Apesar da ampla diversidade de línguas indígenas no Brasil, poucas pesquisas estudam estas línguas e suas relações. Inúmeros esforços têm sido dedicados a procurar similaridades entre as palavras das línguas indígenas e classificá-las em famílias de línguas. Seguindo a classificação mais aceita das línguas indígenas do Brasil, esta pesquisa propõe comparar palavras de 10 línguas indígenas brasileiras. Para isso, considera-se que estas palavras são sinais de fala e estima-se a função de distribuição de probabilidade (PDF) de cada palavra, usando um modelo de mistura de gaussianas (GMM). A PDF foi considerada um modelo para representar as palavras. Os modelos foram comparados utilizando medidas de distância para construir estruturas hierárquicas que evidenciaram possíveis relações entre as palavras. Seguindo esta linha, a hipótese levantada nesta pesquisa é que as PDFs baseadas em GMM conseguem caracterizar as palavras das línguas indígenas, permitindo o emprego de medidas de distância entre elas para estabelecer relações entre as palavras, de forma que tais relações confirmem algumas das classificações. Os parâmetros do GMM foram calculados utilizando o algoritmo Maximização da Expectância (em inglês, Expectation Maximization (EM)). A divergência Kullback Leibler (KL) foi empregada para medir semelhança entre as PDFs. Esta divergência serve de base para estabelecer as estruturas hierárquicas que ilustram as relações entre os modelos. A estimativa da PDF, baseada em GMM foi testada com o auxílio de sinais simulados, sendo possível confirmar que os parâmetros obtidos são próximos dos originais. Foram implementadas várias medidas de distância para avaliar se a semelhança entre os modelos estavam determinadas pelos modelos e não pelas medidas adotadas neste estudo. Os resultados de todas as medidas foram similares, somente foi observada alguma diferença nos agrupamentos realizados pela distância C2, por isso foi proposta como complemento da divergência KL. Estes resultados sugerem que as relações entre os modelos dependem das suas características, não das métricas de distância selecionadas no estudo e que as PDFs baseadas em GMM, conseguem fazer uma caracterização adequada das palavras. Em geral, foram observados agrupamentos entre palavras que pertenciam a línguas de um mesmo tronco linguístico, assim como se observou uma tendência a incluir línguas isoladas nos agrupamentos dos troncos linguísticos. Palavras que pertenciam a determinada língua apresentaram um comportamento padrão, sendo identificadas por esse tipo de comportamento. Embora os resultados para as palavras das línguas indígenas sejam inconclusivos, considera-se que o estudo foi útil para aumentar o conhecimento destas 10 línguas estudadas, propondo novas linhas de pesquisas dedicadas à análise destas palavras. / Although there exists a large diversity of indigenous languages in Brazil, there are few researches on these languages and their relationships. Numerous efforts have been dedicated to search for similarities among words of indigenous languages to classify them into families. Following the most accepted classification of Brazilian indigenous languages, this research proposes to compare words of 10 Brazilian indigenous languages. The words of the indigenous languages are considered speech signals and the Probability Distribution Function (PDF) of each word was estimated using the Gaussian Mixture Models (GMM). This estimation was considered a model to represent each word. The models were compared using distance measures to construct hierarchical structures that illustrate possible relationships among words. The hypothesis in this research is that the estimation of the PDF, based on GMM can characterize the words of indigenous languages, allowing the use of distance measures between the PDFs to establish relationships among the words and confirm some of the classifications. The Expectation Maximization algorithm (EM) was implemented to estimate the parameters that describe the GMM. The Kullback Leibler (KL) divergence was used to measure similarities between two PDFs. This divergence is the basis to establish the hierarchical structures that show the relationships among the models. The PDF estimation, based on GMM was tested using simulated signals, allowing confirming the useful approximation of the original parameters. Several distance measures were implemented to prove that the similarities among the models depended on the model of each word, and not on the distance measure adopted in this study. The results of all measures were similar, however, as the clustering results of the C2 distances showed some differences from the other clusters, C2 distance was proposed to complement the KL divergence. The results suggest that the relationships between models depend on their characteristics, and not on the distance measures selected in this study, and the PDFs based on GMM can properly characterize the words. In general, relations among languages that belong to the same linguistic branch were illustrated, showing a tendency to include isolated languages in groups of languages that belong to the same linguistic branches. As the GMM of some language families presents a standard behavior, it allows identifying each family. Although the results of the words of indigenous languages are inconclusive, this study is considered very useful to increase the knowledge of these types of languages and to propose new research lines directed to analyze this type of signals.

