Orientador: Prof. Dr. Ronaldo Pratti / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, 2017. / O efeito de hubness, juntamente com a maldição de dimensionalidade, vem sendo estudado, sob diferentes oticas, nos ultimos anos. Os estudos apontam que este problema esta presente em varios conjuntos de dados do mundo real e que a presença de hubs (tendencia de alguns exemplos aparecem com frequencia na lista de vizinhos mais proximos de outros exemplos) traz uma serie de consequencias indesejaveis, como por exemplo, afetar o desempenho de classificadores. Em tarefas de mineração de texto, o problema depende tambem da maneira escolhida pra representar os documentos. Sendo assim o objetivo principal dessa dissertação é avaliar o impacto da formação de hubs em diferentes representações textuais. Ate onde vai o nosso conhecimento e durante o período desta pesquisa, não foi posivel encontrar na literatura um estudo aprofundado sobre as implicaçõess do efeito de hubness em diferentes representações textuais. Os resultados sugerem que as diferentes representações textuais implicam em corpus com propensão menor para a formação de hubs. Notou-se também que a incidencia de hubs nas diferentes representações textuais possuem in uencia similar em alguns classificadores. Analisamos tambem o desempenho dos classifcadores apos a remoção de documentos sinalizados como hubs em porçõess pre-estabelecidas do tamanho total do data set. Essa remoção trouxe, a alguns algoritmos, uma tendencia de melhoria de desempenho. Dessa maneira, apesar de nem sempre efetiva, a estrategia de identifcar e remover hubs com uma vizinhança majoritariamente ruim pode ser uma interessante tecnica de pre-processamento a ser considerada, com o intuito de melhorar o desempenho preditivo da tarefa de classificação. / The hubness phenomenon, associated to the curse of dimensionality, has been studied, from diferent perspectives, in recent years. These studies point out that the hubness problem is present in several real-world data sets and, as a consequence, the hubness implies a series of undesirable side efects, such as an increase in misclassifcation error in classification tasks. In text mining research, this problem also depends on the choice of text representation. Hence, the main objective of the dissertation is to evaluate the impact of the hubs presence in diferent textual representations. To the best of our knowledge, this is the first study that performs an in-depth analysis on the efects of the hub problem in diferent textual representations. The results suggest that diferent text representations implies in diferent bias towards hubs presence in diferent corpus. It was also noticed that the presence of hubs in dierent text representations has similar in uence for some classifiers. We also analyzed the performance of classifiers after removing documents agged as hubs in pre-established portions of the total data set size. This removal allows, to some algorithms, a trend of improvement in performance. Thus, although not always efective, the strategy of identifying and removing hubs with a majority of bad neighborhood may be an interesting preprocessing technique to be considered in order to improve the predictive performance of the text classification task.

Orientador: Eduardo Granado Monteiro da Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Física Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-31T21:58:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maimone_DamarisTartarotti_M.pdf: 16410863 bytes, checksum: e2b11832e16df32d41492b82c0b5768d (MD5) Previous issue date: 2016 / Resumo: Os antiferromagnetos de baixa dimensionalidade CuSb2O6 e CoSb2O6 foram investigados com espectroscopia Raman polarizada. Foram obtidas informações sobre as propriedades mag- néticas intrigantes e configurações orbitais. Pode-se fazer a atribuição dos modos fonônicos na fase alta simetria tetragonal para ambos compostos. Para o CuSb2O6, uma transição estrutural a TS = 397(3) K manifesta-se através da observação de um novo modo fonônico em ? 670 cm?1 e por uma grande anomalia na frequência do modo em ? 640 cm?1 na fase de baixa simetria monoclínica, evidenciando uma hibridização aumentada das cadeias lineares de Cu-O-O-Cu como resultado de ordenamento orbital dos elétrons 3d do Cu abaixo de TS. Foi observada uma pronunciada forma de linha assimétrica Fano e comportamentos anômalos para a frequência e largura de linha como função da temperatura para o modo A1g em ? 515 cm?1 para o composto CuSb2O6, indicando um forte acoplamento deste modo com excitações eletrônicas (possivelmente orbitais). Finalmente, ambos os compostos apresentam anomalias de frequência na maioria dos fônons abaixo de ? 100 K que foram interpretados em termos de acoplamento spin-fônon, produzindo informações pertinentes sobre as correlações de curto alcance de baixa dimensionalidade spin-spin. Demonstrou-se, portanto, que espectroscopia Raman fonônica é uma ferramenta valiosa para investigar magnetos de baixa-dimensionalidade / Abstract: The low-dimensional antiferromagnets CuSb2O6 and CoSb2O6 were investigated by polarized phonon Raman spectroscopy, providing insights into their intriguing magnetic properties and orbital configurations. An assignment of the observed phonon modes in the high-symmetry tetragonal phase was performed for both compounds. For CuSb2O6, a structural transition at TS = 397(3) K is manifested by the observation of a new phonon mode at ? 670 cm?1 and by a large frequency anomaly of a mode at ? 640 cm?1 in the low-symmetry monoclinic phase, evidencing an enhanced hybridization of the Cu-O-O-Cu linear chains as a result of orbital ordering of Cu 3d electrons below TS. Pronounced asymmetric Fano lineshape and anomalous frequency and linewidth behavior with temperature were observed for the ? 515 cm?1 A1g mode for CuSb2O6, indicating a strong coupling of this mode with electronic (possibly orbital) excitations. Finally, both compounds show frequency anomalies in most phonons below ? 100 K that were interpreted in terms of the spin-phonon coupling, yielding relevant informa- tion on the low-dimensional short-range spin-spin correlations. Phonon Raman spectroscopy is therefore demonstrated to be a valuable tool to investigate low-dimensional magnets / Mestrado / Física / Mestra em Física / 132659/2015-8 / CNPQ

