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Découverte d'éléments cis-régulateurs impliqués dans l'activation transcriptionnelle du génome zygotique dans l'embryon précoce de Drosophila melanogaster

Darbo, Elodie 16 December 2011 (has links)
Chez les métazoaires, la transcription est inactive durant les étapes précoces du développement embryonnaire. Chez Drosophila melanogaster, des études récentes de l'activation du génome zygotique (AGZ) ont mis en évidence l'implication de quelques acteurs moléculaires (Zelda, STAT92E), mais les mécanismes régulateurs généraux restent à découvrir. En appliquant des méthodes bioinformatiques à l'analyse de données à haut débit de différentes sources, j'ai recherché de nouveaux éléments cis-régulateurs impliqués dans l'AGZ. Tout d'abord, par l'analyse de données transcriptomiques, j'ai sélectionné un groupe de gènes activés pendant l'AGZ. L'analyse de leurs régions non codantes a mis en évidence neuf motifs, dont trois correspondent à des motifs connus (Zelda, Trl et facteur TTK). La recherche systématique de ces motifs m'a permis de prédire des modules cis-régulateurs (CRMs) potentiels pour lesquels j'ai défini un environnement chromatinien spécifique en analysant des profils d'occupation de (co-) facteurs de transcription pertinents et d'histones modifiées (ChIP-seq) ainsi que des profils d'ouverture de la chromatine. L'ensemble de ces résultats m'a permis de définir un modèle de régulation de l'AGZ et de sélectionner des régions candidates pour une validation expérimentale. / In metazoa, transcription is silent during early embryogenesis. In Drosophila melanogaster, recent studies of the zygotic genome activation (ZGA) highlighted the implication of few molecular actors (Zelda, STAT92E), but general regulatory mechanisms remains to be understood. Applying bioinformatics analyses on different type of high-throughput data, I searched for new cis-regulatory elements involved in ZGA.First, through analysis of transcriptome data, I selected a group of genes activated during ZGA. Analysis of their non-coding sequences highlighted nine motifs, of which three correspond to known binding motifs and factors (Zelda, Trl and TTK). Systematic research of these motifs led to the prediction of putative cis-regulatory modules (CRMs) for which I defined a specific chromatin environment analyzing occupancy profiles of relevant transcription (co-) factors and modified histones, as well as profiles of chromatin opening. Altogether, these results allowed me to define a regulatory model of the ZGA and select candidate regions for further experimental validation.
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Mortalin plays a protective role in cell survival through the regulation of the PERK/eIF2α/ATF4 pathway during mouse embryonic development / Etude de Mortalin dans la régulation de la voie de signalisation PERK/eIF2α/ATF4 au cours du développement embryonnaire de la souris

Frisdal, Aude 30 May 2014 (has links)
Le développement cranio-facial est un processus complexe qui implique interactions tissulaires et différenciations cellulaires. La façon dont ces processus sont coordonnés lors de l'embryogenèse reste évasive. Perturber ce développement coordonné provoque un large éventail de malformations. Afin de trouver de nouveaux gènes impliqués dans le développement de la tête, un criblage phénotypique a été réalisé par mutagenèse. L'une des lignées de souris obtenues montre des malformations au niveau des arches pharyngées (AP), qui sont les précurseurs de la tête. Ces mutants meurent à mi gestation, due à des problèmes vasculaires. La mutation ponctuelle générée a été localisé dans le gène Mortalin. Mon travail de thèse vise à comprendre comment Mortalin contrôle le développement embryonnaire. Mortalin est exprimée de manière ubiquitaire, puis son expression augmente au niveau des AP, dans les tissus musculaires et nerveux. Pour déterminer les mécanismes moléculaires affectées chez ce mutant, un profil d'expression génique a révélé l'induction de gènes impliqués dans la réponse au stress du réticulum endoplasmique (RE), appelée UPR, dont le rôle est de rétablir l'homéostasie du RE. Mortalin est impliqué dans le contrôle de l'UPR en interagissant avec BiP, un régulateur direct de cette voie. L'activation soutenue de l'UPR entraîne l'apoptose, ce que nous observons chez nos mutants. De plus, l'analyse du cycle cellulaire indique que la phase S est plus longue chez le mutant, suggérant que Mortalin régule le cycle cellulaire. Ainsi, l'ensemble des données suggère que Mortalin est nécessaire pour la survie des cellules