Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-11-08Bitstream added on 2014-06-13T19:05:54Z : No. of bitstreams: 1 ronesteves_ej_dr_botib.pdf: 4620761 bytes, checksum: 37f231a286b69188af941b49e1c48977 (MD5) / Morphometric, meristic, morphological and phylogenetic analysis from the seahorse Hippocampus reidi (Ginsburg 1933) (Teleostei: Syngnathidae) from the northeastern coast of Venezuela was performed, through the application of techniques using conventional and molecular taxonomy from the sequenced fragments of genes Cytochrome Oxidase I and Cytochrome B as genetic markers. The results indicate that it is not possible to identify the different taxa of Venezuelan Caribbean region, based only on a single type of characters, so it is necessary to use information meristic, morphological and morphometric together to identify them, achieving identify the variables snout length (SnL), body width in the thoracic region (TW9), head length (HL), height of the coronet (CH), number of supra oculars spines (ES) and prominent position of the rings in dorsal view, as diagnostic features at specific level. The application of molecular techniques was very useful in the correct identification and separation of individuals of both species, highlighting the importance and usefulness of the genes Cytochrome Oxidase I and Cytochrome B as molecular markers. Additionally, we carried out a population genetic analysis under the phylogeographic approach, with the species Hippocampus reidi, that was the most abundant in the sampling regions, in order to compare the genetic diversity based on information obtained from the Cytochrome B gene mitochondrial DNA sequences to determine the geographical structure and propose a phylogeographic hypotheses in order to establish the relationship between and within populations of the Caribbean Sea (Laguna de la Restinga, Laguna de las Marites, Cariaco Gulf and Gulf of Venezuela) and the locality of Natal, Brazil, located in the Western Atlantic Ocean. The results of nucleotide diversity and haplotype diversity, together with the presence of several unique haplotypes in each... (Complete abstract click electronic access below) / Fue realizado el análisis morfométrico, merístico, morfológico y filogenético del caballo de mar Hippocampus reidi (Ginsburg 1933) (Teleostei: Syngnathidae) de la costa nororiental de Venezuela, mediante la aplicación de técnicas de taxonomía convencional y molecular utilizando fragmentos secuenciados de los genes Citocromo Oxidasa I y Citocromo B como marcadores genéticos. Los resultados indican que no es posible identificar las diferentes entidades taxonómicas de la región caribeña venezolana con base solamente en un solo tipo de caracteres, por lo que es necesario utilizar información merística, morfológica y morfométrica de forma conjunta para la identificación de las mismas, lográndose identificar las variables longitud del rostro (SnL), ancho del cuerpo en la región torácica (TW9), longitud de la cabeza (HL), altura de la coroneta (CH), número de espinas supra oculares (ES) y posición de los anillos prominentes en vista dorsal, como caracteres diagnósticos a nivel específico. La aplicación de las técnicas moleculares fue de suma utilidad en la correcta identificación y separación de los individuos de las dos especies, resaltando la importancia e utilidad de los genes Citocromo Oxidasa I y Citocromo B como marcadores moleculares para estas especies. Adicionalmente, fue realizado un análisis genético poblacional bajo el enfoque filogeográfico, con la especie Hippocampus reidi que resultó ser la más abundante en las regiones de muestreo, con la finalidad de comparar la diversidad genética, con base en la información obtenida de secuencias del gen Citocromo B del ADN mitocondrial, para determinar la estructura geográfica y proponer una hipótesis filogeográfica que establezca las relaciones entre y dentro de las poblaciones del Mar Caribe (Laguna de la Restinga, Laguna de las Marites, Golfo de Cariaco y Golfo de Venezuela) y la localidad de Natal... (Resumen completo clicar acceso eletrônico abajo)

Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Ricardo Benine / Banca: Alexandre Wagner / Banca: Daniela Calcanotto / Banca: Anderson Luis Alves / Resumen: Fue realizado el análisis morfométrico, merístico, morfológico y filogenético del caballo de mar Hippocampus reidi (Ginsburg 1933) (Teleostei: Syngnathidae) de la costa nororiental de Venezuela, mediante la aplicación de técnicas de taxonomía convencional y molecular utilizando fragmentos secuenciados de los genes Citocromo Oxidasa I y Citocromo B como marcadores genéticos. Los resultados indican que no es posible identificar las diferentes entidades taxonómicas de la región caribeña venezolana con base solamente en un solo tipo de caracteres, por lo que es necesario utilizar información merística, morfológica y morfométrica de forma conjunta para la identificación de las mismas, lográndose identificar las variables longitud del rostro (SnL), ancho del cuerpo en la región torácica (TW9), longitud de la cabeza (HL), altura de la coroneta (CH), número de espinas supra oculares (ES) y posición de los anillos prominentes en vista dorsal, como caracteres diagnósticos a nivel específico. La aplicación de las técnicas moleculares fue de suma utilidad en la correcta identificación y separación de los individuos de las