Este trabalho apresenta um estudo comparativo do poder de predição de quatro métodos de regressão adequados para situações nas quais os dados, dispostos na matriz de planejamento, apresentam sérios problemas de multicolinearidade e/ou de alta dimensionalidade, em que o número de covariáveis é maior do que o número de observações. No presente trabalho, os métodos abordados são: regressão por componentes principais, regressão por mínimos quadrados parciais, regressão ridge e LASSO. O trabalho engloba simulações, em que o poder preditivo de cada uma das técnicas é avaliado para diferentes cenários definidos por número de covariáveis, tamanho de amostra e quantidade e intensidade de coeficientes (efeitos) significativos, destacando as principais diferenças entre os métodos e possibilitando a criação de um guia para que o usuário possa escolher qual metodologia usar com base em algum conhecimento prévio que o mesmo possa ter. Uma aplicação em dados reais (não simulados) também é abordada. / This paper presents a comparative study of the predictive power of four suitable regression methods for situations in which data, arranged in the planning matrix, are very poorly multicolinearity and / or highdimensionality, wherein the number of covariatesis greater the number of observations. In this study, the methods discussed are: principal component regression,partial least squares regression,ridge regression and LASSO. The work includes simulations, where in the predictive power of each of the techniques is evaluated for different scenarios defined by the number of covariates, sample size and quantity and intensity ratios (effects) significant, high lighting the main dffierences between the methods and allowing for the creating a guide for the user to choose which method to use based on some prior knowledge that it may have. An applicationon real data (not simulated) is also addressed.

Due to the increasing amount and complexity of the data stored in the enterprises\' databases, the task of knowledge discovery is nowadays vital to support strategic decisions. However, the mining techniques used in the process usually have high computational costs that come from the need to explore several alternative solutions, in different combinations, to obtain the desired knowledge. The most common mining tasks include data classification, labeling and clustering, outlier detection and missing data prediction. Traditionally, the data are represented by numerical or categorical attributes in a table that describes one element in each tuple. Although the same tasks applied to traditional data are also necessary for more complex data, such as images, graphs, audio and long texts, the complexity and the computational costs associated to handling large amounts of these complex data increase considerably, making most of the existing techniques impractical. Therefore, especial data mining techniques for this kind of data need to be developed. This Ph.D. work focuses on the development of new data mining techniques for large sets of complex data, especially for the task of clustering, tightly associated to other data mining tasks that are performed together. Specifically, this Doctoral dissertation presents three novel, fast and scalable data mining algorithms well-suited to analyze large sets of complex data: the method Halite for correlation clustering; the method BoW for clustering Terabyte-scale datasets; and the method QMAS for labeling and summarization. Our algorithms were evaluated on real, very large datasets with up to billions of complex elements, and they always presented highly accurate results, being at least one order of magnitude faster than the fastest related works in almost all cases. The real data used come from the following applications: automatic breast cancer diagnosis, satellite imagery analysis, and graph mining on a large web graph crawled by Yahoo! and also on the graph with all users and their connections from the Twitter social network. Such results indicate that our algorithms allow the development of real time applications that, potentially, could not be developed without this Ph.D. work, like a software to aid on the fly the diagnosis process in a worldwide Healthcare Information System, or a system to look for deforestation within the Amazon Rainforest in real time / O crescimento em quantidade e complexidade dos dados armazenados nas organizações torna a extração de conhecimento utilizando técnicas de mineração uma tarefa ao mesmo tempo fundamental para aproveitar bem esses dados na tomada de decisões estratégicas e de alto custo computacional. O custo vem da necessidade de se explorar uma grande quantidade de casos de estudo, em