or explore. I parameterized models using an extensive data set on the movements of wild bison (Bison bison) and their expected mean intake rate of digestible energy of meadows within their range. Bison chose previously visited meadows more often than random while taking into account connectivity, distance, profitability, and size of available meadows. The probability of choosing a previously visited meadow also increased: 1) after visiting a meadow with a lower profitability than recent past experience, 2) when other group members also had previously visited the meadow, and 3) with decreasing population density. I also demonstrate that the decisions bison made had adaptive value as they resulted in the use of more profitable meadows than available options. Finally, I illustrate the emergent space use patterns of these behaviors by using simulation and by examining temporal dynamics in the space use of bison. In comparison to random movement, using memory to incorporate past experience into patch choice decisions resulted in restricted population distribution in simulated landscapes. Likewise, for bison, the area of space used by individuals and the population was smaller when individuals more strongly chose previously visited meadows. My findings suggest that site fidelity behavior is a strong evolutionary force shaping animal distribution. I conclude that efforts to forecast animal distribution, including range dynamics, must take into account site fidelity behavior based on an animal’s past experience as well as its interaction with memory, sociality, and density-dependent processes. This study provides a novel link between memory capabilities of animals, foraging ecology, sociality, density-dependence, and animal distribution.

Cette thèse examine comment les perturbations naturelles et anthropiques façonnent la répartition du lièvre d'Amérique (Lepus americanus). J'ai d’abord étudié les variations d'abondance du lièvre le long d’un gradient de succession forestière, ainsi que l'influence de la dynamique de trouées sur sa répartition à fine échelle en forêt ancienne. J'ai ensuite évalué la réaction du lièvre à divers traitements sylvicoles, dont certains visaient à maintenir la structure irrégulière des peuplements anciens. Pour ce faire, j’ai étudié la sélection de l'habitat du lièvre par l'approche d'isodars et reconstitué l'historique de broutement. L'abondance du lièvre suivait une distribution bimodale avec l'âge des peuplements, avec un premier pic 40-50 ans après perturbation et un second pic, moins prononcé, en fin de succession. Les peuplements anciens étaient caractérisés par de nombreuses trouées dans lesquelles l'abondance de nourriture du lièvre était relativement élevée. Les comportements d'approvisionnement et de déplacement du lièvre indiquaient toutefois qu'il percevait un risque de prédation plus élevé à l'intérieur des trouées. La structure des peuplements anciens semble donc imposer un compromis entre l’acquisition de nourriture et l’évitement des prédateurs. La réaction du lièvre à la coupe forestière dépendait à la fois de l'intensité du traitement sylvicole et de la densité locale de la population. Dans le cas des coupes avec une rétention d'arbres > 50%, la préférence pour la forêt non coupée disparaissait à mesure que la population locale augmentait. Au contraire, pour les traitements avec une rétention d'arbres < 20%, la préférence pour la forêt non coupée s'intensifiait avec l'augmentation de la population locale. De même, au cours des premières années après coupe, les patrons de broutement des tiges de bouleau (Betula papyrifera) dans les traitements à rétention > 50% sont demeurés similaires à ceux des forêts non coupées, tandis que l'utilisation des tiges a diminué dans les traitements intensifs (rétention < 20%). Ces résultats démontrent que les traitements sylvicoles qui conservent la structure des forêts anciennes peuvent aussi maintenir une répartition du lièvre caractéristique de ce stade de succession. Cette thèse approfondit notre compréhension des liens entre la répartition du lièvre et les régimes de perturbations régionales en forêt boréale aménagée. / This thesis explores how different components of natural and human disturbance regimes shape the distribution of a key boreal forest herbivore, the snowshoe hare (Lepus americanus). I investigated both broad-scale changes in hare abundance during forest succession and fine-scale responses to heterogeneity created by canopy gap dynamics in old-growth forests. I then evaluated how hare respond to silvicultural treatments designed to maintain the irregular structure of old-growth stands using patterns of density-dependent habitat selection and browse history reconstruction. Snowshoe hare followed a bimodal abundance distribution with stand age, with a pronounced peak in density between 40-50 years post-disturbance followed by a second more subtle increase phase during late-succession. Within old-growth stands, canopy gaps offered areas of higher food availability, but foraging and movement behaviours indicated that hares perceived a greater risk of predation within openings. The structure of old-growth stands thus appears to impose a trade-off between acquiring food and avoiding predation. The response of snowshoe hare to forest harvesting depended on both disturbance intensity and local population density. Preference for uncut forest stands over harvest treatments with > 50% tree retention quickly diminished as local populations increased. In contrast, preference for uncut forests over treatments with < 20% tree retention became more pronounced with increasing local population density. Similarly, in the first years following harvesting, browse use patterns of white birch (Betula papyrifera) stems in low intensity treatments (> 50% retention) remained similar to those in uncut old-growth forest stands, whereas browse use declined rapidly in intensive harvest treatments (< 20% retention) over the same period. These findings suggest that silvicultural treatments that conserve old-growth forest structure can also maintain distributions of hare that are characteristic of late-succession. This thesis helps to further our understanding of the links between snowshoe hare distribution and regional disturbance regimes in managed boreal forests.