dos especies, resaltando la importancia e utilidad de los genes Citocromo Oxidasa I y Citocromo B como marcadores moleculares para estas especies. Adicionalmente, fue realizado un análisis genético poblacional bajo el enfoque filogeográfico, con la especie Hippocampus reidi que resultó ser la más abundante en las regiones de muestreo, con la finalidad de comparar la diversidad genética, con base en la información obtenida de secuencias del gen Citocromo B del ADN mitocondrial, para determinar la estructura geográfica y proponer una hipótesis filogeográfica que establezca las relaciones entre y dentro de las poblaciones del Mar Caribe (Laguna de la Restinga, Laguna de las Marites, Golfo de Cariaco y Golfo de Venezuela) y la localidad de Natal... (Resumen completo clicar acceso eletrônico abajo) / Abstract: Morphometric, meristic, morphological and phylogenetic analysis from the seahorse Hippocampus reidi (Ginsburg 1933) (Teleostei: Syngnathidae) from the northeastern coast of Venezuela was performed, through the application of techniques using conventional and molecular taxonomy from the sequenced fragments of genes Cytochrome Oxidase I and Cytochrome B as genetic markers. The results indicate that it is not possible to identify the different taxa of Venezuelan Caribbean region, based only on a single type of characters, so it is necessary to use information meristic, morphological and morphometric together to identify them, achieving identify the variables snout length (SnL), body width in the thoracic region (TW9), head length (HL), height of the coronet (CH), number of supra oculars spines (ES) and prominent position of the rings in dorsal view, as diagnostic features at specific level. The application of molecular techniques was very useful in the correct identification and separation of individuals of both species, highlighting the importance and usefulness of the genes Cytochrome Oxidase I and Cytochrome B as molecular markers. Additionally, we carried out a population genetic analysis under the phylogeographic approach, with the species Hippocampus reidi, that was the most abundant in the sampling regions, in order to compare the genetic diversity based on information obtained from the Cytochrome B gene mitochondrial DNA sequences to determine the geographical structure and propose a phylogeographic hypotheses in order to establish the relationship between and within populations of the Caribbean Sea (Laguna de la Restinga, Laguna de las Marites, Cariaco Gulf and Gulf of Venezuela) and the locality of Natal, Brazil, located in the Western Atlantic Ocean. The results of nucleotide diversity and haplotype diversity, together with the presence of several unique haplotypes in each... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Edson Seizo Mori / Coorientador: Danillo Pinhal / Banca: Guaracy Tadeu Rocha / Banca: Adriane Pinto Wasko / Resumo: Schizolobium parahyba é uma árvore nativa da Floresta Atlântica e é classificada como invasora da Floresta Estacional Semidecidual. A invasão biológica é considerada uma das maiores causas de perda de biodiversidade. As populações invasoras possuem diferentes padrões genéticos de estabelecimento, como as invasões repetitivas, crípticas, por introgressões e hibridizações. Neste contexto complexo, as misturas populacionais podem ser uma peça central no sucesso do estabelecimento de populações invasoras por favorecer a adaptabilidade local e diminuir a depressão endogâmica. Por meio do uso de uma nova técnica desenvolvida no presente trabalho de pesquisa baseada em Next-Generation Sequencing, a Restriction-Site Associated DNA-Sequencing com quatro restrições enzimáticas simultâneas, foram detectados parâmetros genéticos como relações de parentesco, subestrutura populacional e medidas variabilidade e diferenciação genética de populações invasoras e naturalizadas desta espécie. Com quase 5.000 locos polimórficos foi possível detectar processos de mistura populacional e das dinâmicas particulares de cada área estudada. Houveram casos de troca de material genético entre populações invasoras e naturalizadas e indícios de que a ação antrópica intensifica o processo de mistura populacional. As análises de subestrutura populacional sugeriram que a ação antrópica favoreceu a formação de subpopulações nas áreas estudadas. A utilização de marcadores moleculares com alta informatividade mostrou ser uma poderosa ferramenta para monitoramento de populações invasoras. / Abstract: Schizolobium parahyba is a native tree of Atlantic Rain Forest and is classified as Seasonally Semideciduous Forest invader. Biological invasion is considered major ones cause of biodiversity loss. Invasive populations have different genetic patterns of establishment, as repetitive invasions , cryptic invasoin, introgression and hybridization. In this complex context, population mixtures can be a centerpiece in the successful establishment of invasive populations by favoring local adaptability and reducing inbreeding depression. Through the use of a new technique developed in this research based on Next- Generation Sequencing, Restriction - site Associated DNA Sequencing with four simultaneous enzymatic restriction , genetic parameters were detected, as relatedness, population substructure and variability and genetic differentiation measures of invasive and naturalized populations of this species . With