au cours du développement. / The development of the head is a complex process that involves tissue interaction and cellular differentiation. Precisely how these processes are coordinated during embryogenesis remains elusive. Disruption of this coordinated development causes a wide range of malformations. In order to find new genes involved in the development of the head, a phenotype-driven ENU screen was performed. One of the mouse lines generated exhibits small pharyngeal arches (PAs), which are the main precursors of the head. Mutant embryos die around mid-gestation, most likely as a result of defective vasculature. We mapped the ENU-mediated point mutation within Mortalin. My thesis work aims to understand how Mortalin controls embryonic development. Mortalin is ubiquitously expressed before mid-gestation. Then its expression increases in the PAs and cranial ganglia. In older embryos, mortalin is expressed in muscle and nervous tissue. To determine which molecular mechanisms are affected in the mutant, gene expression profil revealed the induction of genes involved in the response to endoplasmic reticulum (ER) stress, called UPR. The role of the UPR is to restore homeostasis in the ER. I found that Mortalin regulates the UPR by interacting with BiP, a direct regulator of this pathway. Sustained activation of UPR leads to apoptosis, which is observed in our mutant. Cell cycle has been analyzed to investigate the cause of the reduced embryonic size in our mutant. The length of the S phase was found longer in the mutant, indicating that Mortalin also regulates cell cycle. All together, these data suggest that Mortalin is required for cell survival during development, in part by controlling the UPR.
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Événements de signalisation impliqués dans la production des gamètes, la pollinisation et l'embryogenèse chez Solanum chacoense Bitt

O'Brien, Martin January 2005 (has links)
Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Contribution à l’étude de la fonction de la protéine TIAR dans l’embryogenèse et la réponse innée

Kharraz, Yacine 14 October 2009 (has links)
Le TNF-α est une cytokine pro-inflammatoire du système immunitaire qui, lorsque sa production est déréglée, induit de nombreuses pathologies chez l’homme (cachexie, arthrite rhumatoïde, etc.) Outre une régulation transcriptionnelle de cette cytokine, il existe aussi une régulation post-transcriptionnelle permettant un contrôle affiné de sa production. Le laboratoire de Biologie du Gène étudie cette régulation post-transcriptionnelle faisant intervenir une séquence consensus dans l’ARNm appelée séquence AU-riche (ou ARE pour AU-rich element) et les protéines qui y sont impliquées. Généralement, les ARNm porteurs d’ARE codent pour des protéines dont l’expression est transitoire. Ces gènes requièrent un contrôle très précis de leur expression et c’est pourquoi, en plus d’être soumis à de nombreux contrôles transcriptionnels, la traduction et la stabilité de leurs ARNm sont très finement régulées. La réponse immune innée implique de nombreux ARNm de ce type. Jusqu’à présent, la fonction de la protéine TIAR dans la régulation de l’expression du TNF-α n’a pas été complètement élucidée. Outre le TNF-α, la participation à la réponse immune innée de nombreuses protéines encodées par des ARNm porteurs d’ARE pourrait conférer à la protéine TIAR un rôle de régulateur essentiel dans le contrôle de l’inflammation. Nous avons donc générés plusieurs lignées de macrophages RAW 264.7 surexprimant la protéine TIAR entière ou différents mutants de TIAR afin de déterminer, par une analyse globale par puces à ADN, les ARNm cibles de TIAR au cours de la réponse immune. Cette approche nous a permis de démontrer que la protéine TIAR exerce un contrôle sur le métabolisme de l’ARNm du TNF-α et de MKP-1 (MAP kinase phosphatase 1), une phosphatase majeure dans la voie de signalisation de la MAPK p38. Cette voie de signalisation joue un rôle essentiel dans la stabilisation et la traduction de nombreux ARNm porteurs d’ARE encodant des protéines de la réponse inflammatoire. D’autre part, nous avons voulu étudier in vivo la fonction de la protéine TIAR au cours de la réponse immune. Nous avons, dans ce but, généré des souris transgéniques surexprimant l’isoforme courte de la protéine TIAR. Si nous n’avons pas encore pu mesurer les effets d’une surexpression de TIAR sur la réponse inflammatoire chez ces souris, ces individus transgéniques ont révélé qu’une expression anormale de la protéine TIAR induit une létalité importante au cours du développement embryonnaire.
