Au Proche-Orient, le Néolithique acéramique (12200-8400 cal BP) correspond à une période de changements sociétaux qui se caractérisent principalement par le mode de vie sédentaire et la mise en place de nouvelles stratégies de subsistance. Bien que les pratiques agricoles et l’élevage aient probablement été initiées en parallèle, les indices de l’agriculture sont les premiers à se manifester, notamment à travers le développement d’un cortège de plantes adventices et la perte progressive de la déhiscence chez l’orge et les blés vêtus. L’objectif de ce travail est de mieux cerner cette période fondamentale de changements, à travers l’étude archéobotanique de deux sites emblématiques. Dja’de el-mughara (10700-10200 cal BP) et Tell Aswad (9800-8400 cal BP), respectivement localisés au nord et au sud de la Syrie, sur le Moyen Euphrate et en Damascène. Les deux sites ont déjà fait l’objet d’analyses mais la présente étude porte sur un nombre beaucoup plus important d’échantillons, issus de fouilles récentes, ayant bénéficié de nouvelles recherches et datations. Elle permet ainsi de revoir certaines interprétations, de comparer le processus d’émergence de l’agriculture dans les deux régions et de restituer les pratiques associées à l’échelle locale, grâce à la nature et la composition des assemblages ainsi que leur distribution sur les sites. / In southwest Asia, the Aceramic Neolithic (12200-8400 cal BP) coincides with a period of social changes characterized by a new sedentary way of life and new subsistence strategies. Plant cultivation and animal husbandry developed together during this period to form a mixed agricultural economy. Evidence for plant husbandry was the irst to manifest itself as seen by the development of arable weeds and the loss of the dispersal mechanism in wheat and barley. This research seeks to better understand this crucial period in human history by examining the charred plant remains recovered from two key sites for this period. Dja’de el-mughara (10700-10200 cal BP) situated in the Euphrates valley in northern Syria and Tell Aswad (9800-8400 cal BP) situated in the Damascus basin in southern Syria. Both sites had already been the subject of archaeobotanical studies. The present study includes a much larger and more representative number of samples thanks to additional excavation and more complete archaeological data not least the dating. These new results presented here allows us to reassess earlier interpretations, better compare the development of agricultural practices in the northern and southern Levant and better understand crop processing and crop management on a local level through spatial analyses and an assessment of potential arable weeds.

L'architecture de la panicule de riz est l'un des caractères morphologiques majeurs du potentiel de rendement, sélectionné lors de sa domestication. Une panicule est une structure ramifiée, composée d'un axe principal (rachis), de branches primaires, et d'ordres supérieurs de branchement (branches secondaires et tertiaires) et enfin les épillets. Cette structure, qui dépend de l'activité des méristèmes axillaires au cours du développement de la panicule, montre une grande diversité à la fois inter-spécifique (espèces cultivées vs espèces sauvages apparentées) et intra-spécifiques (riz asiatique et / ou africain). Plusieurs gènes/QTL importants ont été caractérisés chez Oryza sativa pour le contrôle de l'architecture de la panicule en régulant l'identité des méristèmes, la division cellulaire et la signalisation hormonale. Cependant, les mécanismes liés à la diversité de la panicule de riz et son évolution dans le contexte de la domestication sont encore largement inconnus. Durant ma thèse, j'ai principalement contribué à l'étude des bases histologique et moléculaires de la diversité de la panicule entre l'espèce africaine Oryza glaberrima et Oryza barthii, l'espèce sauvage apparentée. J'ai analysé les profils d'expression d'orthologues à des gènes de O. sativa liés au développement de la panicule et participé à l'analyse transcriptomique de petits ARN dans les premiers stades de développement de la panicule. Ce travail a révélé une différence de période d'initiation et de niveau d'expression de ces gènes au cours du développement de la panicule entre les deux espèces, conjointement avec une forte conservation de leurs domaines d'expression. Les gènes qui favorisent l'activité des méristèmes sont sur-accumulés sur une période plus longue au cours du développement de la panicule chez l'espèce