Salmonella est une bactérie zoonotique qui représente un problème majeur de santé publique. Le porc est identifié comme l'un des principaux réservoirs de Salmonella. L'objectif de ces travaux de recherche était d'identifier les mesures prioritaires à mettre en place afin de limiter la présence de Salmonella dans la filière porcine réunionnaise. Près de 80% des élevages de porcs investigués étaient infectés par Salmonella en fin d'engraissement. Cette infection asymptomatique est associée à plusieurs facteurs de risque : les conditions géo-climatiques (altitude et pluviométrie), la production de volailles sur le site, la taille de l'élevage et la présence de salmonelles dans les salles avant l'entrée du lot. Le suivi longitudinal a d'ailleurs mis en évidence que les salmonelles résiduelles étaient la principale source d'infection, que ce soit pendant l'élevage, le transport et l'attente. Ces résultats soulignent l'importance d'améliorer l'efficacité des protocoles de nettoyage et de désinfection. La faune sauvage semble également impliquée dans l'épidémiologie de Salmonella dans la filière porcine. Une forte similarité génétique a été observée entre les souches isolées de rongeurs et de cafards et celles isolées des porcs. Par ailleurs, une prévalence en Salmonella de 16,5% dans les saucisses à base de porc démontre que Salmonella dans la filière porcine peut représenter un risque pour la santé humaine à La Réunion. Ces travaux de recherche démontrent la nécessité d'agir aux différents maillons de la filière porcine. En outre, une lutte globale doit être envisagée, incluant les différentes filières, les industriels, les services vétérinaires et les pouvoirs publics. / Salmonella is a zoonotic bacterium that represents a public health burden all over the world. Pig is considered as one of the main reservoir of this pathogen. The goal of this research project was to identify the main measures that would limit the presence of Salmonella in the Reunionese pig production. Nearly 80% of the pig farms investigated were infected with Salmonella at the end of the fattening period. This asymptomatic infection was associated with several risk factors: geo-climatic conditions (altitude and rainfall), poultry production on the same site, the size of the farm and the presence of residual Salmonella in rooms before the loading of the pig batch. Furthermore, the longitudinal investigation highlighted that environmental residual Salmonella were the main source of infection whether at farm, during the transport and the lairage of pigs. These results strengthen the importance of improving efficiency of cleaning and disinfection procedures. The wild fauna of Reunion Island seems to be involved in the epidemiology of Salmonella in the pig production, since high genetically relationships were observed between Salmonella strains isolated from rodents and cockroaches and those isolated from pigs. Otherwise, our study also highlighted Salmonella prevalence of 16.5% in pork sausages demonstrating that Salmonella in the pig production may represent a risk for public health in Reunion Island. These works stress the need to act at each stage of the pig production. Moreover, a global effort has to be considered, including professionals of the different animal production, industrials, veterinary and health services and authorities.

Le virus Lassa entraine une fièvre hémorragique endémique en Afrique de l’Ouest et représente un problème de santé publique. Les connaissances sur la pathogénèse et les réponses immunitaires associées à la maladie sont partielles. Nous avons suivi les paramètres pathologiques, virologiques et immunologiques associés aux infections létales et non létales du LASV chez le singe cynomolgus. Le tableau clinique a été caractérisé par une dépression, une anorexie, une perte de poids et une asthénie chez les animaux survivants, tandis que ces mêmes symptômes ont été accompagnés de fièvre, de difficultés respiratoires et d’épistaxis chez les animaux infectés par une dose létale. Seuls ces derniers ont montré une perturbation des paramètres de coagulation, une rhabdomyolyse et une hausse des marqueurs de lésions rénales. Nous avons observé un tropisme radicalement différent en fonction de la sévérité de la maladie, avec une dissémination virale dans les organes plus importante et plus rapide chez les animaux décédés, la présence de particules infectieuses plus nombreuses et des modifications anatomopathologiques plus sévères. Une réponse immunitaire innée et adaptative précoce et puissante a été associée avec le contrôle de l’infection et la survie tandis que les infections fatales ont été caractérisées par une réponse inflammatoire ressemblant au choc septique, une défaillance de la réponse immunitaire ainsi qu’une réplication virale incontrôlée. Cette étude permet d’améliorer nos connaissances de la pathogénèse de la fièvre de Lassa et d’apporter des marqueurs d’infection prédictifs de la maladie / Lassa virus causes a hemorrhagic fever endemic in West Africa and represents a threat for civilians. The pathogenesis and the immune responses associated