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Étude de l'influence d'un KO en PTHRP ou en PTH1R sur le niveau d'expression des protéines de manutention du calcium dans le placenta de souris

Amyot, Marc January 2008 (has links) (PDF)
Le peptide apparenté à la parathormone (PTHrP) est un régulateur important du transport de calcium placentaire durant la gestation. Une concentration adéquate de calcium est requise afin d'assurer la croissance et le bon développement du foetus. Dans la présente étude, l'impact d'une délétion en PTHrP ou en son récepteur (PTH1R) a été mesuré dans le placenta de souris. L'usage d'un tel modèle animal a permis d'évaluer l'importance de la PTHrP dans le transport de calcium placentaire mais également les répercussions de telles délétions sur l'expression d'ARNm des protéines de manutention du calcium («calcium handling proteins») présentes dans le placenta (TRPVs, CaBPs, PMCAs, NCXs, TCTP et VDR). Les mesures de calcium ionisé récoltées dans le sang foetal et maternel ont été effectuées in situ en utilisant un analyseur à électrolytes et de sang total. L'évaluation des niveaux d'expression d'ARNm des différentes protéines de manutention du calcium a été rendue possible grâce à la technique de PCR en temps réel. Les résultats obtenus ont démontré que la perte en PTHrP ou en PTH1R engendre une réduction significative du calcium ionisé dans la circulation foetale. Le niveau de calcium ionisé mesuré, chez les foetus ayant subi une délétion en PTHrP ou en PTH1R, est inférieur à celui de la souche sauvage mais équivalent à celui des mères. Dans les placentas de souris délétées en PTHrP, l'expression des gènes de TRPV6 et de TCTP est augmentée contrairement à celle des placentas de la souche sauvage. La délétion du récepteur PTH1R a eu une influence remarquable sur l'expression des médiateurs de calcium CaBP-9k et TCTP mais également sur le récepteur à la vitamine D (VDR). Toujours en comparaison avec les placentas de la souche sauvage, le TCTP et le VDR se sont vus réprimés dans les placentas délétés en PTH1R. L'expression du TRPV5, responsable de l'intrusion du calcium dans le placenta, a également été réduite. D'un autre côté, l'expression d'ARNm de la CaBP-9k a doublé par rapport au niveau d'expression basal lors d'une dysfonction du récepteur. Ces données démontrent donc que la TRPV6 et le TCTP sont les principales protéines de manutention du calcium réagissant à une délétion de la PTHrP. Dans les placentas délétés en PTH1R, aucune variation dans l'expression des ARNm des canaux responsables de l'expulsion du calcium vers la circulation foetale (les PMCA et les NCX) a été remarquée. Pour ce qui est de l'expression de l'ARNm des TRPV, responsables de l'entrée de calcium vers le placenta, elle s'est vue diminuer pour TRPV5 mais inchangée pour TRPV6. Encore une fois, dans ces placentas, l'expression des médiateurs de calcium intracellulaire a été réduite pour le TCTP, inchangée pour la CaBP-28k mais augmentée dans le cas de la CaBP-9k. En conclusion, le transport de calcium placentaire est sans aucun doute réduit lors d'une délétion en PTHrP ou en PTH1R. L'expression des ARNm des protéines de manutention du calcium présentes dans le placenta varie suite à la perte de la PTHrP ou du récepteur PTH1R. Étonnamment, aucune modification significative n'a été constatée dans l'expression des ARNm des protéines responsables de l'extrusion du calcium. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Placenta, Calcium, PTHrP, PTH1R, «Calcium handling proteins».