cultivée, tandis que les gènes liés au développement des épillets se comportent de manière opposée. Ces travaux ont également montré une altération similaire de l'expression des membres de la voie de siRNA phasés initiés par miR2118, voie connue pour être impliquée dans la gamétogenèse mâle. L'ensemble de ces résultats suggère que la diversité de complexité de la panicule chez les riz africains reposerait sur des altérations hétérochroniques de l'activité de ramification et de déterminisme des méristèmes d'épillets. / Rice panicle architecture is one of the most important morphological traits specifying rice yield potential, which was under selection during rice domestication. A panicle is a branched structure composed of a rachis, primary branches, higher order branches (i.e. secondary and tertiary branches) and finally spikelets. This morphology, depending on the activity of axillary meristems during its development, shows a wide diversity in both inter-specific (i.e. crops vs. wild-relatives) and intra-specific (Asian or/and African rice) levels. Several important genes/QTLs have been characterized in Oryza sativa as controlling panicle architecture by regulating meristem fate, cell division and hormone signaling. However the mechanisms related to rice panicle diversity and its evolution in the context of domestication are still largely unknown. During my PhD, I mainly investigated the histological and molecular bases of panicle diversity between the African species Oryza glaberrima and its wild-relative Oryza barthii. I analyzed the expression patterns of orthologs of O. sativa landmark genes related to panicle development and was involved in small RNA transcriptomic analysis in early stages of panicle development. This work revealed a high conservation of the spatial expression pattern of the landmarks genes studied but have highlighted a differential timing and level of the expression of these genes during the panicle development between two species. The genes promoting meristem activity were upper-accumulated over a longer period during the panicle development in the crop species, whereas the gene promoting spikelet/floret meristem fate behaved in opposite way. This work also has shown similar heterochronic alteration of the expression of members of the miR2118-triggered 21-nt phased siRNA pathway, known to be involved in male gametogenesis. Together, these findings suggest that variation of panicle complexity in African rice may rely on heterochronic changes in branching activity as well as spikelet/floret meristem determinacy.

Depuis des millénaires, l’éléphant d’Asie joue un rôle important dans la culture, l’économie et la construction des pays asiatiques. Près d’un quart de la population de cette espèce emblématique et menacée est constituée d’éléphants dits captifs. Toutefois, les législations nationales comme les programmes de conservation ont tendance à traiter séparément les populations captives et sauvages. Au Laos et au Myanmar, la tradition d’élevage par les villageois et les interactions entre éléphants sauvages et éléphants de villages perdurent.L’objectif de cette thèse est de qualifier et quantifier ces interactions afin de mieux comprendre leurs dynamiques et leurs rôles dans la survie de l’espèce. Je me suis attaché à décrire les facteurs déterminant le système socio-écologique humain - éléphant de village - éléphant sauvage et sa résilience à travers une approche interdisciplinaire et intégrative.Une étude ethnoécologique a permis d’analyser l’évolution récente du système socio-écologique homme-éléphant au Laos et ses conséquences sur les relations humain-éléphant, les pratiques d’élevage et la perception de l’espèce chez les propriétaires d’éléphants. L'émergence depuis les années 2000 de la marchandisation de la nature et de la restriction de l'accès aux forêts a conduit, d’une part, à la ségrégation entre éléphants sauvages et éléphants de villages, et d’autre part, à l’intensification de l'élevage de ces derniers. Or, la tolérance des communautés à la présence des éléphants sauvages semble liée au principe de réciprocité. Ainsi, les propriétaires ayant accès aux mâles sauvages pour féconder leurs femelles acceptent leur présence contrairement aux cornacs engagés dans le débardage du bois.J’ai ensuite construit un modèle bio-économique pour quantifier les effets des stratégies socio-économiques sur la viabilité à long terme de la population d’éléphants de villages du Laos. J’ai montré que la fécondité est impactée en premier lieu par