diferentes combinações, para se obter o conhecimento desejado. Tradicionalmente, os dados a explorar são representados como atributos numéricos ou categóricos em uma tabela, que descreve em cada tupla um caso de teste do conjunto sob análise. Embora as mesmas tarefas desenvolvidas para dados tradicionais sejam também necessárias para dados mais complexos, como imagens, grafos, áudio e textos longos, a complexidade das análises e o custo computacional envolvidos aumentam significativamente, inviabilizando a maioria das técnicas de análise atuais quando aplicadas a grandes quantidades desses dados complexos. Assim, técnicas de mineração especiais devem ser desenvolvidas. Este Trabalho de Doutorado visa a criação de novas técnicas de mineração para grandes bases de dados complexos. Especificamente, foram desenvolvidas duas novas técnicas de agrupamento e uma nova técnica de rotulação e sumarização que são rápidas, escaláveis e bem adequadas à análise de grandes bases de dados complexos. As técnicas propostas foram avaliadas para a análise de bases de dados reais, em escala de Terabytes de dados, contendo até bilhões de objetos complexos, e elas sempre apresentaram resultados de alta qualidade, sendo em quase todos os casos pelo menos uma ordem de magnitude mais rápidas do que os trabalhos relacionados mais eficientes. Os dados reais utilizados vêm das seguintes aplicações: diagnóstico automático de câncer de mama, análise de imagens de satélites, e mineração de grafos aplicada a um grande grafo da web coletado pelo Yahoo! e também a um grafo com todos os usuários da rede social Twitter e suas conexões. Tais resultados indicam que nossos algoritmos permitem a criação de aplicações em tempo real que, potencialmente, não poderiam ser desenvolvidas sem a existência deste Trabalho de Doutorado, como por exemplo, um sistema em escala global para o auxílio ao diagnóstico médico em tempo real, ou um sistema para a busca por áreas de desmatamento na Floresta Amazônica em tempo real

Neste trabalho utilizamos o método k.p na aproximação de função envelope, que é uma ferramenta muito útil para a solução de problemas relacionados a heteroestruturas em geral. Apresentamos a análise de heteroestruturas semicondutoras com confinamento espacial nas três direções de crescimentos {Quantum Dots}, utilizando o Hamiltoniano de Kane (8x8) em sua forma generalizada para descrever os estados do elétrons na banda de condução e na banda valência. Fazendo uso dessa ferramenta foram realizadas simulações de estruturas de banda em sistemas quase zero-dimensionais de InAs em matrizes de GaAs, em vários formatos e dimensões e sob diferentes estados de tensionamento. Um estudo sistemático de como as propriedades geométricas e as dimensões de um dado sistema podem influenciar os estados eletrônicos do mesmo foi também realizado, onde puderam ser confirmadas a presença de estados localizados e a sensibilidade do comportamento dos estados eletrônicos a estas propriedades. Pudemos observar um deslocamento para o vermelho no espectro de fotoluminescência com o aumento das dimensões do sistemas estudados. Foram ainda realizados cálculos de {Quantum Dots} de InN em matriz de GaN, que permitem explorar outras regiões do espectro eletromagnético e observamos o comportamento dos mesmos sob estados de tensionamentos diferentes. Com base nos autoestados do sistema foram calculados espectros de fotoluminescência para as heteroestruturas aqui estudadas, permitindo uma comparação direta com resultados experimentais. Como pode-se verificar o strain exerce importância primordial na determinação dos estados eletrônicos dos sistemas estudados e na presença do hidrostático pode-se verificar mudanças apreciáveis na resposta óptica do material, onde pode ser observado um deslocamento para o azul quando levado em consideração a presença de um hidrostático. / In this work, we use the k.p method in the approximation of the envelope function, that is a very useful tool, to the solution of heterostructure related problems. We present a semiconductor heterostructure analysis with confinement on the three directions (Quantum Dots), using the Kane Hamiltonian (8x8) on its generalized form to describe electron eigenstates on the conduction and valence bands. Using this tool, we have made band structure simulations in quasi zero-dimensional systems of InAs in GaAs matrices, in diverse shapes and dimensions and on different tension states. A systematic study of how the geometrical properties and dimensions of a given system could influence the electronic states was also done. There can be confirmed the presence of localized states and the sensitivity of the electronic states to these properties.We could observe a deviation to the red on the photoluminescence spectrum with the increase of the system dimensions. There were also made calculations on InN dots in a GaN matrix, which allow to explore other electromagnetic spectral regions and we have studied their behavior under different tension states. From the system eigenvalues, we calculated the photoluminescence spectra from the heterostructures studied here, allowing a direct comparison with experimental results. It can be verified that the strain is is extremely important on the determination of the electronic states of the studied systems in the presence of an hydrostatic strain. We could observe important modifications on the optical responseof the material, where there is a deviation to the blue when it is considered the presence of the hydrostatic strain.