Apesar da ampla diversidade de línguas indígenas no Brasil, poucas pesquisas estudam estas línguas e suas relações. Inúmeros esforços têm sido dedicados a procurar similaridades entre as palavras das línguas indígenas e classificá-las em famílias de línguas. Seguindo a classificação mais aceita das línguas indígenas do Brasil, esta pesquisa propõe comparar palavras de 10 línguas indígenas brasileiras. Para isso, considera-se que estas palavras são sinais de fala e estima-se a função de distribuição de probabilidade (PDF) de cada palavra, usando um modelo de mistura de gaussianas (GMM). A PDF foi considerada um modelo para representar as palavras. Os modelos foram comparados utilizando medidas de distância para construir estruturas hierárquicas que evidenciaram possíveis relações entre as palavras. Seguindo esta linha, a hipótese levantada nesta pesquisa é que as PDFs baseadas em GMM conseguem caracterizar as palavras das línguas indígenas, permitindo o emprego de medidas de distância entre elas para estabelecer relações entre as palavras, de forma que tais relações confirmem algumas das classificações. Os parâmetros do GMM foram calculados utilizando o algoritmo Maximização da Expectância (em inglês, Expectation Maximization (EM)). A divergência Kullback Leibler (KL) foi empregada para medir semelhança entre as PDFs. Esta divergência serve de base para estabelecer as estruturas hierárquicas que ilustram as relações entre os modelos. A estimativa da PDF, baseada em GMM foi testada com o auxílio de sinais simulados, sendo possível confirmar que os parâmetros obtidos são próximos dos originais. Foram implementadas várias medidas de distância para avaliar se a semelhança entre os modelos estavam determinadas pelos modelos e não pelas medidas adotadas neste estudo. Os resultados de todas as medidas foram similares, somente foi observada alguma diferença nos agrupamentos realizados pela distância C2, por isso foi proposta como complemento da divergência KL. Estes resultados sugerem que as relações entre os modelos dependem das suas características, não das métricas de distância selecionadas no estudo e que as PDFs baseadas em GMM, conseguem fazer uma caracterização adequada das palavras. Em geral, foram observados agrupamentos entre palavras que pertenciam a línguas de um mesmo tronco linguístico, assim como se observou uma tendência a incluir línguas isoladas nos agrupamentos dos troncos linguísticos. Palavras que pertenciam a determinada língua apresentaram um comportamento padrão, sendo identificadas por esse tipo de comportamento. Embora os resultados para as palavras das línguas indígenas sejam inconclusivos, considera-se que o estudo foi útil para aumentar o conhecimento destas 10 línguas estudadas, propondo novas linhas de pesquisas dedicadas à análise destas palavras. / Although there exists a large diversity of indigenous languages in Brazil, there are few researches on these languages and their relationships. Numerous efforts have been dedicated to search for similarities among words of indigenous languages to classify them into families. Following the most accepted classification of Brazilian indigenous languages, this research proposes to compare words of 10 Brazilian indigenous languages. The words of the indigenous languages are considered speech signals and the Probability Distribution Function (PDF) of each word was estimated using the Gaussian Mixture Models (GMM). This estimation was considered a model to represent each word. The models were compared using distance measures to construct hierarchical structures that illustrate possible relationships among words. The hypothesis in this research is that the estimation of the PDF, based on GMM can characterize the words of indigenous languages, allowing the use of distance measures between the PDFs to establish relationships among the words and confirm some of the classifications. The Expectation Maximization algorithm (EM) was implemented to estimate the parameters that describe the GMM. The Kullback Leibler (KL) divergence was used to measure similarities between two PDFs. This divergence is the basis to establish the hierarchical structures that show the relationships among the models. The PDF estimation, based on GMM was tested using simulated