la dynamique de la population sauvage à travers la reproduction entre femelles de villages et mâles sauvages. En second lieu, le taux de fécondité dépend de l’intérêt financier des propriétaires à faire de la reproduction. Ainsi la viabilité de la population est fortement dépendante des conditions socio-économiques sur le court terme et de l’efficience de la conservation des populations sauvages sur le long terme.Une étude de génétique des populations a montré que la diversité génétique des populations sauvages et de villages était élevée et que ces populations constituaient un ensemble homogène au Laos et au Myanmar. L’isolement des populations sauvages et la ségrégation croissante des populations de villages engendreront un appauvrissement génétique sur le long terme qu’il est possible de limiter par des mesures de gestion favorisant le flux de gènes au niveau régional et entre les deux populations, notamment en les considérant comme une unité de gestion commune.Ces deux études illustrent que la résilience du système socio-écologique est la résultante de multiples facteurs agissant à différents niveaux ou échelles, dont les effets sont parfois opposés.Cette thèse permet enfin de discuter des conditions de la résilience et de la viabilité à long terme du système socio-écologique humain-éléphant et d’explorer différents scénarios futurs en s’interrogeant également sur le possible processus de domestication de l’espèce. / For thousands of years, the Asian elephant has played an important role in the culture, economy and construction of Asian nations. Almost a quarter of the population of this emblematic and threatened species consists of so-called captive elephants. However, both national legislation and conservation programmes tend to treat captive and wild populations separately. In Laos and Myanmar, the tradition of elephant handling by villagers and the interactions between wild and village elephants still persist.The objective of this thesis is to qualify and quantify these interactions to better understand their dynamics and roles in the survival of the species. I described the factors driving the socio-ecological system between humans, village and wild elephants and its resilience through an interdisciplinary and integrative approach.Based on an ethnoecological study, I analyzed the recent evolution of the human-elephant socio-ecological system in Laos and its consequences on human-elephant relations, husbandry practices and the perception of the species among elephant owners. The emergence since 2000 of the commodification of nature and the restriction of access to forests has led, on the one hand, to the segregation between wild and village elephants and, on the other hand, to the transition from a traditional to an intensive keeping system of village elephants. Community perception and tolerance towards wild elephants is linked to the principle of reciprocity. Owners having access to wild males to sire their females accept the presence of wild elephants contrary to mahouts engaged in logging activities.I then built a bio-economic model to quantify the effects of socio-economic strategies on the long-term viability of village elephant population in Laos. I demonstrated that fecundity is impacted primarily by the dynamics of the wild population through reproduction between village females and wild males. Second, the fecundity is impacted by the financial incentive of elephant owners tobreed their animals instead of working. Thus population viability is highly dependent on socio-economic conditions in the short term and the efficiency of wild elephant conservation in the long term.A population genetics study showed that the genetic diversity of wild and village elephant was high and differentiation was weak between Laos and Myanmar. The isolation of wild populations and the increasing segregation of village elephants will lead to genetic loss and inbreeding that can be managed by promoting gene flows at the regional level and between the two populations. The study suggests considering both populations from the two countries as a unique management unit. These two studies illustrate that resilience of the socio-ecological system is the result of multiple factors acting at different levels or scales, sometimes in opposite ways.Finally, this thesis allows to discuss the conditions of resilience and long-term viability of the human-elephant socio-ecological system and to explore potential scenarios including the on-going domestication process of the species.