Made available in DSpace on 2016-04-27T17:27:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cesar Gomes Bonfim Dias.pdf: 1124341 bytes, checksum: 0597660771a7d49eec9ad282d8b45412 (MD5) Previous issue date: 2011-11-20 / This work aims to understand how to configure the theme of indivision on the thought of Maurice Merleau-ponty (1908 - 1961). The term indivision appears in philosophical sense, between 1958 and 1960, taught courses at the Collège of France, such as joint ownership body and worldly, that is, from my body with me, of my body with the world and of the bodies among themselves. Merleau-Ponty asserts that we are indivisibility . As the term body refers to the perceptual experience body that the subject has of himself, of the things, of the world and of the other, this indivision and it, too, an experience, an experience of indivision, such as express our title. The indivision descends from the husserlian intentionality, it refers to the mode of being of consciousness as consciousness of something. Merleau-ponty combines this theme to the Lebenswelt (world of life) husserlian and establishes their reflections on the horizon of an intentionality operant, a way to be original that works from the inside, which allows for the existence of intercorporeality and interworld. This way of being original identifies himself to what we call from experience of indivision. It is this over the course of three reflections developed by the philosopher, namely the perceptual experience body, the expression and the reflection on the flesh. In the first, the body phenomenal provides at the philosopher thinking a kind of unity that exists for himself to himself (the subject as the body) and in communion with the world, with things and with the other - a way of indivision founded on corporeality. In the second reflection, thinking about the meaning of the expression, from the perspective of the experience of the speaking subject makes it possible to understand the operation of expression the operationality a point or moment of indivision. The spousal of the language by speaking subject indicates a layer of indivision woven of yarns diacritics and a crossroads between the elements that make up this layer. In the third reflection, the flesh shows the same nature of the experience of indivision as indivisibility. There are carnal indivisibility between the "I" and the "world" (I and things, between myself and the other). The flesh, as a element and dimensionality that make up the indivision, it is a way of being that is being carried out by the agency of its own operation, enabling the identity, the difference and as well as the links between all the fleshs / Este trabalho pretende compreender como se configura o tema da indivisão no pensamento de Maurice Merleau-Ponty (1908 1961). O termo indivisão aparece em sentido filosófico, entre 1958 e 1960, nos cursos ministrados no Collège de France, como indivisão corporal e mundana, isto é, do meu corpo comigo, do meu corpo com o mundo e dos corpos entre si. Merleau-Ponty afirma que nós somos uma indivisibilidade. Como o termo corpo refere-se à experiência perceptiva corporal que o sujeito tem de si mesmo, das coisas, do mundo e do outro, essa indivisão é ela, também, uma experiência, uma experiência da indivisão, como expressão nosso título. A indivisão descende da intencionalidade husserliana, aquela referente ao modo de ser da consciência como consciência de algo. Merleau-Ponty alia essa temática à Lebenswelt (mundo da vida) husserliana e estabelece suas reflexões no horizonte de uma intencionalidade operante, um modo de ser original que trabalha desde o interior, a qual viabiliza a existência da intercorporeidade e do intermundo. Esse modo de ser original identifica-se ao que chamamos de experiência da indivisão. Ela está presente ao longo de três reflexões desenvolvidas pelo filósofo, a saber, a experiência perceptiva corporal, a expressão e a reflexão acerca da carne. Na primeira, o corpo fenomenal propicia ao filósofo pensar um tipo de unidade existente de si a si (o sujeito como corpo) e de comunhão com o mundo, com as coisas e com os outros um modo de indivisão fundado na corporeidade. Na terceira reflexão, pensar o sentido da expressão, sob a ótica da experiência do sujeito falante torna possível entender a operação de expressão a operacionalidade como ponto ou momento da indivisão. O esposamento da língua pelo sujeito falante indica uma camada de indivisão tecida de fios diacríticos e de um entrecruzamento entre os elementos que compõem essa camada. Na terceira reflexão, a carne mostra a natureza mesma da experiência de indivisão como indivisibilidade. Há indivisibilidade carnal entre o eu e o mundo (eu e as coisas, entre eu e os outros). A carne, como elemento e dimensionalidade que compõem a indivisão, é um modo de ser que se realiza pelo agenciamento de sua própria operação, possibilitando a identidade, a diferença e bem como os laços entre todas as carnes