nearly 5,000 polymorphic loci was possible to detect processes of population mixture and the particular dynamics of each studied area. There have been cases of exchange of genetic material between invasive and naturalized populations and evidence that human action intensifies the process of population mixture. Analyses of population substructure suggested that human action favored the formation of subpopulations in the study areas. The use of molecular markers with high informativeness proved to be a powerful tool for monitoring of invasive populations / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-02Bitstream added on 2014-06-13T18:40:23Z : No. of bitstreams: 1 000758823.pdf: 1966579 bytes, checksum: ad584d90fa1ba8a15edf2765b91f1744 (MD5) / Schizolobium parahyba é uma árvore nativa da Floresta Atlântica e é classificada como invasora da Floresta Estacional Semidecidual. A invasão biológica é considerada uma das maiores causas de perda de biodiversidade. As populações invasoras possuem diferentes padrões genéticos de estabelecimento, como as invasões repetitivas, crípticas, por introgressões e hibridizações. Neste contexto complexo, as misturas populacionais podem ser uma peça central no sucesso do estabelecimento de populações invasoras por favorecer a adaptabilidade local e diminuir a depressão endogâmica. Por meio do uso de uma nova técnica desenvolvida no presente trabalho de pesquisa baseada em Next-Generation Sequencing, a Restriction-Site Associated DNA-Sequencing com quatro restrições enzimáticas simultâneas, foram detectados parâmetros genéticos como relações de parentesco, subestrutura populacional e medidas variabilidade e diferenciação genética de populações invasoras e naturalizadas desta espécie. Com quase 5.000 locos polimórficos foi possível detectar processos de mistura populacional e das dinâmicas particulares de cada área estudada. Houveram casos de troca de material genético entre populações invasoras e naturalizadas e indícios de que a ação antrópica intensifica o processo de mistura populacional. As análises de subestrutura populacional sugeriram que a ação antrópica favoreceu a formação de subpopulações nas áreas estudadas. A utilização de marcadores moleculares com alta informatividade mostrou ser uma poderosa ferramenta para monitoramento de populações invasoras. / Schizolobium parahyba is a native tree of Atlantic Rain Forest and is classified as Seasonally Semideciduous Forest invader. Biological invasion is considered major ones cause of biodiversity loss. Invasive populations have different genetic patterns of establishment, as repetitive invasions , cryptic invasoin, introgression and hybridization. In this complex context, population mixtures can be a centerpiece in the successful establishment of invasive populations by favoring local adaptability and reducing inbreeding depression. Through the use of a new technique developed in this research based on Next- Generation Sequencing, Restriction - site Associated DNA Sequencing with four simultaneous enzymatic restriction , genetic parameters were detected, as relatedness, population substructure and variability and genetic differentiation measures of invasive and naturalized populations of this species . With nearly 5,000 polymorphic loci was possible to detect processes of population mixture and the particular dynamics of each studied area. There have been cases of exchange of genetic material between invasive and naturalized populations and evidence that human action intensifies the process of population mixture. Analyses of population substructure suggested that human action favored the formation of subpopulations in the study areas. The use of molecular markers with high informativeness proved to be a powerful tool for monitoring of invasive populations

Orientador: Sergio Nascimento Stampar / Resumo: O estudo da conectividade entre as populações é de grande relevância para entender como variantes ambientais podem afetar estes eventos, reconhecendo os padrões de estrutura genética e filogeográficos. Grande parte das espécies marinhas possuem, ao menos, uma fase larval com alto potencial de dispersão, onde possivelmente possa resultar numa população homogênea e com maior conectividade, comparado a outros grupos de animais. Para a compreensão dos padrões variáveis, as análises moleculares trazem informações importantes sobre a variabilidade genética, evolução e mudanças demográficas na história. Por este motivo torna-se cada vez mais importante o uso destes dados em pesquisas que abordam conceitos populacionais. Os acompanhamentos dos cenários em organismos planctônicos ainda são escassos, mesmo com sua grande abundância no ambiente marinho. Sob o cenário da representativa espécie de medusa, endêmica do Atlântico Sul Ocidental, Lychnorhiza lucerna Haeckel 1880 (Scyphozoa; Rhizostomeae) diante de lacunas ainda existentes sobre a estrutura populacional foi analisado como as populações estão se comportando geneticamente ao longo de toda sua distribuição e para isto foram utilizados os marcadores COI, ITS-1 e 2 para inferir a divergência intra e inter-populacional. Os resultados obtidos indicaram um padrão histórico de alta conectividade entre as subpopulações de Lychnorhiza lucerna evidenciando a existência de uma Metapopulação em grande escala. / Abstract: The study of connectivity between populations is relevant to understand