A l’extrême nord du Chili, dans la région d’Arica-Parinacota, ce travail de recherche, axé sur l’étude de trois abris ornés (Vilacaurani, Incani et Anocariri), vise à mettre en évidence les étapes de la transformation culturelle et socio-économiques des populations andines en lien avec le processus de la domestication animale. Entre 2800 et 3800 m dans le piémont andin, l’implantation humaine semble correspondre à l’écosystème de certaines espèces, telles que le guanaco et le taruca, abondamment chassées pendant les périodes les plus anciennes. Les plus importants témoignages, actuellement connus, de cette occupation se retrouvent au cœur d’abris sous roche ou sur de larges panneaux à travers d’imposantes fresques polychromes. Les artistes ont mis l’accent sur la figure animale, principalement les camélidés de genre lama (guanaco et lama) et sur la représentation de scènes variées telles la chasse, le piégeage ou encore la pâture. Ces représentations sont significatives, car elles évoquent des possibles phases de la domestication des camélidés qui a débuté autour de 6000 BP dans les Andes centrales (Wings, 1986 ; Wheeler et al., 1977 ; Lavallée et Julien, 1980 ; Lavallée et al., 1995) débouchant sur le développement des sociétés pastorales et d’une économie de production dans les hautes terres andines. Pourtant, les mécanismes de cette transformation restent encore mal connus. Cette recherche offre une nouvelle lecture des manifestations artistiques comme source première d’information pour comprendre la transition socio-économique et culturelle des populations des hautes terres. A travers l’étude des scènes picturales et l’imposant système de superposition des figures, nous sommes en mesure de décrire le glissement progressif, autant sur le plan technique que symbolique, et les étapes transitoires qui caractérisent le passage d’une économie principalement fondée sur la chasse à une économie pastorale. / In the far north of Chile, in the region of Arica-Parinacota, this research, centered on the study of three decorated shelters (Vilacaurani, Incani and Anocariri), aim at highlighting the socioeconomic and cultural stages of the transformation of the Andean populations in connection with the process of the animal domestication. Between 2800 and 3800 m in Andean Piedmont, the human settling seems to correspond to the ecosystem of certain species such as the guanaco and the taruca abundantly hunted during the most ancient periods. The most important testimonies of this activity, so far known, are found at the heart of shelters or on wide panels through impressive polychromatic frescoes. The artists put the accent on the animal figure, mainly Camelidae of the genus Lama (guanaco and llama) and on the representation of varied scenes such hunting, capture or grazing. These representations are significant because they evoke possible phases of the Camelid’s domestication which began around 6000 BP in the central Andes (Wings, 1986 ; Wheeler et al., 1977 ; Lavallée et Julien, 1980 ; Lavallée et al., 1995) which result in the development of the pastoral societies and the economy of production in the Andean highlands. Nevertheless, mechanisms working in this transformation remain badly known. This research offers a new reading of the artistic manifestations as first source of information to understand the socioeconomic and cultural transition of the populations in the highlands. Through the study of the pictorial scenes and the impressive system of overlapping of figures, we are capable of describing the progressive sliding, both on the technical plan and the symbolism, and the transitory stages which characterize the passage of an economy mainly based on hunting to a pastoral economy.

La diversification de la production, par la domestication de nouvelles espèces de poissons, constitue l’une des solutions pour une aquaculture durable. Dans ce contexte, l’élevage de la perche Eurasienne, Perca fluviatilis, s’est bien développé ces dernières années permettant aujourd’hui une production stable et croissante. Le progrès de la filière requiert, la mise en œuvre de programmes de sélection génétique pour améliorer, entre-autres, la croissance, la reproduction, et la résistance aux maladies. Pour ce faire, la caractérisation génétique des stocks de poisson actuellement en élevage est un pré-requis indispensable afin d’évaluer si la variabilité génétique est suffisante. Au cours de ce travail, nous avons analysé la variabilité génétique entre les populations sauvages de deux lacs alpins (lacs Léman et Neuchâtel) dont les populations sont utilisées comme fondatrices par les perciculteurs et les stocks de deux fermes d’élevage. Nous avons trouvé une seule population panmictique dans le lac Léman, alors que deux sous-populations ont été identifiées dans le lac Neuchâtel et dont la variabilité génétique est plus forte. Par contre, ces populations sauvages ne sont pas représentées dans les stocks d’élevage bien qu’elles étaient utilisées pour fonder les stocks de géniteurs. De plus, la variabilité génétique est