H παρούσα εργασία ασχολείται με τεχνικές εξόρυξης δεδομένων από εικόνες. Παρουσιάζει κάποια βασικά θεωρητικά στοιχεία σχετικά με τις διάφορες μεθόδους, και στη συνέχεια εστιάζει στην υλοποίηση της τεχνικής dynamic recursive partitioning (DRP), που αναφέρεται ειδικά σε εξόρυξη δεδομένων σε σχέση με εικόνες. Η συγκεκριμένη τεχνική μελετήθηκε έτσι ώστε να καθοριστούν και να χαρακτηριστούν συγκεκριμένα μορφομετρικά χαρακτηριστικά ανάμεσα σε ανατομικές δομές / εικόνες εγκεφάλων, για ιατρικές εφαρμογές. Στόχος είναι να αποδειχτεί ότι η μέθοδος αυτή μειώνει τον απαιτούμενο αριθμό στατιστικών τεστ σε σχέση με άλλες αντίστοιχες μεθόδους, όπως για παράδειγμα σε σχέση με τη μέθοδο ανάλυσης κατά pixel. Όπως φάνηκε η μέθοδος DRP αποδίδει έχοντας εξίσου καλά και ικανοποιητικά αποτελέσματα με την μέθοδο ανάλυσης κατά pixel. Ταυτόχρονα όμως, η χρήση της DRP έχει ως αποτέλεσμα να χρησιμοποιείται σαφώς μικρότερος αριθμός στατιστικών τεστ, για την εξόρυξη των δεδομένων από τις εικόνες και την καταγραφή των περιοχών των εικόνων με τις σημαντικότερες μορφολογικές διαφοροποιήσεις, με την μείωση αυτή να φτάνει ως και το 50%. / This dissertation deals with methods of data mining from images. It presents a basic theoretical background regarding the several different methods, and then it focuses on a specific technique called dynamic recursive partitioning (DRP). The specific technique was examined in order to define some basic morphological characteristics between anatomical structures / images of brains for medical applications. The main target was to prove that this method reduces the necessary number of statistical tests with respect to other similar methods. As it was shown, DRP indeed performs at least the same as other methods. At the same time, its usage results in a significantly lower number of statistical tests, in order to perform data mining from the images and extract the areas of images with the most important morphological differences. This reduction of statistical tests reaches almost 50%.

La forme des mitochondries change continuellement grâce aux actions combinées d'événements de fission et de fusion rendant le réseau mitochondrial très dynamique. Les processus mitochondriaux de fission et de fusion sont finement régulés par des GTPases de la famille des dynamines qui sont bien conservées entre les espèces. Chez C. elegans, la fission est régulée par DRP-1, la fusion de la membrane interne par EAT-3, homologue d’OPA1, et la fusion de la membrane externe par FZO-1, homologue de MFN1. Dans les cellules musculaires du nématode sauvage, les mitochondries tubulaires et circulaires sont dans des proportions égales et organisées le long du sarcomère. Cependant, durant la dégénérescence musculaire dystrophine-dépendante, une fragmentation du réseau mitochondrial dans les cellules musculaires apparaît. Or le rôle des acteurs de la dynamique mitochondriale dans les mécanismes moléculaires menant à la dégénérescence musculaire dystrophine-dépendante reste encore incompris. Nous avons trouvé que: (i) la dégénérescence musculaire dystrophine-dépendante s'accompagnait d'une augmentation drastique de la fragmentation mitochondriale qui peut être sauvée par des manipulations génétiques de la dynamique mitochondriale (ii) la perte de fonction du gène de fission drp-1 ou la surexpression des gènes de fusion eat-3 et fzo-1 provoquent une réduction de la dégénérescence musculaire et une mobilité améliorée des mutants dystrophiques (iii) les fonctions de DRP-1 dans l'apoptose et d’autres acteurs de l’apoptose sont importants pour la mort des cellules musculaires déficientes en dystrophine (iv) L’implication de DRP-1 dans l’apoptose est également importante pour la dégénérescence musculaire liée au vieillissement. En conclusion, nos résultats pointent vers un mécanisme impliquant la dynamique mitochondriale pour impacter la dégénérescence musculaire via l’apoptose chez Caenorhabditis elegans / Mitochondrial shape is continually changing thanks to the combined actions of fission and fusion events making the mitochondrial network very dynamic. The mitochondrial fission and fusion processes are finely regulated by GTPases of the family of dynamins that are well conserved between species. In C. elegans, fission is regulated by DRP-1, fusion of the inner membrane by EAT-3, homologue of OPA1, and fusion of the outer membrane by FZO-1, homologue of MFN1. In the muscle cells of wild nematode, tubular and circular mitochondria are in equal proportions and organized along the sarcomere. However, during