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Modélisation et simulation 3D de la morphogenèse / 3D modeling and simulation of morphogenesis

Lontos, Athanasios 06 December 2013 (has links)
L'embryon de la Drosophila Melanogaster subit une série des mouvements cellulaires pendant son développement. La gastrulation est le processus qui décrit la différentiation des futurs tissus à l'intérieur de l'embryon. La gastrulation commence par la formation du sillon ventral, un processus connu sous le nom de “Ventral Furrow Invagination”. Pendant ce processus, les cellules de la blastoderme positionnées dans la région ventrale de l'embryon, aplatissent et contractent leur surface apicale jusqu'à ce qu'elles deviennent prismatiques. Ce changement de forme cellulaire aboutit à un enfoncement au niveau de la région ventrale, le sillon ventral, qui est ensuite totalement intériorisé. Nous focalisons notre étude sur les mécanismes qui conduisent à l'invagination. Les questions principales auxquelles ce travail de thèse essaie de répondre sont: “Quel est le rôle de la contraction apicale des cellules ventrales dans l'invagination?” et “Quel est le mécanisme qui conduit à la clôture ventrale, une fois les cellules ventrales intériorisées?”. Nous essayons de répondre à ces questions d'un point de vue biomécanique. Dans ce but, un maillage 3D de l'embryon de la Drosophila Melanogaster a été créé. Basés sur ce maillage, deux modèles biomécaniques “a minima” de l'embryon de la Drosophila ont été créés: un modèle physique discret et un modèle basé sur la Méthode des Eléments Finis. Les résultats des simulations des deux modèles montrent que la géométrie joue un rôle décisif dans l'intériorisation des cellules ventrales. Les deux modèles ont permis de simuler l'intériorisation des cellules ventrales mais se trouvent incapables de simuler la clôture ventrale. Notre hypothèse est que la clôture ventrale peut s'expliquer par l'intéraction des forces développées à l'intérieur de l'embryon, une fois que les cellules ventrales commencent à proliférer. Nous proposons une méthode pour diviser des éléments dans un maillage d'éléments finis et ensuite nous expliquons l'intégration de cette méthode dans le modèle des Eléments Finis pour l'embryon de la Drosophila Melanogaster. / The embryo of the Drosophila Melanogaster undergoes a series of cell movements during its early development. Gastrulation is the process describing the segregation of the future internal tissues into the interior of the developing embryo. Gastrulation starts with the formation of the ventral furrow, a process commonly known as the ventral furrow invagination. During this process, the most ventrally located blastoderm cells flatten and progressively constrict their apical sides until they are wedge shaped. As a result of these cell-shape changes, the blastoderm epithelium first forms an indentation, the ventral furrow, which is then completely internalized. We focus on the study of the mechanisms that drive the invagination. The main questions that gave birth to this thesis are: “What is the role of the apical constriction of the ventral cells in the invagination?” and “Once the ventral cells are internalized, what is the mechanism that drives the ventral closure?” We attempt to answer to these two questions from a biomechanical point of view. For this purpose, a 3D mesh of the embryo of the Drosophila Melanogaster has been created. Based on this mesh, two “a minima” biomechanical models of the Drosophila embryo have been created, a physically based discrete model and a model based on the Finite Element Method. The results of the simulations in both models show that the geometry of the embryo plays a crucial role in the internalization of the ventral cells. The two models efficiently simulate the internalization of the ventral cells but are incapable of reproducing the ventral closure. We hypothesize that the ventral closure can be explained by the interplay of forces developed in the embryo once the internalized ventral cells undergo cell division. We propose an approach to divide elements in a Finite Element Mesh and we integrate it to the Finite Element Model of the Drosophila Melanogaster.