plus forte dans les populations captives. Entre les géniteurs et leurs descendances, la diversité génétique n’a pas diminué malgré une faible augmentation de la consanguinité. Ainsi, ce travail permettra aux perciculteurs de mettre en place une réelle gestion génétique de leurs cheptels et par la suite de développer des programmes de sélection. De plus, il a permis de mieux comprendre les liens possibles entre le processus de domestication et l’évolution de la variabilité génétique / The diversification of production, by the domestication of new fish species, is one of the possible solutions for sustainable aquaculture. In this context, the farming of the Eurasian perch, Perca fluviatilis, has developed well in recent years allowing today a stable and increasing production. The progress of the sector requires, among others, the establishment of breeding programs to improve, growth, reproduction and disease resistance. For this, the genetic characterization of currently farmed fish stocks is an essential prerequisite to assess whether genetic variation is sufficient. In this work, we analyzed the genetic variability among wild populations of two alpine lakes (lakes Geneva and Neuchâtel) whose populations are used by fish farmers to establish their stocks. We found one panmictic population in Lake Geneva, while two sub-populations were identified in Lake Neuchâtel, whose genetic variability is higher. However, those wild populations are not found in captive stocks. In addition, the genetic variability is higher in captive populations. Between parents and their offspring, the genetic diversity has not decreased despite a small increase in inbreeding. Thus, this work will allow fish farmers to set up a real genetic management of their stocks and subsequently to develop breeding programs. Moreover, it provides a better understanding of the possible links between the process of domestication and the evolution of genetic variability

L’igname (Dioscorea spp) est un aliment de base de plus de 100 millions de personnes en Afrique. L’objectif de cette thèse était d'étudier la diversité génomique de l'igname, comprendre les bases génétiques de sa domestication, et d'étudier son adaptation à différentes zones climatiques. L’étude du processus de domestication de l’igname a été menée par une approche de génomique comparée entre l’espèce cultivée D. rotundata et deux espèces sauvages apparentées D. praehensilis et D. abyssinica, en utilisant des données de séquençage NGS génomique. Nous avons mis en évidence des sélections fortes de gènes de la voie de biosynthèse de l’amidon. Des gènes impliqués dans la morphologie des tubercules ou l’aptitude au phototropisme, ainsi que des gènes du complexe NADH deshydrogenase ont également été identifiés comme sélectionnés durant la domestication. Ce même complexe NADH-DH a également été identifié lors de la recherche de gènes associés à la distribution d’une collection d’ignames selon la variabilité climatique. Nous avons aussi créé la première banque de novo d’éléments transposables (ET) de l’igname. L’étude que nous avons menée sur les éléments répétés (ER) du génome de l’igname nous a permis d’identifier une forte corrélation entre la variabilité des abondances relatives d’un grand nombre d’ERs et la variabilité climatique. Enfin, nous avons pu proposer une hypothèse quant à l’origine de l’igname cultivée D. rotundata. La domestication de l'igname dériverait de l'espèce inféodée au milieu forestier, D. praehensilis. Ces résultats remettent en cause l’hypothèse d’une origine stricte en zone de savane pour les espèces cultivées et l’agriculture en Afrique de l'Ouest. / Yam (Dioscorea spp) is a major staple for more than 100 million people in Africa. The main objectives of the present PhD project were to study yam genomic diversity, its domestication, and to characterize the genomic determinism of its adaptation to different climatic zones. We investigated the genetic basis of yam domestication in a comparative genomic approach between the cultivated species D. rotundata and two wild close relatives D. praehensilis and D. abyssinica, by exploiting NGS sequencing data. We demonstrated that genes from the starch biosynthesis were selected during yam domestication. Genes related to tuber morphology or phototropism ability, as well as genes of the NADH dehydrogenase complex were also under selection. The same NADH-DH complex was also identified when assessing adaptation to climate variability. We also created the first de novo database of yam transposable elements (TEs). The study we performed on these repeat elements (REs) highlighted a strong correlation between the variability in relative abundances of numerous REs and climatic variability. Finally, we were able to propose an hypothesis on the origin of the cultivated yam D. rotundata. Our hypothesis identifies the origin of yam in the forest areas, with the species D. praehensilis as the putative progenitor. Our results question the generally admitted hypothesis of savannah origins for crops and agriculture in Africa.