the environmental diversity impact on the populations, acknowledging both genetic structural and phylogeographic patterns. Most of the marine species exhibit at least one larval stage with a high dispersal potential that possibly results in a homogeneous population with a wide connectivity when compared to other groups of animals. Molecular analysis provide essential informations concerning the genetic variability, evolution and demographic changes along the history supporting the recognition of variable patterns. Thus, it is essential the use of these data in researches approaching population concepts. Even though planktonic organisms are very abundant in the marine environment, studies regarding the scenario comprising these organisms are scarce. Owing to existing gaps about that, populations of the remarkable medusa specie endemic in the South Western Atlantic, Lychnorhiza lucerna Haeckel 1880 (Scyphozoa; Rhizostomeae), were genetically assessed along the geographic distribution known . For this were used COI and ITS 1-2 molecular markers to conclude about intrapopulation/ interpopulation divergence. The results obteined indicated a historic pattern of high connectivity between subpopulations of Lychnorhiza lucerna evidencing a metapopulation existence on a large scale. / Mestre

Submitted by Stefany Archangelo de Angelis null (stefany.archangelis@hotmail.com) on 2018-03-13T14:41:37Z No. of bitstreams: 1 VERSÃO ficha catalografica_DISSERTAÇÃO STEFANY_OK.pdf: 2022875 bytes, checksum: 3f24d2ef22761a31bf2d4ab1b1d18584 (MD5) / Rejected by Disleide Silvia Valerio Gounella null (disleide@clp.unesp.br), reason: Boa tarde. Favor corrigir e completar os itens: - O nome do arquivo deve ser o título do trabalho; - Incluir palavras-chaves em inglês; - Incluir abstract; - Folha de aprovação com data. - As referência bibliográficas foram feitas baseadas nas Normas da ABNT? ABS. Disleide Silvia Valerio Gounella Bibliotecária CLP - São Vicente Fone: (13)3569-7154 Mailto: disleide@clp.unesp.br skype: disleidesilviavaleriogounella on 2018-03-15T18:32:55Z (GMT) / Submitted by Stefany Archangelo de Angelis null (stefany.archangelis@hotmail.com) on 2018-03-16T01:25:44Z No. of bitstreams: 1 Conectividade Populacional de Lychnorhiza lucerna (Cnidaria; Scyphozoa) no Atlântico Sul.pdf: 3463809 bytes, checksum: 5c128c22ffece0245d8284e53a0c5430 (MD5) / Rejected by Disleide Silvia Valerio Gounella null (disleide@clp.unesp.br), reason: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx on 2018-03-19T20:05:54Z (GMT) / Submitted by Stefany Archangelo de Angelis null (stefany.archangelis@hotmail.com) on 2018-03-19T20:07:48Z No. of bitstreams: 1 Conectividade Populacional de Lychnorhiza lucerna (Cnidaria; Scyphozoa) no Atlântico Sul.pdf: 3463809 bytes, checksum: 5c128c22ffece0245d8284e53a0c5430 (MD5) / Approved for entry into archive by Disleide Silvia Valerio Gounella null (disleide@clp.unesp.br) on 2018-03-19T20:26:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 angelis_sa_me_svic.pdf: 3463809 bytes, checksum: 5c128c22ffece0245d8284e53a0c5430 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-19T20:26:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 angelis_sa_me_svic.pdf: 3463809 bytes, checksum: 5c128c22ffece0245d8284e53a0c5430 (MD5) Previous issue date: 2018-02-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O estudo da conectividade entre as populações é de grande relevância para entender como variantes ambientais podem afetar estes eventos, reconhecendo os padrões de estrutura genética e filogeográficos. Grande parte das espécies marinhas possuem, ao menos, uma fase larval com alto potencial de dispersão, onde possivelmente possa resultar numa população homogênea e com maior conectividade, comparado a outros grupos de animais. Para a compreensão dos padrões variáveis, as análises moleculares trazem informações importantes sobre a variabilidade genética, evolução e mudanças demográficas na história. Por este motivo torna-se cada vez mais importante o uso destes dados em pesquisas que abordam conceitos populacionais. Os acompanhamentos dos cenários em organismos planctônicos ainda são escassos, mesmo com sua grande abundância no ambiente marinho. Sob o cenário da representativa espécie de medusa, endêmica do Atlântico Sul Ocidental, Lychnorhiza lucerna Haeckel 1880 (Scyphozoa; Rhizostomeae) diante de lacunas ainda existentes sobre a estrutura populacional foi analisado como as populações estão se comportando geneticamente ao longo de toda sua distribuição e para isto foram utilizados os marcadores COI, ITS-1 e 2 para inferir a divergência intra e inter-populacional. Os resultados obtidos indicaram um padrão histórico de alta conectividade entre as subpopulações de Lychnorhiza lucerna evidenciando a existência de uma Metapopulação em grande escala. / The study of connectivity between populations is relevant to understand the environmental diversity impact on the populations, acknowledging both genetic structural and phylogeographic patterns. Most of the marine species exhibit at least one larval stage with a high dispersal potential that possibly results in a homogeneous population with a wide connectivity when compared to other groups of animals. Molecular analysis provide essential informations concerning the genetic variability, evolution and demographic changes along the history supporting the recognition of variable patterns. Thus, it is essential the use of these data in researches approaching population concepts. Even though planktonic organisms are very abundant in the marine environment, studies regarding the scenario comprising these organisms are scarce. Owing to existing gaps about that, populations of the remarkable medusa specie endemic in the South Western Atlantic, Lychnorhiza lucerna Haeckel 1880 (Scyphozoa; Rhizostomeae), were genetically assessed along the geographic distribution known . For this were used COI and ITS 1-2 molecular markers to conclude about intrapopulation/ interpopulation divergence. The results obteined indicated a historic pattern of high connectivity between subpopulations of Lychnorhiza lucerna evidencing a metapopulation existence on a large scale.