signals, allowing confirming the useful approximation of the original parameters. Several distance measures were implemented to prove that the similarities among the models depended on the model of each word, and not on the distance measure adopted in this study. The results of all measures were similar, however, as the clustering results of the C2 distances showed some differences from the other clusters, C2 distance was proposed to complement the KL divergence. The results suggest that the relationships between models depend on their characteristics, and not on the distance measures selected in this study, and the PDFs based on GMM can properly characterize the words. In general, relations among languages that belong to the same linguistic branch were illustrated, showing a tendency to include isolated languages in groups of languages that belong to the same linguistic branches. As the GMM of some language families presents a standard behavior, it allows identifying each family. Although the results of the words of indigenous languages are inconclusive, this study is considered very useful to increase the knowledge of these types of languages and to propose new research lines directed to analyze this type of signals.

Resumo: Os bovinos são divididos em dois grandes grupos, taurinos e zebuínos, cuja divergência genética é de aproximadamente 250 mil anos. Apesar da proximidade filogenética, os grupos respondem de maneira diferente ao teor de energia da dieta. No presente estudo objetivou-se validar o uso do microarranjo BLO+ para estudos de expressão gênica em zebuínos e comparar a expressão gênica no músculo LD de NEL e ANG alimentados com a dieta AE e BE. Oito ANG e oito NEL foram divididos em duas baias e receberam a dieta BE por 28 dias e na seqüência a dieta AE pelo mesmo período. Após cada período, coletou-se amostras do músculo LD, das quais extraíu-se o RNA para os estudos de expressão gênica usando microarranjos. Foram expressos 9.552 e 8.664 genes em ANG e NEL, sendo que 98% dos genes expressos em NEL também foram expressos em ANG, indicando uma alta similidaridade entre as sondas do microarranjo e os transcritos de NEL. Identificaram-se 546 genes DE para ANG e 440 para NEL. Realizou-se a análise funcional desses conjuntos de genes e observou-se diferenças nas categorias funcionais mais representativas entre as raças entre as dietas. A dieta AE estimula de forma mais acentuada a expressão de genes envolvidos no crescimento e desenvolvimento muscular em ANG, enquanto a dieta BE estimula de forma mais acentuada a expressão de genes que codificam proteínas relacionadas à captação de nutrientes endógenos em NEL. Os resultados obtidos sugerem que o microarranjo BLO+ pode ser usado em estudos de expressão gênica com zebuínos e indicam que o nível nutricional da dieta afeta diferentemente a expressão gênica no músculo LD de taurinos e zebuínos. / Abstract: Bovines are divided in two large groups, taurine and zebuine, whose genetic divergence is estimated as 250,000 years before present. Despite of phylogenetic proximity, these groups respond differently to diet energy level. The current study aimed to validate the BLO+ microarray use in zebuine gene expression experiments and evaluate gene expression in LD muscle from NEL and ANG fed with AE and BE diets. Eight ANG and NEL animals were separated in two pens and received BE diet during 28-days period; following animals were fed with AE diet for the same period. After each period, samples from LD muscle were collected, of which RNA was extracted to proceed with gene expression experiment using microarrays. Were expressed 9,552 and 8,664 genes in ANG and NEL, where 98% of expressed genes in NEL were also expressed in ANG, indicating a high similarity between microarray probes and NEL transcripts. Statistical analysis identified 546 genes differentially expressed for ANG and 440 for NEL. These gene groups were submitted to functional analysis and differences in overrepresented functional categories were observed between breeds and diets. AE diet stimulates further the expression of genes related to muscle growth and development in ANG, while BE diet stimulates further the expression of genes involved in endogenous nutrients uptake in NEL. The results obtained suggest that BLO+ microarray can be used in zebuine gene expression studies and indicate that nutritional level of diet affects the differential gene expression in LD muscle from taurine and zebuine beef cattle. / Orientador: Luiz Roberto Furlan / Coorientadora: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Banca: Leandro Márcio Moreira / Banca: Poliana Fernanda Giachetto / Banca: Marcelo Luiz de Laia / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Doutor