Tratar grandes quantidades de dados é uma exigência dos modernos algoritmos de mineração de texto. Para algumas aplicações, documentos são constantemente publicados, o que demanda alto custo de armazenamento em longo prazo. Então, é necessário criar métodos de fácil adaptação para uma abordagem que considere documentos em fluxo, e que analise os dados em apenas um passo sem requerer alto custo de armazenamento. Outra exigência é a de que essa abordagem possa explorar heurísticas a fim de melhorar a qualidade dos resultados. Diversos modelos para a extração automática das informações latentes de uma coleção de documentos foram propostas na literatura, dentre eles destacando-se os modelos probabilísticos de tópicos. Modelos probabilísticos de tópicos apresentaram bons resultados práticos, sendo estendidos para diversos modelos com diversos tipos de informações inclusas. Entretanto, descrever corretamente esses modelos, derivá-los e em seguida obter o apropriado algoritmo de inferência são tarefas difíceis, exigindo um tratamento matemático rigoroso para as descrições das operações efetuadas no processo de descoberta das dimensões latentes. Assim, para a elaboração de um método simples e eficiente para resolver o problema da descoberta das dimensões latentes, é necessário uma apropriada representação dos dados. A hipótese desta tese é a de que, usando a representação de documentos em grafos bipartidos, é possível endereçar problemas de aprendizado de máquinas, para a descoberta de padrões latentes em relações entre objetos, por exemplo nas relações entre documentos e palavras, de forma simples e intuitiva. Para validar essa hipótese, foi desenvolvido um arcabouço baseado no algoritmo de propagação de rótulos utilizando a representação em grafos bipartidos. O arcabouço, denominado PBG (Propagation in Bipartite Graph), foi aplicado inicialmente para o contexto não supervisionado, considerando uma coleção estática de documentos. Em seguida, foi proposta uma versão semissupervisionada, que considera uma pequena quantidade de documentos rotulados para a tarefa de classificação transdutiva. E por fim, foi aplicado no contexto dinâmico, onde se considerou fluxo de documentos textuais. Análises comparativas foram realizadas, sendo que os resultados indicaram que o PBG é uma alternativa viável e competitiva para tarefas nos contextos não supervisionado e semissupervisionado. / Handling large amounts of data is a requirement for modern text mining algorithms. For some applications, documents are published constantly, which demand a high cost for long-term storage. So it is necessary easily adaptable methods for an approach that considers documents flow, and be capable of analyzing the data in one step without requiring the high cost of storage. Another requirement is that this approach can exploit heuristics in order to improve the quality of results. Several models for automatic extraction of latent information in a collection of documents have been proposed in the literature, among them probabilistic topic models are prominent. Probabilistic topic models achieve good practical results, and have been extended to several models with different types of information included. However, properly describe these models, derive them, and then get appropriate inference algorithms are difficult tasks, requiring a rigorous mathematical treatment for descriptions of operations performed in the latent dimensions discovery process. Thus, for the development of a simple and efficient method to tackle the problem of latent dimensions discovery, a proper representation of the data is required. The hypothesis of this thesis is that by using bipartite graph for representation of textual data one can address the task of latent patterns discovery, present in the relationships between documents and words, in a simple and intuitive way. For validation of this hypothesis, we have developed a framework based on label propagation algorithm using the bipartite graph representation. The framework, called PBG (Propagation in Bipartite Graph) was initially applied to the unsupervised context for a static collection of documents. Then a semi-supervised version was proposed which need only a small amount of labeled documents to the transductive classification task. Finally, it was applied in the dynamic context in which flow of textual data was considered. Comparative analyzes were performed, and the results indicated that the PBG is a viable and competitive alternative for tasks in the unsupervised and semi-supervised contexts.