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-01-16T17:09:06Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Monik Oprea - 2013.pdf: 1967380 bytes, checksum: 406bdd6925672cd697798a30f89bc4d5 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-01-16T17:32:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Monik Oprea - 2013.pdf: 1967380 bytes, checksum: 406bdd6925672cd697798a30f89bc4d5 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-16T17:32:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Monik Oprea - 2013.pdf: 1967380 bytes, checksum: 406bdd6925672cd697798a30f89bc4d5 (MD5) Previous issue date: 2013-06-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Microsatellite markers are important tools for molecular ecology studies, particularly for bats, whose information is difficult to obtain through direct observations. In the first chapter, we conducted searches for scientific articles about the use of microsatellite markers in bats in order to evaluate the current knowledge about the genetic patterns and also to unravel sociological aspects of this knowledge. We found that the use of microsatellite markers to study bats is quite new and little spread. Many questions in molecular ecology can be addressed with a limited number of polymorphic markers, such as microsatellites. This will not only contribute to the knowledge of the species biology, but also to design effective strategies for conservation of bat species. In the second chapter, we report the development and characterization of ten microsatellite loci for the bat Glossophaga soricina isolated from a shotgun genomic library. Among 67 individuals, the number of alleles per locus ranged from 2 to 20, and the observed and expected heterozygosity ranged from 0.015 to 0.606 and from 0.016 to 0.915, respectively. The high combined probability of genetic identity (4.369x10-8) and probability of paternity exclusion (0.996) showed that the microsatellite loci are useful for population genetic structure and detailed parentage studies in natural populations of G. soricina. In the third chapter, we used the nine developed microsatellite loci and spatially explicit analysis to unravel population genetic structure and how landscape features affected genetic diversity of G. soricina at 17 localities in the Brazilian Cerrado. Our results showed that G. soricina populations already have higher inbreeding in fragmented landscapes in small geographic scales. Also, some pairs of populations showed genetic discontinuity as the outcome of landscape modification. / Marcadores microssatélites são ferramentas importantes para estudos de ecologia molecular, principalmente para estudos sobre morcegos, cujas informações são difíceis de acessar através de observações diretas. No primeiro capítulo, buscamos artigos científicos sobre o uso de microssatélites em morcegos para avaliar o conhecimento atual dos padrões genéticos e revelar os aspectos sociológicos desse conhecimento. Nós observamos que o uso de marcadores microssatélites é relativamente recente e ainda pouco difundido. Muitas questões em ecologia molecular poderiam ser respondidas com um número limitado de marcadores moleculares, como os microssatélites. Isso não só contribuiria para o conhecimento da biologia, mas também para desenhar estratégias efetivas para conservação das espécies de morcegos. No segundo capítulo, apresentamos o desenvolvimento e caracterização de dez locos de microssatélites para o morcego Glossophaga soricina, isolados a partir de uma biblioteca shotgun. Foram analisados os genótipos de 67 indivíduos, sendo que o número de alelos por locos variou de 2 a 20, e a heterozigozidade observada e esperada variaram entre 0.015 a 0.606 e entre 0.016 a 0.915, respectivamente. A alta probabilidade de identidade genética (4.369x10-8) e a probabilidade de exclusão de paternidade (0.996) mostraram que os locos de microssatélites desenvolvidos são úteis para estudos de estrutura genética e paternidade em populações naturais de G. soricina. No terceiro capítulo, foram usados nove locos de microssatélites desenvolvidos, juntamente com análises espacialmente explícitas para acessar a estrutura genética, e verificar como as características da paisagem afetam a diversidade genética de G. soricina em 17 localidades do Cerrado brasileiro. Nossos resultados mostraram que populações de G. soricina já apresentam altos índices de endogamia em paisagens fragmentadas em pequenas escalas geográficas. Além disso, alguns pares de populações apresentaram descontinuidade genética como resultado da modificação da paisagem.