O pinhão-manso (Jatropha curcas L.) é uma planta versátil e com diversos usos potenciais em especial para produção de biodiesel. O óleo obtido de suas sementes é seu produto mais rentável e atualmente desperta grande interesse econômico em diversos setores. A caracterização molecular e a avaliação do potencial reprodutivo dos acessos de pinhão-manso são aspectos ainda pouco abordados no Brasil, sendo necessária a caracterização de acessos brasileiros e suas potencialidades. Os objetivos do presente trabalho foram analisar a diversidade genética e a divergência genética em acessos comerciais de pinhão-manso, coletados no estado de São Paulo (Alvinlândia, Lins, Itatinga e Jales), Minas Gerais (Janaúba) e Mato Grosso do Sul (Dourados). Primeiramente, foram comparadas as técnicas de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), RAPD-RFLP (Restrinction Fragment Length Polymorphism a partir do RAPD) e AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), quanto à potencialidade de detectar polimorfismos dentro dos acessos e entre os acessos. Posteriormente, os acessos foram caracterizados através de AFLP. Além disso, este trabalho visou detectar se há diferença nas estruturas e no desenvolvimento floral e na taxa de viabilidade polínica dos acessos de São Paulo (Alvinlândia), Minas Gerais e Mato Grosso do Sul. Nessa parte do estudo, foram analisadas e identificadas as estruturas dos órgãos florais e do grão de pólen através das técnicas de microscopia de luz, eletrônica de varredura e transmissão. Na comparação entre as técnicas moleculares, apenas AFLP permitiu a detecção de polimorfismos, com base em um acesso escolhido para os testes (Alvinlândia, SP). As análises de todos acessos através de AFLP mostraram considerável polimorfismo, que foi refletido nas estimativas de diversidade genética de Nei e Índice de Shannon. Na análise de agrupamento, as amostras de cada acesso foram agrupadas coerentemente. Os acessos de Dourados e de Itatinga formaram um grupo separado, apresentando cerca de 76% de similaridade com o segundo grupo (Alvinlândia, Jales, Lins, Janaúba). Dentro deste último, os acessos de São Paulo ficaram agrupados (com cerca de 84% de similaridade), enquanto que Janaúba mostrou-se separado, com 82% de similaridade genética. Estes resultados indicam que os acessos de São Paulo provavelmente tenham origem a partir de Janaúba. No entanto, Itatinga provavelmente tenha origem a partir de Dourados. Quanto à morfologia floral, não foi observada nenhuma diferença a nível microscópico na formação e nas estruturas dos órgãos florais. Quando comparada a viabilidade polínica entre os dois acessos coletados em campo (Minas Gerais e Mato Grosso do Sul), notou-se que há diferença significativa na taxa de viabilidade, mesmo os valores sendo muito próximos (Mato Grosso do Sul - 81,91% e Minas Gerais - 77,20%), mostra que tanto os acessos de Minas Gerais como os de Mato Grosso do Sul podem ser utilizados como parentais masculinos em programas de melhoramento genético. A divergência genética moderada e a baixa variabilidade morfológica sugerem que coletas de materiais em poucos locais poderiam representar a diversidade genética da espécie. Estudos mais aprofundados, empregando técnicas como de microssatélites e mais acessos, são 11 necessários para o conhecimento da diversidade e estrutura genética do pinhão-manso no Brasil / Physic nut (Jatropha curcas L) is a very versatile plant with several potential uses especially for the production of biodiesel. The oil obtained from its seeds is the most profitable product of this specie and it is currently attracting great interest in various economic sectors. Molecular characterization and evaluation of reproductive potential of the accessions of pysic nut have still little attention in Brazil, it still need the