Les éléments transposables (ETs) sont des éléments génétiques mobiles capables de se déplacer et de se multiplier au sein d’un génome. Identifiés dans la plupart des espèces vivantes incluant les bactéries, mais longtemps considérés comme de l’ADN poubelle, aujourd’hui les ETs sont indéniablement des acteurs majeurs impliqués dans l’évolution des gènes, des génomes et des organismes. Si à l’échelle des individus les ETs peuvent avoir des effets délétères pouvant entrainer des maladies, à plus grande échelle ils sont de puissants agents évolutifs impliqués dans la plasticité génomique. Ces « parasites » peuvent également être sources de nouveaux matériels génétiques comme des promoteurs ou même de nouveaux gènes avec de nouvelles fonctions pour l’hôte. Les objectifs majeurs de mon travail de thèse ont été de déterminer les différentes familles d’ETs présentes dans les génomes de poissons, la part que chacune d’entre elles occupe dans ces génomes et enfin de comprendre l’histoire évolutive des familles d’ETs dans les génomes de poissons en comparaison avec les autres génomes de vertébrés. Cette comparaison à grande échelle permettra de comprendre les différentes stratégies évolutives des ETs. D’autre part, j’ai étudié deux gènes de vertébrés, Gin-1 et Gin-2 dérivés d’ETs, dans le but de comprendre leurs origines et évolution au sein des vertébrés ainsi que d’émettre des hypothèses quant à leur fonction moléculaire potentielle encore inconnue. Pour cela, des analyses in silico ont permis de mieux comprendre les origines de ces gènes. Gin-1, présent chez les amniotes, et Gin-2, absent uniquement des mammifères placentaires, dérivent tous deux de transposons GIN. / Transposable elements (TEs) are mobile genetic elements - able to move and to multiply within genomes - identified in almost all living organisms including bacteria. Considered as junk DNA for long, nowadays they are undeniably major players of gene, genome and host evolution. TEs can be deleterious causing diseases but these “parasites” can also be source of new genetic materials as promoters or even new genes bringing new functions for hosts. The objectives of my thesis was to determine the presence or not of the different TE families in vertebrate genomes, as well as their respective content to understand their evolutionary history. I performed a large-Scale comparative analysis to highlight the various evolutionary strategies of TEs. I showed that TE content is highly variable in vertebrate genomes, the smallest and the largest being found in fish, and may contribute to their genome sizes especially in fish. These superfamilies underwent differential waves of activity in vertebrate species highlighting TE dynamics. On another hand, I focused on the study of a vertebrate-Specific TE-Derived gene, named Gin-2, to understand its origin, evolution, and its potential function in vertebrates. In silico analyses showed that Gin-2 is a very ancient gene (500 My, only absent from placentals) derived from GIN transposons. Further analyses present a particular expression in brain and gonads during adulthood, while a strong expression during gastrulation suggests a potential role of Gin-2 in zebrafish development. All together, the different analyses contribute to a better view of TE evolution and their evolutionary impacts in vertebrate genomes.