Redução de dimensionalidade é um problema muito importante da área de reconhecimento de padrões com aplicação em diversos campos do conhecimento. Dentre as técnicas de redução de dimensionalidade, a de seleção de características foi o principal foco desta pesquisa. De uma forma geral, a maioria dos métodos de redução de dimensionalidade presentes na literatura costumam privilegiar casos nos quais os dados sejam linearmente separáveis e só existam duas classes distintas. No intuito de tratar casos mais genéricos, este trabalho propõe uma função critério, baseada em sólidos princípios de teoria estatística como entropia e informação mútua, a ser embutida nos algoritmos de seleção de características existentes. A proposta dessa abordagem é tornar possível classificar os dados, linearmente separáveis ou não, em duas ou mais classes levando em conta um pequeno subespaço de características. Alguns resultados com dados sintéticos e dados reais foram obtidos confirmando a utilidade dessa técnica. Este trabalho tratou dois problemas de bioinformática. O primeiro trata de distinguir dois fenômenos biológicos através de seleção de um subconjunto apropriado de genes. Foi estudada uma técnica de seleção de genes fortes utilizando máquinas de suporte vetorial (MSV) que já vinha sendo aplicada para este fim em dados de SAGE do genoma humano. Grande parte dos genes fortes encontrados por esta técnica para distinguir tumores de cérebro (glioblastoma e astrocytoma), foram validados pela metodologia apresentada neste trabalho. O segundo problema que foi tratado neste trabalho é o de identificação de redes de regulação gênica, utilizando a metodologia proposta, em dados produzidos pelo trabalho de DeRisi et al sobre microarray do genoma do Plasmodium falciparum, agente causador da malária, durante as 48 horas de seu ciclo de vida. O presente texto apresenta evidências de que a utilização da entropia condicional média para estimar redes genéticas probabilísticas (PGN) pode ser uma abordagem bastante promissora nesse tipo de aplicação. No contexto de processamento de imagens, tal técnica pôde ser aplicada com sucesso em obter W-operadores minimais para realização de filtragem de imagens e reconhecimento de texturas. / Dimensionality reduction is a very important pattern recognition problem with many applications. Among the dimensionality reduction techniques, feature selection was the main focus of this research. In general, most dimensionality reduction methods that may be found in the literature privilegiate cases in which the data is linearly separable and with only two distinct classes. Aiming at covering more generic cases, this work proposes a criterion function, based on the statistical theory principles of entropy and mutual information, to be embedded in the existing feature selection algorithms. This approach allows to classify the data, linearly separable or not, in two or more classes, taking into account a small feature subspace. Results with synthetic and real data were obtained corroborating the utility of this technique. This work addressed two bioinformatics problems. The first is about distinguishing two biological fenomena through the selection of an appropriate subset of genes. We studied a strong genes selection technique using support vector machines (SVM) which has been applied to SAGE data of human genome. Most of the strong genes found by this technique to distinguish brain tumors (glioblastoma and astrocytoma) were validated by the proposed methodology presented in this work. The second problem covered in this work is the identification of genetic network regulation, using our proposed methodology, from data produced by work of DeRisi et al about microarray of the Plasmodium falciparum genome, malaria agent, during 48 hours of its life cycle. This text presents evidences that using mean conditional entropy to estimate a probabilistic genetic network (PGN) may be very promising. In the image processing context, it is shown that this technique can be applied to obtain minimal W-operators that perform image filtering and texture recognition.