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MUC5B, Mucine gélifiante clé : embryogenèse, mucoviscidose et cancer mammaire / MUC5B, a key secredted gel-forming mucin : embryogenesis, breast cancer and cystic fibrosis

Valque, Hélène 14 December 2011 (has links)
Le mucus recouvre et protège les épithéliums des tractus respiratoire, gastro-intestinal et reproducteur. Les mucines sécrétées sont des molécules mosaïques de très grande taille moléculaire, fortement O-glycosylées et responsables des propriétés rhéologiques du gel de mucus. MUC5B est l’une des cinq mucines gélifiantes et est principalement sécrétée dans le tractus respiratoire. Chez l’Homme, MUC5B est impliquée dans le cancer mammaire et la mucoviscidose. MUC5B est exprimée dans plus de 80% des cancers mammaires alors que MUC5B n’est pas exprimée dans le tissu mammaire sain. Par ailleurs, MUC5B pourrait jouer un rôle majeur dans le poumon de patients atteints de mucoviscidose. Pour étudier la fonction de MUC5B, nous avons utilisé des protéines recombinantes composées de différents domaines de MUC5B et des modèles animaux. Nous avons montré que MUC5B favorise la prolifération cellulaire et l’invasion in vitro et favorise la croissance tumorale et la dissémination métastatique chez des souris immunodéprimées. MUC5B apparait donc comme une cible thérapeutique intéressante pour ralentir la prolifération cellulaire et la dissémination métastatique dans le cancer du sein. Nous avons également montré que l’expression de Muc5b et le nombre de cellules Muc5b positives sont plus élevés dans un modèle murin de mucoviscidose (Cftr–/–) que chez les souris frères-sœurs contrôles, ce qui suggère que les souris Cftr–/– sont prédisposées à former des bouchons bronchiques. Les souris Cftr–/– infectées expérimentalement par Pseudomonas aeruginosa développent des bouchons bronchiques AB-PAS positifs principalement composés de la mucine Muc5b et d’ADN. MUC5B semble être une cible thérapeutique intéressante pour diminuer la viscosité du mucus dans la mucoviscidose. Enfin, nous avons montré que la protéine Muc5b est exprimée très précocement (dès E8.5) au cours du développement embryonnaire murin. A E11.5, Muc5b est exprimée dans le bourgeon pulmonaire, dans le bourgeon formant la trachée et l’œsophage et dans l’estomac. De manière inattendue, Muc5b est exprimée au niveau baso-latéral des cellules épithéliales suggérant un rôle clé de MUC5B dans la morphogenèse. / Respiratory, gastrointestinal and reproductive tracts are protected by a mucus layer. Secreted mucins are large, high molecular weight and heavily O-glycosylated mosaic proteins that are responsible for the rheological properties of mucus gel. MUC5B is one of the five secreted gel-forming mucins and is mainly secreted in the respiratory tract. In human pathology, MUC5B has been implicated in breast cancer and cystic fibrosis (CF). This ‘non mammary’ mucin is expressed in more than 80% of breast cancer and it has been suggested that MUC5B may represent the main mucin to be implicated in the lung disease of CF.To investigate the function of MUC5B, we used recombinant proteins of several MUC5B domains and animal models. We show that MUC5B promotes cell proliferation and invasion in vitro and tumor growth and metastasis using SCID mice suggesting that MUC5B may represent a therapeutic target to slow down the tumor growth and dissemination in breast cancer. We show also that Cftr–/– mice harbor more Muc5b positive Clara cells than do control littermates suggesting that CF mice are predisposed to develop mucus plugs. Experimental infection with Pseudomonas aeruginosa increased the number of Muc5b-positive cells and the formation of mucus plugs in bronchi or bronchioles of Cftr–/– mice. These plugs are mainly composed of Muc5b and DNA suggesting that MUC5B may be a valuable target for decreasing mucus viscosity in CF. Finally, Muc5b protein was detected very early in mouse embryogenesis (at day 8.5). At E11.5, Muc5b is expressed in pulmonary bud, in tracheo-esophagal groove and in stomach. Unexpectedly, Muc5b is expressed at the basal and lateral membrane of epithelial cells of the buds suggesting a key role in epithelial morphogenesis.
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Characterization of NAM/CUC3-related genes from oil palm (Elaeis guineensis L.) and factors regulating their expression during in planta and in vitro development / Caractérisation des gènes NAM/CUC3 de palmier à huile (Elaeis guineensis L.) et des facteurs régulant leur expression au cours du developpemènt in planta et in vitro.