characterization of Brazilian accessions and its potenciality. The ains of this study were: to analyze the genetic diversity and genetic divergence in commercial accessions of physic nut, from the States of São Paulo (Alvinlândia, Lins, Jales and Itatinga), Minas Gerais (Janaúba)and Mato Grosso do Sul (Dourados). Firstly we compared the RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) RAPD-RFLP (Fragment Length Polymorphism Restriction from RAPD) and AFLP (Amplified Fragment Length Polymprphism) regarding the potencial to detect polymorphism within the accessions and among accessions. Subsequently, the accessions were characterized by AFLP. Moreover this work aimed to detect whether there are differenced on flower structures and development and the rate of pollen viability on the accessions of São Paulo (Alvinlândia), Minas Gerias and Mato Grosso do Sul. On this part of the study were analysed and identified the structures of the floral organs and pollen grain through the techniques of, light microscopy, scanning electron and transmission microscopy. Comparing the molecular techniques, only AFLP allowed the detection of polymorphisms based on the accession chosen for testing (Alvinlândia, SP). Analyses of all accesses by AFLP showed considerable polymorphism, wich was reflected in estimates of genetic diversity index of Nei and Shannon. In cluster analysis, samples of each accessions were grouped consistently. The accessions of Dourados and Itatinga formed a separated group, with approximately 76% similarity with the second group (Alvinlândia, Jales, Lins, Janaúba). Within the last, accessions of São Paulo werte grouped (about 84% similarity), while Janaúba showed p separately, with 82% of genetic similarity. These results indicates that the accessions of São Paulo probably originates from Janaúba. However Itatinga probably originates from Dourados. As floral morphology, we observed no difference at microscope level on the formation and on the structures of floral organs. When compared the pollen grain viability between the two accessions collected in the field (Minas Gerais and Mato Grosso do Sul), it was noted that the viability rated were significantly different, even though the values being very close (Mato Grosso do Sul Minas Gerais 81,91% - 77,20%), shows that both the accessions of Minas Gerais as the Mato Grosso do Sul can be used as male parental in breeding programs. The moderate and low genetic divergence suggests that morphological variability collections of materials in a few locations could represent the genetis diversity of the species. Further studies employing techniques such as microsatellite and more accessions are required for an understanding of diversity and genetic structure of physic nut in Brazil

This thesis investigates different aspects of competition under uncertainty using the tools of game theory. In Chapter 1, I consider a quantity oligopoly game. One of the firms is presented with an opportunity to commit to some output before the demand becomes known, but may add to it afterwards, then moving simultaneously with the rivals. I show that the more cost-efficient firm is more likely to behave like a Stackelberg leader, i.e. to produce the optimal Stackelberg leader quantity ex-ante and refrain from adding to it later, letting the rivals respond to its ex-ante output in the manner of Stackelberg followers. In Chapter 2, I study a model of an electoral contest. Two symmetric parties allocate their endowments to building platforms on various issues before the start of a campaign. Next, one of the issues becomes decisive in the course of the campaign with a commonly known probability. The outcome of the election depends on the difference in competence in this issue. I show that if the payoff functions are convex in this difference-the case of 'increasing returns to power'-parties differentiate each other by selecting different campaign issues. On the contrary, when the payoff functions are concave in this difference-the case of 'decreasing returns to power'-parties mimic each other by investing the same amounts into the same issues. Thus, incentives for selecting campaign issues depend critically on the shape of the payoff functions, which might be determined by (1) a non-linear technology transforming parties' investment in various topics into voters' perception of their competence, (2) or parties' inherent motivation for winning by a big margin due to parties' ideological convictions or rent-seeking, (3) or an electoral system giving winners or big parties a disproportionate advantage in the assigned number of seats, (4) or a relatively high extent of power given to the winning party once in office.