dystrophin-dependent muscle degeneration, fragmentation of the mitochondrial network in muscle cells occurs. But the role of the actors of mitochondrial dynamics in the molecular mechanisms leading to dystrophin-dependent muscle degeneration is still misunderstood. We found that: (i) dystrophin-dependent muscle degeneration was accompanied by a drastic increase in mitochondrial fragmentation that can be saved by genetic manipulation of mitochondrial dynamics (ii) loss of function of the fission gene drp-1 or overexpression of the eat-3 and fzo-1 fusion genes causes a reduction in muscle degeneration and improved mobility of dystrophic mutants (iii) DRP-1 functions in apoptosis and other are important for the death of dystrophin-deficient muscle cells (iv) The involvement of DRP-1 in apoptosis is also important for age-dépendant muscle degeneration. In conclusion, our results point toward a mechanism involving mitochondrial dynamics to impact muscle degeneration via apoptosis in Caenorhabditis elegans

La cryptogéine, une protéine sécrétée par l’oomycète Phytophthora cryptogea, provoque la mise en place de mécanismes de défense chez le tabac, mobilisant au cours des étapes précoces de la signalisation associée, des protéines localisées dans la membrane plasmique (MP). Une fraction membranaire résistante à la solubilisation par les détergents (DIM pour Detergent Insoluble Membrane), enrichie en stérols et en sphingolipides avait été purifiée à partir de la MP de tabac : cette fraction contenait plusieurs protéines impliquées dans la cascade de signalisation induite par la cryptogéine. Chez l’animal, l’association dynamique de protéines à des microdomaines riches en stérols et sphingolipides en réponse à un stress biotique joue un rôle essentiel dans la régulation de la signalisation cellulaire. L’objectif de ce travail était de tester l’hypothèse qu’un tel phénomène puisse se produire dans notre modèle d’étude. La comparaison du protéome de fractions DIMs, purifiées à partir de cellules traitées ou non pendant 5 minutes à la cryptogéine a été réalisée à l’aide d’un marquage isotopique (15N ou 14N) et d’une approche de protéomique quantitative. Le premier résultat est que l’abondance de la majorité des protéines n’est pas modifiée dans les DIMs en réponse à la cryptogéine. Une seule protéine est enrichie dans les DIMs, une isoforme de 14-3-3, tandis que quatre dynamines (DRPs pour Dynamin Related Proteins), impliquées dans le trafic vésiculaire, sont exclues des DIMs en réponse à la cryptogéine. L’étude d’une des dynamines identifiées, DRP1A, a été menée. Nous avons caractérisé les différents gènes codant DRP1A dans le génome du tabac, puis utilisé une approche ARN antisens pour altérer l’expression de cette protéine et nous avons étudié sa localisation subcellulaire à l’aide d’anticorps spécifiques et en observant en microscopie confocale cette protéine fusionnée à la GFP. Cette approche a permis de confirmer la présence de DRP1A dans la fraction DIMs et la diminution transitoire de son association à cette fraction en réponse à la cryptogéine, suite à une dissociation de la fraction membranaire. Ces travaux constituent la première mise en évidence d’une association/dissociation dynamique de protéines aux DIMs de plantes en réponse à un stimulus biologique / Cryptogein, a protein secreted by the oomycete Phytophthora cryptogea, induces defense mechanisms in tobacco. Several proteins involved in the associated signaling pathway were identified and localized on the plasma membrane (PM). A fraction resistant to solubilization by detergent named DIMs for Detergent Insoluble Membranes, enriched in sterols an sphigolipids had been isolated from tobacco PM. It was proved to contain proteins previously identified as actors of the signaling cascade triggered by cryptogein. In animal cells, the dynamic association of proteins to sterol and sphingolipid rich microdomains under the influence of a biological stimulus plays an essential role in the regulation of cellular signaling. The purpose of this work was to test the hypothesis that such a phenomenon might occur in our model. The comparison using isotopic labeling (15N or 14N) and quantitative proteomics, of the composition of DIMs extracted from tobacco cells treated or not by cryptogein, revealed that, although the association to DIMs of most proteins remained unchanged, five proteins had their relative abundance modified after 5 minutes of treatment. One of these was a signaling protein (a 14-3-3 protein) and the four others were related to cell trafficking (4 DRPs, Dynamin Related Proteins). We characterized the DRP1A gene family in tobacco, and set up an antisens RNA antisense to down-regulate the expression of this protein. We studied the intracellular localization of DRP1 using specific antibodies and a GFP fusion. The results confirmed the presence of DRP1 in DIMs and its depletion from this fraction upon cryptogein treatment, through a dissociation from the PM. This is the first evidence of a dynamic association/dissociation of proteins to microdomains in plants upon a biological stimulus