Qadri, Rashad Waseem Khan 20 September 2011 (has links)
Le développement des plantes repose sur le fonctionnement des méristèmes qui sont à la base de la production des organes durant toute la vie post-embryonnaire de la plante. Ce développement repose également sur la définition de frontières d'une part entre les méristèmes et les organes et d'autre part entre les organes. Les gènes NAM/CUC3 de la famille de facteur de transcription à domaine NAC et leur microARN régulateur miR164, jouent un rôle important dans de tels mécanismes chez les eudicotylédones. En plus de leur rôle dans la définition de frontières, ces gènes sont nécessaires à la formation du méristème apical durant l'embryogenèse, et au contrôle de l'architecture de la plante et de ses organes. Sur la base des connaissances acquises chez les eudicotylédones, se posait la question de la conservation de ces gènes et de leur régulation ainsi que leur implication dans le contrôle du développement chez les palmiers (Arecales, Arecaceae) et, de façon plus large, chez les monocotylédones. Dans ce contexte, trois gènes similaires aux gènes NAM/CUC3 ont été isolés chez le palmier à huile (Elaeis guineensis L.), EgNAM1, EgNAM2 et EgCUC3. Ces gènes sont exprimés dans les tissus méristématiques végétatifs et reproducteurs. Notre analyse a révélée une conservation du module de régulation NAM-miR164 chez cette espèce et une divergence en terme de domaine d'expression entre monocotylédones et eudicotylédones, qui pourrait être associée à des différences majeures des régions cis-régulatrices des gènes NAM. L'analyse des profils d'expression des gènes NAM/CUC3 au cours de l'embryogenèse somatique précoce indique des similarités entre le palmier à huile, le maïs et le riz, ainsi qu'une conservation de la régulation via l'auxine comme observé chez Arabidopsis thaliana. Cependant, même si une régulation post-transcriptionnelle via miR164 a été détectée au cours de l'embryogenèse somatique, la répression par l'auxine semble essentiellement transcriptionelle. / Plant development depends on functioning of meristems, which are at the base of organ production during the post-embryonic phase. The development depends also on the definition of boundaries between meristem and primordia but also between organs. NAM/CUC3 genes belonging to the NAC domain transcription factor family and their microRNA regulator miR164 play an important role in these mechanisms in eudicot species. In addition to their role in boundary definition, they are involved in the establishment of the shoot apical meristem during embryogenesis and in the control of the plant and organ architectures. On the basis of data from eudicot species, the conservation of these genes and their regulation, and their involvement in meristem functioning in palm species (Arecales, Arecaceae) and more generally in monocot species was still an open question. In this context, three NAM/CUC3-related genes have been isolated in oil palm (Elaeis guineensis L.), EgNAM1, EgNAM2 and EgCUC3. Theses genes are expressed in both vegetative and reproductive meristematic tissues. Our analysis revealed the conservation of the NAM-miR164 regulatory module in this species and a divergence in term of expression pattern between monocots and eudicots, which may be related to differences in cis-regulatory regions of NAM genes. In contrast the expression pattern of NAM/CUC3 during somatic embryogenesis indicates similarity in the timing of expression between oil palm, maize and rice and also a conservation of the auxin-dependent regulation of NAM genes during this developmental phase as observed in Arabidopsis thaliana. However, even if miR164-dependent post-transcriptional regulation of NAM genes was detected during somatic embryogenesis, auxin-dependent repression seems to be essentially through transcriptional regulation.
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Le rôle de l’adénosine au cours de l'embryogenèse des vertébrés / Role of adenosine during the embryogenesis of vertebrates

Tocco, Alice 28 October 2014 (has links)
L’adénosine extracellulaire appartient à la voie de signalisation purinergique et réguledivers processus physiologiques à travers l’activation de ses récepteurs spécifiques (adora).La disponibilité de cette purine dans l’espace extracellulaire est régulée par plusieurs ectoenzymesassurant sa production ou sa dégradation, mais également par des transporteurs denucléosides permettant son passage à travers la membrane. Chez l’adulte, le rôle del’adénosine est assez bien connu. Cependant, l’implication de cette purine au cours del’embryogenèse reste très peu étudiée. Pourtant, un excès d’adénosine dans les phasesprécoces du développement est létal chez la souris et l’oursin, démontrant l’importance de larégulation des concentrations de cette molécule de signalisation lors de l’embryogénèse. Lebut de ma thèse est de comprendre le rôle de l’adénosine au cours de l’embryogenèse enutilisant l’amphibien xénope. En effet, ce modèle a permis de mettre en évidence in vivol’implication de l’ADP au cours du développement de l’oeil chez les vertébrés. La premièrepartie de ce projet a permis de caractériser les acteurs de la voie de signalisation del’adénosine chez le xénope afin d’établir la première carte comparative de leur profild’expression embryonnaire. Cette partie