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T15:06:17Z No. of bitstreams: 1 Amanda Emanuella Rocha de Souza.pdf: 766052 bytes, checksum: e66d6d097fb12f1804e1c7916b3dd834 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T15:06:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Amanda Emanuella Rocha de Souza.pdf: 766052 bytes, checksum: e66d6d097fb12f1804e1c7916b3dd834 (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The aim of this study was to evaluate sib families with potential sugarcane production and earliness in maturity, in order to select individuals for use in breeding and commercial. The experimental design was randomized blocks with four blocks and ten families of sugar cane. The experiment was carried out in the agricultural area in sugar mill São José - Igarassu/PE, during the agricultural year 2009/2010. Were evaluated the characters mean number of culms (NMC), mean diameter culms (DMC), mean height of culms (AMC), mean weight of culms (PMC), tons of cane per hectare (TCH), tons per hectare of pol (TPH), brix tons per hectare (TBH), pol in cane (PC), brix in sugar cane (BC), % cane fiber (FIB), total recoverable sugar (ATR) and pure cane (PUR). The analysis of variance was performed for all the characters and the means were grouped by Scott and Knott test (1974), 5% of probability (p<0.05). The multivariate analysis was used to quantify the genetic divergence. The Mahalanobis distance was used as dissimilarity measure. Were applied the hierarchical method of the average linkages (UPGMA) and the optimization method of Tocher. Were estimated the phenotypic path analysis. Families FA-2, FA-3, FA-5, FA-8 and FA-9, can be selected for production of sugarcane and sugar. The results based on brix families indicated FA-4 FA-5 FA-6 FA-10 and with a tendency to early maturity. The use of pairs of different families can be recommended for use in improving opportunities to provide new combinations with success in the selection. Indirectly, the selection of families for the production of cane and sugar can be done by the average number of culms. / Objetivou-se com este trabalho avaliar famílias de irmão germanos com potencial de produção de cana e precocidade na maturação, visando a seleção de indivíduos para uso no melhoramento e comercial. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso com quatro blocos e dez famílias de cana-de-açúcar. O experimento foi conduzido na área agrícola da Usina São José - Igarassu/PE, durante o ano agrícola de 2009/2010. Foram avaliados os caracteres número médio de colmos (NMC), diâmetro médio de colmos (DMC), altura média de colmos (AMC), peso médio de colmos (PMC), toneladas de cana por hectare (TCH), toneladas de pol por hectare (TPH), toneladas de brix por hectare (TBH), pol na cana (PC), brix na cana (BC), fibra % cana (FIB), açúcar total recuperável (ATR) e pureza na cana (PUR). A análise de variância foi realizada para todos os caracteres e as médias foram agrupadas pelo teste de Scott e Knott (1974), a 5% de probabilidade (p<0,05). A análise multivariada foi utilizada para quantificar a divergência genética. A distância generalizada de Mahalanobis foi utilizada como medida de dissimilaridade. Foram aplicados o método hierárquico de ligações médias (UPGMA) e o método de otimização de Tocher. Estimaram-se as análises de trilha fenotípicas. As famílias FA-2, FA-3, FA-5, FA-8 e FA-9, podem ser selecionadas para produção de cana e açúcar. Os resultados com base no brix indicaram as famílias FA-4, FA-5, FA-6 e FA-10 com tendência para maturação precoce. O uso dos pares de famílias mais divergentes podem ser recomendadas para uso no melhoramento com possibilidades de proporcionar novas combinações com êxito na seleção. Indiretamente, a seleção de famílias para produção de cana e açúcar pode ser feita através do número médio de colmos.