SOUSA, Ariel Adorno de. Vazamentos de corrente e ineficiência de transporte em nanoestruturas semicondutoras investigadas através de propagação de pacotes de onda. 2015. 149 f. Tese (Doutorado em Física) - Programa de Pós-Graduação em Física, Departamento de Física, Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Edvander Pires (edvanderpires@gmail.com) on 2015-06-11T18:23:58Z No. of bitstreams: 1 2015_tese_aasousa.pdf: 11602478 bytes, checksum: 96b288e68aacaf0da271842e48706b70 (MD5) / Approved for entry into archive by Edvander Pires(edvanderpires@gmail.com) on 2015-06-11T18:24:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_tese_aasousa.pdf: 11602478 bytes, checksum: 96b288e68aacaf0da271842e48706b70 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-11T18:24:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_tese_aasousa.pdf: 11602478 bytes, checksum: 96b288e68aacaf0da271842e48706b70 (MD5) Previous issue date: 2015 / Advances in growth techniques have made possible the fabrication of quasi one-dimensional semiconductor structures on nanometric scales, called quantum dots, wires, wells and rings. Interest in these structures has grown considerably not only due to their possible applications in electronic devices and to their easy chemical manipulation, but also because they offer the possibility of experimentally exploring several aspects of quantum confinement, scattering and interference phenomena. In particular, in this work, we investigate the electronic and transport properties in quantum wells, wires and rings, whose dimensions can be achieved experimentally. For this purpose, we solve the time-dependent Schrödinger equation using the split-operator method in two dimensions. We address four different problems: in the first one, the electronic transport properties of a mesoscopic branched out quantum ring are discussed in analogy to the Braess Paradox of game theory, which, in simple words, states that adding an extra path to a traffic network does not necessarily improves its overall flow. In this case, we consider a quantum ringindex{Quantum ring} with an extra channel in its central region, aligned with the input and output leads. This extra channel plays the role of an additional path in a similar way as the extra roads in the classical Braess paradox. Our results show that in this system, surprisingly the transmission coefficient decreases for some values of the extra channel width, similarly to the case of traffic networks in the original Braess problem. We demonstrate that such transmission reduction in our case originates from both quantum scattering and interference effects, and is closely related to recent experimental results in a similar mesoscopic system. In the second work of this thesis, we extend the first system by considering different ring geometries, and by investigating the effects of an external perpendicular magnetic field and of obstructions to the electrons pathways on the transport properties of the system. For narrow widths of the extra channel, it is possible to observe Aharonov-Bohm oscillations in the transmission probability. More importantly, the Aharonov-Bohm phase acquired by the wave function in the presence of the magnetic field allows one to verify in which situations the transmission reduction induced by the extra channel is purely due to interference. We simulate a possible closure of one of the paths by applying a local electrostatic potential, which can be seen as a model for the charged tip of an atomic force microscope (AFM). We show that positioning the AFM tip in the extra channel suppresses the transmission reduction due to the Braess paradox, thus demonstrating that closing the extra path improves the overall transport properties of the system. In the third work, we analyze the tunneling of wave packets between two semiconductor quantum wires separated by a short distance. We investigate the smallest distance at which a significant tunneling between the semiconduting wires still occur. This work is of fundamental importantance for the manufacturing of future nanostructured devices, since it provides information on the minimum reasonable distances between the electron channels in miniaturized electronic circuits, where quantum tunnelling and interference effects will start to play a major role. In the last work of this thesis, we investigate the binding energy of the electron-impurity pair in a GaN/HfO2 quantum well. We consider simultaneously the contributions of all interactions in the self-energy due to the dielectric constant mismatch between materials. We investigate the electron-impurity bound states in quantum wells of several widths, and compared the results for different impurity positions. / Os avanços nas técnicas de crescimento tornaram possível a fabricação de estruturas semicondutoras quase-unidimensionais em escalas nanométricas, chamadas pontos, fios, poços e anéis quânticos. Interesse nessas estruturas tem crescido consideravelmente, não só devido às suas possíveis aplicações em dispositivos eletrônicos e à sua manipulação química fácil, mas também porque eles oferecem a possibilidade de explorar experimentalmente vários aspectos de confinamento quântico, espalhamento e fenômenos de interferência. Em particular, neste trabalho, investigamos as propriedades eletrônicas e de transporte em poços quânticos, fios e anéis, cujas dimensões podem ser alcançados