with the disease are poorly understood. We followed pathological, virological and immunological parameters associated with fatal and non-fatal Lassa virus infection in the cynomolgus monkey. The clinical picture was characterized by depression, anorexia, weight loss and asthenia in survivors whereas the same symptoms were supported by fever, respiratory difficulties and epistaxis in animals infected with the lethal dose. Only fatalities have shown coagulation parameters dysfunction, rhabdomyolysis and an increase of renal function markers. We observed a different viral tropism in a function of the disease severity, with viral dissemination in organs that was more important and faster in fatalities, the appearance of numerous infectious particles number and more severe pathologic changes. Early and robust innate and adaptive immune response has been associated with the control of infection and recovery whereas fatal infections were characterized by a sepsis like inflammatory response, defective immune response as well as uncontrolled viral replication. This study sheds light on the pathogenesis of Lassa fever and reveals infection markers predictive of the disease outcome

Dans un contexte de changements globaux, comprendre les interactions entre les parasites et l’environnement est essentiel afin de prévoir les futurs dynamiques d’infection ainsi que les changements dans le fonctionnement des écosystèmes. Cela dit, les patrons de distribution des parasites ainsi que les moteurs d’infection varient dans le temps et l’espace rendant la compréhension des mécanismes sous-jacents très complexes. Dès lors, les études comparatives se basant sur des données empiriques doivent prendre en considération les facteurs de variations entrant en jeu dans l’estimation des paramètres d’infection chez les populations naturelles. Dans une approche multiéchelles, nous avons exploré les sources de variation dans l’estimation de la prévalence d’infection en nous concentrant sur la maladie du point noir chez les communautés littorales de poissons dulcicoles. Nos résultats ont montré que la prévalence de l'infection est spatialement hétérogène dans le paysage, témoignant de l'existence de points chauds et de points froids de l'infection. Les biais d’échantillonnage lié aux méthodes ont mené à d’importantes variations dans l’estimation de la prévalence et dans les patrons spatiaux d’occurrence de la maladie. Nos résultats ont indiqué également qu’un faible échantillonnage a tendance à sures4mer la prévalence d’infection dans le paysage et que l’effort d’échantillonnage nécessaire pour estimer une prévalence fiable dépend de la méthode d’échantillonnage employée. Les caractéristiques physico-chimiques de l’eau et la structure locale des communautés de poissons se sont révélées les meilleurs prédicteurs d’infection à petite échelle. Nos résultats suggèrent notamment des effets de dilution par barrières d’obstruction et de compatibilité limitant la survie des cercaires. Plusieurs relations entre la prévalence d’infection et les prédicteurs environnementaux ont révélé de la nonlinéarité suggérant des interactions complexes. Notre étude contribue au développement de la compréhension des interactions entre les parasites et leur environnement, ainsi qu’aux biais potentiels dans l’étude des dynamiques d’infection. / In a context of global change, understanding the interactions between parasites and their environment is essential to predict future infection dynamics and changes in ecosystem functioning. That said, parasite distribution patterns and drivers of infection vary in time and space, making understanding the underlying mechanisms highly complex. Comparative studies based on empirical data must therefore take into account the factors of variation involved in estimating infection parameters in natural populations. Using a multi-scale approach, we explored the sources of variation in the estimation of infection prevalence, focusing on black spot disease in littoral freshwater fish communities. Our results showed that infection prevalence is spatially heterogeneous across the landscape with evidence of infection hotspots and coldspots. Method-related sampling biases led to significant variations in prevalence estimates and spatial patterns of disease occurrence. Our results also indicated that low sampling effort tend to overestimate the prevalence of infection in the landscape, and that the sampling effort required to estimate infection prevalence depends on the sampling method employed. Water physico-chemical characteristics and local fish community structure were found to be the best predictors of small-scale infection. Furthermore, our results suggest dilution effects due to obstruction and compatibility barriers limiting cercarial survival. Several relationships between infection prevalence and environmental predictors revealed non-linearity, suggesting complex interactions. Our study contributes to the development of our understanding of the interactions between parasites and their environment, as well as potential biases in the study of infection dynamics.