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The publisher of the Degrees of Reading Power test of reading comprehension (DRP) calibrate their test using an item response model called the Rasch or one-parameter logistic model. The relationship between the use of the Rasch model in calibration of the DRP and the use of the DRP as a component of the Virginia Literacy Passport Testing Program (LPT) is addressed. Analyses concentrate on sixth grade students who were administered the DRP in 1991. The question that arises is whether the Rasch model is the appropriate model to use to calibrate the DRP in this high-stakes setting. The majority of research that has been reported by the publisher of the DRP to assess the adequacy of the Rasch model have not included direct checks on model assumptions, model features or model predictions. Instead, they have relied almost exclusively on statistical tests in assessment of model fit. This study will assess the adequacy of fitting DRP test data to the Rasch model through direct examination of the assumptions, features and predictions of the IRT model. This is accomplished by comparing the Rasch model to the less restrictive two- and three-parameter logistic models. Robust IRT-based goodness-of-fit techniques are conducted. When the DRP is used in a high stakes setting, guessing is likely for those in jeopardy of failing. Under these circumstances, we must attend to the possibility that guessing may be a factor and thereby calibrate the DRP with the three-parameter model, as this model takes guessing into account. / Ph. D.

With growing markets and customers being geographically spread out, more pressure is put on a company’s logistics processes and their inventory structures are becoming more complex. This puts more pressure on the inventory control solution provided by a company like IFS, that supports their customers with inventory control through the Inventory Planning and Replenishment module in IFS Applications. As their customers’ supply chains grow larger, their inventory structures become more complex the next step is to find a solution for the IPR module more suitable in a called multi-echelon structure, i.e. several tiers of stock locations, such as local, regional and central warehouses.   The purpose of this study is to compare a reorder point model with a solution suitable in a multi-echelon setting and investigate how they are able to manage uncertainties with service level targets.   A literature study was performed, to find previous research on inventory control in multi-echelon inventory systems. In the literature study, the importance of coordination and information sharing between the echelons was emphasized and used as a focus when finding a suitable multi-echelon model. To answer the purpose a theoretical model was formulated from the findings in previous research, with a replenishment method suitable in a multi-echelon environment. The inventory control models also included lot sizing method and a safety mechanism, where the difference between the models were their respective replenishment policy. The theoretical model was based on the replenishment method Distribution Requirements Planning (DRP), as it enables information sharing, coordination and synchronization of the supply chain, while the other inventory control model uses the Reorder Point method (ROP).   As information sharing was emphasized in previous research on multi-echelon systems, and the main difference between the two inventory control models is the information sharing in the DRP model, the important question to be answered with the comparison is; what effects and benefits can be achieved through information sharing in a multi-echelon inventory system? The two inventory control models were then simulated in Excel and exposed to even demand and seasonal variations in an inventory structure with three echelons and four sites, see figure below. When analyzing the results three evaluation criteria were used; difference in service levels, average inventory levels and if there were signs of overstocking in the regional and central warehouse, i.e. if the system was exposed to the bullwhip effect.   