Orientador: Clarisse Palma da Silva / Resumo: A filogeografia surgiu como uma ponte entre várias disciplinas evolutivas, como a genética populacional, filogenia e biogeografia, estabelecendo ligações entre os estudos micro e macro evolutivos. A filogeografia tem sido cada vez mais utilizada para estudar a evolução de regiões com altos índices de diversidade, como a região Neotrópical. Os Neotrópicos apresentam uma grande variedade de biomas, incluindo a Floresta Atlântica, a segunda maior floresta tropical da América do Sul, contendo mais de 60% de todas as espécies terrestres do planeta. Um número crescente de estudos filogeográficos com espécies da Floresta Atlântica nos ajudado a entender os processos evolutivos que gradualmente formaram essa grande biodiversidade. Realizamos análises filogeográficas, avaliando padrões de estrutura e diversidade genética, tempo de divergência das linhagens e a demografia histórica do complexo de espécies Pitcairnia flammea (Bromeliaceae), grupo adaptado a inselbergs neotropicais naturalmente fragmentados, baseados em conjuntos de dados de microssatélites nucleares e sequências plastidiais. Nossos resultados mostraram baixa a moderada diversidade genética nuclear dentro de populações de P. flammea, e alta estrutura genética populacional, com poucos haplótipos de DNA plastidial compartilhados entre populações, indicando fluxo gênico limitado e baixa conectividade entre afloramentos rochosos. Não encontramos nenhuma estrutura filogeográfica clara, além de duas linhagens evolutivas que di... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Phylogeography has emerged as a bridge between several evolutionary disciplines, such as population genetics, phylogeny and biogeography, establishing the link between micro and macroevolutionary studies. Phylogeography has been increasingly used to study the evolution of regions with high diversity indexes, such as the Neotropic region. The Neotropics presents a wide variety of biomes, including the Atlantic Rainforest, the second largest tropical rainforest in South America containing more than 60% of all terrestrial species on the planet. An increasing number of phylogeographic studies in Atlantic Rainforest species have helped us to understand the evolutionary process that gradually formed such great biodiversity. We performed phylogeographic analyses, assessing genetic structure patterns, timing of lineage divergence and historical demography of Pitcairnia flammea species complex (Bromeliaceae), which are adapted to naturally fragmented Neotropical inselbergs, based on nuclear microsatellites and plastid sequence data sets. Our results showed low to moderate nuclear genetic diversity within P. flammea populations, and high population genetic structure, with few plastid DNA haplotype shared among populations, indicating limited gene flow and low connectivity among rock outcrops. We found no clear phylogeographic structure, besides two evolutionary lineage which diverged approximately 2 Mya., suggesting an important role of early Pleistocene climatic changes in the diversi... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O veado-mão-curta (Mazama nana) é uma espécie de cervídeo que ocupa a região Sul do Brasil, norte da Argentina e leste do Paraguai, tendo sido severamente afetada pela redução drástica das áreas florestadas. Trata-se, também, da espécie de cervídeo neotropical menos estudada pela ciência. Frente a essa situação, o presente projeto propôs-se a entender como essa espécie se distribui em sua área de ocorrência, propôs áreas prioritárias para sua conservação e estimou a densidade de duas populações. Dada a raridade e a alta elusividade da espécie, propôs-se o uso de metodologias indiretas para se atingir o objetivo proposto. Assim, foram usadas metodologias baseadas na coleta de amostras fecais, extração do DNA e posterior análises molecular e genética. Foram coletadas amostras fecais com o auxílio de um cão farejador em unidades de conservação distribuídas ao longo do Sul do Brasil. Após a identificação da espécie por meio da amplificação de um fragmento do citocromo B e corte com enzimas de restrição (PCR/RFLP) e com os dados de localização das amostras, foram feitas modelagens de distribuição com o software Maxent. Foram escolhidas duas unidades de conservação, onde foram realizadas coletas de amostras fecais, baseadas em faixas, para possibilitar a estimativa da densidade de animais nestas populações. Estabeleceu-se a distribuição geográfica potencial de M. nana no Brasil para os Estados do Paraná, Santa