Cette étude visait à expliquer les variations spatiales de l'effort d'approvisionnement du bison des plaines. J’ai caractérisé les cratères d'alimentation des bisons dans la neige et j’ai suivi des bisons et des loups munis de colliers émetteurs en hiver. Les bisons s’alimentaient davantage dans les prés où le couvert de neige était mince et peu dense, de même que dans les parcelles les plus profitables (énergie digestible/temps de manipulation) du paysage. La cooccurrence spatiale entre les loups et les bisons indique que le prédateur gagne le jeu spatial. Aussi, les bisons laissaient plus de végétation hautement profitable dans les grands prés que dans les petits, une décision concordant avec la notion que les bisons se déplacent fréquemment afin d'éviter que les prédateurs connaissent leurs localisations. L'étude de l'approvisionnement du bison dans son milieu naturel révèle comment des patrons spatiaux d'herbivorie émergent dans un paysage caractérisé par plusieurs niveaux d’hétérogénéité. / The aim of this study was to explain spatial variation in the feeding effort of plains bison. I characterized feeding craters of bison in snow, and I radio-tracked bison and wolves in winter. Bison foraged more intensively in meadows with shallow and light snow, and in the most profitable (digestible energy / handling time) patches available in the landscape. Bison and wolves intensively used the same meadows, a co-occurrence indicating that wolves are ahead in the spatial game they play with bison. Also, bison left more vegetation of higher-than-average profitability in large than in small meadows. This decision is consistent with the notion that bison move frequently to prevent wolves from knowing their location. The assessment of bison foraging in a natural setting reveals how spatial patterns of herbivory emerge in landscapes characterized by multiple levels of heterogeneity.

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Certaines géophytes telles que les éphémères printanières sont connues pour mieux se développer à des températures basses, avec comme résultat de plus gros organes pérennes souterrains. Une température plus basse induit une plus longue longévité des feuilles, ce qui permet une plus grande quantité du carbone fixé qui est alloué dans le bulbe et investi principalement sous forme de stockage (amidon), ce qui augmente la quantité de réserves par rapport à une température plus élevée. Les travaux précédents suggèrent que cette croissance accrue à basse température est liée à un meilleur équilibre entre l'activité de l'organe source et celle du puits, ce qui expliquerait la durée de vie plus longue des feuilles. Dans cette étude, nous voulions approfondir notre compréhension des facteurs intrinsèques qui influencent la croissance des organes de réserve chez les géophytes et qui expliquent les fortes croissances observées aux faibles températures chez ces espèces. Nous tentions également d'identifier les voies signalétiques qui induisent la sénescence foliaire lorsque le puits se remplit d'amidon en ayant recours à une approche métabolomique et à l'établissement du profil phytohormonal. L'espèce étudiée, l'érythrone d'Amérique (Erythronium americanum Ker-Gawl.), a été cultivée suivant trois régimes de températures: 8/6 °C, 12/8 °C et 18/14 °C (jour/nuit). Les taux respiratoires des plantes ont été mesurés à la température de croissance et à une température commune afin de tester notre hypothèse selon laquelle la respiration s'acclimate à la température de croissance tant au niveau de la feuille que du bulbe, principalement par la voie alternative, comme moyen de réduire le déséquilibre source−puits. Les différents glucides non structuraux (NSC) et structuraux (SC) du bulbe ont été déterminés qualitativement et quantitativement, ce qui nous a permis de vérifier si les plantes pouvaient ajuster leur répartition du carbone dans différents composés (NSC vs SC) une fois que les cellules sont remplies d'amidon. Nous avons également caractérisé les phytohormones et métabolites et surtout ceux qui sont étroitement associés au stade phénologique précédant la sénescence foliaire afin d'identifier les voies signalétiques qui établissent le lien entre la diminution de la force du puits et l'induction de la sénescence foliaire. L'homéostasie des taux de respiration au niveau de la feuille, combinée à un faible taux d'assimilation chez les plantes cultivées à basse température suggère que ces plantes sont capables de réduire la quantité de carbone disponible pour la translocation vers le bulbe afin de maintenir un meilleur équilibre entre l'activité de la source et celle du puits, et ce pour une durée plus longue. La respiration du bulbe est stimulée au fur et à mesure que la limitation du puits se développe, répondant ainsi fort probablement à un déséquilibre source–puits. Les plantes cultivées à la température plus élevée semblent investir davantage de carbone vers les composants de la paroi cellulaire par rapport à celles cultivées à la température plus basse une fois que les cellules sont remplies d'amidon. Cet ajustement de la répartition du carbone entre NSC et SC pourrait