Les changements phénotypiques et génétiques consécutifs au processus de domestication et plus largement du passage d'un environnement sauvage aux agro-écosystèmes sont bien décrits chez les espèces végétales. Cependant, l’impact de ces changements de traits d'histoire de vie sur les populations de pathogènes infectant les hôtes domestiqués a jusqu’alors été très peu abordé. En particulier,quelles sont les conséquences sur les traits d’histoire de vie des pathogènes du passage d’un milieu sauvage caractérisé par une grande hétérogénéité d’hôtes à des agro-écosystèmes bien plus denses et homogènes génétiquement? Est-ce que le génome des pathogènes porte des signatures de changements démographiques ou de sélection en relation avec la domestication de leurs hôtes ? Ces questions traitées dans le cadre de la présente thèse ont porté sur le champignon Venturiainaequalis, agent pathogène de la tavelure du pommier, qui partage en Asie Centrale le même centre d’origine que son hôte endémique sauvage Malus sieversii. Les travaux reposent principalement sur 1)l'étude du passage de souches sauvages virulentes sur pommier résistant VF expliquant le contournement rapide de cette résistance et 2)l'étude de génomique des populations et de variations phénotypiques comparant une population de V. inaequalis échantillonnée sur M.sieversii au Kazakhstan, préalablement identifiée comme étant une relique de la population ancestrale, et d'une population Kazakhe de milieu anthropisé. Ces deux populations sont génétiquement différenciées et partiellement isolées reproductivement. L’utilisation des deux méthodes d’inférence l'une l'ABC et l'autre dadi basées sur l’alignement de 10 994 gènes échantillonnés au sein des deux populations révèlent une histoire complexe de contact secondaire, où le champignon aurait dans un premier temps « suivi » la plante hôte à travers le monde au cours de la domestication (modèle de l'hosttracking) puis échangerait à nouveau depuis peu des gènes avec la population ancestrale au Kazakhstan. Cette situation originale de remise en contact secondaire favorisant la mise en évidence d’incompatibilités génétiques, permet à la fois d’envisager de détecter des gènes impliqués dans l’adaptation à l’habitat (pommier cultivé versus Malus sieversii) et dans l’isolement reproductif post-zygotique. L’analyse des 36 génomes séquencés a ainsi permis d’identifier plus de 602 gènes présentant un indice de différentiation (Fst) supérieur à 0,7 autant de gènes verrous faisant potentiellement obstacle aux flux de gènes homogènes entre ces deux populations. Enfin, l’analyse phénotypique de ces deux populations montre que la domestication du pommier a profondément modifié les traits d’histoire de vie de V. inaequalis liés à sa dispersion. L’ensemble de ces analyses a donc permis d’identifier des locus candidats potentiellement impliqués dans des modifications des traits d’histoire de vie, et dans des barrières géniques, en lien avec la domestication du pommier. / Phenotypic and genetic changes occurring during the process of domestication are well described in plants. However, the impact of domestication in life history traits of their pathogens has been poorly studied. In particular, what are the consequences on the life history traits of pathogens that switch from the wild habitat characterized by a high host genetic and spatial heterogeneity to a much more dense and genetically homogeneous agroecosystems? Have pathogen’s genomes particular signatures of demographic changes or of selection related to the domestication of their host? Here we focused on the fungus Venturia inaequalis, causal agent of apple scab, that shares in Central Asia the same center of origin of its wild endemic host Malus sieversii. In the first part of this work we retrace evolutionary history of a population from the wild that was responsible for the rapid breakdown of the Vf resistance gene in apple orchards. We then highlight the threat of wild habitat to scab resistance apple cultivars and thus the necessity to take into account the wild in the management of resistance genes. In the second part, a comparative study based on phenotypic and genomic data was carried out between two populations sampled in Kazakhstan on M. sieversii, either in anthropized areas or in non anthropized area, the latter being identified as a relic of the ancestral population of V. inaequalis. These two populations were genetically differentiated and partially reproductively isolated. The use of two methods of inference (ABC and dadi) based on the alignment of 10 994 genes sampled in the two populations revealed a complex history of a secondary contact event. The fungus would have first followed its host worldwide by "Host-tracking" during the domestication process and then very recently it would re-exchange genes with its ancestral population in Kazakhstan. Secondary contact context is particularly favorable to detect genetic incompatibilities, this particular situation could then allow identification of genes involved in adaptation to habitat (cultivated apple versus M. sieversii) and in post-zygotic reproductive isolation. Analysis of 36 sequenced genomes has identified more than 602 genes with an index of differentiation (Fst) greater than 0.7, what represents numerous candidates genes of potential barriers to homogeneous gene flow between these two populations. Comparative phenotypic analysis between these two populations such spores size and capacity to sporulate showed that apple domestication would have also modified life history traits of V. inaequalis related to its dispersion. This study has allowed identification of candidate loci potentially involved in changes in life history traits, and genetic barriers in pathogen related to the domestication of apple.