Catarina, norte e centro do Rio Grande do Sul, extremo sul de São Paulo e Mato Grosso do Sul. Porção leste do Paraguai e, na Argentina para a província de Missiones. A densidade da espécie para a região norte do Parque Nacional do Iguaçu foi de 1,9 ind/km2 e para o Parque Estadual Vila Rica do Espírito Santo foi de 5,5 ind/km2. A população potencial da espécie foi de 152.991 indivíduos, sendo 15.524 indivíduos a população dentro das áreas protegidas. Sugere-se a manutenção do estado de conservação da espécie como Vulnerável, tanto na lista Brasileira como na lista Internacional de fauna ameaçada de extinção. / The Brazilian dwarf brocket (Mazama nana) is a deer species that occupies the forests of southern Brazil, north of Argentina and east of Paraguay. It has been greatly affected by the drastic reduction of forested areas. It is also the less studied neotropical deer. Considering this situation, this project aimed to shed light on the species distribution along its range, to indicate conservation priority areas and estimate the density of two populations. Given the rarity and high elusiveness of the species, it is proposed the use of indirect methods to achieve this goal. Fecal samples collection based methodologies were used, followed by DNA extraction and subsequent molecular and genetic analysis. Fecal samples were tracked and collected in protected areas spread over south Brazil, with the help of a scat detection dog. After species identification by PCR/RFLP and samples spatialization, species distribution modeling was carried out using Maxent software suit. Two protected areas were chosen for a faecal sampling based on transects, in order to estimate the population density. Potential geographical distribution of M. nana in Brazil was stablished at states of Paraná, Santa Catarina, northern and center Rio Grande do Sul, extreme South of São Paulo and Mato Grosso do Sul. Also at Eastern Paraguay and Missiones province in Argentina. Species density at the northern area of Iguaçu National Park was 1.9 ind/km2 and at the State Park of Vila Rica do Espírito Santo was 5.5 ind/km2. The species potential population was 152,991 individuals, including 15,524 individuals inside protected areas. It is suggested to maintain species conservation status as vulnerable on the Brazilian and on the International red list of threatened species.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-09-01T14:06:29Z No. of bitstreams: 1 TES_TAIZ_LEONOR_LOPES_SIMAO_PARCIAL.pdf: 2732878 bytes, checksum: 08260c799afa4ff20f3fbc3bb9d891dd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-01T14:06:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TES_TAIZ_LEONOR_LOPES_SIMAO_PARCIAL.pdf: 2732878 bytes, checksum: 08260c799afa4ff20f3fbc3bb9d891dd (MD5) Previous issue date: 2016-03-21 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / This project applied the DNA metabarcoding technique, which consists of a large-scale identification of the biodiversity present in a given community (through the total DNA sequencing without the need for isolation and laboratory cultivation) in two underexplored Brazilian environments with high biological diversity. The first is a typical Neotropical microenvironment, called bromeliad phytotelm, which is formed by the accumulation of water and debris among the leaves of these plants. The bromeliads investigated in this study were sampled in areas of dense ombrophilus forest and mixed ombrophilus forest in southern Brazil (located at the ?Pro-Mata? Research Center), and belonged to the species Aechmea gamosepala Wittmack, Vriesea friburgensis Mez and Vriesea platynema Gaud. The collection comprised multiple individuals per species and also multiple samples (different tanks) from the same individual, making it possible to assess the complexity of the variation in these communities. The second environment consists of marine sediments collected in the Rio Grande Cone (located in southeastern Brazil, in the offshore portion of the Pelotas Basin), at depths of down to 18 meters below the seafloor. The samples originated from four different areas, with different geochemical characteristics and strong indications of the presence of chemosynthetic communities. This study demonstrated the presence of high biodiversity in both environments. We identified 30 prokaryotic phyla and 67 eukaryotic phyla in bromeliad phytotelmata, which seem to include both endemic organisms of this peculiar environment and organisms with ubiquitous distribution, common in freshwater or soil habitats. An interesting feature