a également permis de mettre en avant laphosphatase alcaline alpl pour son profil d’expression particulier, dans le rein et la rétine. Laseconde partie s’est focalisée sur l’étude fonctionnelle de cette enzyme. Les expériences deperte de fonction montrent son implication lors de la formation de ces deux tissus. / Extracellular adenosine belongs to the purinergic signalling pathway and regulatesvarious physiological processes through activation of specific receptors named adora. Theextracellular concentration of adenosine is regulated by several ecto-enzymes involved eitherin its generation or in its degradation but also by nucleoside transporters enabling its exitoutside or entry inside the cell. In adults, the functions of adenosine are quite well known,however, the its involvement during embryogenesis remains poorly studied. An excess ofadenosine in early phases of development is lethal in mouse and sea urchins, demonstratingthe importance of the extracellular adenosine level regulation during embryogenesis. The aimof my phD is to understand the role of adenosine during embryogenesis using Xenopus as avertebrate model. Indeed, the first in vivo evidence of the implication of the purinergic signallingpathway during vertebrate development, and in particular of ADP during eye formation hasbeen demonstrated using this model. The first part of this project was to characterize all theadenosine signalling pathway actors in Xenopus in order to generate the first comprehensiveand comparative embryonic expression map of these genes. This work allowed me to selectthe alkaline phosphatase alpl for functional studies based on its specific expression profile, inthe retina and kidney. These functional studies, mostly carried out by knockdown experiments,constituted the second part of this phD and showed the implication of this enzyme during theeye and kidney development.
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Embryogenèse de la moelle épinière : de la dynamique collective observable à une proposition de modèle comportemental à l'échelle cellulaire / Developing spinal cord : from observable collective dynamics to a behavioral model at cell scale

Azaïs, Manon 10 December 2018 (has links)
Nous proposons un modèle de l'embryogenèse de la moelle épinière considérée comme un système dynamique constitué d'unités comportementales (les cellules). Pour que cet organe soit fonctionnel, il faut que les neurones des différents types soient mis en place au cours de l'embryogenèse, avec le bon nombre de neurones du bon type au bon endroit. Cette mise en place résulte d'un processus dynamique au cours duquel les progéniteurs neuronaux prolifèrent dans les proportions adéquates avant de se différencier en neurones spécialisés. Les données expérimentales disponibles donnent l'évolution des populations de progéniteurs et de neurones, et la balance globale entre prolifération et différenciation. Un premier modèle est énoncé à l'échelle collective pour rendre compte de la dynamique observée sur toute la durée du processus, avec une évolution de la balance prolifération / différenciation ajustée sur les données expérimentales. Un second modèle introduit une différenciation comportementale des progéniteurs sous la forme d'une perte de leur capacité proliférative. Ce changement comportemental, de type tout-ou-rien à l'échelle cellulaire, se traduit à l'échelle collective par une transition continue de la balance prolifération / différenciation telle qu'observée expérimentalement. Enfin, nous explorons un raffinement de ce modèle où ce changement comportemental est gouverné par l'état du système (rétro-contrôle). Nous examinons les différentes possibilités de rétro-contrôles et nous retenons celle qui rend le mieux compte de la dynamique collective observée. En perspective, nous proposons des pistes pour intégrer la dimension spatiale du phénomène, et pour la prolongation de ce travail vers la modélisation du développement du cortex cérébral. / We consider the developing spinal cord as a dynamical system made of behavioral units (cells). For the adult spinal cord to be functional, different neurons must be of the right kind at the right place. They are issued from a dynamical process of proliferative and differenciating neural progenitors, with a fine control of the balance between proliferation and differentiation. Some experimental data are available for the evolution of progenitors and neurons population and for how the balance progresses with time. Based on these data, we propose a first model at the collective scale to account for these dynamics all along the process. A second model is proposed at the cell scale which includes a loss of proliferative capacity that progressively concerns more and more progenitors. This behavioural switch at cell scale is reflected by a continous progression of the balance proliferation / differentiation at population scale, as it is experimentally observed. Finally, we introduce a feedback control process so that this progression is under the control of the progenitors and neurons populations. Among the multiple possibilities for this feedback, we point out to the most relevant process. We discuss these findings, and how they can be extended to spatialized dynamics and neocortex development.

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