Ce travail a pour objectif de mieux comprendre l’économie animale dans le monde égéen néolithique. Il s’appuie d’une part sur l’étude archéozoologique de trois sites localisés dans le Péloponnèse et en Macédoine : Kouphovouno, Pigi Athinas et Kryoneri. D’autre part, des analyses de micro-usures ont été réalisées sur les dents d’animaux des assemblages ostéologiques de Kouphovouno, Lerne, Kitsos, Pigi Athinas, Kryoneri et Sitagroi afin de restituer les conditions d’élevage et l’environnement passé. Ces données ont ensuite été intégrées dans une perspective géographique et chronologique plus large, ce qui nous a permis de révéler une adaptation optimale de l’homme au milieu et aux contraintes socio-économiques tant dans les choix d’élevage que dans l’exploitation de la faune elle-même / The objective of this work is to increase our knowledge of animal economy during the Neolithic in the Aegean. This study is uses archaeozoological studies of three settlements located in Peloponnese (Kouphovouno) and Macedonia (Pigi Athinas and Kryoneri) as well as, dental microwear on the animal teeth from six assemblages, Kouphovouno, Lerna, Kitsos, Pigi Athinas, Kryoneri and Sitagroi in order to reconstruct conditions of breeding and the paleoenvironment. These data are then placed in the context of a wider geographical and chronological perspective, what allows us to reveal an optimal adaptation of man to his environment and to socio-economic constraints both in choices of breeding and in exploitation of the fauna itself.

Obiettivo della tesi è stato quello di ricostruire una storia culturale della televisione italiana delle origini, concentrandosi sui percorsi attraverso i quali il medium è diventato parte integrante delle routine quotidiane del suo primo pubblico, cercando di dare senso a come la prima audience del piccolo schermo abbia sperimentato l’arrivo della televisione nello spazio della casa, nel corso degli anni di istituzionalizzazione del medium in Italia (1954-1960). Dopo una ricognizione della letteratura scientifica sul tema della domestication dei mezzi di comunicazione, della biografia culturale degli oggetti tecnici e dell’analisi storica delle “culture di visione” della tv, la seconda sezione della tesi prende in esame come il sistema dei media popolari (il discorso pubblicitario, il dibattito pubblico sulla stampa popolare, i paratesti aziendali della Rai) abbia attribuito significati alla televisione, "insegnando" al suo primo pubblico come collocarla nello spazio della casa. La terza sezione della tesi è dedicata a una ricostruzione storica del primo consumo televisivo domestico, svolta attraverso una ricerca etnografica condotta con venti interviste a testimoni che hanno vissuto in prima persona la prima diffusione dei ricevitori e la loro prima collocazione nello spazio della casa. / This dissertation is aimed to outline a cultural history of early Italian television, focusing on the pattern by which TV became part of its first audience’s daily routines, and trying to give sense of how the first public of the small screen experienced the arrival of the television in the space of their homes, in the years of institutionalisation of the new medium (1954-1960). After an overview of the scientific literature that has dealt with the topic of “media domestication”, cultural biography of technical objects, and historical analysis of television’s culture of viewing, the second section of the thesis examines how the system of popular media (mainly advertising, popular press, and broadcaster’s house organs) ascribed meanings to television as a domestic medium and advised its public how to use it. A third section of the dissertation is devoted to understanding the television viewing and consumption in historical perspective, through a ethnographic research developed with twenty in-depth interviews to witnesses that participated directly in the first diffusion and domestication of the TV sets in Italy.