O presente trabalho propõe uma metodologia para agrupamento de textos que possa ser utilizada tanto em busca textual em geral como mais especificamente na distribuição de processos jurídicos para fins de redução do tempo de resolução de conflitos judiciais. A metodologia proposta utiliza a divergência Kullback-Leibler aplicada às distribuições de frequência dos radicais (semantemas) das palavras presentes nos textos. Diversos grupos de radicais são considerados, formados a partir da frequência com que ocorrem entre os textos, e as distribuições são tomadas em relação a cada um desses grupos. Para cada grupo, as divergências são calculadas em relação à distribuição de um texto de referência formado pela agregação de todos os textos da amostra, resultando em um valor para cada texto em relação a cada grupo de radicais. Ao final, esses valores são utilizados como atributos de cada texto em um processo de clusterização utilizando uma implementação do algoritmo K-Means, resultando no agrupamento dos textos. A metodologia é testada em exemplos simples de bancada e aplicada a casos concretos de registros de falhas elétricas, de textos com temas em comum e de textos jurídicos e o resultado é comparado com uma classificação realizada por um especialista. Como subprodutos da pesquisa realizada, foram gerados um ambiente gráfico de desenvolvimento de modelos baseados em Reconhecimento de Padrões e Redes Bayesianas e um estudo das possibilidades de utilização de processamento paralelo na aprendizagem de Redes Bayesianas. / This work proposes a methodology for grouping texts for the purposes of textual searching in general but also specifically for aiding in distributing law processes in order to reduce time applied in solving judicial conflicts. The proposed methodology uses the Kullback-Leibler divergence applied to frequency distributions of word stems occurring in the texts. Several groups of stems are considered, built up on their occurrence frequency among the texts and the resulting distributions are taken regarding each one of those groups. For each group, divergences are computed based on the distribution taken from a reference text originated from the assembling of all sample texts, yelding one value for each text in relation to each group of stems. Finally, those values are taken as attributes of each text in a clusterization process driven by a K-Means algorithm implementation providing a grouping for the texts. The methodology is tested for simple toy examples and applied to cases of electrical failure registering, texts with similar issues and law texts and compared to an expert\'s classification. As byproducts from the conducted research, a graphical development environment for Pattern Recognition and Bayesian Networks based models and a study on the possibilities of using parallel processing in Bayesian Networks learning have also been obtained.

O presente trabalho propõe uma metodologia para agrupamento de textos que possa ser utilizada tanto em busca textual em geral como mais especificamente na distribuição de processos jurídicos para fins de redução do tempo de resolução de conflitos judiciais. A metodologia proposta utiliza a divergência Kullback-Leibler aplicada às distribuições de frequência dos radicais (semantemas) das palavras presentes nos textos. Diversos grupos de radicais são considerados, formados a partir da frequência com que ocorrem entre os textos, e as distribuições são tomadas em relação a cada um desses grupos. Para cada grupo, as divergências são calculadas em relação à distribuição de um texto de referência formado pela agregação de todos os textos da amostra, resultando em um valor para cada texto em relação a cada grupo de radicais. Ao final, esses valores são utilizados como atributos de cada texto em um processo de clusterização utilizando uma implementação do algoritmo K-Means, resultando no agrupamento dos textos. A metodologia é testada em exemplos simples de bancada e aplicada a casos concretos de registros de falhas elétricas, de textos com temas em comum e de textos jurídicos e o resultado é comparado com uma classificação realizada por um especialista. Como subprodutos da pesquisa realizada, foram gerados um ambiente gráfico de desenvolvimento de modelos baseados em Reconhecimento de Padrões e Redes Bayesianas e um estudo das possibilidades de utilização de processamento paralelo na aprendizagem de Redes Bayesianas. / This work proposes a methodology for grouping texts for the purposes of textual searching in general but also specifically for aiding in distributing law processes in order to reduce time applied in solving judicial conflicts. The proposed methodology uses the Kullback-Leibler divergence applied to frequency distributions of word stems occurring in the texts. Several groups of stems are considered, built up on their occurrence frequency among the texts and the resulting distributions are taken regarding each one of those groups. For each group, divergences are computed based on the distribution taken from a reference text originated from the assembling of all sample texts, yelding one value for each text in relation to each group of stems. Finally, those values are taken as attributes of each text in a clusterization process driven by a K-Means algorithm implementation providing a grouping for the texts. The methodology is tested for simple toy examples and applied to cases of electrical failure registering, texts with similar issues and law texts and compared to an expert\'s classification. As byproducts from the conducted research, a graphical development environment for Pattern Recognition and Bayesian Networks based models and a study on the possibilities of using parallel processing in Bayesian Networks learning have also been obtained.