experimentalmente. Para isto, resolvemos a equação de Schrödinger dependente do tempo utilizando o método Split-operator em duas dimensões. Nesta tese, abordamos quatro trabalhos, sendo o primeiro uma analogia ao Paradoxo de Braess para um sistema mesoscópico. Para isso, utilizamos um anel quântico com um canal adicional na região central, alinhado com os canais de entrada e saída. Este canal extra faz o papel do caminho adicional em uma rede de tráfego na teoria dos jogos, similar ao caso do paradoxo de Braess. Calculamos as auto-energias e a evolução temporal para o anel quântico. Surpreendentemente, o coeficiente de transmissão para algumas larguras do canal extra diminuiu, semelhante ao que acontece com redes de tráfego, onde a presença de uma via extra não necessariamente melhora o fluxo total. Com a analise dos resultados obtidos, foi possível determinar que neste sistema o paradoxo ocorre devido a efeitos de interferência e de espalhamento quântico. No segundo trabalho, foi feita uma extensão do primeiro, (i) aplicando-se um campo magnético, onde foi possível obter o efeito Aharonov-Bohm para pequenos valores do canal extra e controlar efeitos de interferência responsáveis pelo paradoxo mencionado, e (ii) fazendo também a aplicação de um potencial que simula a ponta de um microscópio de força atômica (AFM) interagindo com a amostra - este potencial é repulsivo e simula um possível fechamento do caminho em que o pacote de onda se propaga. Assim, neste trabalho, realizamos uma contra-prova do primeiro, onde observamos que com o posicionamento da ponta do AFM sobre canal extra, se diminui o efeito de redução de corrente devido ao paradoxo de Braess. No terceiro trabalho, realizamos uma análise de tunelamento entre dois fios quânticos separados por uma certa distância e calculamos qual a menor distância para qual ocorre tunelamento significativo nesse sistema eletrônico. Este trabalho é de fundamental importância para o manufaturamento de dispositivos nanoestruturados, porque nos permite investigar qual a distância mínima para a construção de um circuito eletrônico sem que haja interferências nas transmissões das informações. No quarto e último trabalho desta tese, investigamos a energia de ligação do elétron-impureza em GaN/HfO2 para um poço quântico. Consideramos simultaneamente as contribuições de todas as interações das auto-energias devido ao descasamento das constantes dielétricas entre os materiais. Foram estudados poços largos e estreitos, comparando os resultados para diferentes posições da impureza e a contribuição da auto-energia para o sistema.

Em muitas representações de objetos ou sistemas físicos se faz necessário a utilização de técnicas de redução de dimensionalidade que possibilitam a análise dos dados em baixas dimensões, capturando os parâmetros essenciais associados ao problema. No contexto de aprendizagem de máquina esta redução se destina primordialmente à clusterização, reconhecimento e reconstrução de sinais. Esta tese faz uma análise meticulosa destes tópicos e suas conexões que se encontram em verdadeira ebulição na literatura, sendo o mapeamento de difusão o foco principal deste trabalho. Tal método é construído a partir de um grafo onde os vértices são os sinais (dados do problema) e o peso das arestas é estabelecido a partir do núcleo gaussiano da equação do calor. Além disso, um processo de Markov é estabelecido o que permite a visualização do problema em diferentes escalas conforme variação de um determinado parâmetro t: Um outro parâmetro de escala, Є, para o núcleo gaussiano é avaliado com cuidado relacionando-o com a dinâmica de Markov de forma a poder aprender a variedade que eventualmente seja o suporte do dados. Nesta tese é proposto o reconhecimento de imagens digitais envolvendo transformações de rotação e variação de iluminação. Também o problema da reconstrução de sinais é atacado com a proposta de pré-imagem utilizando-se da otimização de uma função custo com um parâmetro regularizador, γ, que leva em conta também o conjunto de dados iniciais. / In many representations of objects or physical systems it is necessary to use techniques of dimensionality reduction that enable the analysis of data at low dimensions, capturing the essential parameters associated with the problem. Within the context of machine learning this reduction is primarily intended for clustering , recognition and reconstruction of signals. This thesis makes a thorough analysis of these topics and their connections which are true boiling in the literature, the difusion mapping being the main focus of this work . This method is constructed from a graph where the vertices are the signs ( problem data ) and the weight of edges is established based on the Gaussian kernel of the heat equation. Furthermore , a Markov process is established which allows the visualization of the problem at diferent scales according to the variation of a given parameter t . Another scale parameter, Є , for the Gaussian core is carefully evaluated by relating it to the dynamic Markov so you can learn the variety that eventually support the data. This thesis proposed the recognition of digital images involving transformations of rotation and variation of illumination. Also the problem of reconstruction of signals is attacked with the proposed pre - image using the optimization of a cost function with a smoothing parameter, γ, Which also takes into account the initial dataset.