permettre à ces plantes de maintenir leur force du puits du moins pendant quelques jours de plus. Certains métabolites et phytohormones semblent être des déclencheurs de la sénescence foliaire, mais plusieurs sont spécifiques à l'un ou l'autre des organes ou spécifiques à un régime de température. Un accroissement des niveaux de cytokinines lorsque la feuille devient mature et leur maintien à des valeurs élevées jusqu'au début de la sénescence foliaire pourrait contrebalancer l'abondance accrue des sucres solubles au moins pendant un certain temps et éviter ainsi d'induire une sénescence précoce. Nous avons également identifié cinq métabolites qui pourraient servir en tant que facteurs signalétiques généraux pouvant induire la sénescence foliaire, à savoir le 2-O-glycérol-β-D-galactopyranoside, le mannose, le fructose, le sorbose et le maltose. Cette étude nous a aidés à mieux caractériser les voies signalétiques qui associent la diminution de la force du puits et l'induction de la sénescence foliaire et à comprendre l'acclimatation de cette espèce à la température. Nous pouvons finalement conclure que cette géophyte printanière, dont la croissance est limitée par le puits, semble capable de moduler sa force de puits de manière différentielle sous différentes températures de croissance afin d'éviter la sénescence foliaire encore plus précoce dans les situations de déséquilibre source–puits. / Some geophytes such as spring ephemerals are known to grow better at lower temperatures, which results in larger underground perennial organs. A lower temperature induces a longer leaf life span, which allows the plant to fix more carbon. This extra carbon is allocated to the bulb and invested mostly as storage (starch) form, thus increasing the amount of reserves found in cool compared to higher temperature grown plants. Previous works suggested that such increased growth at low temperature is related to a better equilibrium between source and sink activities. In this study, we wanted to deepen our understanding of the intrinsic factors that influence the growth of reserve organs in geophytes and to explain the strong growth observed at low temperature in these species. We also attempted to identify the signaling pathways that induce leaf senescence when the sink organ is filled with starch, using a metabolomic approach and a phytohormonal profiling. The species studied, yellow trout-lily (Erythronium americanum Ker-Gawl.), was grown at three temperature regimes: 8/6 °C, 12/8 °C et 18/14 °C (day/night). Respiratory rates at both the leaf and bulb levels were measured at the respective growth temperatures and at a common temperature in order to test our hypothesis that dark respiration acclimates to growth temperature, mainly via the alternative pathway, as a means of reducing the source−sink imbalance. The different non-structural carbohydrates (NSC) and structural carbohydrates (SC) in the bulb were qualitatively and quantitatively determined, which allowed us to verify if the plants could adjust their carbon partitioning between different compounds (NSC vs. SC) once the cells are filled with starch. We also characterized phytohormones and metabolites, especially those closely associated with the phenological stages that precede senescence, to identify the signaling pathways that establish the link between the decrease of sink strength and the induction of leaf senescence in this species. Homeostasis of leaf respiration combined with lower assimilation in cool-grown plants suggests that these plants can reduce the amount of carbon available for translocation to the bulb to maintain a better balance between source and sink activities over a longer period. Bulb respiration can be stimulated as sink limitation builds up, likely in response to source–sink imbalance. A preferential carbon partitioning into cell wall compounds was found in warm-grown plants once the cells were filled with starch. Such adjustment of C between NSC and SC could represent an effective way to maintain the sink strength under warm temperature at least for a few more days. Some phytohormones and metabolites appear to pay a role in triggering leaf senescence, but many are specific to one organ or specific to a temperature regime. Increased levels of cytokinins during the mature leaf stage and into the senescence stage might counteract the increasing abundance of soluble sugars at least for a while, and thus avoid inducing an early leaf senescence. We have also pointed out five metabolites that could potentially serve as general signaling factors to induce leaf senescence, namely 2-O-glycerol-β-D-galactopyranoside, mannose, fructose, sorbose and maltose. This study has helped us better characterize the signaling pathways that associate the decrease in sink strength with the induction of leaf senescence. It also improve our understanding of the thermal acclimation of this species. We may ultimately conclude that this sink-limited spring geophyte seems to be able to differentially modulate its sink strength under different growth temperatures in order to avoid early leaf senescence in situations of source–sink imbalances.