This dissertation focuses on increasing the understanding of the evolution processes that have contributed to the diversification of freshwater crayfish. Chapter one estimates the divergence time of the three crayfish families and tests the hypothesis that diversification is tied to the break-up of Pangaea, Gondwanna, and Laurasia. I find that the families of crayfish diverged prior to or in association with the break-up of the three super continents. Chapter two addresses the evolutionary history of the genus Cambarus, using molecular data to test hypotheses of relationships based on chela and carapace morphology. The results provide evidence that the morphology used to determine Cambarus relationships do not reflect evolutionary history and that convergent evolution of morphological traits is common in crayfish. Chapter three addresses evolution at the population level and tests for differences in the genetic population structure of two crayfish with different physiological needs. I find that physiological requirements of these crayfish have influenced their population genetic structure. The last chapter addresses a molecular based hypothesis that rates of mitochondrial evolution are reduced in cave crayfish that have increased longevity, reduced metabolism, and restricted diets compared to surface crayfish. I find that cave crayfish rates of mitochondrial evolution do not significantly differ from surface crayfish. Therefore, increased longevity, reduced metabolism, and restricted diets do not slow the rate of mitochondrial evolution as predicted in this group of cave crayfish.

The ability to accurately identify species is fundamental to ecological research and environmental monitoring. Current taxonomic identifications often rely on differentiation of morphologically ambiguous characters, and a process of categorization which is tedious and often leads to misidentifications. This is compounded by the presence of cryptic taxa, which may be prevalent among Polychaete worms (Polychaeta: Annelida). With increased access to genetic techniques, Cytochrome c oxidase subunit I has been suggested as a possible aid to assist in the discrimination of species resources. In this study, I tested the hypothesis that the mtDNA COI gene locus is effective in discriminating morphologically recognised species of Polychaete worms. A 543 base-pair fragment of the COI locus was successfully extracted for 111 individuals from 16 out of 20 morphologically recognised species. Average intraspecific divergences were 0.8 %, ranging from 0 % to 5 %. Average interspecific variation was 26.4 %, ranging from 13.8 % to 36.8 %. The lowest divergences were found between two Nereid species (13.8 %), and two Glycera americana species (17.2 %). Relatively high maximum divergences of over 30 % suggest that some species may have reached a divergence saturation level, which may partially explain why familial groupings in constructed trees were not monophyletic. Divergences within the different Nereid species - a group previously known to have morphologically cryptic species - did not reveal the presence of any cryptic taxa. Pairwise comparisons showed a clear divide between percentages of intra- and interspecific divergences, and the suggested threshold of 11 % is effective for the taxa investigated here. On the basis of these results, I conclude that sequence variation in the mtDNA COI gene locus is effective in discriminating morphologically recognised species of Polychaete worms, but may not be appropriate for deeper (e.g. generic or familial) phylogenetic relationships among taxa.