The analysis was carried out based on the criteria above and divided into three sections. First, differences between the models for even demand were investigated. The same procedure followed for seasonal demand, identifying differences and what caused them. Findings were then summed up at the end of the chapter. For even demand, differences were small and sharing information does not give large benefits. Under seasonal demand though, sharing information proved to be very beneficial, reducing average inventory held in the system by 60%, compared to not sharing information. This because sharing information together with synchronizing eliminates the bullwhip effect.   By testing different standard deviations, changing lead times and order quantities, using forecast or being blind to forecast, the robustness of the conclusions drawn from the analysis was put to the test. Carrying out a sensitivity analysis on the models served two purposes. First, finding more evidence promoting the benefits of synchronizing the supply chain and how important it is that the shared information is correct, otherwise the benefits are reduced. The second purpose was to validate that the models performed as expected when changing input data.   The conclusions were the following:   Information sharing enables synchronization of the supply chain Synchronization allows for reaching higher service levels with lower inventory levels   Findings suggest that by sharing information, which must be the first step, synchronizing the inventory system is possible. It is the synchronization that creates the real benefits, such as higher service levels and lower inventory levels. However, the quality and accuracy of the shared information was found to play an important role. Sharing inaccurate or wrong information increase the risk of the system starting to suffer from the bullwhip effect, resulting in higher inventory levels and lower service levels.

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La cryptogéine, une protéine sécrétée par l'oomycète Phytophthora cryptogea, provoque la mise en place de mécanismes de défense chez le tabac, mobilisant au cours des étapes précoces de la signalisation associée, des protéines localisées dans la membrane plasmique (MP). Une fraction membranaire résistante à la solubilisation par les détergents (DIM pour Detergent Insoluble Membrane), enrichie en stérols et en sphingolipides avait été purifiée à partir de la MP de tabac : cette fraction contenait plusieurs protéines impliquées dans la cascade de signalisation induite par la cryptogéine. Chez l'animal, l'association dynamique de protéines à des microdomaines riches en stérols et sphingolipides en réponse à un stress biotique joue un rôle essentiel dans la régulation de la signalisation cellulaire. L'objectif de ce travail était de tester l'hypothèse qu'un tel phénomène puisse se produire dans notre modèle d'étude. La comparaison du protéome de fractions DIMs, purifiées à partir de cellules traitées ou non pendant 5 minutes à la cryptogéine a été réalisée à l'aide d'un marquage isotopique (15N ou 14N) et d'une approche de protéomique quantitative. Le premier résultat est que l'abondance de la majorité des protéines n'est pas modifiée dans les DIMs en réponse à la cryptogéine. Une seule protéine est enrichie dans les DIMs, une isoforme de 14-3-3, tandis que quatre dynamines (DRPs pour Dynamin Related Proteins), impliquées dans le trafic vésiculaire, sont exclues des DIMs en réponse à la cryptogéine. L'étude d'une des dynamines identifiées, DRP1A, a été menée. Nous avons caractérisé les différents gènes codant DRP1A dans le génome du tabac, puis utilisé une approche ARN antisens pour altérer l'expression de cette protéine et nous avons étudié sa localisation subcellulaire à l'aide d'anticorps spécifiques et en observant en microscopie confocale cette protéine fusionnée à la GFP. Cette approche a permis de confirmer la présence de DRP1A dans la fraction DIMs et la diminution transitoire de son association à cette fraction en réponse à la cryptogéine, suite à une dissociation de la fraction membranaire. Ces travaux constituent la première mise en évidence d'une association/dissociation dynamique de protéines aux DIMs de plantes en réponse à un stimulus biologique

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