is that, in some cases, samples from different tanks of the same individual are more similar to tanks of other individuals (and even from other species) than between them. Thus, our results suggest that each bromeliad tank acts as an isolated body of water, where the effects of predation, competition and stochastic events such as wind-borne particles, fecal pellets and liquid excretions of terrestrial animals, dead leaves and animals can largely drive the community composition. Concerning the marine sediments, we observed the presence of 58 prokaryotic phyla, many of which are present in other chemosynthetic communities. Among these organisms were identified anaerobic methanotrophic archaeal groups and their syntrophic partners (sulfate-reducing bacteria), which together form a consortium with a significant role in the anaerobic oxidation of methane, a very important process that controls the emission of this greenhouse gas into the atmosphere. Statistical analysis performed in both studies sought to describe patterns of diversity of these communities at different spatial scales and to interpret them in the light of current knowledge about these environments. Overall, the results obtained in this thesis reveal in detail the complexity of these communities, opening new ways for further studies focusing on the processes that control their spatio-temporal dynamics. / O presente projeto aplicou a t?cnica de DNA metabarcoding, que visa caracterizar em larga escala a biodiversidade presente em determinada comunidade (atrav?s do sequenciamento do DNA total e sem a necessidade de cultivo ou isolamento), em dois ambientes brasileiros pouco explorados e com grande riqueza de esp?cies. O primeiro ? um microambiente t?pico da regi?o neotropical, denominado fitotelmo de brom?lia, o qual ? formado pelo ac?mulo de ?gua e detritos entre as folhas destas plantas. As brom?lias investigadas neste estudo foram amostradas em ?reas de Floresta Ombr?fila Densa e/ou Mista no sul do Brasil (localizadas no Centro de Pesquisas e Conserva??o da Natureza Pr?-Mata, PUCRS), e pertencem ?s esp?cies Aechmea gamosepala Wittmack, Vriesea friburgensis Mez e Vriesea platynema Gaud. A coleta englobou m?ltiplos indiv?duos por esp?cie e tamb?m m?ltiplas amostras (diferentes cisternas) do mesmo indiv?duo, possibilitando avaliar a complexidade da varia??o nestas comunidades. O segundo ambiente consiste de sedimentos marinhos coletados no Cone de Rio Grande (situado no sudeste do Brasil, na por??o offshore da Bacia de Pelotas), em profundidades de at? 18 metros abaixo do fundo do mar. As amostras s?o provenientes de quatro ?reas distintas, apresentando diferentes caracter?sticas geoqu?micas e fortes ind?cios da presen?a de comunidades quimiossint?ticas. Nossa investiga??o observou grande diversidade biol?gica em ambos os ambientes. Foram identificados 30 filos de procariotos e 67 filos de eucariotos nos fitotelmos de brom?lia, os quais parecem compreender tanto organismos end?micos deste ambiente peculiar como organismos com distribui??o cosmopolita, comuns em habitats de ?gua doce ou solo. Uma caracter?stica interessante ? que, em alguns casos, amostras provenientes de diferentes cisternas do mesmo indiv?duo s?o mais semelhantes a cisternas de outros indiv?duos (e mesmo de outras esp?cies) do que entre si. Desta forma, nossos resultados indicam que cada cisterna atua como um corpo d??gua isolado, onde os efeitos de preda??o, competi??o e eventos estoc?sticos como part?culas carregadas pelo vento, restos de folhas ou animais mortos, bem como excre??es de animais, podem interferir fortemente na composi??o espec?fica da comunidade local. Em rela??o aos sedimentos marinhos, observamos a presen?a de 58 filos procari?ticos, os quais compreendem diversos t?xons j? caracterizados em outras comunidades quimiossint?ticas marinhas. Entre estes organismos, foram identificadas arqueas metanotr?ficas e seus parceiros sintr?ficos (bact?rias redutoras de sulfato), que juntos formam um cons?rcio cujo papel ? fundamental na oxida??o anaer?bica do metano, um importante processo que controla a emiss?o deste g?s de efeito estufa para a atmosfera. An?lises estat?sticas realizadas em ambos os estudos buscaram descrever padr?es de diversidade destas comunidades em diferentes escalas espaciais, bem como interpret?-los ? luz do conhecimento atual sobre estes ambientes. De forma geral, os resultados obtidos nesta tese revelam em detalhe a complexidade destas comunidades, e abrem caminho para estudos mais aprofundados dos processos que controlam sua din?mica espa?o-temporal.