Les ressources halieutiques représentent un enjeu majeur pour le Canada. Le homard d'Amérique (Homarus americanus) est l'espèce marine exploitée de plus grande valeur commerciale au Canada, ce qui rend essentielle la gestion durable de cette espèce. Ainsi, une gestion efficace nécessite la définition d'unités de gestion biologiquement significatives, ce qui requiert notamment une connaissance rigoureuse de la structure biologique des stocks. L'objectif général de cette thèse de doctorat consiste à documenter la variation génomique neutre et potentiellement adaptative à différentes échelles spatiales en vue de vérifier la concordance entre la structure génétique naturelle des populations et la délimitation des régions administratives sur lesquelles repose la gestion de la pêche du homard au Canada. Ce travail de recherche se base sur un large plan d'échantillonnage impliquant plus de 4 000 échantillons collectés dans 35 des 41 unités administratives de pêche pour cette espèce. Les analyses génomiques ont confirmé la présence d'une structure génétique hiérarchique dominée par deux grandes unités génétiques à large échelle spatiale, séparant les populations sur un axe latitudinal en deux régions Nord et Sud. La délimitation entre ces deux grandes régions a été identifiée avec précision au centre de l'unité de gestion 32. A l'intérieur des deux grandes régions, nos résultats basés sur la variation génétique neutre ont démontré un très faible degré de différenciation génétique et soutiennent une connectivité biologique importante entre les unités de gestion. L'étude de la variation génétique associée aux variables environnementales a révélé la présence d'une sous-structure au sein des régions Nord et Sud. En outre, des efforts considérables ont été déployés pour innover et identifier des nouveaux types de variants (i.e. variants structuraux) chez cette espèce pourtant dépourvue de ressources génomiques (i.e génome de référence). L'étude de ces nouveaux variants à mis en évidence des patrons de structure notamment dans le sud du Golfe du St-Laurent, suggérant un signal d'adaptation locale en lien avec la température. D'un point de vue global, l'ensemble des résultats soulignent l'intérêt d'étudier les diverses composantes du paysage génomique afin de saisir les différents axes de diversité et de différenciation génétique distribués au sein et entre les stocks. La recherche conduite durant cette thèse constitue la plus grande étude de la structure génomique des populations menée à ce jour chez les crustacés marins. Cet ensemble de données exceptionnelles nous a permis de développer de nouveaux outils avancés en génomique marine appliquée aux enjeux de la gestion des pêches. Finalement, considérant les nouvelles connaissances apportées par ce travail, nous proposons quelques éléments de réflexion ainsi que des nouvelles pistes de recherche afin d'aider à l'amélioration future du cadre de gestion de la pêche du homard au Canada. / Fisheries resources are a major issue for Canada. The American lobster (Homarus americanus) is the most commercially valuable exploited marine species in Canada, which makes sustainable management of this species essential. Thus, effective management requires the definition of biologically significant management units, which requires a rigorous knowledge of the biological structure of the stocks. The general objective of this doctoral thesis is to document the neutral and putative adaptive genomic variation at different spatial scales in order to assess the concordance between the natural genetic structure of populations and the delineation of administrative regions on which the management of the lobster fishery in Canada is based. This research is based on a large sampling design involving more than 4,000 samples collected from 35 of the 41 administrative fishing units. Genomic analyses confirmed the presence of a hierarchical genetic structure dominated by two large genetic units at broad spatial scale, separating the populations on a latitudinal axis into two regions, North and South. The delineation between these two large regions has been accurately identified in the center of Management Unit 32. Within these two large regions, our results based on neutral genetic variation demonstrated a very low degree of genetic differentiation and support significant biological connectivity between the management units. The study of genetic variation associated with environmental variables revealed the presence of substructure within each of the northern and southern regions. Further, considerable efforts were made to develop innovative approaches to identify new types of variants (i.e. structural variants) in this species, which lacks genomic resources (i.e. reference genome). The study of these new variants has highlighted structural patterns, particularly in the southern Gulf of St. Lawrence, suggesting a signal of local adaptation related to temperature. Together, all of the results underline the importance of studying the various components of the genomic landscape in order to understand the different axes of genetic diversity and differentiation distributed within and between stocks. There search conducted during this thesis constitutes the largest study of population genomic structure in marine crustaceans to date. This exceptional data set has allowed us to develop new advanced tools in marine genomics applied to fisheries management issues. Finally, considering the new knowledge brought by this work, we propose a few elements for reflection as well as new avenues of research to help improve the future management framework of the lobster fishery in Canada.